1KM4 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	83
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km4A00

1TREA 3UYCA 1JUBA 1TPWA 3VNDA 1A5AA 4O50A 3WJZA 3S0CA 2ISWA 2DORA 3N34A 3L9CA 4K7YA 5K2ZA 1W3TA 1ME8A 1DQXA 3TKFA 3MI3A 2J24A 3M5XA 3NPXA 4TU1A 2DJLA 2V0TA 2QUTA 3LBCA 3UWYA 4A2SA 3W84A 3UQNA 3KVKA 4GUJA 3G1AA 5G1YA 5KITA 2WO5A 2YDAA 4KFPA 4UR7A 3B8DA 2NUWA 3P61A 3TU9A 2A7NA 2NV2A 3I6RA 3FKRA 1JRBA 1Z48A 1W8SA 4RV8A 1P0KA 3L5AA 3GLCA 4X22A 1KFCA 4ML9A 1H7PA 1QPNA 1P5BA 1XBZA 4LVGA 3F1QA 3OVQA 2WSYA 3DAQA 1KBJA 3IIOA 2WV8A 1XBVA 3MI6A 4XUGA 1TJPA 2QCFA 2YSWA 5CPOA 1WBHA 2J9YA 2BZNA 2A0NA 1G4SA 3P8JA 4KFOA 3A5VA 4FNTA 4H6KA 4PL2A 1EWDA 2FTPA 5AHNA 4XZ9A 1NEYA 4MY8A 3N14A 1FDJA 4IWWA 5CZ0A 5G4EA 1ICPA 3I7QA 3GR8A 5D02A 4RK8A 3LDVA 4K8EA 4UTMA 2ZZ7A 1DHPA 2ZRXA 4MLRA 3DGRA 3G1HA 2E5BA 1YTEA 5K9DA 1KV5A 3M7WA 4JY9A 4UNLA 3L5MA 5L6UA 2VELA 5I3KA 3L66A 4IOTA 1GWJA 1DOSA 4AWUA 3LXCA 1NAL1 5AN7A 3PG9A 3NXFA 3R2GA 1FCQA 3QMTA 7TIMA 3TNOA 3W75A 5I3FA 3C2EA 2E09A 3WK0A 3TA6A 4JX4A 2XN1A 3TJXA 5FEZA 4LV4A 4O53A 1GTHA 3GXTA 4DPPA 4TIMA 1L6WA 3BPWA 1PVNA 2OCZA 3LTPA 4CQAA 4FNRA 3W7CA 4CQ8A 1I4NA 1TRDA 3W1XA 3UY8A 4TO8A 1TTIA 1FXPA 2WJZA 4N4PA 1SO4A 4JGDA 2Y61A 3S1WA 5EYWA 4DF2A 1NVMA 2B4GA 3LCFA 3W7LA 1DJQA 4M7TA 4MOZA 3C2VA 4BF9A 3QW3A 3HOJA 2E1DA 2ZZ3A 1H62A 4HN4A 2Y63A 5AC6A 3G0SA 5D04C 3SGUA 2CLOA 4OGZA 1RR2A 4IMDA 4GBUA 1AMKA 1SPQA 2V82A 1GYNA 1QO2A 1BTMA 5CSRA 3LI0A 4NX5A 2VFDA 2V30A 1BWLA 2QCDB 2VFEA 4JD4A 5FF3A 5HR7A 5C6MA 4LUIA 3GYEA 5AB3A 3IIPA 5HULA 3NQDA 4PEKA 2FB3A 2J9ZA 2QF7A 2VEMA 4Z1BA 4S1FA 4FIRA 2NUXA 1B3OA 3EWXA 1EP2A 5LHFA 3MJYA 1MSSA 4JXCA 4UFKA 3W76A 2V9DA 5DCDA 1WQ5A 1PE1A 1VYRA 3W7NA 2RDUA 2YXGA 2DZPA 2C16A 1XKYA 2LLEA 4XKYA 1ZFJA 4LUJA 2DJXA 1DKWA 2PURA 3LRMA 2DZVA 2A7PA 4LRTA 1AL8A 1LOLA 3PC0A 4JTLA 4ORIA 3W7IA 4DBDA 2XN2A 4BI5A 4MYXA 3NEVA 