1KM0A

Crystal structure of orotidine monophosphate decarboxylase mutant d70n complexed with 6-azaump
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIANFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLIPEDPAANKARKEAELAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus 92
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1km0A00
1IXOA 1CW2A 2E09A 4WY0A 1XC4A 1R47A 4UFHA 1QFEA 2QDHA 4MY8A 2DJLA 3L0GA 4O4WA 1VRDA 3C61A 1EA0A 3JR2A 3V75A 5FEZA 3DFQA 5H2ZA 1I45A 4Q4KA 4UR7A 3BVJA 3LI1A 3NPUA 1JUEA 4CLMA 1R2RA 4E38A 4HNNA 4BFAA 3BO9A 4FB7A 5KZEA 1FWSA 2QJHA 5EPDA 2ZA1A 4OV4A 5FEXA 4NJIA 1P0KA 2YYTA 5CGQA 1RR2A 2A6LA 5AHEA 1H51A 1LOQA 3NQ8A 2W79A 1H1ZA 1TJRA 1VPXA 2ZTJA 4BI5A 1OABA 4IMCA 2FLIA 1SW7A 3LCWA 5G4WA 3WJZA 4NX0A 1SW0A 4H4IA 1OFBA 1P0NA 3MI3A 4LU0A 4UR8A 3T7VA 5MHBA 4M7SA 3G3MA 3GDRA 2PRLA 2ZA2A 3R89A 2VOMA 2DZTA 3SW6A 3UY7A 4N9EA 3A24A 3G8EA 4U28A 1TIMA 1LBFA 1TTIA 3PVFA 5C5YA 3CLMA 4XBKA 2LLEA 2YX0A 3EEGA 2HSAA 4S2CA 3EKLA 3JRKA 4O1DA 2TRSA 1TRDA 2VFFA 3UPWA 3E49A 3KRZA 4AWSA 3DENA 5EL1A 1XUZA 3M5VA 3NQDA 4AXKA 3KOFA 3U8GA 1Y0EA 1W54A 3DFNA 2OX1A 5T26A 4CQ8A 1WBHA 3DAQA 2ABAA 1FWTA 4O28A 4PODA 3F03K 4M6QA 4UTLA 4OHQA 4PL1A 2QAFA 3W2LA 5CKSA 3W1PA 3O63A 4JR5A 1XUUA 3EX2A 2Z1BA 3M1ZA 2YGYA 1TRIA 2O7SA 1KA9F 1TMHA 1QPQA 1OFRA 4LVGA 4FX6M 1UUMA 3W7NA 3FIGA 3P5ZA 5C55A 3L9CA 4QNEA 2P0OA 1WOBA 3G1HA 3GB6A 5HR6A 1ADOA 2CZFA 3M5ZA 1DL3A 3C2RA 4JYFA 2QCDB 1JUKA 4O13A 1U5JA 1OFPA 1TPVA 1TB3A 3WFAA 4ALDA 2X16A 3CIWA 2CW6A 3P62A 3NL6A 4UTUA 3CEPA 4AHQA 4WX2A 1KFCA 1LP6A 3ZWTA 1FWNA 1BTMA 5F4SA 2H90A 3ZWSA 1LDCA 4AEOA 2B4GA 3FYOA 3GZ3A 5F1VA 3BG9A 1I2PA 3LBMA 4WZHA 1BWLA 1X6UA 1B9BA 3BW2A 1JCMP 1KM4A 1OX4B 1IXPA 3LV6A 1MEHA 1W3IA 3TAKA 3BLEA 4Z1DA 3PBYA 1FX6A 5LNRA 4IXHA 4QISA 1PL9A 3W71A 1OK4A 5BOOA 3GVGA 1EEPA 2C13A 2GJNA 1Q6RA 4JTKA 5BMWA 5TBOA 2Y70A 5LHEA 4ZQOA 1WBJA 4I9AA 4LT9A 1B57A 1GTEA 3CU2A 4NQ1A 2ZRZA 4DO4A 2WSYA 3QF0A 