1EDGA

Single crystal structure determination of the catalytic domain of celcca carried out at 15 degree c
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
MYDASLIPNLQIPQKNIPNNDGMNFVKGLRLGWNLGNTFDAFNGTNITNELDYETSWSGIKTTKQMIDAIKQKGFNTVRIPVSWHPHVSGSDYKISDVWMNRVQEVVNYCIDNKMYVILNTHHDVDKVKGYFPSSQYMASSKKYITSVWAQIAARFANYDEHLIFEGMNEPRLVGHANEWWPELTNSDVVDSINCINQLNQDFVNTVRATGGKNASRYLMCPGYVASPDGATNDYFRMPNDISGNNNKIIVSVHAYCPWNFAGLAMADGGTNAWNINDSKDQSEVTWFMDNIYNKYTSRGIPVIIGECGAVDKNNLKTRVEYMSYYVAQAKARGILCILWDNNNFSGTGELFGFFDRRSCQFKFPEIIDGMVKYAFGLIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of a bacterial cellulase belonging to family 5.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOGLUCANASE A
molecule tags Cellulose degradation
source organism Clostridium cellulolyticum
total genus 140
structure length 380
sequence length 380
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 1995-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1edgA00
3FAXA 4EAMA 8A3HA 4CVWA 4P8XA 4XUYA 1GQKA 2QF8A 5A8MA 4J3VA 4NZCA 3VU2A 1KQYA 4GQQA 1UH3A 1E6NA 2E9BA 4AZCA 1RP9A 3VILA 1HVQA 2PBGA 2WKGA 4AD4A 4AIEA 3CZLA 3S6TA 2JEQA 3KWXA 2ZXDA 4QFUA 5DEZA 5A6MA 4BS0A 2WW5A 2BXYA 4PTXA 2WLYA 3ZR5A 4IISA 4H04A 3ZSSA 1K9FA 4U3CA 2EPOA 4HU8A 1MWOA 3CUGA 5FCZA 1UWQA 3VIHA 5JIPA 3ZIZA 3AS3A 1C7TA 4BQ2A 2QPUA 3NIYA 2ZXBA 1W9DM 3T09A 4NF7A 1WDQA 2J8GA 1WDRA 1UWIA 2VRJA 2D0HA 3NCOA 4JHOA 1GORA 1GPFA 3VDAA 3OLGA 3POHA 3WFZA 1HT6A 1XRVA 2WMKA 2QMKA 3FY1A 2XHYA 5DMYA 2F2HA 5KZ6A 3TTQA 2CERA 4GINA 2JF7A 2W61A 1W3HA 1UD8A 5HNNA 1K6AA 3CHFA 2G3MA 3U7VA 3HJEA 3CGTA 2WZHA 3VDCA 4DM2A 1KXVA 1QOXA 3WNNA 4PMXA 2BHZA 2OYKA 1C7SA 4EK7A 2XYLA 5HXMA 3WDIA 4EANA 1QI2A 4TXEA 2BY1A 2WMIA 1GHSA 5CXPA 3VIGA 4IUGA 1JD9A 3AMGA 3ARRA 1NWUA 4AC1X 2VX7A 2J78A 4W5ZA 2VZSA 3SEPA 3CUHA 2ZUWA 2XPKA 4J7RA 1E6SM 2J75A 4M29A 3NSXA 1EDTA 