1KFCA

Crystal structure of alphat183v mutant of tryptophan synthase from salmonella typhimurium with indole propanol phosphate
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
268
structure length
254
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the Role of AlphaTHR183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 97
structure length 254
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2001-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kfcA00
1OFBA 2RH9A 1RPXA 5L6UA 3EWUA 2QCCA 3PVFA 5J5RA 3W84A 5TQLA 3EX2A 1YXDA 5CGQA 2NXGA 3LLDA 4LRTA 3RLVA 2C13A 3L68A 3TSBA 4BWLC 5HJLA 1XXXA 3QSRA 3QW3A 2Y70A 1K03A 5D03A 4LV9A 2AQWA 2DZVA 3O6CA 3FYPA 3MP5A 1SPQA 1TRDA 3W6YA 1FXPA 1LYXA 3TU9A 4LS2A 4Q4KA 3LHTA 3EWXA 1ME9A 5LNWA 4RXGA 1EPXA 1SSDA 3GDLA 4DF2A 1ML1A 2ZYFA 4S1FA 3L0KA 4ORIA 3TFXA 4XKYB 1EP3A 1O5KA 1SO3A 5DBTA 3U6WA 1W5NA 3ATZA 2C6QA 3G3MA 1SW0A 5CSSA 4LU0A 1WYIA 4QJ1A 3UWWA 1TSIA 3TAOA 4UR7A 4MFEA 2TSYA 2YSWA 1FWSA 1I4NA 3TK7A 5K3VA 4O1CA 3EX3A 4N4PA 2NWSA 5I3FA 5CKSA 2P0OA 4M5PA 2ZZ6A 4RK8A 3CQ0A 3HJZA 1PVNA 4WQ6A 1UJPA 1Z48A 5EPDA 2JGQA 4PCFA 1WA3A 3QW4B 2QUVA 3SSJA 3IIZA 2FB2A 3H55A 4WY0F 1LBMA 1X8FA 2A7RA 4JD4A 4XWUA 5LKYA 3C2EA 3GR7A 4FHAA 4ZQPA 1KM4A 4TMCA 5F2GA 1Z41A 2VEMA 1GVFA 1KV5A 1KBJA 1VPXA 4WXYA 2WQPA 3QYQA 4LNYA 1I2OA 1F76A 1NF0A 1FCVA 3NQCA 3G1AA 3S1XA 2QCGA 3R5EA 5AHIA 1H61A 1IXNA 3G8EA 3L9CA 4K38A 2I1OA 3LM7A 1IGSA 4QNWA 4GRSA 3TE9A 1A50A 2V81A 3W9ZA 5FF2A 3OIXA 3NL6A 1QR7A 1LRTA 4M7SA 5KZEA 3VI2A 3LCIA 4JDYA 4NJJA 3HO8A 2A2IA 4C1KA 2Z0IA 4JIQA 2AGKA 1AW1A 4UFHA 3NR0A 2I9EA 2Y89A 1WDWA 1OFDA 4HNTA 3LV5A 5H91A 4AEOA 3VFLA 2H90A 1GPWA 1YDNA 3UWUA 2NWRA 3W2NA 1E51A 4MY8A 4A2SA 3M5VA 2YR1A 2PRLA 3L67A 3CU2A 3W1QA 3O07A 3UNDA 4DPPA 1ZCOA 4QAIA 2RHGA 