1ZFJ | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	490
structure length	476
Chain Sequence	SNWDTKFLKKGYTFDDVLLIPAESHVLPNEVDLKTKLADNLTLNIPIITAAMDTVTGSKMAIAIARAGGLGVIHKNMSITEQAEEVRKVKRSENGVIIDPFFLTPEHKVSEAEELMQRYRISGVPIVETLANRKLVGIITNRDMRFISDYNAPISEHMTSEHLVTAAVGTDLETAERILHEHRIEKLPLVDNSGRLSGLITIKDIEKVIEFPHAAKDEFGRLLVAAAVGVTSDTFERAEALFEAGADAIVIDTAHGHSAGVLRKIAEIRAHFPNRTLIAGNIATAEGARALYDAGVDVVKVGIGPGSICTTRVVAGVGVPQVTAIYDAAAVAREYGKTIIADGGIKYSGDIVKALAAGGNAVMLGSMFAGTDEAPGETEIYQGRKYKTYRGMGSIAAMKKNKLVPEGIEGRVAYKGAASDIVFQMLGGIRSGMGYVGAGDIQELHENAQFVEMSGAGLIESHPHDVQITNEAPNYS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__522223338456533__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__522223338456533__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZFJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__522223338456533__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"522223338456533","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ZFJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__522223338456533__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc8cb2c1c8ae35d04acedf/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc8cb2c1c8ae35d04acedf/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc8cb2c1c8ae35d04acedf/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc8cb2c1c8ae35d04acedf/pdb.gz): 257 ms

reading 476 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

476 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 34 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:475});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Streptococcus pyogenes
publication title	Characteristics and crystal structure of bacterial inosine-5'-monophosphate dehydrogenase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
total genus	122
structure length	476
sequence length	490
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	1999-03-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A	PF00571	CBS	CBS domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1zfjA00

