1A50A

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 5-fluoroindole propanol phosphate
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
266
structure length
260
Chain Sequence
ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Loop closure and intersubunit communication in tryptophan synthase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN)
total genus 104
structure length 260
sequence length 266
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1a50A00
3QPYA 3W1UA 4GWEA 1LDCA 3FKKA 2WOQA 1ML1A 3VE7A 2E1DA 2LLEA 3TCEA 3BK0A 1BTMA 4LNYA 4XTDA 1H1ZA 1DJNA 1QPQA 1EWEA 4NQ1A 3TQVA 4K38A 4UTKA 3GDMA 4KWVA 4X3ZA 1I2QA 3N3MA 1FBAA 1MEHA 4N9CA 2NWSA 3TA6A 1OHLA 1ZFJA 2YZRA 1OYCA 5LNRA 2JKEA 3MI2A 3CTLA 4L4MA 2X1UA 3U8GA 1OF6A 4R53A 5EY5A 3A21A 2C19A 2BLEA 2A6LA 4K39A 1R47A 3FA5A 3SSJA 4O13A 3W1NA 1KLZA 5KZMA 2GQAA 5F2MA 1S5TA 3LCGA 1LLWA 5K3VA 3SR7A 2QCDB 1M7PA 2RKXA 4GUFA 1ZAHA 2ZZ6A 4IMFA 4IUOA 4JD4A 1YDOA 4RJEA 5AHNA 4DO6A 2RDTA 1EX5A 2VEKA 3W1MA 3ABOA 3STFA 3HGSA 4FNPA 5KZDA 2X1SA 1TTQA 2QR6A 3HG3A 1TPFA 3LHYA 3G24A 1WV2A 4JTUA 3GAKA 1HG3A 3PG9A 4FXSA 4NJIA 2ISWA 4PC8A 2GJNA 2ZRUA 3W74A 1G4PA 4Q33A 2D73A 1FDJA 3CEUA 3OVPA 3SW6A 1JCMP 1L6YA 1TJPA 3C4UA 3GR7A 4CLMA 3QSTA 4NNBA 4MUZA 3QC3A 1A50A 4NX0A 5AHIA 1I2OA 2YSWA 1L6WA 3NXFA 5DXXA 3GX9A 3LI1A 1VHNA 2DORA 2FLIA 2RDUA 1TPEA 2CLFA 4LS1A 5LNWA 5D33A 1OFDA 2A1YA 3PG8A 2DZTA 4WOQA 2HTMA 4PA8A 3GNNA 2ZTJA 3LB0A 1O95A 3C61A 3KVMA 1JUKA 2QCEA 5I3HA 1U83A 1VS1A 3W2LA 2JGYA 1HUVA 2WO5A 4HKPA 1EWDA 4A21A 1UUOA 3G1YA 4EWND 4QAIA 4OT7A 4JIQA 1SQ7A 3UQNA 4ADUA 3CHVA 3MJYA 3QQ1A 3M7WA 2GUUA 4BI6A 1GYNA 1K02A 1TB3A 2DJLA 3P8IA 1KM1A 4ZZ9A 2NX9A 1BWKA 3HGJA 5AB3A 1UASA 1N55A 5BOOA 4O54A 5DBTA 5L9FA 3QSRA 3CT7A 3NL6A 3DXIA 4E2DA 3O15A 2A7RA 2Z2UA 3S1XA 2WSRA 1GQNA 4LT9A 4UCGA 4LU0A 4MPQA 1L2UA 1TPUA 4JDYA 3RMJA 3CIXA 2CW6A 3N9SA 5LZLA 3U2OA 3B05A 3MBFA 3TIMA 5CZSA 2ZA1A 1KBJA 3STEA 4MOZA 1AMKA 4ML9A 1SZNA 