4KWWA 4UTTA 1ICPA 4LUJA 1KFLA 1C9DA 3LLFA 2VFDA 1DVJA 4GUHA 4O8RA 3ABQA 4KWVA 4NJHA 3W7LA 4O1AA 2ATMA 5G1YA 1MSSA 3A23A 1GYLA 1OG0A 2VEMA 2QCHA 1CX9A 4Y90A 5AOUA 1N8FA 2DJXA 1ZY9A 3TC7A 5F1UA 1JUBA 4NXKA 3EWUA 3R12A 2DP3A 5D38A 1YXYA 4O54A 1ZAHA 1WYIA 1VJIA 1EIXA 3ABRA 1M7PA 2BLEA 2AGKA 2BSLA 5D33A 2KZHA 2WNNA 2VFEA 3BW3A 4IMGA 3W7IA 3ATZA 4JIPA 5HWJA 1NAL1 1ICSA 2E77A 3W7RA 3O15A 3HMJG 3C52A 1OYBA 1TCDA 1THFD 2FJKA 5E1QA 3W70A 4NT0A 3RLVA 3GR8A 2A85A 2O7QA 2QUVA 3PS7A 3S1UA 1UCWA 1XBZA 1GWJA 4DBDA 4H6KA 4IMDA 4FF7A 4X9SA 2CLKA 3P7YA 2VFHA 3HO8A 2XN0A 4WOZA 3LHUA 1KBIA 4RK8A 3ANYA 1RPXA 1HFBA 3LDVA 3A5VA 4UTWA 1BWKA 3W1AA 5KMYA 3P84A 3EKZA 2CLOA 2B7NA 3LGEA 1T96A 4FNSA 3BARA 3BLFA 1F6PA 4MVAA 4NUWA 3G1YA 3DFPA 3U6WA 4FEZA 1JCYA 3LX9A 1TV5A 1G7UA 4G1KA 1L6SA 2DORA 2Y7GA 4LVFA 3K30A 3PUDA 3C3NA 1NSJA 4LC6A 2ZDRA 5D05A 4Z0JA 3W7EA 2GQ9A 4Q32A 3W7DA 3THAA 2RHGA 3WJYA 4JS3A 1OJXA 3G1XA 3LTYA 4LOCA 3IIZA 3G8RA 2NX1A 1P5BA 5HQEA 2J9XA 3WK2A 1QO2A 3Q37A 1Z44A 4NNAA 3Q58A 1GT8A 1TPC1 3I7SA 1SQ7A 2NX3A 3DH7A 3HJZA 3L66A 4HSOA 3LCGA 3MP5A 3THQA 5CPOA 2NXIA 3PBVA 4RKAA 3QMTA 3NR0A 3PM6A 3W6YA 3EB2A 4BF9A 5BMXA 2QCNA 4Q33A 5IBXC 3PG8A 3UWYA 4JEQA 2YW3A 3HG4A 4C1LA 4CQAA 2ZZ6A 3I65A 7TIMA 1VCFA 2Q3OA 3EXRA 1ME8A 2CLEA 2V0TA 3GXPA 3HG5A 3UYCA 3L5AA 4LV9A 5G4EA 4AF0A 1PHWA 4IQLA 2JKEA 1EP1A 1ZHAA 5KINA 3NYZA 2BTMA 4QIUA 4MJMA 3MHFA 2ZCGA 3B05A 5H91A 3JS3A 4R53A 2OJPA 3M5YA 3SSJA 2Y89A 3TKFA 2HTMA 4RX0A 1QAPA 4GJ1A 1G4SA 3FFSA 4IMEA 3W1TA 1WQ5A 4IPIA 1H7PA 3TQKA 4K37A 3NL2A 2ZZ4A 3NA8A 5FF2A 4EF9A 1QWGA 5FF3A 5FF7A 4JYDA 2DZUA 4BK9A 3G1DA 3L0NA 1R2TA 4JTTA 3NM3A 3TFCA 2R8WA 1VQTA 1VHNA 2I9EA 3E9AA 3I6RA 1OFQA 3OHIA 2CLLA 4O0KA 2QCEA 2NWSA 3H53A 2NLIA 2E68A 4O16A 1F2JA 2CLHA 3GDMA 2A7PA 5D2YA 5G5IA 4NZJA 5C2XA 3IIXA 4JY9A 4DQWA 3WJWA 3MO7A 5CPMA 4JX6A 2A2IA 2ZZ2A 3DFSA 2EF9A 3LXAA 1GPWA 5J5DA 4YCPA 1LORA 3N9SA 4Z1BA 5HJLA 4HPJA 2GUUA 4KFNA 5HR7A 4JTJA 3NG3A 