1YPI | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of yeast triosephosphate isomerase at 1.9-A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	85
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1990-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ypiA00

4R33A 3N14A 1YPIA 3BW4A 3WK3A 3HGRA 1BEUA 3RMJA 4X22A 5D2TA 2NWRA 4MY9A 3NPUA 1SZNA 5FF0A 3KRZA 3PUDA 4FNPA 3S0CA 4O18A 1SR9A 4O1BA 1DJQA 4K6AA 3O6YX 2FFCA 3TX9A 2ZZ3A 2WNNA 1B4KA 5K9DA 4O1DA 2V30A 4RXGA 4PCFA 2Y7FA 1TTIA 5AYXA 2YGYA 4LUIA 3T55A 1DQWA 1H1ZA 1QPQA 3W2UA 4CCCA 1G69A 2Q8LA 4FIRA 5CSSA 4JY9A 5FEZA 4HSNA 1SSGA 2YYTA 2J24A 1TSIA 1FWWA 2P0OA 4PL2A 1SO6A 4JXCA 4X2RA 1ZNNA 3NXFA 4ZQPA 2VXNA 4UFIA 4UUIA 4GJ1A 3W2LA 5E0KA 1GTHA 3PUOA 1XXXA 2GVJA 1HTIA 2FQIA 1JJKA 4GUGA 5LZLA 1Q6QA 4AB4A 5D2WA 3HG3A 5J5RA 1JUBA 2ZTKA 2EPHA 3W7DA 3M1ZA 4ORMA 2F84A 1N55A 3W72A 1TB3A 1HO4A 3P5ZA 3TROA 3F4NA 3LHZA 3LB0A 1YLVA 2QCHA 5H2ZA 1ML1A 1WAUA 5HQEA 3W7JA 1KM1A 3HBLA 4OBTA 2A7PA 3A5FA 4IPJA 2J88A 4KFPA 5D30A 2QCFA 2ZFAA 2ZZ5A 1AK5A 1Q45A 5DBUA 5BW6A 1W3TA 1SSDA 4YWIA 2YW3A 2ZZ7A 1RV8A 1JCLA 2Y63A 1XM3A 4JTGA 5LNRA 4LY8A 3IGSA 3LCXA 3W7NA 3N2MA 4Y8FA 3KHJA 4OGZA 4FEZA 2X1UA 3GNNA 2QJGA 3BARA 3S5ZA 1W5NA 5DY3A 1C29A 2RDTA 3EWZA 3UWVA 3GAYA 2OZ0A 4JYFA 4QJ1A 4XZ9A 2ZDRA 4O50A 3THQA 2FPVA 2Y88A 2WOQA 1QFEA 1KTBA 3DAQA 3N9RA 2PE4A 1H63A 5G2IA 5I3FA 5I3KA 3A9IA 4LS2A 4KWWA 1JVNA 2NUWA 3Q2DA 2GQAA 3JR2A 5U4NA 3A22A 4M19A 2YFOA 3I7QA 1F76A 3ABRA 4NT0A 3CT7A 4CNNA 1IXQA 5D32A 4Q32A 3W87A 2NUXA 1Y0EA 2QCMA 4N9BA 4A29A 5CPOA 2W79A 4TMCA 3BVJA 3UY8A 4IX2A 3E96A 3GLCA 2VFDA 3NQMA 4RLIA 2VEPA 3LI0A 5A5WA 3MI2A 4O19A 1K8ZA 2DZXA 3P82A 1IXPA 1OFPA 3HPZA 3DHDA 3PBYA 4HKPA 2IQTA 1RQEA 4JX6A 3M9YA 3W1TA 5H91A 2XN1A 1SW7A 1TPWA 5HR6A 2FPYA 3QPYA 4K7VA 4JEQA 2J27A 3M43A 3KVJA 4N6EA 1GQNA 4Y9AA 3W7RA 3C0JA 3P67A 4FB7A 1DOSA 1T8XA 1R47A 3KFTA 3MYOA 3O07A 1AW1A 3P8IA 