1YXYA

Crystal structure of putative n-acetylmannosamine-6-p epimerase from streptococcus pyogenes (apc29713) structural genomics, mcsg
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
KPTKEKLMEQLKGGIIVSCQALPGEPLYSETGGIMPLMAKAAQEAGAVGIRANSVRDIKEIQAITDLPIIGIIKKDYPPQEPFITATMTEVDQLAALNIAVIAMDCTKRDRHDGLDIASFIRQVKEKYPNQLLMADISTFDEGLVAHQAGIDFVGTTLSGYTPYSRQEAGPDVALIEALCKAGIAVIAEGKIHSPEEAKKINDLGVAGIVVGGAITRPKEIAERFIEALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Streptococcus pyogenes
publication title The 1.6 A crystal structure of putative N-acetylmannosamine-6-P epimerase from Streptococcus pyogenes
rcsb
molecule keywords Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
total genus 79
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.9: N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase.
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04131 NanE Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1yxyA00
2YCEA 3N2XA 5LNWA 4ZQMA 2QCHA 2OX1A 3BW2A 3UWYA 3TXVA 1TIMA 4R33A 3LI1A 3STGA 3W2MA 3B8DA 3OG3A 3QMRA 4IPIA 3TW7A 4LUIA 4C1LA 4AF0A 2C15A 5K7JA 1SZGA 4E0CA 2VXNA 3S6DA 3LB0A 2YDAA 1AW2A 2GQAA 1X6UA 1XUUA 2WJZA 5AC6A 3CQ0A 3PR2A 3BG5A 5F4XA 2C13A 2NWSA 4ADUA 4CNPA 4N2YA 2BZNA 1OK4A 3W1TA 4CQAA 4A3UA 3PY2A 3NZ1A 1LCOA 3NQAA 1SO6A 2QDGA 4O11A 4UCGA 3QM3A 3FEMA 4HT3A 2X2GA 3KHJA 3M5YA 3O15A 1F76A 4MYXA 3EXTA 3N34A 4HNUA 3EB2A 5D02A 2WPBA 2A85A 4UIOA 3H55A 3EX6A 4NUWA 1OFDA 4IQLA 1OFOA 4BR1A 4E2DA 1TTQA 3QEZA 3W07A 2ZZ7A 3RLVA 3RK8A 1F6PA 1MSSA 4LVDA 1P5BA 3R2GA 1FCQA 1TSIA 3P7YA 3W1QA 1F7BA 3W76A 3T40A 3LTSA 3EEGA 2EHHA 1GTHA 3ATZA 3IIZA 4ZQCA 3T7VA 1LRTA 4AWSA 4DF0A 1YXCA 1D3GA 4TMBA 5DY2A 1DL3A 3BV4A 4A21A 1OFRA 2VKZG 1K02A 1FXQA 3GZ3A 5AB3A 3DFOA 3Q58A 4UTWC 3W7OA 4NJJA 3HQ1A 4NX0A 1KW1A 2QUUA 3G0UA 1VPXA 2HMCA 