5LZLA 4NNBA 3WJXA 5U4NA 1XI3A 1I2RA 4Y8FA 1O5XA 1GVSA 2HS8A 3RNDA 1UUOA 1O4UA 4MUZA 1W5OA 1OFOA 4MYAA 2FFCA 3KFTA 3TW6A 4GWEA 1W3TA 3CWNA 1S5VA 3QPYA 3O07A 3PF3A 4LRSA 2R91A 4N02A 3O16A 1IXQA 2WQPA 2ZA3A 3P80A 1SR9A 4DF2A 5K9DA 4EVZA 1X1ZA 1JCNA 1N55A 3NQGA 3QMRA 1ZFJA 3CHVA 5ABTA 2E6YA 2J24A 4A2SA 2CZEA 4IX2A 4N9CA 3MW7A 4OU1A 3NQMA 3PUEA 3TUUA 2C1HA 3VKJA 2WSQA 1SZEA 2NX9A 2C14A 1E51A 1J5TA 3LCFA 5G1TA 4Z1AA 4LTSA 5D2TA 3LLDA 3UWWA 1EP2A 3GDTA 1WDWA 3E96A 3W84A 2FQIA 3NEVA 3G0XA 1ZNNA 3OA3A 4FNUA 1G4EA 1TJPA 1DOSA 1XKYA 1DHPA 3HOJA 3KVKA 3F1QA 3NOEA 4UC5A 4MIMA 1EWEA 3B0UX 3HF3A 2Y7DA 3S6DA 4B5NA 3VFLA 3UNDA 1HO4A 1OX5A 4N9DA 1TPB1 5I3KA 1LRTA 1KM0A 3V1PA 3EX6A 3S9YA 4LNYA 2W0UA 2QCFA 1TSIA 4FIRA 3TFXA 4MZ8A 3NGJA 4WY0F 3QQ0A 4A22A 5FESA 3LRLA 1NF0A 2DZSA 1U83A 4GXMA 4EWND 2J9YA 5DXXA 4O50A 3GLCA 4LWWA 4JXCA 3T44A 4FXSA 3UWQA 5CZ0A 2WJZA 1GQNA 4IUOA 4IXXA 3RMJA 1KBJA 4N6FA 5LNWA 1TPH1 1I2NA 1OF8A 4UTTC 1RQBA 5D2VA 3W7HA 4YXGA 2Z6IA 4GBUA 3LB0A 3GK0A 3STEA 3GXTA 1EP3A 3E12A 2V5BA 5K7JA 1FCQA 3QC3A 1K7EA 5CSSA 5F2LA 5AYXA 3NXFA 2ISWA 3IVUA 1TPDA 2E1DA 2Q8LA 2PURA 1V7YA 3OVQA 4BI7A 1WX0A 5EA9A 3O05A 3VE7A 1XXXA 1H63A 3DZ1A 4RR4A 3LM7A 3IRDA 2WV8A 3P81A 1LROA 1JQXA 3N3MA 1KTCA 3S5NA 4DBEA 4PFMA 2VENA 1C8VA 4O52A 1JULA 1X1OA 1VCVA 1W3NA 2XFWA 3UY8A 5I3GA 3M0ZA 5EMUA 5DBUA 1K3UA 4ONVA 3WK0A 2WSRA 4CNPA 3W7OA 3TDFA 3C2OA 3NO5A 1Q3NA 4YWIA 4UNKA 1HG3A 2Y88A 1WOAA 1KM6A 1K8ZA 4XZ9A 3USBA 1GG1A 3G0UA 1G69A 3FS2A 4J9JA 4ML9A 4OT7A 2Q3RA 4UTIA 3W1LA 4JX5A 3GNNA 1JQVA 3NQ6A 4JNMA 3INPA 3SJ3A 4M5PA 1IXNA 1FDYA 2GQ8A 2DZXA 3NL5A 2C3ZA 2H3DA 3EX1A 1AMKA 4OBTA 2PE4A 4ZQNA 4UTWC 5F4WA 3G3DA 3W7GA 2VFIA 3EWYA 1VZWA 2A21A 4UXDA 2ZZ5A 1IIHA 5A8GA 3GNDA 3S0CA 3ABSA 5EYWA 4Z1CA 2JBMA 5AFDA 1YPFA 1YPIA 5LGXA 2G97A 4PTNA 4K7YA 4Z08A 1EPXA 4JDBA 2GVGA 3NNTA 4A2RA 3DKJA 3KVJA 2ZFAA 4AF0B 3RK8A 5A5WA 3NDOA 1F5ZA 3P61A 2QR6A 4JTFA 3P8IA 5TQLA 5AYYA 3PAJA 2ZBTA 3G1VA 3HPXA 