1YXYA

Crystal structure of putative n-acetylmannosamine-6-p epimerase from streptococcus pyogenes (apc29713) structural genomics, mcsg
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
KPTKEKLMEQLKGGIIVSCQALPGEPLYSETGGIMPLMAKAAQEAGAVGIRANSVRDIKEIQAITDLPIIGIIKKDYPPQEPFITATMTEVDQLAALNIAVIAMDCTKRDRHDGLDIASFIRQVKEKYPNQLLMADISTFDEGLVAHQAGIDFVGTTLSGYTPYSRQEAGPDVALIEALCKAGIAVIAEGKIHSPEEAKKINDLGVAGIVVGGAITRPKEIAERFIEALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Streptococcus pyogenes
publication title The 1.6 A crystal structure of putative N-acetylmannosamine-6-P epimerase from Streptococcus pyogenes
rcsb
molecule keywords Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
total genus 79
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.9: N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase.
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04131 NanE Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1yxyA00
5EKYA 3HO8A 4BR1A 4K7VA 1Q6LA 1VYPX 3NG3A 3UYCA 5KZMA 4JIQA 3SGZA 3UQNA 3LHUA 3G0XA 2RDUA 2H8XA 5D09A 2WNQA 1QAPA 3DI1A 1H50A 3P5ZA 2EAWA 5I3KA 3C56A 1GYNA 1FBAA 1I45A 1TPVA 4B5NA 1ICPA 4JX4A 3CT7A 2CLOA 1D3GA 4UTTA 2NV1A 3BW4A 5G2WA 1EIXA 3SJ3A 2CLKA 2B7QA 2TSYA 3L5LA 2WSYA 3S5NA 3FIGA 4JYFA 3JRKA 4PFMA 3W1NA 4KKXA 3T78A 4Q4KA 3O63A 3TU9A 3VFLA 1YTDA 3FYOA 4O1CA 5DCDA 1YXDA 1R30A 4FB7A 1SQ7A 5KZDA 1G67A 1I2QA 3UWVA 4HT3A 1WQ5A 3OG3A 2E5DA 4RR4A 3MJYA 3TE9A 1J5TA 3M6YA 1L6YA 1VGAA 2C19A 3LERA 3GR7A 4Z1AA 2O7QA 4H4IA 3O6CA 3FYPA 5I3FA 3EKZA 4XQ6A 4E0CA 3HJZA 4N02A 4NT0A 4NJJA 2QCDB 4N9CA 3W1PA 4PA8A 4OHQA 4M6VA 1DJQA 5DELA 1NF7A 4LV4A 1ZJIA 1JCXA 3KVLA 3LTPA 4EVZA 2RH9A 1W3IA 1KFJA 5I3HA 1J2WA 3G8RA 3UWYA 3CU2A 1M7OA 3LTYA 4WXYA 1F05A 1AG1O 1LDCA 1ZCOA 2WSQA 4GXMA 3OIXA 3G18A 4RKAA 3QH2A 4OGZA 4WY0A 3GDMA 3HIJA 3W2MA 3NPUA 3BG3A 3PBVA 2YZRA 3W23A 3MW7A 4UTWC 1CI1A 3NA8A 1QO5A 3GZ3A 3RLVA 4AHQA 3C2OA 5AN7A 3L66A 1TQJA 3EXRA 3B04A 2E6YA 1GG0A 4NJHA 3NYZA 2TRSA 2ZRWA 3I7RA 3TQ0A 2JKPA 1LLZA 4RZ6A 4Z1CA 1KM3A 1YYAA 5L6UA 2E77A 3VE7A 4WY0F 1ICQA 4UTIA 