1YXY | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	230
structure length	230
Chain Sequence	KPTKEKLMEQLKGGIIVSCQALPGEPLYSETGGIMPLMAKAAQEAGAVGIRANSVRDIKEIQAITDLPIIGIIKKDYPPQEPFITATMTEVDQLAALNIAVIAMDCTKRDRHDGLDIASFIRQVKEKYPNQLLMADISTFDEGLVAHQAGIDFVGTTLSGYTPYSRQEAGPDVALIEALCKAGIAVIAEGKIHSPEEAKKINDLGVAGIVVGGAITRPKEIAERFIEALK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 1.6 A crystal structure of putative N-acetylmannosamine-6-P epimerase from Streptococcus pyogenes rcsb
molecule keywords	Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Streptococcus pyogenes
total genus	79
structure length	230
sequence length	230
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.9: N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase.
pdb deposition date	2005-02-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04131	NanE	Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1yxyA00

1XCFA 3HJZA 1R30A 1K8YA 2NLIA 1TPB1 3LTSA 2VFGA 2YXGA 2ZZ2A 3SW6A 1G6CA 1VGAA 3O8AA 3LV5A 2AQWA 3EX3A 2P0OA 1RR2A 4DBEA 2ZQ0A 1KA9F 1D3HA 1U83A 3TU9A 4QNEA 3BO9A 5AHFA 3NQ2A 3CQ0A 1F2JA 5BRBA 1PCWA 2PC4A 1KM6A 1B4KA 3BK0A 1XL9A 1W3TA 2J9XA 2YPIA 5EKYA 3GVGA 3PWAA 2ALDA 2RDWA 4NJIA 5AOUA 3DBPA 4DXVA 4N4QA 1WDWA 4WXZA 3A21A 1W31A 3NVTA 1W54A 2FPTA 1J2WA 2Q8LA 2R94A 4WXYA 1ZFJA 1TQXA 4UUIA 3DGRA 1TPEA 2GJNA 4IGHA 3W2MA 1GG0A 4ORMA 2DZVA 1R2RA 2GPTA 1G4EA 3NM1A 2V0TA 3NNTA 2PCQA 4Q4KA 3LX9A 4UR8A 3PBVA 3DFTA 3BW3A 1ZY9A 3NQ6A 4X3ZA 2A0NA 3TJLA 3CU2A 2WPBA 3CM4A 2J9ZA 2ISSA 3OEXA 3G22A 3IIVA 1DORA 5F1VA 2QCCA 1SZNA 3FJLA 3FYPA 3IIPA 3FS2A 1QOQA 5EMUA 4FNSA 1FCQA 1H1YA 3GB6A 3GR8A 4PODA 3M1ZA 1SR9A 5LZLA 5LSMA 1TREA 3TUUA 5FEWA 5FF2A 4LT9A 1NVMA 4MZ1A 3LRMA 1W0MA 3SZ8A 4CQ8A 1BWLA 3M44A 1O60A 2CLHA 3TAKA 1KM1A 2VFDA 3PM6A 3W7HA 3EX2A 3N14A 1NFBA 3FKKA 1GG1A 1RV8A 3L5MA 5K9DA 3TW7A 2FDSA 1O4UA 3GX9A 3QH2A 4GNJA 2Q3OA 5U4NA 2WNNA 3PR2A 5LGZA 1PS9A 1NF0A 3O63A 2CZDA 4DO6A 4MY9A 2OT1A 5J5DA 2VXNA 1DOSA 2QDGA 3V1PA 1H7WA 3RLUA 1LRQA 3CB8A 2FIQA 4C1LA 1VYSX 3QW4B 1TTPA 3FA5A 2BXVA 4NX0A 