1KFBA

Crystal structure of alphat183v mutant of tryptophan synthase from salmonella typhimurium with indole glycerol phosphate
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
268
structure length
255
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the Role of alphaTHR183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 98
structure length 255
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2001-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kfbA00
4YCPA 1PHWA 1JQVA 3N9RA 3W84A 3HG2A 1NF7A 4XBSA 2Y88A 4IPIA 5I3JA 3WK2A 2Z0IA 1SW7A 2BSLA 5G2WA 4RLIA 2H6RA 4ADTA 1SZGA 1F76A 1TQXA 2EGZA 3TSMA 3D0CA 3LCGA 4NXKA 3P8IA 4FX6M 1OG0A 5LKYA 3PWAA 3EX2A 4O12A 3KRUA 1GYLA 3FOKA 3S5ZA 3Q58A 2VOMA 4L4MA 4KWWA 5HJLA 3W2LA 3MP5A 4Q32A 4DBDA 3CTLA 1UBSA 4NZJA 3FS2A 1LRQA 5F1VA 3MYPA 1GG0A 2VEPA 2QAPA 1UUMA 2BX7A 1CI1A 1WV2A 2E6AA 4HIBA 4LOCA 1H5YA 2YFNA 1IF2A 1OF6A 4I7UA 1DOSA 1SFLA 2A6LA 2E6FA 2YX0A 4UFHA 4PC8A 5LGXA 3MWAA 3FJLA 1GPWA 1UJPA 1EWEA 2YGYA 1J5TA 3CIWA 3RF9A 3BK0A 1I2RA 5CPMA 1F74A 1ICQA 5T26A 1KM5A 1EA0A 3INPA 3M0ZA 4NNAA 4FNTA 3R2GA 3W3OA 4R33A 4KKXA 3LV6A 2G96A 3O6YX 3T4CA 1EIXA 1JUBA 1S5TA 3W1AA 3W83A 3M6YA 3G1SA 5L6UA 3C2VA 3KRZA 1H51A 4OV9A 3UD6A 1Q6QA 1D3HA 3PUDA 2B7OA 5CPNA 2GOUA 4QIUA 1YTKA 1G4EA 3PM6A 1FCQA 1SSDA 3DFNA 4Y9AA 4RR4A 1UCWA 3NQVA 3QSTA 5EKYA 1ML1A 3BG9A 4JNMA 2AQWA 3QPYA 3F4NA 2NUWA 5F2GA 2WOQA 3BVJA 1GJPA 3W7DA 4B5NA 4M5PA 4JTJA 3PSVA 2PRMA 3TJLA 1SW0A 5IBXC 4PEKA 5DLCA 1SO5A 4RKAA 3NQFA 3S6DA 4K8EA 1VJIA 3LI0A 4LS0A 4Y8FA 5F4WA 4KFOA 2TRSA 1TV7A 4EF8A 3W1MA 1OYBA 4LS1A 4IGHA 2ZRWA 1VQTA 2DZTA 3TMLA 4O1AA 3W2NA 3VKJA 1IGSA 2QJHA 3TSBA 1WAUA 3WK1A 3P84A 3L9CA 1F6KA 4OWGA 1VR6A 2R14A 3CHVA 1HO4A 5LNUA 4Q4KA 1HL2A 3HMJG 4YLWA 3TR2A 4FNQA 3NR0A 1GTHA 2ZA2A 3OVRA 4JDYA 3ELFA 4IWWA 1B4EA 1K8ZA 3I7QA 4XUGA 1G7VA 1I8JA 3ATYA 3LTYA 3NQ6A 3BGJA 1GYNA 3NG3A 3G0UA 5EA9A 4UMAA 3N34A 5CSRA 1BKSA 3FLUA 4O1CA 5CG7A 4AWTA 1TJRA 2QUVA 4TX9A 5G4EA 5LNSA 