1DQWA

Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
MHKATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLSTGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRRCGQQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Anatomy of a proficient enzyme: the structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase in the presence and absence of a potential transition state analog.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus 92
structure length 267
sequence length 267
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2000-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1dqwA00
1OFOA 5TBOA 1FXPA 2Y88A 2H3DA 3STFA 3NPVA 3BK0A 3DFNA 4Y8FA 2FPVA 5FF3A 3GR8A 2VFDA 3E0IA 3EX6A 2GOUA 5HNRA 3QQ1A 5AHLA 3LTSA 1JCNA 1WOBA 3C61A 5CPNA 3ZR4A 1IXQA 4ICNA 4MLRA 1Q45A 3R8RA 4RKAA 1QPOA 4UFLA 2TSYA 2QJIA 1DKWA 1VHNA 1X1ZA 1HG3A 3AJXA 4DF2A 2YX0A 4RZ4A 2JKPA 1AW2A 1LM1A 4RXFA 1MEWA 3OBKA 1P4CA 3GR7A 3O6CA 1XUZA 4UXDA 3TV8A 4ZMGA 5BMWA 3NQGA 3O06A 3T4CA 3TFCA 5AYYA 1GTEA 3S5ZA 2J24A 4HSOA 3L9CA 1JJKA 3E12A 1JQVA 3P80A 4MZ1A 4GUGA 3TJXA 3F1QA 4K36A 1KFJA 3IEBA 3PSWA 3LCIA 3CIWA 3W1QA 1JCLA 3NQ2A 4O19A 3OVRA 1N7KA 3HB9A 5G2WA 3TDFA 3UPWA 5BOOA 3W3OA 1A53A 4FNQA 5HMSA 2WNQA 4UMAA 2AGKA 1W3NA 3FIGA 1K7EA 1LRQA 4Z1AA 4OE7A 4XZ9A 1FWNA 3GNDA 1WV2A 3CWOX 3BGGA 4PL1A 5CZJA 5FF4A 4JX5A 5C2XA 5D38A 1T96A 2ABAA 4YXGA 1I4NA 2FIQA 4LRTA 2GQ9A 4AF0B 4LWWA 4LVFA 1OK6A 4ADTA 1W31A 3C6CA 1K8ZA 4PC8A 1U5JA 3G0XA 4XQ6A 2R8WA 5IBXA 3W07A 3WK3A 3KFTA 4XUGA 3EXSA 4MY1A 1YPIA 1TTJA 3SGZA 3QMRA 2CLEA 1M5WA 3BG5A 1GEQA 5AC7A 4KFOA 1OFQA 3DGRA 4IMGA 1W3IA 4W9TA 3N14A 3NZ1A 3USBA 3UWZA 3CEUA 4LS1A 3M5YA 3O63A 1TPDA 1L6WA 3PSVA 2YZRA 1R30A 3C52A 5AHMA 1JCJA 1WBHA 5E1QA 5LHFA 4A3UA 2ZYFA 3FEMA 2RKXA 1XCFA 3P60A 3R12A 4XWUA 3S1XA 