1Z42 | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacillus subtilis
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
total genus	119
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z42A00

4UMAA 2NX9A 1VRDA 1SQ7A 3G1SA 1RVGA 3LHWA 4JY8A 4TR9A 3G1FA 5A5WA 3WJXA 1FCBA 5G4WA 1LOSA 3TIMA 2VEPA 3RNDA 1KM0A 1LP6A 3M6YA 1G4SA 1UUOA 3QSTA 5SWUA 1SSDA 3QQ0A 3LOTA 3S5NA 2J9YA 2R91A 3I6RA 1MZHA 4I7WA 3BARA 1QOPA 3LCGA 1THFD 4IWWA 2A1YA 2H90A 3F4WA 2V5LA 4MY1A 2VFGA 4N9EA 2QCGA 4Z1CA 1XDLA 3ZWTA 4GUHA 3MMTA 4IMDA 1CI1A 1KFEA 4R53A 4CNOA 3L0NA 1IGSA 2C15A 5DCDA 1XUUA 3TW7A 3M44A 1KFBA 3WK1A 3FS2A 4O0KA 2I14A 3QMRA 4O1CA 3PM6A 4J9JA 4AWTA 2GVGA 3G24A 4ZQNA 1IF2A 3SZ8A 3OVQA 4R33A 5IM51 2OCZA 1RQEA 5D37A 3MBFA 4Y9AA 1LM1A 1AG1O 1OFEA 1ZAHA 3P80A 3T78A 2NXGA 2FJKA 1TTQA 1RPXA 1JVNA 1KM5A 1M7OA 3NYZA 4LRSA 4LS2A 2WV8A 3PB0A 3W7CA 1FCQA 3L0KA 2I9EA 3KAOA 3N9SA 3W1AA 1H7PA 1ICQA 3LLFA 3B05A 3RK8A 1EUAA 3GK0A 3UY7A 5MHBA 1EP3A 3GDLA 4KFNA 3P82A 1L6SA 3LXCA 4JN6A 4WOQA 3KRSA 4XZ9A 3ELFA 2ZYFA 3W1UA 3MP5A 2A6NA 4H6KA 3TU9A 2E68A 4PEKA 5E0KA 3TUUA 1OFOA 2WSRA 3UWYA 4UTLA 1ICPA 4QAIA 2YXGA 1OABA 1GVSA 2C14A 2XN0A 3G22A 5AC6A 3EX6A 1R46A 3LV6A 2X1SA 3S42A 5LNVA 2BX7A 5CSSA 3LCHA 3TDFA 3EKZA 5D32A 1ZAIA 4O18A 3LLDA 2O7SA 4S1FA 3LHYA 1ADOA 2GOUA 4LVDA 1JUBA 2FIQA 2GJNA 1LORA 4OE7A 4O14A 4RCXA 2J6XA 4R34A 3CM4A 4PH6A 4UNKA 2YYTA 3BLFA 2RDWA 2GVLA 4B5NA 4XTIA 5U7SA 1W5MA 1K8XA 4Z1DA 2C0AA 3U2OA 3W7DA 2E1DA 3KX6A 2QJIA 3E9AA 3IIPA 3CPRA 3OEXA 4IMEA 4OGZA 1K7FA 1Q6RA 2X30A 3LRLA 2HTMA 3DFSA 1WBJA 3GX9A 3N3MA 5K9DA 1O60A 3TCEA 4FNUA 4GE8A 5F1UA 2QCLA 1OX6A 2ISVA 1O95A 5F2GA 3FFSA 2LLEA 2B0MA 4NU7A 4BI7A 1OK4A 4LWWA 3W1TA 4JR5A 5HWMA 1OX4A 1VYSX 1IXNA 3B0PA 4MVAA 1QO5A 3BPWA 3TX9A 3PVFA 2Y6ZA 4NJIA 4IX0A 1H7OA 2VFEA 3STGA 2Y62A 3OA3A 4JTTA 2PRHA 4OV9A 4AHOA 3UQNA 3K30A 1K8YA 3L5MA 5CZSA 3SJ3A 2GQ8A 2ATMA 