3DI1A 5DXXA 1SQ7A 3H55A 3W2MA 4DPPA 2J9ZA 4WXZA 1DJNA 5G2HA 2E6DA 4JX6A 2F84A 5AHLA 3HPSA 1QWGA 4LTSA 2ZTKA 3NZRA 3SZ8A 1H7NA 5CPOA 3IIXA 4HNUA 3C61A 4AVFA 4HPXA 4WXYA 4TO8A 2YPIA 3P80A 3SR7A 3VE7A 3HB9A 3G1HA 5AYYA 3E02A 3O06A 3IVUA 2VKZG 3G3DA 1E51A 5D38A 4JYEA 4LUJA 3W7CA 2GQ8A 5K7JA 3FIGA 4Z1AA 1TO3A 2VEMA 3SIZA 1HTIA 4RXFA 1JUKA 4DEFA 3DAQA 2J9YA 1LYXA 1OFDA 3LTSA 1VHNA 1X8FA 3AO0A 3PSWA 5EY5A 4HPJA 5BOOA 5FEWA 3BG5A 5DCBA 1Q45A 4O52A 3MBFA 1FWRA 4IOTA 1F73A 3NPVA 1QOPA 4MJZA 4MY9A 2ZRVA 4AF0B 2BXVA 4MVAA 1BEUA 4GUFA 2QCFA 5BNKA 3DZ1A 1R30A 1NF0A 1K7FA 3E49A 1NEYA 1F05A 3KVLA 1I2OA 3GKFA 2B4GA 3B05A 4N2YA 3DFSA 2YXGA 3W1LA 1TRIA 1X1ZA 5KZDA 3LXAA 2Y7EA 3A24A 3EKZA 2QCDB 3DBPA 1JCXA 3GR7A 1LDCA 3I6RA 1KM0A 1VZWA 3LX9A 1YPFA 4LV4A 1PHQA 3EX4A 1W5PA 3LM7A 5G4WA 3NQCA 1ZY9A 1ONRA 2H8XA 2ZFAA 1P1XA 4K36A 1K8YA 4UFKA 2WSRA 3PY2A 3UWYA 4JXCA 3TA6A 3G1DA 5L9FA 4K38A 4QNEA 1C9DA 3M5VA 1TCDA 1VGAA 1IXPA 4GXMA 4JN6A 3FA5A 2E5DA 2CZDA 4H6KA 1K02A 1XM3A 3VCRA 4CCEA 1G4PA 3IIVA 3W7RA 5C5YA 4MIMA 3OG3A 5IBXA 3W1UA 5HWMA 4NNCA 2RFGA 4I7WA 4UTMA 1R2SA 3E9AA 3RLUA 1XDLA 1N8FA 3FFSA 2RKXA 3IGXA 3NQ2A 3LCLA 3CWNA 3W2JA 4LVBA 5FI8A 1JCLA 1K7XA 1G6CA 2ZZ1A 5DCEA 1KFKA 1EUNA 1L6WA 2DZPA 1OK6A 2OX1A 2X2GA 3TW7A 3FKRA 2ISWA 3GDLA 4QSHA 2EPHA 1GG1A 3N19B 2NX3A 1GVSA 3HGSA 3IIPA 2C0AA 3IEBA 3NQAA 1LRNA 5H2ZA 1PL9A 3KX6A 3LLFA 3A22A 2NXIA 4LWWA 4DQWA 1F5ZA 3C2FA 3IVSA 4CNPA 5FEZA 2ZYFA 1MO0A 2J24A 2CLOA 4C1KA 4UNLA 1ICSA 1QMLA 5CZJA 4MOZA 2ATMA 4O8RA 2C19A 3PVFA 5U7SA 1KM6A 3GB6A 4WOQA 4K39A 1OFBA 4NX0A 2H3DA 1KW1A 4BI7A 2DJXA 1AW1A 3W7PA 5D03A 3C8FA 4JYDA 1VYSX 2JGQA 1XBZA 2QAFA 1WDWA 1RPXA 5D32A 4QQ3A 4FX7A 2OMAA 2GVGA 2OJPA 1GVRA 3U6WA 4ZVJA 4HKPA 1KFCA 5HUPA 4UFIA 3UWQA 1T96A 4N9BA 4PTNA 1XUUA 1F7BA 1OHLA 2FQIA 4KFNA 3TV8A 1MEWA 3M16A 3PG9A 1OJXA 3TUUA 1KM1A 4UFJA 5DXYA 3W07A 1YYAA 1GT8A 5F4XA 1GOXA 4CQAA 3UWUA 4ORIA 3LRMA 4E2DA 5LSMA 5C2XA 2A7RA 1KLYA 3G24A 4NQ1A 2OCZA 2JKPA 2E5CA 2H8ZA 4U28A 