1Z69A

Crystal structure of methylenetetrahydromethanopterin reductase (mer) in complex with coenzyme f420
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
MKFGIEFVPSDPALKIAYYAKLSEQQGFDHVWITDHYNNRDVYSTLTVLALNTNSIKIGPGVTNSYTRNPAITASSIASIAEISGGRAVLGLGPGDKATFDAMGIAWKKPLATTKEAIQAIRDFISGKKVSMDGEMIKFAGAKLAFKAGNIPIYMGAQGPKMLELAGEIADGVLINASHPKDFEVAVEQIKKGAEKAGRDPSEVDVTAYACFSIDKDPVKAVNAAKVVVAFIVAGSPDLVLERHGIPVEAKSQIGAAIAKGDFGALMGGLVTPQMIEAFSICGTPDDCMKRIKDLEAIGVTQIVAGSPIGPAKEKAIKLIGKEIIAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
publication title Crystal structure of methylenetetrahydromethanopterin reductase (Mer) in complex with coenzyme F420: Architecture of the F420/FMN binding site of enzymes within the nonprolyl cis-peptide containing bacterial luciferase family
pubmed doi rcsb
molecule keywords Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methylenetetrahydromethan
total genus 119
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.5.98.2: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase.
pdb deposition date 2005-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1z69A00
3B9NA 3FGCB 1LUCA 1NQKA 3B4YA 4US5A 5DQPA 2B81A 1NFPA 1Z69A 3FGCA 1FVPA 1EZWA 4UWMA 3SDOA 1M41A 1BRLB 5LXEA 3C8NA 2I7GA 1F07A 1BSLA 1XKJA 4US5D 1BRLA 1LUCB 3B9OA 1RHCA 5AECA 1YW1A 1TVLA 3RAOA 4J2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DXKA 2Y88A 1Q8AA 3B9NA 4XB3A 2J88A 1M03A 4GXWA 2G95A 4AIOA 1WDQA 3UR8A 1JG9A 4GNVA 3MWAA 5FSEC 4PA8A 3BV4A 3UR7A 5LIWX 4I6KA 2QW5A 1V08A 1RP9A 3CHEA 4C6FA 1MFVA 4V27A 4PL1A 2V38A 2J75A 2FMNA 3ARZA 5FKYA 3D5HA 1CXHA 3LCFA 3UP8A 3BSGA 1A47A 4EWJA 3PANA 3VFLA 4R7WA 4CQCA 3CZKA 3SSJA 4RZBA 3E3HA 3G8RA 4R7JA 1YLVA 2B7QA 2PDNA 3LPOA 2ZRYA 2HXTA 1QAPA 5F4XA 5EMLA 3L4YA 1TJ1A 4H8NA 4K8EA 