1ZEN | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	356
structure length	338
Chain Sequence	SKIFDFVKPGVITGDDVQKVFQVAKENNFALPAVNCVGTDSINAVLETAAKVKAPVIVQFSNGGASFIAGKGVKSDVPQGAAILGAISGAHHVHQMAEHYGVPVILHTDHCAKKLLPWIDGLLDAGEKHFAATGKPLFSSHMIDLSEESLQENIEICSKYLERMSKIGMTLEIELGALYTQPEDVDYAYTELSKISPRFTIAASFGNVHGVKPGNVVLTPTILRDSQEYVSKKHNLPHNSLNFVFHGGSGSTAQEIKDSVSYGVVKMNIDTDTQWATWEGVLNYYKANEAYLQGQLGNPKGEDQPNKKYYDPRVWLRAGQTSMIARLEKAFQELNAID

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__827877589455638__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__827877589455638__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZEN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__827877589455638__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"827877589455638","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZEN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__827877589455638__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc8c54c1c8ae35d04acec3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc8c54c1c8ae35d04acec3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc8c54c1c8ae35d04acec3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc8c54c1c8ae35d04acec3/pdb.gz): 327 ms

reading 338 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

338 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:337});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	The crystal structure of a class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase shows a novel binuclear metal-binding active site embedded in a familiar fold. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CLASS II FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
total genus	119
structure length	338
sequence length	356
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	1996-07-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1zenA00

