1Z42 | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4212179654270223__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4212179654270223__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1Z42/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4212179654270223__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4212179654270223","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1Z42/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4212179654270223__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc880a68a7683bd47778ab/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc880a68a7683bd47778ab/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc880a68a7683bd47778ab/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc880a68a7683bd47778ab/pdb.gz): 334 ms

reading 337 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

337 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:336});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacillus subtilis
publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
total genus	119
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z42A00

2NXHA 4DF2A 1M5WA 1S3HA 3LI0A 3P81A 1UJPA 3KHJA 3GR7A 4PL2A 5G4EA 2ISVA 4GRSA 3W7QA 1FBAA 1WOAA 3WJSA 3Q37A 3VE9A 4QNEA 3EKLA 1LBLA 4FIQA 1MO0A 3DI1A 3F1QA 3P67A 3PBYA 3PY2A 2AAMA 2Y62A 3BW4A 3ATYA 2QUVA 5DY2A 1VZWA 2WPBA 4LS1A 4TU1A 3LCHA 2R14A 3EX1A 1DJQA 4EF8A 3TSDA 2QAFA 3QF0A 3A23A 4KFPA 1SFLA 4K8EA 2QCDA 3W1QA 3KAOA 5I3KA 4UFIA 4UMCA 1KBIA 4RZ4A 3PC0A 3PB0A 1PCKA 3HQ1A 3EX4A 5AYZA 2CLFA 3MI2A 1B9BA 1WYIA 3PUOA 2NWSA 4NT0A 2EPHA 5DXYA 3UPWA 3W76A 3CPRA 1YDOA 1JCNA 5D2TA 3UZJA 3ZS4A 3W2UA 3BO9A 4MYXA 4JNMA 3QW4B 1I8JA 4HNUA 4DBEA 1LRTA 2VELA 1JVNA 2YZRA 1EWEA 3T55A 3MYOA 4DELA 2V2CA 3NOEA 2C6QA 3GDRA 5F2LA 4WY0B 3FLUA 1QMLA 5G2IA 2ISWA 4YCPA 1T0OA 1B4KA 4ADSA 2QR6A 1RZMA 3NQ2A 1CI1A 4IMCA 4A3UA 2NWRA 1KM1A 3O16A 1H7XA 1VYPX 2X1TA 4O53A 2G97A 4XBSA 4QITA 2EAWA 3W7MA 2I9EA 4LC8A 1I2NA 2VC6A 2QCFA 4Q32A 4MY8A 4FNTA 4O11A 