1KFKA

Crystal structure of tryptophan synthase from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
267
structure length
251
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the role of alphaThr183 in the allosteric regulation and catalytic mechanism of tryptophan synthase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus 94
structure length 251
sequence length 267
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2001-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kfkA00
4LUIA 1AG1O 3E02A 3OEXA 3PULA 1GQNA 1I2QA 2ISWA 2ZZ7A 3GKAA 3QMTA 3HO8A 4EF8A 1XBXA 3W72A 3I7SA 1X6UA 2ZBTA 4FXSA 1ADOA 5AC8A 3CT7A 4K39A 3TW6A 4ZMGA 1AK5A 3MP3A 4MOZA 5FESA 2J88A 1K02A 4A2SA 1TPFA 4I7WA 1E51A 5TIMA 4MYXA 3QSTA 1PE1A 5DCEA 3CC1A 3A5FA 5G1TA 3NR0A 4KFNA 1TIMA 1JQXA 2DP3A 4NJJA 4DO4A 2C16A 3QMSA 3A21A 2YCEA 5H91A 4LS1A 1V7YA 2LLEA 1QFEA 3BLEA 4PFMA 2QCGA 1KW1A 3LHUA 3M44A 1GG1A 1H1YA 1FWSA 5DY3A 4UNLA 4U4MA 5TBOA 3TW7A 3TAOA 2FLIA 3NL6A 1H51A 3FIGA 4IMEA 1OFEA 3NZ1A 3CIXA 3OG3A 3LCFA 2P10A 1WDWA 3UY7A 3W1PA 1H7RA 1K8ZA 3M1ZA 1Z42A 2BTMA 5I3GA 3FYPA 1CW2A 3W1XA 3ATYA 4EOUA 1WV2A 4TMCA 2J9ZA 4PC8A 1KM1A 3GAYA 4ONVA 3IVSA 2TMDA 4HNTA 2XFWA 1CI1A 2X1SA 3P8IA 1OJXA 4IQLA 5D2VA 1A5SA 4K36A 2Q3RA 3HMJG 1R2TA 1QPQA 3HIJA 6ALDA 4QIUA 1W5PA 5FF3A 3M0ZA 4LS2A 4JNMA 4JTTA 2QCNA 2X1UA 4CNNA 3S1XA 4JEQA 2ZZ4A 1W37A 4WXYA 1W5MA 2B0MA 1KTBA 4NNCA 4PL1A 3T4CA 1DL3A 4ORMA 2TRSA 1YXCA 2I1OA 4AMAA 2V82A 1TREA 3ABSA 4RV8A 1QOQA 2A0NA 4JD4A 3C2VA 3S1WA 4IMDA 2DJLA 3GXPA 1OF6A 2ZRUA 4CQ8A 3OIXA 1F74A 4A2RA 2Z0IA 4L4LA 3KOFA 3N34A 5CZSA 1P0KA 1EWDA 4GNJA 1PCKA 3TQ0A 3C0JA 1ML1A 1JCYA 3ZFHA 4KFPA 1EEPA 2ZRVA 4M7SA 3UXAA 4MY8A 1Q6QA 1W5NA 3A5VA 4IMGA 4QNEA 5K9CA 3A24A 1KBIA 3OVQA 2E5DA 1O60A 5AHIA 3MI3A 1LBFA 1KFBA 