1KM5 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	82
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km5A00

2EAWA 3E0IA 3TQVA 3P8JA 1LLWA 4X2RA 4HNVA 2V0TA 2V82A 1R47A 4UMBA 3TMQA 5I3HA 5I3JA 4ZQMA 3TFCA 1VQTA 3TAKA 4Z0SA 5FESA 3JRKA 1EP2A 1EUNA 2NV2A 4MPQA 1J2WA 2V2DA 3TSBA 3W2MA 4EVZA 4Y96A 1TTIA 1SFJA 2ZCGA 3E96A 3VE9A 1H5YA 3RK8A 3GX9A 5BRBA 2RHGA 3T78A 3UZ5A 4BI5A 1DORA 5K9DA 4KWWA 2A0NA 4NJGA 3ZR4A 2XFWA 2ZRXA 3GNDA 4Q33A 1X1OA 5F2MA 1P0KA 1H7XA 5D32A 2PE4A 3I65A 5AN7A 5CPOA 3UWUA 3NDOA 4K7YA 4UTMA 3RF9A 1LRQA 3OG3A 1TSIA 3CLMA 1KLYA 3NQ8A 2ZDRA 2ZRZA 4UFLA 1SO5A 5AFDA 1B4KA 3G1HA 1J5TA 4MZ8A 1EWEA 5BMXA 1XBZA 1I4NA 4LT9A 3LHWA 1HUVA 3A23A 3H54A 4FXRA 1R30A 4GFSA 2P1FA 5AOUA 3TFXA 2NXGA 1ONRA 1OFAA 4UUIA 4XBKA 1LLZA 3NM1A 3S5NA 3PG9A 1L2UA 3ANYA 1JCNA 3VI2A 4TX9A 2CZEA 1XBXA 2NLIA 5HULA 3W07A 3BG9A 4ML9A 1QOQA 4NNAA 2NXIA 3M5XA 2AQWA 3VFLA 1HG3A 3DI0A 1CI1A 4M5PA 5J5DA 3NQMA 4GUJA 3STEA 4R34A 4JS3A 4AF0A 3O16A 3R8RA 1ZCOA 3GDMA 4AHQA 1PIIA 3M44A 4KKXA 3HB9A 3T4CA 2Y7GA 3SY5A 3W74A 1KFLA 4O13A 3I6RA 3FYOA 4RXFA 1DJNA 3CPRA 3UWWA 1Y0EA 1YDOA 3QYQA 4NXKA 4PFMA 3WK1A 5LHFA 1EP1A 3EWZA 5E93A 2PURA 1W1ZA 1YTDA 3BW3A 2Y85A 4BWLA 2C6QA 4JDYA 2EPHA 3LI1A 4JYEA 3RMJA 1JRCA 3BPWA 5HR6A 2A7NA 3RU6A 1KTNA 3GDLA 3IVUA 3QH2A 1NEYA 5AC8A 4XQ6A 3HPSA 2ZA3A 2NZLA 3W75A 3OVQA 1TQXA 1TTPA 3F03K 1VPXA 5F2IA 4RK8A 5K9CA 3EKLA 1AL7A 3PBWA 2FIQA 5C54A 3OBKA 4AHOA 2V8ZA 3PWAA 5DELA 4UTHA 1M7OA 4O52A 2OCZA 2AAMA 5EBUA 5FF4A 5D02A 4CLMA 3G1DA 3HG2A 1TB3A 3FS2A 2E5CA 4LW7A 3P81A 4RR4A 2EGZA 1E51A 4YMZA 4WJEA 3TXZA 1O94A 1T99A 3GAYA 1JCYA 1GOXA 3HG3A 5DXXA 4Y90A 1YXYA 1K3UA 2ZZ4A 1GVOA 3ZWSA 3KOFA 2V5LA 3MP4A 2G5WA 1TCDA 4LVAA 2Z2UA 3LCFA 2YYUA 5H91A 3F1QA 3OVRA 4EIVA 2QCLA 2QCMA 5CGQA 1F5ZA 3N3MA 3O63A 2ALDA 4O19A 5BW6A 4O12A 4O15A 4XTDA 1FBAA 4H6KA 1W54A 1OYBA 1N7KA 3C2EA 3ABRA 