4UTIA 2YZRA 3L0NA 4D2JA 1R46A 3EX4A 3GDRA 1QPNA 4Y8FA 4BK9A 4RV8A 4A22A 3TMLA 1LOQA 4JGDA 1W5PA 3W3OA 3LCLA 2ZRXA 3P74A 3CEPA 1WOBA 1TTJA 3QZEA 1TJRA 1GQNA 3ABOA 2A1YA 5BOOA 1B57A 5DY3A 3TXVA 2ZFAA 3NGJA 1EA0A 3NL5A 2WNQA 1HTIA 1X6UA 4JICA 2XN1A 3C3NA 3E0IA 3WJYA 1JR1A 2QCDA 1H7OA 4YLWA 3QRHA 3SR7A 3PBWA 5E0KA 4ALDA 1SFLA 3LCGA 5DXYA 1QCWA 2RFGA 5IBXA 5HINA 1YTEA 1GYLA 5AYYA 3OVRA 1W56A 1JULA 1OX5A 3CHVA 3I68A 5A8GA 3OBKA 3PG9A 3EWWA 2OX1A 4K36A 3BLFA 5LGXA 1VHCA 5SWUA 3MI2A 4MZ8A 4IQLA 3W7EA 4O1BA 1MO0A 3PY2A 4J9JA 4IWWA 4QM1A 3CT7A 4I7VA 2E6AA 2ZQ0A 3P67A 1A5BA 3IIXA 3STGA 4UMAA 3LTSA 5LNVA 3CPRA 1P0KA 1FDJA 1U83A 1AL8A 1LORA 3DENA 5FESA 1TPDA 2YYTA 3AJXA 3TC7A 1T99A 3SFKA 4UC5A 1LDCA 2PE4A 4JY8A 3W7GA 4Q33A 4N6FA 4JTIA 4LUIA 1EWEA 1KFCA 1C8VA 3EEGA 2J27A 4NNAA 4TX9A 4JTSA 1G4EA 3W1RA 4NJGA 3W1NA 3W86A 2QUTA 3B03A 1KFLA 1GYNA 2CZ5A 3LCXA 3B06A 3JS3A 4O50A 4O10A 4X9SA 2GJNA 1ZY9A 1KLZA 4NJHA 1RQBA 4O11A 3W7IA 5CZ0A 2ZA1A 4IGHA 3DHDA 3OVPA 1KM5A 4ZL1A 2NXHA 2JKAA 1XBYA 4AAJA 1QPQA 3DI1A 1DORA 1WAUA 5KSWA 4N02A 1FDZA 4MIMA 3PBVA 3HMJG 1XBXA 2HSAA 1C9DA 4Y9AA 2QR6A 3CTLA 3P8IA 2Q8LA 4CQ9A 1GTHA 6ALDA 2NUYA 3EX1A 3PBYA 4FEZA 1RV8A 3G1SA 1T96A 1TPWA 2E5CA 2ATMA 2QKFA 3DHFA 4MYAA 2JGYA 1IF2A 5HWNA 3HPXA 1ALDA 4WUIA 3QQ1A 3KRZA 2QJGA 1QO2A 1BWLA 4GE8A 5FF3A 5K4XA 1HL2A 3O06A 4UFMA 3A21A 1OABA 4QISA 4JNMA 1M7PA 2E6DA 2VELA 4AF0B 4UTTC 4BWLA 2G96A 1VRDA 3GIYA 2C19A 2ZRYA 4W9TA 3UXDA 2NX3A 4RJEA 3WK3A 4O12A 1G4PA 1SO6A 1OVDA 3F03K 2DZXA 3L65A 3W7MA 5D09A 1KM0A 3LTPA 3S42A 1I2RA 2Y61A 1NEYA 4IX2A 3W1UA 4HNVA 2TMDA 2Y7GA 3BVJA 3E02A 4N9EA 5L9FA 2J9ZA 1ZJIA 1H7PA 4LVBA 3USBA 3SGUA 3LHVA 4LC6A 2OJPA 3BLIA 3PM6A 2VEKA 4YCPA 1EUNA 1L9WA 4GUJA 3TMQA 3NQGA 5FI8A 3P5ZA 2YFOA 4UTMA 1LTDA 1R2RA 1H62A 1T8XA 1Q45A 