2OX1A 1YXYA 2X1RA 5AN7A 5LZLA 3JRKA 3W76A 3QC3A 2DZTA 1FXQA 3QZEA 3N19B 1FWTA 2VELA 2NZLA 3OHIA 4QM1A 4AHQA 3RLVA 3TIMA 4UTLA 2ZZ3A 2XN1A 5A8GA 4P61A 1G4TA 1O95A 3NQMA 3DU0A 1SO3A 3EEGA 3QM3A 3TMLA 4LVGA 1TRDA 1GVSA 3TSBA 3W1QA 1TPVA 3FFSA 4MVAA 3L0KA 1RVGA 2R91A 2EF9A 1EP1A 4MZYA 2XN2A 2NX1A 2BWGA 1OYAA 2ZQ0A 3O1NA 4E2DA 4NQ1A 3F03K 3BV4A 5CKSA 4O1BA 4WXZA 2YX0A 3BLFA 1H7PA 3INPA 1TSIA 5IM51 4ORIA 3W7LA 3IIOA 1UASA 1C9DA 5I3FA 2CZFA 4OBTA 4NT0A 2HTMA 3NVTA 1NF7A 2VEMA 2Y89A 3EXTA 5FF4A 2RDTA 4E0CA 5LHEA 3S5ZA 4FF7A 1JQVA 1I2RA 3T55A 5HWMA 1TTIA 5EY5A 3BG9A 4UTIA 4FNPA 1H60A 1K7FA 1SFJA 1TV8A 4JTHA 4CCEA 4QISA 3UWZA 3SJ3A 2QJHA 2P0OA 2ZZ5A 3S0CA 4LWWA 4NXKA 1VQTA 4DEFA 3JR2A 4JTEA 2ALDA 4PCFA 3TSMA 3EWBX 3O8AA 1FDJA 3CM4A 1TO3A 2A7RA 4UUIA 2A21A 3DFPA 5KITA 5AB3A 3B0VC 2V2DA 1LLZA 1AW2A 2Z1BA 1ICQA 3L5MA 1VCVA 4CNOA 3NNTA 3QFEA 4LVFA 1F6PA 2C3ZA 5DN1A 1HFBA 5AYYA 2O7SA 3DAQA 2ISVA 3LGEA 3C56A 1K8XA 4WY0A 2E6AA 2VFFA 5DY2A 2CLLA 2NLIA 1TYGA 4YLWA 3KX6A 2Y6ZA 2OMAA 2NUXA 3GVGA 1TPB1 2BX7A 3U8GA 2JK2A 4ZVJA 4LC8A 3NAVA 3PUOA 3TKFA 3C2EA 2YPIA 2G96A 5HWNA 1O5XA 5U7SA 4O53A 2HMCA 3WJWA 4UTWC 2VEIA 4N02A 4NVTA 2C6QA 1KFEA 3HG5A 4BFAA 1YADA 3NQ7A 4RR4A 1D9EA 3R5EA 3GB6A 4OE7A 1GZGA 1OX4A 5AHNA 5BMXA 3U2OA 4WUIA 3W71A 2ZRYA 3GXTA 3UWUA 3FJ6A 1RPXA 1H5YA 2A7PA 4O4WA 2BSLA 4N9DA 2YFNA 3VNDA 2J27A 3G1FA 4E38A 1GJPA 4Z1CA 4HPXA 2ZTJA 3S5NA 3GKFA 3OVRA 4O13A 4POCA 1SW0A 4GE8A 2E6DA 3QF0A 2CU0A 2FPYA 1XL9A 2Y7DA 1O94A 2V9DA 2EAWA 4DPPA 2RHGA 1CX9A 3OVPA 3SSJA 1LORA 2HS6A 4A29A 3NQEA 1XCFA 4DF0A 1AW5A 4O50A 1RD5A 2A4AA 2Y88A 2CW6A 1TPC1 5G4EA 1TQJA 4LS0A 5G2HA 4HT3A 1XBYA 1GG0A 1H7WA 3DGRA 1B9BA 3P82A 2YGYA 4WY0B 2JKEA 1M7PA 1IIHA 1DQWA 2WJZA 4O1DA 1QO2A 1EPXA 3GDMA 1BTMA 3KRZA 2JGQA 2AQWA 3HPXA 2F84A 4GRSA 5G2IA 