2RDUA 3HPZA 1YTEA 2QUNA 2CLEA 4BI6A 1IZCA 4PMXA 1PS9A 2HPMA 3VMPA 3UXAA 4CKQA 1WOBA 2Y7FA 5D9OA 4UTLA 3EYPA 2PCQA 3T2QA 1IEWA 3ITCA 3RFAA 4XBJA 4TV6A 3WF3A 5CC5A 4DZHA 4H9TA 2PAJA 1Z32X 1SQ7A 3PNZA 1GOIA 1X1NA 3SGZA 4C6LA 3NNTA 4NYYA 4L9XA 4M29A 1O1HA 2EPNA 1XYCA 1DQWA 3WFAA 7CGTA 3ZJ7A 3L4ZA 4R33A 1ADSA 3F4NA 1HXJA 4UQEA 4ZVJA 2A6NA 3RM4A 4ZB0A 3W7PA 1YDOA 3UA4A 3SR7A 5I3FA 3OZPA 3QRHA 2I5IA 4JNZA 2PLCA 1PIIA 4DAFA 2CBJA 2INEA 1YNQA 2ZZ3A 4GIEA 2VOTA 4QR6A 4AD3A 2WHMA 3MMWA 1DE5A 1TPC1 3CWNA 3W7KA 4MB5A 4BKNA 4ZEPA 4YIWA 3LB0A 5A8PA 4O19A 4MNLA 3MPGA 4PUDA 1NFBA 5BNKA 4ZOCA 1JPHA 3CXOA 1FHUA 2PA6A 4OFCA 1B1YA 1EGZA 3QMSA 4KT2A 3NDYA 2EPLX 2J47A 1E40A 4F66A 1JD7A 5EFDA 3WD2A 2ZTKA 4AWSA 4HOXA 5L9FA 2C19A 3W1QA 5H8MA 3UFYA 3OVRA 1LL6A 2Z25A 3BJFA 4WKFA 3STGA 2AKZA 2QNEA 1J5TA 1M68A 3TK7A 3K8KA 1TPWA 4X9SA 3L4TA 3FKRA 1PHQA 4UTKA 1PX8A 4GLEA 4AF0B 3GDBA 4UTMA 3WLLA 1JI2A 1ZS2A 3EX2A 1BFNA 1S5MA 3R8GA 1SJDA 1OABA 3LHTA 3VD4A 2ZE3A 3SJNA 1W8GA 2CKSA 4LEQA 4AVFA 3KEHA 4H9ZA 2XIQA 5BMXA 3C6CA 1IZJA 1XYAA 4LUYA 4IL2A 5T8GA 1SU5A 1WUEA 2VUYA 4MNMA 3UY7A 3RHGA 4JFTA 3DESA 2YYUA 1SSDA 1BGGA 1ZB5A 3GVRA 1LOSA 4H6EA 1KRBC 1VFUA 5BU9A 3DGRA 3T8QA 1K7FA 5JBFA 3TQKA 4D72A 2Z27A 3AQUA 5I3DA 2E8YA 5U7SA 4ZB2A 2FB2A 3AIEA 1TPH1 2CERA 1OGGA 2QJJA 4J3WA 3LXCA 5DO8A 3GNRA 3MTWA 3HGRA 1A5AA 2D73A 4ICNA 1OY0A 3EXTA 3KVJA 2ZRVA 5CAHA 3TMQA 1TIWA 1FY6A 1RVKA 1IWAA 2TMDA 4W8AA 2HK0A 2YL5A 1EYWA 3TZFA 3OQEA 1KM6A 2GWGA 1MMFA 3EB4A 1EQCA 1E6SM 3HQOA 4DN1A 1R5YA 1J96A 4P7OA 4XKYA 4Q8UA 3UPMA 3WZ0E 2DFAA 3WKZA 4C6IA 1NF0A 1S2CA 4F0RA 1P1XA 1T41A 5C9XA 1W9UA 1F3WA 2GL5A 4GABA 4EPDC 3GXFA 1PX3A 3FOKA 5GVJA 1Q63A 2XM2A 1W9XA 3VMNA 1LBFA 4M6VA 1QPNA 3B8VA 4NUWA 2GDVA 4S3GA 1XJBA 4WY0B 4B16A 1XF0A 4R7OA 3SEPA 3N6QA 1F8MA 5HPOA 2H8ZA 1K6AA 2C0AA 3N12A 