1Z41 | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacillus subtilis
total genus	120
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z41A00

1VLIA 1O94A 1ME7A 2FLIA 1VHCA 4BK9A 3IIZA 3G1VA 3DFOA 3DFSA 2W6RA 2ZA1A 1BWLA 4LVBA 4QM1A 3QC3A 4LVDA 1PCKA 2ISVA 4AHPA 2QCNA 4JEQA 1WOAA 1GTEA 1SW7A 3G18A 1D3HA 4R53A 1SO5A 3WK3A 5TIMA 4HHPA 3H53A 3G8EA 4K37A 5F1VA 3P74A 1VS1A 4IMCA 1QPQA 4PCFA 4DBDA 4LS0A 3DHFA 3DGRA 1WXJA 2Q3OA 3VE9A 3EWUA 5E0KA 2NZLA 1L6YA 5D2WA 4YWIA 3TAOA 3MI3A 3G8RA 1OFEA 4WOZA 3BW4A 1AW2A 2OMAA 1W54A 3STGA 4UNLA 4UR8A 1OYCA 1SZEA 3S5NA 3MMTA 3C2FA 2NWSA 3QMSA 3C6CA 3W84A 4Y96A 1QOQA 3CWOX 3TKFA 1T0OA 4JGDA 3G1AA 5D02A 3CEUA 4MY1A 1X8FA 1RD5A 3EX6A 4HNTA 1YADA 3MBDA 1TV7A 3GXNA 1JCLA 4UTUA 3TJLA 2JKEA 2WSRA 3PG9A 3RF9A 1GG1A 2GVJA 4N6FA 3UPBA 3H54A 2A5HA 4ZQPA 4AB4A 4L4MA 5H91A 1JCMP 3C0JA 3G0XA 8TIMA 1QCWA 5G4EA 3QFEA 5EL1A 1DKWA 3HMJG 3BW3A 3NZRA 4ICNA 1P1XA 4OU1A 1BTMA 3SFKA 1TQXA 2DZWA 4Z0JA 5EY5A 4CQ9A 4DO6A 3NEVA 3PB0A 4N6EA 3CTLA 1N55A 3DFTA 5KITA 2X2GA 3CLMA 1RR2A 3LXBA 3LRLA 1M7PA 4GFSA 2R94A 3W87A 2YW3A 1SW0A 2NXIA 2ZA2A 4QQ3A 1SU5A 1KM0A 3N19B 1B57A 4DO5A 4KFPA 4NVTA 4BI6A 1R2RA 4ML9A 4N9DA 4IPJA 1D3GA 3TQVA 1KV8A 4H6KA 1LBFA 1B4KA 3QH2A 4EIVA 2TMDA 2WO5A 1IIGA 4YMZA 3KXQA 5CZTA 4A3UA 1PS9A 3TQKA 1SFJA 3I68A 4FNSA 3W7GA 1LBMA 3TNOA 3NOEA 3S9YA 1OK6A 1O95A 4LC8A 3G0UA 3KOFA 4MIMA 3S1XA 4MZ1A 2X30A 5CZSA 3GDTA 1BEUA 3QQ0A 4X2RA 3SECA 3UNDA 5G2IA 3NM3A 3W7PA 1WBJA 4FNUA 3W73A 4OQVA 2CLIA 4K38A 4QNWA 1K3UA 2Y7GA 3HF3A 3LDVA 4UFHA 3USBA 5F4SA 5BW6A 1FXPA 4XTDA 1JCJA 1O5KA 3ABOA 4RKAA 1F05A 2FPTA 1FXQA 1GTHA 4GWEA 2J88A 1NSJA 4WJEA 5CPLA 3STCA 4O1CA 3EB2A 3C52A 2FB3A 4NX5A 4M7TA 1Z41A 1JRBA 1H1YA 1KFBA 3U6WA 3E96A 5K9XA 3S5YA 3PS7A 1EB3A 3NVTA 5AYXA 1P5BA 4GNJA 2Q3RA 3UWZA 3E9AA 1O4UA 4HNVA 5K9CA 4GUGA 4ADTA 4DELA 3RMJA 5TBOA 3UY8A 3O6YX 4LV4A 2O7QA 