3W7DA 3NVTA 2E68A 3T44A 3KVMA 4UNLA 1HG3A 3SIZA 1OX4B 2GPTA 3VNDA 4ADUA 1TCDA 3DU0A 3CWNA 1GVOA 3W7LA 5U4NA 1JRCA 2RKXA 1RD5A 1W3NA 4H3DA 3BPWA 4ORMA 4E2DA 1JQVA 3DFNA 1A5AA 1KTNA 3W73A 2NX9A 4EF8A 4XTDA 3E9AA 3V1PA 5CZSA 2DU2A 5CZTA 4HNUA 3STEA 5DBUA 4HIBA 2QJIA 1Z44A 4FXSA 1D3HA 1RQHA 3S1UA 3RF9A 1LBLA 3UWVA 3Q37A 4JX5A 2B7QA 4JXCA 3LHZA 1W5MA 1R30A 3NYZA 4LS0A 4JTLA 3BO9A 4Z08A 3RMJA 1PE1A 3GDTA 4HT3A 4WD0A 4XQ6A 2FIQA 3NOEA 2PRMA 3NPXA 4NU7A 4YWIA 4OU1A 5AFDA 1QFEA 4O28A 1V7YA 2W0UA 3QH2A 3SJ3A 3A5VA 3TV8A 3ANYA 4DBEA 3GLCA 2Q3OA 1NVMA 4GFSA 3NG3A 5D2YA 4NZJA 3UWYA 4YXGA 3BGJA 1YXYA 3WJXA 3RU6A 1H5YA 2CLIA 1G69A 4CNOA 3W75A 3W7OA 3GKAA 4BF9A 5HWMA 1O5XA 3G18A 1AW5A 4NNBA 1L6WA 1LROA 3C56A 4GWEA 1XBVA 4X2RA 1G4TA 4LRSA 1GG0A 4UTUA 1HFBA 4LVDA 3M41A 1EP1A 1PIIA 5CPMA 2BLEA 4JS3A 1XUZA 2X16A 4NZFA 6TIMA 1GOXA 2B7OA 1GVRA 1TO3A 2LLEA 3A5FA 1LOSA 4C1LA 4MZYA 3S0CA 2YCEA 4AHPA 1OFOA 2DZWA 3TSMA 4CCDA 3LI1A 4DO6A 5EBUA 1G67A 2QCMA 3D0CA 4IPIA 1RQEA 2V82A 3LGEA 2ISSA 2BZNA 2Y6ZA 1VC4A 4TR9A 4O57A 5K9DA 4AB4A 3S1WA 1LOLA 2WV8A 1P1XA 1VH7A 1GG1A 1Y0EA 1JQXA 3NNTA 4K7VA 3PUDA 3B8DA 3W7HA 1FQ0A 2A6LA 4UTHA 2EHHA 3PULA 1I2QA 1JJKA 1YDVA 4XUGA 1VQTA 1VLWA 1TQXA 5DY2A 1SR9A 5HNRA 2TYSA 3CEUA 1YLVA 3WJWA 1U5JA 1YPIA 3B0PA 2GOUA 2J9YA 3PAJA 3ZWSA 3ZFHA 1YPFA 2FB3A 5HR6A 3OA3A 4E2BA 3W1XA 2ABAA 3P81A 4RR4A 1JCNA 3LBCA 1F73A 1UUOA 4JTFA 2YW3A 4MJMA 3KAOA 2NV2A 4O1DA 4A29A 3EWYA 3N34A 1XCFA 4UXDA 2B7PA 3TAKA 1P0NA 3M5YA 4YL2A 2Q8ZA 4N9BA 3EKZA 3LXCA 4NNCA 4H6KA 1H63A 1B4EA 3TJLA 2R94A 4FIRA 4WY0B 3CM4A 3U2OA 3FIGA 1TPFA 4WXZA 2C0AA 4CCEA 4QIUA 3W71A 1G6CA 5G1TA 3UWZA 1JCXA 2A7NA 5FEPA 2ZCGA 3MMTA 4JR5A 5I3JA 1IXQA 3EX6A 2H6RA 1YADA 3G22A 3W85A 4QITA 5F4SA 4XKYA 4DELA 3KVLA 3NQMA 1J5TA 5K9XA 3PF3A 1N55A 5CG7A 