1H1YA 4ZVJA 1H1ZA 1CI1A 2WKJA 1TTJA 1TRIA 3O07A 3VKJA 1YXYA 3CEUA 3NOEA 3GK0A 1I45A 2ZRWA 3W7KA 2W0UA 3F4NA 1KBIA 2DZTA 4P61A 4IMCA 1T99A 3O63A 1LLZA 3LHZA 3NL6A 4OQVA 2NWRA 3M6YA 2C3ZA 1HFBA 3PUDA 4UFMA 4QNWA 2X30A 1E51A 4POCA 1NF7A 3DFNA 2X1SA 3LB0A 5AC8A 3EKLA 3PBWA 4IMGA 2ZA1A 3LXBA 4X3ZA 1OFQA 3QMRA 1A5BA 1KTCA 2ISSA 4W9TA 4H4IA 4WXZA 4A22A 2FLIA 2Z1BA 3QPZA 4UTWC 2DZWA 2DZSA 3GZ3A 3JRKA 3PF3A 2GPTA 1UJPA 4QJ1A 1RQBA 1TQXA 3DFTA 4DF1A 2V2HA 4DQWA 1HO1A 2QCDA 3IV3A 3LCLA 1WYIA 3E9AA 4HNUA 5K9XA 4ZQOA 1TTQA 1SFJA 1X6UA 3C4UA 1VCGA 2WQPA 4PC8A 3S5ZA 4JTFA 2RDWA 8TIMA 4N6FA 1WBJA 2H3BA 4UR8A 4DF0A 3O05A 4CNPA 1I8JA 2BTMA 3TDFA 5J5RA 1M7OA 3NG3A 4PFMA 3A5FA 1Z42A 1TO3A 2EAWA 2E6YA 1FXQA 2TYSA 4Q4KA 3P7YA 3KX6A 4MZYA 3GB6A 1SUXA 4FX7A 3PVFA 5DY3A 3WK3A 3HPSA 1KFLA 5DBTA 1TTPA 4GC4A 3MHGA 1AW5A 5IBXA 3U8GA 3ZFHA 4NU7A 2X2GA 3U6WA 3EX6A 2J27A 2CLHA 5K7JA 3NYZA 5AYXA 2AAMA 1TMHA 3R5EA 1VCFA 1IGSA 2HMCA 3BARA 3N19B 1ZJIA 4BFAA 4OWGA 2X1UA 3BV4A 3C6CA 1XUUA 3S6DA 3S5YA 3TSMA 1TCDA 4EOUA 3G8EA 4M6PA 3W07A 2WNQA 1JRCA 3CU2A 1GG1A 3Q94A 3KRUA 5I3JA 4EVZA 5DBUA 1GVSA 3O1NA 3DXIA 2CU0A 4OV4A 2HSAA 4P2VA 5F4XA 1G4TA 3W7DA 3GAKA 4O1AA 3MYOA 1LYXA 5HWMA 4XBKA 1VPXA 5K9CA 3W2NA 3IIVA 3OA3A 3S42A 1FCUA 1G4PA 1R46A 3P62A 4FIQA 3W2MA 3CIWA 2WNNA 2Y7EA 1YYAA 1U5JA 4UC5A 5D03A 4JICA 5EMUA 5J5DA 1OFAA 1QO5A 2E68A 2ZQ0A 3N73A 4Z1AA 2VC6A 2QUUA 3VCRA 1IXNA 4UMAA 3S1UA 2JK2A 5LNSA 3PSVA 4N9BA 5G2IA 4MYAA 4AF0B 5AC7A 5BOOA 2OX1A 1F6PA 2JGYA 5F4SA 1I2NA 1XL9A 1M5WA 2CLLA 4LC6A 4DO5A 1Q3NA 3HBLA 4R33A 3TAKA 2X1RA 1ML1A 4RXFA 3WK2A 4E2DA 3C2OA 1OF8A 3THAA 3LHUA 4JN6A 3FEMA 1A53A 1YADA 1PIIA 3ZWSA 1JVNA 2FB2A 3ANYA 4JDYA 4LOCA 1QCWA 2YGYA 4UFJA 3LERA 3CIXA 4NJJA 4GUGA 4Y8FA 4L4MA 3W1PA 2FPVA 4NJHA 3OBKA 3IVTA 2P1FA 4J9JA 1HL2A 4LT9A 1KV8A 5EKYA 4FXRA 3HG3A 1FCVA 3GDMA 3S5NA 2CFFA 3UWWA 1NSJA 3WJYA 