1R46A 4NNBA 1WOAA 1H51A 4IMEA 1TPH1 1KM1A 3M5XA 4EWND 4DF0A 4GNJA 4JDYA 1JULA 1W37A 1ICQA 2EKCA 2I9EA 5CPLA 1L6YA 1KFLA 1H63A 2A4AA 4OV9A 3U2OA 1EUNA 1RPXA 2HMCA 1H1ZA 4M7SA 3N19B 1DL3A 4IX2A 1OYCA 4QISA 2R91A 2DZWA 1OFAA 4UTWA 3PBUA 3I7SA 4AHQA 3LB0A 3C2OA 1OX4B 5J5RA 2YFNA 1KM0A 1KFBA 4H3DA 2ZRXA 4FIRA 1KV8A 4Y90A 3N9SA 3U8GA 3GXPA 3C2EA 3UD6A 4LV9A 1W5PA 4HNVA 4TU1A 3GDLA 2V82A 4O50A 5G1TA 2E77A 3W2JA 1ALDA 1SZGA 1JR1A 2Y70A 2XN1A 5H91A 3TX9A 3NQAA 3S8HA 5F2IA 3QW3A 3SECA 1R2TA 1HO1A 1ONRA 3UXAA 3E49A 2V2HA 1FWRA 3G1DA 4RJEA 3HBLA 1KLYA 1M7PA 3LOTA 4LUIA 4LRSA 4AB4A 1F2JA 5DBTA 3INPA 3PF3A 1YADA 1JRBA 4O1AA 1O5XA 5DY2A 3MJYA 2VEMA 1UJPA 1YPFA 2DP3A 2E09A 1FUYA 2V9DA 3T40A 3FKRA 3P5ZA 4DO6A 4ZVJA 4O16A 4ZQPA 4FXSA 4N9DA 4JTFA 1BWLA 3RFAA 5HQEA 3A9IA 1Q6OA 3NQ8A 4HN4A 2HTMA 4UFHA 3HPXA 4FNUA 3ANYA 3V75A 3KVMA 4O8RA 3MP5A 2AQWA 3NL2A 3HG5A 3IV3A 3LRLA 3LX9A 3LLDA 4NT0A 4LVDA 2A7RA 5K9DA 4QJ1A 1G67A 5F1UA 3M1ZA 3BPWA 1WXJA 3B03A 2JBMA 4EF8A 1WDWA 1TJRA 4K38A 5L9FA 4LC8A 3HJZA 1S5VA 3FKKA 2WNNA 3M9YA 3P8JA 1KA9F 1SPQA 4M6QA 3NXFA 4MYAA 4O28A 1YXDA 4O54A 1KTCA 1FXQA 2RDTA 5D37A 1R47A 3LI0A 1K7FA 2Y7EA 5CGQA 4RZ5A 4BI7A 3L5MA 2QUVA 3L0NA 1H7XA 3W7DA 3P61A 5DELA 4HNTA 4K7YA 1EP1A 1LLZA 4AH7A 5H2ZA 2V5BA 4UTTA 1QOPA 2WSRA 2ZZ7A 3F03K 1P0KA 5LNSA 3K30A 4CNPA 3PBWA 4LS2A 3SY5A 4FX6M 3C3NA 3W7LA 5AYXA 1LZOA 1F73A 3LCWA 2VFIA 2NUXA 1GQNA 1S5WA 2A6LA 3W87A 3QF0A 4UC5A 4R7JA 5DY3A 1QWGA 1H7NA 4OQVA 4N4PA 3W7OA 2QCFA 4MFDA 3BG9A 3KVKA 5IBXC 3BGJA 5DLCA 5HINA 3ABOA 1PHQA 3OIXA 4FO4A 2QCGA 3L68A 3ZFHA 4LT9A 3LDVA 2J88A 4PTNA 3QMSA 4BK9A 3TQKA 5LNRA 3P84A 5EY5A 2RDWA 3UZ5A 2VOMA 2X16A 2CLLA 1JCMP 1I2PA 4Z08A 4DPPA 4GRSA 4TX9A 1EP3A 3W72A 1UBSA 3L5LA 3STEA 2Q3RA 4UTMA 2C0AA 2VELA 4MJMA 3EWWA 1FY6A 4O4WA 1HUVA 4ALDA 1ZAHA 1LRTA 5AB3A 2GPTA 