4O4WA 2WKJA 3K30A 4NZJA 3S5YA 1TPVA 3P5ZA 1QPQA 2X30A 2V5BA 4L4LA 1FX6A 3EX1A 3KVJA 3W1RA 4FNTA 5D2VA 2VOMA 4RJEA 3HGRA 3QF0A 4MVAA 1SO3A 3LBMA 1OX6A 4LVGA 2FB2A 1VHNA 5C2XA 4YCPA 3LLDA 1F76A 2BWGA 3HG2A 1MXSA 1SW0A 4O28A 4LW7A 1TQJA 1ADOA 3W2LA 2HS8A 1QNVA 3E9AA 3HPZA 5E1QA 3LOTA 1W5QA 4YL2A 4MYAA 1KV5A 3GZ3A 3C2RA 3KRUA 1QPRA 3MMTA 1K8ZA 3OVPA 3UXAA 3NQAA 1JQXA 3W07A 3S5NA 4AF0B 4HIBA 3RNDA 1A5AA 4GJ1A 2X1UA 3EWUA 4QITA 2OX1A 4NUWA 2E68A 4AHQA 5EL1A 4QIUA 1YPFA 4LRTA 1EUNA 5T26A 1VS1A 4M7SA 1W1ZA 3MUXA 5LNRA 1SZGA 1S3HA 5K9CA 5D2XA 1WXJA 5F4XA 1G4PA 1SSGA 5K9XA 4D2JA 1FBAA 1MO0A 1F6PA 2OZ0A 3N9SA 4I7VA 2DJXA 2YX0A 2JBMA 3LM7A 3B06A 2EPHA 3ATYA 3P62A 3P61A 4ML9A 3KXQA 4RLIA 1X1OA 2A6LA 1FXPA 3KRZA 3NQFA 1JJKA 4DPPA 4DO4A 1FCUA 2DZSA 3G1YA 2ZTKA 3GYEA 3L9CA 3DXIA 1P1XA 3BLFA 1SQ7A 2FB3A 3JR2A 4OE7A 3TQ0A 2F84A 5AYYA 3P8IA 2V2DA 3WK3A 4J9JA 2ABBA 4TX9A 5HQEA 1VR6A 1VH7A 1GVRA 1TV7A 5F2LA 3TR2A 1O95A 3NOEA 5CPOA 2VENA 4TU1A 1LBFA 3L5LA 4JICA 2WSRA 2H8XA 1U5JA 3W6YA 3NO5A 3QM3A 2EKCA 4JIPA 1VHCA 3BW2A 4A22A 3KVMA 2CLFA 4O50A 5FF3A 4XWUA 3S5OA 3FFSA 4C1KA 4DBDA 4JTFA 1MEHA 3M0ZA 1JCMP 4P2VA 3DENA 3P80A 3Q37A 4E0CA 3TIMA 3FEMA 3UWVA 3EWBX 3MI3A 2DJLA 3MO7A 4OQVA 3H55A 4UIOA 1NEYA 5D37A 1YLVA 4LVAA 1M6JA 4FF7A 1F7BA 1OJXA 1JRBA 3PUEA 4LU0A 1JULA 1EWDA 3E02A 3KVLA 4MLJA 5GVJA 4IX0A 1Z42A 1W5PA 4WY0A 3W86A 1TPUA 3Q2DA 1SZFA 1GYLA 1GWJA 1V5XA 2X16A 2ZA1A 3FLUA 5DCDA 4MY1A 3QW3A 4PFMA 3I68A 3LTPA 2FFCA 1X1ZA 1M5WA 1B3OA 3G24A 1Y0EA 4YCOA 1T0OA 1ME8A 4MZYA 1O5KA 2HTMA 1ZAIA 1A5CA 4I7WA 4LV9A 2NV1A 3THAA 4LNYA 2PRLA 3UPWA 3LBCA 4XUGA 2YW3A 2WJZA 5LHFA 3NGJA 4HSNA 4JTTA 3W1LA 3TA6A 4UCGA 1PHWA 3QYQA 3BV4A 1IXQA 4WZHA 4XQ6A 3S42A 4K39A 1H62A 1XUUA 5DY3A 4HT3A 5HR7A 1JCXA 4LUJA 3SSJA 2GQAA 3W1PA 1TPDA 3HG5A 3W84A 1UASA 4X22A 5AHEA 2R91A 1W3IA 3NR0A 1WAUA 2I9EA 4JTIA 4AB4A 3QSTA 2ZDRA 2DZTA 1RD5A 2ZRUA 2NWSA 2DORA 3E0IA 3KOFA 4JYFA 3TXVA 3UYCA 1FWSA 4WY0B 3IGXA 4TR9A 4PA8A 1LCOA 3UWQA 4S2BA 4JGDA 2YYUA 5EA9A 1L2UA 1VPXA 2QCEA 3EWYA 2H8ZA 4NJKA 1SFJA 2A85A 5HNRA 1EP3A 1DV7A 3GXTA 