1ZCO | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	262
structure length	262
Chain Sequence	MKYSKEYDEKTVVKINDVKFGEGFTIIAGPCSIESREQIMKVAEFLAEVGIKVLRGGAFKPRTSPYSFQGYGEKALRWMREAADEYGLVTVTEVMDTRHVELVAKYSDILQIGARNSQNFELLKEVGKVENPVLLKRGMGNTIQELLYSAEYIMAQGNENVILCERGIRTFETATRFTLDISAVPVVKELSHLPIIVDPSHPAGRRSLVIPLAKAAYAIGADGIMVEVHPEPEKALSDSQQQLTFDDFLQLLKELEALGWKG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__25464752919918787__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__25464752919918787__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZCO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__25464752919918787__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"25464752919918787","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZCO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__25464752919918787__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pyrococcus furiosus
publication title	Substrate Ambiguity and Crystal Structure of Pyrococcus furiosus 3-Deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate Synthase: An Ancestral 3-Deoxyald-2-ulosonate-phosphate Synthase?(,) pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphoheptonate aldolase
total genus	94
structure length	262
sequence length	262
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.15: Transferred entry: 2.5.1.54.
pdb deposition date	2005-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1zcoA00

3B0VC 1HUVA 3JS3A 3LHUA 1A5SA 1PS9A 4MLJA 2WPBA 3U8GA 5AHLA 3H54A 1A50A 4FF7A 4UTWC 3GAKA 1KM2A 1XBYA 4ML9A 5L9FA 2QCFA 3KFTA 5DLCA 3TJXA 3RF9A 1ZENA 3I7SA 2J88A 3DENA 1FDYA 2NWRA 1IXPA 2H8ZA 5C55A 2EPHA 3O6CA 3HOJA 3MBFA 3I65A 2HSAA 3MP3A 5HWNA 3MHFA 1GVFA 3RFAA 4IXHA 3ELFA 3HQ1A 4GFSA 4WXYA 4DQWA 4UTTC 3KAOA 3L5MA 4LVBA 4UUIA 3NOEA 3Q2DA 4TR9A 2H3DA 4QAIA 4ZQOA 2NUWA 4ONVA 1PE1A 1FCBA 2JK2A 