2PE4A 3HPSA 3P60A 3PUEA 5EYWA 1VHNA 4ALDA 2DJXA 4I7UA 4HKPA 1IIGA 3W7CA 5CSSA 1XUZA 2VFDA 4IUOA 5AHLA 2QEZA 1UCWA 3LCWA 1WOBA 4XKYA 4O4VA 4CCCA 1OX4B 1ZNNA 1JJKA 1JUBA 1Z41A 1ICSA 4NZFA 5H2ZA 3BW2A 4N4QA 1S5VA 3NM3A 4UR8A 3LX9A 4U28A 4E2BA 4R53A 4ZQNA 3W86A 4O17A 3GYEA 3TAKA 3PB0A 1IF2A 2WSYA 3GDLA 4Y90A 1JVNA 1DVJA 3WJXA 2NXGA 3PBYA 4HSNA 4KWWA 4NUWA 6TIMA 3W2JA 1P4CA 2E77A 3NL2A 2DZSA 5DELA 2H3BA 4I9AA 2GJNA 2Y70A 3SR7A 1O4UA 3CIWA 3IIPA 2CLIA 3VE9A 1ME8A 2QUTA 2ZA3A 1YXDA 5AYZA 3EKZA 5CZJA 1YPIA 1W31A 2GQ9A 5DBTA 4D2JA 4UFIA 3W23A 3BG3A 1SW3A 3GR7A 4UFHA 5HWJA 1VGAA 3TFXA 2DZXA 4MZ1A 4CNPA 4Y8FA 1Z44A 2VC6A 1I8JA 1SFLA 3DI1A 4NX5A 1FX6A 3TJXA 1FQ0A 3G8EA 3L0GA 4UTHA 3P62A 5FF0A 3UPBA 5DLCA 3W2NA 4GC4A 4N9BA 1DQXA 4BR1A 3NO5A 3RMJA 4FNRA 3S42A 1FCVA 3HBLA 4BWLA 1JRBA 3THAA 3W74A 4Y9AA 1MO0A 4XKYB 2C15A 3HF3A 5HR7A 4QNWA 1LRNA 2YW4A 3DFSA 3BARA 4RCXA 1LBLA 2WNNA 4PL2A 5HUOA 3DHDA 1X7FA 1KM5A 3LLFA 1RV8A 1T96A 1H7XA 3L5AA 3W1TA 1S3HA 3BGJA 2C1HA 1LTDA 4XWUA 3VFLA 5SWUA 4UIOA 1M6JA 1OFPA 2RKXA 4JN6A 3E0IA 3IRDA 3KVMA 4KFOA 4FB7A 5G1YA 3QPYA 3GK0A 2V5BA 4DO6A 1LRQA 5F1UA 3P8JA 3W7NA 4OGZA 2DZPA 2JKPA 1HO1A 3GXNA 3W3OA 1TPUA 4YWIA 4MIMA 3ABRA 2QAFA 3UPWA 4BI6A 1F76A 3BGGA 3LXBA 4JX6A 4IJBA 3E96A 4HN4A 4NJKA 5DXXA 3W07A 4C1LA 3IIXA 1K3UA 2B7OA 1MEIA 3PUDA 4X22A 5D05A 1DORA 4PTNA 3GDTA 4XBSA 3DXIA 3TROA 1QAPA 5D2TA 3RNDA 3L65A 3C61A 3B0PA 1EX5A 4CCDA 2NV1A 3W2LA 1KFJA 2E5BA 5E1QA 1MZHA 4TX9A 1PL9A 3YPIA 1TTQA 2FIQA 4O0ZA 4Y6GA 1LROA 4JXCA 3K30A 2C14A 1JUKA 1OF8A 7TIMA 3LTPA 4GUJA 1QWGA 3M6YA 2WPBA 3NL5A 3MBFA 3E12A 1QPNA 3LBCA 3TV8A 2B7PA 4Z0SA 3W7IA 3WK2A 3O05A 1L6SA 3L9CA 3AJXA 5C54A 5KTLA 3NDOA 4AWSA 1NVMA 1WBHA 1H61A 4RZ5A 1JRCA 3MJYA 5G2WA 5HUPA 3PSWA 2QCEA 1Q6LA 4O52A 2RDUA 3G1XA 4Z1BA 3TR2A 3CQ0A 