4DELA 1OFOA 1I2RA 3EWBX 3EEGA 3GK0A 1VHCA 3LCXA 2FQIA 1LRTA 1Q6RA 3BPWA 1YLVA 3WJZA 3MW7A 4QSHA 2VEPA 4HSNA 3IV3A 3TK7A 4FB7A 3W7EA 4I9AA 1I45A 1JRCA 4ICNA 3QPZA 3G3MA 3W2JA 1WYIA 1OG0A 3TDFA 1IIGA 3HPXA 3UXDA 3W6YA 1KM0A 2Y70A 1FUYA 1GPWA 4G1KA 2RDWA 2X1RA 1FY6A 2O7SA 1O94A 1ZENA 1O60A 3DU0A 2ZRVA 1OFRA 3TSMA 1UBSA 3HO8A 4GUJA 4RX0A 1FDZA 4DBDA 1GTEA 2ZTKA 1IXQA 2A0NA 5AOUA 4IJBA 1IGSA 5LGZA 5AHLA 4RR4A 3TQ0A 2VENA 1OYAA 2GOUA 2CZDA 2E6AA 1AW1A 1IIHA 3Q37A 3BO9A 2ALDA 3NZ1A 3VI2A 4PODA 2QUUA 3ATYA 3BG9A 3BLEA 5DLCA 1GVQA 4BR1A 1FCUA 1NAL1 4LTSA 2BZNA 2Y89A 3S9YA 1GJPA 2FB3A 2V30A 3O8AA 1H7OA 5G1YA 4KFPA 4FNRA 1JRBA 3TMLA 3N2XA 1W5PA 5D2VA 3OA3A 5EL1A 3ELFA 5FF4A 3DHDA 2QAFA 1PCWA 3M5XA 1VC4A 1TCDA 4JTJA 4I7VA 3DH7A 3NQ6A 4S2CA 3OG3A 5HINA 7TIMA 4N6FA 4O50A 4NU7A 3OHIA 1D3GA 1RZMA 2JGQA 2VELA 1QNVA 4C1LA 2P1FA 3W7NA 2E6FA 2F84A 3KXQA 1X6UA 3WK1A 6ALDA 2WNZA 1XKYA 1ZALA 3CWNA 1LOLA 1TRDA 5AHFA 3EWYA 3PB2A 4CNOA 3BLFA 2FPTA 2NV1A 3OBKA 3GDTA 2GVJA 1GEQA 3C3NA 4TMBA 4ZQCA 1EP2A 2ISSA 3I7SA 4XKYA 1QFEA 1YPFA 4BI5A 3HG4A 3P74A 2NUXA 2QDGA 4UMCA 3M44A 2YW4A 2ZRWA 1KM5A 3LHVA 1OFPA 3HGOA 3KHJA 3WJSA 3W84A 3TXVA 2O7QA 3W7RA 1O5KA 2YR1A 1MSSA 3H54A 4MFEA 1H50A 1OABA 3R13A 3BGGA 1SW0A 1H7WA 4POCA 1H61A 3HG2A 1KFLA 3FIGA 2V9DA 3NQCA 3LGEA 1ME9A 3O06A 4GFSA 5CPMA 4GRSA 4Q32A 3FYOA 3LERA 2GQ9A 3TQKA 2NWRA 1Z41A 1W5MA 4HSOA 5F1VA 2Y7FA 4YL2A 2H3BA 3W86A 5FF7A 3M1ZA 1ZAJA 3INPA 4O1DA 2EF9A 3O05A 4QISA 1M7OA 3ATZA 1ONRA 1EEPA 1TIMA 3M43A 4K7VA 2G5WA 5DXYA 1TTPA 3S5NA 3B0VC 5DCBA 3QQ0A 5CSSA 1SO3A 4UFMA 1D3HA 1JCLA 2Y7DA 3PBVA 4H3DA 4HNNA 1C8VA 3N19B 2GJLA 3TSBA 3EWWA 3P80A 1NVMA 3NPUA 1NFBA 1Q6LA 4O0ZA 3VCRA 4OWGA 2ABAA 3UYCA 1S3HA 2UV8G 4JXCA 4OBTA 4FNQA 4UTWA 5DBUA 4UXDA 2C0AA 1QMLA 4JN6A 5CSRA 2J27A 1TTJA 2YGYA 2X30A 3Q94A 5KMYA 1THFD 5EPDA 1X1OA 2Z6JA 4IX0A 1QOQA 4O12A 4N9EA 4PFMA 1LP6A 1FWWA 4IXXA 3KFTA 1H51A 1XDLA 1ZAIA 3LCLA 1XUUA 2CLLA 4AAJA 2NX1A 3DI0A 3F1QA 