3UD6A 4FB7A 4AWSA 3M16A 4LC8A 1SUXA 1S5WA 3TXZA 3IVSA 1DOSA 4UTLA 1OF8A 2V5LA 3W2JA 3A23A 4MUZA 2WJZA 3W2LA 4S2BA 1TTIA 3L5LA 3I7SA 5DN1A 1X1OA 3QQ0A 3P5YA 5CPNA 5BRBA 4UTWA 3Q2DA 1PCWA 1W3TA 4FNSA 3PB2A 2XN2A 5FF0A 1H60A 4ZVJA 3QM3A 3V75A 3ZWTA 4DEFA 3GXPA 4JTHA 3B05A 4LV4A 5LGZA 2OZ0A 3W23A 3EWBX 5CPOA 4A21A 3G1YA 5A5WA 1K7XA 3GYEA 1TMHA 3B04A 3N9RA 3G0SA 4NJKA 1ADOA 2V30A 1OFQA 3ABRA 3DKJA 3HG3A 4JYEA 2E5DA 2CFFA 3W2UA 3MO7A 2F84A 3DFPA 4ZQMA 2DZSA 1I8JA 3W83A 4UFIA 3UY8A 1GJPA 3PG8A 3K30A 3UWQA 2NLIA 5I3HA 2H3DA 3L2IA 4JX6A 4UR8A 3M5ZA 1TPVA 1F05A 3YPIA 4LUJA 2C15A 3MP4A 3CWOX 2Y88A 1IXPA 3QC3A 2YDAA 4JIPA 4G1KA 2QEZA 1EWDA 5LNUA 3B0VC 3O6YX 3TX9A 1DBTA 4ZMGA 2CLLA 5LNSA 2OCZA 2YGYA 3TFCA 3JRKA 4POCA 3O05A 5J5DA 3FLUA 2OT0A 3OHIA 5KZDA 4O52A 5LSMA 5DCDA 2ISWA 4M6VA 4KFNA 1OFEA 3G1HA 5AOUA 4M6PA 1SZFA 2QF7A 2CLKA 3IVTA 2JKEA 3MHGA 1H50A 4KWVA 5D33A 1OJXA 1OFRA 2G5WA 2VEIA 1QNVA 1ZAIA 4GC4A 2E5BA 4ZQCA 3NPWA 2ZA2A 4UCGA 2ALDA 4FNQA 3HGJA 4FNRA 1OYBA 1VYRA 5F1VA 2RDWA 3PBUA 1XFBA 1SW3A 1AMKA 1JRBA 1KTCA 3CB8A 4GUHA 2ZZ4A 4GJ1A 3A9IA 4IMCA 1QAPA 4MVAA 3LX9A 3C4UA 1FCBA 3IGSA 1LZOA 3HGOA 3L0GA 3NZ1A 1MEHA 1QWGA 1SSGA 2V8ZA 2WOQA 4PH6A 1YDOA 3DXIA 3INPA 4O8RA 3E12A 1TTPA 2F7FA 1RVGA 3HGSA 1H7XA 4IPJA 3LRMA 3MWAA 1ZENA 3TSDA 4AMAA 1B4KA 4N4QA 1YYAA 4LT9A 5HR7A 5AHFA 2H8XA 3NEVA 3TC6A 5DCBA 3LI0A 4OHQA 4XZ9A 2X1SA 2VFHA 2A7PA 3STCA 3SW6A 2QCNA 5HQEA 4OT7A 3C2RA 4HN4A 3SI9A 1IIGA 3R13A 1LCOA 1FX6A 4MPQA 1SZGA 4ADTA 3FOKA 2AAMA 5CZJA 3L5AA 1W5QA 1M5WA 3M47A 2A6NA 5FEWA 1VLIA 3BGGA 1FWTA 3LRKA 3MI3A 5LZLA 4FX7A 3RFAA 4DO5A 5CSRA 3KX6A 4ML9A 3W22A 2WNNA 3NPUA 4PC8A 3B0UX 3W7QA 4MZ1A 3LRLA 2HMCA 4PODA 4O54A 3IVUA 4WOQA 1KM2A 1R2SA 1JCLA 2FPYA 3I65A 3UZJA 3WK2A 1GZGA 4MFDA 4NX0A 4ONVA 2ATSA 1S3HA 1TV5A 