1ZJIA

Aquifex aeolicus kdo8ps r106g mutant in complex with 2pga and r5p
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Catalytic and Conformational Cycle of Aquifex aeolicus KDO8P Synthase: Role of the L7 Loop
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 89
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2005-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1zjiA00
1SW3A 1QOQA 5I3GA 1LRTA 4O4VA 4YCPA 1TMHA 3TW7A 4O1BA 5CG7A 1Q45A 3HPSA 3OVRA 3ZWTA 4UTUA 2NLIA 3MJYA 1Z41A 1TPUA 3HMJG 3M44A 2E6DA 3WJWA 1VS1A 1KFJA 1ALDA 3QSTA 5K4ZA 3BGGA 4JNMA 1K03A 4UTIA 3NL5A 2AGKA 2OX1A 5CPOA 3W1RA 3VKJA 1FDZA 1PIIA 3GAYA 3V1PA 1C29A 3MI6A 2CLMA 3GDRA 2H8ZA 5TBOA 4JYEA 3S5NA 4LVFA 2B4GA 1C8VA 2ZCGA 2NX3A 3G3MA 3HPXA 1YLVA 2CWNA 4O14A 1PS9A 3EX3A 1TREA 3M5ZA 4UUIA 4GBUA 5DCBA 2GJLA 2ZRZA 2VC6A 3NDOA 4UFHA 5FF2A 4RR4A 3CQ0A 5DY2A 4O16A 3G1YA 4HNVA 3OIXA 3S42A 3E49A 3PR2A 2F7FA 2CLOA 4LS1A 5EYWA 2EGZA 1LRQA 4XTDA 3NR0A 3CIXA 5K9XA 4WX2A 4MY8A 4KWVA 3I7SA 2YFNA 2JBMA 3C61A 3LX9A 3C2OA 3C52A 3OVPA 4GFSA 5HJLA 3I65A 1B4EA 4JICA 4JEQA 2YPIA 3BLIA 4X9SA 5HINA 4EF9A 1SW0A 3I6RA 3LCFA 4DPQA 4O12A 3ELFA 1G4SA 4JTFA 4KFNA 4MYXA 3LXBA 2E5BA 2A5HA 1H7NA 5EL1A 1KTCA 4R7JA 5E93A 1KBJA 1W0MA 3BVJA 3TC6A 4RK8A 3TH6A 2QDGA 1U5JA 3QMTA 1ME8A 4I7VA 4LC6A 3B8DA 1FCUA 3RU6A 1I2NA 3L0NA 1TPVA 2J27A 5HULA 3NQ8A 1H5YA 3W7EA 5D2VA 4MFDA 1F5ZA 5K4XA 1G4PA 4S2CA 2HS8A 2VEMA 3QPYA 5TIMA 3GDTA 2YFOA 4GUHA 4OQVA 3QQ1A 3W84A 2ZBTA 3W2JA 1ADOA 4Y8FA 4FNTA 1EIXA 2WNNA 4TO8A 1PV8A 2ALDA 3MI3A 1QWGA 1I8JA 3B03A 2VFHA 3LHUA 3IIPA 2Y62A 4AEOA 3CIWA 4LNYA 3SSJA 3A23A 2BZNA 3TU9A 5AYZA 2VFDA 3C3NA 1CI1A 4K6AA 3STCA 1W3NA 1JCXA 2QJIA 4N4PA 4KFPA 2X2GA 2CLIA 1M7OA 5DLCA 4JX5A 3OHIA 3TFXA 1DQWA 3TV8A 1TQXA 1OF6A 1MXSA 2WPBA 3LI0A 4Y96A 4AH7A 1RQBA 4A21A 2C6QA 2Y89A 2QCMA 1XBZA 5G4EA 1YTDA 2OT0A 5H2ZA 4RJEA 4W9TA 3VI2A 3PBVA 5HR7A 2QUUA 2FFCA 3W7KA 2W6RA 1XC4A 6TIMA 2YSWA 