1Z42 | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacillus subtilis
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
total genus	119
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z42A00

4OBTA 1HG3A 2V5BA 3YPIA 4JYFA 2E68A 2ZZ1A 4RKAA 3MP3A 5D2TA 5AHLA 3NYZA 2HS6A 3G0SA 1UJPA 5G4EA 3I68A 2PC4A 3NQFA 4IJBA 1PE1A 5FF3A 1PIIA 1VH7A 2J9YA 5GVJA 1EWEA 4S2CA 1VHNA 4HKPA 5D30A 3E02A 4FHAA 3DHFA 3P5ZA 3GDRA 4XBKA 1W1ZA 4WXZA 2Y88A 5BMXA 4GRSA 3KOFA 3NM3A 4MY9A 3QMTA 3W76A 3LLFA 2CWNA 2X30A 2QUVA 3CB8A 3OBKA 2OCZA 1TPVA 1TQXA 1W5MA 4EWND 3GKFA 1WYIA 2FB3A 1TV5A 1SO6A 1ZAIA 5LGXA 2E6YA 5DELA 2CLOA 1GVSA 1YPFA 2JK2A 4UFLA 1GPWA 4UNLA 2NUYA 3B0UX 3EX4A 3V75A 5KMYA 2IQTA 3UY8A 1R2RA 2WV8A 4N9EA 1OYBA 4FXSA 3FLUA 3ABSA 1G7UA 3NQMA 4X2RA 2CLFA 1KA9F 1W54A 1XL9A 3MI6A 3NQEA 4M6QA 4I7UA 4IPIA 3S6DA 4ZL1A 2I9EA 5LKYA 3W1LA 1M7OA 1OVDA 5D33A 4ZQNA 3GDMA 2Q8LA 1XDMA 1OG0A 2FLIA 4CQ8A 3STEA 1YDOA 4XQ6A 1XUUA 1T0OA 1H61A 2NV1A 2YSWA 4MKNA 4O14A 3A5FA 5AHNA 1LROA 2V8ZA 5LZLA 4YWIA 2BX7A 3HB9A 1F05A 3M1ZA 1G67A 2ZRVA 3INPA 1OYCA 1LLZA 2ZZ5A 2AQWA 3C8FA 2A7NA 4WOQA 1R2SA 1J4EA 1WOBA 3HPXA 5BNKA 3TSDA 3KXQA 3PBUA 4XWUA 2QJHA 1KV5A 1YTEA 1RPXA 5KZDA 1GG1A 2FJKA 3T78A 3MHGA 5LNWA 3MI2A 3CEUA 1GWJA 4WUIA 1H1YA 3W88A 1L2UA 2E09A 4PH6A 2A4AA 2NWSA 3EXRA 1C9DA 1TV7A 2GVGA 3G0UA 5KZEA 1RQHA 2J9ZA 5HR6A 3TV8A 3EX1A 1TJRA 3UZJA 5CSRA 1FDYA 1MEIA 2NX3A 5FEXA 4RX0A 1J5TA 3HMJG 4ZMGA 1B4KA 4Z1CA 2XN0A 3M47A 1OFOA 2RDWA 1UUOA 2WPBA 3S1WA 3H53A 1UUMA 1ICPA 4O12A 1L6YA 1FCVA 3KRZA 3R13A 4PL2A 1VCGA 3T7VA 5DN1A 1OX5A 4WQ6A 3G24A 4YL2A 4E0CA 4DO4A 2G97A 4H6KA 4NJKA 1RZMA 2NX9A 5DY2A 3CEPA 4EF8A 5I3IA 1XC4A 5CG7A 5LHEA 1TTIA 3PF3A 2WQPA 4H4IA 1XM3A 4JTSA 4A22A 1VRDA 3BG5A 3DFTA 3KAOA 1OF6A 2ZA3A 3ZWSA 3E12A 3UZ5A 2FB2A 2RDUA 3UY7A 4FNSA 5TIMA 1S3HA 2E6FA 2QF7A 3TMQA 5MHBA 5G5IA 2Z6JA 2Z6IA 3HJZA 2J6XA 3LX9A 3FYPA 