1B3Z | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule tags	Family 10 xylanase
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	128
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b3zA00

1KR1A 4TUFA 5BXSA 1UA3A 1XD1A 3ARTA 4H8HA 1CNVA 4WSJA 2DDXA 2PI6A 1PX4A 4WIWA 3IK2A 3PZOA 4UQ9A 4AD0A 3T0AA 3TTOA 4S3JA 2Y2WA 1RD6A 1GORA 2WVVA 2XSAA 4IPLA 2XHYA 5EB8A 2WCGA 4GZIA 3VMPA 3LPOA 2Y24A 3VIFA 4AZ6A 1HL9A 4CD5A 3SURA 2WMJA 1E3ZA 2C0HA 4GZJA 4JHZA 1JD9A 5IHRA 5BRPA 4QLKA 1QNRA 3TP4A 3WEMA 3ALGA 4AYSA 1EO5A 3O6AA 1UD2A 4MAVA 1JD7A 2CKSA 1QVBA 4MADA 1E1EA 2D2OA 2WCAA 4FLRA 3WUEA 5IDIA 3WQWA 2XVPA 1XGZA 2PBOA 4Y7EA 3ECQA 3QHMA 3L4YA 1DWIM 1HJVA 2O9PA 4HA1A 1IV8A 1V3MA 3WD1A 1CLVA 3DHUA 1QNOA 1E56A 4WSKA 3SCNA 3M7SA 1KR0A 4DWSB 1E0VA 3A47A 8A3HA 2EJ1A 4R27A 1QW8A 4DWSD 3LPGA 2WMIA 1XH0A 3SCWA 3OG2A 4UQCA 4MB3A 4PMXA 4QP0A 2VZTA 1H5VA 1E6XM 3WH9A 1EQPA 1ISWA 1CIUA 2BXZA 3K8KA 4J28A 4E4PA 1UD6A 2C7FA 2YIHA 2ZICA 1X1NA 2NSXA 3ZO9A 1BYDA 3VD5A 4HOWA 1GHSA 1SR0A 1EGZA 2WLYA 1JI2A 3WMBA 4TVDA 1E70M 2PWEA 3VGGA 1V3IA 1UWUA 1WPCA 4JL1A 4IPNB 1OM0A 3DYPA 4PCSA 1NWUA 3KZSA 1E71M 3AMKA 1WDSA 1SMDA 5DO8A 4ACZA 1JDAA 3UG5A 3GH7A 3VX1A 4CCDA 1BG4A 4CU7A 4LX4A 3WBEA 5GQBA 4AIUA 2WZHA 1DWJM 1DWHM 4A3YA 1CGYA 2VC9A 3U7BA 4PMOA 2D20A 5C71A 4DUXA 3WFLA 1JZ7A 1UKPA 5E0FA 4MB5A 1OIMA 4UCFA 1UR2A 3W0KA 1V3LA 1HXJA 2F8QA 1V03A 1MQRA 5GNYA 1O7AA 3VIKA 4J3VA 4AMCA 4UOQA 3AIQA 3F4VA 1CGVA 4PMRA 1UH2A 3O2LA 4AZBA 4JFWA 1UH4A 2Y5EA 1C92A 3AS1A 2CBVA 2OYLA 4JCLA 3ARYA 1EXPA 1H1NA 1L8NA 3WNNA 5I24A 1JDCA 5HPOA 4XZBA 1JZ3A 2EO7A 3K1DA 5I0DA 2V3GA 1C91A 2NW0A 1ZL1A 2QHAA 5A6AA 1D2KA 2CPUA 2DH3A 4W8AA 3U5UA 1MYRA 3L4XA 1E40A 1G9HA 2D0GA 2W91A 4AC1X 5LYRA 1UD8A 4M81A 4GI9A 4J3XA 1KBBA 2JFEX 2J7BA 3AHZA 5DMYA 2HISA 3PZVA 1GQKA 4PTMA 1BYBA 5LA2A 2D3NA 1VRXA 1XD0A 4ZENA 3CZGA 2YDSA 3UETA 4AZCA 5I77A 1B3YA 1TFVA 4DWSC 1VEOA 2XYLA 