1KM3 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVAIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	83
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km3A00

1JCMP 2WNNA 2DJXA 3W22A 2J24A 3TQ0A 2HS6A 2HSAA 3LTYA 4FNPA 1TRIA 4DO6A 3O15A 4KWWA 4GUGA 3EWZA 4LS0A 4XQ6A 1GZGA 3MYOA 4J9JA 4JY8A 2Y61A 3LB0A 4LW7A 3GX9A 4GUJA 2B7NA 4UIOA 2V5LA 4ZZ9A 5D30A 1G4SA 1I2RA 4BK9A 2ATMA 5F2IA 5G4EA 3PR2A 4HNVA 2WSRA 5EMUA 4JTKA 4UTTC 1JQXA 4WZHA 3G24A 3UXDA 1DBTA 3U8GA 4IMGA 4UC5A 2J6XA 1BEUA 3DHDA 2XN2A 5FF0A 2Q3OA 1KFBA 2VENA 2AGKA 4NJJA 1EB3A 1HTIA 4YXGA 3FLUA 2I14A 4UFKA 2CLFA 2ZRZA 4GUFA 5CPOA 4HSNA 1OF8A 3C2RA 4Y90A 3E49A 3PULA 4RZ5A 4GNJA 1ME9A 3BW4A 3W7GA 3MWAA 1QWGA 2VEIA 3LERA 4S2BA 2V5BA 2CLOA 3KX6A 1NAL1 1W3NA 1GVFA 1QPQA 2ZBTA 3INPA 4DPPA 2OX1A 2J88A 1LP6A 1A5BA 1K3UA 3LHTA 3HMJG 3W1UA 4XZ9A 5LNWA 4M6PA 3W07A 4WY0A 3KVLA 3NOEA 1H7RA 3ANYA 4K36A 4Z1CA 3FYOA 1G4EA 3M16A 1ML1A 3LBCA 3C6CA 3PWAA 3NAVA 5F2GA 3I7RA 2RHGA 4Y6GA 4JDYA 1DL3A 4O8RA 1YYAA 1OYBA 2GOUA 2C19A 5HJLA 1O4UA 1GYLA 1XC4A 1LBFA 1SZGA 3RF9A 3W7KA 2NXGA 3Q58A 1AMKA 1QPOA 3W7MA 4UR7A 1VCVA 1L6SA 4BR1A 1GEQA 3GZ3A 1OJXA 4LVDA 3M41A 3QW4B 1XFBA 5K2ZA 4O4WA 4CQ8A 4IMCA 1UJPA 3WK0A 3OIXA 5K7JA 3W7HA 3W7OA 3C56A 4MY8A 4FB7A 1R47A 1SQ7A 3MP5A 4UTWC 4QNEA 2WOQA 1F73A 5KSWA 2QCHA 4JTFA 3C0JA 4N9EA 3U6WA 1ICQA 5SWUA 2H6RA 1LOLA 1LZOA 5HR6A 2ZZ7A 1TPFA 2TYSA 3L2IA 3GB6A 3M5VA 5I3HA 1FY6A 8TIMA 4ADUA 3HG5A 4IXXA 3A5VA 1NFBA 2E5BA 1H7XA 1YTDA 3NQAA 3W1TA 5G1YA 4O17A 5LHFA 1LRQA 3W7RA 4Z08A 4LC6A 1H61A 2OT1A 3EWXA 3NA8A 2DP3A 3LX9A 1DOSA 3M47A 4FXSA 4CNNA 1S5WA 2DORA 2QCEA 2A7RA 4PL1A 2ALDA 4K6AA 2W6RA 3L5LA 4DPQA 3ABOA 3PC0A 5D09A 2CLMA 4UTWA 5LSMA 3BLIA 3N14A 4AHPA 4GE8A 5KINA 2X16A 5C5YA 2QCCA 3TAKA 4JYFA 3RK8A 2Y7GA 2BSLA 3VE9A 2Z6JA 2VELA 4CNOA 1OFDA 5HULA 1XDLA 4O1AA 1H50A 2JK2A 3PUOA 2I9EA 4DO4A 4M5PA 3O07A 4O16A 