3F1QA 2CWNA 2HSAA 3U2OA 4UR7A 4ZZ9A 4BF9A 5AN7A 3WJWA 4LS1A 4CNOA 3UXDA 3EXRA 1LRTA 3LCIA 1ME9A 4MLRA 2QF7A 1UCWA 4NT0A 2QCNA 1S5TA 3W1QA 1YPIA 5HUPA 4GUGA 3BG5A 4RZ5A 3G0SA 3B4UA 3SGUA 3RF9A 1XC4A 2Y6ZA 3W1NA 5KMYA 4UFJA 2QDHA 1F74A 1X7FA 1I2QA 1H50A 4PCFA 4RZ6A 3W87A 4FIQA 2QUVA 3IRDA 3LI1A 2NX3A 5CSRA 1YXCA 3CEPA 1QWGA 3P7YA 1E51A 1OFEA 2XN1A 3GDKA 4O19A 3W71A 1HG3A 2W79A 4FXSA 1TPFA 4Z08A 2CZ5A 2HS6A 4UMCA 1M7OA 1XBVA 4JTEA 1OX5A 2X1RA 3T78A 4LC6A 4YWIA 4FEZA 5TQLA 2TRSA 3W7NA 2E09A 1LLZA 4N02A 4K37A 1NF7A 3ATZA 1YTEA 3EKZA 3W73A 3S9YA 1KM2A 4HN4A 5EBUA 3PG9A 4JTUA 3P67A 3NG3A 4CCCA 2Z1BA 3SY5A 1QAPA 4JX5A 5HJLA 4O57A 5BNKA 2A5HA 5F2MA 5LGXA 4MFDA 3S0CA 1IGSA 1R2SA 2WV8A 2CLKA 5CZTA 2I1OA 2V2HA 1SSDA 3IIZA 4FX8A 2A2IA 2LLEA 3R2GA 5EYWA 2YGYA 3T7VA 2O7SA 2ZRZA 4Y96A 4BR1A 1A5BA 3MBDA 3QPYA 4UTLA 1OK6A 2A7PA 4TMCA 1KFLA 1JCNA 2C6QA 3EX4A 2Y88A 4GC4A 2C13A 2WNZA 3P74A 1RVGA 1B57A 4O12A 3NL3A 1TV5A 4M6QA 2JKEA 1LORA 1Q6LA 3HQ1A 3LXAA 1EP2A 2CLOA 1GVFA 3PB0A 4Y90A 2VKZG 4AVFA 2EGZA 3TMLA 3EEGA 4KKXA 4IOTA 3B0UX 3UNDA 4BWLC 3UWYA 5D03A 3NAVA 3C2OA 1H5YA 3T40A 5KZDA 4JIQA 1RPXA 4BI7A 2GVGA 4NNBA 1SW7A 3PB2A 3W7KA 3M5YA 1FWNA 2HMCA 4Z1CA 1PL9A 1S5VA 1DJNA 4AWTA 4R53A 4QNWA 3W7IA 2V9DA 3W76A 2IQTA 4ZQPA 4ZQMA 4PH6A 3E12A 4UFMA 1Z48A 4OV4A 3AO0A 4LC8A 4R33A 3GR7A 2H6RA 3B0PA 2Z6IA 1Q6OA 3SI9A 4NJJA 4JS3A 2ZZ6A 5D2TA 4Y6GA 3DFSA 5BMXA 3O6CA 2YCEA 3DU0A 4G1KA 3M47A 4NVTA 1YDVA 1RQEA 3TCEA 1KFEA 5HWNA 3TK7A 4DPQA 1XM3A 3DFOA 4AAJA 3GDRA 1LBLA 3A23A 4BI6A 3I7RA 3HO8A 4EOUA 3JRKA 5G4EA 2GQ8A 4M19A 4HHPA 5I3JA 2JGQA 4BWLA 1F5ZA 1JVNA 3L0NA 3S8HA 4UTIA 3KAOA 3W1AA 4O18A 1N8FA 1KM3A 1VRDA 3UD6A 3O6DA 4A21A 4IJBA 5HR6A 3B03A 5G1YA 1SZEA 2NUXA 3GKFA 5MHBA 4IXXA 4N9EA 5AC8A 3FJ6A 2QCHA 4AXKA 1N7KA 1KTNA 2V2CA 1JUBA 1RZMA 1HTIA 1UJPA 1Q3NA 3OA3A 3G18A 4K7VA 3A5VA 2WSYA 4WD0A 5AC7A 1BEUA 4GRSA 1UUMA 4UMBA 3MYPA 1TRIA 1LROA 2Y7FA 3S5ZA 1IXOA 3QPZA 1B9BA 3P84A 2GQ9A 1AL7A 3MI2A 1Z44A 3BW4A 5D33A 3SIZA 4K36A 3TNOA 3S1WA 4FNQA 4K6AA 4PL1A 1IIHA 1Z41A 4NU7A 3CIWA 4M6PA 1WOAA 4PEKA 4JTLA 