3NO5A 4AWTA 5DCEA 2Y7FA 1UBSA 3I7RA 4NVTA 5AHNA 3LXAA 1VQTA 1HL2A 1LBFA 1WXJA 3E9AA 3M1ZA 3NYZA 4O8RA 3SY5A 3KRSA 2ZRWA 3G0UA 3M5YA 4K39A 3MHUA 4BI6A 4O28A 4JIPA 5HMSA 2QCGA 4CNOA 1G6CA 3ABQA 3T40A 1DL3A 1H62A 3G8EA 4FB7A 4N6EA 1OX4B 4MZ8A 3T78A 2NWRA 1RQHA 3R5EA 1W5PA 4LY8A 2V8ZA 2C19A 1JCJA 3W7OA 1DOSA 2TYSA 4UMBA 2RH9A 3UWYA 3UZ5A 4ZQMA 1WOAA 3DU0A 1BWKA 1EP2A 4Z0JA 1W8SA 3LV5A 3WK2A 3PUDA 1QOPA 4O1CA 3RFAA 4DPPA 2V5LA 5LNSA 3QM3A 2NV2A 1H7XA 1RV8A 4DEFA 4DO6A 3USBA 1FCBA 2BLEA 3S1XA 4YL2A 5D03A 6ALDA 1EP1A 1UJPA 4GRSA 3LI1A 3W7MA 2Q3RA 3DFQA 3BLFA 3GLCA 3HF3A 1U83A 4YLWA 1XCFA 4WXZA 3LLDA 5D2YA 5BMWA 1LYXA 1S5WA 3ABOA 3N73A 1YPIA 2Z1BA 1XBXA 3A5FA 4MLJA 5K2ZA 3MBDA 3W1AA 2NXIA 4NUWA 1AW5A 3LM7A 1PVNA 4AB4A 1GYLA 4M7TA 4WZHA 3KVMA 3MP3A 1XBVA 1P5BA 4LS0A 1AL7A 3STEA 2XN0A 5FF0A 1TCDA 2LLEA 4M5PA 2CLLA 4CNPA 5F2GA 3IV3A 1WAUA 4UFLA 4UTMA 2G95A 4DELA 4DQWA 3HJZA 4XUGA 4N9EA 3O06A 4FNQA 3DFSA 3N9RA 4EOUA 2ZRYA 3TW6A 4IJBA 4Y90A 5FESA 4LOCA 5CKSA 3NZ1A 4FX7A 2CZEA 4I7UA 1FWSA 3HGSA 3GNDA 5EY5A 3LTYA 4E38A 3R89A 1VLWA 3FLUA 3DFOA 3L2IA 4M7SA 1A5CA 2YW3A 1KTNA 1WBHA 3SJ3A 1OJXA 4CCCA 2ISWA 3LLFA 3LOTA 3RK8A 2CW6A 3G1FA 3EXTA 3LDVA 2WSYA 1H7WA 2R8WA 4O53A 4AHQA 3G1SA 5BRBA 4TX9A 2I1OA 3K30A 1O95A 3THAA 3VE7A 5DXXA 3UXDA 4LV9A 4ZMGA 3FJ6A 3CU2A 1OX5A 2DZUA 1E51A 4LTSA 2QCEA 2PE4A 1SUXA 1EA0A 1NF0A 4JXCA 2WOQA 5D38A 1JUKA 2X1RA 2YYUA 5F2LA 5G2WA 3PG8A 5AHFA 1A5BA 4WOQA 3W07A 3TQVA 4H6KA 2E6AA 1JRCA 2GVGA 2ZRXA 3H55A 1XFBA 2Y7DA 2QJHA 3EKZA 2O7SA 2YX0A 5I3HA 4IX2A 1OYBA 4WY0A 5G2IA 3UWZA 2E6YA 4RLIA 3T55A 3TKFA 1HG3A 1Q6LA 4AWUA 1TO3A 3FIGA 5LGZA 3O05A 3EWZA 4LVAA 4TIMA 3CEPA 1ZCOA 3LHWA 4JYFA 4E2BA 4PODA 1Q6QA 2B7QA 3EXSA 5H91A 4Z1CA 3GVGA 4C1LA 3NM3A 2ATSA 3N3MA 4GUJA 4TR9A 1G7UA 2B7NA 1TTIA 5I3FA 4RKAA 1TV5A 1D3HA 1LDCA 1H7PA 1VYSX 1SU5A 3FJLA 5LNUA 1OFRA 3HIJA 4PL2A 3MWAA 1MSSA 2QAPA 4WD0A 2JK2A 4XKYB 2QJGA 3HQ1A 3IEBA 2PRMA 3DFTA 2DZWA 