1GEQ | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	248
structure length	241
Chain Sequence	MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Entropic stabilization of the tryptophan synthase alpha-subunit from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus. X-ray analysis and calorimetry. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Pyrococcus furiosus
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA-SUBUNIT
total genus	88
structure length	241
sequence length	248
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2000-11-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1geqA00

4E2BA 3NQVA 2G97A 2JK2A 3KRUA 3VCRA 1A5SA 1WOBA 4MPQA 2X2GA 3P60A 4AHPA 4LRTA 3W7MA 3UD6A 4HN4A 3CM4A 2C1HA 3BGGA 1M7PA 5G4WA 5EL1A 1DORA 2NUXA 4WQ6A 3A24A 5CKSA 5A5WA 1TPWA 2YCEA 1GVQA 1SQ7A 1XBXA 4ZQNA 4N9BA 3LI1A 2ZZ5A 1VHCA 3MUXA 3V75A 1UASA 2J9XA 2VFGA 3G1YA 4MY1A 3OG3A 2XFWA 4MY9A 3L5AA 4LNYA 4L4LA 3STFA 3L65A 2ISWA 4TU1A 5D37A 2W6RA 1JUKA 2ATSA 2EGZA 3C6CA 5HWMA 4O0ZA 1IGSA 3CHVA 1S5TA 1EA0A 4IPJA 2G5WA 3O8AA 2V2DA 5CZTA 3W83A 3MBFA 2PRHA 3MYPA 3TXZA 2CLMA 4X9SA 3T7VA 1TB3A 2Q3OA 3ABQA 4IMGA 1UBSA 2V5LA 4MFDA 3ABSA 4IX0A 4OGZA 2A0NA 3GX9A 1WV2A 4ZQPA 3IIVA 4PL1A 1QPRA 5G2HA 1WOAA 4UTKA 4FIRA 3IGSA 1JUBA 1UJPA 1TTIA 3HG3A 4Z1AA 2ZRUA 2QCEA 5E0KA 3QMTA 1GVRA 1R2SA 2BZNA 3VKJA 3UY8A 5DELA 1H7XA 4LS2A 3UWZA 5I3JA 1B3OA 1EUNA 1Q3NA 2NLIA 4ONVA 1TTJA 1K7EA 4QAIA 2I14A 3TU9A 4EWND 2EF9A 1ME8A 5C5YA 3MP5A 1TYGA 3MHGA 1SR9A 2PCQA 4CQ8A 5L9FA 1HUVA 5KZDA 3W7IA 2VEMA 3TFXA 4O11A 4IX2A 1DL3A 4WY0A 3M44A 2C3ZA 1VCFA 2J9ZA 4NNBA 2B7NA 3GXNA 4JTEA 3W1AA 4OT7A 4UNKA 1W56A 1IXOA 4O4VA 3PG8A 4H3DA 3O1NA 4X3ZA 3A21A 3PBYA 1U5JA 3LXBA 5A8GA 1OX4A 4K8HA 2ZA3A 3KFTA 1SFJA 2JGQA 1ZNNA 1WQ5A 5DCEA 1KTCA 1PHWA 1WYIA 5D2VA 5EA9A 5F4WA 5KSWA 4CQ9A 3PBVA 2YX0A 1AL8A 1G7UA 5CZSA 4WY0B 1I2NA 3NPVA 4LV4A 3GB6A 2CLOA 1FWSA 2DZVA 4M7SA 2YDAA 3MHFA 1YTKA 3GNNA 4NJGA 3RLVA 4ALDA 3PUOA 3HG2A 1DJNA 3CC1A 1FWNA 