3CH9A 1LJYA 1VAHA 1QBAA 2DSKA 2YOCA 3ARUA 3VDHA 1V3KA 4XB3A 3UR7A 1JAEA 1W3LA 3NSMA 3SUWA 4YPJA 1CIUA 3DHUA 3WMSA 4PTMA 4LQ1A 5M3WA 2YL9A 4JZ5A 5IHSA 3SCSA 3WKZA 3RJXA 4M82A 1M53A 3U5YA 5ABFA 5HOSA 4U3AA 2VT0A 2PC8A 1OT1A 3PTQA 4GO9A 1C90A 1QW8A 1OIMA 4P8UA 3TA9A 1CGUA 4CGTA 2XFYA 1ODUA 5I24A 2VR4A 1J0ZA 1VFMA 1UYQA 3EDFA 1V3LA 3FNDA 4UFHA 2EXOA 4WIWA 2XUCA 4MJ4A 2D24A 2OSYA 1W9VA 1HJQA 4Z2HA 1CEOA 4C7DA 4OBSA 2DDXA 3AYSA 3JUGA 3ZT6A 3L4UA 3K4AA 1PX8A 1VFFA 5D9PA 1G9HA 3O9NA 5E9AA 5I23A 1QHPA 4MB3A 4CVUA 2J4GA 3AXXA 1RP8A 1CGWA 4J3TA 2W62A 1MQRA 2ZICA 4W88A 4KH2A 3VNZA 3ALGA 3UG3A 4WKHA 4M80A 3RILA 1GJUA 1ODZA 1UHVA 1J0IA 4KGLA 4AEEA 4J3WA 1V6UA 2Y5EA 1V02A 2C0HA 3NDZA 1WO2A 1OM0A 1HJSA 3OGRA 3KEHA 1WE5A 1QW9A 5ABHA 4TOQA 1E4NA 3FAWA 1B9ZA 2ZWZA 4B9YA 1WAWA 5CQ1A 4MAZA 5FOOA 2G3NA 1OD0A 2CHNA 1WDPA 1TE1A 1C93A 3MANA 3UERA 2FHFA 5M17A 5A2CA 1OGGA 3AHYA 1VRXA 4JAWA 3WH8A 3UCQA 1EDQA 1TVNA 3VIJA 3VGEA 2WBKA 1DWHM 5CGTA 1QNQA 1CLVA 4UFJA 1XH1A 5I2UA 1BG4A 4PUEA 1K9EA 3CUIA 2XFFA 1OWQA 1J0JA 3VMPA 1HIZA 4E4PA 4HTYA 1RD6A 2DT0A 2GFTA 2YL6A 4HZ6A 4TUFA 4UFIA 1CGXA 1IZJA 2QHAA 3WBAA 4F9JA 3AMCA 1F4AA 2W91A 1H09A 4PMVA 3ZR6A 5DT5A 1LF1A 3VIOA 2G8ZA 1TG7A 1C8XA 1JI2A 4UQDA 1RPKA 1W9XA 2BNJA 2DT2A 3GNOA 2W5FA 4MDPA 4QCEA 1ITCA 3WNKA 4JKMA 1BLIA 4D6JA 3WDRA 1TA3B 3RCNA 1PZ3A 2X05A 4UFLA 3A3HA 3OGVA 4E8CA 3ZJKA 5BRQA 4PYSA 4HA1A 1B31A 2AOSA 2J7CA 2VCBA 4PN2A 2VJXA 3MMDA 2WHJA 5E6ZA 4NI3A 4B16A 1NP2A 3AMLA 1A47A 1KBKA 4RE2A 2O9OA 2VC9A 3SCQA 1E73M 5A6SA 5M03A 3ZMRA 4CU8A 4CD8A 4F79A 2OWWA 1E71M 2WPGA 3CO4A 3WD1A 2FHCA 5A8PA 2NSXA 2X8RA 1YHTA 1ZS2A 3GH5A 3VD5A 1MQPA 1CENA 3F5LA 4HZ7A 4ZFMA 3WN6A 2J25A 2A3EA 1QI4A 1HKKA 2W67A 4GKLA 1GZJA 2YL8A 1O7AA 4CCEA 4UNIA 2CITA 1UQYA 1Z32X 3KL0A 2V5DA 3WNPA 4RE3A 2WMHA 1HJUA 4M81A 1W9UA 1J12A 5HDRA 4QAWA 4HOZA 2CIPA 1US3A 2J77A 1BYDA 5TD4A 2E4TA 5I78A 4CN1A 