1Z69A

Crystal structure of methylenetetrahydromethanopterin reductase (mer) in complex with coenzyme f420
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
MKFGIEFVPSDPALKIAYYAKLSEQQGFDHVWITDHYNNRDVYSTLTVLALNTNSIKIGPGVTNSYTRNPAITASSIASIAEISGGRAVLGLGPGDKATFDAMGIAWKKPLATTKEAIQAIRDFISGKKVSMDGEMIKFAGAKLAFKAGNIPIYMGAQGPKMLELAGEIADGVLINASHPKDFEVAVEQIKKGAEKAGRDPSEVDVTAYACFSIDKDPVKAVNAAKVVVAFIVAGSPDLVLERHGIPVEAKSQIGAAIAKGDFGALMGGLVTPQMIEAFSICGTPDDCMKRIKDLEAIGVTQIVAGSPIGPAKEKAIKLIGKEIIAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of methylenetetrahydromethanopterin reductase (Mer) in complex with coenzyme F420: Architecture of the F420/FMN binding site of enzymes within the nonprolyl cis-peptide containing bacterial luciferase family
pubmed doi rcsb
molecule keywords Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methylenetetrahydromethan
molecule tags Oxidoreductase
total genus 119
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.5.98.2: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase.
pdb deposition date 2005-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1z69A00
1TVLA 3B9OA 1NQKA 2I7GA 4US5A 3B9NA 1BSLA 1YW1A 1BRLB 1BRLA 1FVPA 3FGCA 3SDOA 3FGCB 4J2PA 5AECA 5LXEA 5DQPA 3C8NA 1EZWA 4UWMA 1RHCA 1LUCB 1LUCA 3B4YA 3RAOA 1NFPA 1M41A 1Z69A 4US5D 2B81A 1XKJA 1F07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MQRA 2QCEA 2A2IA 4YHEA 4GC3A 4W8BA 3THQA 1UWAA 1UD4A 4GFSA 3QVQA 1NP0A 1FKXA 4PMDA 3GW3A 5EMYA 3VO0A 1EP1A 3MKVA 3ALGA 1GOXA 1EHNA 3MUAA 5A8QA 3W71A 1LYXA 1TPB1 5T26A 3UT0A 4KWOA 3AMCA 3GFXA 2PC4A 5K7JA 3LPOA 4WD0A 1CDGA 4XSLA 3QOKA 5T91A 4DLFA 2DZUA 2D0GA 3CHDA 4K8HA 1BXBA 3PUEA 4RR4A 2GJXA 2IXVA 4AC7C 3VX1A 4C65A 3AZTA 3OGVA 5HUOA 4M51A 4BS0A 1JI2A 2WV8A 1V08A 3QHNA 4QQ3A 3LTYA 5ABFA 4FOKA 2WYSA 4LW7A 4XBKA 1P1MA 3PUOA 5D9PA 1GZGA 1LOQA 4WJXA 1ONWA 2X1RA 4DJED 4L1XA 3BAYA 3VKAA 1U5JA 3WF0A 3NGJA 3PY2A 3S5YA 2OKTA 1EYWA 1Q45A 1ODZA 1QHZA 3TYEA 4RXGA 4PSRA 5DXYA 4O52A 4TVDA 5C5YA 4PULA 4H19A 3KTCA 4B5UA 5L6UA 4E5TA 4XZBA 2J79A 3LOTA 3N2MA 4HPJA 3MV11 4WDUA 1TX0A 1FVPA 2QCHA 1UP3A 1ISYA 4KEMA 3UCDA 4AISA 1ME7A 3BSHA 5KEZA 4KWWA 