3DHDA 4M6PA 4AMAA 2ZZ6A 3G0SA 1QO2A 4UTTA 3UQNA 1ZY9A 1OX4B 3O63A 2Y61A 3HOJA 1B4KA 1BKSA 2ABBA 4JX5A 3W70A 1VLIA 4TX9A 3IRDA 2V5BA 4JN6A 1OABA 5LNVA 4JEQA 4MYAA 1GZGA 2Z1BA 1H1YA 3VNDA 3SGZA 2E09A 1AW5A 1QPQA 4N4QA 3LTPA 3C2EA 1Q6RA 3NQMA 1P5BA 1Y0EA 5I3GA 2VFEA 4GUJA 1L6YA 4YCOA 2ZYFA 4GUFA 2Y88A 4WZHA 3U6WA 3O16A 4AWTA 5D04C 2Z0IA 1T96A 3R2GA 5U4NA 1YADA 1XI3A 2CZDA 3P5YA 4A2RA 3Q94A 3DFQA 4WXYA 4DBDA 1O95A 2Q8ZA 3NDOA 2A6LA 3W9ZA 4FXRA 3TKFA 3ZFHA 2CZFA 1RV8A 3HGSA 3RLUA 4XBSA 3M5YA 5CPNA 1YXYA 1H5YA 4LY8A 3MI2A 4FNRA 4BF9A 5KMYA 2X1TA 5LNSA 3A5FA 5FESA 2JKPA 3P7YA 3NM1A 3UXAA 4EIVA 3ANYA 2NUYA 4UFJA 3W7DA 1TTPA 3QRHA 1XUZA 1EUAA 3W2KA 1AW2A 1V5XA 4M6VA 3SI9A 1R2TA 2EKCA 3LM7A 4FHAA 4JTFA 3BLFA 1ICSA 4GRSA 4DPPA 5BMWA 2RDUA 3PUEA 3L66A 1JCJA 1FDYA 3HJZA 1ME9A 1MZHA 1H7PA 2QEZA 1WDWA 4LVDA 2ZZ4A 1LOQA 3NL2A 3BGJA 3WJYA 1VC4A 3L0NA 1G4TA 3W22A 5KITA 3PF3A 1ZJIA 4JY8A 2QF7A 2YSWA 3O6CA 2X30A 5HNRA 3LV6A 1H61A 3EWUA 4GUIA 4IQLA 3B04A 2OZ0A 3BLIA 3LCFA 3LXAA 1OYAA 1KM1A 2XN2A 1OG0A 2J24A 1LYXA 3S5YA 2QR6A 3EX4A 2GJNA 2G96A 5F2MA 1KM3A 3W6YA 3USBA 4IMFA 2WOQA 4J9JA 5AOUA 2NWSA 3FEMA 2V81A 1FWRA 1Q6LA 3E9AA 4JXCA 2OMAA 3STCA 3UWWA 4I7WA 3PB0A 4JYEA 3S8HA 2H8XA 3ZR4A 4R33A 4UTIA 1RQBA 3WK0A 1Q6QA 2WNNA 1P4CA 4O12A 4PFMA 1VYRA 4IXXA 3S1XA 4JDYA 5HINA 1SZNA 3LCWA 3LGEA 3MW7A 4XZ9A 5AC6A 3LLFA 1FBAA 1KFEA 1SO3A 1O5XA 2PRMA 1JR1A 2DZXA 4AB4A 3U2OA 3W1QA 4JS3A 2NV2A 3AO0A 4EVZA 1EP2A 3W72A 5G2WA 1GVSA 1W5OA 4MFEA 4O53A 1EWDA 4LTSA 3PULA 3BK0A 5IM51 3DI1A 3RF9A 3NA8A 5F1VA 3W7OA 4Y90A 1HO1A 2V2CA 2A2IA 2GVLA 2H3BA 3E02A 2E5CA 3B8DA 4MOZA 3UXDA 1GYLA 2E6DA 5D02A 2PC4A 3W7RA 4NNAA 3FOKA 2C0AA 1R2RA 4EOUA 1O5KA 1PHQA 4HPJA 2D73A 1NF0A 1TV7A 1LLWA 1SW3A 2HTMA 3T55A 3I7RA 3OHIA 3P74A 2QJGA 3NAVA 4PA8A 4AH7A 3KHJA 1HO4A 4AF0A 5LNRA 4JTTA 4B5NA 3G1HA 4TIMA 1AK5A 5G4EA 3NNTA 1TREA 4MZ1A 2CLFA 1QPNA 2FQIA 3L21A 4ICNA 2B0MA 3GDTA 2UV8G 1W0MA 3DHFA 4CNNA 2R8WA 3QPZA 4ML9A 1K8ZA 1NFBA 1TTQA 3TIMA 5C55A 3RNDA 1IXQA 