3S42A 3TAOA 4BI5A 3TH6A 5KTLA 4M6VA 1F05A 2VEKA 4N2YA 8TIMA 1ZAIA 3T55A 3LHTA 1B9BA 1NVMA 2W79A 3RU6A 5C55A 2J9YA 3S9YA 4PL2A 4UTWC 1X1OA 4MLJA 4FB7A 4FX7A 4WX2A 3RF9A 1B4KA 1GVQA 1OABA 1OG0A 1RQBA 1H60A 2E6DA 1W3TA 4LTSA 1GPWA 2B7QA 5KZDA 1F7BA 4Z0SA 4RXGA 1SO5A 3L21A 4M6PA 3EX2A 1JCXA 2NV2A 1EX5A 5F1VA 3YPIA 3W71A 3RMJA 2GVLA 2ZDRA 2FDSA 1PHWA 4ZQRA 3N73A 3TE9A 2ALDA 4DO4A 1HTIA 2G96A 4HNNA 4K37A 3EKZA 2QF7A 4WOQA 4X2RA 3NR0A 5BNKA 2G95A 1VPXA 2CLHA 3BARA 3BVJA 5DN1A 1F76A 3L67A 3UY7A 5I3HA 2A7NA 4JYEA 4YLWA 3TQ0A 1Z41A 3CLMA 4XKYB 2YYTA 3MYOA 4UTLA 2Q8ZA 2FJKA 4JIPA 1OVDA 3KX6A 4NJJA 4H4IA 4KFPA 3GZ3A 1AW5A 4Q4KA 3RLVA 5D05A 1QO2A 3V1PA 3LCFA 4IXXA 1KTBA 1LTDA 2FB3A 1XKYA 1Y0EA 2H6RA 2LLEA 4MKNA 2YDAA 2A7PA 3GXNA 4N4QA 2DZXA 2YR1A 4WY0F 1H7PA 1EEPA 1G7UA 2Y85A 3O6DA 4NUWA 3W1UA 5LNWA 4UUIA 2OJPA 1I2QA 1KFEA 3HG4A 2A0NA 3NQCA 3MMTA 2V5LA 1K8XA 4EVZA 3SW6A 3IGSA 3G1AA 2V2DA 3IIXA 4DELA 2DU2A 2X30A 1TPC1 1K8YA 1B57A 1K03A 2OT1A 3E96A 1JRCA 3DAQA 1SW7A 4NZJA 3N2XA 3PC0A 4NJKA 4P2VA 1A5CA 3LRKA 2QUTA 2QCMA 2Y89A 4ORIA 3I6RA 3O15A 1G4TA 3M44A 2J9XA 5LHEA 2WV8A 3G24A 4I7UA 5D2WA 3NL6A 4NQ1A 5CZSA 1VYSX 3DI0A 4UFIA 4MYXA 3N9RA 1V5XA 1OX5A 4CCEA 2QEZA 2CZDA 2PE4A 2QR6A 4O11A 4RX0A 1JUBA 5D30A 3GKAA 2Y7DA 1QPRA 3H53A 3IVTA 2NZLA 1A5SA 2Y6ZA 4GWEA 1HFBA 3HO8A 2YSWA 2WJZA 3P62A 2A5HA 2NX9A 1D3GA 2Z0IA 1XUUA 4R53A 3MI6A 1F5ZA 4LVAA 1SZEA 1XBZA 1RZMA 2CZ5A 4E2BA 5G4EA 4YL2A 3EX3A 4A2SA 3MHFA 4JX6A 1CX9A 4JXCA 3W74A 3W7IA 1SZNA 3I7RA 3TC6A 4D2JA 3B0UX 1XDLA 3GVGA 3W2KA 1SZFA 3MI3A 1ZJIA 1LROA 4K6AA 3HIJA 4PA8A 3W7NA 1EPXA 4AVFA 3B0VC 1SO6A 3TW7A 3MHGA 4UTJA 1H61A 5AC6A 2NV1A 3DU0A 3G8EA 4HKPA 4OU1A 3UPBA 3IIVA 1YXCA 2BZNA 4LS0A 1Z42A 2VFFA 3MHUA 2RHGA 3M7WA 4Z1BA 1K7XA 1WAUA 1ZFJA 1QCWA 4HSNA 1DJNA 4EIVA 3ATZA 2FPTA 5C5YA 1KM3A 4LY8A 