2YW4A 2ZRUA 5F2LA 1O60A 3M5YA 5HR7A 2ABBA 1TIMA 2Q8LA 2QCHA 2X1SA 5MHBA 2BSLA 2WNZA 4CCEA 1X1ZA 5LKYA 2PCQA 4TX9A 3W2KA 1I2NA 5CGQA 4EF8A 2E5CA 2NV1A 3LTYA 5HJLA 4S2CA 4IWWA 1BEUA 3LHVA 1R30A 4IQLA 3CU2A 3L65A 3BW3A 4LWWA 5DBUA 4UTUA 1X8FA 1C9DA 5CG7A 3GR8A 5AHEA 3S5OA 3HOJA 4O0ZA 2QUTA 1H62A 1GVOA 1DBTA 1XI3A 5CZSA 2YGYA 4AWUA 2A5HA 5F4XA 4I7UA 1KFBA 1LCOA 1QAPA 4M7TA 3P62A 5AHFA 1EP2A 2EGZA 5HMSA 4O17A 5D04C 4YCOA 1W54A 3W1RA 4IMGA 4QNWA 3O8AA 2FDSA 3QF0A 4WJEA 3NQFA 3NPXA 1K3UA 3W7LA 1LOQA 3W1NA 3R13A 4ZQMA 3LHZA 4TO8A 3P60A 4ZVJA 3BGJA 1KFEA 3O6CA 5EMUA 3P8JA 3HGOA 3T4CA 5A8GA 3W71A 5U4NA 1UJPA 2ZCGA 1GTEA 4O1AA 3S8HA 2DU2A 4BK9A 2WJZA 1XCFA 4CNPA 4R34A 3QMRA 4UMAA 4K8EA 1EB3A 2GJLA 4Z0SA 3C4UA 3G1AA 2V2DA 3DFNA 2DZUA 4JNMA 3KAOA 3NQ2A 1TPWA 1QO5A 4JD4A 4UFMA 2QCFA 1WX0A 1QFEA 2J9ZA 3QM3A 5LNUA 4O12A 3TV8A 1UB3A 5D2YA 3L5AA 2Z6JA 5A5WA 4HNVA 5KTLA 1GYLA 3GK0A 3TW6A 4X3ZA 2G96A 3R2GA 5LHFA 3MHFA 1IXNA 1FQ0A 4O53A 5D37A 1SU5A 2J88A 3KRUA 1TPC1 4A3UA 1W5PA 4K7VA 3OIXA 3DZ1A 2YSWA 3INPA 4NJGA 4WOZA 1QMLA 2VFHA 1H7RA 1KBIA 2I14A 1MXSA 4O18A 5G1YA 1VS1A 1UBSA 3G24A 1EEPA 2J24A 1OFPA 3L5LA 2PE4A 1WBHA 4S1FA 2D73A 1FDYA 5SWUA 3NYZA 4C1LA 4LY8A 4IXXA 2PRMA 2RHGA 1LM1A 3GDKA 5AHNA 1K8ZA 1VZWA 1LBLA 4MLJA 3S6DA 1ZHAA 4JTEA 1RR2A 2ZZ6A 3MO7A 4AWTA 1IXQA 1YADA 1XFBA 3VE9A 4A2SA 3BGGA 3UXDA 4XZ9A 2Y89A 1NEYA 3CIXA 3KRZA 3Q37A 2V81A 4BI7A 1JUEA 1X1OA 5T26A 1ICSA 2NUWA 1DKWA 1O95A 4O15A 3W1AA 5L6UA 4GFSA 2X16A 3TJLA 3IV3A 3M6YA 2ZTKA 1XBYA 1XUUA 1DQWA 1GVFA 4ZQRA 2B0MA 3PB2A 1ME9A 1CW2A 1VCFA 3G1VA 1EWDA 2YZRA 1ZFJA 2E5BA 3I6RA 1LBFA 3CWOX 3P81A 1J4EA 2G97A 1KM5A 4IMCA 1EWEA 2BTMA 3GR7A 1OJXA 3NPWA 4RKAA 2V30A 4FX8A 3G1XA 2E09A 4PA8A 3HG4A 5CSSA 3RK8A 1LP6A 1TJRA 4Y6GA 4ONVA 3W2UA 4JTTA 1VYSX 1XL9A 1ZAJA 2FB2A 5G4EA 1TPB1 2G5WA 3OVRA 1YXDA 4LOCA 4MOZA 1JCXA 3PC0A 3W1MA 4ORMA 1WV2A 2GVJA 2P0OA 1KA9F 1VC4A 1GTHA 3HQ1A 3PUOA 1ME7A 4JY8A 4JICA 1A5CA 1HFBA 1BTMA 5D32A 3W22A 4GJ1A 5HUOA 1VRDA 3NQ6A 2Z1BA 3G1YA 3NQMA 1YDNA 3W83A 1GT8A 3EX4A 1DV7A 2HSAA 3O05A 4LS0A 2QJGA 4KWVA 3GKAA 4IOTA 1DJNA 4DELA 4O1BA 3NM3A 1KFJA 2FJKA 4WQ6A 2A6LA 5FF7A 2NX1A 4XTDA 4D2JA 2IQTA 4UTIA 3VE7A 3KVKA 3W88A 4DPQA 2I1OA 1K7EA 5I3HA 3G1SA 3TQKA 4IMEA 3M16A 5LNSA 2B4GA 3SFKA 4L4LA 4A22A 5DLCA 3TAOA 3C2FA 1VLWA 1YTEA 4LVGA 3WK3A 1KLYA 4FNTA 3F03K 2V8ZA 3G18A 2ISSA 1EIXA 3LM7A 1F6KA 5CPMA 2C19A 3W1TA 3ATZA 3SJ3A 1DJQA 3UQNA 1F5ZA 1UCWA 2ALDA 2ZRZA 