1W5PA 2WPBA 1GVOA 1KLYA 2ALDA 1RZMA 1TQXA 1W5MA 3QMRA 4AHOA 2Z6IA 3S1VA 4AF0B 4R53A 3BW4A 3LCGA 1LTDA 5BOOA 1I2RA 3OIXA 2QCHA 2B7PA 4A21A 3P82A 1VS1A 3TFCA 2V8ZA 3SR7A 4YXGA 1VZWA 3QQ1A 3DI0A 2XN1A 1YXCA 5F4SA 1L6WA 1B9BA 3I65A 1LBFA 4IJBA 2C16A 3NPXA 5HR7A 1G4EA 1J5TA 3W1TA 1MXSA 4JTHA 1PV8A 1I2PA 2X1UA 4RR4A 1W3IA 3N19B 5GVJA 2ZRWA 1TQJA 2TSYA 4I7VA 3M5XA 1VJIA 5FI8A 1GYNA 3PUDA 3NXFA 3FKRA 5FF3A 1FWWA 3EX3A 1OYBA 3P84A 1XKYA 3M6YA 1GJPA 1X7FA 3PWAA 5K4XA 3PR2A 2V82A 4LW7A 3P5ZA 3P81A 3QM3A 5D33A 1YPIA 2JKAA 1ALDA 3W1LA 3NQAA 3G24A 4L4MA 4MZYA 1I2OA 2BX7A 4DELA 3B0VC 1VYSX 1JQXA 1YYAA 3ZS4A 4GBUA 4C1LA 1VCGA 1ONRA 4NT0A 3GR8A 4QNWA 5DXXA 1K02A 4DQWA 1NVMA 2Z6JA 2E6YA 4QIUA 3C61A 1C9DA 2ZRZA 1YLVA 1OX5A 5E93A 1TIMA 4JYDA 1XXXA 5HJLA 4LC8A 4X22A 3LHWA 3THQA 4UTJA 3IIOA 3BPWA 1PVNA 1P1XA 1EX5A 1LP6A 1RQEA 4LVFA 2O7QA 4LUJA 3WK3A 1SSDA 3R13A 5AYZA 3E49A 2VOMA 3LTSA 3AJXA 1OFQA 6TIMA 2DJLA 5K9CA 3PBUA 1TPEA 2RDTA 1RQHA 3GNDA 3NR0A 3ATZA 1LBMA 3EWBX 3B0PA 1VHNA 1V7YA 3MI6A 5K9DA 2WQPA 1F76A 4JTUA 2CWNA 1LDCA 3QH2A 2NZLA 1DJQA 1LM1A 1XBYA 3PM6A 3NO5A 1TV8A 4PEKA 2WKJA 3C2RA 3RFAA 2WNQA 1P0NA 3HGRA 4BI5A 3EX2A 4JTJA 1RR2A 2F84A 3ZWSA 3TSMA 2FTPA 1TPB1 2NXIA 4MZ8A 4A2SA 1IIGA 4WOQA 2VC6A 3NQEA 2CLIA 5D2XA 4E38A 4O57A 3CEPA 2Y7EA 2OX1A 5AHFA 5LNWA 4AEOA 2FFCA 2ZCGA 3FJLA 2YW4A 3L5MA 1F2JA 1KM5A 3EEGA 5E1QA 1VGAA 5J5RA 4PCFA 1I8JA 1R46A 2TYSA 3KVKA 1S5WA 1TPC1 1VCVA 5HR6A 2PURA 3MO7A 4K6AA 5HMSA 2E77A 3DFTA 3DGRA 4TO8A 1JCYA 4WOZA 4QM1A 3W1MA 2ABAA 2NX1A 1PS9A 1KFCA 3GYEA 1LORA 3NQ6A 4UC5A 3G1AA 2ZZ3A 1H63A 3NPUA 1JVNA 1K7XA 1LOLA 3I7QA 4JIQA 4KFOA 4RZ5A 4FNUA 3CTLA 4LU0A 3HG4A 3LTYA 4LVAA 1M6JA 3A9IA 3LDVA 1KV5A 5U7SA 4PH6A 1GEQA 1A53A 3JS3A 2Y6ZA 4DO6A 2CLEA 3B0UX 1R30A 3SY5A 4DPQA 3M47A 4Z1CA 2NV1A 2FLIA 3CT7A 3P62A 1ZHAA 2E5DA 5HWNA 3H55A 1PL9A 2CZEA 3TMQA 4KKXA 1YTDA 1FX6A 5F1UA 3TH6A 3GDLA 3A5VA 3MP3A 2XN0A 4N6EA 1SZEA 2QCNA 4Q32A 3CIWA 4RJEA 3G8EA 4IPIA 5D2WA 3FLUA 4GXMA 3TJLA 4Z08A 4AWUA 4RK8A 