4XBSA 4YMZA 3VKJA 4XTDA 1F6KA 1K02A 2X2GA 3IVUA 4DO5A 3TW6A 3NQVA 1AL7A 1NFBA 3BLIA 4AF0A 5AHFA 5AFDA 3F4NA 3HGJA 4LC6A 4K7VA 4JR5A 2NWRA 4B5NA 3PY2A 3KVLA 1VGAA 1MEHA 2J27A 1BEUA 3UY8A 2XFWA 4TIMA 2QCEA 2Y7GA 3OG3A 4UNKA 1JUKA 3O05A 4FEZA 3NG3A 1X6UA 2C19A 2C13A 3GDMA 3QMTA 1FX6A 3UYCA 4EOUA 1U83A 4MJZA 1FDYA 3GAKA 2EHHA 4GUHA 1SSGA 5K7JA 5AHNA 5EPDA 3W1TA 1OHLA 4O14A 4PH6A 1NF7A 2H3BA 4O4VA 1A5BA 1XDMA 4POCA 3WK1A 1EB3A 2X1TA 2RH9A 1UUOA 3GYEA 3I68A 5G2IA 1FCQA 1I45A 2ZRZA 3TQVA 2WQPA 1TTQA 3C4UA 3I65A 4LVBA 3DHFA 3LHVA 1O4UA 3G1YA 4Y96A 3CPRA 2VXNA 5A5WA 3PB2A 3OEXA 5F2MA 4QNEA 1ZY9A 3DH7A 3NL5A 1DV7A 1P1XA 3NAVA 3W86A 4O18A 2RFGA 2QCLA 1QOQA 2X1SA 2BXVA 3TC7A 2DZTA 3NQFA 1W5OA 1JUEA 1LRNA 4GUIA 5DCEA 2B0MA 2A21A 1OX4A 3NQMA 2DJLA 3MW7A 3SR7A 1MZHA 3CWNA 3IGUA 4TMBA 3NL3A 1QDSA 5KITA 3IVSA 4Q33A 3LHZA 3RLUA 2OZ0A 4AWUA 4L4MA 3MUXA 4FHAA 2R14A 2ZZ4A 5EMUA 3GAYA 3QW4B 3EWYA 4GFSA 3A5VA 1YDNA 1VC4A 4M5PA 1B4EA 1SFLA 3S0CA 1GG1A 3PUEA 5C6MA 2VENA 3PBVA 1VRDA 1KW1A 1FCVA 3M5VA 1KFCA 3GDRA 3SFKA 4LVGA 4DBDA 1PS9A 5HUOA 1OFDA 4M19A 1ZHAA 4JTJA 2C3ZA 1NSJA 4AXKA 3TMLA 4GC4A 1THFD 1L6SA 3PUDA 4ONVA 3HOJA 2FQIA 1A50A 5D33A 3L2IA 3PS7A 1QO5A 3KHJA 1D3HA 2PCQA 3A21A 4TMCA 3UQNA 5K4XA 1SO4A 5CG7A 3W85A 3U6WA 4O13A 2YGYA 3GXTA 3JRKA 3G1VA 3EXRA 1WYIA 1TRDA 4BWLC 1O60A 1J5TA 3CTLA 3O6YX 1FWSA 4NNAA 4TR9A 2QCDB 3IGXA 4S2BA 2CLKA 1AG1O 4WUIA 5LNVA 4MFEA 3W7PA 1KM6A 4IX0A 1YTDA 1RV8A 3TSBA 4UFJA 3NM3A 3FLUA 1NAL1 1VR6A 1GVFA 5D2YA 2YW3A 1XC4A 4E0CA 4Z0JA 2ISVA 3LM7A 5FF7A 4MUZA 3DXIA 3Q2DA 5FEWA 1G4PA 2P0OA 1ICSA 4QNWA 3P74A 3W7RA 4WD0A 3W73A 3W6YA 2E5BA 1VCGA 4HPJA 2R94A 2ZTJA 1F74A 2CW6A 2DJXA 5FESA 3W88A 2PRMA 3NPWA 5I3KA 5EBUA 2Y62A 1VH7A 3QSTA 4DXVA 3UWYA 1DORA 1KBJA 3NPUA 5K9XA 3NA8A 3VE9A 3B06A 3WK2A 2QAFA 3W70A 1EWDA 3FJ6A 