1JCMP 5LNRA 3HGRA 2BXVA 3CB8A 1K02A 1OX4A 2WNNA 1QOPA 3A9IA 1SO3A 1NVMA 1R46A 3P74A 1TPFA 1KA9F 4FB7A 1F6PA 1BEUA 2R8WA 2JKEA 3EWXA 4IXHA 3W7JA 3B04A 5D2XA 2B7QA 1LRNA 1AG1O 3KHJA 1QFEA 3TW7A 3IIXA 1TTQA 2YW4A 1B57A 3MHUA 3DAQA 1I2RA 5AHEA 3MO7A 4JY9A 3LXBA 1TO3A 1T0OA 1NSJA 3BW2A 5A5WA 5K7JA 2ZBTA 2NV1A 5D03A 4TMCA 3PUEA 1BWLA 4NZJA 2QF7A 2ZTKA 3UWVA 4AH7A 3G22A 1DKWA 4L4LA 2FFCA 4UIOA 3BW4A 4Z1BA 1GPWA 2C18A 1TJPA 4WOQA 1IIGA 5IM51 1XI3A 2GOUA 3HGOA 3A5FA 1PCWA 4QM1A 1D3HA 3OA3A 1M5WA 4JEQA 4NU7A 5CKSA 3A24A 3GR7A 1FX6A 3NQCA 4FNQA 4AWSA 3G1YA 2YPIA 4LY8A 2E6YA 1Z48A 4RX0A 1W5MA 5LNUA 5U7SA 3QW4B 2ISVA 5AC6A 1R2RA 2CLLA 3IIVA 4UTTC 4IPJA 3B0UX 5DXYA 2PC4A 4FIQA 1VHCA 3FOKA 2JK2A 3ABQA 2TSYA 2BWGA 3P61A 2ATSA 1PE1A 4IX0A 1PCKA 4YLWA 5MHBA 3CEPA 4UCGA 3IIOA 3GIYA 2RH9A 1Q3NA 1HO1A 3MP5A 4XKYB 3KRUA 3TNOA 1JUBA 1MZHA 1LM1A 3PBUA 4HPJA 1SZEA 1TPDA 2WV8A 5GVJA 4WX2A 2CLKA 5CSSA 3PSWA 3C6CA 4UTIA 1L6WA 2NWRA 2H90A 4HIBA 3OVPA 2ZYFA 4FX7A 2ZZ7A 4R7JA 3S6DA 2A6LA 3MI2A 3NGJA 1OF8A 2E1DA 4JR5A 2Q8LA 4XWUA 3TUUA 1M6JA 2A7RA 1TYGA 1BWKA 2ZZ6A 5CZSA 1F76A 2A85A 2QJIA 1OYCA 2VELA 1VYPX 4ORMA 4O11A 4U28A 5AYXA 3W23A 4CNPA 5FF2A 2P0OA 1YXCA 1YYAA 2GQ9A 5CSRA 4MY8A 5F1VA 4IWWA 3TMLA 3LCHA 2EF9A 3W2UA 5LGXA 1EX5A 1QPOA 3W2KA 1ME9A 2NWSA 1G6CA 2WSYA 2Y7FA 3L2IA 1EEPA 1H7OA 4UTTA 5HINA 3TIMA 5D30A 3VNDA 1KM1A 2RKXA 1A5CA 8TIMA 3C56A 1CW2A 2EHHA 3QJAA 4TU1A 2ZZ3A 3D0CA 1LOSA 1TPUA 3TSDA 4BR1A 2RDWA 2R91A 4YCPA 5I3KA 4E2BA 4JTIA 1VYSX 3NQ6A 2FPYA 1QO2A 3Q94A 4WOZA 3GYEA 2CWNA 4MUZA 3B4UA 4HSNA 1H7PA 1I2PA 2C3ZA 1EP3A 4QJ1A 3L0GA 1SW0A 1W5PA 2OJPA 5FEPA 3W7NA 3T44A 2ZRUA 2GVLA 4AEOA 2I1OA 3P7YA 4GUHA 1YPFA 4JTFA 3W1XA 5EMUA 4NX5A 1IXPA 1P5BA 1VGAA 2Y7DA 2ATMA 3BG3A 3TQKA 1FCVA 5EKYA 1JUEA 5E0KA 2GVGA 4O17A 3N73A 2J88A 3OIXA 5LZLA 3BLEA 3E02A 3NO5A 3ATZA 4O8RA 3QPYA 4JX5A 4UFJA 3UWYA 3C2FA 