4UTWA 1KV8A 5G1YA 3N9SA 1W1ZA 1D3HA 3W2NA 3DU0A 3A23A 1WBJA 5AFDA 4UNLA 5FEPA 1U83A 1G69A 4Z0JA 3W1XA 1R47A 3S5ZA 3LERA 1QR7A 1KLZA 3H54A 2VENA 1SW0A 5LKYA 4HPXA 3TQ0A 5CZJA 3GIYA 1KBIA 1CI1A 1JCLA 2J6XA 4LC6A 2NXHA 1LRNA 5DXYA 3EX6A 1QOPA 4DF2A 1S3HA 3NL6A 1Q45A 5MHBA 3T40A 3TNOA 4NZJA 4ZMGA 4R7JA 5BNKA 1KFJA 4MYXA 1H62A 3THAA 4O4WA 1KM0A 1KA9F 5EKYA 3W74A 1OJXA 4LT9A 5DY3A 3N9RA 4O14A 1W37A 1ZAIA 4XUGA 1JRBA 3UWVA 1SZGA 1XC4A 4UFLA 4IWWA 4ADUA 4RKAA 5C54A 1OX6A 2Y70A 4UTUA 2EAWA 4UTMA 1I45A 3LHVA 4NJJA 3S6DA 4I9AA 4UR8A 4FF7A 2WV8A 4NJKA 4ORMA 4FIQA 3WK1A 3TMLA 1MEWA 4NX0A 1WAUA 3F4WA 2ZTJA 5L6UA 5K2ZA 1A5BA 1QOQA 5H2ZA 4Q33A 4UXDA 3E12A 2X1SA 4HSNA 1J2WA 4O0KA 5AHEA 3ABRA 3IIXA 5EBUA 1K3UA 4DBEA 1DV7A 4FNPA 1DQXA 1O94A 1F6KA 4PC8A 4BI7A 3LBCA 4G1KA 4PL2A 2VEPA 4P61A 5DCBA 3O15A 4X2RA 1L6SA 2JGYA 3IIZA 2V30A 4JTIA 3SW6A 1FCQA 1H7OA 2E6AA 5AHIA 2E6FA 4C1KA 4XKYA 3NZ1A 3I7SA 4JTKA 2J88A 3P80A 3TV8A 3UPBA 1PCKA 4JIPA 3KX6A 3STGA 3FFSA 2W0UA 2ZBTA 2DZSA 2GUUA 4ZQRA 4K39A 4NXSA 3TW6A 2VELA 2YGYA 4A22A 2OCZA 1FQ0A 5FF0A 5AHNA 4HNTA 3NM3A 5C2XA 2Y89A 1W54A 3QW4B 5DCDA 4UTTC 3LHUA 4XKYB 1O4UA 4HT3A 3QF0A 4K7YA 3FS2A 3MI3A 3IGUA 3CPRA 3IVUA 3NL5A 2QKFA 2G95A 3W87A 2RFGA 1D9EA 1LRTA 3M0ZA 4OV9A 3GXTA 2DU2A 4E2DA 5C6MA 4ADSA 1G4PA 1OFPA 4KWVA 5TIMA 3M9YA 3NQ7A 3MMTA 4KWWA 3NYZA 4HNNA 2O7SA 3KVLA 1OFRA 4JTSA 2J27A 1Z41A 3TQVA 3GZ3A 5D2YA 3EWYA 4JDBA 1SFLA 4FNSA 4TMBA 3QYQA 1EB3A 5CZ0A 5K7JA 4UFMA 5CG7A 3F1QA 1JUEA 2Y85A 3UWYA 3CU2A 2C18A 4JX4A 2GQAA 4M19A 4MKNA 2WSQA 1M5WA 1SZFA 4QNEA 1Z48A 3VE9A 3S1WA 3GAYA 3ABOA 3W7GA 3RK8A 2GOUA 5G5IA 1TCDA 1YPFA 3LCXA 1SUXA 3PVFA 4CQAA 1XBVA 2R91A 4Y6GA 2ZZ7A 1W8SA 2GQ8A 5CGQA 3OBKA 4RZ6A 2GVGA 1SO6A 4RXGA 4H4IA 3B05A 1VYPX 3B4UA 2DZWA 1J4EA 2DJXA 1EEPA 3LXCA 3M5VA 4O19A 2H6RA 5HUPA 3G0XA 4CCEA 5LNUA 2YPIA 3G22A 4FXSA 1JQVA 2C14A 3KVMA 3BG5A 3L5LA 4ZQCA 2QCGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1GEQA

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