1LLWA 1NEYA 1TMHA 4N9BA 1VLWA 1F7BA 3A9IA 3ZWSA 1KM1A 4O1BA 1ICPA 1LOQA 1R30A 1TQXA 5C2XA 1H51A 3C2VA 3GDTA 3W7EA 3O06A 1EWEA 3QPZA 2QKFA 3DFTA 4QQ3A 2DU2A 1QPNA 3BW2A 2TRSA 1IGSA 3SZ8A 4QAIA 5LKYA 2WQPA 1XBVA 3E96A 3FA5A 4LVBA 2CLEA 3TSDA 3N3MA 2E5CA 3QC3A 4JTHA 3SIZA 2Y6ZA 1M6JA 4JTIA 1T99A 1Z44A 4KFOA 5H91A 4O54A 3EXTA 4N2YA 5H2ZA 4K7VA 4LOCA 2YZRA 5I3JA 3O16A 4TR9A 1JCLA 2GUUA 2CWNA 4M19A 4IQLA 3MI6A 3NQVA 1G6CA 1P4CA 1H5YA 3PBWA 1TIMA 4JNMA 1WX0A 3PBUA 5F4XA 7TIMA 4K8EA 1R2RA 2WV8A 3QMSA 1QOQA 2X1UA 1F5ZA 2E09A 1SW0A 1H63A 2V0TA 2JKPA 4IMFA 4R33A 3QMRA 4RV8A 1N7KA 1MEWA 3GXPA 1YTEA 4RR4A 4FF7A 1Q6LA 3G1HA 2NUWA 1QAPA 3B04A 4NUWA 4MJZA 5DBTA 1H7OA 5EL1A 3NQFA 4JTUA 2NZLA 2X1RA 3QRHA 2ISWA 3NXFA 3THQA 1Z42A 1VHCA 1EEPA 1V7YA 4WJEA 1G4PA 3F4WA 2E6YA 5K9XA 1GYNA 1OFPA 3QW3A 2Y85A 4K8HA 1JCJA 3GKAA 4E0CA 1H1ZA 3CPRA 4UMAA 1E51A 1O5KA 2V30A 4EVZA 2GVLA 1NSJA 1TPDA 3DBPA 1ZHAA 3QH2A 3TU9A 3UZ5A 1LM1A 1ICSA 4UUIA 1KV5A 2NX1A 5EKYA 3S6DA 4BI6A 1OYAA 3NNTA 2VFHA 3PBVA 2B7QA 3R8RA 3NVTA 2NUYA 2PURA 4FNQA 1S5VA 3KOFA 2QEZA 2OZ0A 1RV8A 3DHFA 4YCPA 1H62A 2QAFA 4GXMA 3UZJA 3NM3A 4FIQA 4O50A 2YW3A 4GC4A 1TREA 1KA9F 3CQ0A 2NXIA 2TMDA 3E12A 1KM6A 3HG4A 3BG9A 1RQHA 4O0KA 5LGZA 1AL8A 3TW7A 3M5ZA 4XKYB 3V1PA 3LCLA 3DZ1A 3OG3A 5D37A 3B05A 3P5ZA 1T96A 1XCFA 3H55A 3BVJA 4OV4A 1THFD 2WNZA 3CHVA 2A1YA 4MLRA 5K4XA 3L9CA 4UFLA 5D2VA 5AFDA 4O12A 3MO7A 1KFLA 3AO0A 4JTJA 1SZNA 1I4NA 3TXVA 1SPQA 2ZZ2A 3IVSA 3I6RA 1A5SA 4LNYA 3LV5A 3LCGA 3MI3A 4MKNA 1DQWA 3LOTA 3LRMA 2QCDA 4OU1A 4WOQA 2GQ8A 4A2RA 5HWNA 2A4AA 2IQTA 4UFHA 5FF7A 2RKXA 5C55A 2FPTA 3M5YA 2HS8A 3O05A 3QSRA 3PUEA 1RR2A 4QJ1A 3EWYA 1ONRA 4NX5A 1SO6A 1K7FA 5C54A 1WDWA 1J2WA 3NQCA 4M7TA 1FWRA 3GR8A 4OWGA 4RCXA 1F6PA 1MEIA 2R94A 1SUXA 3BLFA 3L68A 2JGQA 5EBUA 3W1NA 5AC8A 1UUMA 4EF8A 2E6AA 4OT7A 3P8IA 3T55A 4YCOA 4JX5A 4OQVA 3L0NA 4YMZA 4AF0B 3TAOA 1UUOA 