1ADOA 3MJYA 1TTIA 2EKCA 4CQ9A 2R8WA 2C16A 2D73A 4UMAA 4O28A 3W1TA 3SJ3A 3TH6A 3GX9A 1FDZA 5CGQA 2BTMA 5G5IA 3FKRA 4O4WA 5H2ZA 1X1ZA 4EVZA 3GXTA 3FKKA 3H54A 4IX0A 1O4UA 4RX0A 4PC8A 3BPWA 1GQNA 4AH7A 3M16A 1OYAA 1VHNA 2B0MA 2A7PA 3FLUA 3PSWA 4DEFA 2Y7EA 4X9SA 3GNNA 1W5QA 4IUOA 2QCEA 3O6CA 3TE9A 1PCWA 1TPFA 1CX9A 3PG8A 5AHIA 3HMJG 1F2JA 1GYLA 1OFPA 3C6CA 1ZCOA 3PAJA 4YCOA 1KFCA 3W7PA 2FTPA 1KM5A 4Q4KA 3STFA 1TRDA 3SFKA 4LUIA 6TIMA 4FEZA 5BOOA 5AHEA 3LCFA 3UPBA 2YFNA 3GNDA 4GJ1A 4XKYB 3UNDA 4RZ4A 3KAOA 3UD6A 3UWVA 4WXZA 4Y9AA 3LV5A 2F84A 5K4XA 4C1KA 1XDMA 3GAYA 4MJMA 2FLIA 3PS7A 4W9TA 3O16A 4QAIA 3P62A 3EEGA 3HGJA 3P7YA 4O57A 4ZQOA 4JR5A 4UCGA 5KZEA 3NGJA 3NZRA 1TPUA 1GTHA 3ZWSA 1H1YA 3O63A 2VKZG 1W31A 3I7QA 3CB8A 1BWLA 1N55A 3TV8A 1KFKA 2CU0A 2GQAA 4MY1A 3OA3A 1H7XA 5F1UA 4O1BA 4O50A 1P0KA 4UTLA 1H50A 4MKNA 2ZZ3A 4IMCA 3SECA 3P8IA 1QFEA 3M0ZA 5LNUA 3IEBA 2JKPA 4GUGA 2OMAA 4CNOA 1GVSA 1LLZA 2A1YA 1WA3A 2B4GA 3LERA 4BI5A 2GJNA 2W6RA 4HNNA 2VFHA 3W1LA 1J4EA 3RMJA 3BW4A 1F6KA 1QOQA 3QW3A 1HO1A 4FXSA 2QR6A 5K9DA 1KM2A 5KTLA 2ZRVA 3O07A 3VKJA 2H3DA 3TC6A 1FUYA 1TYGA 4OV9A 3GDLA 4MY8A 4WJEA 3N2MA 1QPOA 3W22A 5D05A 4GC4A 3UWZA 4OGZA 2ZZ4A 4BWLC 2FB2A 3S1XA 1F5ZA 1RVGA 2V2HA 3C2VA 5IM51 3L5LA 1F6PA 2QAFA 3I65A 3QH2A 4EF8A 5DN1A 3G1DA 3LCWA 1E51A 2CZ5A 3QJAA 2E6YA 4NJJA 2FIQA 1TTQA 3ABQA 4M7TA 4IX2A 1EX5A 2WNZA 2X30A 3E96A 3O8AA 3HOJA 3W84A 3ATZA 2HMCA 4JS3A 5HNRA 4HHPA 2E6DA 5EA9A 4HPJA 1FXPA 3W72A 3W7CA 1S5VA 3FOKA 4ICNA 2XN1A 3P8JA 4JTUA 4XWUA 3TC7A 3MHGA 2WNQA 1OVDA 2Y6ZA 2Z6JA 4WUIA 1IXPA 5G1TA 1I45A 5CZSA 1KTBA 3DZ1A 1SO3A 5C6MA 3QMRA 4ZQCA 2CLHA 3ABSA 3E9AA 5G4WA 4N9BA 5A5WA 3WFAA 1X7FA 4K6AA 3STGA 2A7RA 5CPNA 1QPQA 1W5NA 4JD4A 5D37A 4HSOA 4JICA 3EWBX 3LHTA 2ZRYA 4Z1BA 5G4EA 1YXYA 4EF9A 4TR9A 1YDVA 1L6YA 5U4NA 3Q94A 1FDJA 1G69A 3NO5A 2TPSA 5HUOA 1AK5A 4N9CA 3USBA 4DF1A 3W74A 3B0VC 2V81A 1H1ZA 1LRNA 5FESA 2P1FA 3I7SA 1JJKA 3T4CA 3G0UA 3P5YA 3UXAA 1D3HA 4UTKA 3ANYA 1F73A 1TRIA 3W1AA 3TCEA 3P67A 1ZY9A 3TSBA 1JRBA 2OX1A 4ZQMA 4M6QA 2EGZA 4UFHA 1OFOA 2LLEA 1W5MA 4HNUA 2QCLA 2Y61A 2VC6A 5CZTA 4MIMA 1JCMP 3EWXA 2ZTKA 2J24A 4ONVA 5F2IA 