4C1KA 3IVTA 4FO4A 1PVNA 4NJJA 5D33A 3A24A 3QJAA 5I3JA 5CPNA 2ZRYA 5CKSA 2BWGA 4M5PA 1SZEA 2A21A 3CEPA 1GPWA 2RKXA 4JTHA 1P0NA 2OZ0A 3EKZA 2TRSA 5AHIA 1LLWA 1AMKA 3L0GA 1F73A 3FYOA 4JTGA 2V0TA 1RQBA 2QJHA 4XBSA 5LGXA 4ICNA 1WBJA 4JX5A 1WA3A 4GXMA 1F74A 1VLIA 1TV8A 2B7NA 1MO0A 2EHHA 3S42A 3W74A 1SSGA 5EBUA 3TNOA 1W56A 1XBZA 2YFNA 3M1ZA 1WDWA 1X7FA 1XXXA 4NNCA 1YYAA 3G0UA 1RPXA 4DO5A 3KHJA 3QPYA 3S9YA 2CLEA 3P61A 1T8XA 4QAIA 5KSWA 1YTKA 4AVFA 1VCGA 4OV4A 3N3MA 4BFAA 1YXYA 4R53A 1LTDA 3TSBA 4TMCA 1TQXA 1A53A 3SSJA 2CLFA 5FEZA 1G4EA 4NX5A 3OA3A 3DAQA 4Z0JA 4WX2A 3BW2A 4LUJA 2VXNA 1GEQA 2CZEA 2Y70A 3TUUA 1W0MA 3MP3A 2VFIA 3G3MA 3W7KA 1FCVA 2O7SA 3Q2DA 4X22A 3BLIA 4UC5A 4LRSA 2H8ZA 3E12A 3PULA 2A7NA 4YXGA 4LU0A 3HBLA 5EY5A 4NT0A 1FBAA 3MMTA 3W70A 3ABSA 2ZZ2A 4JX6A 1R2RA 3GXNA 2A1YA 3G1HA 2E77A 1FCBA 3L5MA 3GXPA 3NZ1A 5TBOA 3F4WA 1SW3A 2X30A 3LCLA 4H3DA 3G1DA 1OYBA 3B0UX 3EKLA 3PM6A 3ZS4A 5K2ZA 2E6AA 2X1RA 5D38A 1H7WA 1B3OA 2GQ9A 4KFPA 4ADUA 3I68A 1ZY9A 4PCFA 4DF1A 2VEKA 3WJWA 4JTLA 1U83A 1B4EA 3W7MA 1Y0EA 1W5MA 3O6YX 4GUIA 1KM0A 7TIMA 1JCJA 1H7XA 3W7RA 4LT9A 3L68A 3VI2A 1JR1A 1F76A 1O94A 3TMLA 2QJIA 1G4SA 1RZMA 2TYSA 2FPTA 4GUFA 3V1PA 1Z42A 4WD0A 1W3TA 1YDVA 5AC6A 3W72A 2LLEA 5C6MA 2JKAA 3W87A 1QNVA 1NVMA 3KVLA 1ZALA 4Q33A 2VEPA 4N2YA 1N7KA 1SO6A 2VC6A 1G7VA 3LI0A 3IGXA 2EPHA 3S1VA 1VYPX 2EKCA 4LC6A 2A6NA 2CLHA 2DORA 3QQ0A 3W7PA 3MI6A 1KFLA 4OBTA 2GUUA 1P5BA 3NO5A 4N9EA 1JUKA 2HMCA 2FLIA 2RDTA 1OVDA 2C6QA 3IIZA 2GJNA 3BVJA 3JRKA 1JQVA 3OEXA 4PEKA 1TPEA 4DEFA 1W3IA 2ZZ1A 5F1UA 5J5DA 3LBMA 4UXDA 4O50A 3BK0A 3LCIA 4LTSA 3P82A 1L2UA 4EF9A 5CPLA 2CWNA 1PIIA 3UWYA 4UTKA 1N55A 5EA9A 4H6KA 2YYTA 3GAKA 3UY7A 4WXZA 4ADSA 2E6DA 1O4UA 3OVPA 1PCKA 1G7UA 3TXVA 1W37A 1PS9A 3N19B 4FEZA 1GG0A 3UWVA 2ISVA 2VEIA 4MYXA 2ZA2A 2CZFA 3NG3A 1K7FA 3LHYA 5HUPA 3EWXA 3L67A 1TPDA 4FNSA 4GUGA 2YFOA 3TW7A 4S2BA 4O52A 3VCRA 1OK6A 2GOUA 1OFBA 5KMYA 2NXHA 1W31A 1J5TA 1LDCA 3HF3A 2JGYA 3MBFA 2A7RA 2PURA 1FDJA 2H6RA 3M5ZA 1GG1A 2CLIA 3GVGA 1IIGA 3MI3A 3EXSA 4XKYB 2Y6ZA 3L0NA 1NF0A 4XQ6A 4MFDA 4MZ8A 3JR2A 2FPVA 3PVFA 3IRDA 4XBKA 3STFA 3W85A 1MZHA 1KBJA 2ZRVA 4O4WA 1O5KA 2VEMA 3VNDA 3G1FA 1J2WA 4ZL1A 3H53A 3N73A 4Y8FA 4ORIA 3W6YA 1P4CA 3FS2A 4O10A 3TFCA 4WY0B 3LGEA 4HIBA 4TU1A 4Z1DA 4O4VA 4AH7A 1K03A 