2VEMA 2QCHA 1MEIA 2V81A 3NQFA 5DXYA 1O4UA 1PL9A 1TV5A 1SZEA 1UASA 3Q37A 1S5WA 3TFCA 1O95A 3GR8A 2X1UA 2CLMA 2Y70A 1XBXA 4DO4A 1G4EA 4NJKA 5D05A 4O18A 3HG3A 3LHTA 3ABOA 3KVJA 5D03A 3S1XA 3TW6A 1ZAIA 2WQPA 5AHIA 3L65A 4ZQMA 3NQAA 1ZENA 2A5HA 2V2CA 3N19B 5CPOA 4UTMA 2YW3A 1JUEA 2RKXA 3MP3A 1EWDA 4WJEA 3THQA 1JVNA 2P10A 4R34A 2ZTKA 5G1YA 4QISA 3NQMA 1H7PA 1SW3A 4L4LA 2QKFA 3TQVA 1E51A 1OF8A 2QDHA 5G4WA 1F6KA 3KVMA 5LGXA 1JCJA 4NQ1A 1VCVA 1A50A 3A21A 1AL8A 3H54A 5TQLA 4CLMA 3MI3A 1DJNA 1W5QA 4MY9A 2E5CA 3L0GA 2JK2A 1G7UA 3W85A 3OA3A 5HMSA 2WOQA 1BKSA 2ZA2A 4K38A 5C54A 4UTWA 5HR7A 3S0CA 3IRDA 2HTMA 3KX6A 4A3UA 3QF0A 3FFSA 3TAKA 1FCQA 1TTIA 1PS9A 3QMSA 3DH7A 4UUIA 3G1AA 1ZY9A 2JBMA 4E2BA 1KM6A 3ZFHA 1FX6A 3QSTA 1G7VA 4LV9A 1TPUA 2OX1A 4JIPA 4O4WA 3GNNA 4UTUA 4LVDA 1D9EA 3DHFA 2PURA 1Q45A 4XBKA 3WJWA 1FWTA 5AFDA 3FJLA 4FNSA 3ANYA 3N34A 1AK5A 1EPXA 3IGXA 3I7QA 3NZRA 4FX7A 2C0AA 5F2IA 3ZS4A 2Z2UA 1NEYA 3SW6A 1I4NA 1B9BA 1T0OA 1A5BA 3TC7A 1FCVA 1I2PA 3UXDA 1W54A 4O11A 4IGHA 4WQ6A 2VEPA 3G0SA 4TIMA 3CB8A 4Y96A 3HPXA 3W2UA 4LS2A 3N14A 1KFBA 2H6RA 4OT7A 2Y7GA 3TKFA 1YDNA 3GIYA 1O94A 4CCEA 1TIMA 1TMHA 4IXXA 3ATYA 1W56A 2P1FA 5FEZA 3U2OA 2CZEA 3W7HA 3BLFA 3DFTA 3FA5A 3P8IA 1R2RA 1DL3A 3NQEA 4BK9A 4PH6A 5DXXA 4NX0A 2ZZ2A 2YYTA 5L9FA 1AW5A 1OYCA 3PBWA 2CLFA 2BXVA 2YCEA 2H3DA 1S5VA 3CHVA 2NUXA 2D73A 3NQCA 4C1LA 2E09A 3VNDA 1IXOA 1F7BA 2F7FA 3M47A 3W74A 1QPOA 1CW2A 5EYWA 1OFPA 3G24A 3E02A 4OV9A 3UZJA 2IQTA 1FY6A 3NPVA 2EF9A 4Z0SA 2VENA 4O19A 4UIOA 2E1DA 4RXFA 3DU0A 4LY8A 5LNSA 1WBJA 5LHEA 3BW2A 3UWZA 3EX1A 1IIGA 3LCFA 5AC6A 3P62A 3SY5A 5C55A 4XKYA 3W7LA 2GUUA 3MBFA 1JCMP 3VE9A 4K36A 3PBYA 2VFGA 2AQWA 2DZWA 3NQ2A 5LNWA 2ZQ0A 5F4XA 4HSOA 1PHQA 5F1VA 3BARA 2JGYA 3TV8A 4WZHA 2DJXA 4QQ3A 4HNTA 1NVMA 3W88A 3NO5A 3QJAA 3T40A 3TX9A 2GQAA 4DEFA 1WAUA 5J5DA 5LNUA 1EX5A 2E5BA 3ATZA 3DBPA 3GKAA 5DLCA 1OX4B 1RQEA 1W5NA 1I2OA 3SECA 3DFSA 3STFA 4ML9A 4DO6A 5G1TA 1W8SA 2QCFA 1DHPA 3TSMA 2Y7DA 2WNZA 3P81A 1EA0A 3NR0A 1DOSA 3SR7A 2BLEA 1G4TA 3S1WA 4Q32A 1XXXA 2OMAA 3UD6A 1PE1A 2Z6JA 4AH7A 1OABA 3L0KA 3U6WA 