3L4UA 4CKQA 2JE8A 3BSHA 2VUYA 2FHCA 4M56A 2Z1SA 4JZ5A 1NP2A 1JL8A 2V3DA 3VD7A 3AJ7A 6TAAA 4AEFA 1C7TA 4ATDA 3SCSA 1UWSA 3AIRA 3N13A 3FNDA 4KWUA 1QI0A 1M53A 1G01A 3AIUA 4HMDA 3A3HA 1UWTA 2YL9A 1Q6GA 4J3WA 4W88A 5HXMA 2J7HA 1A47A 2VX4A 5FD0A 3WL0A 3WDIA 1R85A 5EFDA 5E0CA 4UZUA 2CBIA 3M46A 3CIVA 2VTFA 2BY3A 4HA3A 4MAZA 5EMYA 2A3BA 1ZBVA 4HOZA 1NARA 8CGTA 2W92A 3EDEA 3AXIA 4GQRA 1V6VA 1EDQA 3KE0A 4HZ7A 1JZ5A 1RPKA 4U2ZA 2D3LA 1E6RA 1VB9A 5A6JA 3VIMA 2WHKA 1L0PA 1U33A 3CUJA 4NI3A 4QAWA 4D71A 4ZFMA 1CGUA 3TTSA 3WDRA 1ZBWA 2X0YA 1B31A 1BGGA 5CPSA 4Z2GA 5EFFA 2JIWA 1VFUA 3B9EA 3BLPX 1V3KA 3OIHA 1W3LA 4XUYA 3PZTA 3VNYA 1CXLA 1D7FA 1OD0A 1V08A 4ATWA 1HN1A 3AIVA 3CHFA 3RPMA 3AXXA 1UR9A 1W1PA 5GNZA 5A2BA 1P6WA 1Y7VA 1AMYA 3L4ZA 1E1FA 3SUSA 2XIBA 1UOKA 3W81A 3GTNA 5CXPA 3WEZA 3SCQA 3T2OA 1UD3A 3T0DA 2BS9A 4ZEPA 1ZU8A 1ISZA 3AYSA 2OWWA 1ISVA 3U57A 1LG2A 5A6SA 5A2CA 1BSIA 1UD5A 3RILA 1JIBA 3SUWA 4WF7A 2QMJA 4UFHA 4UZSA 4HTYA 2JF6A 4GO8A 4JKMA 2VZOA 2J74A 4QCFA 1O6IA 5HPCA 1K9EA 1NQ6A 2WVVB 1ISXA 3G6LA 4TOQA 2EQDA 3L4TA 1FP8A 3EBVA 1B9ZA 3W82A 1QHZA 2YL6A 2BVDA 3WMCA 2VCCA 7TAAA 7CGTA 1OIFA 3MMDA 1VJSA 2CESA 3PZIA 1GHRA 3AIEA 4NSBA 4BQ2A 1HF6A 2VL4A 5ABGA 2WB5A 2PF0A 3WF4A 1GQLA 4CU8A 4AIOA 4Z2JA 4XX6A 3K8LA 5A6LA 1HVQA 2CHOA 1W2VA 2W63A 2CXGA 1VIWA 3ARUA 2A3EA 2J7DA 3PZQA 3WEOA 3NUKA 1CBGA 1NWTA 5A1AA 1JF6A 4PMVA 1KCLA 3VU2A 9CGTA 1XCXA 1FFQA 5HDRA 3MUIA 3AXHA 2ZUVA 4W5ZA 1U2YA 2GUYA 4B3KA 1B30A 1CDGA 4Z2KA 2WBGA 3AHVA 3WD3A 1EDTA 3CPUA 4PBGA 3JUGA 3AS3A 3ZIZA 4NZCA 3BCFA 1SMAA 1W32A 2WMIB 2WPGA 4XB3A 1JAKA 1M7XA 2D24A 3WF1A 1W1YA 2CHNA 3I3BA 3MUY1 4J3TA 3ZJ8A 1GOWA 1PX3A 1CEOA 4UR9A 5D9OA 1KQYA 2XIIA 1FHLA 1E5JA 1QBAA 1WZAA 1MW1A 4GINA 4EE9A 3NSNA 3T2QA 1E5NA 5E09A 4U5IA 2IXVA 2PWGA 1E6QM 3ALFA 3W38A 4CN1A 3CMJA 4MB1A 3WDHA 2GK1A 1E55A 3AOFA 2WBKA 2WC7A 4EK7A 1GJWA 1W9XA 2FDMA 1JFXA 1HKMA 3VPLA 3ZR6A 1JYXA 2RGLA 5BXRA 