3S8HA 4ML9A 5CSRA 1KFKA 1XC4A 5AHMA 1PE1A 3KVLA 4HN4A 5FF7A 3NGJA 5BNKA 1TPC1 2I1OA 4AH7A 1SZNA 3IIZA 2ZZ4A 3W7KA 2E5CA 2C18A 3P74A 3ABOA 2QJHA 4JY9A 5HWJA 1H62A 1VS1A 4LS2A 4UCGA 3MYPA 5AC8A 4N6EA 3N2XA 4JTHA 2A7NA 3A21A 3U2OA 2F84A 3TC7A 4Y96A 4O1AA 4ZQNA 4MKNA 5KTLA 2RKXA 4IQLA 3O63A 1YXDA 1FQ0A 3NQDA 3M5VA 3LHVA 3G1SA 3I65A 5CKSA 1W5OA 1W8SA 3DKJA 4YMZA 4AHOA 4ADTA 3TW7A 1H7RA 4I7VA 3GLCA 4UTJA 3S5NA 1GTHA 1KTCA 3NNTA 4N02A 5E0KA 3FIGA 4JEQA 1KM2A 3BPWA 4MLRA 3M47A 1PS9A 1HG3A 1AW2A 3NPWA 4POCA 4O8RA 2J88A 2NX9A 3CQ0A 2B7PA 4O52A 1GQNA 1YADA 4O28A 4Q4KA 1KTNA 1GYNA 3M7WA 2YFOA 5G4WA 4N9DA 5E93A 3KRZA 4MUZA 1WA3A 4O17A 4HNNA 4O19A 3W1AA 3DFOA 1XXXA 4DO5A 1OX6A 3W2LA 3FOKA 2VEMA 4M6QA 5FF4A 4B5NA 1ZENA 3LI1A 1JQVA 2YGYA 3E9AA 3QQ1A 5BRBA 2X16A 1TQXA 2X1RA 1SO5A 1X1ZA 4N9EA 4RJEA 3EXRA 1VGAA 3TJLA 2A7RA 1OF6A 3GDTA 1ONRA 1T96A 1KFEA 4BI5A 1F2JA 2DU2A 4GFSA 4UFHA 1UUOA 3A22A 2H8XA 3CWNA 1TRIA 3EWYA 3LBCA 1QPNA 3LXAA 3L21A 3SSJA 2YXGA 2WJZA 2WNNA 3C2EA 1DOSA 3PG9A 1X6UA 3W1UA 1H61A 1OFDA 1R2SA 1O5KA 1TPDA 4DQWA 3EKZA 4UNKA 4LRTA 1G67A 4GWEA 4O1DA 4WY0A 2DZSA 3LCLA 3FA5A 4O18A 1TCDA 3MHFA 2ZRZA 4LV9A 1UBSA 3EWZA 5KMYA 1GZGA 1K03A 3W1TA 1HO4A 1QPRA 4FNPA 2ZDRA 2CLMA 1BEUA 3UWWA 3UWVA 4ZQRA 1O4UA 1K8YA 4QAIA 1N55A 2DZWA 1TPVA 5CZ0A 1AW1A 2NUWA 1YXCA 3LHYA 4NJGA 3T78A 4EWND 1Q6LA 2ZZ3A 4FEZA 3FFSA 4LW7A 2ABBA 4U28A 1ZAHA 6ALDA 3TU9A 2ZTKA 3E96A 2VFIA 3TROA 1Q45A 4M7SA 4Y8FA 5AHNA 5G2HA 5DLCA 1P4CA 4JX6A 4NVTA 1EA0A 1BWLA 3B0VC 5FF3A 3PSWA 1AMKA 2GQ8A 1RD5A 3W7GA 1NVMA 3CTLA 2G96A 3R2GA 1FXQA 1SZFA 5CPMA 3W7PA 1S5TA 3BW3A 3LTPA 4GUFA 4K7VA 3N9SA 3LRLA 3HPXA 1KFBA 2BX7A 2FQIA 1QFEA 3FKKA 5KZMA 1EEPA 1YTKA 1JR1A 1PVNA 2NX3A 5C6MA 2PC4A 3M1ZA 4E38A 2A7PA 1ZAIA 1BWKA 3W87A 4QQ3A 5FEPA 4XZ9A 4YL2A 2ABAA 3QW3A 5D2WA 1C29A 4YWIA 5CZSA 1XUUA 4MOZA 4N4QA 4LV4A 3L0KA 1X8FA 1KM5A 2GVJA 2ZZ2A 3ZR4A 1OHLA 1LTDA 2XN2A 3CB8A 1F7BA 3NQCA 1DBTA 2WNZA 3S6DA 4O1BA 3MHUA 4K7YA 2GVGA 4LNYA 3L5MA 4JD4A 4KWWA 1P0NA 4NU7A 4MZ8A 4BWLA 1M7PA 2W0UA 1G4PA 5F2MA 