1YPI | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of yeast triosephosphate isomerase at 1.9-A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	85
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1990-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ypiA00

1TREA 5FI8A 4OE7A 3LCWA 1XBZA 1THFD 2AGKA 5L9FA 3HB9A 1YTEA 4L4LA 2E77A 2FIQA 3QSRA 5G1TA 2NXGA 2EGZA 2ZTKA 3PSVA 3G8EA 2QR6A 1VJIA 1OJXA 1JCLA 1Z48A 1LDCA 1X1OA 3TKFA 3WFAA 4NJJA 3EXTA 1KTCA 4JYDA 1EIXA 3MI3A 2YSWA 2FFCA 1QPRA 5F1VA 3M0ZA 1TB3A 4LWWA 1PCKA 3FIGA 3GDMA 4O13A 4GUIA 2TRSA 2VFFA 4Q33A 1RR2A 4FHAA 3S9YA 4X9SA 2VEKA 3ZFHA 5IBXA 4WY0B 1EUNA 1TTIA 2CZDA 4MFDA 2G96A 1JUBA 1ME8A 4ZQRA 1VLIA 3HO8A 4OT7A 3MI2A 3P84A 3RNDA 3QW3A 1ALDA 2Y85A 3KAOA 4MFEA 4C1LA 3TFXA 4IUOA 4HPXA 3IVSA 2ATMA 1L6SA 5F4SA 5BW6A 4JTTA 1IXNA 3FYPA 2R8WA 1TQXA 1DORA 5D37A 3WK0A 2NV2A 3STFA 2B7OA 4ZL1A 2PRHA 1LOLA 3LGEA 2HS8A 3NL3A 1MEIA 1DQXA 3LCFA 2FDSA 3BARA 3QJAA 3STCA 5F2IA 3LCHA 1SZNA 1Q6OA 2HTMA 5DXXA 4YL2A 4S2CA 3SGUA 4RV8A 3CLMA 1FXPA 2XN2A 4IXHA 4LT9A 1G4EA 3N9SA 1GZGA 3FJ6A 1XI3A 1PHWA 1U83A 4NJKA 3L0KA 2A85A 2TYSA 3TA6A 2ZBTA 3CM4A 3G8RA 3OBKA 1TJPA 4PL1A 2E5CA 2ZFAA 5LKYA 5KZDA 3BK0A 3W2KA 1XBXA 1I45A 4OV9A 1ZY9A 2CFFA 2UV8G 3M5VA 4GUGA 4BI5A 4X2RA 1VQTA 3VNDA 5KMYA 2GUUA 2NUWA 2I14A 1YDOA 1W1ZA 1UB3A 4UFLA 5DCDA 1LBLA 1Q6QA 4LV9A 3DFQA 4XWUA 3MJYA 4DF0A 4LVBA 4YMZA 3HF3A 2JGQA 4LVDA 2R94A 2OZ0A 2Z6JA 3CEPA 4JIQA 1T0OA 8TIMA 1KM2A 4NQ1A 3S6DA 3BG9A 5EA9A 1DQWA 2V2DA 4JY8A 5AHEA 3S1XA 3B0VC 4TX9A 3RU6A 3D0CA 1TPUA 1IIHA 4IMEA 4AWTA 3TSBA 1N7KA 1JVNA 1GVRA 1SZGA 3RF9A 4CNOA 3R89A 4FNSA 2Y7FA 4AF0A 2GJNA 1GEQA 3MBDA 5I3IA 2G95A 4BWLA 2H6RA 1RQHA 2H3DA 3R2GA 4JX5A 4K36A 4DELA 1Q3NA 4JYEA 2V2CA 1QOPA 1W5OA 5LNUA 4MVAA 5E1QA 1Y0EA 1RQBA 4K39A 3W7JA 3W7NA 4NNBA 3UWUA 4NXSA 2QF7A 4XBSA 4UTMA 4LRTA 3CWNA 3MP5A 4UNLA 4EIVA 1TRIA 2PC4A 4UMCA 3WJXA 3IGXA 