3NQCA 4GJ1A 1DBTA 4UMBA 4JTJA 3R8RA 3QMSA 5C54A 1GG1A 5D03A 1YPIA 1G4EA 2CLHA 4LY8A 1XM3A 3A21A 1VLIA 5J5DA 3C6CA 2GUUA 4JIPA 1OG0A 4GUJA 1YTDA 3KXQA 3PC0A 1IXOA 1X6UA 2CZDA 5F4SA 4K7VA 1QFEA 3LCFA 4C1KA 5EKYA 4I7UA 3GAYA 1G6CA 1LBLA 1LCOA 4GFSA 4CCEA 3WJYA 3I7RA 2C6QA 3BO9A 3DENA 2QF7A 3O06A 1W5OA 4MY8A 3HGOA 4JD4A 4GXMA 1TPFA 1W5PA 1YXCA 1BEUA 1AK5A 4ADUA 5IBXA 2QKFA 4TU1A 3MUXA 3GKFA 2AAMA 1GPWA 3B03A 3NGJA 1EP2A 3ZS4A 1H61A 4K6AA 3EEGA 4MFEA 2VKZG 4M5PA 4FX6M 2NUWA 1ZALA 1I8JA 1GYNA 3UD6A 3V1PA 1YDVA 3TV8A 1HO1A 2WJZA 4N4QA 3UWWA 3W2KA 1FCUA 5KZEA 2ZA2A 4MZYA 3QM3A 1V7YA 3DFPA 4NZJA 3W23A 5EA9A 3EXTA 3DGRA 1LYXA 3DHFA 5F4XA 3BW4A 5EPDA 2TYSA 1UCWA 4NJHA 2GPTA 4IXXA 1PHWA 4UR7A 3MP4A 3DFNA 4XTDA 1TJPA 3FKRA 4DF1A 1WQ5A 2C13A 1TV5A 2Y7FA 2FB3A 3DXIA 3LX9A 2WPBA 4NZFA 4EVZA 1AL7A 3NPWA 4WXYA 4YWIA 1Z41A 1UJPA 4A2RA 1K03A 4RKAA 3LB0A 3THQA 1RQHA 1XC4A 3USBA 1BWLA 3L0GA 4CQAA 4JXCA 3ABOA 2JKEA 3A24A 2RDUA 3L68A 3U6WA 4HPXA 4JYEA 1QPQA 3CEUA 4LV4A 1Z48A 3PBUA 1SO4A 3ABSA 4LUIA 2OX1A 2YX0A 1JULA 1UBSA 5DXYA 3HJZA 3TK7A 3P7YA 3PS7A 3FKKA 3F03K 3W83A 1B4EA 2Z2UA 2ATSA 4NNBA 3NDOA 2OJPA 3O07A 4GC4A 1JRBA 3MJYA 4LC8A 5U4NA 3QH2A 2Y7GA 1TPH1 4OQVA 1FDYA 4BI6A 3G3DA 1F76A 3CQ0A 1LDCA 1BTMA 3VNDA 3C2OA 3PBYA 3GNNA 1ALDA 3RLVA 4K37A 5AN7A 3GAKA 1OJXA 4JTHA 4WUIA 1G7VA 1JCXA 4DF0A 4KWVA 3CU2A 1QPNA 4YMZA 4A21A 1UASA 2A6LA 1KM1A 2Y70A 3HPSA 2FPTA 4TMCA 3W7KA 4POCA 1OFPA 3CTLA 2HS6A 1OF6A 3A5VA 3EWUA 2ZRUA 4CLMA 1EWEA 2V81A 3GXTA 4PFMA 4BFAA 3S6DA 2CZEA 4HNTA 3Q58A 4I7VA 4MOZA 5AHFA 5HUOA 1U5JA 3NEVA 3CLMA 1RR2A 3W2MA 3W2UA 3S5ZA 3EKLA 4G1KA 3GZ3A 2EGZA 1Z42A 4QJ1A 3QC3A 2DU2A 3CIXA 3ABQA 1KFLA 8TIMA 3NQMA 4M6QA 4P61A 3JS3A 1N8FA 3NQVA 2QCHA 2WSQA 3LCXA 4AWUA 1MSSA 1SZEA 4GBUA 1R2RA 1I2OA 3HB9A 3PBWA 3F4NA 1ML1A 3STEA 3T40A 4JTSA 2W6RA 2E77A 1H62A 2XFWA 1T96A 4Q32A 2FPYA 2V2HA 3MHFA 1TRIA 2J88A 3BK0A 3FYPA 