1EXP | Genus

Total Genus 125

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	312
structure length	312
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic observation of a covalent catalytic intermediate in a beta-glycosidase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellulomonas fimi
molecule keywords	BETA-1,4-D-GLYCANASE CEX-CD
total genus	125
structure length	312
sequence length	312
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1996-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1expA00

1SFSA 3VKKA 2XFFA 4AZBA 3QR3A 4W8LA 3CZGA 1CTNA 3U5UA 4E8DA 1V6VA 4JHOA 2CXGA 1UQZA 4AD0A 3W25A 1GHRA 4CD4A 4MJ4A 3WNMA 1JNEA 2QMKA 2VRQA 1TZ7A 4UFIA 4UCFA 2FHFA 3BMVA 1PX3A 3OZOA 4HOZA 5ABFB 2WHJA 3JUGA 3F5JA 2GSJA 1UD8A 3K8LA 5GNXA 2DH2A 4AZCA 3SCTA 2OYMA 4DUWA 1WE5A 4HZ7A 2VMFA 1JYNA 4W8AA 2WVVA 2Y2WA 4HMDA 4W84A 2XVGA 1EQPA 3RM4A 5BROA 1H4PA 1TVPA 7CGTA 5CPQA 1XYFA 4H7VA 2GJXA 1B1YA 1QW9A 2EPOA 2ZUMA 1KCLA 3VU2A 2OYKA 4XV0A 3CUHA 2E9MA 4P8XA 1LWHA 4A4AA 1BYDA 3M7SA 1CGYA 5BYWA 4MTVA 2X0YA 3GH7A 1C8QA 3PZ9A 3MUY1 4UZUA 2WHMA 5A2CA 1VRXA 3CUJA 4WIWA 3NCOA 4GPNA 3WF0A 2FH8A 2YJQA 2YA2A 5FOOA 4H41A 4GINA 4P7RA 5A2BA 2CBJA 2QHAA 5BRPA 2ESCA 4MDOA 3AOFA 3D3AA 1GJWA 2A3HA 3K46A 3UR8A 3MANA 5BRQA 2BHUA 4BZYA 1QNRA 1NWTA 5EB8A 4B9ZA 1Q6FA 4AWEA 4AD5A 5ECUA 3DC0A 3NIYA 1HP4A 4M80A 3GM8A 3KL0A 1W9XA 2Z1SA 3CTTA 1WZAA 2D23A 3VGFA 4XUYA 4KMQA 2PWGA 1W1PA 2WXDM 3BAWA 4AZHA 1A3HA 5JBDA 4LXFA 3CUGA 3AXXA 5LA1A 2CYGA 3ARQA 1LQ0A 1IZKA 3EDJA 1X1NA 4JFUA 4DM2A 5D9OA 1CLVA 4QLJA 2YBUA 3U7VA 4TUFA 3UERA 1FP9A 1DEDA 2OLHA 2J77A 1CGWA 3AS3A 4UOQA 2IXVA 5ABGA 3WF1A 5E0FA 4D6IA 3W26A 2XYLA 2J75A 1DWJM 1QI3A 3FAWA 2G41A 3VIGA 2CESA 1NOWA 2WYSA 4X0VA 9CGTA 1HN1A 1TVNA 4EAMA 1Y7VA 1MQPA 2EXOA 5ABFA 3UG5A 5HNNA 4X9YA 5CQ1A 3BAXA 4WSJA 1OD8A 2J7DA 3UG4A 3WD3A 2WZIA 1R8LA 1QI2A 1WCGA 3ZOAA 2WMIB 1E73M 2EPNA 4GI8A 3N11A 2D3LA 1X6LA 4TXEA 1JIBA 4U33A 4PMRA 3AHTA 3O6AA 3IJ8A 3CZEA 