1L9WA

Crystal structure of 3-dehydroquinase from salmonella typhi complexed with reaction product
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
MKTVTVKNLIIGEGMPKIIVSLMGRDINSVKAEALAYREATFDILEWRVDHFMDIASTQSVLTAARVIRDAMPDIPLLFTFRSAKEGGEQTITTQHYLTLNRAAIDSGLVDMIDLELFTGDADVKATVDYAHAHNVYVVMSNHDFHQTPSAEEMVSRLRKMQALGADIPKIAVMPQSKHDVLTLLTATLEMQQHYADRPVITMSMAKEGVISRLAGEVFGSAATFGAVKQASAPGQIAVNDLRSVLMILHNA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase aroD
publication title Comparison of different crystal forms of 3-dehydroquinase from Salmonella typhi and its implication for the enzyme activity.
pubmed doi rcsb
total genus 87
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2002-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l9wA00
3LBMA 3TJLA 3M41A 5AYXA 1V7YA 4YXGA 1F7BA 1PE1A 4O0ZA 3BW3A 2R91A 5AHFA 1OFDA 3FYOA 3N2XA 4LOCA 1TPFA 2V81A 4Q32A 3LCWA 1QPQA 1WV2A 4UXDA 3OG3A 3HG3A 2ZFAA 2EGZA 3SGUA 4LVGA 1QPOA 1L6WA 2XFWA 2LLEA 4I7UA 3WFAA 4MY9A 3PUOA 3V1PA 3LHYA 4GUFA 5DXXA 2TPSA 5HINA 3FJLA 3LTSA 4N6FA 4OV9A 2Z2UA 1VLWA 3W7EA 4YCPA 3PUDA 3PR2A 1TV7A 1JCYA 4KWWA 3W7QA 5U4NA 1XL9A 1ZALA 2CLMA 4JY9A 1XXXA 1DL3A 2A1YA 3TH6A 3W7HA 1Y0EA 2GJNA 3TFXA 1DORA 2DZUA 1P5BA 4XTIA 3P81A 1EWDA 2OJPA 3GAKA 3N9SA 5F4WA 3USBA 2V5BA 5IBXA 1DQWA 3QMSA 3W9ZA 3LLDA 3WJSA 3PG8A 1FUYA 4NXSA 1SR9A 3S8HA 4NUWA 1RZMA 1SZGA 4AHPA 4DXVA 1XBXA 2WSYA 3TFCA 1TRDA 2C19A 4GC4A 2EAWA 4A2RA 2YCEA 3A9IA 1K8YA 3LI0A 2BTMA 1SPQA 5FF0A 4POCA 2QF7A 3QF0A 4K8EA 4DBDA 3PSVA 4LNYA 1FDZA 1G7UA 2ISVA 2F84A 5EYWA 1ZAHA 2YYTA 3KOFA 4K39A 3LB0A 2HTMA 1F5ZA 2A5HA 3W1LA 2ZA3A 4TMBA 1KM3A 3W22A 1XM3A 2ZBTA 1ZCOA 1KM2A 1OG0A 5SWUA 3B4UA 2QJGA 2X2GA 3W2LA 1Z41A 3LCXA 2QR6A 5FEWA 3LRKA 2A2IA 4EVZA 4RR4A 3HGRA 1SW7A 3LDVA 1I2NA 5D09A 1H7PA 1F6KA 2JKAA 3C56A 4UFLA 3STCA 2DZXA 1QR7A 2ZRUA 1IXOA 1W5QA 3E49A 1SO4A 3TW6A 4AF0A 4CCCA 1MEHA 4R33A 2VOMA 3O16A 3GZ3A 4R34A 1GVQA 4IXXA 4LVAA 3G0SA 3NXFA 3WJYA 4BFAA 3GLCA 4O18A 4GE8A 1T96A 3C61A 2C16A 1ZJIA 2WKJA 5AYZA 4Z1AA 