1DVJA

Crystal structure of orotidine monophosphate decarboxylase complexed with 6-azaump
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLIPEDPAANKARKEAELAAATA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Electrostatic stress in catalysis: structure and mechanism of the enzyme orotidine monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus 93
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2000-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1dvjA00
4XZ9A 3SR7A 2ZRWA 5CKSA 3C8FA 4FX8A 1OX6A 3PS7A 2X1TA 1GPWA 5EYWA 1AW5A 3LERA 4FNRA 1L6SA 3NAVA 1LBMA 5KSWA 3HG4A 3WK2A 1QOQA 1XDLA 3I65A 3S1UA 4ZZ9A 3EX1A 3NNTA 3QH2A 3AO0A 3NPUA 2V5BA 4NXKA 3IGSA 5K9DA 2FPVA 2J9XA 4ONVA 2ZDRA 3LTYA 4FIRA 3F1QA 3GYEA 5IM51 3HG3A 3OVRA 5G2WA 4O16A 2ALDA 3N73A 3GNDA 3DENA 5U4NA 3GKAA 3LGEA 3W70A 1DOSA 2YW3A 4CNNA 4HN4A 1FDYA 3HPSA 5H91A 2YR1A 4MYXA 5ABTA 5CSRA 3PY2A 1PS9A 2CFFA 2QCFA 5BNKA 3W7RA 1ZAIA 3DFTA 3TJXA 2WJZA 3BGJA 3G1VA 3O16A 2E6DA 2H90A 3PUOA 4BWLC 4UTMA 1K7XA 4MFEA 2JK2A 3MBFA 4MY8A 1JUEA 3UQNA 1EWDA 4K6AA 2WNQA 1GVOA 3LCGA 3OVPA 2C15A 3S9YA 3EEGA 4UUIA 3QPYA 3EX3A 3OHIA 1H7OA 1Q45A 2Y7FA 3LRMA 2A85A 4KKXA 3ABQA 4N4PA 2Z2UA 3G3MA 1VCFA 4N4QA 3TKFA 3W75A 3M5ZA 4GUFA 2I14A 4FX6M 1J4EA 3E49A 5DY3A 3DHDA 4O19A 2GVLA 2HS6A 2H8XA 3S6DA 1F5ZA 2RKXA 1DQXA 1OFPA 5KZDA 4NVTA 1EB3A 4XKYB 3L65A 3W7QA 5LHFA 4AH7A 4JD4A 2LLEA 1Z41A 4WY0B 3M5YA 4TX9A 3W7LA 2GQ8A 1TO3A 4JTHA 1N7KA 1DKWA 1I45A 4XQ6A 3W1MA 3W7IA 3PG8A 4JY9A 2GOUA 4Z1CA 3NPXA 1GOXA 3U2OA 1QPNA 1KM6A 3IVSA 4ZQCA 2VELA 2WOQA 3E9AA 1R2RA 1W56A 1OK6A 3TFXA 3NQDA 4UFIA 3UPBA 3IGUA 5I3JA 3N34A 1K7EA 4R33A 2CZDA 4ADUA 1SPQA 2QF7A 2WSRA 2GQAA 1THFD 2ATMA 2QCDB 3S0CA 2YDAA 4NJIA 1PCKA 5D38A 4LNYA 3W2NA 1VQTA 3BG3A 4LW7A 3T78A 2V9DA 1H7WA 4LRSA 5FF7A 5D2TA 3KVJA 5IBXA 1KTBA 3QRHA 4R34A 4HNTA 3TSMA 3S1VA 4GXMA 2HSAA 1P0KA 1RVGA 4POCA 4N02A 4DO6A 4CNOA 3NL2A 4S2CA 2Q8LA 1BTMA 1L6YA 2ZZ2A 3G1SA 4IPIA 1W8SA 