2VNCA 1EP2A 1LQ0A 1JD9A 3QY8A 2DW7A 4GISA 1NSJA 4JTAA 2WSQA 1FX6A 4HNNA 3ME3A 5DT7A 4LY4A 1G67A 2V69A 2V5CA 1O7AA 1XC4A 2Q6ZA 4XO6A 1JL8A 1OFEA 2XGIA 4FOKA 2G3MA 3C8FA 1TPVA 3TTSA 4TO8A 3E1F1 1C8XA 2X1RA 2J74A 3QBUA 4FMVA 4F8XA 5IBXC 4S3DA 3AOFA 5HR7A 3N15A 5DLCA 3TUUA 5KSWA 3UD6A 3QKEA 3ENLA 3PZOA 2J8GA 2NV2A 2XIJA 2WV8A 5FF0A 3LU2A 3V1HA 3GLCA 4UMCA 4D71A 3POCA 1DIEA 2IQDA 2PEVA 4LBUA 1B3XA 3E96A 2G3FA 3MDUA 2GQ9A 3LBMA 2CXGA 1HQTA 3NOEA 4GY1A 1E71M 4AC7C 1UKQA 5CSYA 7ENLA 4I9AA 4W8BA 1RV8A 1QNRA 5D09A 2BG5A 3AMCA 1SJBA 2TYSA 1N8IA 3TN4A 3P5ZA 3LCIA 1L6FA 1UYQA 3BGJA 1GG0A 1P6CA 4NT0A 4LU0A 3U48A 4HKPA 3ARTA 4JFUA 4G2DA 1D8WA 1I45A 3E2RA 3GK0A 3IGXA 1BLIA 2YCJA 1E9ZB 3JRKA 4WKHA 2OGJA 3BZJA 4Z0JA 4DPQA 4WZHA 4O1AA 4BEUA 2FKPA 2E7FA 3HPFA 1FWIC 4Q8WA 3QW3A 3KCLA 4HCLA 2Y1HA 4LNYA 3R8HA 2DV0A 4FXSA 3AXHA 3E2SA 1FWHC 2WLYA 2FB3A 5AYZA 4AYSA 4GJ1A 1M6JA 3UJRA 3DERA 4Z1BA 4S3JA 4ZOBA 3WBWA 3WK2A 3AIRA 1K70A 3IGHX 4GHRA 4Y6GA 3WJSA 2VO5A 3VUPA 5FEXA 3GC4A 4RKAA 3WD0A 3ZSSA 1EUAA 2J7DA 2PURA 1S2TA 4H8VA 1VFSA 5GJPA 2EG8A 2PTDA 4NQ1A 4YMZA 3H24A 4AZIA 4CNTA 4PYSA 4WSKA 2PS2A 3RYSA 3STPA 2BZNA 1VENA 3NPUA 2WNQA 2R94A 5ECVA 1KLYA 4AMCA 4A2SA 3FVDA 1SM9A 3WQCA 2XFYA 2VX7A 4HNUA 2P0OA 3BG3A 2FTWA 3TQPA 3VDBA 4F0KA 4GWEA 4Q8OA 3KZSA 5FJJA 2A3CA 2BHYA 3C3UA 1XH1A 3HIJA 4LANA 4JQAA 4PSRA 4MSSA 1XW8A 1J12A 5BYWA 1QASA 4C7FA 2WCSA 2WZHA 3H7VA 1UPMB 3W7JA 4NILA 1J2BA 4FAMA 4C6MA 1JYWA 3N4AA 1PKNA 2H9AA 1BWKA 1NWUA 4GIRA 5EMYA 3QW4B 6TAAA 3W6MA 4C6KA 2ISFA 2CWXA 3S6TA 3GS6A 1K7EA 2PDKA 1PIFA 3F4WA 3URAA 3II1A 1B3VA 1X96A 4U2ZA 1SUXA 1OX5A 3AS1A 2HNEA 3SRHA 3VABA 5JIWA 5JBEA 2WSRA 1VRDA 4IXHA 1G4TA 3IS4A 4NYUA 2YCIX 1YXCA 3DHFA 3OLGA 5HA7A 3DHUA 2V82A 5KITA 1SZEA 3KDOA 2ZRZA 3BJSA 1JYVA 4HMDA 3RK8A 5C9WA 2QDDA 4ADTA 4LXFA 1LZOA 5I3KA 