4M19A 2QCFA 3LHZA 5DXXA 4AWSA 3THQA 1FUYA 1XC4A 3QPYA 2CZ5A 3LLDA 2J27A 1QPNA 3VNDA 1G4EA 3VE7A 4K6AA 3HJZA 3LLFA 3LCIA 2P0OA 3GDKA 1VYRA 4FHAA 4UR7A 3C2OA 3JR2A 5FF0A 4H3DA 3BO9A 4LNYA 3PBVA 1C29A 3S1WA 1AL7A 2DORA 1GEQA 1LBLA 1K02A 1OFPA 2NX3A 3W7IA 2VEPA 1YDNA 4MVAA 1KM6A 3CHVA 1K8YA 4IOTA 1M7OA 3M5XA 3MWAA 2YSWA 4WOQA 3PUDA 2QJIA 3IVUA 5IBXA 3PM6A 4CNPA 4Q4KA 3T40A 3L9CA 5I3GA 1ZAIA 3G1XA 2Y89A 4AAJA 1NVMA 3ZWSA 3ABQA 3TFXA 4JIQA 4ZVJA 3NQVA 1UBSA 3DZ1A 1CW2A 3FYPA 4OHQA 4K39A 3FYOA 2BSLA 2DZXA 4UC5A 1H7PA 1ICQA 4TIMA 4N4QA 3IIPA 4IJBA 4DXVA 2RKXA 1J5TA 2H3BA 3IIXA 2PCQA 2QJHA 1DL3A 4OGZA 4R33A 1XBVA 4QNEA 1EUAA 3KVMA 3C56A 2YXGA 4GUFA 1S5WA 3HPZA 5E93A 3UWQA 5LGZA 4RJEA 5I3HA 1TO3A 2ZRYA 2VELA 2VFEA 1XBYA 1IXQA 4E2BA 1XDMA 1TPWA 1SSGA 3OIXA 2QKFA 2BLEA 5DBUA 3TUUA 3NG3A 4PC8A 3Q2DA 3GNNA 4XKYA 1V5XA 1VQTA 3CT7A 1K8ZA 3QSRA 2ZCGA 4UTKA 2Y62A 5F2GA 1JUEA 4XKYB 4PEKA 3W23A 1TPVA 2KZHA 1F76A 3W7NA 5C5YA 3KVKA 1LRNA 4LU0A 1H7NA 1W0MA 1SO6A 3LHWA 5HWJA 3BLFA 4O19A 2B0MA 1H61A 2YX0A 2RDUA 4IXHA 4WZHA 3PSWA 2NXHA 3RK8A 1OYAA 1IXOA 1KW1A 3C2RA 2Y61A 5TQLA 3O05A 3KRSA 3PWAA 2Y70A 4WUIA 3W2MA 4JTEA 5KZEA 1I45A 2OT1A 2QJGA 2E68A 1W5QA 4O52A 3P5YA 4JDBA 4ALDA 1N7KA 2CLLA 3R12A 3GDMA 4JN6A 1FDYA 3FIGA 3M5VA 3R8RA 1VYSX 1X6UA 4JR5A 3B0UX 2WKJA 3KRUA 3W1AA 1JUKA 1WAUA 1SQ7A 3OVRA 2VFHA 3W85A 4B5NA 2BXVA 1LORA 3TW6A 1LYXA 1B3OA 2JK2A 1GG0A 2EHHA 3FKRA 3HO8A 4NJJA 5K3VA 1O60A 4LWWA 4O54A 2O7SA 2X1RA 1VZWA 4Z0SA 4LY8A 5LZLA 2J24A 5DN1A 5D2XA 4LV9A 1G69A 2A2IA 1KM2A 3PBWA 1K03A 2ZZ3A 1PCWA 3A5VA 2C18A 3NA8A 2J6XA 1M5WA 1G4PA 3O6DA 4RX0A 3ATYA 1SZFA 5CZ0A 1PVNA 3L0NA 4JTUA 4TX9A 3A23A 5IBXC 6ALDA 1MEIA 1THFD 1YDOA 3P82A 4IMEA 4X3ZA 4GE8A 3TSBA 1KTCA 1YTDA 3T4CA 1TPH1 4POCA 4EF8A 2NWRA 1HFBA 3QRHA 4GC4A 2ZFAA 3EX1A 1ICPA 2HSAA 1RQHA 3SSJA 3PC0A 1WYIA 3SY5A 1P0NA 1OX4A 1LLWA 3W6YA 1QO2A 4A21A 