2D2OA 3G6MA 1C8YA 3L4ZA 4AIUA 1HP5A 3W6MA 1B3VA 4V28A 2DSVA 2WZIA 2J7EA 1DTUA 6A3HA 5A3HA 1LG2A 5EFFA 3VD4A 2CKSA 4D1IA 5I6SA 2XWEA 1V6XA 2E3ZA 1LL7A 1GUVA 4B15A 3N9KA 3RM4A 2X2YA 4DUWA 1GOWA 2G3IA 1G1YA 1UR1A 4M56A 2EPNA 5I77A 1GCYA 1HNYA 1E72M 3MMUA 3WF2A 2F61A 4MNLA 1NQ6A 3PTMA 3VUPA 5I3DA 2WNWA 4ZEPA 5A95A 4FMVA 4ATWA 1EA9C 1CXKA 1Q6DA 1BYBA 2W92A 3FN9A 5E70A 1OCQA 3VDBA 2RGLA 4AWEA 3AQUA 4AZ7A 4UFKA 1JAKA 1E5JA 2BV9A 1EQCA 3N11A 1E9LA 3RIKA 1FH9A 2GUYA 1KCKA 5A6JA 1EIBA 2GSJA 1LL4A 2GJXB 5LYRA 2WMFA 2EEXA 3ALFA 5ECUA 1B2YA 2D0FA 5CLWA 5JUVA 1KBBA 3QR3A 5C71A 2D1ZA 5DT7A 2PB1A 2ZUMA 2PWFA 5EBAA 2CHOA 4BZYA 4FLRA 1ZBKA 1MW1A 5ABGA 4D1JA 3K8KA 1ESWA 3WD4A 5LA1A 3CUJA 3NYDA 2EJ1A 2CNCA 1BYCA 1JXJA 1CXIA 3O6AA 2ZX8A 4QLKA 1GOQA 1Q6EA 1SYTA 3WNLA 1EGZA 1H1NA 3EBVA 3AJ7A 3VIKA 2WVTA 3ARTA 3VX1A 4GZJA 1FHDA 3APGA 2CKRA 5EB8A 4WSKA 1W3KA 2O9PA 3VNYA 1KWKA 2ZUTA 3DYPA 3OZPA 3QOKA 2HISA 2YDRA 2O9TA 5CLTA 1V6YA 2VI0A 3WQ5A 1SMAA 2FH6A 3A6OA 4BF7A 4AZ6A 1RH9A 4EE9A 1EO5A 2DSZA 3DHPA 4U2YA 3WH5A 2XVNA 3WL1A 4XX6A 2QPSA 3T0BA 2G41A 1AQHA 1D7FA 3NJ3A 3OIHA 1U2YA 2JALA 3N18A 4L4PA 4MPKA 3W24A 3ZT7A 3EYPA 4D6IA 4JKLA 1JDDA 1E3XA 4QDMA 4TVCA 4OBRA 1GQLA 3SUTA 6TAAA 2BHUA 4QP0A 1KQZA 3II1A 2ZX7A 1B90A 4UQEA 2BVTA 4AZCB 4N42A 3KE0A 3F5KA 5BROA 4CU7A 4H41A 3G6LA 3T2QA 1VENA 4FK9A 2VQUA 3QOMA 1C8QA 1UR4A 2VL4A 4GXPA 3WUFA 3UESA 4PMYA 3BSGA 2EPMX 3HN3A 4DWSA 3FXYA 2Z1SA 1CXLA 2VNCA 5E0FA 2PF0A 1E4IA 1TZ7A 1E5NA 1Q6CA 3VIFA 1HJWA 3ZJ6A 5GQBA 5JBFA 1VFUA 2CEQA 3ZOAA 1LL6A 1BVZA 1ZBWA 4Q7NA 1OBAA 4UQAA 1Q6GA 1JDCA 2W66A 4GO8A 3PZMA 4PMRA 5IHRA 2O9RA 4UZSA 4OOUA 1V3MA 1M01A 5BWFA 2QV4A 1CXFA 1UKOA 1IZKA 4W8BA 1B1YA 3WH6A 1S46A 2WVVA 1JDAA 4CD7A 2Y24A 1NWTA 4UQBA 2GJRA 3U5UA 4YHEA 3BAYA 2DPEA 1J0YA 2V38A 1W1PA 1D2KA 1XH0A 5C70A 1I1XA 4AZ5A 3WEMA 3CMGA 2VTFA 5ABEA 7A3HA 1AVAA 2MANA 1ZBVA 4L4OA 1KB3A 