1XL9A 3FYOA 2OT1A 3LLFA 4LVFA 2C14A 4OBTA 1A53A 5G2IA 2ZBTA 4ZQRA 5G1YA 4JY9A 3KOFA 1VYPX 4CNPA 3T55A 3THQA 5D2VA 4OGZA 2XN0A 3C8FA 1ZFJA 1OK4A 1VR6A 3PUOA 3FEMA 3P82A 4IMFA 4M6QA 3W2MA 4GNJA 4O17A 3MW7A 1SFJA 4OWGA 2YPIA 4HSOA 1DKWA 4KFPA 1WX0A 3DI0A 3HB9A 2R8WA 1VCFA 4AWUA 3PUEA 3LERA 3GNNA 1UBSA 1C29A 3GB6A 4GXMA 3O15A 2WSQA 3AO0A 1P5BA 2E6FA 1FCUA 4Z0JA 3TROA 2GUUA 1DQXA 1FDYA 3NDOA 4LWWA 1FY6A 1GVQA 2WNZA 3BG5A 3TH6A 1KV8A 2H8ZA 3N19B 5K7JA 1FXQA 2BTMA 3OVQA 3LXBA 4OQVA 4MLJA 3UXAA 4FO4A 1BTMA 5AHNA 3PSVA 3GR8A 1TQJA 4Y96A 2CLFA 4K7YA 5G4WA 5D2XA 3QPYA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWB A;  3DCP A;  2QUM A;  1JNE A;  3EPN A;  2QPX A;  1XH0 A;  3W84 A;  3EX2 A;  5LIW X;  1IZJ A;  1YXD A;  2EJ1 A;  4JTC A;  5CGQ A;  4ROQ A;  4Q8N A;  3RLV A;  2C13 A;  5JBF A;  1XXX A;  2FMO A;  3QW3 A;  1HJS A;  1U22 A;  4TX6 A;  1E6Q M;  3TTE A;  4IQE A;  1TRD A;  5AZ1 A;  1FXP A;  1LYX A;  4RE3 A;  1UZ1 A;  3LHT A;  2J7G A;  1ME9 A;  4RXG A;  1SSD A;  3TYU A;  3GYC A;  2OWC A;  4YTU A;  3R0D A;  1VFT A;  1ML1 A;  3HPF A;  4ORI A;  2Q6Z A;  3CZG A;  1K9T A;  1EL3 A;  3ATZ A;  2C6Q A;  2P0I A;  1PTG A;  2VC7 A;  3UR7 A;  4CEX C;  2INF A;  1TSI A;  1XIC A;  3TAO A;  3WYZ A;  2E0P A;  4UR7 A;  1VB9 A;  1I4N A;  1E9L A;  2IW0 A;  4V28 A;  3VNL A;  4N4P A;  4DJF D;  3CAV A;  5CKS A;  3ONC A;  4QQU A;  4WDU A;  3FHQ A;  2PDL A;  1AH0 A;  3SM0 A;  3WLH A;  5J04 A;  3TLQ A;  4M5P A;  1WZA A;  5I07 A;  5EPD A;  4DZA A;  4PCF A;  4DUO A;  1JPI A;  2C91 A;  1W9P A;  2QUV A;  3IIZ A;  4LBR A;  5CAK A;  1X8F A;  1W1Y A;  5LKY A;  3VTR A;  3M0H A;  4FHA A;  5BXR A;  3SQM A;  3POC A;  4NIR A;  4JPG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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