3DKLA 1KM6A 4GNJA 4D2JA 3H55A 3E02A 2NLIA 3W6YA 1VHNA 3UPBA 3L0GA 5BMXA 3TH6A 3MI2A 1JCNA 2Y7GA 2WPBA 4O12A 5FF0A 3HF3A 4AB4A 5CPNA 2E77A 3IGUA 4FNSA 3KAOA 3WFAA 3BLFA 4N2YA 4MY9A 3MYPA 3G8RA 4UTTC 5FEWA 2VEIA 2E5DA 4R53A 4NVTA 3NL3A 1U83A 1PCWA 2QDGA 2A21A 3GVGA 1F7BA 4EF8A 4JTGA 3IVUA 3W87A 4FHAA 2XFWA 3HPXA 5AHMA 3HMJG 4LVBA 4M19A 3B06A 3HG5A 4CCCA 4ZQPA 1GPWA 3V75A 4NJIA 3O8AA 4O10A 1YPFA 2ZTKA 1VLWA 4PTNA 3EX1A 3R89A 3NR0A 3NM3A 4MLJA 4WQ6A 4WY0F 1Q6QA 2Q3RA 3TAOA 2O7SA 4R7JA 1O4UA 3QQ1A 1FUYA 1SW7A 3E0IA 1PS9A 3G0UA 3CHVA 3L5LA 3QEZA 3M41A 3UWZA 1LRTA 1BEUA 1X1ZA 2FIQA 1XM3A 3MWAA 1GVRA 3WJXA 5DCBA 4HHPA 4WOZA 5C5YA 2F7FA 4JTEA 1GVFA 4IX2A 2FPTA 2R8WA 4O54A 5HWNA 4LNYA 4O14A 1K7FA 3W7PA 3FYOA 4JS3A 4O11A 1F5ZA 1FWRA 5EPDA 3NPVA 1OFRA 1QPOA 5CPMA 3NQ6A 1LLWA 3W1NA 4RR4A 3VE9A 1OX4A 4O15A 2GVJA 3DU0A 3TV8A 2YX0A 3C0JA 2CLKA 4XTDA 3H53A 3C2FA 3DFPA 3KVMA 4RXGA 5AFDA 3YPIA 1QFEA 1AK5A 3QQ0A 3NQ2A 4LU0A 3GXPA 1TV7A 4E0CA 3P84A 2A6NA 3WJSA 2YFNA 3L65A 4OV9A 2JKEA 3DFSA 4OBTA 3TMQA 4NNAA 1RVGA 4K8HA 3U2OA 2ZYFA 3HIJA 5SWUA 3LHVA 5E0KA 1YDOA 4A21A 1JUKA 3G0XA 3P80A 1QPRA 2GOUA 3GR7A 3SIZA 4K36A 3QF0A 5LNWA 4GUFA 3LLFA 3EWZA 3NQGA 2NX9A 3G1YA 4A29A 1KFEA 1FDZA 3W2UA 1FDYA 2OT1A 4XQ6A 3H54A 1XCFA 4L4LA 5F2MA 3LV6A 3L0KA 4HPJA 4R34A 2YYUA 1H7OA 2OJPA 2Y7DA 1VS1A 5D2XA 3PS7A 3W1QA 2GVGA 1IXQA 4RLIA 4DELA 2CZEA 1D3HA 4LW7A 4UFLA 4GRSA 3LGEA 4IXHA 3UZ5A 1T8XA 2A6LA 3FJ6A 3ELFA 4IJBA 1JCJA 3LV5A 4XKYB 1JQXA 1IXOA 3HGSA 1MEIA 3G24A 4MJZA 4LRSA 5KINA 1KFBA 1KM2A 3BW3A 5BMWA 1H5YA 1G7VA 3W2LA 3GNNA 4Z1CA 1Z44A 5CSSA 4IXXA 4MPQA 5D2YA 3M43A 3G1VA 1F76A 1XDLA 3NGJA 4FNUA 2G97A 1K02A 4XTIA 1O5XA 5EL1A 1F2JA 5DY2A 3OVRA 2YZRA 3HB9A 2CLMA 1OFOA 3M16A 3QH2A 2EKCA 4CNOA 4NZFA 4AAJA 1HUVA 1UASA 1EP3A 1I2QA 2H3DA 3T44A 4DXVA 4NQ1A 1OYAA 3RF9A 1O94A 4M7SA 4TX9A 3HGJA 2Y62A 3DH7A 4JYFA 5LZLA 