4PH6A 1BWLA 4AWUA 1VLWA 3VI2A 4JTKA 3LERA 2Y63A 4X2RA 1DOSA 1KV8A 3P74A 1PS9A 2VFGA 2CLEA 5FEXA 1KM2A 4ZZ9A 5HINA 3S9YA 4UTTC 1L6WA 5K9DA 5K2ZA 3QPZA 5K4ZA 1XM3A 3C52A 2NWRA 4FHAA 1VZWA 2PURA 4JTSA 2CZ5A 3MHUA 3EWWA 3PVFA 1G4PA 4Z0JA 4ZL1A 1VYSX 2DZUA 3MP5A 3PB2A 4MKNA 1ZAJA 5HMSA 3S8HA 2QF7A 1P5BA 3P61A 2FPVA 3DHFA 3L68A 1HUVA 1ZHAA 3MBDA 1D3GA 5C5YA 5J5RA 4O11A 4ZQPA 3QMRA 3R12A 3EB2A 2ZZ1A 2VXNA 1WAUA 3FLUA 2W79A 3QQ1A 3WK0A 3N3MA 5E93A 5I3KA 5LGZA 1KM0A 4GFSA 4UTMA 1TTPA 4M6VA 2EHHA 1OK6A 1KFCA 2H8XA 2C13A 3WJSA 4RX0A 1MSSA 4K6AA 1ZAHA 1XDLA 1R30A 3IIZA 1QNVA 3W85A 1F5ZA 2WO5A 5LNWA 1SPQA 2YXGA 1KM6A 1TPH1 5HR6A 3NQ2A 2W0UA 3CEPA 4JR5A 1GVRA 1VPXA 4N2YA 2DU2A 1R2SA 4N9CA 5A5WA 1H1ZA 4JYEA 1F73A 4GBUA 3LRKA 3C2FA 4Q33A 3V1PA 2H3DA 2QUUA 4IGHA 2JBMA 3RLUA 1WXJA 2ZTKA 1YTDA 1JCJA 3TC6A 5CSRA 2CLHA 2I9EA 4AH7A 4JX4A 3FEMA 2H6RA 4O10A 2E09A 1DJNA 5EKYA 2QCFA 5LSMA 4QJ1A 2GVLA 1T99A 3AO0A 4LVAA 4AXKA 3PSVA 2A6NA 2VFEA 4HSOA 3P84A 3G18A 3LDVA 5F2LA 3B8DA 4MY9A 4NNAA 3W1RA 3NQ6A 2DORA 3CLMA 3ELFA 4IOTA 3LXAA 4IPIA 4TR9A 4O16A 1VH7A 3W9ZA 5KZDA 1QDSA 3W7QA 1Y0EA 4AHOA 3G1VA 4UC5A 1ME7A 1YTEA 3PC0A 4TO8A 3LRMA 4B5NA 5D33A 4Z1DA 1EUAA 2NX9A 1SR9A 4FO4A 4JTUA 2ZRXA 5E0KA 4FNTA 4FNUA 3EX4A 2YSWA 4AF0A 2A85A 3L67A 2FPTA 2A1YA 1SQ7A 1TPWA 5K3VA 2EKCA 1GYNA 2G5WA 4O14A 2BLEA 2X2GA 2YYUA 4IX2A 1M5WA 3LHZA 1SUXA 4DBEA 3IGUA 1C8VA 1VHCA 4GUHA 2J24A 1QR7A 4JTFA 1QCWA 2ATMA 5LNVA 4AEOA 4RLIA 3DI0A 2QCCA 4JTLA 3OBKA 3PBVA 1JR1A 3EX6A 1KLZA 1LOQA 2PRHA 5IBXA 4IX0A 4J9JA 1T8XA 1XKYA 5F4WA 3GNNA 4Z1AA 4O12A 1ZENA 1DBTA 5C55A 2GVJA 4S2CA 3KVJA 3CU2A 2PCQA 4ZQOA 3BG5A 1FWNA 1JCXA 1B4EA 3FA5A 3GLCA 3M7WA 1MEWA 3NQFA 1X1ZA 3G1SA 3KVKA 1DKWA 4X3ZA 4OU1A 2QJGA 1I4NA 1XUUA 4LU0A 1TJPA 4UNKA 5AHMA 1A5AA 2ABBA 3PAJA 3C8FA 