1F05A 2GPTA 3CM4A 3W1TA 4IGHA 1L9WA 3NXFA 3ATZA 2G5WA 4O54A 3BGJA 3UPWA 1TPWA 3WJXA 5DXYA 1K7XA 4JIQA 3AO0A 4AWSA 4IOTA 2G96A 5KMYA 3P74A 4UXDA 4DO5A 4WQ6A 5HNRA 4ZZ9A 5E1QA 4TMBA 3FA5A 3SGUA 4I7WA 4QQ3A 3TSMA 3P60A 4BI5A 2QEZA 1B9BA 2ATMA 4Z08A 3CHVA 3ABRA 3LXCA 1YTEA 3TA6A 1KM5A 1W56A 5EMUA 4A29A 3TE9A 3NEVA 3UWWA 4A2SA 2Z6IA 4POCA 2QCDA 4IPIA 3DHFA 3W2KA 1J2WA 1X6UA 4K7YA 4RXGA 4MIMA 5KSWA 1Q6OA 2X1TA 1DJQA 1VRDA 2W79A 4O13A 3MP4A 3QZEA 2QAFA 5EA9A 5E0KA 1K8YA 1GYNA 2C14A 5L9FA 2G97A 3LTPA 3S5ZA 4K37A 1S3HA 5D33A 2YGYA 5AHEA 4MY1A 3IIOA 1LBLA 3DGRA 5FF4A 1XDLA 2Y7EA 1DV7A 4B5NA 2V2DA 1LM1A 3NL6A 5LHFA 3KFTA 5MHBA 3T7VA 5DELA 2RDWA 3NZRA 2VFFA 1IXQA 1K8ZA 1ME7A 3QSRA 4M19A 1V5XA 1GT8A 1GPWA 4K8EA 1LLWA 4UTWA 1AW2A 4FX6M 3W74A 4R33A 3PG9A 1O4UA 3RNDA 3QJAA 5KINA 2UV8G 5KZMA 3OEXA 4NXKA 5CPNA 4N4QA 4O15A 4HNUA 3EX1A 4O1DA 4FNUA 3UQNA 1TV8A 7TIMA 3HPZA 1VHCA 3IRDA 3NAVA 5K9CA 3INPA 4K36A 4QJ1A 1D9EA 3DENA 4UC5A 3DHDA 4FF7A 5D32A 2WSQA 1ZAJA 1VH7A 5FEXA 3NQVA 4IWWA 4MJMA 2ZA2A 3P84A 3EX6A 4UNLA 3TCEA 2V2CA 1OF8A 2YXGA 3L0KA 2H8XA 3N34A 2QCFA 4OV4A 2I9EA 2WJZA 2ZTJA 1N55A 3PSWA 5EPDA 5AC7A 2Q3OA 3G1AA 5C55A 3S0CA 3EWWA 2V9DA 1AMKA 5IBXA 1OFDA 1D3GA 4LUIA 2CZ5A 4OU1A 1HO1A 5D05A 3PBYA 4K7VA 4JTGA 3C2EA 5D04C 3C4UA 4LUJA 2BSLA 3HOJA 2QCHA 1TQJA 3W7GA 1LROA 4BK9A 3UXAA 4UCGA 4HNNA 1WOBA 3VCRA 1QPOA 3G1DA 2OJPA 1GJPA 3FEMA 3JS3A 3DI1A 3QMRA 3W7DA 2CU0A 3E0IA 3G3DA 1KLZA 5KZDA 1SZGA 2A1YA 4H3DA 2EAWA 2Y63A 4O1AA 3N2XA 1EB3A 3NQGA 1TPH1 1IXPA 4S2BA 3L5LA 3DFNA 5TQLA 4IXXA 3S9YA 3NG3A 4LWWA 1W31A 4N6FA 1I2PA 4OHQA 4Z1DA 2DZXA 1CX9A 3PUOA 2X16A 1AW1A 2ZZ6A 4O57A 5AYYA 5L6UA 1GVFA 2O7QA 3L0GA 1YPFA 4QIUA 3CT7A 1P0NA 3Q2DA 2C16A 4M6VA 3W22A 4LRTA 3W7RA 3KRZA 5DBTA 2Z0IA 1T96A 2Z6JA 1LOLA 4JY8A 4PC8A 3G22A 5HUOA 1XM3A 4NJJA 4GXMA 4ZQCA 3O15A 3UPBA 1LORA 3QH2A 3DH7A 1LLZA 3NQ6A 5D2TA 2VFGA 1SR9A 4ORIA 2AAMA 1SW7A 1KV5A 2YCEA 3QW3A 4U28A 1MZHA 1R2RA 