1PS9A 4NX0A 2JKPA 3UD6A 1X7FA 2QCDB 4K36A 3NPUA 4O1CA 5HJLA 3FFSA 2FB3A 4C1LA 4UTKA 5HWNA 1W56A 1S5VA 3BK0A 1TPEA 1ZNNA 4FX6M 3B05A 4GUIA 1YPIA 1CX9A 1LORA 3PB2A 3P62A 2LLEA 1DOSA 2BTMA 1OFRA 3MHGA 4NJHA 1P0NA 5LSMA 3GLCA 4MZYA 3TV8A 2J24A 2QJHA 3PAJA 2J27A 5L6UA 1H50A 4WUIA 4XZ9A 3N9SA 4PA8A 4EOUA 3S8HA 3P5YA 1GYLA 2BLEA 3M43A 5D2TA 3HGJA 3I7QA 4BK9A 3L68A 5K4XA 2UV8G 1DJQA 1W5QA 1KW1A 1O4UA 5G2IA 4RCXA 2B7NA 3EB2A 4UTJA 3QQ0A 3W7HA 4UMAA 3IGXA 2R14A 1FWWA 4JYFA 3W7KA 3HIJA 3UY7A 2C13A 1WBJA 4O14A 1LYXA 4M19A 6ALDA 1U5JA 3NQ2A 3WJSA 1KBJA 3L0KA 1KFEA 3W7MA 1JQXA 3EX2A 1ZENA 3DH7A 4DF1A 1W37A 4RXGA 2TYSA 1GTEA 5E1QA 3AO0A 3DKLA 4JTKA 1QR7A 4FXSA 1OYAA 1WOAA 1DQWA 1JCJA 2DP3A 4LVGA 4DQWA 1G4TA 4Z08A 2DZWA 2H8XA 1VCFA 3PB0A 1JVNA 1T8XA 3LI0A 2A6NA 3W1LA 1OABA 5EL1A 1GG1A 5BMWA 4QQ3A 5IBXC 4OWGA 1DBTA 4DF0A 2GJLA 1G4SA 3CT7A 1QWGA 1EB3A 2ZZ5A 3HMJG 3RFAA 3QZEA 3W1TA 3QM3A 5F4SA 4A21A 3NQFA 3KRZA 4FNPA 2WNQA 4FX8A 4QNEA 1VCVA 4XKYA 1XDLA 1UCWA 1XUUA 1RVGA 1K7EA 2VEPA 5CZ0A 4IUOA 3PY2A 4AVFA 3C52A 1RQBA 4JTEA 4L4MA 4X9SA 5D2YA 1FWTA 1OG0A 4UFMA 3LCWA 2W79A 1EUAA 1O60A 2E5BA 1NF7A 3ZWTA 2QR6A 4MYAA 2GUUA 3SZ8A 5KZMA 4K8EA 1OFPA 3U8GA 4OGZA 5DLCA 3CWNA 4RKAA 4JGDA 3TAOA 4QISA 1KM5A 3NQEA 2VFGA 2X1SA 4UTUA 3SGUA 3CIWA 4ZQPA 4BWLC 1OFEA 3G0SA 5F4WA 4LC6A 4FNUA 2A21A 3M16A 1GWJA 5EYWA 4ZMGA 1ML1A 1GEQA 1AW1A 2V5BA 3GB6A 4DBDA 5IBXA 3FJLA 3Q58A 3IGSA 4O0ZA 5CPMA 3P84A 4O18A 5CG7A 1LCOA 2B7OA 2X2GA 3WJYA 3DGRA 4Z1AA 3TC6A 2X30A 3NQDA 3W84A 4NZFA 3DKJA 4IQLA 5G1YA 3MUXA 4N2YA 5BNKA 4WZHA 3OHIA 3P60A 3TKFA 4JTHA 5HWMA 4U4MA 1IGSA 4M7TA 5LGZA 3NG3A 2HMCA 4TIMA 3BO9A 4EF8A 4MFEA 2Z0IA 4LS1A 2W6RA 3SECA 4S2BA 5DCDA 4N6FA 1RR2A 2VENA 3C3NA 5DN1A 3G1AA 3G8RA 3TCEA 4O50A 4N9CA 3LV6A 5I3GA 2NUYA 3W71A 3FJ6A 5LHEA 1H51A 5C6MA 1TV7A 4PEKA 5AHMA 3UQNA 4FHAA 4O54A 3UZJA 2TPSA 3SW6A 1VLWA 3PUDA 