1ME7A 3MW7A 2R94A 3GZ3A 1XBXA 1T0OA 3I7RA 2G95A 3O6DA 2QUTA 3KVLA 5G2WA 3FYOA 4MY1A 2QCLA 3GR7A 4RK8A 3DFPA 4O53A 1LOLA 4BR1A 4HNVA 4AF0A 1VHNA 3W7HA 2BWGA 2QUUA 4FXRA 5CGQA 2ZRXA 4BI7A 1XCFA 4C1KA 2V8ZA 3C61A 4L4MA 4QM1A 3HOJA 1D9EA 2QDGA 1WX0A 3ABQA 3B05A 3EX4A 3TSMA 3TAOA 4HN4A 5AHNA 2QEZA 2VFEA 4LVFA 1WQ5A 2WKJA 4OE7A 1OK4A 5AHIA 1FY6A 1HL2A 1KBIA 2ZRWA 1R30A 1TPFA 2FTPA 2F7FA 4GWEA 1JR1A 4HNNA 3B04A 3S9YA 1QPOA 4JR5A 4U4MA 3ANYA 3B03A 3L5MA 3MYPA 3LCFA 3TW7A 4WD0A 4O11A 1EUAA 1I2PA 4NNCA 1VLIA 2C1HA 3WJXA 1UB3A 1R2RA 1KM4A 1MEHA 2X30A 1LDCA 3LXCA 1G7UA 3C6CA 2A0NA 1OFRA 3LV6A 4O16A 5IBXA 1O95A 4HIBA 5F4SA 1O94A 2B4GA 1SO5A 4LV9A 2DJLA 3UXAA 4WY0A 1SZEA 1UASA 3NQ8A 2VENA 4JY8A 4JTSA 2W6RA 4IXXA 3IGUA 4RX0A 3G1HA 3LM7A 1GYLA 3UXDA 2VFFA 3DU0A 3C56A 1PHWA 3HGJA 4N02A 4EF8A 1JCNA 2WNZA 2C15A 2H90A 1OF6A 5EYWA 3NQFA 4OV4A 2ZRVA 3QSTA 2VEKA 5DLCA 4RZ5A 4KFOA 1ICPA 5IBXC 5AOUA 2OCZA 3NL2A 2PRMA 3VI2A 3UZ5A 3UPWA 3WJSA 4ZL1A 5AHLA 1YDVA 4D2JA 3IIOA 1X8FA 4DF0A 3BK0A 3CWOX 3W1NA 4N4PA 4LW7A 3THAA 3EEGA 1HUVA 5K9XA 2A5HA 3GDKA 3M7WA 3QMSA 2FPTA 4IOTA 3NQDA 3NPVA 2EGZA 1N7KA 2CZEA 3EXRA 1AG1O 3PM6A 3PBUA 3EWUA 3M5VA 1U5JA 4N2YA 1KV5A 4IMCA 3FJ6A 2E5CA 2A21A 3CLMA 1TJPA 3W88A 1DJNA 3W1RA 2PCQA 2Y61A 1LLWA 1QDSA 3BGGA 3NQAA 1YDNA 4GUJA 3LRKA 1HG3A 1ZFJA 1A5SA 2VFGA 2YDAA 1NFBA 3K30A 4JIQA 3CWNA 3OG3A 4JYEA 2TMDA 4O4VA 5AN7A 1QPNA 2CZFA 1K3UA 1GEQA 4PTNA 1YADA 4E2DA 2E6AA 2E68A 1XDLA 2ABAA 3WJWA 4Z1CA 1D3GA 1PV8A 3DH7A 2VKZG 3NM1A 4LVAA 2RHGA 4JTEA 4BK9A 3QF0A 4ALDA 4BI6A 2FJKA 1OG0A 4X3ZA 3BLEA 3R8RA 1EP3A 3PAJA 1H7RA 1VZWA 2Q3RA 1AW5A 4M6PA 2Y89A 1PL9A 2G96A 2EAWA 1ZAJA 1FX6A 3UWYA 3T78A 4JDBA 1ONRA 1WBJA 3G8EA 1MO0A 1FCBA 1E51A 1K8YA 4NU7A 3W7MA 1XBZA 3GDRA 3DHFA 1TPC1 3ABOA 4TX9A 3ZWSA 3MBDA 3DFQA 1FBAA 4J9JA 5I3JA 3G1FA 3P62A 3A24A 1R46A 5C5YA 5BRBA 1EP1A 1KFLA 3HG2A 3PC0A 4IXHA 2I14A 4MYXA 4O10A 2OT0A 2H8XA 1Z41A 