3W1RA 4O17A 2VFEA 1UB3A 3L0KA 1DOSA 5CZTA 5J5DA 5LSMA 5TQLA 1P5BA 2DZPA 3W7EA 1OYAA 3EEGA 1YLVA 1SW0A 1OFPA 3TKFA 2NX1A 3TIMA 1TMHA 5A8GA 1UASA 3PM6A 2GJLA 4P61A 1TIMA 1QAPA 2CLIA 4ADSA 2ZA2A 3TNOA 5F2LA 4JYFA 1JCYA 3THQA 1XL9A 1OF8A 2IQTA 3GKFA 3NOEA 3QPZA 3Q37A 3R13A 5CSRA 2ZZ3A 2QCCA 4AWTA 5AHIA 1TPWA 4IJBA 3D0CA 3THAA 4JY8A 3AO0A 2OCZA 4JGDA 2VEIA 1KV5A 4JTGA 4JTTA 2CZEA 3C56A 1QMLA 4IXHA 4Y6GA 3C2VA 1SR9A 4I7VA 2PRLA 2BTMA 4N6EA 3TSMA 4ZQMA 2B4GA 4ZQNA 1I8JA 5EA9A 3TJLA 1O5KA 1SQ7A 4CQAA 2Q8LA 1TV5A 3O07A 5BW6A 1ADOA 4EF9A 1LYXA 1G4SA 4KKXA 4NXKA 3UXDA 2EF9A 2Z6JA 1ZALA 2B7PA 4LNYA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Y88 A;  2H3D A;  4Z2J A;  1UPM B;  1BSL A;  2FPV A;  3EPM A;  4F4R A;  3H2M A;  3EX6 A;  1GNX A;  5XIM A;  1J11 A;  5AHL A;  3LTS A;  2NT0 A;  1JCN A;  3AIC A;  2PLK A;  2IPW A;  1VFU A;  5CPN A;  1IXQ A;  1ZJH A;  4ICN A;  3WLM A;  2EG6 A;  4GCX A;  2BVT A;  3D47 A;  1DXE A;  4B9Z A;  2P88 A;  1BYC A;  1DKW A;  1VHN A;  1XSJ A;  1K6W A;  1XPY A;  5JBD A;  2D22 A;  1R85 A;  2YX0 A;  4RZ4 A;  1AW2 A;  1LM1 A;  3IS4 A;  4RXF A;  4RZB A;  1HVQ A;  1P4C A;  3GR7 A;  1XUZ A;  4CNT A;  4UXD A;  2E28 A;  5BMW A;  8RUC A;  3O06 A;  3EOO A;  2J24 A;  3UCC A;  1CGW A;  1JJK A;  2XII A;  4WKA A;  4H8V A;  4RNF A;  2NQJ A;  4Q8O A;  1EOK A;  2AL1 A;  3C0L A;  4LSB A;  3PSW A;  3LCI A;  3EA1 A;  1JCL A;  2DUX A;  1V77 A;  2YB4 A;  3KBW A;  1N7K A;  2KAU C;  1S2V A;  3OOD A;  1EFZ A;  3TDF A;  1CBG A;  3I3E A;  3OJG A;  2G3J A;  3CV2 A;  2AGK A;  1W3N A;  2DT1 A;  3NCO A;  4JN8 A;  4Z1A A;  1WV2 A;  3CWO X;  4PL1 A;  3R58 A;  4PMV A;  5TD4 A;  1OB0 A;  2VDH A;  1T96 A;  1I4N A;  2WHK A;  4LRT A;  1SJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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