1LRTA 3V75A 2A6LA 2DJXA 2X1UA 1Z41A 4TR9A 3UY7A 1LTDA 2C16A 1WYIA 4ALDA 2A7RA 1H62A 4NJGA 3UWYA 2YFOA 1F76A 4UFKA 5EYWA 1L9WA 4ICNA 4FNTA 2G5WA 4A22A 2QCCA 3UPWA 2TPSA 5D32A 4ZQPA 2O7QA 3IIVA 1ZNNA 4AWUA 5H2ZA 4EOUA 1QNVA 1OHLA 2RDWA 1GT8A 5G1YA 3W72A 2ZZ7A 5DN1A 3LLFA 3W1NA 2Y7EA 3S8HA 3O6CA 3VCRA 1SUXA 3GR7A 3B4UA 5HR6A 3W23A 3GAYA 5AHIA 1EWDA 1E51A 3I6RA 5A5WA 2DZVA 3UZJA 3LOTA 5AC7A 4NNCA 2Z2UA 1FWSA 1EX5A 3W7OA 4YCOA 3P74A 1FWWA 1OFAA 4UFJA 3UNDA 3H54A 3NYZA 1JCNA 4FNUA 4BF9A 1QCWA 3QMTA 1XFBA 2Y63A 3T55A 5KZMA 4MZ1A 1H1YA 4IJBA 2ZDRA 4JEQA 3LX9A 5HWMA 1K7EA 2FPVA 3PULA 1M7PA 3QZEA 3NPWA 1YDNA 3DKJA 1PS9A 4GFSA 4Y6GA 1OYBA 5KZEA 1T99A 1BEUA 2ZRZA 4RZ5A 4RCXA 1G4PA 1WOBA 4MPQA 3TC6A 1W5QA 5BMXA 3CPRA 5AHFA 1JQVA 4TU1A 2QCHA 3O6DA 2X1SA 4M6QA 2Z6IA 4JXCA 4FX8A 4PEKA 4MJMA 4XKYA 5D09A 1S3HA 2ZA1A 4ZMGA 2RKXA 3GXTA 5AOUA 1VGAA 4MUZA 1LYXA 1VS1A 1FY6A 2WV8A 3NL2A 4ZQNA 1VZWA 4ML9A 4KKXA 5HWNA 1UUOA 4H6KA 3BPWA 1FX6A 2QJIA 3H53A 4HHPA 5FF3A 3BW3A 5ABTA 3K30A 2ZA2A 2DJLA 4LS0A 3UQNA 4JS3A 1A5AA 5HR7A 2VKZG 3NM3A 2J88A 4UCGA 1W3IA 4PTNA 3IGSA 1I2OA 1SW3A 2DZUA 3HIJA 3C3NA 2ALDA 3N2XA 4FXSA 3E49A 3HG2A 3LXCA 3DGRA 3TQVA 3KFTA 1NF0A 4DQWA 3ABOA 1VLWA 3TK7A 2BTMA 1H7WA 3B05A 2I9EA 2E5DA 2DZTA 3HGSA 3W2NA 3RK8A 4HNUA 3W73A 4QJ1A 5A8GA 2YCEA 3KRZA 5J5DA 3N34A 1FCVA 2W0UA 2FB3A 3KX6A 2WO5A 3TFCA 3KVJA 3UWQA 1K03A 3W84A 4LRSA 1P4CA 4WOQA 4HNTA 3CB8A 3W7KA 1JJKA 2BLEA 4AEOA 4UR7A 2A0NA 2NZLA 3TW6A 3TQKA 2ABAA 2ZTJA 5AFDA 3QQ0A 2ZZ3A 3M6YA 4QITA 3O06A 3KVMA 5DXYA 5CZSA 3TCEA 3SW6A 3UYCA 2CLEA 4EWND 5BNKA 2YGYA 4XQ6A 4GUJA 3W7GA 3M47A 1XUZA 1F74A 3BLFA 1X6UA 2ZZ1A 4YXGA 4LUJA 1SU5A 2H90A 3I7SA 3PBWA 2V30A 1X7FA 3MYPA 3SZ8A 4DO6A 3EX4A 5D05A 1H63A 3DKLA 5K2ZA 1KM6A 3EWWA 3EX3A 1K7FA 1R2TA 1O5KA 4UMBA 2OX1A 3PUEA 5DY3A 3EXRA 4H4IA 3OEXA 4ADTA 1T96A 3MMTA 4DO5A 3P8JA 5CPNA 1SQ7A 3G1VA 3O63A 3W1PA 2A1YA 2GPTA 3T40A 2R91A 3IGUA 