3PSVA 6ALDA 4NX0A 2C13A 4FXSA 3L0KA 2XFWA 1W5QA 5AFDA 3ZWTA 4FIQA 1G6CA 1VYSX 4A3UA 3T40A 3NL5A 1SPQA 4CQ9A 2X1RA 5DN1A 4A2SA 3TFCA 1H7PA 4MPQA 4YLWA 1L6YA 1W5PA 3QEZA 3N34A 3ABSA 3RNDA 2ISVA 3SGUA 2XN2A 3BW2A 2YX0A 3UZJA 3S5YA 1O60A 4QISA 4MZ1A 1OF8A 1HO1A 3S6DA 3QH2A 3LTPA 5KZEA 3LERA 4O0KA 1I45A 3V75A 2WJZA 2E1DA 3TMQA 4GE8A 5LSMA 4UCGA 3TV8A 1PIIA 1UCWA 1TCDA 1KV8A 3TQVA 1JRCA 1XBYA 4GC4A 3OIXA 4GUIA 4JTTA 2E6YA 2JGQA 1P1XA 2V0TA 4CLMA 2ABBA 1LOSA 3GXPA 4XWUA 4JYDA 2KZHA 4UTKA 3VKJA 4HPJA 3NO5A 1QO2A 1KTNA 1A50A 2C14A 3F1QA 5HWJA 3BLFA 3W1UA 2TPSA 4RZ4A 3OEXA 5F2IA 3QW4B 3KRUA 4ZQRA 1F74A 3G0UA 3TC6A 2QCNA 5C54A 2EHHA 3RLUA 3BV4A 2YYUA 1KTCA 5DBTA 1VGAA 4RR4A 4UXDA 1YTKA 3H55A 2GVLA 3LBCA 2XN0A 4ZQMA 3MBFA 1YYAA 1AMKA 2AQWA 1H1YA 4PODA 4UTTA 2B7NA 4N9DA 3N2XA 4NJJA 3W7QA 3MP5A 3TA6A 4TMBA 4KFNA 4AHQA 4LUJA 4NXSA 3M47A 3NZRA 4K36A 4WJEA 3NVTA 1XUZA 2H8ZA 3GXNA 4KKXA 1JCMP 1DKWA 4M7SA 3DFSA 1TTPA 3S1UA 1CW2A 2Y7EA 5LHEA 4XBKA 1XUUA 3L65A 3M6YA 2TRSA 3QPZA 2R8WA 4ONVA 4MIMA 5L9FA 3EXSA 1FWTA 5D2VA 3CHVA 1FQ0A 3LCHA 2Q8ZA 3NEVA 3STCA 3W23A 3EKLA 1LBFA 4TO8A 1AW2A 4GRSA 3NQVA 1H7OA 1ZAHA 7TIMA 3B0PA 2Y7DA 2JBMA 4K39A 1X7FA 2BZNA 3VE7A 3QM3A 4FX6M 1IIGA 1M5WA 4HHPA 3IIZA 3L5LA 4OU1A 2NWSA 5HULA 2CZ5A 3VCRA 1X1OA 3PVFA 4O0ZA 1FDYA 1W31A 1W5MA 5DCBA 3TE9A 3STGA 1X1ZA 3P7YA 4CNOA 3SZ8A 3LHWA 1NF7A 4Y90A 3SI9A 1UUMA 5E93A 4AWTA 1ME9A 3W71A 4UTUA 1MSSA 3G24A 3IRDA 4O14A 1OHLA 5LKYA 1VYRA 2TSYA 4LVBA 3TW6A 2WSQA 3T7VA 2OT1A 3JRKA 3G3DA 1TYGA 2HSAA 3RK8A 2E5BA 3W6YA 3QZEA 3Q94A 3HMJG 2AGKA 4MY8A 3PBWA 1A5BA 4AWUA 1LOQA 1VLWA 3T44A 1I2RA 2B7PA 4UFHA 2DZWA 3LOTA 4FHAA 5HUPA 1GVQA 1WBHA 1H7XA 3HIJA 3LLDA 5L6UA 5LNUA 3STFA 5CZ0A 1KM5A 2HMCA 3LHYA 5BMXA 1W5OA 3W07A 2J9ZA 4CCEA 3RU6A 4JTHA 3SFKA 2VFHA 1KM0A 2AAMA 4NQ1A 2QCDB 3USBA 3NPWA 2C6QA 3G3MA 5K4ZA 1S5VA 4E38A 3W74A 4HNUA 1H62A 4AMAA 4TIMA 2ZZ2A 2ZRYA 3M0ZA 4QNEA 4O28A 