2C14A 4NNAA 1OX4B 1TPB1 3EWZA 3TK7A 4JX4A 4LUJA 3W2LA 4UTMA 1TQJA 1I4NA 1W5MA 3NQ8A 4M6PA 4I9AA 4Y8FA 3TSDA 3TXVA 1FDJA 3VI2A 4PFMA 1AW1A 1G4TA 1AW5A 1TYGA 1TB3A 3QEZA 5AHIA 2GPTA 3M47A 2G5WA 2J9ZA 3L66A 4JTIA 3QJAA 3P61A 1XI3A 1M6JA 1DBTA 4UCGA 1AG1O 3W1LA 3ABSA 3EXRA 1FWTA 2E1DA 2JKAA 4I7UA 5DCEA 3O16A 1VCFA 2ZTKA 4MPQA 1J2WA 4ZQMA 4UMAA 3HOJA 2Y88A 3LX9A 5HQEA 2FQIA 4LRSA 3W2NA 5AYZA 3NQ7A 4O53A 3TX9A 4N9EA 3KHJA 3L68A 4FNPA 4O10A 3KAOA 3SW6A 3BLIA 4YCPA 5IM51 4UTHA 2E09A 3P67A 4ZMGA 3H55A 2V2CA 1DQXA 1UJPA 3Q94A 3M5YA 4NZFA 3GNDA 2NUXA 5K4ZA 2PURA 3R5EA 4LRTA 4LOCA 5D2VA 2J9XA 1VCGA 3LHTA 1NF0A 3S1VA 3DU0A 1R30A 1TPFA 4JYFA 1ZNNA 1EX5A 4ZZ9A 2ZTJA 1SPQA 1GT8A 1W56A 3S0CA 4XBSA 4MUZA 2E6DA 4CNNA 4CLMA 2ZQ0A 4UIOA 3NYZA 4O18A 3TR2A 1ZALA 4DPQA 4LS1A 3BW2A 4I7WA 1SO4A 3UYCA 2WPBA 4WQ6A 4DBEA 1H51A 1QFEA 4AEOA 3G0SA 4Y9AA 4RK8A 4HT3A 4YXGA 5D38A 2CLHA 1HL2A 5J5DA 1JCYA 4MLRA 4MYAA 2CZEA 4UUIA 2VC6A 2A6NA 3FEMA 3IVTA 5KZDA 4LVGA 1LM1A 2W79A 4ZQOA 5LHFA 4O0KA 1NF7A 1TV8A 2A21A 3HIJA 5CZJA 3W2JA 4Y6GA 3M9YA 5DCDA 3O8AA 3DI0A 4MY9A 2X1UA 5HUPA 1GVRA 4R34A 1LRTA 3NR0A 2YR1A 4K7VA 1Y0EA 3EX3A 4BI7A 5U4NA 4FEZA 4NUWA 5D2YA 4WXYA 3LBCA 1GYNA 2CZDA 3OHIA 2G97A 3OVPA 3IGXA 1A5BA 2FFCA 1I2RA 3CWNA 4QISA 1WOBA 3BGJA 7TIMA 3PUOA 3QF0A 3QMTA 1Q45A 3IVSA 4HIBA 5HNRA 3EWBX 3ZS4A 3B4UA 2CLEA 1OFOA 5EMUA 1MEHA 2DP3A 3GR7A 3R13A 2QUUA 1A50A 2DJLA 4N4PA 4ONVA 1A5CA 4HNUA 2X1SA 2H8XA 1QO5A 4ORIA 3EX2A 4IMDA 1OX6A 1SW3A 1X7FA 3QZEA 4X22A 1EP2A 2XN2A 3HGSA 1EPXA 4JTJA 4GRSA 5EPDA 5AHEA 2NX9A 4MJZA 3T78A 1FCQA 5F2MA 2VFIA 5F1UA 3PR2A 4Z1AA 2CFFA 3PAJA 2WV8A 5HJLA 3TH6A 5AYYA 4ZQCA 2CLKA 2Y6ZA 4FXSA 2YW4A 2ATSA 5AHNA 1KFEA 4JTKA 2Z1BA 3P5ZA 3HGRA 1UUOA 2PRMA 1XUZA 5CSRA 2DZPA 3M7WA 3W1XA 1YTEA 2E5BA 1LDCA 1MSSA 3HGJA 5HR6A 1G4SA 1TREA 5LNVA 5G1TA 5BOOA 4JD4A 3GLCA 3G1FA 3M6YA 3M0ZA 5BRBA 3LB0A 1H1ZA 3P62A 