1NVMA 3SJ3A 4A3UA 5AB3A 4IMDA 5IM51 4N9CA 2Y89A 1GQNA 3PF3A 3SGZA 1G4SA 4UTWA 3UPBA 4IQLA 3VE9A 3IIOA 5TBOA 1WV2A 1FCQA 3MYOA 4DBDA 3I7RA 1UBSA 3IEBA 2CLHA 3W2LA 2CWNA 2ZRUA 4AF0B 3ATZA 4QQ3A 1GYNA 1WBJA 3NR0A 4NU7A 3BG5A 3U6WA 3EWBX 2QCGA 5KITA 5CPMA 3T44A 2LLEA 4A2RA 1SZFA 2E6AA 3NQ7A 4PL2A 1BWKA 4Y96A 5GVJA 1QO5A 1IGSA 5TQLA 4O18A 1DVJA 5LZLA 2YR1A 2DZXA 3TX9A 2JK2A 1VPXA 1DJQA 1B3OA 2Z1BA 3R12A 3HPSA 3O16A 3N3MA 1RPXA 3DH7A 3LRLA 3L5LA 4UIOA 4RXFA 3GZ3A 1R2RA 5MHBA 3JS3A 5FEWA 1O94A 2WSRA 5CGQA 3W7DA 2C6QA 3MWAA 3CIXA 3QMRA 4KFNA 4DEFA 5HWJA 2X16A 3O1NA 3NA8A 2VFGA 1F7BA 1TPEA 1A5BA 1KM5A 1W5MA 1CX9A 2Y7GA 1EP3A 2P0OA 1W56A 3CWOX 3V1PA 2D73A 4O53A 3HG4A 3G0UA 3P67A 3W1TA 3P62A 3G1DA 2OJPA 3NAVA 3W1RA 4WQ6A 1RZMA 1R46A 3W1QA 4WX2A 1JCJA 4H3DA 2Q3OA 4Y90A 5EPDA 1IXOA 1MO0A 4PFMA 2ZQ0A 1NAL1 5HJLA 2B7QA 2JKPA 2NX1A 3W86A 3MUXA 1MZHA 3PBUA 3NQAA 4Z08A 4JTIA 1S5VA 3QFEA 2Q3RA 3N9RA 4MYXA 1LROA 3U2OA 1GWJA 2F7FA 4UR8A 1EA0A 1L6WA 1UASA 2CZEA 1Q6LA 3P81A 3B0UX 3UXDA 4KWWA 4WUIA 2B7NA 4S1FA 2VC6A 2VOMA 4RZ4A 2YDAA 3IVUA 3UXAA 3PB2A 2VXNA 1JRBA 5K3VA 3M5ZA 4RZ6A 1K02A 1UCWA 3OVRA 4U4MA 3DU0A 4CQ8A 2WNQA 5I3KA 3HPZA 1VRDA 2NXIA 3L5MA 1O5XA 1TCDA 1VCGA 4X22A 1EP2A 3RLUA 3W83A 3WK3A 1JCXA 2J27A 4GNJA 3DBPA 2VEIA 3BLIA 4JD4A 1W8SA 1K8XA 5D30A 3LCGA 3B06A 2BX7A 4AB4A 5BRBA 4JX4A 4O14A 4UNKA 4XKYB 1TTJA 2CLMA 5C5YA 1UUMA 2QCEA 1PIIA 4ONVA 3TH6A 2CW6A 1LBFA 4FX6M 1VCVA 2Y62A 3W87A 3LLDA 3FJLA 3W1LA 4JX6A 5T26A 2QKFA 1TV7A 1KA9F 3M5XA 3SFKA 1QAPA 2Q8LA 1IXQA 3C2RA 3LHYA 4FEZA 3L66A 1H7PA 3QPYA 2NUXA 5LSMA 4LUIA 3LV6A 1SFLA 4YWIA 3NPVA 4Z1AA 3LHTA 4JTHA 3TC7A 1ZFJA 2QUUA 4Q4KA 3BW2A 2BWGA 3W7HA 3ZWSA 1OVDA 2FQIA 3P80A 5H91A 3S1WA 4FXRA 1MEHA 1AL7A 2ZZ5A 2QAFA 3NOEA 4GUHA 1VH7A 1LRNA 1OFDA 4XTIA 1EWEA 4C1KA 3M16A 5F2GA 3L0NA 3TAOA 3TR2A 1ONRA 1P0KA 5CZ0A 5D2WA 1YDVA 3S1VA 4XUGA 4A29A 2R14A 2ZRXA 1A5CA 2V5LA 3MBFA 4MYAA 5HINA 