1A5CA 3W7LA 1H63A 1O5XA 4O16A 4FO4A 3O05A 3P60A 5K3VA 4M7SA 3D0CA 3MW7A 1F74A 3HPZA 3CHVA 2B7NA 3PF3A 4MFDA 3G1VA 4JTUA 4PL1A 3STCA 4W9TA 1LLZA 3N19B 3Q37A 2C18A 1ZAJA 1PV8A 2FQIA 3KVKA 3W6YA 1VYRA 3NZ1A 3UXAA 4DQWA 1FQ0A 3NXFA 2GQ9A 2H3DA 1SUXA 5CZJA 2R94A 3S9YA 4AB4A 2W79A 3W72A 1VCFA 4RX0A 5EL1A 4TIMA 1UB3A 1HO4A 5D30A 4N02A 1DJQA 3IIXA 3C2EA 3UY8A 4FB7A 3LBMA 2ZZ3A 2CLEA 5DN1A 1ZNNA 4JYDA 1TREA 2QDGA 3YPIA 1KFCA 3W2NA 2RH9A 3TE9A 3UWZA 4UXDA 3EXSA 1SO3A 2G97A 1H1ZA 2P10A 1PVNA 1F73A 4D2JA 4GUFA 2DZPA 4FNRA 1VCGA 4UFLA 4DBEA 3HG5A 3NAVA 4LU0A 1Q3NA 1R2SA 1F05A 1W3TA 4NX5A 4YL2A 4IMCA 4IJBA 1C8VA 1AW1A 1GQNA 3NPVA 3TXVA 4AEOA 2E6DA 3EWXA 3P8IA 1KM3A 4HNUA 3UNDA 2F84A 3MI2A 4Q4KA 5EY5A 2C16A 4IMGA 5BNKA 3MBDA 3STFA 3WK3A 3N2XA 1KBJA 4LW7A 2B7QA 3N14A 3FA5A 1LZOA 3ATZA 5DBUA 1KLYA 3FJLA 1SFLA 3W71A 1LTDA 3NOEA 3BGGA 2RKXA 1VS1A 3DI0A 3E96A 3BW3A 2DJXA 4Q33A 4UR8A 4UC5A 4HNVA 2GJLA 1GTHA 2QJGA 5D38A 2BZNA 4KFOA 1SO5A 3BW2A 5CG7A 1A50A 5GVJA 1VCVA 1OX5A 3RMJA 5CPMA 4MZ8A 4Z0SA 1LBMA 2QCEA 3LBCA 4JTFA 2B4GA 4XUGA 5FF0A 3QW3A 3M5VA 2J9XA 2ZZ5A 3W3OA 1IXPA 3LTSA 4XKYA 3C4UA 5LHFA 3QPYA 3BG9A 1KBIA 3KHJA 1W8SA 2V30A 2BWGA 3DFOA 1WV2A 4Y96A 3LTPA 2X1UA 3SW6A 1JUKA 3GR7A 2YR1A 3IVSA 3C0JA 4WJEA 1A5SA 1R47A 4O52A 5ABTA 3PB2A 3PG9A 2QUUA 4X2RA 4UTWC 3GDMA 3OHIA 4CQ8A 3UWVA 1SZGA 3EWYA 5TBOA 4MKNA 1OHLA 4UFHA 3O16A 2PURA 4HSNA 4QISA 3NA8A 4JTLA 3TROA 4HSOA 2YGYA 1WBHA 1XBYA 1EUNA 3M47A 1RZMA 3CWNA 1L6YA 3F1QA 5DY2A 1OFDA 1HFBA 3VFLA 1KLZA 1OYCA 4MLRA 3W7QA 2NWSA 2YW3A 3VE9A 2DZWA 5FI8A 4K38A 2PE4A 1K3UA 2A0NA 5BW6A 2CFFA 3HF3A 2NUXA 3TR2A 4AHQA 3HPXA 4O10A 4EOUA 1FBAA 4QSHA 4O15A 1TPWA 4FEZA 2ABBA 3WJSA 2X1RA 4P2VA 4LS0A 3P5YA 3NQ6A 1P1XA 1B9BA 1H7WA 1LLWA 4L4LA 2V9DA 4XBKA 5BOOA 3S1WA 2G96A 3HQ1A 2JKPA 4PCFA 4IXHA 5L9FA 3LI0A 2DZXA 5I3HA 2H3BA 1WOAA 3W1LA 2WSYA 1G4TA 1W1ZA 1QDSA 2OZ0A 2NX3A 3TC6A 1Y0EA 