5FEXA 3RNDA 3ABSA 4WXYA 3UZ5A 1BWLA 1QDSA 2X1TA 4HNVA 3M6YA 3UPBA 1B9BA 1T8XA 3QW4B 4QNEA 1HTIA 3W2NA 4QM1A 1ME7A 2JK2A 2QEZA 5SWUA 5G4WA 3SGUA 2DZPA 3FOKA 1B3OA 5AYYA 5CZTA 5L6UA 3F4WA 1TPWA 4JS3A 5AN7A 4YMZA 1TREA 3LTYA 5FEPA 3ABRA 3BARA 3NQ7A 4A2SA 2CLOA 5DN1A 1C29A 5F2IA 1W0MA 1JCXA 1CI1A 5IM51 1TPC1 3L0KA 2GPTA 2PC4A 5AHMA 1J4EA 5AYXA 3NL2A 3VFLA 1LROA 4LRSA 5EBUA 3PS7A 5D2TA 3NL5A 2A7PA 5HJLA 2Q8ZA 5T26A 3NQEA 3S8HA 3DKLA 1VQTA 4ZQPA 4ORIA 4NZJA 5CGQA 2V2HA 1WOBA 3KVJA 1DQXA 4MLJA 5D03A 3DENA 4AMAA 1KFBA 4N4PA 3EXTA 3UWZA 1V7YA 1VLIA 3LRKA 3M41A 3PULA 4W9TA 2YXGA 3O07A 1XDMA 3C52A 4UTWC 2IQTA 1Z48A 4PCFA 4M6PA 1LBMA 2ZFAA 4ADSA 3NPVA 4Z08A 5F2LA 4OGZA 3EX3A 4IQLA 1OX6A 1LRQA 3NOEA 4DXVA 3V1PA 4X9SA 1SFLA 3GKAA 3UXAA 3GVGA 4LVGA 3HPSA 2BWGA 2ZDRA 1SSDA 1A5BA 1OFEA 1PVNA 2CLMA 1B57A 1J2WA 4JR5A 2H3DA 3THAA 2Y88A 4UTTA 3CPRA 4JX6A 4JIPA 3G8RA 3TW6A 3HOJA 3DAQA 1KV5A 3MI3A 3S1VA 4M19A 1VZWA 4O57A 4BWLA 4LWWA 4ONVA 4ZQRA 2DJXA 2HS6A 2OX1A 3MP5A 2NUYA 2OT1A 3A9IA 3GDLA 3ZFHA 5HWJA 1XFBA 3EB2A 4GJ1A 2FTPA 1Q6OA 1W54A 4R7JA 1R30A 2JBMA 4LC6A 4UMAA 3C8FA 3IIZA 2RH9A 2J6XA 4J9JA 1TV7A 4JY9A 3ZWTA 3W7MA 2NV2A 3IEBA 2NX3A 2PURA 3WK3A 4CQAA 4UTIA 4U4MA 3PVFA 4AEOA 4IMDA 4LVAA 4DBEA 4O1BA 2WKJA 3IVSA 3EX2A 4NXSA 2Z1BA 3RK8A 2QCMA 2Y85A 3EWZA 3NZRA 2E77A 1H63A 1KFCA 1AL8A 1QO5A 4AB4A 4ORMA 1SSGA 3L67A 1SUXA 1WA3A 2V0TA 2Q3RA 2X2GA 1OYBA 4DO4A 1EA0A 5F4XA 3TX9A 4YXGA 5KITA 3A5VA 1F6PA 2PE4A 3TNOA 4XWUA 1OK4A 5K7JA 2E6YA 1LZOA 2Y62A 1QAPA 1LORA 1LOSA 1SPQA 3LCHA 1VRDA 4LUIA 4MFDA 2BSLA 4OQVA 2E5DA 3ZWSA 1DQWA 1S5VA 1DBTA 3JS3A 1G4EA 1S5WA 1PCKA 1I4NA 3HPZA 2YYTA 3S0CA 2PCQA 3QMRA 4K8HA 3LHZA 3KRZA 4O10A 5KTLA 4FIRA 4QITA 2QCLA 4IOTA 1YXYA 3CLMA 1P4CA 1W3TA 3CEPA 4NJGA 4UTTC 1WBJA 4Z1DA 4UFJA 2CLEA 1PS9A 1RPXA 3W7JA 5E0KA 1KBIA 1CX9A 5TIMA 3NQ8A 2A2IA 2DZVA 2C15A 3W1PA 3SJ3A 4RKAA 3P8JA 2C6QA 4LV4A 2H90A 1VGAA 2ATMA 3BGJA 4RV8A 2FJKA 3KOFA 4Y9AA 5BMWA 3P81A 3EKZA 3GIYA 