1UD2A 5I24A 2PGRA 2PODA 3T0AA 3TXZA 3ITOA 4IPLA 1RD6A 4CQAA 4LAUA 2VEIA 3K4AA 4PZVA 3F03K 4WRHA 5EGRA 3RPDA 1KFWA 2VDIA 4I8DA 1THFD 2P1FA 1R6WA 2X40A 4EXBA 2FGLA 1AD4A 3LGEA 4F2UA 1AZ2A 1TMHA 2P88A 4XD4A 3G3DA 2GYIA 1UR2A 2CHNA 3R1ZA 3NDZA 3OHMB 1AW2A 2HCVA 3W7IA 3NWRA 2V81A 4MMWA 3OP2A 1VFOA 2VFFA 4O8RA 4WXZA 2P76A 3G18A 2YW3A 4K1GA 1QI3A 3ONBA 4B5VA 3S3GA 2A85A 3DG7A 3UXKA 1EBGA 1JNDA 4KIEA 3CV7A 3W1AA 3BSHA 5KEZA 2XFWA 4M82A 5I23A 2VX4A 1FWFC 2F6KA 2NX1A 3MUY1 2X7VA 3S5SA 1YIXA 5G1MA 2J25A 4Q8QA 4GRSA 2YBUA 2WSPA 2XWDA 4IGSA 5LIYX 3WQFA 1MQQA 2CBIA 2GUBA 5AHEA 3WL0A 3G0UA 4AZ5A 4PTNA 3V16A 5XIMA 1CBGA 2JKEA 3V35A 1JZ8A 3ZXWA 5EMUA 3NQBA 4HPHA 4N4PA 2ZUWA 2VMFA 2Y7GA 2YFOA 4UCGA 3UZWA 4GVHA 3A3WA 4GKLA 3NFUA 2NXGA 2IKGA 1QW9A 2INFA 4RZ6A 2ZIDA 1PWMA 2WXDM 2EXOA 2G5WA 2OEJA 4GI9A 4MPQA 1KV5A 4ACZB 5FCZA 4JX4A 4UTTA 1U2YA 2QAPA 3RNDA 3CNYA 3WH8A 4ENLA 3QFEA 3LPGA 4NXSA 3W1UA 3AICA 1UD6A 2FVLA 2Q3RA 1C7SA 2QULA 3LEPA 2IPJA 3ABSA 3I7RA 2HK1A 1EGMA 1GQNA 3UWEA 4U3AA 3CH0A 3GFYA 1I9CB 4HPJA 5LNSA 3UNDA 1J9YA 1UQZA 3M0MA 4BWLA 4FOUA 3UU0A 1F8IA 3MS8A 1JQVA 4JR5A 3OEXA 4UFKA 3VNIA 1UJQA 2WJZA 4LYKA 1KFBA 1ZQ5A 2D1ZA 1WXZA 4J3VA 3P6LA 1YYAA 3WMCA 4BA0A 5AVNA 2OLHA 1WZLA 3CEPA 1TZ7A 1VYPX 3KLLA 4LYPA 1ZBKA 4RNFA 1K9DA 4WSJA 1Z41A 3KHJA 2RDTA 3ABOA 4QNWA 3C2YA 2WCAA 3FEMA 1R47A 1YMYA 1JYNA 4O1BA 3VINA 5EMMA 1VPXA 3RRAA 3PJWA 4YXGA 4P8VA 2B7PA 3W9ZA 4LFYA 3W71A 1F6KA 2X2GA 4N0RA 1TV8A 1GVIA 3FV9A 4DUWA 2J7CA 5AHNA 1XGZA 4BQ4A 4I6VA 5A8OA 3PWAA 4M3PA 5FF3A 1ISZA 3VM5A 3AMGA 1EWEA 1PTAA 4R34A 4XO7A 3FW6A 3NQFA 3WO8A 1ZTVA 1E6NA 2BOFX 4JICA 1M7XA 4JYEA 3AYVA 1L0PA 1YADA 2E5BA 4GXMA 3UBPC 2XH2A 2E6DA 1X1OA 2I17A 3KZPA 3NGJA 4J7RA 1W32A 4FNQA 1FP9A 4R9OA 2O9PA 2QV5A 4D8ZA 4JFSA 3PB0A 4AY8A 4HU3A 5HNTA 3T55A 4GIYA 4J2MA 1NOFA 5M03A 1K9FA 