1WOAA 2X1TA 1YADA 1EWEA 4O15A 2NXHA 1YXYA 3DHDA 5D04C 3NM3A 1LP6A 3C8FA 3LRLA 3ABSA 1VRDA 4TO8A 3GAYA 1SW7A 4XKYA 1LOSA 1WBJA 1ICSA 2QAFA 3UQNA 3WK2A 3TK7A 1SFLA 4UTLA 1KFEA 1HUVA 3P8IA 2EAWA 3C2RA 4LY8A 1CX9A 4A22A 3PM6A 3G3MA 1W5PA 2RH9A 4QSHA 1LLWA 4NNBA 3QYQA 3KVKA 1W1ZA 1RQBA 3NQ7A 1I8JA 3L0KA 3BGJA 5K9XA 3EX1A 1GTEA 3FIGA 2Q8LA 2QKFA 5GVJA 4O13A 5D33A 3FA5A 4XTIA 4AF0B 4OV4A 4QAIA 3AJXA 3FKRA 3KAOA 2X1RA 4PODA 3P60A 3THAA 2RKXA 4YLWA 2HS8A 1YTDA 1VHCA 3NR0A 4WJEA 1ZNNA 4MFDA 3TMQA 5TBOA 1ZFJA 4O52A 4O1CA 3A22A 1EP2A 5HJLA 4OU1A 1GVQA 3TAKA 3ZWTA 3G22A 3PVFA 1OFAA 4N9DA 1JULA 3E0IA 5FESA 2J88A 3MP4A 3B03A 3CIXA 5TIMA 3PULA 1SR9A 2DZUA 3GR8A 3W1RA 5CZ0A 3C6CA 3CM4A 4O1DA 1VS1A 3LHZA 4EVZA 3W7CA 4BI5A 1I4NA 3LV5A 2Y7EA 4MLJA 4BF9A 3B4UA 2VEPA 2YR1A 5HMSA 3TFXA 1LRNA 2ZCGA 3QZEA 5FEZA 1WDWA 3NQCA 3QSTA 3OIXA 4Y90A 2QCEA 3G1AA 3HJZA 4I7UA 3UY7A 3W1MA 2Q8ZA 2ZZ4A 3OA3A 1K7EA 1JUEA 5AHIA 3C2EA 4N4PA 4WY0B 3SZ8A 1AW1A 1I2NA 2Y7FA 4O1BA 3S1XA 3W1NA 1BKSA 1Q6QA 2ZFAA 3G1VA 5L9FA 1L6WA 3STEA 2PC4A 3MYPA 7TIMA 2NXIA 3D0CA 3W88A 2G95A 2DZTA 3HMJG 3UPBA 2A7NA 3L65A 4NVTA 1G4SA 4MZ1A 1NF0A 3NQVA 1Z41A 3UWUA 2NWRA 1KM0A 2R8WA 4WY0F 2V82A 3QPYA 4L4MA 5BMWA 3W7GA 3TXZA 4POCA 4XKYB 4LT9A 2J27A 1KV8A 2FDSA 4K6AA 1F73A 1T8XA 3DHFA 1ZAIA 1T96A 1LRQA 2O7QA 2J24A 3NXFA 1S5VA 1X7FA 1BTMA 2FB2A 1E51A 2WNQA 4WD0A 3PBYA 1EP3A 1H7NA 2F7FA 3M5ZA 3HPSA 3L66A 2ZZ5A 2OT0A 5FI8A 1DJQA 3ANYA 5KZEA 4KWWA 2A6NA 4M5PA 4XWUA 1FY6A 4N9EA 4IXHA 4UMAA 2J9XA 2A5HA 4H4IA 3W83A 4NQ1A 3M44A 1TV8A 1XXXA 4I7WA 4P2VA 4IOTA 3W7MA 2RHGA 2YZRA 2FJKA 4K37A 1TO3A 3SR7A 2EF9A 4PC8A 5FEPA 5EA9A 3MI3A 2QDHA 2TMDA 3HB9A 3LCLA 1KA9F 5LZLA 2IQTA 5J5RA 4Z1AA 1UBSA 4LV4A 4D2JA 3CEUA 3FS2A 4JX4A 3C4UA 3LOTA 4JEQA 5G4WA 3LHTA 1K8XA 3S9YA 5F4SA 2YW3A 4Z1BA 3TCEA 2PRLA 4W9TA 1RR2A 3PWAA 4HKPA 3C52A 