2ZZ7A 3FEMA 2WSQA 2Z1BA 5EY5A 2C13A 4FNSA 3LDVA 2NZLA 1I2RA 2E68A 3NXFA 2DZTA 1OYAA 1LOSA 4DO6A 4XUGA 4JN6A 1W5MA 3UPBA 4O13A 3GR8A 1HUVA 2YCEA 1L2UA 4O15A 1ZNNA 3ZFHA 4CLMA 2V8ZA 4E2BA 5J5DA 2Z0IA 2VEPA 3C52A 1KV5A 2VFHA 5FI8A 2J9XA 3C2OA 3SW6A 5K4XA 4G1KA 3NDOA 4XTDA 3HG4A 1KV8A 1ME9A 2FJKA 4PC8A 3WK2A 4JTKA 1NSJA 4NUWA 4UTUA 4JGDA 3P82A 5CSSA 1H60A 3IIOA 5D2YA 4ORMA 4K37A 1IXPA 3CM4A 3ZWSA 4BFAA 3L9CA 2VENA 4IX0A 3DGRA 3F4NA 3QYQA 4Z0SA 5U4NA 3PBVA 4DPQA 4GNJA 4JTJA 5KZEA 3EXSA 1QPQA 5MHBA 4S2BA 4M7TA 4IPIA 1OG0A 4NNCA 2B7OA 2QCDB 3DH7A 3TKFA 3UWYA 3GNNA 3GDMA 1EP3A 1OJXA 2BZNA 4AF0A 2GPTA 2V82A 3TNOA 5HR6A 2J9YA 3W74A 3MW7A 3N14A 2J24A 3TDFA 1JCLA 4ICNA 3W3OA 4JIQA 3ATZA 3GZ3A 3LBMA 4WUIA 2P1FA 4LWWA 1OX5A 5LGXA 1BKSA 3P7YA 4UFJA 3M9YA 3I7RA 4NX5A 3UQNA 3LRKA 4NX0A 2RFGA 3LXCA 4Z1CA 1JCMP 2V2DA 3I68A 4WQ6A 3PF3A 3DI0A 4OGZA 1VHCA 2V0TA 3P60A 1QR7A 3ABSA 3P84A 2HTMA 1ZFJA 3HF3A 2H6RA 1IXOA 1G4TA 3W7RA 4PODA 4PTNA 5CPOA 3GX9A 3LCIA 3C3NA 4IJBA 3KXQA 4NZJA 4EOUA 1TQJA 4HT3A 1I45A 4RR4A 3TQKA 2Z2UA 3VNDA 1O60A 2VFFA 3A5VA 2NV2A 2GQAA 4O54A 2HS8A 4FIRA 1GOXA 3PSVA 3THQA 1SQ7A 1EX5A 1I2QA 1W3NA 3W84A 3NL2A 2Z6JA 2OT1A 2WNQA 1QOQA 3C6CA 4R33A 1P0KA 1YPIA 3F4WA 3NQVA 2YR1A 2W79A 3LM7A 3GVGA 5DBUA 5J5RA 2X1SA 4O16A 3A5FA 4LY8A 3L0GA 4CNPA 1KA9F 2QDGA 3GAKA 4AVFA 2DP3A 4UTLA 3L5LA 3NPUA 1JCYA 1A5BA 1OVDA 3B4UA 3W7EA 5F1UA 4OT7A 5I3GA 3S0CA 4GE8A 5IBXA 1ZHAA 3TSBA 5AFDA 1F6KA 2RHGA 4GUIA 4CQ9A 3PBUA 1EIXA 4N4PA 2E5BA 4NJKA 1J4EA 3THAA 1C8VA 1L6SA 3CU2A 5SWUA 1LLZA 5LNRA 2OCZA 2H3BA 3EWWA 2V30A 1BTMA 2A85A 3IGSA 2ATMA 3UY7A 3LCFA 1PCWA 5G2WA 3TIMA 4AB4A 2FLIA 1IGSA 3G8RA 3KFTA 1H7PA 1ICQA 4JTGA 3LOTA 5I3FA 2Y89A 3Q94A 1ZCOA 4ZQOA 4RKAA 3MBDA 5IBXC 1TRDA 2ZRUA 1FX6A 5AHEA 4NJIA 5CZJA 4H4IA 5D09A 3LB0A 4NXSA 4OQVA 1DJNA 3NPXA 5C54A 1QO2A 3QEZA 3W86A 2WOQA 2FDSA 5DCDA 1OABA 3W07A 3S1UA 1I4NA 3LHZA 3TMQA 5LNSA 5TQLA 3TQ0A 1XBZA 4Z1DA 1YDVA 5C2XA 2CU0A 3PVFA 3JR2A 3CC1A 3QM3A 2AQWA 1O5XA 2RH9A 3U8GA 2WKJA 4BI7A 1FDZA 4OHQA 3IVSA 2FPVA 2PURA 