4L4LA 1F2JA 3PR2A 1JCJA 3BO9A 1FQ0A 4MKNA 2PURA 2NXHA 5GVJA 4O0KA 1LORA 3GXTA 1AW2A 4MLRA 2QR6A 2P0OA 2YW4A 2VC6A 3PB2A 1VRDA 4Z0SA 2Y61A 3KHJA 4AEOA 3H53A 2ZZ7A 4CNNA 5KINA 1QAPA 2JKEA 4R53A 1R47A 3OBKA 5DBUA 4FNPA 2ZQ0A 1OX6A 4IX0A 5ABTA 1FXQA 3EWUA 4NT0A 3WJXA 3NL3A 3NL5A 2A85A 4FIRA 3GDTA 3GAYA 1RR2A 2X1SA 4CLMA 1IXOA 4WD0A 4D2JA 3TXVA 2VELA 1QO2A 3K30A 1L6SA 3L0GA 3GIYA 5AHMA 3O07A 2Q3RA 5E93A 4UUIA 1TPWA 4Y90A 1OFOA 2WNZA 4ORMA 1KTBA 2RHGA 3NOEA 4ZQRA 3NA8A 1OF8A 1I2PA 4JYFA 5AHNA 2VXNA 3UXAA 2QCNA 1KTCA 3HGOA 2C18A 3YPIA 3O1NA 5K2ZA 3NGJA 3T40A 4NNBA 1WOAA 4PFMA 2I9EA 3BLIA 4JX4A 3UWZA 2PCQA 3HOJA 5AHIA 1TMHA 2ZZ4A 4R34A 5AC7A 4O17A 4LW7A 1DBTA 3DFOA 1W5OA 2C13A 1OFEA 1XXXA 2E1DA 1TTQA 3CC1A 2BTMA 4M7TA 7TIMA 3MJYA 4FO4A 2TMDA 3LLDA 4TIMA 2J9XA 1OFQA 3HGJA 3TJXA 3GDKA 4S2CA 1H63A 3NYZA 3M47A 2WJZA 4DO6A 1VPXA 1JRBA 3UWVA 2OZ0A 2E6YA 4JTHA 5I3HA 2EHHA 2I14A 3TKFA 3MP4A 2VEIA 2Y6ZA 1M7OA 4AWUA 4HNTA 1ALDA 3QRHA 3FYOA 4LS2A 1YXYA 2WKJA 2E77A 4A2RA 4TMCA 3LHUA 1W1ZA 1XKYA 2EF9A 3IRDA 3O6CA 4XQ6A 3RK8A 1B57A 1FDYA 1EWDA 3ZWTA 1MSSA 1EP1A 3TMQA 1A5BA 4N4PA 2HS8A 2Z6JA 3EB2A 1A5SA 1WOBA 3T7VA 5I3GA 4GE8A 3KAOA 3RMJA 2H90A 4E38A 3TNOA 3P60A 5KITA 5AFDA 1QNVA 2R8WA 4QJ1A 1NSJA 3E96A 4WOZA 3AJXA 3G0SA 4BR1A 3DFPA 1PIIA 3S1UA 1GQNA 3MMTA 1KFEA 5HR7A 1ZFJA 4O1DA 4AHPA 1W54A 1KLZA 2Y62A 3HG3A 4LVDA 1M5WA 3Q2DA 5KZEA 1KA9F 3LRLA 3HQ1A 2V5BA 3HPXA 3WFAA 4AWSA 5DBTA 1V7YA 4MZ1A 4UMCA 2YCEA 4QITA 5F4SA 3S1XA 1C29A 3NEVA 3IGUA 3A21A 3QC3A 3LHWA 3IVTA 4O4VA 4WY0A 1MEIA 3GXNA 3TSDA 3SGZA 5AYXA 4JTUA 3C4UA 1G7UA 5TBOA 1H1ZA 5D02A 3W70A 1RV8A 4GC4A 4JS3A 2V5LA 4O10A 5A5WA 4WUIA 2CW6A 4EF9A 4GJ1A 4O16A 3CIXA 4O4WA 3W87A 1DORA 3EWYA 1XI3A 3WJWA 1X6UA 1LOQA 2OT1A 4DBEA 2ZRYA 2X1TA 4MFDA 3W23A 3WJZA 4HN4A 2CZFA 3TC6A 4DXVA 4I7VA 2X16A 2R94A 4AH7A 3W7JA 1SO3A 5D04C 2W0UA 3S5NA 3G18A 1UASA 3L68A 1TV5A 3HF3A 5U4NA 3NPWA 5HNRA 5FESA 3TQKA 3BLEA 4IUOA 2B7NA 2DORA 1H62A 3PUOA 4ZQCA 4AHOA 4DELA 1PCWA 