3HPSA 1TRDA 5LNWA 2V5BA 2Q3OA 3F1QA 4O13A 1H7OA 2QR6A 3UZ5A 5FF0A 2E6FA 4AHQA 3W84A 4JY9A 2F7FA 2EF9A 3AO0A 1OYCA 5CZTA 3W73A 4NU7A 5H2ZA 1PHQA 1VH7A 3W23A 2Y7GA 3KVJA 2A0NA 1G4PA 3O06A 4MUZA 4HKPA 1T0OA 1G67A 1HG3A 1H5YA 2JKPA 2QDGA 2WV8A 5HR6A 4P61A 2ZZ7A 2BLEA 1SFLA 4DQWA 4JIPA 1GOXA 3THAA 2C3ZA 1OX4A 4UR8A 1DL3A 1R47A 3SIZA 1KM4A 4MLRA 2OMAA 5G5IA 2GPTA 2YR1A 4UR7A 4N6EA 3CWNA 4KWWA 1ALDA 1BKSA 3TSDA 1HUVA 1JVNA 4QISA 2CZ5A 3DFPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4AW7 A;  1KXV A;  3GTH A;  3ZLH A;  2HV5 A;  5K4X A;  2DT3 A;  1I8J A;  3BAR A;  3Q67 A;  3GNO A;  5AHM A;  4EE9 A;  4Y7E A;  3LZ3 A;  4J3X A;  2QCD A;  3MSD A;  4LS2 A;  4MY9 A;  3M0Z A;  2QCM A;  2ZA1 A;  5A3H A;  4IQJ A;  4C65 A;  2X1T A;  1BYA A;  2YCJ A;  3PPC A;  5A2B A;  5LIW X;  2J8T A;  3WK0 A;  5D2W A;  1AW1 A;  1MNZ A;  4KFO A;  1U1U A;  4IL0 A;  5DY2 A;  3FAX A;  3RX4 A;  4CN6 A;  2O0T A;  4JQ1 A;  2ZRX A;  2DVU A;  1YLV A;  2Z24 A;  4HPN A;  5BRQ A;  3R7M A;  4CD5 A;  3IAC A;  1C91 A;  2KZH A;  5JMU A;  1EA0 A;  2J13 A;  3ARO A;  1EJR C;  2YCK X;  5EMM A;  4ZO6 A;  3PZU A;  4NZ3 A;  4FR1 A;  3CJP A;  3FXY A;  5BRO A;  4PB5 A;  1SW0 A;  3CUH A;  3HB9 A;  4R7J A;  3ZJK A;  3MCN A;  3EWD A;  3I7R A;  3S4T A;  4JFT A;  2ZDS A;  3DGR A;  3CGT A;  2PUZ A;  4O28 A;  3H2C A;  4HA0 A;  4HVX A;  4MJZ A;  1FY6 A;  3B0P A;  3CMF A;  1HO1 A;  4EAY A;  3D46 A;  4IIC A;  5JVL A;  2YXG A;  1GJU A;  3IV8 A;  1BF2 A;  1DQU A;  3NDO A;  2EO7 A;  3EWZ A;  3BL3 A;  1OX4 B;  2PGW A;  3B0V C;  4C1N A;  3LSC A;  4ZXO A;  3TIM A;  2X2Y A;  4PBG A;  3EOO A;  3MVI A;  1LRT A;  5H8P A;  3QMS A;  5F2M A;  5LXE A;  5FJT A;  3HV9 A;  4L9X A;  1ZGD A;  4AY7 A;  2ZZ3 A;  3S5N A;  3W9Z A;  1ZBW A;  1UG6 A;  4LNY A;  2C15 A;  3EGJ A;  5TAO A;  5D2V A;  2BVD A;  2J4G A;  1E6Q M;  3W7G A;  5A8N A;  2VRK A;  1UWT A;  4RW5 A;  1LOL A;  3NQG A;  1IEV A;  4BF9 A;  1G6C A;  2VX6 A;  4P7R A;  1GOR A;  3PBY A;  4J5N A;  4FK9 A;  2NXI A;  3CEU A;  1FX6 A;  4QNE A;  2XYL A;  3QY6 A;  2AAA A;  4KT2 A;  2D2G A;  5D9N A;  1UPP A;  2JFE X;  3LB0 A;  4PTN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ZFJA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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