5K9DA 7TIMA 3H53A 1YYAA 3W7HA 1P5BA 1Z41A 3IRDA 1DV7A 4LVFA 3R13A 2E6DA 1K02A 3GB6A 3TAOA 3BVJA 4YLWA 3LLFA 1H7NA 4RLIA 4A22A 2H90A 1V5XA 4I9AA 4MIMA 3SECA 1HFBA 5EMUA 1ME7A 3NQ6A 4O4WA 2J6XA 2JKEA 2FTPA 4OV4A 2QKFA 4S1FA 3P8JA 3F03K 1KLZA 1MEIA 2VFDA 5KITA 3LTYA 4E2DA 3TXZA 1UASA 1QO5A 1VR6A 2GUUA 2O7QA 3P8IA 1GG0A 5DCEA 1LORA 1SZEA 1G69A 1Z42A 1NF0A 2NX1A 4CQAA 4IWWA 3BGJA 1FWTA 1K8XA 1W56A 2E6FA 2V2HA 5G1YA 3W7JA 2A6NA 3G1AA 4MY9A 4QISA 4RZ5A 3U6WA 1LBMA 1CW2A 4MZYA 3VFLA 2VKZG 3CT7A 3LLDA 3HO8A 3LRMA 3MO7A 4JYEA 4FX7A 1MEHA 4FO4A 1H7WA 4K36A 3NZ1A 1NAL1 1XBYA 3O8AA 3N3MA 5LSMA 3GNDA 2Y7DA 4NNAA 5H91A 4JXCA 2R91A 3SJ3A 3LGEA 2V81A 1JCJA 2A21A 4HSNA 1OFPA 1DHPA 3NQGA 2X2GA 3O1NA 4X22A 1TTIA 2HMCA 2F7FA 3NL3A 4ORIA 1T8XA 3INPA 2QJIA 1MEWA 3GDKA 1SUXA 3UY8A 1H1ZA 4N9BA 3G3DA 2CFFA 3E0IA 2ZRWA 3QSTA 1LOLA 3TFXA 4JICA 4AAJA 2LLEA 4MLJA 4PH6A 1D9EA 3O6CA 4JIPA 1WQ5A 1R2TA 1AL7A 3Q2DA 4O0KA 3V75A 1TV8A 1TV5A 3W1LA 1J5TA 3BV4A 4D2JA 2CW6A 2NUYA 8TIMA 5U7SA 5TBOA 1RQBA 3RMJA 3TK7A 2O7SA 5F4SA 1JUKA 2A4AA 3CHVA 2DORA 2B4GA 1KTBA 2RDUA 3QC3A 2J9ZA 2Y85A 1OX4A 4R34A 1GPWA 1D3HA 4JTEA 4CQ8A 3SFKA 1I2PA 2GQ9A 2UV8G 5HNRA 4FXRA 3BK0A 3EWXA 1K7FA 5DXXA 4MFEA 1HL2A 3MBFA 5AYYA 3TFCA 3DFTA 3P5ZA 5IM51 3DKLA 3PG8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1U5J A;  3GXN A;  3MWC A;  2WMI A;  9XIA A;  1QNV A;  3N17 A;  2DVU A;  1HW6 A;  3K4A A;  3E0L A;  3WEL A;  3UU0 A;  2QDH A;  4Y7E A;  4GNK B;  1ZZM A;  1QXL A;  2A3L A;  4Z17 A;  4ZTX A;  2ALD A;  2QEZ A;  3W2N A;  1OYB A;  4JQ2 A;  3R12 A;  3UPM A;  1OT2 A;  4S3G A;  2HQA A;  3PJW A;  3B03 A;  1HKK A;  3SCS A;  5AHI A;  3G3M A;  1E9Z B;  5HQE A;  1CGX A;  3CL7 A;  4B3Z A;  3RM8 A;  5TIM A;  2J74 A;  1DID A;  2QUL A;  4CN1 A;  3WLO A;  4Z2L A;  2PZ0 A;  3C56 A;  2FH8 A;  5I78 A;  3STP A;  1DJZ A;  1QDS A;  3I6E A;  4Z2G A;  3ZLH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Z42A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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