3LERA 4UTWC 3SJ3A 1DQWA 5E0KA 3DKJA 2QJGA 1P0NA 1OYAA 5DY2A 1A53A 5LNWA 1TPB1 4ZQMA 2DU2A 2QEZA 4DO4A 5FF4A 3G3MA 3W1RA 3CB8A 4WQ6A 1RZMA 3MHGA 4RZ4A 2YSWA 3DGRA 4LY8A 4GFSA 1JR1A 3EWWA 1O5KA 5FF0A 4JTEA 1XBYA 2QCLA 2TSYA 5F2IA 4IMFA 5AYZA 1GVFA 1SZEA 1WBHA 1SPQA 3QW4B 4FXRA 3MI6A 4NX5A 3A5VA 1QPQA 3SFKA 3EKLA 2GQ9A 3W72A 2RDUA 4BF9A 3FEMA 3HPZA 1XBVA 5K9CA 1OK4A 3O63A 1FCBA 2WQPA 1H7PA 2C16A 4AHQA 3CT7A 2GQAA 1TPC1 5HQEA 1MEHA 3LBCA 5CKSA 3SGUA 3TDFA 3EXSA 4LVFA 3EWZA 3CPRA 1SO4A 3JR2A 2QKFA 4MZYA 5HINA 2PRHA 2GJLA 3NPUA 1PVNA 3HG4A 3C3NA 4FX8A 3MW7A 3M41A 4FNUA 4NJJA 1ME9A 3BG3A 1PS9A 4ICNA 2C3ZA 1GTEA 3M1ZA 2HTMA 1LTDA 3S0CA 2O7SA 2FIQA 4FNSA 4ALDA 1MXSA 1JQXA 3UQNA 3L0KA 3LHVA 1XDMA 4GRSA 1S3HA 1DQXA 1B4KA 4UR8A 1L9WA 1FCVA 1PE1A 5KMYA 4A21A 2A21A 3H54A 3TFXA 3I7SA 3P7YA 3G8EA 1OVDA 4IX2A 3PC0A 1O94A 4XKYB 4QNWA 3W2KA 3VNDA 4JTFA 2WO5A 3C56A 2ZRUA 3EX3A 1W5MA 1Z44A 1AL8A 3GAKA 3TFCA 3S42A 1G67A 3SW6A 4AMAA 1O95A 1K8XA 5K9XA 3N2MA 3LRKA 3GLCA 2WSQA 3L21A 4XTIA 3GZ3A 3QW3A 3N3MA 2J6XA 3QM3A 2A2IA 1WXJA 4G1KA 1YXDA 1LZOA 1ZENA 1W3TA 5KSWA 2ISVA 1AW5A 2CLIA 3SECA 2ZA1A 5D2TA 4UTHA 3CQ0A 3L0NA 1KV8A 2XFWA 2ZA3A 4C1LA 3B4UA 5BW6A 3DFTA 1VCFA 1TPDA 2YFOA 3DENA 4PODA 2GPTA 1QPOA 1CX9A 3BARA 1KFLA 8TIMA 4X22A 4HNNA 1QOQA 4YMZA 1OFRA 1V5XA 4EIVA 1TPH1 3EXTA 3G1AA 3P8JA 4IMEA 3TCEA 1ICPA 3CM4A 3BV4A 3W7GA 3OEXA 2CZEA 3STEA 1EP2A 3R89A 1GEQA 3THAA 3BGGA 3MI2A 3QF0A 2A4AA 3QMSA 3M43A 5HMSA 2A5HA 4FHAA 4NJGA 3W76A 1HO1A 4UTWA 3TIMA 4Z1BA 3UPWA 3MHUA 1PV8A 4O1BA 1L2UA 3GK0A 4UTIA 1EEPA 2X30A 5AB3A 1FUYA 1SZNA 3UYCA 2VENA 1JRCA 2Q8ZA 1DL3A 4JTKA 1ZAJA 2PRLA 2ZZ3A 2C14A 3MHFA 3L65A 3NXFA 2V2HA 3WK0A 2C6QA 3LBMA 4WJEA 1B9BA 4LC6A 1XUZA 1WA3A 2GVJA 2VEKA 4JX5A 4NJIA 5D09A 1S5WA 3EX6A 1TTPA 6TIMA 1QPRA 3W7KA 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 2DP3 A;  1UB3 A;  1S5V A;  4IQL A;  5FF2 A;  1KM3 A;  5AHE A;  3TRO A;  5EBU A;  4MYX A;  1TTI A;  3HIJ A;  3A23 A;  3RFA A;  4K8H A;  