3W7CA 5J5DA 4K8EA 3ABQA 4RXFA 3A23A 3G0UA 3W7IA 2HSAA 3W9ZA 5K9XA 4XBKA 2ZZ3A 4ZVJA 3L68A 3SFKA 1SZFA 3C2FA 4GBUA 5BRBA 1FCQA 3VE9A 3PSWA 3TXZA 4N2YA 3W2UA 2VFGA 5CPNA 3IGXA 3GLCA 3LHUA 3IIPA 2QUTA 4JTEA 3MHFA 4WJEA 4UNLA 3CU2A 1TPB1 1OJXA 4A22A 5BMXA 2VFIA 4IMGA 2R94A 1YXCA 3PB0A 4O53A 3MHGA 1ZHAA 1WBHA 3I68A 3B0UX 3PSVA 1EIXA 3BG5A 4FF7A 3W7PA 1KFKA 4B5NA 3LRLA 4MVAA 3HJZA 3HG5A 5HMSA 2E5BA 2A4AA 3OIXA 1QO2A 3KRSA 5BW6A 3LCWA 2BTMA 3NDOA 1P5BA 2OJPA 3TC6A 1B4KA 1BKSA 3OEXA 1F74A 3LXBA 4CQ9A 4QQ3A 3MO7A 2V82A 1W37A 1SFJA 3O6DA 4YLWA 3NQMA 1G4SA 3LRMA 3HMJG 4QIUA 3F4NA 2JKAA 1XBYA 2QKFA 1ZCOA 3BVJA 2E09A 4NNAA 3MWAA 2QCHA 1W5OA 1DHPA 3LV5A 3CM4A 3M0ZA 1YYAA 3E96A 4JICA 3P5YA 3UZJA 5I3FA 3LXAA 4FXRA 1RVGA 5TBOA 3G1FA 3W7OA 3E9AA 3FJ6A 4P61A 4IX2A 1VPXA 1G69A 4FEZA 2QDHA 3S42A 1F05A 3P67A 1JQXA 3HBLA 4H4IA 3B8DA 3O6CA 1GZGA 2I14A 3CB8A 3RU6A 2CLIA 4O0KA 1YDNA 4JTSA 5LNSA 4IMCA 4O28A 3PM6A 3PR2A 3W76A 4FNSA 1E51A 3BW4A 4M6VA 3NAVA 2ZA3A 5FESA 4LVBA 4BF9A 2A7NA 1GT8A 2DZUA 4JY8A 1QOPA 1QPRA 3UWVA 3P61A 1KLYA 4UTUA 1L9WA 3LCFA 3W7GA 3LM7A 5HNRA 1SO4A 5D38A 3S5YA 2ATSA 4K7YA 5K9DA 3L5MA 3LX9A 3PAJA 4E0CA 4HNTA 1WX0A 5HWMA 1GVFA 4QNWA 2NXHA 1ZJIA 1LLZA 2W6RA 1W1ZA 3PBWA 4EOUA 4EF9A 4AHQA 1GTHA 3RLVA 1MXSA 3TAOA 3F03K 3M9YA 3P5ZA 3EX1A 2CLKA 1YTDA 3I7RA 1TV8A 2F7FA 4JTTA 3M47A 1DL3A 3EX6A 4NXKA 4AHPA 1W8SA 2ZA2A 4M5PA 3W1QA 1PIIA 3T55A 5AC7A 3W1RA 5I3GA 3NPWA 3NVTA 5CKSA 3I65A 4MZ8A 1TO3A 2NZLA 1FCBA 2VC6A 5U7SA 2EPHA 2ZZ4A 3HB9A 1SZEA 5LHEA 3WK0A 3LCIA 3A5FA 1W56A 3E12A 3DI1A 5K4XA 5G2WA 3W1XA 5EYWA 3TW7A 1W5QA 5FF2A 2ZZ1A 4WUIA 3A22A 1F73A 2C1HA 5HWNA 1HO4A 4DF2A 3ZS4A 3Q58A 1LRNA 3HGRA 6TIMA 1GOXA 1H60A 4K36A 1KTNA 5TQLA 4UR7A 3EWXA 1IF2A 5H91A 1SO5A 3W1TA 2X16A 3W23A 1P1XA 3VKJA 3GYEA 2Z0IA 4MJZA 4YWIA 4HIBA 2Q8LA 1GWJA 2C3ZA 2XFWA 3BV4A 1TPVA 4FX8A 3WJXA 1RQEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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