4GFSA 2X2GA 3FFSA 1DBTA 1VC4A 1YXCA 3BG5A 3S42A 1ZENA 3BGJA 1P4CA 5E1QA 5F2MA 4AHPA 1OABA 4JTIA 1IXOA 3IVUA 3YPIA 1TPDA 1ZALA 1XDMA 3DI1A 2ATMA 1OVDA 2VEMA 2Y6ZA 1G4EA 2NV2A 2RDUA 1OYAA 4Z08A 4JN6A 4Z0JA 3QMTA 3SW6A 3C2VA 3S5OA 3F4WA 1TTQA 1G4PA 2P10A 5FI8A 3W1AA 1NAL1 2QDHA 3W1MA 2C18A 1A5AA 4YCPA 3W75A 3VFLA 4PFMA 3LTYA 1P0KA 3MHGA 5AHMA 5LGXA 3O6CA 5HR7A 2DORA 4JNMA 2E77A 3F03K 1SQ7A 4GBUA 2NZLA 2LLEA 2ZRZA 4UFLA 1LYXA 3LCLA 1B9BA 1WOAA 1PCKA 3FKKA 4PL1A 1K7FA 3EX6A 1S3HA 3W2MA 4DEFA 4H3DA 4Z1BA 2J6XA 2WNQA 3MUXA 3L21A 4Z1AA 3GX9A 1WXJA 3EX2A 4XTDA 4WY0F 1I8JA 4IGHA 4NJGA 1GG0A 4BI5A 1DVJA 4UTMA 5F2LA 3ZS4A 5EY5A 1MEWA 4POCA 3G8RA 5AYYA 3W1PA 4WXZA 1OYCA 1FWNA 2FB2A 2OX1A 3LLFA 4ADSA 1AL8A 1YTEA 2WSRA 1LCOA 3M5ZA 4AVFA 3PB0A 3P61A 2ZRUA 1JULA 3W2KA 4UMCA 3UWUA 1G4TA 3DGRA 5I3HA 4EWND 1Z48A 2YW4A 1TQXA 1GZGA 3N3MA 2YXGA 4RV8A 3SIZA 1ZY9A 4Q33A 4UC5A 3GR8A 3NQ6A 1ZJIA 2ZA2A 2HTMA 1KM3A 3PBVA 3PR2A 5HWNA 4N9CA 4ORIA 3HF3A 3LXAA 1Q3NA 2E6DA 2H3BA 3TFXA 2YZRA 3QJAA 3GDMA 2Z6JA 3MHFA 2ZCGA 4I7VA 1LBMA 1G7VA 2NLIA 1GVFA 4MJZA 2J9XA 4A2RA 1LZOA 2C3ZA 3HPSA 3U6WA 3LCGA 2UV8G 1FWSA 5FF7A 2A2IA 3MO7A 3G1VA 1YTDA 3LRLA 1SU5A 3PY2A 3GXTA 3NQ7A 1IGSA 3M16A 4DO6A 3NL6A 2ATSA 2QJHA 5D05A 4NJHA 1TTJA 1GVRA 2ZQ0A 4FNTA 1L6WA 1TRIA 5CZSA 5FEPA 1GYNA 3QQ0A 4A21A 3TQKA 4E2BA 4S2CA 5KINA 1VRDA 3RLVA 4DQWA 3P8JA 4FX8A 4O54A 1GG1A 4TR9A 1LORA 4FNRA 4QNWA 5T26A 1YPFA 1TO3A 3A5VA 4R7JA 1TIMA 1O5KA 4UTHA 3L9CA 2VELA 3DZ1A 2G97A 3NOEA 3QQ1A 5D38A 5FEXA 3HO8A 2E09A 4TU1A 3SECA 1OK6A 3UYCA 1XI3A 1UUOA 2FLIA 4O57A 4UTLA 3NR0A 1FCVA 1JCJA 1P0NA 4LRTA 1VS1A 3HQ1A 4AHOA 2QCCA 3FLUA 3GYEA 1VCVA 4JICA 1EPXA 3W2NA 3WK2A 1QOQA 2C19A 3LDVA 3S5NA 5BOOA 2CLOA 4XKYB 5BNKA 4LWWA 1F5ZA 4O12A 2WV8A 1KM2A 4CQAA 1XFBA 2JGYA 1NSJA 4WUIA 3DFNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1YPIA

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