3CB8A 5I3IA 1OX5A 2E5DA 5G2HA 3RFAA 2QUTA 3C2VA 4OWGA 1IXPA 5D09A 4X9SA 3PULA 1KBJA 3TW7A 3UZ5A 4LW7A 1HO4A 4HN4A 3TMLA 1G7UA 2ZRWA 3OEXA 3GAKA 1UASA 3O07A 4IX2A 1PV8A 3W74A 3MYPA 3LRKA 1H7RA 1Q3NA 3W1TA 2NLIA 2E6FA 3LM7A 1I2PA 3DH7A 3HG4A 5CG7A 1JRCA 2FPVA 1W5NA 3GIYA 5K9DA 4KWWA 4MJMA 4O17A 2V9DA 5ABTA 2OJPA 2CLFA 2JGQA 2NV2A 4WX2A 2F84A 3NQDA 1XBZA 3W75A 4JXCA 1ML1A 3MHFA 3NPUA 3S8HA 4RZ5A 2VENA 1JCNA 3NXFA 4OV9A 3LHYA 2V8ZA 5KMYA 1IIHA 1PHQA 3C61A 2CU0A 4HPXA 3N73A 1VPXA 5G2WA 1LZOA 3C2EA 3WJYA 3W70A 4CQAA 4GUIA 3CQ0A 1ZHAA 3HG5A 5D03A 1EP3A 3N14A 3WK2A 1H50A 1I2NA 4P61A 2E5CA 4Z08A 4FIQA 1LOLA 1EIXA 3STFA 4O50A 4RXGA 2ZZ5A 3MHGA 3UQNA 3NO5A 3G22A 3QW4B 3I7QA 1ICSA 2DJXA 1ZFJA 4NXSA 4QITA 2RHGA 1KV5A 3G1YA 1ME8A 3P7YA 4XBKA 1EA0A 2C16A 4DF0A 1CX9A 4ORMA 1XL9A 2B7PA 2C19A 3MI6A 3AJXA 1WBHA 4OE7A 5KSWA 1W5PA 3W2UA 1ZENA 2TSYA 3IIVA 3NPWA 1XM3A 3D0CA 5CSSA 1P4CA 2ZRUA 2EKCA 1OFBA 1OFRA 2QEZA 3B05A 3MO7A 4O4VA 3NPVA 5AC7A 2J9YA 3W1UA 1KLYA 2E6AA 1OFAA 2ZRZA 1FCBA 4UNKA 3TE9A 5T26A 4IGHA 2R91A 3NZ1A 1OJXA 3BG3A 1Z44A 3S5OA 3NAVA 5A8GA 1XUUA 4JTTA 4M6VA 4UFMA 4N9CA 3BK0A 3GXPA 1TRDA 4IUOA 3W7MA 1TPC1 2LLEA 1C8VA 1A53A 3W7EA 3FJ6A 3P81A 4XQ6A 1F7BA 4IMGA 4O12A 5E1QA 5MHBA 1DHPA 1F6KA 3KVJA 5LNSA 1L9WA 3ATZA 2I14A 3F4WA 2R8WA 1TTPA 1FBAA 5FEWA 1P0KA 3I7RA 3A5FA 2TYSA 1VC4A 3EEGA 4OBTA 2G96A 4O15A 3W7KA 3TFCA 2WOQA 2HS6A 4I7VA 3HPXA 4JTLA 3OG3A 4FXRA 3THAA 1OF8A 1FCUA 2Y7EA 4UFKA 2YZRA 1QAPA 3N3MA 1VYPX 2AGKA 5LNWA 2XN0A 1GZGA 4OV4A 3E0IA 2C3ZA 1R47A 3QPZA 2FB2A 1FWSA 1H7OA 4Z1DA 4GXMA 1R2TA 3VCRA 3TXZA 4HSNA 3VFLA 2ZZ6A 4O1DA 3N34A 4PH6A 3UXDA 3GKFA 2ZZ4A 2V5LA 4UMCA 3TQ0A 2VEMA 1G67A 3UZJA 2DZTA 3FJLA 3S5ZA 5KINA 3DKLA 3HG3A 3O63A 3PVFA 3B0VC 4FX8A 3ZR4A 5FEPA 1CI1A 2ZZ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1Z41A

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