3DFNA 1NF0A 3QYQA 3UWWA 3BVJA 1XI3A 2IQTA 2J6XA 1KFKA 2RFGA 4JY9A 4ZQRA 3W84A 1W5OA 4WX2A 3KRUA 3KXQA 1QO5A 3C2RA 3W7GA 3N2MA 4LVBA 1GOXA 1GYLA 3BPWA 1LOSA 5K7JA 1BKSA 1T0OA 1ALDA 1KM3A 1F05A 1ZJIA 1N7KA 4JDYA 4AF0B 4RJEA 1AL7A 1WOAA 3IGXA 3LI0A 5LHFA 2ZFAA 4OHQA 3O6CA 2NUYA 3W7KA 2CLFA 2QCLA 4AAJA 4DQWA 4NZJA 3SI9A 5DXYA 5KZMA 2X30A 8TIMA 1ICPA 2WSRA 3KRSA 4O57A 4UTKA 2Y7FA 3STFA 1OFDA 1BWKA 1RR2A 3BW3A 3EWZA 3L2IA 2AGKA 3QJAA 2Y61A 3S6DA 4K7YA 2VEPA 4YMZA 1AL8A 5BOOA 2YDAA 3SIZA 3UZ5A 3MMTA 2B4GA 3LM7A 1XBZA 3C3NA 3CEUA 1OVDA 2B7NA 5CPNA 3LCIA 2Y62A 3CWOX 1LP6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VIF A;  4LUI A;  5DAN A;  1AG1 O;  4CD8 A;  3BOX A;  3QMT A;  3U9I A;  2VCC A;  4EF8 A;  7REQ A;  4REQ B;  4GZI A;  1W1B 1;  2ZBT A;  3B8I A;  4DBU A;  1XWY A;  1E5N A;  4NRS A;  3RLG A;  1AK5 A;  1K02 A;  1HKK A;  1E51 A;  3BLD A;  1PE1 A;  2X42 A;  4G2D A;  4IT1 A;  3UZW A;  4CGT A;  5AKQ A;  4LBR A;  3CC1 A;  5G1T A;  2XVK A;  2YLL A;  4KFN A;  1TIM A;  1JQX A;  1VEO A;  5FAC A;  4DO4 A;  2C16 A;  4IL2 A;  4MKV A;  2YCE A;  8XIA A;  3Q65 A;  3RU8 X;  4IP7 A;  4RUB A;  2WCA A;  1V7Y A;  3LLX A;  5AZ0 A;  5DT5 A;  2LLE A;  2YDS A;  3AZT A;  4QRO A;  3BLE A;  2QCG A;  1KW1 A;  4XSL A;  1GG1 A;  1FWS A;  4W93 A;  4JIH A;  4UNL A;  4U4M A;  5TBO A;  3WLT A;  4A3Y A;  4XZH A;  3NL6 A;  1H51 A;  3GHS A;  4IME A;  3NZ1 A;  3HQO A;  3G5E A;  3LCF A;  2P10 A;  4HYR A;  4C6B A;  1UWT A;  1K8Z A;  3M1Z A;  5I3G A;  3ARS A;  4C6D A;  1TML A;  3FA4 A;  4J2M A;  4HD5 A;  1Z32 X;  3UZY A;  5JBE A;  2G41 A;  2Z1K A;  3ZSS A;  3WY1 A;  4LF1 A;  3SFW A;  1VBR A;  4F66 A;  3K4W A;  1CI1 A;  4NY2 A;  3RIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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