3U6WA 4N9BA 5AHMA 1R2TA 5I3FA 1WA3A 4OT7A 5I3KA 1FX6A 1G67A 3WJZA 2FB3A 1TTPA 3G18A 3Q37A 1XCFA 3STEA 3B8DA 3ABOA 1C29A 2YCEA 2CLFA 4M6VA 1KFEA 3DZ1A 4O53A 3EKZA 5F2MA 1YXCA 5FESA 3A22A 1JCJA 5DXYA 2Z6IA 4JTSA 4JICA 1QWGA 2Q3RA 3A9IA 5K4XA 1OFDA 3JR2A 3NQ8A 3TQ0A 4UMCA 1G7VA 1ICSA 1N55A 3UY7A 1AW2A 4N6FA 3W1NA 2TMDA 2F84A 3VI2A 3W73A 4JTJA 3GB6A 3TR2A 1XXXA 3ABRA 3CWOX 3P62A 4UIOA 3W22A 1HTIA 1L6WA 3I6RA 4MPQA 1UUMA 4IXHA 2CLMA 1D3GA 3NA8A 3IIVA 1H60A 4KFOA 1IIGA 3IV3A 4O17A 3TC7A 5AFDA 1F6PA 3GDLA 4N6EA 4JTGA 3CLMA 4LWWA 2CU0A 3NYZA 3TCEA 1FCBA 5BMXA 4NJGA 4NJKA 3NL5A 1DV7A 3L2IA 1IXOA 1XBXA 2NX9A 3DH7A 3DFPA 3UZJA 1IXQA 1W37A 3MW7A 4OE7A 2Y7EA 1H51A 2QCEA 2QJHA 4NU7A 4FNTA 1JUBA 1U5JA 1XBVA 4JIPA 3SZ8A 2A0NA 3KX6A 3LCIA 3K30A 1GVRA 2VOMA 3HIJA 5CPMA 2C1HA 1QR7A 4RZ5A 3GLCA 2B7QA 4UNLA 2ISVA 1GVQA 4M7SA 3TJLA 4MYAA 2OT0A 5E93A 4YWIA 4KWWA 3LBMA 3A5VA 2RFGA 4NZFA 3LXAA 1KFJA 5FEZA 4HHPA 3S1XA 1SZFA 4MZ1A 2KZHA 1QO5A 4I7VA 3C2OA 3IVUA 2B7OA 1OK4A 5DLCA 4W9TA 3IRDA 3MUXA 3RU6A 1F74A 1F76A 1DHPA 1G6CA 4X22A 4UTUA 5HNRA 3W2KA 4WD0A 1HG3A 2UV8G 3DKLA 2B0MA 5F1UA 1QNVA 1XUUA 1A50A 5F4SA 2W79A 3TSBA 3QMTA 3GX9A 3L21A 1MEIA 4EOUA 4O57A 4QAIA 4PODA 4HSOA 3DXIA 4HPJA 1D3HA 1DQWA 1TPUA 4HIBA 5U7SA 3IVTA 4OU1A 5KMYA 1JCMP 2D73A 3JRKA 4N9EA 2HTMA 3DGRA 3LXCA 4DF0A 4O4WA 5AB3A 4IOTA 3QQ0A 2C14A 2CLLA 4FEZA 5I3HA 1W3TA 3NQ6A 4MVAA 1LBFA 2CLKA 5AC8A 5TBOA 4QJ1A 3EWXA 1OF8A 1ONRA 3C56A 1YPFA 4JEQA 3C2FA 1K8ZA 1B4KA 2GUUA 3M0ZA 1Z44A 1F6KA 2V2DA 1N8FA 2DJXA 4FIQA 5HR7A 4RXGA 5A5WA 4UTWA 3S42A 2C18A 3S8HA 4N9CA 4M6PA 1RV8A 4RR4A 1KBIA 4XBKA 1KW1A 4A22A 4NX5A 5C55A 3P7YA 3P67A 1IGSA 3M47A 3C52A 3H54A 4TR9A 4O1AA 1UB3A 4O0ZA 1KFBA 5D2VA 2FPTA 2ISWA 4LRTA 1K8XA 5FEXA 3KXQA 2NXHA 3WJYA 3PBUA 3W1XA 3W76A 5C5YA 4GFSA 3R89A 4O8RA 1LZOA 1P4CA 2CLOA 3PVFA 4X3ZA 4IMGA 4IUOA 1RQEA 1OF6A 1EP1A 3FYOA 1NEYA 2TPSA 3BARA 1HO1A 1QPOA 3G3DA 3BVJA 1LLZA 3TH6A 1VJIA 5E0KA 4JYEA 1YDOA 2J9YA 