3I65A 3N34A 1TCDA 2YSWA 5J5DA 1KTBA 4UTLA 3EX3A 3BV4A 1JUEA 4S1FA 3M9YA 3KRSA 4X2RA 3TQ0A 3L9CA 2G5WA 3NPXA 5F1VA 3QC3A 3PF3A 1L6SA 4C1KA 3PBWA 4PL1A 2H3DA 3MUXA 5BMXA 2ZZ6A 2GQ8A 3GNNA 1VZWA 3SFKA 5HR7A 4JX5A 4DQWA 2YW3A 3SGZA 4KFNA 3TMLA 3GIYA 3M43A 3EX4A 1N7KA 1ZHAA 3LCHA 1GVSA 5CPMA 3W73A 4IX0A 3W86A 4XUGA 4WJEA 2BX7A 5MHBA 1LTDA 3DENA 3ABSA 3INPA 4YL2A 1OX5A 1VGAA 2C1HA 3L2IA 4O4WA 3T78A 3A5FA 1C29A 2VEMA 3QFEA 3P5YA 2FQIA 3QQ1A 1CX9A 1TMHA 3G1HA 3AO0A 3R8RA 2ATMA 2C3ZA 1Q3NA 2BXVA 2B7OA 4FNSA 4O50A 2FLIA 1OX4A 4Z0SA 1YLVA 3PB2A 3T4CA 3CEUA 4XKYA 3MBFA 1QO2A 3MMTA 4TU1A 1VYSX 4RX0A 3L21A 1LOQA 4UIOA 3I68A 3NG3A 2NUWA 5HR6A 1ZY9A 5F2GA 1O5KA 5FF4A 1JRCA 5CPOA 5DY2A 3VE9A 2JKEA 1TYGA 1H1YA 5HULA 2ZDRA 4M6PA 1EUAA 3EX2A 3NQVA 5D38A 3UWUA 2E77A 3CB8A 4JYDA 1TTQA 3T40A 2GQAA 4ALDA 2WQPA 1QFEA 1H5YA 1LM1A 1GQNA 4FHAA 2R8WA 1RPXA 1ICPA 2B7QA 2CZDA 2GVGA 3IGXA 1VYPX 4FX8A 2NUYA 2G97A 1GT8A 3P8IA 3STGA 5G4WA 1OYAA 3GR8A 4UTWC 3EEGA 4KFOA 2QCDA 4RK8A 3NGJA 1EPXA 4NZFA 2HS8A 5CZTA 4DPQA 1LDCA 4JTUA 4B5NA 1QAPA 4Y6GA 3S5YA 3MBDA 1FCUA 1FCQA 3SJ3A 4JD4A 1VHCA 1HTIA 4UFIA 1F6PA 3CM4A 4JICA 3TDFA 2OT1A 4UTMA 3ABRA 3N14A 3E12A 4AVFA 1SW3A 3EXRA 4CLMA 1VCFA 4FIQA 1M7PA 1BWKA 3G24A 2V2CA 3LERA 4PCFA 1D3HA 1VR6A 1QO5A 1MEIA 3CIWA 1WX0A 2X1TA 4M7SA 1OHLA 1QPNA 2V5LA 1S5WA 3M6YA 3KFTA 4MYAA 1EA0A 1J2WA 2JK2A 2C0AA 4QNWA 3NQAA 3MP5A 4UNLA 1D3GA 1SSGA 3M1ZA 1OVDA 3LHZA 5DELA 3SZ8A 3NQFA 1RQEA 2W6RA 1PHQA 2QUUA 4QISA 3W6YA 4IXHA 2YYUA 3QQ0A 4O11A 2VEIA 5DXYA 4NX0A 2CZFA 2NLIA 3KAOA 4O10A 3PBUA 3L0KA 3DZ1A 5DLCA 3JRKA 3HGOA 3R2GA 5K7JA 2PRLA 3WK0A 4N9CA 5HWJA 2PURA 1ME7A 4LT9A 4LTSA 1UUMA 1E51A 4PH6A 3HG5A 4WOZA 4Q33A 3N19B 1KLYA 4IQLA 3OA3A 5EY5A 3W88A 1TV5A 2B7PA 2X1RA 2FJKA 5CZ0A 3BG9A 1W5OA 4RCXA 3C2FA 3GR7A 1O4UA 3R5EA 2Y7EA 3W2UA 3FFSA 4BI5A 4FEZA 2NWSA 3NQ8A 1CI1A 1H7RA 3M5ZA 3UPBA 1IXNA 3DAQA 1LRQA 4HKPA 3NYZA 3W7JA 3TC7A 3PBYA 3QRHA 4CNPA 5HUPA 4FNRA 1R47A 4FNQA 4N9BA 1S3HA 3OHIA 1G4EA 4CCDA 2Y7FA 3P62A 1TPWA 4ICNA 1G69A 3TAKA 3NOEA 