1TSIA 4JY8A 3O63A 1PCWA 4LVAA 1SUXA 3UY8A 3HO8A 3H53A 1VGAA 1TV8A 1Y0EA 4RV8A 1KM3A 5BMXA 3PS7A 2DZTA 4O4VA 3W7GA 4ADSA 5I3HA 2X16A 3TDFA 1RVGA 1PL9A 1LBMA 3FA5A 2R8WA 4OV9A 5KZMA 4UTMA 4HHPA 3L5LA 2A7RA 4JN6A 2QCGA 4S2CA 3PY2A 5D2XA 4YMZA 3HPZA 4RK8A 1QFEA 3VCRA 1T0OA 3UNDA 3P5ZA 3T55A 1H60A 3DAQA 3LX9A 5DXYA 1VLIA 3EXTA 1M6JA 3N19B 4R7JA 2R94A 4JTLA 3CEPA 1D9EA 1FWRA 5G1YA 3QMTA 3BW2A 3NQFA 2UV8G 1VQTA 3TUUA 1ME8A 1F76A 3GDMA 5AN7A 2R91A 3QPYA 3UY7A 3DZ1A 3YPIA 4MY1A 1RQBA 4X3ZA 1T8XA 3W70A 1VZWA 3C2EA 1KW1A 2A21A 4A29A 3TROA 4DF2A 4OWGA 5CZ0A 3EWXA 1G6CA 4WXZA 2XN2A 4AEOA 2GVGA 5I3JA 3PULA 3LCXA 2XN0A 5D05A 1MZHA 1S5VA 3O6DA 2GOUA 4WD0A 1THFD 3R89A 3P67A 5G4WA 4PA8A 1XBXA 4E38A 4Z0SA 2BWGA 3TMQA 3WK1A 1W8SA 4JTSA 3SFKA 2G95A 4CQ9A 2QF7A 2X30A 4QNEA 3PBVA 4FB7A 4XUGA 4EWND 4LC6A 2F84A 4GUIA 3MYPA 4JEQA 5U4NA 2H8XA 3STFA 5K2ZA 1K8ZA 1PHWA 2ZZ1A 3IIXA 1ML1A 2O7SA 1WQ5A 3CIWA 5K9CA 3LI0A 3NL5A 3OVQA 3IGXA 4UIOA 5KMYA 3UWQA 4G1KA 1EUNA 1Z48A 4LVFA 4ZMGA 2E5DA 5T26A 2WO5A 1XXXA 2R14A 2RH9A 4CQAA 1I2OA 1F5ZA 3PUOA 1Z41A 4NNAA 4NJJA 3W7EA 4CNPA 2A7NA 4KFOA 4O1AA 4X22A 3W7CA 4MIMA 1W5NA 2P0OA 3THQA 4DELA 3BGGA 4EOUA 2X1UA 3HPXA 4LRTA 1YDVA 3JR2A 3DHFA 2CW6A 4OBTA 5G2HA 3G1SA 2NLIA 3O16A 3TC6A 2WQPA 1U83A 3NA8A 4IMEA 1LCOA 2EKCA 2PRLA 3NQAA 2Q3RA 1SZFA 3KRUA 1Q45A 4ZQPA 1H62A 1IF2A 2CLOA 3Q37A 2GJNA 4PODA 1GG0A 4OV4A 4LRSA 4GE8A 1RQEA 1YDOA 5CPLA 1EB3A 4O53A 3LRMA 2Q8LA 5AHEA 1F73A 8TIMA 3QH2A 3RLUA 3UXAA 4TU1A 2JGQA 1H7RA 2ALDA 3W74A 3ZS4A 3G0SA 5LGZA 2YYUA 5K3VA 2J6XA 2OX1A 3VFLA 4LVDA 4LOCA 2C19A 1DQWA 3GR7A 4RKAA 3SSJA 4O11A 4QM1A 2NV1A 1GEQA 2QAFA 1YPIA 3EKLA 5D09A 1LZOA 3CWOX 3FIGA 2NZLA 1JCMP 1X8FA 1R2SA 4UTHA 1FBAA 3KVJA 3TX9A 4LS0A 1G4TA 3LCIA 1GZGA 4LT9A 1PVNA 4LWWA 3MI3A 3LLDA 3MW7A 3HIJA 4QNWA 5K4XA 1W5QA 4YLWA 1H7XA 4RXFA 4UFJA 3S1UA 3TSDA 4JDYA 1KBIA 4HKPA 1HG3A 4UTKA 1RPXA 2DZSA 3IVSA 4IUOA 3NL6A 