5TIMA 2Y6ZA 2X30A 1KLYA 1VYSX 2ZRWA 2YPIA 1TO3A 1YTKA 4GUIA 1AW2A 1KFBA 4XTIA 4N6EA 4Z0SA 5LHFA 4GUFA 3MHGA 4M6VA 1R30A 3FOKA 1LOSA 3C2FA 3W72A 3GDKA 3W85A 1JVNA 2V8ZA 3TQ0A 2GQAA 2Y85A 1LRQA 1TQXA 5D2WA 1NVMA 1LLZA 2RFGA 2NV1A 4K7VA 1KM2A 2AAMA 3BG3A 5HWNA 3W1UA 3NM1A 4ADTA 4O1CA 3HIJA 4CCCA 2WNZA 4M6PA 1TREA 1DQWA 2B7QA 2ZRVA 3LTPA 4HKPA 4NVTA 1K7FA 4E2DA 3G22A 2B7OA 4RLIA 2Z6JA 4UMCA 5AHLA 4UUIA 1MXSA 1D3GA 3PG9A 1ME9A 2WOQA 5DN1A 3BV4A 1K02A 1TV7A 3IVTA 5CG7A 1ONRA 4O0ZA 4QNWA 1ZAJA 1SFLA 3NQAA 4TX9A 3L65A 3W86A 3MI2A 4ZVJA 3NPWA 3MP3A 4O15A 2VKZG 4JIQA 1KTBA 4UTKA 3UZ5A 3CWOX 1RV8A 4L4LA 3M44A 1M7OA 4FHAA 4HN4A 1DBTA 1OHLA 3NZRA 4XBSA 1RD5A 3BPWA 4GRSA 1LOLA 4LVAA 1NEYA 5FF4A 1VH7A 1Z48A 1IF2A 5LGZA 2YFNA 4UFKA 1M6JA 1JJKA 2J27A 1F7BA 3C8FA 1MZHA 1I4NA 1S3HA 2OT1A 3GAKA 3TJLA 2EGZA 5EKYA 4OWGA 4AWUA 1QPNA 1K8XA 1QDSA 4DF0A 3VE9A 1Q45A 1KM1A 2RDTA 3S42A 4LRTA 4UIOA 2VEPA 3TC6A 1XM3A 5HMSA 2CWNA 3EWZA 4MYXA 1A5BA 4UMAA 3W74A 5CPLA 3QYQA 1FWRA 2JGQA 3O6YX 1DORA 1DQXA 3NAVA 1KV5A 3Q94A 4NU7A 1FCBA 4TU1A 1GEQA 2C19A 4DO6A 3PBWA 3UD6A 3DI0A 2GJLA 3T4CA 4I7VA 3W22A 1EB3A 2FB2A 5IM51 2CZDA 3W87A 2FPVA 2EHHA 4K36A 1ICQA 1ZAIA 1Q6LA 3O6CA 1F05A 1ZCOA 2E6AA 1FWWA 1XBXA 3UXAA 3HPZA 5F4XA 3PBUA 3SI9A 3LV5A 1YDVA 1VGAA 1TQJA 1PHQA 3TXZA 5K9CA 5I3JA 1WV2A 2ZZ3A 5AB3A 3NQEA 4E0CA 3CPRA 4HNUA 4IWWA 3W75A 4O4VA 3F4WA 3NQCA 4UCGA 5CZTA 1XL9A 2JKAA 2A7NA 4S1FA 2DZVA 3TU9A 1ALDA 4HSNA 4WY0B 5D09A 4FNRA 1J4EA 3W2UA 3N19B 1SSDA 2E5CA 2V5LA 1F73A 3SY5A 3G1AA 3MYPA 4GE8A 3TMQA 4MFEA 2H6RA 3RF9A 4HT3A 2HMCA 3M43A 1G7VA 2PCQA 3HG3A 1H7NA 5GVJA 3SFKA 4NXSA 1IGSA 4K38A 1O95A 1X8FA 4KKXA 4A29A 3B8DA 2FPTA 1SZGA 4LC8A 5HUOA 2EAWA 3LOTA 2D73A 4K8HA 4CCDA 1H7WA 2ZRXA 2NXGA 3W7MA 3QSTA 4PC8A 4LW7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5D32 A;  4DEL A;  3TJX A;  2QF7 A;  3N73 A;  3QM3 A;  3IGS A;  1KW1 A;  2C6Q A;  2YFO A;  4O14 A;  3L68 A;  3MYO A;  4IPJ A;  