4UFKA 1YDNA 4P2VA 3FJLA 3LHWA 4WY0F 5DCDA 1I2NA 1C9DA 2WO5A 5DN1A 3GAKA 5KTLA 5CPOA 2WNZA 3GAYA 1WDWA 3W1QA 1EUNA 4K8HA 1DJQA 1AW1A 3PB2A 3Q58A 2DZXA 2ZRXA 2DZWA 4AHQA 4PL2A 3EXRA 3PAJA 3MI6A 1Q6QA 3NGJA 6ALDA 4O12A 5I3GA 3P5YA 5T26A 3W74A 2QCGA 1I8JA 3ABSA 5J5DA 1W5MA 5I3IA 1NFBA 2FB2A 2A4AA 4NUWA 4Q4KA 1TV7A 4Y6GA 1LOSA 3KVMA 1PHQA 4LUJA 2FQIA 4E38A 2J27A 3NQ2A 4JTLA 3NOEA 4DF1A 3P61A 3QEZA 3W7GA 4CQ8A 4R7JA 1XM3A 5AHEA 4JDYA 2ZZ6A 1W5NA 3W86A 1WX0A 3CIWA 2JKPA 5CGQA 3CQ0A 3KRZA 2ZRZA 4GUIA 4AHPA 1VHCA 1H63A 4LS0A 4G1KA 5AHFA 4CLMA 5EBUA 1MEWA 3LI1A 1VHNA 1JQVA 4ZQPA 1KTCA 2Z6JA 2PURA 1VCVA 5HWMA 5J5RA 1U83A 1FCUA 3W85A 3RLUA 3WJSA 1GVFA 3HPXA 3LCLA 2GJLA 1H5YA 1LM1A 3FIGA 3ZWTA 4OQVA 2ZZ4A 4K36A 4PCFA 1H62A 1T8XA 4LV4A 5GVJA 1H7RA 2A5HA 3W83A 3WJXA 5KZMA 1LP6A 4MY9A 3EWZA 1GG0A 3MMTA 3IIPA 3W2MA 5D2WA 3P5ZA 4LV9A 1EX5A 2ISSA 4PL1A 4LC8A 1O5XA 1WOAA 3VE9A 1VH7A 3W2UA 3NL3A 3SSJA 1I2PA 4DBEA 1ML1A 5TIMA 4AF0B 4UFLA 3I7RA 2BZNA 1TQXA 3R12A 3TROA 2G95A 2OX1A 2VFGA 1F73A 3R5EA 3BW3A 4LVGA 2NWRA 5K7JA 1TPH1 3P80A 1SQ7A 1VC4A 3CEUA 2QKFA 1SFJA 3W1AA 3G0UA 1YYAA 4AWTA 4CNPA 4GE8A 5D30A 4JTKA 4LOCA 4S2BA 1TSIA 1G69A 4UTJA 3BLFA 5EY5A 4IQLA 2DZPA 4UTHA 2QUUA 1W1ZA 1OFRA 1OX4B 4HSNA 3QYQA 3UY8A 1H1YA 3GDRA 4BFAA 4NT0A 1SZGA 2R91A 3BGGA 1SO4A 5CZ0A 3MI2A 1F2JA 3AJXA 4IXXA 2YXGA 2FDSA 2H3BA 2OJPA 2BTMA 2G97A 3G8RA 1H7XA 1FDJA 2QCHA 3NEVA 5LHEA 4MZYA 1TPFA 1A53A 2JBMA 3HPZA 1TQJA 4E0CA 1KM1A 3TMLA 3HB9A 4BI5A 1TTIA 4EF9A 3DHFA 3EWYA 3O15A 1PHWA 1OG0A 2QJGA 3NQAA 1YTKA 2CZFA 5AHIA 4FNPA 5K9XA 1GJPA 1UBSA 1ICPA 3N2XA 2R8WA 2Q3OA 4RLIA 2Y62A 3F03K 1X1OA 1M7OA 3G0XA 4JX5A 1OFEA 1Z42A 3USBA 2NX3A 4RK8A 2XN0A 1RD5A 3W88A 3CM4A 2Y6ZA 2RH9A 5K4ZA 1W31A 1KM5A 4JS3A 1EPXA 4PEKA 4LVBA 1OX5A 2WKJA 3LHVA 4MUZA 4XTDA 3L5MA 4C1LA 4UFJA 1DBTA 1TMHA 3GNNA 3O6YX 4K37A 2I9EA 2QCCA 4RX0A 1KFLA 5TQLA 4U4MA 1JRCA 4A2RA 2V30A 3STGA 1HO4A 4NXSA 3LBCA 3U8GA 1JULA 3UWQA 2ZTJA 4R53A 3N19B 3MP5A 