3PC0A 3UWUA 1VGAA 2VEKA 1TCDA 4LS0A 4NJJA 2WO5A 3T44A 1L9WA 3CM4A 3MYPA 1TB3A 4LUIA 3S5NA 8TIMA 3TQ0A 4DQWA 1XBXA 3U8GA 1SFJA 1DBTA 5C5YA 1KM6A 3MWAA 1LYXA 4X22A 2YYUA 1O94A 3RK8A 2CW6A 1W31A 3LRLA 5K3VA 2YW4A 1I45A 1W5PA 1TPFA 1VLIA 2W79A 2HTMA 3MBDA 3QQ1A 3FFSA 1SZNA 2AGKA 2XN1A 2BXVA 5H2ZA 2EF9A 4S1FA 5D2VA 4MY8A 1Q6RA 1EWDA 3M43A 4W9TA 5I3HA 2DZXA 3LI0A 3R89A 3S1VA 3WK1A 2DP3A 4LV4A 5I3FA 1UASA 3TIMA 3UYCA 3FIGA 1KFJA 2GVLA 4MLJA 4OV4A 2H8XA 1Q3NA 4HT3A 3L65A 5D05A 1G4EA 4BI5A 1TMHA 5U4NA 2ZFAA 4JD4A 3TH6A 2QKFA 4FO4A 5DCBA 1WBJA 4LY8A 4FIQA 3NR0A 5F4WA 5LNSA 3TSBA 1HO4A 1VQTA 2RFGA 2WNNA 1I2OA 3A9IA 4MOZA 2QDHA 3W7GA 3DAQA 3DXIA 1SO5A 2C14A 1C8VA 1KM1A 4PFMA 1VPXA 3NPXA 4MFDA 4OHQA 3RLVA 2YFOA 3KVLA 4CNOA 4IQLA 5HQEA 5AHFA 3C3NA 3NZRA 3R8RA 5CPNA 2HSAA 3E49A 5AYZA 5CPLA 1EX5A 3AJXA 4O52A 4QNEA 5KINA 3W1NA 3ZS4A 3CLMA 5F2GA 2GUUA 1XXXA 3N9SA 1NF7A 3N34A 2E6DA 1DL3A 3NQ8A 3SW6A 1SFLA 4RJEA 1X8FA 3QEZA 1ZY9A 4ML9A 2B7OA 3N3MA 1OK6A 1KM0A 4MIMA 2NX1A 4N4PA 4JDYA 4QQ3A 5D2WA 3MI3A 3QSTA 2DU2A 4UMBA 1OFAA 3ELFA 4JTHA 3LBMA 2C3ZA 3CU2A 4HNVA 1MSSA 1EA0A 3DU0A 1W5OA 2CFFA 3ATZA 3S8HA 3E96A 3HBLA 2C6QA 1N7KA 1FY6A 3W7OA 1E51A 4K8HA 1I8JA 2A7RA 3G1YA 4I7WA 1XCFA 3UXDA 4GUJA 2QUTA 1JR1A 2G5WA 5HNRA 4RCXA 3C2FA 3TA6A 5F1VA 4OV9A 2C18A 2Y7FA 4R34A 1AG1O 1F74A 3P82A 3HGJA 4BR1A 1T96A 3B04A 4HPJA 4A2RA 3ABOA 4GWEA 4BI6A 3KFTA 2ABAA 1IGSA 1LCOA 4DEFA 3CHVA 4MYXA 4K39A 2CZDA 2PE4A 4RXFA 1FXQA 1FBAA 3O6YX 3EEGA 1BWKA 1LLWA 1K8YA 3B03A 3DBPA 1R46A 5FF2A 3THAA 3F1QA 4FNUA 1LZOA 2WSRA 3HGOA 4OQVA 2C0AA 3CTLA 3LLDA 1XBZA 2WKJA 5AFDA 2QCEA 2Y7EA 3LCHA 3EWUA 4RXGA 4NZJA 4IPJA 4K7YA 3O8AA 4IUOA 3MW7A 2FTPA 1Z42A 3RMJA 5HWJA 2VOMA 1KBIA 2VC6A 5AHEA 3IRDA 4CNNA 3O15A 3K30A 2YGYA 4HN4A 3LM7A 4RR4A 3BVJA 2WJZA 4NJIA 4A21A 3C61A 2GQ9A 3P8IA 5HUOA 1SQ7A 3I6RA 2NUXA 3UWQA 2DZVA 2JKEA 2ZTKA 1M6JA 1EUAA 2C13A 1WDWA 5K2ZA 