1ADDA 1F73A 1JYWA 1TV3A 2ZX9A 3LHWA 3G0UA 5AZ0A 1P0NA 1M3UA 3EA2A 1VC4A 1HL9A 3EYPA 3WD4A 3TW7A 4KEVA 1JCLA 2C18A 3ABXA 3GB6A 2FKPA 2E25A 4AEEA 1F5ZA 2GUYA 4TU1A 3INPA 4L6OA 1K9TA 3G0SA 3GXIA 3S83A 4OGZA 4QM1A 1KRAC 1OBAA 1CBGA 4GMEA 1DIEA 1OZMA 3IIOA 4XBJA 4ERGA 3VKDA 4I7VA 2OT0A 3M0JA 2G50A 1UUQA 2YL8A 4QEHA 2PMQA 4O1FA 4LUYA 4CNOA 3H2MA 4W5ZA 2RKXA 1DJZA 3PB0A 2PZ0A 4ORMA 2V5CA 1VFTA 3NGFA 4Q8PA 2YSWA 2CIPA 2BBFA 2ACSA 2ZCGA 4NAFA 4MFDA 5G1MA 2A3AA 3DFQA 3C5QA 4LBUA 2E40A 5IHRA 3ABQA 3TOYA 1IZJA 1VIWA 3QTPA 4IF2A 3LA4A 1YKWA 1EDTA 2V3FA 5H6HA 3U7VA 1O5QA 4IQEA 4JIPA 2NWSA 4JS3A 4CNNA 1CXFA 3AOFA 1H7XA 4PB3A 4DY1A 1W5NA 4L1WA 1EJRC 4RKAA 3W7DA 2QDEA 3PWAA 4LYPA 4GIAA 3A47A 3W1NA 1H62A 4B5WA 1XLMA 1XYBA 1NQ6A 4KWSA 3T0DA 4EE9A 3AICA 2OQYA 4H9XA 3MB9A 4DJFC 4ML4A 1HKKA 3SJNA 1NOFA 4HJFA 2AKZA 3KBVA 4RZBA 3R6IA 3TKFA 1SZEA 2BXVA 2HZGA 2EO7A 2VUYA 3UXKA 4HD5A 3AIQA 9RUBA 5EPDA 4JEJA 3T9PA 2YIHA 4OOZA 1Y5XA 1R7OA 2OZ8A 4PRTA 1FWTA 3N2XA 3EOLA 2X8RA 3CWOX 4KWVA 4HNTA 2WM1A 3STFA 2W5FA 3CHCA 2HXTA 2DORA 5B80A 4CEUC 2QZRA 1CGWA 1XJBA 1K8XA 4HZMA 4X60A 1FWEC 4B92A 5HMFA 3KX6A 1MW1A 1XINA 3IIXA 1RVKA 4U5IA 3EWZA 3HQNA 4Z2KA 1UHVA 4NZFA 3BK0A 1BLIA 5G1YA 1QI5A 1ZAJA 2Z1SA 1OF8A 3WZ0E 2DJXA 3DHFA 3QQ1A 4MZYA 3HMJG 3HO8A 1TSIA 1H4PA 1EBHA 4WY0B 1XLAA 4JAWA 1Y7VA 3MHFA 4X63A 1EH9A 2G41A 4J7RA 4AC1X 4WDTA 1UP0A 3CL7A 3JZEA 2BODX 1GYNA 2UY3A 2X42A 2PTWA 5LXXA 4RZ6A 1HL8A 1NOWA 1ZAHA 3W38A 5LIUX 4KIEA 4JDBA 3NPUA 2OT1A 4C90A 2BG5A 4V15A 3P2VA 3C0QA 1T40A 1YTDA 2I57A 4DXKA 4GG9A 1H7PA 3PTQA 1YADA 1HZYA 1TCMA 2PDHA 3FJLA 3ZT6A 5JXQA 4M6UA 1IYXA 2OQHA 4YIWA 3G1AA 1UUOA 2QUUA 3T05A 2VRKA 4HZ7A 3BJFA 5JBEA 1E55A 1ZP3A 4UCGA 1SZGA 1JDAA 2V3GA 4XO6A 3NQ7A 4S3CA 3CT2A 1Q8AA 2H8XA 1V51A 4JQ1A 4AXNA 3N18A 2ISDA 1EX1A 3RILA 3NZ1A 2CLFA 1SSGA 3HBLA 1G6CA 3ZMRA 2BY3A 5CC7A 4JTAA 4PBGA 3NSXA 4G7EB 4FMVA 4CNPA 4XVDA 1DPMA 3EWBX 1CIUA 3QN3A 4DBSA 1JGIA 4CD5A 1YBQA 2BS9A 4MB3A 3RMEA 1XRTA 2WSYA 2ACRA 3W73A 3KVMA 1M7OA 1NVMA 3ZO9A 4D8LA 4M6PA 2PRMA 3QV6A 4JDYA 3IUIA 4H1ZA 4I8DA 2ZUMA 3ONCA 1TJPA 3RX3A 3VD3A 4IQLA 3TP4A 1XLLA 2PDYA 3WQFA 1CLKA 1WKDA 4P7RA 1X1NA 5C2CA 3P7YA 2Z1BA 2IMRA 3VNZA 