2C14A 3RNDA 4CQ8A 1S3HA 3G1XA 1K02A 3NO5A 4WQ6A 3GYEA 3G1DA 3GB6A 3ANYA 3G3DA 5G5IA 2QCCA 5G2IA 5I3KA 4OE7A 1GJPA 2V2DA 2ZRZA 4O0KA 1W3TA 1KLZA 1YXCA 1EWEA 2GVJA 4RX0A 5J5RA 3GVGA 1JVNA 1OABA 3O1NA 4LU0A 3DI0A 4CLMA 3N2XA 4Y8FA 3L21A 3QFEA 1RZMA 3M6YA 2YSWA 3LRLA 4I7WA 3UWZA 1C8VA 1AW1A 2B7PA 3W76A 1JR1A 4FX8A 3BPWA 2TRSA 1Q6RA 1XC4A 2LLEA 1TPVA 3NQDA 3S5YA 1O60A 1UUOA 5DCBA 4JX4A 2VFHA 1OVDA 2CLHA 3R12A 3TKFA 4M7TA 2CZDA 1W5OA 1P0KA 1VHNA 1OJXA 1NVMA 3FKRA 4NX5A 4UTTA 1U5JA 3FJ6A 5FF4A 1QPNA 4KWVA 5EMUA 3GZ3A 1OX6A 1SW7A 2ZYFA 2JKPA 2C0AA 1QO5A 2OT0A 3P61A 3LRKA 2ZFAA 5IM51 2YPIA 5E1QA 3N34A 1AW2A 3GKAA 2QR6A 3W2MA 4AHQA 4K8EA 3M1ZA 1TIMA 5K4ZA 3AO0A 4PEKA 4JX6A 2A85A 3HGRA 4K36A 3OEXA 1JQVA 3L68A 4XBSA 5CZTA 4XTDA 5E93A 3QMSA 4U28A 4AWTA 3NNTA 3EXRA 5EPDA 5FESA 4GUJA 4OHQA 3WFAA 4CCCA 1KFCA 1EEPA 1LLWA 2E6FA 3LHVA 1SO3A 3HF3A 3B06A 4AVFA 3BW3A 1KTNA 1TTJA 1KV8A 1K7XA 5EY5A 1JCNA 2CLLA 1R46A 2Q8ZA 3UYCA 4OGZA 1DORA 5H2ZA 4NZJA 1YTEA 1YADA 5BOOA 4GC4A 3LCLA 4XQ6A 4UFMA 5EA9A 3WK0A 3NPVA 1VH7A 4O28A 1I2NA 1K8YA 2GQAA 3E9AA 3F1QA 2C15A 4PL2A 3V1PA 4HSOA 4H3DA 2ZCGA 1OK6A 3W75A 3DU0A 5AHFA 1SSDA 4EIVA 1T99A 4MZ1A 2FIQA 4A21A 1F6KA 3M5VA 3G1FA 3CU2A 1TPFA 1O4UA 3W1UA 3TU9A 2ABBA 2PRMA 2BSLA 4CNOA 1MEIA 1XKYA 2TYSA 3DFNA 1TRIA 4EF8A 1O94A 3EX4A 1WBHA 3IV3A 3E12A 1LTDA 4YWIA 2AAMA 1DV7A 3QSTA 4JTGA 5F4XA 3UWVA 2VENA 5CG7A 1KM0A 4JIQA 3SJ3A 4LW7A 4UTIA 1L6SA 4BI6A 2YGYA 3UWWA 1K8XA 1LDCA 2CZFA 5BMWA 5KTLA 3NQGA 5A5WA 3SIZA 1SW0A 2WNQA 3R8RA 3NEVA 2ZZ5A 4FNSA 1FWNA 1V7YA 2ZDRA 2YR1A 3NQ8A 1KFJA 5EL1A 3NZ1A 4L4LA 2CU0A 4DBEA 3S42A 4JYFA 5AHNA 1H5YA 3QRHA 4N4PA 3VKJA 2PCQA 1AL8A 3LDVA 2Z1BA 4JGDA 2ZZ2A 1H63A 4KFPA 5G2WA 3SECA 1TCDA 2QJIA 3W85A 3QM3A 2YZRA 3G0UA 3KOFA 3NAVA 3LCGA 1LYXA 1P5BA 2E5CA 3EX3A 3AJXA 3T44A 4UFLA 3KVLA 3W1XA 1QPQA 4A3UA 1QOQA 4O57A 3UZJA 1TPH1 2JKAA 1FDZA 5C54A 2C1HA 2E1DA 4IX0A 4MYXA 