3W1TA 3LTSA 1RQBA 5I3IA 3G1FA 3LCGA 5BW6A 3KRUA 3N2XA 3PF3A 4YCOA 1LRQA 3LXAA 4HSNA 4XTDA 4MZYA 1OYAA 4O14A 2EGZA 3Q2DA 2JGQA 3O05A 3TROA 1EUAA 5CZJA 1H1YA 3P67A 3MMTA 5BMWA 1OFAA 3CTLA 1XCFA 3A5FA 2CZDA 2Z0IA 2X2GA 4L4MA 4OE7A 2O7SA 1GYLA 3KVKA 3G1XA 5D04C 1K7FA 3SIZA 1VR6A 2DZPA 3PBUA 3ZWSA 1ZFJA 1F2JA 3BO9A 3GXNA 3WJXA 3O8AA 3E0IA 1FXPA 4C1KA 3TXZA 1KBJA 3DI0A 4XBSA 1XL9A 1LBMA 4JTFA 1YPIA 1SW7A 2CLLA 4AWUA 1TREA 1K7XA 2HS8A 3NOEA 3DZ1A 4JICA 5D30A 3U8GA 4R53A 3THAA 5CSSA 3B05A 1T96A 2Y6ZA 4HNNA 1F73A 3M7WA 4MIMA 4KFOA 3STCA 5HQEA 4JYEA 3B4UA 3BG5A 4YXGA 4S2BA 4UTTC 1LBFA 4NXSA 5KMYA 3C52A 3LRKA 3G1DA 4E2DA 1VH7A 2QF7A 3A24A 4FXRA 3LGEA 3RK8A 4BWLA 1ICSA 1YADA 3W1LA 1OG0A 2YXGA 3DFOA 5K2ZA 3KAOA 3ABRA 3V75A 1ZHAA 2ZRZA 2E6AA 1X1OA 1PIIA 1VPXA 3USBA 5D32A 1DQWA 5T26A 4AHOA 1T8XA 3OVRA 3TJLA 1A5AA 1VHCA 1HFBA 2Y88A 1RPXA 1HO1A 1W1ZA 4M7TA 4TMCA 5D2TA 4LC6A 4TO8A 5KSWA 2ZDRA 1ONRA 1SZGA 1TV7A 4PODA 3NPWA 3M43A 4IX2A 4UFIA 3MP5A 4RCXA 2GPTA 1QCWA 4OQVA 4QSHA 3FLUA 1MSSA 4K7YA 4MZ1A 4GC4A 1NFBA 5BNKA 5F1UA 1QNVA 1FCUA 3UPBA 1TTQA 5CZTA 4FIRA 2Q8ZA 2NX1A 4JX6A 3TMQA 3IVTA 2GVGA 3KXQA 3NZ1A 3FKRA 1LOSA 3IVSA 4UR8A 2ABAA 4WY0B 2Y61A 3HBLA 3S5OA 4OBTA 5DBTA 1QMLA 2WNNA 3N9SA 4UMBA 3QC3A 1EB3A 3M5ZA 1TB3A 2X1TA 1XDLA 3WK0A 1SO3A 3BV4A 3QMRA 4W9TA 1FDYA 3W1UA 1NSJA 3ABQA 4X9SA 1RR2A 1Q6RA 2FLIA 3EWUA 2TMDA 3W3OA 5KZEA 3G22A 2ALDA 3I68A 3SZ8A 1ADOA 3BPWA 2YX0A 2VC6A 4EF8A 5LNVA 4WUIA 1LROA 4M5PA 4U28A 2J9XA 2WKJA 2WPBA 3CC1A 3I7SA 4UNLA 1A5CA 5FF4A 5AYZA 4HNUA 2G96A 2F84A 3TK7A 4J9JA 2G97A 4UTKA 2NX3A 3MHFA 3I6RA 3PAJA 3O6DA 1FWSA 1SZFA 5DCEA 3O07A 3MI2A 4XTIA 4KWVA 4EWND 4PL1A 3T4CA 3IIZA 1OFBA 3FEMA 3ELFA 4TR9A 1KFLA 3P8JA 3W2KA 1JRCA 1P1XA 3LOTA 3QM3A 5D2YA 4AXKA 4MUZA 4JYDA 1W5OA 4K6AA 2NXIA 2XN2A 3GKFA 3W7QA 2VFDA 2WSRA 3NL5A 4NZJA 1LTDA 4CNPA 1ZAJA 1GVOA 1YTKA 3W7GA 3RLUA 4JX5A 4BI6A 1QOQA 4UMCA 4PC8A 2ZRUA 3KRZA 4LU0A 1QWGA 1HG3A 5D02A 3M16A 5E0KA 4A29A 5E1QA 4WD0A 5G2HA 4FNTA 4CCDA 2A0NA 1GTEA 3DFQA 1F6PA 3M1ZA 1EP1A 1JQXA 4OV4A 3NQDA 4GNJA 5K7JA 2BX7A 1WBHA 4R7JA 2X1SA 