3NZ1A 1VS1A 4FXRA 1LLWA 2Q8ZA 2E68A 1WV2A 1T0OA 3PF3A 5HJLA 5EL1A 3NR0A 5DBUA 3GXTA 3FS2A 2RHGA 3C6CA 2NLIA 3ATZA 3QFEA 3PSVA 4Z1BA 5IBXC 1IF2A 5AHNA 2ZA2A 3CU2A 4GUJA 4AAJA 2V2CA 2ZA1A 4GNJA 5SWUA 1ME9A 1B3OA 2A21A 4NJHA 1X1ZA 2XFWA 3V75A 3CEPA 1ME8A 2PRMA 4MLRA 4UFMA 1M6JA 2C19A 2V8ZA 3OEXA 4LUIA 3W2JA 4LU0A 3NQMA 3QC3A 1DORA 1GYNA 2ZRVA 2ZRUA 2Y7GA 3NXFA 1XUZA 2Y88A 1QAPA 4DELA 1EWEA 5D33A 3P84A 4GUHA 4I9AA 3EWBX 2JKAA 1PV8A 2QUVA 3V1PA 4Q33A 3UWVA 1VYPX 2PC4A 3QPZA 5D09A 3GZ3A 2TRSA 3PSWA 1PCWA 1J5TA 1TRIA 2Y61A 3QF0A 2BLEA 2GJNA 3GK0A 2F7FA 4UR7A 1OX4A 4Z0JA 5G2HA 3EX6A 3G8EA 3HBLA 3WK3A 1VCGA 2ZZ3A 4S1FA 3VFLA 2FJKA 4PH6A 2VFDA 2E5DA 3S5ZA 1XL9A 3ZS4A 4ICNA 3F4NA 4H3DA 4A2SA 2VENA 3N3MA 4ML9A 4QISA 2B4GA 2VEKA 1OFOA 4FNQA 3ZWSA 5BRBA 3LOTA 3WFAA 3TXVA 2FIQA 3IIXA 4DQWA 1MO0A 3O06A 2Y63A 3LCXA 3B04A 2J24A 3M16A 2EGZA 1UCWA 1X6UA 1IXPA 5KINA 1I2RA 4AB4A 1ZCOA 3M6YA 3MHGA 3QM3A 4O52A 3W2LA 2ATSA 5L6UA 1OYCA 4RKAA 3MP3A 4K7YA 2YYUA 1MSSA 2H6RA 4QNWA 1YDVA 2PRLA 4ZQNA 3M7WA 5AN7A 3SFKA 1WBJA 4FX7A 2ZYFA 8TIMA 4AMAA 4XKYA 1L9WA 3C2RA 4NNAA 4WY0A 1AL8A 1Q3NA 1TPEA 3TDFA 1UJPA 1VPXA 1JCXA 3HG2A 2H8ZA 4RXFA 5EMUA 5EPDA 4NZJA 3HOJA 1RQBA 3G0SA 4DBDA 2Y85A 2NV2A 4O14A 1B4EA 3FFSA 1TPC1 4M6QA 3M41A 3LHZA 3UPWA 2V5LA 2A7PA 1H1ZA 4I7WA 4IJBA 1UUOA 5LZLA 3TC6A 3A23A 5DXXA 5MHBA 3NQVA 4FB7A 4QM1A 4IMCA 2AQWA 3ATYA 3TXZA 4YCOA 3BG9A 3NO5A 3OA3A 2QCDA 1DVJA 4JIQA 4O4VA 3M5XA 4ZL1A 4O54A 1I2QA 2ABBA 1AK5A 3P8IA 2X2GA 1MEHA 3Q94A 5FEWA 2W6RA 3VCRA 3ANYA 1H50A 4Y9AA 5CZJA 2PRHA 1AG1O 3BO9A 3EWWA 4K8EA 3O05A 3HGSA 4DPQA 1AL7A 1KM4A 4HKPA 5LNWA 1TTQA 4JYDA 5HR6A 3MYPA 4RZ6A 2NXGA 4A21A 1JJKA 2PCQA 4JX6A 4B5NA 3LCHA 3B03A 3FOKA 4DXVA 1EP3A 1VGAA 4WUIA 5D37A 3P8JA 4UR8A 1PVNA 2C0AA 2FPYA 4JTIA 1KBJA 4WQ6A 1JQXA 4FNUA 2FTPA 1LORA 3KRUA 3W7MA 3HGRA 1VYRA 2VFEA 5DELA 1R2SA 3LX9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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