3O63A 1Q6OA 2QDGA 3G1SA 2Z2UA 3WK3A 1QNVA 1X6UA 5E93A 1GTEA 1H60A 2QJIA 4IMDA 3GX9A 3PULA 1B57A 4JIQA 3GR8A 3TXVA 1PV8A 2CLMA 4C1KA 2BLEA 3FYOA 3PUDA 3DKLA 3MHUA 2A0NA 2B4GA 1VZWA 4DELA 3NPWA 1DV7A 2ZZ4A 1KFKA 2Q3OA 2DORA 3G3DA 3W7IA 4AAJA 3GIYA 2AAMA 3AO0A 4O11A 3W87A 3UWWA 2FPVA 2Y7GA 3W72A 5AN7A 2QCCA 2PRHA 1P0KA 2H90A 4QM1A 1KW1A 3EX2A 3BLFA 1NVMA 3QYQA 3LHYA 4QNWA 5CPMA 4PC8A 1MEHA 4UTHA 2VFFA 4Y90A 1KTBA 3P60A 1KM2A 2NZLA 2H8ZA 4IMEA 3P80A 1KTNA 2NLIA 2E5DA 3IVSA 1OJXA 4LUJA 3PS7A 4NQ1A 1OF8A 4GJ1A 4OE7A 3STFA 3W7CA 2GPTA 4U4MA 3TSMA 4N9DA 1OFBA 4JN6A 4C1LA 3T4CA 4O1AA 3EX3A 3L21A 3IIXA 2PRMA 1EP2A 2QCDB 1JUBA 2GQ8A 2QEZA 5CZ0A 3DKJA 5CGQA 5DBUA 3RU6A 3OHIA 3T55A 2H3DA 3RFAA 2GQAA 2NUWA 4EOUA 5EBUA 5EPDA 3QJAA 4XUGA 3L5MA 5K9XA 2TYSA 3W7DA 5HR7A 5HMSA 3HPZA 4UIOA 3M6YA 4MZ1A 5F2MA 2WNZA 3GR7A 5AHIA 5LSMA 2A1YA 1TREA 4JR5A 4HNUA 3PG8A 4KFPA 3W1UA 4Y96A 1UBSA 1IF2A 3I7RA 1K8XA 3UNDA 1AL7A 1HL2A 1OFQA 1YPIA 3NOEA 1FQ0A 4NNCA 2QCMA 1JCLA 1GG0A 3BGGA 2J27A 1DKWA 3FJLA 3G1AA 5G1TA 3SIZA 1EP1A 3W1RA 3NQ2A 2EAWA 3FS2A 3GDLA 2KZHA 4QIUA 1GQNA 4JTIA 1TPDA 1PHWA 2QAPA 1JCYA 4AH7A 3DHDA 4K37A 4FX7A 4ZQPA 3G18A 4JEQA 2V2CA 3BG3A 1I2QA 3LRMA 4KWVA 4E38A 4AWUA 3C6CA 3S5OA 2E1DA 3W75A 2ABBA 1W56A 3Q2DA 4LS2A 1LOSA 1HO1A 2EKCA 1QO2A 3QMRA 1P4CA 1SSGA 2Y6ZA 1EIXA 1H7PA 5IBXA 1ADOA 1WQ5A 3EX6A 3F4NA 2R94A 2JKPA 3B8DA 3L9CA 4JYEA 3IGUA 2QR6A 3KVKA 3LOTA 1DJQA 4HHPA 3W71A 3BK0A 3LHZA 3G1FA 2G95A 1TTPA 3GXNA 2X1TA 4IX2A 1TIMA 3PSWA 5CZTA 3C2VA 2E5BA 2OZ0A 2CZEA 5F4SA 3W1AA 3G1HA 4HNNA 2CLIA 3GXTA 3RF9A 5DXXA 1WAUA 1A5CA 1QCWA 1Z44A 2H3BA 4AF0A 4LVGA 2TRSA 4Y6GA 1O5KA 2Y63A 1RQEA 3LTPA 3EWWA 1Z41A 4OWGA 3W6YA 2H6RA 4IMGA 3U2OA 1W3IA 2VELA 2A5HA 4A3UA 5D09A 4MZ8A 3IGSA 3FKKA 1QOQA 1LORA 3L5AA 3NQDA 3W07A 4LOCA 3SR7A 3R12A 4NX5A 1YTDA 1M7PA 2R8WA 5G4WA 4N9BA 3G0XA 2PCQA 2YFNA 5KITA 4IXXA 1GT8A 3FOKA 2ZCGA 5C55A 