3HG2A 2PI6A 3WQGA 4KKXA 3AIRA 1V8EA 2WW5A 3FJ6A 1XQKA 4W93A 4CQ9A 1KBLA 3PSVA 4AD0A 4FA3A 2VWSA 1X1OA 3PNUA 1OYBA 1BYAA 3SJ3A 4Y8EA 4PC8A 4EXBA 1JZ2A 3RGTA 5EMUA 4KCVA 3UZYA 3RUBL 2NXGA 3WK3A 1BYDA 1XCFA 1PKNA 1OSEA 2GGJA 4NRRA 4TV5A 5DRCA 3SCTA 3P82A 4DF0A 2E1WA 4FXJA 3WYZA 3W82A 3J7HA 4C1NA 2PTYA 1B4EA 4K3ZA 1IT7A 2W66A 3I6EA 4KFPA 3BW3A 3RRAA 2PF8A 4Q8TA 1TCDA 4HYWA 2F6KA 2CC0A 1BWVA 3U48A 2Y1HA 3GX9A 4BF5A 3T7VA 4IOTA 3ZJ7A 1E0TA 5AN7A 2DSVA 5E70A 1BWKA 4H9VA 5B7ZA 4RLIA 2QF7A 2YB1A 1B30A 1AQHA 1EC8A 3AMDA 4J3WA 3S9ZA 3H21A 3LCLA 5LNUA 3C2OA 2OFJA 3P74A 3DHUA 2PAJA 3STPA 3BWWA 4IMEA 3STEA 4Z0SA 4W4QA 3A3XA 3MUZ1 4XAZA 4W87A 4S23A 4WHBA 4GUJA 1FWJC 3WD2A 4URIA 4AVFA 5EBAA 1BTCA 5KZ6A 1KTBA 3TU9A 3CB3A 3QMSA 5DCEA 3MWAA 3H4GA 3M0KA 4XX6A 5C9ZA 2WC4A 3GVGA 2QULA 3GD6A 5HWMA 4WDWA 5AOUA 4PODA 2ZUNA 4EPDC 4H7CA 2RUSA 1TJ0A 5CGTA 5FEWA 3NOYA 1EL3A 3ZR6A 4PMZA 1M68A 3SCOA 1DJHA 5ABFB 4YPJA 3QPZA 1W1B1 3IIPA 3RCYA 1HVXA 1F76A 2HNHA 5HDRA 5HAOA 3WD0A 4CD7A 3AU6A 2VZSA 1TVLA 2CBUA 2MANA 5EB8A 2Q8XA 1MQQA 1KCXA 3UCCA 1KQZA 4Q32A 4HP5A 3QY7A 4ICNA 3WG6A 5LNSA 5AECA 4NNAA 3KDNA 2ZFAA 5FL1A 1REQA 4JNYA 1UR1A 2V6AA 1Q6DA 3G1RA 3E74A 5HUPA 1H7WA 1I0BA 1ISXA 3DI1A 4WY0F 2E8ZA 3ITTA 1IXPA 4GO9A 5IHSA 5HNNA 3A24A 3Q94A 1VJSA 2CNCA 3DN5A 3DHDA 3TNBA 4HTYA 3CUJA 4H6QA 5M03A 5BXSA 1E3ZA 3RG6A 1V0KA 4JTCA 3MVIA 1NIUA 1XH1A 2D22A 4MYAA 4AYSA 2HS8A 2R91A 2VVSA 1PHQA 2VNCA 3KWSA 1TZZA 2D2OA 1W3HA 2OLSA 4HN8A 3M64A 4QP0A 5J8LA 5AVHA 5E9AA 4Z42C 4PZVA 3BG5A 4LSBA 4REQB 2FHCA 4FOUA 4A2RA 2IQ0A 3DBPA 2PF0A 2A7RA 4HNLA 4AEFA 6CGTA 1EUAA 3NTYA 3P14A 3NZRA 1XM3A 3EXRA 1SJAA 1VYPX 3WLIA 5K3VA 4JCLA 3AIUA 3BJTA 3TH6A 4LWWA 5FA5A 1JQXA 2Q71A 4D8ZA 1F6PA 3MO7A 1X7IA 1ZJHA 3CH0A 3IGHX 1J18A 2VOTA 1EJTC 5GNZA 1XLGA 2RH9A 4S2BA 3C61A 1VQTA 3B9EA 3SDOA 1V0LA 4R5EA 4Q3MA 5I02A 1XW8A 3O6YX 3APYA 3VZXA 3T0CA 5KITA 4FX8A 4NAFB 4R7WA 1PV8A 2B7NA 3HJZA 1PUDA 4EXAA 4AAJA 3I6TA 4H41A 5I2UA 3GXMA 4JKLA 3R8RA 3BQ6A 3NQVA 3C2FA 3UZXA 2X0YA 1RBAA 3IUHA 2FZNA 3LZ3A 3QXBA 3SFKA 1B5TA 5D8WA 2BY0A 1XG3A 4GQGA 4MY8A 2R82A 4JXCA 7PTDA 4A3YA 3E2QA 3S2NA 3M1ZA 5BWAA 1ZU8A 3SUSA 1K7XA 1LBMA 1Q6OA 1VD6A 5TD4A 2VFDA 2Y4SA 