3R5EA 3W6YA 1I2QA 1G69A 5DCEA 1H7PA 2QR6A 5HUPA 2I1OA 3GXTA 3S5ZA 2OT0A 4UNLA 3TIMA 3HO8A 1AL7A 3DI0A 2QJGA 3B0VC 3DH7A 4QIUA 3RU6A 3LTSA 5I3FA 3L67A 2R14A 4PFMA 3WJWA 1DVJA 3UPBA 3OVRA 2C18A 4X3ZA 5AOUA 4AB4A 4JTTA 3GDMA 4NNCA 4MY9A 2QUVA 3CT7A 4ZVJA 2O7SA 1YDNA 3TC7A 1JCYA 3HJZA 5BW6A 4FX7A 1OHLA 3FJ6A 1IXOA 1HL2A 4NVTA 1G7VA 3IVUA 3QF0A 4Q32A 5CKSA 3L5MA 1KM2A 2BLEA 3W85A 1A53A 2ABAA 3NDOA 2Q8LA 3QM3A 2YFNA 3S42A 3P7YA 4O10A 4KWVA 3RFAA 2BZNA 4QM1A 4LT9A 4Z0SA 1EP1A 1VS1A 4Z1AA 2ZTJA 2A2IA 3LCFA 3FIGA 4XBKA 4MFDA 2E68A 3FOKA 1N55A 1OYCA 2CLKA 4O13A 3ZS4A 5TBOA 3LI0A 3LRLA 4LUIA 5FF4A 1PCWA 1FDJA 3ELFA 3Q37A 1KM5A 1KFEA 5AN7A 4JX6A 1JRBA 1DJNA 3MW7A 1SZFA 4O0ZA 3OHIA 3W1AA 3MMTA 1C8VA 4NJHA 4WY0B 2C6QA 3MI2A 3DGRA 4IMEA 4GUIA 4MZ1A 4TX9A 2J9YA 3W7NA 2Y63A 5KTLA 3SW6A 2YDAA 1TSIA 3IGSA 3STCA 2A0NA 3HPXA 3MUXA 5DY2A 1DKWA 3OVQA 1VPXA 1FCQA 5CZJA 1SFLA 3E02A 1TO3A 5D38A 2A7PA 3NYZA 3NGJA 3H54A 1W37A 3JS3A 2KZHA 3G1XA 2NWSA 4I9AA 4N4PA 1B4EA 2C14A 2WJZA 4X22A 5AC6A 5DN1A 3PUDA 1MXSA 4LRSA 3V75A 1FXQA 5CPNA 4UTUA 1A5AA 3UPWA 3W83A 1W1ZA 3UNDA 3HOJA 3P82A 4Z1DA 5U7SA 3KRZA 3W7DA 4BF9A 5D2TA 3A5FA 3TH6A 5BRBA 2AAMA 4HPJA 2E6DA 2DZPA 3DI1A 3L5AA 4IUOA 3C3NA 1OG0A 3W3OA 3P67A 3M1ZA 3W87A 3OVPA 4AWUA 3DFSA 1ZFJA 4JXCA 2Z2UA 4UMCA 2ZDRA 3CM4A 1CX9A 2BWGA 3WJYA 3LCHA 4JR5A 4O1CA 1TPH1 1JCNA 3HPZA 5U4NA 3QJAA 5AYZA 1Q6QA 1TPC1 2E6FA 3P61A 4DBEA 2ZRWA 3NL6A 3IVTA 3AJXA 2C3ZA 4JTLA 3MBFA 4W9TA 3RNDA 1W3TA 3TMQA 3RMJA 4HPXA 1AK5A 1NF0A 1TTIA 4TU1A 4GBUA 2V82A 3MBDA 3IIXA 2V8ZA 1BWLA 5FI8A 2PRMA 1LROA 3FEMA 3P74A 4U4MA 1K03A 3G1YA 3Q94A 2YCEA 3VNDA 4ZQNA 2DZVA 3ABQA 1XUZA 1YTKA 2CU0A 1QO2A 1PS9A 4O4VA 2ZZ5A 4A22A 2NV1A 2FPYA 2Y62A 3TFXA 3W7CA 2WNQA 3MHFA 3G1FA 2XN0A 3K30A 4I7WA 3KXQA 1J5TA 3PB0A 3PM6A 4NU7A 4GRSA 3LXCA 3T44A 1K7XA 5HWMA 1SSDA 3QZEA 3IRDA 3HG2A 3LHYA 4TMCA 2NXHA 3IGUA 1SFJA 3S1XA 4DEFA 