1ICQA 1M7PA 4XTIA 3TW6A 1LBLA 3IVTA 1VPXA 3W7HA 3W7NA 3HG4A 3OG3A 5LNVA 1GVRA 4IMGA 2CWNA 3V75A 2ATSA 2W0UA 3EKZA 3F4NA 4WOZA 3C0JA 5AC6A 1DHPA 1QCWA 4FNTA 1Q6QA 3W87A 2VFDA 1HL2A 1QDSA 1G7UA 7TIMA 3IIZA 1QMLA 1KFLA 4O13A 3TMLA 3FS2A 2E77A 1VS1A 4FX7A 2QCLA 3GR8A 3NDOA 2VELA 6TIMA 1SO4A 1ME9A 2FFCA 4TMBA 1Q6LA 2PRHA 1TPDA 4GRSA 2AGKA 5G4EA 4N9BA 2E09A 4WJEA 3JRKA 2BX7A 3A9IA 2VXNA 3UD6A 2ZA1A 4BI5A 3CLMA 5CGQA 2YW4A 4AF0B 4MPQA 1DJQA 1EUAA 2FDSA 4E2BA 3NVTA 4UNLA 4POCA 2VFFA 2NV2A 1XBZA 3B4UA 2Z0IA 1K3UA 1R2RA 3T4CA 2TPSA 1EP1A 1EPXA 4LTSA 1UASA 4HNVA 1OFOA 3UXDA 1HFBA 4Z1DA 5HUOA 3BO9A 1WX0A 3A24A 2A6LA 2V5BA 4XWUA 1FY6A 3W7OA 3NQ6A 1GTHA 3CB8A 4TIMA 2BXVA 1ZJIA 4PH6A 1QPRA 4TX9A 5DBUA 4EVZA 4QJ1A 3LTSA 1FX6A 2V82A 3S5NA 1DJNA 3S8HA 2ZZ6A 4WUIA 3PVFA 4Y96A 3IRDA 4ORMA 4JY9A 1H1ZA 1MO0A 1X6UA 4UTUA 1OX4A 4EF9A 1OFPA 4NJGA 4K38A 3OVRA 3L0NA 3CT7A 4ADUA 5F1UA 3WK2A 3QW3A 4B5NA 2Y70A 1DOSA 1ZALA 1L6WA 3G18A 3FJLA 1TPEA 2Y7GA 2OJPA 1JRCA 4C1KA 1NSJA 1TTPA 5HR6A 3HG3A 1Q3NA 3THAA 3UZ5A 1XCFA 2ZA2A 2DJLA 3ATZA 2BTMA 3UWYA 4E2DA 3MHUA 2W6RA 1JUKA 4UMAA 2NUXA 2X1RA 4OU1A 2VFEA 2Y7EA 4MY9A 2O7QA 4HIBA 3FKKA 3W1TA 4NVTA 2Y61A 1OFQA 3Q58A 4IQLA 4RCXA 3C2FA 1SQ7A 2QCDB 1GVQA 4LC8A 3R13A 1OFDA 2WOQA 1DL3A 3ZR4A 4BF9A 3GNNA 2DORA 3L67A 3DKLA 1VRDA 4R34A 4LVGA 3W88A 5BNKA 4IMDA 2B4GA 1WOAA 1LBFA 1TREA 1XDMA 2Y7DA 3QEZA 2E5BA 5D03A 3MMTA 1X1ZA 2B7QA 4FNUA 3PC0A 2G97A 1TV5A 5GVJA 1R30A 4S1FA 3DFSA 3E96A 3ABSA 3IGUA 3HGJA 1TPWA 2G5WA 3E02A 1ZHAA 4ZL1A 1TPB1 3GDRA 2QCHA 3O05A 1EIXA 3C61A 3EXSA 3OBKA 3BK0A 3M5YA 2I1OA 3M16A 3GKFA 4IXXA 2CLFA 5FI8A 3C4UA 4O12A 1XM3A 1Z42A 2V2HA 3MBDA 3IVUA 5LNSA 3TSBA 1W56A 3QQ0A 4ICNA 1I8JA 4RZ4A 3T40A 3KRSA 1FUYA 1PHQA 4D2JA 2ZZ7A 3TXVA 3VNDA 5U7SA 4YCOA 1OFAA 1QPOA 5HMSA 4ZZ9A 3BGJA 1AL7A 2RDWA 2ZRXA 5C6MA 1BWLA 2DZPA 3DKJA 4FEZA 3W1RA 3O15A 3PB2A 3SZ8A 1F05A 2TMDA 2P10A 3M47A 4N9EA 2VC6A 