4O0KA 2YXOA 4ORIA 5KZDA 1W9VA 5AECA 2YA1A 1HKMA 4EF8A 2ZZ6A 2IKJA 1GVSA 4PUNA 2O9TA 3U9IA 3ZLFA 3O7UA 3WLQA 3E74A 3F5JA 4DAIA 5AVHA 1ZAHA 5AN7A 2QCLA 4A3YA 3USBA 5A6BD 2VVNA 3GXIA 4US6A 1Z89A 4PUKA 4EXAA 3ARPA 2PDIA 2WSYA 2G3NA 4MLJA 1UR4A 4PUWA 3V5CA 4UQAA 1I2OA 2YA0A 5AHIA 3PPGA 3WEMA 2J8FA 4JTCA 3A3HA 5FAJA 5CGMA 1NP2A 1ICPA 4AHPA 2QGHA 2PB1A 1E5NA 4Z17A 5A8MA 5K4ZA 3ZJKA 2Y85A 3UW6A 3NXFA 3PZUA 2WC4A 3IGUA 3G0XA 4GUJA 3DECA 3WMLA 2XIBA 3O6YX 4L4OA 4PMOA 1QI2A 4IQLA 4B5NA 1E1FA 4L5ZA 3VGFA 3IUHA 3AIQA 3H2CA 4C5ZA 4DJDC 3CV1A 3QSRA 3AIBA 1M5WA 3G77A 3A4XA 2HROA 2X8RA 2WPBA 3NURA 3CQHA 4MIMA 4FP1A 5FJRA 1R30A 1PAMA 4MG4A 4TVCA 1A53A 2E4TA 3L0NA 5G4EA 3HG3A 2RJHA 3W81A 3IJ8A 2Y0FA 4TQTA 1DIDA 1DQUA 1D8CA 2PTXA 3LLXA 4LVDA 4H6RA 3M0XA 5K7JA 1V3KA 1A5LC 3QMRA 1KA9F 3OO2A 3UVIA 4QISA 3F2BA 2PDCA 1PO9A 2PDHA 3AHZA 1GKRA 2VZTA 1CECA 2HDJA 3RN6A 3VCRA 2CZDA 4QNEA 2V3GA 1KCXA 4UQCA 4HNOA 1DJZA 1B90A 2Z29A 3WQDA 4YNGA 1P6WA 2DUAA 3TONA 3SCOA 2VP8A 4HJWA 1VBGA 3IUIA 2CZ5A 4E5TA 1K6WA 1BYBA 3N13A 5GNXA 2ZA3A 3RLUA 1L9WA 3C0QA 4X2PA 3CLWA 3PWGA 3BWWA 2VZUA 1NFPA 1VKFA 3FYYA 3B06A 1AL8A 1KXTA 1HKWA 2GJXB 3W82A 4PMYA 4ZXLA 1Q6EA 4M7SA 5F1UA 5A8QA 4HT3A 5CZSA 4V33A 3KTSA 4HNCA 1Z44A 3UG3A 4E2BA 1KFCA 4L80A 5ABFB 2NUXA 3CIXA 1XDLA 3IWPA 1VHCA 3TJIA 1A3WA 4OGZA 1H1ZA 2P5NA 3R0DA 3BLFA 4ASTA 4MB1A 2WJDA 3VD9A 3UT0A 4J40A 3GHRA 3UY8A 1A0EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3B9N A;  3FGC B;  1LUC A;  1NQK A;  3B4Y A;  4US5 A;  5DQP A;  2B81 A;  1NFP A;  1Z69 A;  3FGC A;  1FVP A;  1EZW A;  4UWM A;  3SDO A;  1M41 A;  1BRL B;  5LXE A;  3C8N A;  2I7G A;  1F07 A;  1BSL A;  1XKJ A;  4US5 D;  1BRL A;  1LUC B;  3B9O A;  1RHC A;  5AEC A;  1YW1 A;  1TVL A;  3RAO A;  4J2P A; 
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