2H90A 4ZQRA 1ZENA 2B0MA 1GZGA 1KM0A 1W56A 1PHWA 1LYXA 1KFJA 1OK6A 1OX6A 1LBLA 1SUXA 1XFBA 1LRTA 1OFRA 5KITA 1X7FA 2ALDA 4C1LA 2NXHA 3M44A 1QOQA 3TQVA 1NF0A 4O4VA 1K03A 5CGQA 4LV9A 3DI1A 4O17A 3PS7A 3KHJA 1JCMP 1PIIA 2AQWA 4OE7A 2ZRVA 2WNZA 1W5NA 4HHPA 1B4EA 3G0UA 2YR1A 4UTTA 3W70A 3UD6A 4NNAA 1K02A 5LHFA 3BLFA 3LOTA 3ANYA 2H3BA 3O07A 1HFBA 5L9FA 4TMCA 1EP2A 3KRZA 3ZS4A 3R13A 4JTEA 4GUGA 1OF8A 3IVUA 3QW4B 1HL2A 2RH9A 3HIJA 5AHNA 1QOPA 2DZSA 1VRDA 4JTFA 4O8RA 3RNDA 3C2VA 4P2VA 2A85A 2NX1A 2I14A 3S5OA 4M19A 1A5AA 4O16A 3LLFA 2CZ5A 4ZQMA 3GDTA 1H50A 4QQ3A 3T44A 2QJHA 4HIBA 3HJZA 5HUOA 1LBMA 1TJPA 1W3NA 2A7NA 1W37A 3OVPA 3OVRA 4WD0A 3GVGA 4HN4A 3EX1A 3CPRA 4JIPA 4DF1A 4LVFA 4H4IA 3Q94A 4BF9A 1LLWA 3Q37A 1WA3A 1F73A 4MFDA 4ONVA 2GVLA 3NA8A 2VEPA 2QCFA 3K30A 1YADA 4LWWA 1G4TA 4ZQPA 1QDSA 2H8XA 3QPYA 2QCMA 2ZZ4A 3E9AA 4RZ4A 2CLIA 4HT3A 4D2JA 2GJLA 2R94A 1ZNNA 1OF6A 3NQMA 4OWGA 1AL7A 5D2VA 3S1XA 1HO1A 3F03K 3VFLA 4HPJA 3G8EA 1C9DA 1H63A 2ZA1A 2QCLA 4Z0JA 2O7SA 3LX9A 3GDRA 1R2SA 2X1SA 4ADTA 1EWEA 3HPZA 1I8JA 1AMKA 1PVNA 4OV4A 4A22A 4O52A 4LUJA 4GXMA 1C8VA 1PCWA 1H7WA 4MFEA 1GOXA 1HUVA 1BEUA 2Y6ZA 3W1AA 2V82A 1M6JA 1SO3A 3RU6A 3IRDA 4ORIA 3IGSA 1DJQA 1SFLA 3W83A 3A21A 5AOUA 3GYEA 3WJXA 3UYCA 2F7FA 4AHQA 4FX7A 3NO5A 3UQNA 1XI3A 3FLUA 2QJIA 1KM6A 1SZNA 1W3TA 3QYQA 4LV4A 3STEA 1SSDA 4LS0A 4WUIA 1IXQA 1W1ZA 1BWLA 3EWBX 1A5SA 3QW3A 3BW2A 4ZVJA 3CU2A 3A5VA 1OFBA 3HMJG 3G1YA 4N2YA 4A21A 3TSDA 4JDYA 2DZVA 2FTPA 5LNSA 1F74A 4IPIA 3M5YA 3TA6A 5G4EA 4LC6A 1YXCA 1T8XA 4RJEA 2DP3A 1T0OA 4RXFA 5D02A 5K3VA 2Y70A 3O6DA 2WPBA 2WOQA 3O06A 2VC6A 1X8FA 4AB4A 1LOLA 4OU1A 4FO4A 5D32A 3KX6A 3LHWA 2R14A 3LHUA 2WSQA 5GVJA 4JTTA 2VENA 3Q2DA 3MP3A 4IOTA 1H61A 1RVGA 3T7VA 3PBVA 3NL5A 3MI2A 4QM1A 5KZDA 1N8FA 2GVJA 1R46A 1GVOA 1GVRA 2YZRA 3Q58A 1KV5A 3HF3A 1THFD 5LGZA 4PODA 1KM5A 5K9XA 2IQTA 2V2HA 2Q8ZA 3YPIA 6ALDA 2VFIA 4O57A 3SI9A 2YFNA 1Q6OA 3T55A 2QCEA 3WK3A 3FIGA 1KTCA 4TIMA 1A5CA 3S0CA 2JGQA 5U7SA 5IM51 5IBXC 5BW6A 1TTIA 3S1WA 3IVSA 4N9DA 2ABBA 4LUIA 5KSWA 1K7XA 