1VEPA 4V2XA 3S6TA 4ATLA 2CETA 4ACZB 2EBNA 3WH7A 5FKYA 4JL2A 1TUXA 3GDBA 3MSGA 1KWGA 1HKKA 3SCTA 2DPEA 1IZJA 2E9LA 4JIEA 1H0IA 3AHXA 2X05A 5A2AA 3NYDA 5ABHA 5AC5A 3AZSA 1KWKA 4PUEA 3DECA 1BYCA 3VKKA 1UKSA 2QPSA 1Q6DA 4CU6A 4RE4A 1FH8A 3A6OA 1TMQA 3MMWA 1A3HA 1PZ3A 3W37A 1W3JA 4W86A 4N42A 3TONA 3GH4A 3N04A 4PTWA 1JGIA 5JIPA 1QI3A 2DT1A 4J3SA 5LA1A 1J0IA 1TZ7A 3WN6A 3EDKA 1NWSA 3MUZ1 3VDCA 1NOFA 3KL3A 1EHNA 2BY1A 2VZSA 2VMFA 2WLZA 3U5YA 4UTFA 2CNCA 1BTCA 2OYKA 2XVGA 4AZ7A 1C8YA 3VUPA 4HMEA 2G41A 3A4AA 1NP0A 4RE3A 2ZUWA 3AIWA 4DM2A 1WE5A 4YN5A 4W85A 4AZHA 1H41A 2IUZA 4TX6A 1VBUA 4AZCB 3MMUA 2UY5A 1M01A 3IAQA 2ZUSA 4W5UA 1OT2A 4EAMA 4KGJA 3WQ8A 5D4YA 3SCRA 4W93A 2WSKA 5I23A 2ZWZA 2PWDA 3OGSA 1R86A 4F8XA 2VNCA 1ODUA 1C8XA 1OINA 2ZXAA 4UFKA 3WUBA 1E4NA 3NIYA 5CZKA 4PMNA 2A3CA 3BGAA 5JBDA 3AISA 1GOKA 2BVTA 5I3DA 2YA2A 4CVWA 1V6WA 4AZ5A 3AZRA 3BAXA 4H8VA 3RCNA 4S3KA 3ZJKA 5CLWA 1JAEA 2VZUA 1IT0A 4WK9A 4GI6A 1MQQA 1UG6A 1ZB5A 3T0BA 3WSUA 2BFGA 3M07A 1KXVA 1UUQA 2XG9A 3VIOA 3W29A 3SIMA 1UQZA 3S2CA 1JZ8A 1WKYA 3T2PA 2XJ7A 3AICA 4ZE4A 3BSGA 3MS8A 1V3JA 2OSYA 1BQCA 4JKKA 3DYOA 1UKOA 2WWCA 4D6FA 5A94A 3QHNA 1B3XA 4UOZA 2WAGA 1MXDA 4HZ6A 4J3UA 4PMYA 5F7UA 4TTGA 4GKLA 4JFSA 4DM1A 1J0HA 3ARXA 5A8NA 2VVSA 4F9JA 2XPKA 3KL5A 4BQ4A 2OYMA 3NSXA 2ZX5A 2J77A 3NSMA 4UQBA 1VFOA 1CXHA 3OLGA 1H49A 4PN2A 3UG4A 3M6DA 4HZ8A 2DQXA 4K68A 4U31A 4D1JA 2XTKA 1WNOA 2ESCA 4WLCA 4H2CA 3MV11 3OLEA 3EMZA 5IFPA 3VIHA 2D0FA 1H3GA 2ZWYA 5FOOA 2A3AA 5I79A 3W25A 4C7GA 1EA9C 1V0LA 3VGFA 3WNPA 5D8ZA 3WUFA 1R8LA 2W4XA 1SYTA 2W66A 3VMOA 3ZQ9A 3MO4A 1US3A 2J79A 4YHGA 4HA4A 3VDAA 1J10A 3BAKA 1DHKA 5CSUA 4UFIA 2CCRA 4P7OA 3VIJA 1CXKA 1JXJA 2E0PA 1WZKA 2VURA 1ECEA 3GZAA 5ABFA 3PN8A 2EPKX 2JIEA 4LGXA 1C90A 3PTQA 1NH6A 1KXTA 5IHSA 2CIPA 2DSZA 4W84A 5FL1A 2EEXA 3GXFA 3CHEA 2J7EA 4URIA 1EO7A 2JF7A 4CVUA 1JYVA 3CGTA 4TX8A 4AEEA 2PBGA 1TVPA 5A95A 1ODZA 4OIFA 1MW0A 