2CLF A;  4ADS A;  4EIV A;  1X7F A;  5L9F A;  4MLR A;  3LCX A;  3NQ2 A;  3PR2 A;  1GJP A;  3LRM A;  3E0I A;  4UTJ A;  3B03 A;  1YXD A;  1SFJ A;  3QRH A;  4FXR A;  2WPB A;  3DXI A;  1TPE A;  3STC A;  3QFE A;  1AW5 A;  4DPP A;  3QJA A;  1TV8 A;  3M6Y A;  3PSW A;  3S5O A;  3PUL A;  3HGS A;  3KX6 A;  4IOT A;  3A5F A;  2TSY A;  1QNV A;  3QW4 B;  4JTU A;  4O12 A;  4FIQ A;  4JYE A;  4LUI A;  2RKX A;  4PA8 A;  1S5T A;  1H5Y A;  1XFB A;  1PVN A;  5I3H A;  2PC4 A;  1HO1 A;  1W5M A;  2A0N A;  4XWU A;  3C4U A;  1LLW A;  1YLV A;  3R13 A;  1K7X A;  1OYA A;  4XUG A;  3GYE A;  5CZJ A;  2QUT A;  5F2G A;  3ATY A;  3GKA A;  4BWL C;  5DEL A;  4WQ6 A;  4XKY B;  2QAP A;  1GVR A;  4A3U A;  3DHF A;  4AMA A;  3FYP A;  1Q6O A;  4KFP A;  2A6N A;  4UFJ A;  3TX9 A;  1I2O A;  1A5A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5IHS A;  4W7V A;  1GKR A;  4FK9 A;  2D69 A;  1QFE A;  4O1E A;  3S5S A;  2OQY A;  3L0G A;  4B3Z A;  3B8V A;  1EA0 A;  2Y8K A;  4CVU A;  1RCO B;  3JR2 A;  3RUB L;  1O68 A;  2ZVR A;  3QOM A;  2YCK X;  1V3M A;  3BVJ A;  2XFF A;  4YN5 A;  1EJW C;  4HNN A;  1FTX A;  2V68 A;  4FB7 A;  5KZE A;  1BWV A;  4L6D A;  1VBH A;  4H2H A;  2R1N A;  2VD8 A;  5FEX A;  3B8S A;  1RBL A;  2VC9 A;  1FKX A;  4PCS A;  4BQ4 A;  3ZT6 A;  3E2R A;  1F8M A;  4BI5 A;  3DYO A;  3ZJ8 A;  1AJ0 A;  1SW7 A;  1L0P A;  2OYM A;  2PP3 A;  1SW0 A;  4UR8 A;  3T7V A;  1REQ B;  3CGT A;  3SEP A;  1F6Y A;  2X0H A;  1TIM A;  1S2A A;  3OBA A;  4IFR A;  3QY8 A;  4Q7I A;  2CBV A;  4B5S A;  3EEG A;  2HSA A;  1TRD A;  2OLH A;  3UPW A;  3E49 A;  4KRZ A;  2WNW A;  3FA4 A;  3KRZ A;  2PD9 A;  2BOG X;  4I9T A;  1UR4 A;  3M5V A;  3NQD A;  4JKM A;  3CV7 A;  4DZI A;  1W1V A;  1HJQ A;  4HYV A;  3AXM A;  3GWQ A;  2WCG A;  5T26 A;  1WBH A;  1GQI A;  2XU2 A;  4NRS A;  3IUH A;  5AVH A;  2W27 A;  4W89 A;  4MNJ A;  4POD A;  2QAF A;  3PPC A;  3W2L A;  1B3X A; 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