3FXYA 3CMJA 3W6LA 3TTYA 4FLOA 3WDIA 5A6AA 3O2LA 3AXHA 4PMYA 2V3EA 1NWUA 4PMZA 4B3LA 4YHEA 3UESA 2ZWZA 4OBRA 4JFVA 2OYLA 2NW0A 4A3YA 4JZ5A 1M04A 3AHZA 4CN4A 5BXPA 3BLKA 4NI3A 4Y7EA 1CGTA 2W91A 2G8ZA 4S3KA 2XWDA 1LLOA 4AZ5A 4RL3A 1V3KA 4ZXOA 1G5AA 1GW1A 5EBAA 3T09A 3EDKA 2A3EA 1TMQA 4AD3A 4PCTA 2VX7A 4P8WA 1KGUA 3W4RA 1VJZA 1G94A 2O9TA 3CPUA 4AXNA 1JXJA 2EQDA 3UEQA 1QI5A 5A6KA 1F4AA 1CXLA 2UY4A 2AAAA 3ARSA 2ZXAA 4UFKA 3VTRA 1OB0A 1JZ3A 2VR4A 1BHGA 1GOIA 4HOXA 1VF8A 1W32A 1XCXA 3AQUA 1E6ZA 4UTFA 1H41A 1QI4A 1L0PA 4JL1A 4LGXA 4F66A 3AROA 2ZX7A 3GXFA 1HJWA 3WDHA 5LYRA 1ZU8A 1BGGA 1E6XM 4U5IA 2JF6A 3FN9A 4WJXA 1BPLB 1JI1A 1QW8A 4PTXA 3THDA 3WD1A 5D9NA 4JFSA 4TX6A 4R5EA 1CYGA 4LQ1A 2VQUA 5CGMA 1VJSA 5FL0A 3D5HA 1R86A 3TP4A 3WUEA 1Z32X 2DSVA 1JDDA 2NT0A 1I75A 2QF8A 3PTKA 4ZE4A 5M5DA 3SCNA 3GYCA 2XPKA 2E9LA 2BFGA 4PMVA 1L8NA 1D7FA 1CPUA 5EMYA 1W91A 1GCYA 1W9PA 4CU8A 1J0IA 1E5JA 2WMIA 3RM9A 4JFTA 3W82A 4C7GA 3VNYA 3SCSA 3AIVA 1JL8A 3WNLA 2PC8A 3T2PA 4CD8A 2OSWA 4AW7A 3ZMRA 4ACZB 1UR1A 5ABHA 1E55A 4Q22A 1KR0A 2E0PA 1VEMA 1V3JA 3UETA 3L4WA 1ZJAA 2J47A 4B9YA 3K8MA 3ZT5A 2CEQA 1XV8A 3PTQA 1E40A 5HDRA 1NP2A 2VVSA 1UWQA 3THCA 1WKYA 3N17A 3AHYA 1XD1A 2WHKA 4HPGA 5A8OA 4AZGA 1V6UA 2PBOA 4AD4A 4AZ6A 4DWSD 3ZT7A 1KXTA 5DO8A 5E70A 1V0NA 5E6YA 4LYPA 3GTNA 5AYIA 3BAIA 3AMKA 2WMFA 3WDJA 1Q6GA 1R85A 1UKQA 1OINA 1PZ2A 2X09A 5CLTA 5I5RA 4L4PA 2ZXQA 4D6FA 4H2CA 1NP0A 1KQYA 1V02E 4CD7A 1H0IA 3WDQA 4TVUA 3W37A 2XHYA 1VBRA 5ABEA 2MANA 4CN1A 3GNOA 3QOMA 4PMNA 5TD4A 5HPOA 1JYWA 2WM0A 2VCCA 3WQVA 3CBWA 1FH7A 1GNXA 1EXPA 3W38A 1HL8A 3W53A 3MUAA 1WNOA 3SUWA 1XRVA 2E8ZA 1W2VA 1B3WA 1HJQA 3VDHA 1DHKA 1JD7A 4J3TA 2VO5A 4OUEA 3MSGA 5DEZA 2O9RA 2WMJA 6TAAA 1JGIA 2WK2A 1G1YA 5I6SA 1C91A 4RE2A 4CUCA 4K68A 1XYZA 1CNVA 1WP6A 2YL5A 2J7CA 2VOTA 3RMEA 1UWRA 5D9MA 1UR4A 1R87A 3GH5A 4M1RA 1RH9A 1JI2A 1H5VA 1E0WA 1UR8A 3W0KA 3U7BA 1QHZA 1E70M 3L4UA 4TTGA 5I23A 3RO8A 1VB9A 4MNLA 1H49A 2WAGA 2VZOA 4J3SA 3DYPA 4ACZA 1MW0A 