1N7KA 5CSRA 4NNCA 3GX9A 3N9SA 5AC6A 1KA9F 1XDMA 2VXNA 3CWOX 1W5NA 2RKXA 1H1ZA 2NXGA 3HB9A 2B7OA 1MEIA 4RX0A 3WJSA 1NSJA 3BV4A 1FBAA 1QFEA 4YXGA 2J24A 1WBJA 3MMTA 5HWJA 5LHEA 3Q58A 1ZENA 1FWRA 2A7PA 5HWMA 4DO4A 4JTTA 3I68A 4M6PA 4RZ5A 2P1FA 1FQ0A 5BW6A 2OMAA 3IVTA 4HPJA 3KAOA 5AHLA 2ZA1A 1KFEA 1QPRA 2VEIA 2FB2A 3R8RA 1VYPX 1JCMP 3DAQA 5CPMA 4UMAA 3IVUA 1A5SA 3QYQA 1B4KA 2Y88A 3QF0A 3NQAA 1NFBA 3S1UA 3PM6A 2TPSA 2P10A 3HBLA 1XI3A 3UYCA 5BNKA 2WO5A 4OGZA 5HR6A 5F4WA 1ZAHA 1H1YA 3ZWSA 2ZZ4A 3UWVA 2QCCA 2JGYA 1GVQA 4N9BA 3LTSA 1LOQA 4LV4A 1JCLA 3A24A 1TTPA 3JRKA 1QPQA 4AMAA 4FXRA 4Z1BA 2B0MA 1QPNA 4UIOA 3SZ8A 5K7JA 1RD5A 3W76A 1OVDA 3MYPA 5J5DA 1R2TA 3PAJA 3QEZA 1GZGA 2I14A 3EX2A 3L5MA 3LBMA 4ADTA 1SZFA 1TPEA 1L6YA 3HG2A 3KX6A 4P61A 3HG4A 4ADUA 4IMCA 1TJPA 4NJHA 2WNZA 1XUZA 3B0PA 1ICSA 2V82A 3W88A 3EXRA 3PBUA 2QCNA 5FEZA 4YCOA 3LGEA 4HSNA 3W1MA 4CQAA 5CSSA 2C13A 1VYRA 1XBYA 5F1VA 2E6FA 4JR5A 3CPRA 3NQ2A 4FNRA 4O50A 1YXYA 1G7VA 1RVGA 1VC4A 4UTKA 3F4NA 3L67A 3W7QA 5C5YA 1FUYA 2W0UA 4ICNA 1GQNA 1OYAA 3IVSA 3Q94A 5J5RA 1FXQA 1OFAA 4NNAA 4OE7A 1HO4A 3GXNA 5I3JA 2HMCA 3TR2A 3GKAA 3BW4A 4FNPA 2YZRA 4AF0A 5FEWA 3TXVA 1ZHAA 3LRMA 4Q4KA 1T0OA 3SFKA 2BTMA 1ZFJA 1A50A 1GTEA 3FYOA 3DFPA 1GG0A 1JRBA 2J9XA 1VZWA 1ZAIA 3WK0A 1OX6A 4AHPA 4UFIA 3T44A 4N02A 4JS3A 1RQEA 1FY6A 1OK6A 1KM3A 3I7QA 1S5TA 1W5OA 3PY2A 4A22A 2BXVA 3SECA 1PE1A 3BG3A 2C3ZA 3EKLA 3F4WA 2WQPA 4X2RA 2J9YA 1SQ7A 1TSIA 1I2OA 1XXXA 1LZOA 3W2NA 1SZNA 4Q33A 3IIZA 3O6YX 2ZRVA 3PSVA 5AC8A 3KRUA 4UTHA 2A21A 1JUBA 3IGUA 3L68A 4OBTA 3TSBA 3HG3A 3C6CA 3CB8A 2V0TA 4JTIA 1JCNA 1JJKA 1YDOA 3RLUA 3QW4B 2YW4A 4ZQRA 2A6LA 1OABA 1YTKA 5T26A 4PCFA 1S5VA 2C0AA 3GZ3A 3BARA 1SFLA 3W7CA 3UZJA 1DQXA 4WXYA 4XBKA 1WYIA 3PVFA 3MO7A 1V7YA 2ZZ7A 1W5MA 2V81A 3GAKA 4AVFA 4GNJA 1H60A 2AQWA 1X8FA 1R2SA 1I45A 3GYEA 2NV1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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