1TJPA 1W31A 3O06A 4C1KA 3I6RA 1TPC1 1WQ5A 3NG3A 2ZYFA 3NYZA 2ZBTA 2ZRYA 1YLVA 2QEZA 5AHLA 5HUOA 3LBCA 5HWMA 5KZDA 5MHBA 3ABQA 1ZY9A 3NEVA 1X1OA 5DXXA 4FF7A 5I3JA 3W9ZA 4LW7A 3O6CA 2PRMA 1L9WA 2ZZ1A 2PE4A 2V2DA 5LNSA 4DBDA 4NNCA 1FXPA 2BLEA 1IF2A 3TIMA 3STCA 3SGUA 3L5MA 2C6QA 3LV6A 2CZFA 4MJMA 2V2CA 2NUYA 3IIOA 5KTLA 2Y7GA 3A5VA 1QPRA 3W85A 4JIPA 3V75A 1TV7A 3FYPA 1F6KA 2A4AA 5K2ZA 2C0AA 4HPXA 1K7XA 3DFNA 4WXZA 1DOSA 3LHWA 4JTUA 4JXCA 4MY1A 3C61A 3N9RA 3MI6A 1KBJA 4TR9A 3LCHA 4YCPA 4OQVA 2R91A 3G1SA 3LRKA 2WNZA 1FX6A 1K7FA 3PSWA 5U4NA 4M19A 4JIQA 4O53A 4MLRA 2H6RA 3R12A 1FDZA 3QJAA 3GDLA 1C9DA 4O1AA 1DQWA 3TSBA 4WXYA 1TMHA 1TPDA 3QQ0A 4IMGA 3W23A 1S3HA 2ISSA 1O5XA 5HULA 1M7OA 5FEWA 8TIMA 4N9BA 1MZHA 5G4EA 4Z0SA 4LS1A 4NT0A 3NQDA 1VZWA 4O57A 2KZHA 4N4QA 4JYFA 4NZFA 1B3OA 2R14A 1QO5A 5DCEA 5K4ZA 1WV2A 5TQLA 1SFJA 4O14A 3BG9A 4JN6A 2YYUA 3F03K 2H3BA 3I7QA 3W2JA 3IIVA 4ZL1A 2WO5A 5HR6A 1KM3A 3I68A 1SU5A 1TYGA 4UFIA 1Y0EA 2PCQA 3W1UA 1JCJA 2QCMA 4O18A 2ALDA 4CLMA 4NJGA 5BNKA 3THQA 2A6LA 3NQ2A 1KTCA 3UWWA 1RV8A 5LGXA 1ICPA 3LXCA 2DJLA 4FXSA 3WFAA 3S5OA 1H1YA 1VH7A 1XBXA 3G1HA 2VELA 1HO1A 3W1AA 4TMCA 1J5TA 2WQPA 4OE7A 2HTMA 4LWWA 1J4EA 2Q3OA 5DCBA 3GYEA 4RJEA 5KITA 3W2KA 3MWAA 1SSDA 3TV8A 3NA8A 4DEFA 4UTIA 3BK0A 1H63A 4O19A 3STFA 3KFTA 1H50A 1VCVA 2CLIA 3JRKA 3IV3A 5AFDA 1QO2A 3TH6A 5BRBA 3VI2A 3PB2A 3M41A 1GT8A 3BPWA 1YTKA 1GG0A 3TC7A 1PCKA 3TKFA 1Z42A 4FX8A 2Y89A 1IIHA 4CCEA 3DXIA 1N7KA 1R2RA 1LLZA 4UFHA 2QJGA 3HOJA 2Z6IA 4IGHA 5G2IA 1H7WA 3G0XA 4PTNA 2Y61A 3GIYA 3W2NA 1GG1A 4AMAA 3P74A 1ME8A 1NSJA 1IIGA 4MKNA 1GPWA 4HN4A 3P81A 2I14A 1OF6A 5IM51 3SSJA 1ZAJA 1GQNA 3H54A 3KRSA 3W86A 3FYOA 4ALDA 1Z44A 1OHLA 5DCDA 3LGEA 3NQFA 1WAUA 1KFCA 2V9DA 1RD5A 4JTHA 1OYBA 3EWXA 4IX2A 4Y6GA 5FF2A 5FF7A 1DORA 1GJPA 1KM1A 3G1DA 1DJNA 1LM1A 1TJRA 2QJIA 4IMFA 4JTEA 