1GVOA 3NPWA 4NZFA 4AHOA 3LLDA 4KFPA 1M7PA 2H3BA 1OX6A 4GJ1A 4OE7A 4UTJA 2A7NA 4WOZA 3G1DA 1F2JA 4WX2A 3LCIA 4FXRA 3SFKA 4TO8A 1KLZA 3UWQA 1W56A 3CTLA 4Y9AA 2QCMA 4OV9A 2EF9A 1JR1A 3DXIA 4ORIA 4ZQPA 1H7WA 2A21A 4O18A 4ZQMA 1W8SA 1F6KA 4DF1A 3QEZA 4PH6A 4TIMA 3FJLA 1NVMA 4L4LA 1YDVA 2DZWA 4U28A 3OA3A 1TB3A 1KFCA 4LRTA 4CCEA 3O63A 2QCGA 3LXBA 1BKSA 1EIXA 3L66A 3O6CA 5MHBA 3CWOX 3P60A 4IGHA 3OEXA 5D04C 4ADSA 3B8DA 1YLVA 1CI1A 1XI3A 2Y70A 2W79A 4IX0A 3ZFHA 3O8AA 3W2KA 3SGUA 1OX5A 1XDMA 3UQNA 5LNRA 3M5XA 2Q8ZA 1QFEA 1OF6A 1TCDA 3M6YA 1JUBA 1I45A 3GAKA 1PVNA 1OX4A 3QFEA 3YPIA 4Q4KA 4YLWA 1X6UA 4OGZA 4LC8A 1FWNA 3G1VA 1VCFA 5F2MA 3NZRA 1FUYA 1MEHA 4UMBA 4HT3A 1W54A 5K4ZA 4BWLC 2B7OA 4DQWA 3Q2DA 3EX6A 5TQLA 1LYXA 2DJLA 2EAWA 1SW7A 3SY5A 3DFQA 5EY5A 5CSSA 4RK8A 1Q45A 2C13A 1UBSA 1YXDA 5FEXA 3C52A 3TK7A 1K8YA 3L65A 3I68A 2RDUA 1JRCA 3W1PA 4N6EA 3NQMA 1TJRA 4XTIA 5AHEA 3O6DA 1GG0A 3S1WA 3WFAA 1GT8A 4ZMGA 5AHIA 4UTLA 3VCRA 1I8JA 4DF2A 5G2IA 3W72A 4NNBA 3GLCA 3GNDA 4NX0A 1OFAA 1PCKA 3QQ0A 4G1KA 5DY3A 3HGRA 5IBXC 3P62A 1RVGA 2RH9A 4O28A 3C2FA 4FNRA 1IIGA 4JTGA 3W2NA 5G1TA 4AHQA 3UD6A 2YYUA 1FDZA 3B0UX 3G8RA 1KTBA 2E77A 1KBIA 3EKLA 3GK0A 2CZFA 3N9RA 1B57A 3NQEA 2G97A 1I2PA 5BMXA 3EWUA 3T78A 3GKFA 4BWLA 1LRTA 2GQAA 2O7QA 5GVJA 4MY1A 1KM3A 1GOXA 1XL9A 4MZYA 4NJIA 5I3KA 3LI1A 2GPTA 2NX3A 4MIMA 3W1LA 1XBZA 2XFWA 1GQNA 3TR2A 1WXJA 2QCDB 5HNRA 2C0AA 3TSMA 4AWSA 1L6YA 3EB2A 4EF9A 4RZ6A 5G4WA 5ABTA 4Y96A 2QCLA 4AWTA 2Z0IA 4KFNA 2WKJA 1WYIA 3S5NA 5LZLA 5CPLA 4LV9A 5CSRA 1SO3A 4M6QA 1EUAA 4QITA 2V81A 4A21A 4HN4A 1S3HA 3KRUA 3HF3A 3N2XA 2FJKA 3R13A 1FCBA 1N8FA 3FS2A 5IBXA 2JKEA 4M7SA 3UWZA 3IEBA 4LWWA 4HKPA 3R12A 3A24A 3B06A 1F05A 1TV7A 2YXGA 1TPUA 4CQAA 2YFOA 5AHMA 2Y88A 3LHWA 2ZCGA 2FPVA 3ATZA 3TXZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1KM3A

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