4K8EA 2F7FA 4AEOA 4AF0A 1YTKA 1SFLA 3O06A 4JYDA 3V75A 1K3UA 3E49A 3LCHA 5E93A 5HUOA 3TAOA 4IXHA 2RDUA 1W56A 1AMKA 4LVBA 4MUZA 3HB9A 3HGJA 1DQWA 2E5DA 4JTGA 2C0AA 4XBKA 1KFCA 3LI0A 3KHJA 3L5AA 4GUIA 4AWSA 1XXXA 2C18A 1FWRA 1A53A 1DVJA 4JTSA 1AG1O 3E96A 3USBA 5HWJA 3G1HA 3BARA 5LKYA 5AFDA 5D2YA 1VYPX 4WOQA 3EWWA 3W72A 2D73A 4I7UA 1OF8A 3IGSA 1H7RA 1NAL1 2ZA2A 3ANYA 1OHLA 4NJGA 5KITA 3MJYA 3W70A 2G96A 3R89A 1F05A 4NJHA 1WA3A 2V5LA 1PV8A 3M5VA 4HNUA 4O13A 1GVQA 3NPXA 3OIXA 4P61A 3P82A 2NUYA 2Q8ZA 1QCWA 1OX4B 3VE7A 4L4MA 3G0XA 5DLCA 2A21A 3MI6A 4JTJA 2ZRVA 4S2CA 4QSHA 2Y7GA 3PY2A 4ICNA 1NSJA 6ALDA 3G0UA 5FEXA 3ZWSA 1VCFA 1WBJA 4O52A 5A5WA 4LWWA 3KRSA 2RDTA 1DQXA 5HWMA 3W7JA 1MZHA 1QOPA 2YR1A 4N4PA 4S1FA 5FEPA 4YXGA 1K7FA 4HPJA 1G7UA 4Q33A 2JK2A 3MHGA 3L68A 1EPXA 1C8VA 4BK9A 1EEPA 1H7PA 3NPVA 3I65A 3DZ1A 3ZFHA 1P4CA 4NZFA 3OVQA 3DI1A 3GAKA 4XBSA 4ALDA 1OG0A 3CTLA 2JKAA 3W23A 4XKYA 2NX1A 4NNCA 2C19A 3U6WA 3NXFA 3FIGA 2RHGA 3DKJA 5K4XA 4MJMA 1TB3A 4ADSA 4H6KA 5BW6A 4RCXA 2H90A 2Z0IA 1KLZA 4KFNA 3W2KA 1FWTA 3QEZA 5H2ZA 2DZPA 3C56A 3PF3A 1EIXA 4EIVA 3LHTA 2AAMA 3STGA 1WOBA 3CHVA 2YSWA 1EA0A 1D3GA 1LOQA 3HMJG 5G2HA 1AW2A 2J27A 3DHDA 3GNNA 3PS7A 1R46A 3QRHA 1S5WA 4PC8A 5KSWA 3T55A 5E0KA 2ZZ4A 1IF2A 2O7QA 3WJXA 1FY6A 3SJ3A 3MP3A 3Q94A 1JCYA 1M7PA 3M16A 1JQVA 3LHVA 1OF6A 3W2JA 4RKAA 3FYOA 5D05A 5LHEA 3LXCA 1Q45A 2ZRXA 3TSDA 4XKYB 2XFWA 2Y7EA 2RH9A 2EF9A 5D32A 2Y63A 1P0NA 5K2ZA 1FDYA 3C2FA 2QUUA 1LOLA 1K8XA 3IGUA 3L2IA 4E38A 4EWND 2Q3RA 1KBIA 1I2RA 3OHIA 4MFEA 4GE8A 2JKPA 3WK1A 2OCZA 5FESA 1FCBA 1LZOA 4WUIA 3LV6A 2E5BA 5FF4A 3CC1A 5G2WA 2E6YA 1TPH1 5CGQA 3PUOA 4HSOA 2E5CA 4ZQNA 2BZNA 1R47A 2ZA3A 3CEUA 1K03A 2JGYA 1XBYA 1KFBA 3C3NA 4JN6A 3W7RA 3RMJA 3MP4A 2B0MA 1V7YA 3YPIA 1A50A 1KM4A 3S6DA 3LCFA 2Y61A 5AHNA 5C6MA 5KTLA 1WV2A 5G4WA 3TE9A 3HGSA 1TIMA 3W7LA 3W1UA 3G1XA 1TV8A 4IQLA 1L6WA 1VLWA 5CG7A 1OYAA 4O54A 5I3FA 3DKLA 3W1XA 3S1UA 4UNLA 4QAIA 4FIRA 5I3HA 4OGZA 1TMHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1YXYA

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