2C18A 1EPXA 2X16A 1MEWA 1ALDA 3LCFA 3AO0A 5CZJA 1VJIA 2DU2A 2E6AA 3BG3A 2VFFA 3LERA 2XFWA 3DAQA 4IX0A 3DFTA 1V7YA 4EF8A 3GDTA 3DFQA 1GYNA 1JCXA 4TIMA 3NL6A 1S5TA 4CNOA 2NUWA 3BVJA 3RU6A 3GNNA 4M6VA 4CCDA 2GVJA 2ZZ2A 3P61A 1NVMA 5G2WA 1MXSA 4WY0A 2HSAA 3A23A 4FHAA 2B0MA 4N6EA 2QAPA 2GVGA 4GRSA 3F4NA 4AHPA 2FTPA 5G1YA 4BI7A 1NFBA 5CPMA 4WOQA 1G6CA 3B0VC 2O7SA 3B05A 3CEPA 4KFOA 1GZGA 1U5JA 4MUZA 4MIMA 2P10A 4A29A 4DF2A 2A0NA 1C8VA 1VR6A 4N9CA 3IVUA 2Z6JA 4PCFA 1OVDA 4QQ3A 1QNVA 3BW3A 5F4WA 1OF8A 5DY3A 2CZ5A 4PH6A 5CZTA 1Q6RA 3PG8A 3LCGA 4O54A 1FWSA 1OG0A 2TPSA 1KFJA 2V5LA 4ADSA 1A5BA 4JYEA 3GR7A 3L67A 2WKJA 1FDYA 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1H7RA 1JCMP 3O6DA 3L9CA 1R2SA 4NU7A 4TU1A 3VFLA 1JQXA 4O4VA 2BSLA 1BEUA 1LTDA 1G7UA 1KLZA 2ZZ6A 3OVRA 2JKEA 5G5IA 3IIXA 1JCYA 2QCCA 3UWZA 5D38A 5I3FA 1SW3A 3HIJA 2X1UA 1EWDA 4ZQRA 1TRDA 4AH7A 3W22A 4O16A 1JUBA 5HWNA 2W79A 5D37A 1W5MA 4WZHA 5AC7A 4RV8A 4JNMA 3T55A 3QW4B 6ALDA 5HR7A 1W56A 4GUFA 3B0PA 5DXYA 2V8ZA 1H1ZA 2VOMA 4DF1A 4GE8A 4WOZA 3WJXA 5I3KA 1OFBA 4UTJA 1K3UA 4GUIA 4Y96A 4K38A 3TAOA 3EX3A 3TUUA 3GAKA 1PS9A 3V1PA 2ISVA 1M7PA 1Z48A 3LTYA 3NM1A 1W3IA 3IGUA 2ZQ0A 3KVMA 1JRCA 4DPPA 1F2JA 3E49A 5EY5A 5EBUA 1RPXA 1PHQA 2CZEA 1Q6LA 3NZRA 5D32A 4BWLA 3T44A 4RX0A 2A21A 3VCRA 3KOFA 1WBHA 2E77A 1Q45A 3EX4A 3NQ8A 4WX2A 1T0OA 3C56A 1W37A 2BX7A 3MBFA 5EKYA 3EKLA 3TR2A 4AB4A 1X8FA 3ABOA 3TSDA 1DQXA 1I2PA 1TV5A 3DKJA 1WX0A 3UXAA 3FJ6A 4UNKA 1MEIA 3LRMA 1S5WA 2E5CA 3PG9A 2EKCA 2C3ZA 5HQEA 1XDLA 4MVAA 3TDFA 2F84A 3IRDA 1TPH1 3S8HA 3NPUA 1XDMA 4GUHA 5LHEA 4UTKA 2G97A 1GWJA 2OT1A 3BO9A 3W7PA 2A2IA 3OHIA 3ABRA 2Y70A 1QCWA 3ZS4A 5H91A 1MEHA 4R7JA 1O60A 4RZ4A 3TNOA 4QISA 2QCLA 3L5AA 2V2HA 1LOLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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