5XIMA 4FAMA 2ZA1A 2WZEA 4NRSA 2VC6A 3E0FA 5G2HA 1LL7A 2NV2A 3FEMA 4Q6JA 1V7YA 2VRJA 2PLMA 3S5NA 1SFJA 3SGGA 4RZ5A 1XG4A 2PGFA 5HPOA 3W02A 4NILA 1UWTA 2V2CA 4FXFA 2NXIA 1IR2A 1DIDA 4FX7A 2C0HA 1ZAIA 5ABGA 3P61A 1RQEA 1V0NA 1L6GA 4JNZA 4JTIA 3P80A 2WVSA 3O0KA 1JPHA 3IARA 2Z0IA 2CERA 3APTA 4NUWA 3N3MA 1W2PA 1E0UA 4H3DA 3LRKA 3L66A 4FLRA 3OGRA 4FALA 3BCFA 3VMOA 2DDXA 4LVFA 4WOQA 1PDZA 5I00A 3S46A 1IEWA 3DENA 2X7VA 3LCGA 1EHAA 4IP7A 4H7VA 4MWAE 4X0VA 1E1CB 1VBUA 2HRWA 2HE5A 7TIMA 2QGHA 4GI8A 2F8QA 2V3EA 2J7FA 2VM8A 4HKPA 1K4GA 3MP5A 4DYKA 4GVGA 1FDJA 2E9BA 1K70A 2E09A 1E73M 3UXDA 2R1KA 3AC0A 1QPQA 3BOXA 4DBWA 1TV8A 4HIBA 1DJIA 2BLEA 3CV7A 1UOKA 2X40A 4AHQA 1CXHA 2XG9A 3HQ1A 2QUNA 3DXIA 4DWSA 3DKJA 1W1PA 1X8CA 4UB9A 1ZPTA 4RUBA 3VM7A 4OZOA 3W83A 2WC3A 1GOKA 2VCBA 3PTKA 1TTPA 3NSNA 5F2MA 1QT1A 4XAGA 5A2CA 1MUCA 4H8VA 2IQTA 3AI0A 3M0ZA 2DUAA 2QXWA 4AG0A 3H7VA 4UTJA 3WJYA 1PVNA 4H6RA 2E5CA 2E3ZA 3MUXA 3SQSA 4W7UA 4ERIA 4MJ2A 1OHLA 3Q67A 2J24A 2Q3RA 2CPUA 3AXIA 4J35A 5BROA 1WQ5A 1HQTA 2OSYA 3CAQA 2WZIA 4CQ8A 4EX4A 4FEZA 1JCTA 4YYCA 4D6FA 1YPXA 1DOSA 3DECA 4EPBC 4Y7EA 4UFJA 4K36A 4JIRA 1VEMA 1PCWA 4GXWA 3ZJ6A 2HK0A 1IZCA 1P0DA 1S2CA 3DHPA 5AVNA 1EP3A 1KD0A 3ZR4A 4FOJA 5LKYA 2EPHA 2NW0A 3BANA 2XGZA 3L2LA 4JTGA 2YGYA 2OOGA 4DYJA 2QV5A 2Z25A 2EKCA 3OIHA 3EX1A 1NM9A 2P1FA 2FGLA 3CPRA 2CLKA 1OIFA 2VD9A 1VF8A 1FXPA 1HJQA 1CLVA 2CLPA 1DYSA 3WMLA 1BEUA 3OVGA 3URNA 4ZOCA 1P5BA 4I90A 3RCNA 4K7VA 2VO5A 3KEHA 1FCUA 1SQ7A 3ZOAA 1TR1A 4GINA 2POTA 3QFEA 4TX8A 3NDOA 4J3ZA 2ACUA 4YVPA 2Z1KA 1WYIA 4OIFA 1XRFA 3SADA 1XLEA 5LA2A 1V3IA 1Q6QA 2OSXA 3WO8A 3DDMA 3TJ4A 1XLJA 1Q7QA 4ZXLA 3LI1A 1A5UA 1RQBA 1XI3A 4PMUA 1WAWA 3B4YA 4BZYA 3TCEA 3CYVA 4XQ6A 2C79A 4AZ6A 2V68A 4JQ3A 3WNLA 3S9YA 1JD9A 4BF9A 3P0WA 2QF8A 1FTXA 2TRSA 3F7JA 1R46A 5ABTA 4LVBA 3PSWA 5DFAA 1PPIA 4AZ7A 5I77A 3T6CA 3WDJA 3AIEA 2V38A 2PGWA 5A6TC 1A49A 3NAVA 4BQ5A 4J3TA 3NYDA 4EWJA 5J5RA 1TUFA 1TPC1 1LBFA 4RW3A 1H51A 3TJIA 2PTXA 3TZNA 3N3TA 3QGVA 1GKQA 1K8YA 5CH9A 3QC0A 4GJ1A 2WCAA 1EEXA 3CLMA 3L67A 3WF4A 4GZ7A 1Z3NA 3IJ9A 4N9EA 2X1UA 4ZVJA 4ZQCA 4KRTA 4AWUA 2ZX8A 4AMAA 1AZ2A 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