2O92A 3WY1A 5JUVA 3AYRA 1KXVA 1JFXA 1MQQA 4M24A 5IHRA 3KEHA 1YHTA 1ISXA 3CLWA 3SCPA 4MB1A 1JDAA 3VPLA 4GQQA 5FKYA 2FHCA 1GVIA 1RP8A 1DWHM 1B30A 4NSBA 2CNCA 3EMZA 1MWOA 4W89A 3AMCA 1CXIA 4H8VA 3VGGA 3WFLA 2WWDA 4HU0A 4OZOA 1SMAA 2VNCA 3L4TA 2PWFA 1JZ5A 2E8YA 2J7HA 5KZ6A 2YDQA 1BGAA 2QPSA 2UWFA 4U31A 1JG9A 2VX4A 4YHGA 2ZUWA 3KL3A 1EO5A 5FIPA 3ZJ6A 4V27A 3BAYA 1TR1A 1E6QM 2O9OA 3A4AA 1XCWA 3W29A 6A3HA 2ZWYA 1J10A 1WB0A 3CO4A 1G9HA 2WBKA 4CCCA 3WQ5A 3GXMA 3LMYA 1ISYA 4PMXA 3CZ8A 4JCLA 3WKZA 3DYOA 2D0HA 4W7WA 3OLDA 4JL2A 1FHDA 2WZHA 1UWIA 4GI6A 4CU7A 2CIPA 1UUQA 4E2OA 4F9DA 2W5FA 1V6YA 3PZVA 2VX6A 1B3ZA 2GUYA 5A6JA 1LG1A 1CLXA 1SMDA 4CGTA 2E3ZA 4UQBA 2AMGA 3U57A 2GFTA 1BTCA 3TA9A 1DWIM 4AYSA 4BCEA 3ARVA 3PZOA 3NYDA 1E15A 5CSUA 1J0KA 1V0KA 2PWEA 1MFUA 1GOWA 4ZEPA 2OSXA 2XFRA 5A6BD 1VAHA 2Q8XA 3AS2A 1OIMA 4AY1A 2YIHA 3K8KA 1W3KA 3ARPA 1Q4NX 5CLWA 4J3VA 4XB3A 4PN2A 4BQ5A 4WLCA 1E0XA 3SUSA 1J12A 3GNPA 2E4TA 1E4IA 1UHVA 3VM5A 3VIPA 1NH6A 1ZBKA 3AS0A 4W5UA 1RPKA 1GJUA 3BC9A 3WNNA 2J25A 3IANA 3AXIA 2DSUA 2HVMA 3SEPA 2JFEX 3GH4A 3RJXA 3OGSA 3VMOA 4R27A 1DP0A 5IXEA 3WUBA 2YA0A 1XGZA 1E4LA 3CMGA 4H04A 2Y5EA 3L4XA 2W4XA 1PX4A 3LPGA 4P7OA 3BAJA 4KRUA 1CGVA 4HTYA 1TE1A 1K9FA 4ZE5A 5C8BB 5IDIA 1E3XA 1BAGA 3BCDA 2J8FA 4GI9A 2BVYA 1GQKA 3VIFA 2YDRA 3I3BA 1LJYA 1K6AA 2XTKA 2W63A 1C7TA 1GVYA 4GZEA 1UD3A 2ZUUA 3WL1A 3I3EA 2D0FA 2ZUVA 3AZSA 1V02A 1KWGA 1HX0A 1M7XA 5DMYA 2Y8VA 2DSKA 1JAEA 3MMWA 1QHOA 3W81A 3MS8A 1FP8A 1V3LA 5CSYA 1M03A 1HIZA 2DGAA 4QP0A 2IUZA 3GDBA 3WQWA 2YOCA 1KGWA 5IFTA 1MQRA 3FHAA 2C7FA 3W6MA 4E8CA 3N1AA 3WDRA 2VUYA 3WUFA 4ACYA 3WH6A 5KEZA 4AMCA 4AIUA 5I79A 2C0HA 3ZJKA 4UQCA 2V5CA 3NDZA 5DF0A 1E4NA 4AEFA 3BSHA 5A3HA 1GOOA 1DTUA 1F4HA 3AFBA 5LA0A 2EO7A 1OGSA 4F8XA 3OA5A 1XSKA 5A8QA 1EA9C 1ZJBA 5HBFA 3M07A 3TOPA 2C8NA 4W86A 2D22A 2XVNA 1V3MA 3SURA 1UA7A 3FAXA 2BXZA 4GXPA 3RCNA 3AI0A 4GQRA 4QFUA 1HXJA 1QBAA 1EHAA 1C3FA 1PX8A 3PN8A 4MNMA 1KBBA 1V6XA 2DIJA 3WQ4A 1KQZA 4QAWA 