3LGEA 1TPVA 1OFPA 3LXBA 2G96A 2E6AA 3H53A 1UJPA 1CW2A 4JYEA 3QSRA 3IV3A 3LHTA 3W75A 3EWWA 1RV8A 5C5YA 3VCRA 4LRSA 4HNNA 4JY8A 2PC4A 1V5XA 3B05A 2YFOA 3QMRA 4RKAA 5DBTA 2PE4A 1VS1A 2AGKA 1L2UA 3W74A 4PL2A 4DO6A 4OGZA 7TIMA 1LOSA 1LZOA 4M6QA 2J24A 5DN1A 4JGDA 3RLVA 5LKYA 3GKAA 5TQLA 4DO5A 5HWNA 1ICQA 3MI3A 2ZA2A 3G1DA 2Z6JA 3TNOA 3O15A 1W0MA 2RHGA 4X9SA 3KVJA 1P0NA 1WBJA 5AB3A 4UFMA 4AXKA 2Q8LA 1WQ5A 3FJ6A 1JVNA 1IF2A 3N3MA 4ZZ9A 1NFBA 1W31A 3W76A 1U83A 3NQ6A 4X22A 5F1UA 1DVJA 2QCNA 2V0TA 1H1ZA 3HOJA 5KTLA 1DOSA 2YX0A 3LV5A 3ZR4A 2UV8G 4IMGA 2JBMA 2EKCA 2C14A 5LNVA 2DJXA 1DQXA 1W8SA 1XUZA 1EP1A 2E6YA 3E96A 4TO8A 4GUHA 4NNBA 1O60A 2CFFA 4BR1A 5KMYA 4E0CA 1UCWA 5F2MA 3NPUA 4OBTA 2B4GA 2QDHA 3C8FA 4TX9A 4ZQCA 1SZFA 1I45A 5EL1A 4GWEA 4LVDA 1XDLA 5CKSA 5TBOA 4JTKA 4AH7A 4K38A 3NR0A 5HJLA 4MVAA 3PUEA 4JTSA 5AN7A 1GJPA 4NJHA 2NXIA 4ORMA 1TPC1 2V2DA 3WJWA 3LV6A 3NM1A 2X16A 3O6YX 4AHOA 4AWTA 4WY0F 5K4XA 5I3IA 5K4ZA 4W9TA 1S5TA 1W54A 3PSWA 3C6CA 5HMSA 3OBKA 1XCFA 4XQ6A 3L66A 5HWMA 4GJ1A 1WOAA 1GYNA 2E5BA 3W07A 2Y85A 4MY1A 3W2MA 4JN6A 4JNMA 4UR7A 5FI8A 2A6NA 3BVJA 3GXTA 2QCDB 1DV7A 3EXTA 2J9YA 5FEPA 3CC1A 1I4NA 4UR8A 3NEVA 1YPFA 3HGJA 3L0GA 1KBIA 2Z1BA 3HO8A 4I7VA 4GFSA 3W7CA 3M16A 5D2XA 1FCBA 1O95A 3VKJA 4LW7A 3FYPA 1WBHA 1EUNA 2QCHA 2H6RA 4ZQOA 1PS9A 4IMDA 4NVTA 3D0CA 1YYAA 1LRNA 5FESA 1Z44A 5LNWA 4WY0A 3TSBA 2EPHA 3TK7A 4HPXA 4DPPA 1QWGA 5EA9A 3P7YA 2OT0A 2CWNA 1GWJA 4LS2A 2ZTKA 4UTIA 2B7NA 5EPDA 1LLZA 4MZ8A 4OHQA 4UTUA 3LCIA 1FDJA 4RV8A 3G3MA 5ABTA 4IUOA 4ZL1A 3A22A 4UFKA 2FPTA 2NXGA 2A21A 1GTHA 2VFDA 4DF0A 4Y9AA 1HG3A 3W85A 3W1QA 3ELFA 2BSLA 4GBUA 1JUKA 3QZEA 5D2YA 4NQ1A 3IIXA 4O0KA 4YMZA 3S9YA 3L67A 5I3HA 1X1ZA 1K8ZA 5HNRA 5CSSA 3GKFA 3KXQA 2VFGA 4JX4A 1XBYA 1P1XA 1EEPA 2NX9A 5CPNA 2YDAA 5AC7A 3LBCA 3CWNA 3S5NA 1YDOA 3QSTA 3VE7A 5KZEA 1LORA 3WK2A 4DEFA 2DORA 1SW0A 4N6EA 3F4WA 3DFPA 3DFNA 3NVTA 5HQEA 3WK1A 2CLKA 3EWXA 3PC0A 4H3DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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