4M6VA 3SGZA 1LORA 3PG8A 3TW7A 3W71A 2FLIA 3W7RA 4HNNA 4ALDA 1FCQA 1ZCOA 3LB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3THU A;  4UTL A;  1SM9 A;  1UW9 A;  3GW0 A;  2PDQ A;  1GW9 A;  3L9C A;  2WNN A;  1TR9 A;  4O50 A;  1TV2 A;  1Q63 A;  2WBK A;  3WLQ A;  1PDY A;  4FXF A;  2XZ7 A;  1OCN A;  3EWB X;  1LG2 A;  1DIO A;  3W07 A;  5HIN A;  4H8U A;  1SSG A;  1OHL A;  4CKQ A;  3QYQ A;  1ZNN A;  4AIO A;  3MYO A;  3ARR A;  5FJJ A;  3BCJ A;  1PDZ A;  1Q65 A;  3P8I A;  3H7R A;  3SN4 A;  5IRP A;  4PC8 A;  3QTP A;  4PR4 A;  1KCK A;  3BE7 A;  5D9N A;  1RAK A;  1U30 A;  4NXS A;  1X7F A;  4B5S A;  4S3K A;  5KET A;  3W6M A;  4NZ1 A;  3DGB A;  1XIF A;  1G67 A;  4JL2 A;  3P60 A;  4LXF A;  4NJK A;  1RD5 A;  4HSN A;  2CLE A;  4JHO A;  3W6Y A;  3ITG A;  3TQK A;  4P7N A;  3TYU A;  1CBG A;  1HO1 A;  4MLR A;  3C56 A;  3ZT7 A;  4CU7 A;  4FNR A;  1OX4 B;  2ZXA A;  1DWJ M;  1DBT A;  3I6E A;  3PZO A;  4RW3 A;  5M17 A;  4IHC A;  2YA1 A;  3LM3 A;  1N82 A;  3PBU A;  1LOS A;  2GQ8 A;  1W9D M;  3GTI A;  1J96 A;  2DSW A;  2VCA A;  4URI A;  3N3M A;  4QSH A;  4XBK A;  4KWO A;  2C1I A;  1CXL A;  6ENL A;  1N55 A;  4E8G A;  3GTX A;  3SGU A;  2VDI A;  3DCP A;  1QOP A;  1Z3N A;  3UCC A;  4AY7 A;  1A0E A;  4Z1C A;  1Q7M A;  3GUW A;  3GVW A;  2ZRY A;  1BTM A;  3CMJ A;  4LS1 A;  1WXJ A;  1R0M A;  1QVB A;  1W3I A;  1V3K A;  2DT0 A;  1FWS A;  1FWT A;  2ZUT A;  4AZC A;  4DX3 A;  5IOB A;  4DNH A;  3K1G A;  4O16 A;  5EYW A;  1KGW A;  3A12 A;  3PSV A;  3W0K A;  5EML A;  5FF2 A;  2WSQ A;  3SDO A;  3GU2 A;  3LGG A;  3W27 A;  1CZ1 A;  3TQP A;  1I45 A;  3HMJ G;  3KRZ A;  3V4B A;  2WZI A;  3QV8 A;  2YBT A;  2CBU A;  4YIW A;  3BW4 A;  2Y2W A;  1GYL A;  5ECV A;  1GUV A;  3DGR A;  5I3G A;  1FHL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ZCOA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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