2J88A 3NA8A 4WX2A 4DBDA 2ZTJA 5C2XA 3LXCA 5G2WA 3S5ZA 1H7XA 5KZMA 1F5ZA 2V5LA 3EXSA 3GXPA 4UTJA 3A22A 3O05A 3W2MA 1I4NA 1BTMA 3BLIA 3Q94A 3W7JA 3WK0A 3W2NA 1P5BA 1KFEA 3ZWTA 2GVJA 5F2IA 1DORA 4PCFA 4GXMA 3GAYA 3WJXA 2VXNA 2FFCA 3GKAA 3TQKA 3D0CA 4WOZA 1RQBA 1U5JA 2BTMA 3ZR4A 2GJLA 3UWYA 4DXVA 1F73A 3GYEA 4K7VA 4M7SA 5D37A 4O13A 4WY0B 2YW3A 2A85A 1FXPA 2RH9A 3EB2A 1GVQA 1SSDA 5G1YA 3G1VA 3NNTA 4GUIA 2VENA 3EWXA 1AL8A 4JTTA 4X9SA 4AB4A 3W2LA 5H91A 2EPHA 4M6PA 3NXFA 3W7EA 4UTWC 3DFQA 5K7JA 4O0KA 2VEPA 3KVMA 2BWGA 1WA3A 1JQXA 2ATSA 3P74A 4Z1AA 1OX4A 1VCFA 2CZFA 1WBHA 4IMFA 3QM3A 5FF4A 4O8RA 1GOXA 3OEXA 1O95A 3L5LA 3QH2A 5D2XA 4B5NA 4GNJA 4LU0A 3TUUA 1DQXA 2I1OA 2QCGA 1JULA 3TW7A 1KBJA 1S5TA 2CZ5A 1SW7A 2DZWA 3WJZA 4ZQOA 3L67A 4D2JA 1MEWA 3C2OA 3L0GA 2EHHA 4TIMA 1LBFA 1H50A 1QR7A 3EWYA 3FKRA 1NEYA 3P7YA 4JX6A 5CKSA 1YADA 1JUKA 3MYOA 3W22A 3W7KA 1JRCA 4P61A 1A53A 3ABRA 2DZTA 4PA8A 1JQVA 3M41A 4YXGA 2RHGA 3ZFHA 3NDOA 1LOLA 1W8SA 2X1SA 1W3NA 5ABTA 4GBUA 2ISSA 4NVTA 1G6CA 1TO3A 4WY0F 3W7MA 3NQ6A 4POCA 3WJSA 2VFDA 3W84A 1K02A 3W7RA 1FWRA 4R53A 1JCMP 2OX1A 2ZDRA 3P8JA 3W1PA 3W86A 5L9FA 4H3DA 4FF7A 1VYSX 3B4UA 3KVJA 3HG2A 1ZHAA 2CLHA 4GE8A 3VE9A 3M9YA 3EKZA 1X1OA 3VFLA 4HIBA 4MPQA 4LRSA 3HG4A 4XZ9A 5FEPA 4UNKA 3MMTA 6TIMA 1B9BA 4LVBA 1L6SA 3UWZA 5FEWA 4UFHA 3DH7A 1FX6A 3NQCA 4HSNA 4O53A 1KFCA 3DFOA 1C29A 3TJXA 4FNPA 3EKLA 1JVNA 2Y85A 1XKYA 3MP5A 5FF0A 2NXHA 4RZ4A 3LRKA 5BRBA 1OK4A 2XN2A 3HGRA 3WJWA 3L0NA 2A2IA 4A2SA 3W1MA 5AC8A 4UR7A 3BGJA 5I3GA 4LNYA 1EUNA 3W70A 3PSVA 1F6PA 4JTGA 2ZZ2A 1TJPA 1GTHA 1MXSA 3M44A 5D04C 4RLIA 1DQWA 1XFBA 2B7NA 4TMBA 1SZGA 1MZHA 3FEMA 1YTKA 5AYXA 3W1XA 3O1NA 2W6RA 4AMAA 1UB3A 1H62A 3B05A 3E0IA 1B4EA 3M0ZA 3W74A 2OT0A 1EB3A 4KFOA 1KLYA 2Y61A 2ZZ6A 2YR1A 1MO0A 2FPTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Z42A

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