3CZKA 1BVNP 1XSIA 1D3CA 4GIAA 2JEQA 4M8UA 3ARTA 3MUZ1 5I78A 3DHPA 2PB1A 4J27A 1UH3A 3VNZA 1W3JA 1KWKA 2V3FA 3GBEA 4W88A 4IPLA 4AD2A 2ZX9A 3BAKA 1V03A 3PZGA 5E6ZA 2VZTA 3MV11 3ZSSA 2DT1A 3GBDA 4W85A 4HP5A 3QHOA 4QCFA 4UFHA 1UD5A 4Z2JA 2X05A 1UWTA 3CUFA 3IAPA 5M17A 2EPLX 3VIKA 4PBGA 3CHDA 1E4MM 2WLZA 5A69A 2DSWA 3TONA 2OWCA 1HKJA 1WDQA 4J3UA 2CBUA 4E4PA 4TVDA 3L4ZA 1V0LA 3CH9A 1PIFA 3WD2A 1M01A 2YL9A 4J3WA 2RGLA 1C92A 2WPGA 1JXKA 3J7HA 4KRTA 1JFHA 1UR0A 5E09A 4HU8A 1HKMA 4P8VA 1SR0A 3K4AA 2V5DA 3PTMA 1W3LA 4V28A 3MUIA 1JAKA 1W9UA 3IK2A 3HN3A 4FLSA 2EPKX 3QGVA 4BS0A 1UZ1A 1C7SA 2XSBA 1AQHA 4U2YA 1BQCA 3WNPA 1PPIA 1WDRA 4UNIA 1UKOA 4ZXLA 4DM1A 1W1TA 2CKRA 4PRWA 1OBAA 4FLRA 4CVWA 2F61A 5FL1A 4AD1A 4PTMA 1J0ZA 1GOKA 1XSJA 1K9EA 1UH4A 2ZX8A 3M46A 1GORA 1LF1A 2J7EA 5I0DA 3PZMA 2D0GA 1J0YA 2PI6A 1ISZA 3VGDA 3IJ7A 2D1ZA 3VMNA 3A47A 5A94A 3KWXA 1UOKA 3AIQA 3L2LA 4J28A 1LL6A 2W66A 3NJ3A 2UY5A 1CXFA 1CEOA 3RIKA 3W27A 4LPCA 4WKAA 3FHQA 2D24A 4U3AA 5AC4A 4JKMA 3BLPX 3QOKA 4AIOA 1VEOA 2EJ1A 3UR7A 1FH9A 3WEZA 2VQTA 2ZE0A 5FD0A 1EO7A 3ALFA 4C7FA 4IM4A 2VCAA 1FFQA 5A6SA 1IV8A 4M82A 4PMQA 4CU6A 3CHEA 4HMEA 3FNDA 4KGJA 3WELA 1NWSA 3N9KA 1JZ8A 2PF0A 1LL4A 4TOQA 5M03A 4PSRA 1D2KA 3VDAA 4AISA 4BF7A 1CXKA 1E5NA 1WZMA 5BCAA 2DT0A 1C8XA 2VTFA 2XJ7A 4DWSB 4UQEA 3A3HA 4WSKA 1B3XA 1E6SM 3OGRA 2JIWA 3T2QA 1B90A 5DFAA 4A3HA 2ZXDA 1UR9A 3VX1A 2WHLA 3TTOA 1U30A 5HOSA 4NF7A 2QMJA 1J0HA 1EOMA 1HKKA 2W61A 2VR5A 2XSAA 4J3XA 3MMUA 1CENA 4TVCA 1XH0A 1OM0A 3WSUA 3AMGA 4IPNB 1HJSA 3MO4A 4OKDA 1CGXA 1UWSA 2QLYA 1V3IA 3WIJA 8CGTA 1NOUA 3B8SA 4M81A 1LWJA 1V3HA 3AYSA 4KWUA 5A95A 2QV4A 2DSZA 5A8MA 1JF6A 4QLLA 4CVUA 4EE9A 3PBGA 4KH2A 1K9TA 2B31A 5I77A 4GO8A 5GNYA 1WZKA 5FCZA 4AZIA 4HMCA 1EH9A 4UFLA 4JAWA 4H8UA 2GJPA 2Y24A 3B9DA 4D72A 4OOUA 2ZUSA 3VGBA 4JKLA 2OWXA 3ZQ9A 5CG0A 2WCGA 1CWYA 5JIPA 2WWCA 2V3DA 2NT1A 4IUGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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