2VOMA 4POCA 3E49A 3E9AA 2QCGA 5F2GA 4IWWA 1KM1A 2RDWA 3UWUA 4LRTA 1BWKA 5KITA 1EUNA 4AEOA 2Y62A 2ZTJA 1SFJA 3UPWA 1XI3A 4N9BA 2PRHA 4JGDA 3R12A 3TC6A 4JD4A 1K8ZA 2EPHA 3KRSA 4MY8A 3W7IA 1XBZA 3LHWA 3G1HA 4UFLA 1GEQA 1QPNA 4QM1A 3N9RA 4P2VA 3BLEA 2QR6A 1KBIA 1J4EA 2YR1A 2NX9A 5C5YA 3NXFA 4H3DA 4BI5A 4GUIA 3VCRA 2V2DA 5LHFA 5J5RA 4CQAA 1R2SA 1TTJA 1B57A 3EWYA 3EEGA 5DCBA 2W79A 3S9YA 3C2EA 1LOQA 2ZZ5A 5HR6A 2C1HA 3NEVA 3M41A 3CQ0A 4JTIA 3IEBA 3LRLA 1SW0A 1VZWA 3C6CA 3TA6A 1LOLA 3EX4A 3DGRA 3STEA 3W1XA 3C61A 4MVAA 3W86A 1OK6A 2CW6A 4O28A 3LXCA 4JTTA 4I7UA 3IIPA 1W5MA 2W0UA 3SFKA 4ZQRA 5TBOA 3S1VA 1W5PA 5KINA 2A7NA 1JJKA 4JTSA 1K02A 4K8EA 1L9WA 4DF1A 1KM0A 5FEPA 2VEKA 1MZHA 4FO4A 1ME9A 4UTJA 5AYYA 2H8ZA 5F4SA 1CX9A 2V5BA 1KTBA 4A2RA 3DKLA 3W7OA 2QCCA 5FF7A 3HPZA 4IMFA 3LCLA 4FX8A 4EOUA 3EX6A 2WO5A 2Y85A 4XKYB 1TPC1 1OFQA 1H7OA 3GB6A 3H55A 3KFTA 3QZEA 4IMEA 5LKYA 3G0UA 2ZRVA 3QW3A 4UXDA 1BEUA 1TTPA 2CLIA 4NNCA 3M44A 3Q94A 4K8HA 1ZAHA 2HSAA 3BK0A 1H7WA 4HPJA 4ZQOA 3TSDA 1C29A 1TRDA 5HNRA 1KM2A 2ZYFA 5F2MA 3QQ1A 3G3MA 3GX9A 5EBUA 4DF2A 3LCIA 4LT9A 5CGQA 2QUUA 4NNAA 4YWIA 1H62A 3K30A 3HMJG 2XN1A 4N9DA 4IMCA 5I3GA 4G1KA 3NQ8A 2VFIA 2B7NA 4O1BA 4ZL1A 4WOZA 2QUTA 1PHWA 2QAFA 3MUXA 2E6DA 4X22A 4AWTA 3STGA 4JS3A 3WJSA 2V5LA 4IMGA 4RXGA 2LLEA 3HGJA 5DN1A 3NL3A 4ONVA 1SO5A 1SZNA 3TCEA 3NL6A 4MOZA 1GVQA 2R8WA 1RV8A 5DBUA 1WV2A 1K03A 3NNTA 3WJYA 1IXNA 3LV6A 3VKJA 4MLRA 5K9CA 4Y90A 6ALDA 1JULA 1GOXA 3MO7A 4ZZ9A 3JR2A 2VXNA 3W87A 5K3VA 3A22A 3GNDA 1XM3A 4O1AA 1YPFA 2ZBTA 4HIBA 1SUXA 2GVLA 4IPIA 1LORA 3GDRA 5G5IA 1H7RA 1MEWA 5HULA 2FB2A 4XWUA 4IMDA 4UFMA 2C14A 2ZFAA 3RU6A 4DF0A 4ADSA 4AAJA 4HKPA 3L5MA 4GUGA 2GVJA 4HPXA 3MI6A 1HL2A 2VFEA 5CKSA 4LS1A 1OX6A 3IGSA 3T44A 5HWNA 2WV8A 5K4ZA 2J88A 3CPRA 4N2YA 7TIMA 4AHPA 4Z0JA 3D0CA 4EF9A 1L6WA 4JTEA 1GG1A 1GPWA 2J27A 1ME8A 1TPDA 4O54A 5AHFA 2J9YA 3L9CA 1VRDA 2NZLA 1LRNA 3HGOA 5EPDA 1OYBA 3G8EA 1GVFA 5HUPA 2XN0A 1KM5A 2PRMA 3N2MA 4YL2A 1N8FA 4LTSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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