2YFNA 2B4GA 1VC4A 3DHFA 3FFSA 5U7SA 1JUKA 3S5ZA 4HKPA 2VELA 1QMLA 4WZHA 3EX6A 3Q58A 4JDYA 5K9XA 1OFBA 3G18A 1NF7A 1XKYA 4O10A 6ALDA 4IX2A 3R13A 1SSGA 3BW4A 4WY0F 1OF6A 3CTLA 3GXNA 4TMCA 1HG3A 2A5HA 1G4TA 3NGJA 2EF9A 1KFEA 1XUUA 1FWTA 2Y70A 3W7PA 5CSRA 3ZS4A 3LBMA 3M9YA 1WA3A 5CSSA 4E38A 3PG8A 4AHQA 3STGA 2VFHA 2QDHA 4RJEA 3AJXA 1GYLA 5EBUA 1G7VA 3LRMA 2DZWA 2GVLA 3A23A 2A6NA 3GDLA 3WJSA 1KM4A 1TPC1 3HGRA 4ADUA 5AN7A 4JTSA 3C52A 1YLVA 3LI1A 3S5OA 2CLIA 2H3BA 3CT7A 4AHPA 2V5BA 3G1XA 3NQGA 3DAQA 1N55A 4K38A 1DV7A 4O4WA 5HUOA 2Y6ZA 4JTFA 1GG0A 1FBAA 2YZRA 3MHGA 1KV5A 2YW3A 4YCPA 1I8JA 2ZCGA 1W0MA 4I7WA 5DBTA 5F2LA 1FCBA 3DFTA 4AXKA 1ICQA 3IIPA 4QNEA 1YXYA 3DFNA 3UY8A 1HUVA 5LNSA 3W76A 3PY2A 1KFLA 5CG7A 4BR1A 3PBYA 4Z1DA 1TO3A 1XCFA 1V5XA 5FF2A 4GC4A 3LTSA 3M44A 3STEA 4UMAA 4UTWC 3O15A 5D33A 5G2IA 4GE8A 3QF0A 1LOQA 3N14A 2NLIA 3W22A 3TUUA 3CU2A 1QO2A 1TQJA 2EKCA 5BMWA 3CIWA 4N2YA 3ZWTA 3OA3A 3KXQA 7TIMA 1OX6A 5K4ZA 1X8FA 3W9ZA 1B9BA 3PUOA 4FX7A 1W31A 1D9EA 3TNOA 2C0AA 3NQCA 1LRQA 2V2HA 3ANYA 5FEZA 2RDTA 2EAWA 3FS2A 3KRUA 4FNPA 3MP3A 1N8FA 4OGZA 1RQEA 3ELFA 4O1BA 3TV8A 2PRLA 1O4UA 2HMCA 1G6CA 1OG0A 4CLMA 4FIRA 4M19A 2E5BA 2H8ZA 5KTLA 4LTSA 4Y8FA 3F03K 5FEPA 3SECA 1JULA 3KVLA 2Y61A 4R53A 3M5YA 2JKEA 1OFOA 3FYOA 2C3ZA 3INPA 3W1XA 5LHFA 2TSYA 4O4VA 4QNWA 2FTPA 4UXDA 2PRMA 4E2BA 1OX4A 2QJGA 2E6YA 2QCDA 2CU0A 2QAPA 3E0IA 1H61A 4IPIA 4K8HA 3NZRA 2GQ8A 1F6KA 2TMDA 1P5BA 2HS6A 1ICPA 3PUDA 4JYFA 3PB0A 3C6CA 3DFSA 4WXYA 4UTHA 1TSIA 3A9IA 2A2IA 3TXZA 5I3HA 3LV5A 3C2EA 1ICSA 5G4EA 2V8ZA 4MY8A 4GXMA 1S5WA 3QM3A 4O19A 4ZQCA 2ZZ6A 3W75A 1R47A 4KFOA 4O1CA 3LCXA 2ATSA 3NZ1A 1PE1A 3G22A 2JBMA 3EX1A 3I68A 4NJIA 3NNTA 2DORA 1ZAHA 1U5JA 4XZ9A 1LOSA 3B0PA 3PBVA 3P5YA 3DZ1A 1VYRA 3M41A 1KLZA 2RH9A 5LNVA 3W3OA 5G5IA 3I65A 5C54A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1YPIA

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