1G0CA 1KQZA 4PSPA 3F5JA 5A8QA 1E6SM 2EPNA 4UOJA 4PRWA 3CHDA 5CPQA 1H4PA 4IM4A 2EPOA 2GDUA 3VGHA 5AY7A 4CD8A 4D6JA 1XC6A 2X09A 1OGGA 5A8OA 1C7SA 1ZJAA 1OGSA 5DT7A 1QHPA 4OOZA 4E2OA 2TAAA 5BCAA 3PZNA 1E4IA 1E9LA 3NDZA 2WKLA 4W7WA 4GXPA 3ARSA 3FXYA 4AZIA 2GJPA 4W8BA 4CN6A 3W28A 1GONA 3WUGA 1LJYA 2XWDA 4UFJA 3CH9A 1HJXA 4P8XA 3WQ6A 2FGLA 5A3HA 2OWXA 3MANA 1VAHA 4ZE5A 1UQYA 2VT0A 1VEMA 4U5KA 1JG9A 3MU7A 1QPKA 2YBTA 1DWAM 2JEPA 2GK1B 2WYSA 3RJYA 2AMGA 4PMUA 1VBRA 2YBUA 3VGBA 4PUDA 3GNOA 4QLJA 1VFMA 2XWEA 4NRSA 4PCTA 2BHZA 5JIWA 3WDQA 1Q6EA 3NDYA 2AOSA 4LXFA 2YKKA 1GQJA 2E3ZA 2V5DA 4F66A 4TVCA 1QNQA 1B3VA 4MTVA 4P8UA 3B8SA 1B2YA 1Q4NX 2BVYA 1XSJA 3ZT7A 2WZEA 4M24A 1E0WA 4P8VA 3VOCA 3WD0A 3GXIA 1AQ0A 3VIGA 1HJQA 3WMSA 4KMQA 4KH2A 3KL0A 2XFRA 1QI4A 1V3HA 1H11A 3AMDA 3WELA 3WF2A 1UWRA 1UWQA 2XFYA 1GNXA 1GOOA 5HBFA 1E6ZA 1E6NA 3WH5A 5AC4A 4CGTA 3I3EA 4F9DA 5CG0A 4MJ2A 1PEZA 2O9OA 1DWGM 3F5KA 1I1WA 2Q8XA 1YHTA 2ZUMA 3POHA 3W27A 1LQ0A 3J7HA 2BXYA 4EANA 2GJXA 1W9BM 2UY2A 3CZ8A 3PHAA 1EDGA 3GXMA 2E4TA 1UZ1A 1KXHA 1UR0A 1JF5A 4FLOA 4P7QA 1MWOA 1W9PA 1XH1A 3VM7A 2VRKA 5GNXA 2YDQA 1ZS2A 4HP5A 1E0XA 4MNJA 3OBAA 1VJZA 4UQEA 1J0KA 3ZM8A 2ZOXA 2WMHA 1KGWA 1UHVA 1V0NA 3ARQA 4P7NA 3D5HA 3UG3A 2Y8KA 5E9AA 5EBAA 4AD4A 1GCYA 3CHCA 4F79A 4M80A 2J25A 2WW5A 3SCOA 2XM2A 3SUUA 4OUEA 3ARZA 1FFRA 1QI2A 1EQCA 1LL7A 3CZKA 2DSKA 2WHJA 4AD3A 1FOBA 3RM8A 3AQUA 2ZIDA 3WFZA 4EKJA 1MXGA 3CBWA 4MPKA 1V0KA 1ZBKA 2V3FA 3T08A 3E1F1 2Z1KA 4PMZA 2V3EA 3VD3A 2W61A 5IFTA 4AW7A 4H41A 2G3JA 2VR4A 2F2HA 1E73M 2QLYA 3ZR5A 2CEQA 2YDRA 4TTUA 2GVYA 1BPLB 3UEQA 1CGTA 3N9KA 3OGRA 3KWXA 1H0GA 2E8ZA 2UY4A 3W53A 2XGIA 2XUCA 3WIJA 4AD5A 3VMNA 4Z2HA 1AQMA 1V6YA 1XV8A 4L4PA 1Q6CA 5D8WA 1K6AA 3UESA 1CLXA 3UCQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B3ZA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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