3W7OA 2FDSA 3W7DA 1LM1A 2VELA 3UY7A 4GBUA 3DGRA 1OF8A 2GPTA 3M47A 5CZJA 4LVFA 2ZYFA 4EIVA 1EWEA 2NWSA 4R7JA 2QCDA 1H7PA 4I7WA 4MZ8A 2RKXA 4PL2A 4E0CA 1WYIA 3NM3A 1G7VA 3F03K 2H3BA 3DKJA 3R5EA 4CCEA 1TMHA 4OHQA 1GZGA 1TV5A 3HB9A 3ABRA 4JTEA 5IBXA 2J6XA 3PR2A 3MHFA 4L4LA 1KTNA 4LTSA 1QPNA 1XCFA 1WV2A 1F76A 5EBUA 3NQVA 3TJLA 2V2DA 4XQ6A 3W7KA 3L0NA 4O12A 4WOZA 2XN2A 3SIZA 3PBYA 4LNYA 3WJXA 1IXNA 3SW6A 1Z41A 2YSWA 1X8FA 1NF0A 1G6CA 2ZRWA 5KMYA 3E0IA 4M6VA 4PODA 3IIXA 3GDKA 1NAL1 2QDGA 3MP3A 3HGOA 1RV8A 1WXJA 5DY3A 3OHIA 3UPWA 2J9YA 3W1XA 3W75A 5AB3A 5HR7A 1K8YA 2W79A 4UIOA 1I2NA 5HUPA 4GE8A 3LCIA 3GLCA 1P0NA 3HG3A 4ADSA 3UYCA 1I8JA 4LC6A 2UV8G 3NOEA 2HS6A 1FCUA 1JCYA 1JUEA 1QMLA 1VH7A 3INPA 3ZR4A 1GG1A 2QKFA 3G1FA 4IXXA 3LBCA 5J5DA 3GKFA 3S5ZA 3P5ZA 4ML9A 3A21A 1A5AA 1TSIA 2EPHA 2J9XA 1SO5A 4WQ6A 3O15A 4EOUA 4DPPA 1S3HA 1FWSA 3CM4A 4R53A 5FEZA 1MO0A 4NJIA 1NEYA 1C29A 1ZNNA 3BK0A 2ZZ2A 3QSTA 3M44A 1AL7A 3W87A 3NA8A 1K3UA 3NL2A 2YGYA 3EKLA 3KHJA 3S6DA 1J5TA 4UMCA 3TMLA 5KINA 4YMZA 1Q6RA 1VGAA 1ML1A 3IGXA 3TXVA 4QQ3A 1WDWA 1H60A 4XZ9A 3HG4A 3W07A 4AB4A 2Z2UA 3NYZA 4O11A 4DXVA 3L68A 1D3GA 4AAJA 3OEXA 3MP5A 2RDTA 5EYWA 2ABBA 5D2VA 4O19A 1WAUA 1ICSA 1KLZA 2VEMA 2YYUA 3DXIA 1DL3A 4NT0A 4LVGA 2YR1A 3PWAA 2YXGA 5SWUA 4WY0A 3QQ0A 5LNVA 1LROA 1A5CA 1AW5A 1HUVA 2E68A 2AQWA 1FCQA 3NPXA 1EUNA 1T0OA 4Y96A 4XBKA 1K03A 5FF0A 4JX4A 1UUMA 1VCGA 4WY0B 4M19A 4UFLA 3PM6A 4IWWA 2HS8A 4N4QA 4Z1DA 3R8RA 4LWWA 1EP3A 4QISA 1L6WA 4LC8A 5D2YA 3G1AA 5C2XA 5DCEA 5CPLA 3HG5A 3EX4A 3G8EA 3HBLA 4PTNA 4NUWA 5KSWA 1L2UA 3PVFA 3WJWA 4ZVJA 1G67A 2C0AA 2YPIA 2X1UA 3MBFA 5T26A 1VZWA 1K02A 4CLMA 1SSGA 3QYQA 3BG3A 1T96A 1HL2A 1LZOA 1OFRA 1ICQA 2G5WA 2X1SA 4S2BA 1OK6A 4BWLA 3O1NA 1I4NA 2ZRUA 1PE1A 2YW4A 3P60A 1IXQA 1SFJA 2O7QA 1Q3NA 2NV1A 3W88A 2G97A 1DQXA 2WJZA 4RZ6A 4HKPA 1FWRA 4LOCA 3BLFA 1JQXA 4LV4A 5EKYA 4KWVA 1JR1A 2J9ZA 1K7FA 2WO5A 4FNRA 5DXXA 1TTJA 3S1VA 4FF7A 2EHHA 1OFEA 5FF7A 1Q45A 3WK1A 2X1TA 4X22A 4CQAA 4O14A 5AC7A 3PB2A 4R33A 5CG7A 4C1LA 3NQ8A 4YWIA 2ZA2A 3Q37A 1QDSA 3QC3A 4DO5A 3G3MA 3AO0A 3DFTA 3NQFA 1UB3A 1O94A 3RU6A 1EIXA 2B7OA 1MEWA 3FYOA 3C52A 