3B04A 2VENA 4UNLA 2ZA1A 4M6PA 1A5AA 2A85A 1LRQA 3NNTA 4AAJA 1Q45A 3C2RA 4GUIA 3FYOA 5K9CA 3QFEA 5CSRA 4JTIA 3VI2A 4ZQRA 3G1XA 5KTLA 1XBVA 5HQEA 2EHHA 3N34A 2ZA3A 3NZRA 3W85A 1I45A 3NM1A 2QUVA 3TC7A 4X9SA 5I3GA 1JQXA 2RDTA 3EX2A 3W7JA 1KTNA 3UPWA 1QMLA 4HHPA 5HMSA 3GR8A 4UTKA 5J5RA 3IV3A 1K7XA 1GG0A 1OF8A 4Y90A 3TW6A 4BF9A 3M5XA 4MPQA 4NX0A 2TRSA 4RJEA 4FNQA 4JNMA 3GDKA 5HR7A 5G5IA 3TKFA 3O8AA 2V2DA 1GZGA 3NQGA 4NT0A 5H2ZA 3LM7A 2WOQA 1VHNA 5TQLA 2VXNA 4X3ZA 3O6YX 3P81A 3M16A 3KVMA 5FEPA 3CWOX 2IQTA 3LHUA 1WYIA 4JY9A 2C1HA 3TSDA 5C5YA 5CGQA 4JTGA 4FNPA 5D33A 1H51A 3BVJA 4RK8A 4ZQOA 5HJLA 4JTEA 1FXPA 3W73A 1L6WA 1NVMA 4UFKA 1FDJA 2JGQA 5FESA 3BG5A 4CCDA 3G3MA 3O6DA 3DBPA 4WD0A 2YFOA 4XQ6A 4YLWA 1TTIA 2XN1A 2QEZA 3M5ZA 3KRZA 3W1QA 1YXYA 2A2IA 1SZFA 3BG3A 1D3HA 3IVTA 3E0IA 5EYWA 4JX4A 2RHGA 3IIOA 3M41A 2QCCA 3LHVA 3R2GA 4Z0JA 3NPUA 1T8XA 4PL2A 4UFIA 4AVFA 4LVAA 4ORMA 3PY2A 3DAQA 4UTTC 1FDZA 3CIWA 5LGZA 1NAL1 3SR7A 3DKJA 1GVOA 4RR4A 1SW3A 4C1LA 2YCEA 3TQ0A 3PAJA 1YDNA 3EX3A 4LOCA 3VE7A 3W88A 1H60A 3LRMA 2DZSA 1KM2A 1YTKA 2NV2A 3MYOA 3JRKA 2TPSA 1XBZA 5DELA 5F4WA 1TRDA 2OT0A 2EF9A 4DELA 2NWRA 2ZRZA 1VLWA 1FWRA 4L4MA 4MZ1A 1GJPA 2ZRYA 4WQ6A 2Q3OA 3GVGA 3BV4A 3MHGA 4MY9A 4N9DA 3S5YA 2DZTA 4K39A 4MUZA 5F2MA 2GVJA 3UZJA 3L9CA 2HSAA 5FF2A 2NUYA 4LVBA 3I7SA 4Y6GA 4FNSA 3UYCA 5AHNA 2NXHA 2B7PA 5AYYA 2ZTJA 3M0ZA 1FX6A 4JYFA 1I2QA 4FF7A 4RZ4A 6TIMA 3LCIA 2F7FA 2FB2A 4NNAA 1LRNA 1W0MA 4JIQA 3E49A 4MYAA 2ZZ7A 4O17A 4XKYB 4DXVA 3PULA 4IX2A 3M9YA 3TNOA 3DHDA 3EB2A 2V8ZA 1MO0A 3GKAA 3N2MA 3OIXA 4WY0B 3R12A 4M19A 1VC4A 3HG4A 2FTPA 5LNSA 3A5FA 4YXGA 4OBTA 1EIXA 5FF3A 4N9CA 3G1AA 5BMWA 1HTIA 1WDWA 1H50A 5F1VA 2Z6JA 1QWGA 4BI5A 1CX9A 2KZHA 2ZDRA 3E02A 2Y63A 1AMKA 1PL9A 2VFIA 1TQJA 4NJKA 4RV8A 1T99A 2P0OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1Z42A

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