1FWN A;  3C2R A;  3DU0 A;  3RLV A;  3GX9 A;  1RVG A;  3EWB X;  4O18 A;  4U4M A;  3M44 A;  3W86 A;  4N6E A;  2NXG A;  3STG A;  1JCY A;  3B03 A;  2P1F A;  2NWR A;  4ADU A;  2Q8L A;  2G97 A;  3LCI A;  1QFE A;  3KVK A;  3PF3 A;  4TR9 A;  5SWU A;  5C54 A;  5G1T A;  3UXD A;  3UZJ A;  1HG3 A;  3M5Z A;  3N2X A;  4MY8 A;  1K3U A;  3P67 A;  3GND A;  3QPZ A;  3GNN A;  1W37 A;  4NXS A;  1TPE A;  2RDW A;  5AC6 A;  4NU7 A;  2XN1 A;  1OX5 A;  3GVG A;  5KTL A;  3EWX A;  1FDJ A;  3E12 A;  3T78 A;  1TIM A;  5LGZ A;  2YDA A;  4XWU A;  3TXZ A;  3PBY A;  1FXP A;  4IMG A;  5LNR A;  1KFB A;  4IPJ A;  1WYI A;  2P10 A;  3I7R A;  3SSJ A;  4FXS A;  2AGK A;  4FIQ A;  1FY6 A;  1W31 A;  5CSS A;  1H60 A;  3W88 A;  5AOU A;  3L5M A;  2V0T A;  4ONV A;  4LT9 A;  2VFE A;  2ZCG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JQV A;  1U1H A;  2WAG A;  3W84 A;  3N2T A;  4XBS A;  2FH8 A;  1R3T A;  2X7W A;  3WEM A;  4AZ5 A;  2BSL A;  3VIH A;  4LUY A;  4RLI A;  5G2W A;  1D7F A;  3VIO A;  4XZI A;  4OUI A;  4K8G A;  3D0C A;  2E9M A;  2WLY A;  3WDQ A;  3BSG A;  5LKY A;  3PWA A;  4O12 A;  3RRA A;  3VC5 A;  4NAS A;  1GYL A;  4QBX A;  1E72 M;  2NSO A;  1NDZ A;  4KWW A;  1X38 A;  5HJL A;  3MP5 A;  2W27 A;  3B9A A;  5I07 A;  2QAP A;  2BX7 A;  1MYR A;  4PE8 A;  3FA4 A;  3VU2 A;  3BAK A;  2XH7 A;  1E6N A;  1WV2 A;  4QLJ A;  2NQJ A;  1EIB A;  3GHT A;  2YFN A;  2J7C A;  1EC9 A;  1IF2 A;  4QLK A;  1OF6 A;  1BPL B;  3ZJK A;  2HXU A;  2J13 A;  2YX0 A;  3LGD A;  4R85 A;  3FJL A;  3LGG A;  5CLW A;  5DMM A;  4MSS A;  4Q8V A;  1YE6 A;  1J5T A;  2G8Z A;  4ERI A;  3ART A;  3H70 A;  3QKZ A;  3RF9 A;  3AHY A;  1I2R A;  2G3N A;  1F74 A;  1ICQ A;  4IIE A;  1GYM A;  4J27 A;  3M0Z A;  4NNA A;  3R2G A;  3W3O A;  3MMU A;  2V5J A;  9CGT A;  2FH6 A;  4W7V A;  2PCE A;  3O6Y X;  3KLK A;  1XH1 A;  3UES A;  1LJY A;  4EPB C;  3F2D A;  3FYY A;  3M6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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