4Z2JA 4RE4A 1KFWA 1GNXA 1KWGA 1SR0A 1MW0A 4FLOA 1TUXA 1DWIM 1N82A 1NM9A 2DH3A 4PUDA 3L2MA 4OKDA 1BFNA 3QGVA 1V02E 1AMYA 1UQZA 2WMIB 1HL8A 5D8ZA 1XHGA 1OD8A 2JIWA 1E15A 3WF3A 5BYWA 1HXJA 3D5HA 1P6WA 1BTCA 4ZENA 3VKKA 3AS0A 2J7GA 5A8OA 1JGIA 4W93A 1K9DA 2VCAA 4W7UA 1B3ZA 4XZWA 2DT3A 1JXKA 1XYFA 2WCAA 2VX5A 1PX3A 5AYBA 3DECA 2XVKA 3DYOA 4GQRA 3HMCA 1QNSA 3CHCA 3VX0A 2YKKA 2ZOXA 4Z2GA 4ZE4A 3W81A 2XTKA 1D3CA 4NRSA 2OSXA 1GQJA 1JZ8A 1MYRA 3ARPA 3CZEA 4AY1A 3MSGA 1CDGA 4JKKA 2EPKX 3K8MA 3VIMA 3WD2A 3E1F1 3GBEA 2PWEA 4ACYA 2WWDA 3B9DA 5ABFB 4W86A 1CYGA 3ARXA 2WHKA 3AHTA 2ZXAA 1PX4A 4ATDA 5A6LA 3EDEA 4JIEA 3EMCA 1MFVA 1JYNA 3SIMA 2WCGA 2XGBA 3MV11 4RL3A 2QLYA 4BQ5A 5D9NA 2WK2A 1J10A 2YDSA 3VTRA 4MJ2A 1FFRA 2JF6A 4B3KA 1JYVA 1OGSA 4V2XA 2YIHA 1JI1A 4Q22A 3GH4A 5A1AA 1L0PA 3BH4A 4AD1A 3O2LA 3VGHA 1QI5A 1V0NA 1HVXA 1NOWA 3TTSA 4HOWA 4PMQA 1U30A 3WEOA 4PTVA 3CPUA 2VRQA 5CSUA 5IFPA 4AYSA 3AHVA 3U57A 1PIGA 1UOKA 1EQPA 3L4TA 4PSRA 2Y4SA 3AI0A 2D3LA 1GVIA 1I75A 4MB4A 3K46A 3W37A 4P7QA 3T2PA 4AW7A 5A8NA 3OGSA 3VOCA 4D71A 2YL5A 3WQ6A 4WLCA 3VPLA 4WSJA 3ARZA 3B9EA 4PBGA 2E9MA 3EMQA 3OA5A 1ZL1A 1ZBCA 1DWJM 5CSYA 4JHZA 2VZOA 3OLDA 1UR2A 2OWXA 2WMJA 1JZ3A 1G94A 2F8QA 4GI8A 1J0HA 4CN4A 1CGYA 5IDIA 3ZT5A 4AEFA 5CJ5A 1XSKA 2WHMA 3SCOA 3BAXA 5GPRA 4R27A 1EOMA 3W4RA 4U5KA 1E55A 2J7HA 1HF6A 1IT0A 1HKIA 1XSJA 2ESCA 3EDDA 1HN1A 5BRPA 3PZQA 1I1WA 1SFSA 2BVDA 1HP4A 4HP5A 4M1RA 3WD3A 4KRTA 1JIBA 3BCDA 4AD5A 3PHAA 1W3JA 2ZE0A 1B30A 3VGFA 1EDGA 1TR1A 5A2BA 1QNRA 4GPNA 2OYLA 4TVDA 3WMCA 4HU0A 1GVYA 1BSIA 1E6PA 5CPQA 3WH9A 1H0GA 3AIVA 2J7DA 4W8LA 4OIFA 5AY7A 3WQ4A 1H2JA 1CPUA 3MV01 4D6GA 4PEEA 4B3LA 3VD9A 2XVLA 1B3XA 3D3AA 5AC5A 1HKMA 4MNKA 3IK2A 1W9BM 2VVNA 3VVGA 3GDBA 3WIJA 1MXGA 4BQ3A 1UD6A 1UH4A 4JFSA 1W2PA 4DWSD 1DP0A 2NW0A 1W1TA 1PJ9A 1OSEA 5A6BD 5D9OA 3GTNA 1BG9A 1NARA 1E0WA 3TTOA 2XIIA 3WNMA 2Z1KA 3K8LA 2ZX5A 