3WJWA 1VZWA 3FA5A 3M44A 5C55A 3FS2A 2CZ5A 3KVLA 5CKSA 4Z08A 4JDBA 5K3VA 1H51A 1DL3A 5T26A 3UD6A 3W1TA 1YTDA 5LNRA 4ADUA 3L68A 3GDTA 3O16A 5HMSA 2XN0A 4MFEA 4O57A 3IGSA 1H50A 2CZFA 3QFEA 3EWWA 5DLCA 3S1XA 2VKZG 1W5NA 5A8GA 3PB0A 3B03A 3W74A 1VCVA 3C61A 4O18A 3R12A 4Z0SA 1HO4A 4OT7A 3TW7A 1FBAA 3SSJA 4IMEA 3PWAA 1JCYA 4O4WA 4CCDA 2QCGA 5FF7A 4WY0A 2YW4A 3SW6A 3KRZA 5D38A 3LXAA 5AOUA 3G3MA 3W86A 1H60A 3QC3A 3P82A 3S9YA 1ZENA 1VYPX 4BR1A 2RDTA 2CLEA 1W3IA 4FNQA 3MP4A 3BO9A 3EB2A 3NL2A 3DFQA 4IX0A 2QJHA 3DBPA 4ADSA 1ICSA 4JTHA 4JTUA 4MKNA 5C2XA 2YYTA 3QRHA 5AYZA 2WOQA 4BK9A 1Q6OA 2ZFAA 3R13A 1PV8A 3ABQA 2B0MA 3JR2A 2NXGA 3TUUA 2X16A 2PC4A 3OVPA 2VEPA 1ICQA 1MEHA 5LHEA 4JY8A 3O6CA 4Y96A 2NV1A 3MW7A 4LWWA 4WJEA 4QSHA 5D2TA 3P5ZA 2DZUA 3E12A 4NUWA 3Q58A 2P10A 3ZWTA 1AG1O 3CC1A 1X8FA 2C14A 5IBXC 1GVOA 5CZSA 3Q37A 3EX3A 5IM51 1JJKA 5LSMA 3VE7A 4WD0A 2QR6A 1K3UA 3TCEA 3BG9A 1ZNNA 3BLEA 2PRLA 3GNDA 4B5NA 5HNRA 2Z2UA 1O5KA 1UCWA 3PULA 3G18A 2A5HA 2A1YA 1XXXA 2TMDA 3LCWA 2E6FA 3L0NA 2ZTJA 2CLIA 1FY6A 4N02A 4O1DA 1EPXA 4CCEA 1FCBA 3P60A 3TW6A 2Z6IA 4GJ1A 2PCQA 2C19A 5HUPA 4RZ6A 5LKYA 1QR7A 1ALDA 4BI6A 3M9YA 2QUVA 2D73A 1EA0A 1TPVA 3QMSA 4FNPA 4MVAA 3OHIA 1JR1A 2Y6ZA 4EWND 1ME9A 3MP5A 4FB7A 1L9WA 3TE9A 3CTLA 5E1QA 2DZXA 1FWNA 3B0PA 4O28A 1TPFA 5AHIA 5HINA 4JTSA 1A50A 1OK4A 5LGZA 1OG0A 5DN1A 2V8ZA 1OX5A 3HG2A 3MHFA 2VEKA 3I7SA 1K8YA 3NVTA 4LTSA 2JKPA 3LLDA 2Q8LA 4PCFA 1QMLA 2G5WA 2GJLA 1KM0A 4K39A 3IIZA 3DENA 3IRDA 2ATMA 2JKAA 3UWVA 2GQ8A 1EX5A 4JIPA 4X9SA 3MMTA 1VGAA 4UFHA 3I7RA 4JX6A 3TQVA 5KZMA 4MZ1A 5MHBA 4BWLA 2GUUA 3B0VC 3T4CA 4MZ8A 3MHUA 1OFEA 4OU1A 1R2TA 2E6AA 4HSOA 1DVJA 3W7EA 4QQ3A 3RLUA 5HQEA 4DO4A 1G6CA 3A24A 4KKXA 3I68A 5KMYA 3ABSA 4QISA 6ALDA 5CZTA 3UXAA 4AVFA 3O06A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KM4A

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