4KFNA 4FX8A 3CQ0A 4RXGA 3DFPA 3LOTA 4GFSA 2Y85A 3CC1A 3OBKA 3NVTA 1I2OA 2J27A 5LHEA 1P4CA 1QPRA 3BW2A 1ME7A 3JS3A 1PVNA 5L9FA 3UZJA 2GUUA 5CSSA 5G1YA 3L9CA 2PRLA 4Q33A 1MZHA 1VCFA 5KITA 4TIMA 3VFLA 1TPDA 1SUXA 1GWJA 4NNCA 1FBAA 1SR9A 1JRCA 3OIXA 2NX3A 4QM1A 5LHFA 2WSQA 4EWND 4XKYA 2HTMA 3BGJA 5C55A 4FX6M 1OFBA 5CKSA 3C2OA 3TW7A 4HNTA 1KW1A 3LHUA 3BG9A 4O0KA 4NXSA 3PB0A 4JNMA 3R89A 5D02A 1B4EA 4M7SA 1RR2A 3BLIA 1H7OA 3W76A 2WPBA 3S0CA 3L0KA 3LRLA 1SW0A 4GUHA 4MFDA 3STCA 2Q3RA 1PCKA 1VLWA 2A5HA 4JYDA 5AHMA 4RXFA 3LBMA 1FY6A 4FNQA 1SU5A 3L21A 2VENA 1TV8A 3EX1A 1V5XA 3IIVA 3P74A 4N9DA 2C13A 3P81A 3NPUA 1A53A 3LHVA 4MPQA 4MFEA 4ZQRA 5FEXA 4Z0JA 1DJQA 1TO3A 3W71A 5I3FA 1VC4A 2C19A 3RK8A 3KRSA 2EAWA 1X1OA 1OYCA 4UTTC 1W8SA 2OJPA 4TMCA 2Z0IA 2QUTA 1CI1A 3NPVA 1OFAA 2FJKA 1H62A 4M5PA 3S1WA 1JUKA 3MO7A 5G2WA 5GVJA 1O5XA 1B57A 3W2LA 4K37A 3M1ZA 4K7VA 4KFOA 1LP6A 1LRTA 3LDVA 5CSRA 1AMKA 1ZALA 1RQBA 2DZVA 3OVQA 2C6QA 4AHPA 2WNNA 2ZZ1A 4AF0B 3ATYA 3SGZA 1PV8A 1RQHA 2R91A 4RR4A 3GYEA 5LGXA 4XUGA 4BR1A 5K9CA 4NX5A 2TYSA 5F2MA 2PRHA 1ZFJA 3V75A 3W1PA 1SSDA 1R2RA 2Y89A 1VJIA 3CIWA 1F05A 4QIUA 4PA8A 1QWGA 3FJLA 3IIOA 1XBZA 5DBUA 1LBLA 3HGSA 1UJPA 5LNRA 1P1XA 2Y62A 3W1NA 5I3HA 1D9EA 3L2IA 2PE4A 3C3NA 3HPSA 3TROA 3C8FA 3N2XA 3TAOA 5AYZA 3TSMA 3LCGA 5FF2A 4IMGA 5AYYA 2VEIA 2NV2A 3GDTA 1DBTA 1I2PA 1IXOA 1IGSA 1VPXA 3MMTA 3C4UA 2H6RA 1YYAA 4IGHA 1PHWA 1V7YA 4JTSA 3L0GA 2Y7GA 1W5PA 1QCWA 1M7PA 4E2BA 1R2SA 3M43A 4DO4A 1KV8A 1ICPA 5LKYA 5TQLA 4DBDA 2A7NA 5FI8A 3RLVA 4ALDA 1LTDA 2VFEA 5D04C 2CFFA 2QCFA 5HWNA 1HO4A 1C9DA 1M7OA 3SSJA 4LVDA 2B7NA 3TSDA 1UBSA 3LXCA 5BNKA 3QW4B 1XI3A 5LNSA 4AWTA 1NF7A 1KBIA 3O6YX 3W83A 5D32A 3R13A 4K8EA 2VFIA 3ZWTA 5F2LA 1IIHA 4LU0A 3SI9A 3NDOA 3VNDA 3UWWA 4A29A 3F4NA 2YW3A 4DF0A 3W86A 3THAA 3E02A 1F74A 4HPXA 2DP3A 5I3KA 2P10A 4A22A 1TJRA 3T7VA 4K7YA 3KVMA 1UUOA 4LT9A 1SFLA 1DVJA 3SR7A 5EPDA 3FS2A 5C54A 2I1OA 1GVFA 4GUFA 3DHDA 3CLMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ZENA

Total Genus

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Chain Sequence

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