2VZVA 4MTVA 2YA0A 3M7SA 5CG0A 4M8UA 4CN6A 2GJPA 4CD5A 1R7AA 1O6IA 3SCNA 4PCSA 1LQ0A 4H8HA 4JCMA 5EMYA 3GXDA 3BCFA 3PZ9A 4AD3A 3WQWA 1OT2A 5I0DA 1H4PA 3ARQA 4S3JA 2GK1A 3OB8A 4D72A 2YLAA 3WL0A 4W7VA 3ZJ8A 4LYPA 5I79A 1V0KA 4PCTA 1XD1A 1QNPA 5IXEA 4XV0A 1TVPA 2OSWA 1MW2A 3BLKA 3ARSA 3PZIA 3TOPA 2YA2A 4OJYA 4PTWA 4W8AA 2BXZA 1QI0A 1V08A 1QPKA 2TAAA 2V5CA 4UOZA 4BQ4A 4WKAA 1OB0A 3SCPA 1M04A 1UWSA 2YJQA 2WWCA 3CHDA 3SUUA 4CCDA 1ZJBA 3CMJA 2D20A 3U7BA 1W9PA 4CD6A 2IXUA 1G01A 2CESA 4TVUA 3VM7A 2XSAA 1CZ1A 1FA2A 4J28A 4MDOA 3OLEA 1WP6A 3VD3A 4WF7A 5F7UA 3CHEA 3LPPA 3BAIA 3PZOA 2J79A 1FFQA 1C3FA 5FL1A 1J01A 4H2CA 2GDVA 1VBRA 4ML4A 5FKYA 4LGXA 3SCWA 1WCGA 3IAPA 2YLLA 1LWHA 3NUKA 5D4YA 4KGJA 4HMDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FAX A;  4EAM A;  8A3H A;  4CVW A;  4P8X A;  4XUY A;  1GQK A;  2QF8 A;  5A8M A;  4J3V A;  4NZC A;  3VU2 A;  1KQY A;  4GQQ A;  1UH3 A;  1E6N A;  2E9B A;  4AZC A;  1RP9 A;  3VIL A;  1HVQ A;  2PBG A;  2WKG A;  4AD4 A;  4AIE A;  3CZL A;  3S6T A;  2JEQ A;  3KWX A;  2ZXD A;  4QFU A;  5DEZ A;  5A6M A;  4BS0 A;  2WW5 A;  2BXY A;  4PTX A;  2WLY A;  3ZR5 A;  4IIS A;  4H04 A;  3ZSS A;  1K9F A;  4U3C A;  2EPO A;  4HU8 A;  1MWO A;  3CUG A;  5FCZ A;  1UWQ A;  3VIH A;  5JIP A;  3ZIZ A;  3AS3 A;  1C7T A;  4BQ2 A;  2QPU A;  3NIY A;  2ZXB A;  1W9D M;  3T09 A;  4NF7 A;  1WDQ A;  2J8G A;  1WDR A;  1UWI A;  2VRJ A;  2D0H A;  3NCO A;  4JHO A;  1GOR A;  1GPF A;  3VDA A;  3OLG A;  3POH A;  3WFZ A;  1HT6 A;  1XRV A;  2WMK A;  2QMK A;  3FY1 A;  2XHY A;  5DMY A;  2F2H A;  5KZ6 A;  3TTQ A;  2CER A;  4GIN A;  2JF7 A;  2W61 A;  1W3H A;  1UD8 A;  5HNN A;  1K6A A;  3CHF A;  2G3M A;  3U7V A;  3HJE A;  3CGT A;  2WZH A;  3VDC A;  4DM2 A;  1KXV A;  1QOX A;  3WNN A;  4PMX A;  2BHZ A;  2OYK A;  1C7S A;  4EK7 A;  2XYL A;  5HXM A; 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