1XL9A 3YPIA 3WK2A 2HSAA 2C14A 1GVRA 2OMAA 3PUOA 2X16A 4XBSA 1IIHA 3L66A 1XC4A 3S5YA 4DO4A 3MBDA 3NAVA 3SR7A 1H62A 3ELFA 3KRSA 2QDHA 3DENA 1IF2A 2GJNA 4B5NA 1KBIA 4JTLA 3RNDA 4A2RA 1WA3A 3FLUA 3IVTA 1I45A 3EXSA 3MI3A 1SU5A 3W7OA 2J9XA 2QCDA 2CLFA 3NL6A 3TU9A 1A50A 1PHQA 1J4EA 2FDSA 5TBOA 3DBPA 5FI8A 2FPTA 3F4WA 4QITA 2ZFAA 1JUKA 2CLOA 4LV4A 2G95A 2GQAA 4N4QA 3JR2A 2CLIA 2YGYA 3DFOA 2DU2A 1TTJA 1SO6A 1FCUA 3UXAA 3QRHA 2WOQA 3KX6A 2CZFA 3TSMA 3HPXA 3M5VA 2A2IA 4FO4A 3UXDA 4A22A 4K38A 2QUVA 1K7FA 3R5EA 3LXCA 4WY0B 2XN0A 3LHUA 5D09A 2GVJA 3GXPA 3R89A 4S1FA 4UXDA 4PODA 1WYIA 2YDAA 4LS0A 3BG5A 1W0MA 1JQVA 2FTPA 2CLHA 4AXKA 1PHWA 4UR7A 5T26A 4RLIA 3LHTA 3GDTA 3L5AA 3KVMA 3WK3A 3PG8A 3S5ZA 3KXQA 4UFHA 4NJKA 1DV7A 1Q6RA 1XM3A 1XUZA 4A29A 1XCFA 1Q6LA 2PRMA 1JCXA 1H7RA 2G97A 2YX0A 3R12A 3MWAA 4JTTA 3EWYA 2QAPA 2V81A 3WFAA 2C16A 3INPA 4M7SA 3W9ZA 1HL2A 5AC7A 1XBYA 1LOLA 3QPZA 1A5SA 4OV4A 1OFDA 5K3VA 4O53A 3STCA 1QPNA 4KFNA 1L6SA 3IIPA 3TK7A 1FWRA 3LLDA 1GVFA 4N9BA 3CEUA 3W1RA 1C8VA 3W1UA 1G4PA 1XKYA 3LHYA 3W73A 4HNUA 3UYCA 4O16A 2VKZG 2ISSA 4TO8A 4I7WA 2OZ0A 3GXNA 3CC1A 4LUIA 1UB3A 3EXRA 4JTJA 3MMTA 2WQPA 3CM4A 3E49A 1UUOA 4GXMA 4DO6A 3EWUA 3QMRA 1SO4A 3E9AA 1RQEA 3DFSA 4OV9A 3C2RA 3KVLA 3A22A 3FYPA 3L0NA 2Z6IA 1K8YA 2ZA1A 1SQ7A 4IGHA 4OBTA 2ISWA 4JNMA 4LC8A 3O6DA 4DO5A 3L65A 4EF9A 4UFKA 2QDGA 4FEZA 2B4GA 1YDVA 5F2LA 1LTDA 3W2NA 1ADOA 3O8AA 3W1AA 1C9DA 1EIXA 5J5RA 4POCA 4K37A 3VKJA 4HNNA 2E5DA 3RLUA 3DI1A 1HO4A 5HUPA 3GZ3A 4ORIA 4O4WA 1LROA 2BZNA 1IXOA 3QMSA 1W3IA 3C2OA 1EPXA 1AL8A 4BI6A 3BLFA 4MZ1A 3IVSA 4A3UA 4UTWC 2PRLA 4JDBA 2CLMA 2HS6A 3W7IA 1ZALA 1ZFJA 3BVJA 1ZAIA 4LVBA 2ZZ1A 5D04C 4NVTA 4MY1A 4QIUA 1S5WA 2NUXA 4JYDA 5G2WA 5K4ZA 4J9JA 1H61A 2ZRWA 5AHNA 3PS7A 5I3IA 2TMDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KM5A

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