1M7O | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structures of Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed to substrate analogues: observation of the catalytic loop in the open conformation in the ligand-bound state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	92
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-07-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1m7oA00

5BMWA 4HNNA 1DQWA 5EY5A 4NJGA 4JX6A 3NAVA 3S42A 1XUUA 4YMZA 4HSNA 4XWUA 2F84A 4FX7A 3W1NA 4LS2A 1JCMP 1RR2A 5LKYA 3GX9A 1W3TA 3MI2A 1YXDA 4LVDA 2V8ZA 5KMYA 1AW5A 1HO4A 1S5VA 2B7PA 3OEXA 4MUZA 3F4NA 2FTPA 1H7NA 1IIHA 1OABA 3E49A 4UIOA 1ZHAA 4N2YA 1SU5A 1VS1A 1SO3A 1NFBA 3LHTA 1F6KA 3IRDA 3P81A 1P5BA 1G69A 3C61A 4KFOA 3MUXA 4H4IA 4IPJA 3LGEA 3LXBA 2X1UA 3P82A 4Q4KA 3BPWA 2OMAA 4FIRA 3RK8A 3QW4B 4CQAA 3PS7A 3P60A 2OX1A 4RZ4A 3KVKA 4QQ3A 3UY7A 5AN7A 2Q3OA 3LTSA 3PVFA 4IX2A 4WUIA 4DPQA 2WO5A 2V2HA 2D73A 4FNTA 3UWZA 3DGRA 3NQ6A 3W1MA 5F1UA 1O94A 1U83A 3C4UA 3P7YA 3O16A 2GQ9A 3BG9A 4A2RA 3GDTA 4JX5A 4JNMA 2AGKA 4AWTA 2E1DA 3PSWA 3R2GA 2DJLA 3G1YA 3PR2A 3IGSA 2CZDA 5D2TA 5G5IA 4YCOA 1VCFA 1IXNA 4N9BA 1OK4A 3HMJG 4IMEA 3P62A 1XUZA 3W7RA 2XN2A 2GJLA 1DJNA 5EBUA 1JRBA 2VFHA 3LCFA 2OZ0A 1MO0A 4GUGA 3FS2A 3MP3A 2WOQA 4O15A 4TIMA 5DY2A 5I3HA 1TPB1 1FWWA 1QPNA 3KAOA 3S1WA 3ZWTA 1WYIA 4CQ8A 1A5BA 3TSBA 1JQXA 1KFJA 1GOXA 4QIUA 4N9DA 1VYPX 3W84A 2W79A 1SFLA 2RHGA 3N14A 3HGRA 4BI7A 4O53A 2GVGA 5CZSA 2TRSA 3NZ1A 3W7KA 1OYAA 4DO5A 4K7VA 1ZAIA 3TR2A 4GXMA 4UR7A 1TTIA 3QMRA 4O16A 3OBKA 4RR4A 3C0JA 2WPBA 1SO4A 1P1XA 5AYYA 3UXDA 3BW4A 5H2ZA 3DFPA 3P5ZA 2Y6ZA 1KTBA 5LGZA 1S5WA 1K02A 3M5XA 1GZGA 4UTHA 1VGAA 2B0MA 3QYQA 4O0KA 3UZJA 3M5VA 2ZRZA 3GLCA 2Y63A 4Y96A 4MFEA 3WJWA 4JYDA 4LRTA 4MZ8A 4DF1A 4MY9A 5DN1A 3W7HA 2O7SA 1G4EA 2KZHA 3FLUA 1VYSX 1LZOA 1ZALA 3LI0A 3F4WA 1Z42A 3PG8A 1I4NA 4JYEA 4GWEA 5G1TA 5K9XA 1KM0A 1IXPA 1WBHA 3FJ6A 3IVTA 5TQLA 1DJQA 4AHPA 3G1SA 2RKXA 1FCBA 3LHVA 1TRDA 2ZZ4A 2WJZA 3W9ZA 2TYSA 4UMBA 4PL2A 4QNWA 3TQ0A 2QAFA 1YLVA 2AQWA 1QNVA 3P80A 1J4EA 3TX9A 2QUVA 3NQ2A 2PRLA 3S5NA 3D0CA 4KFNA 1OVDA 3O63A 3W7QA 3UZ5A 5AHMA 1W1ZA 1EA0A 3W73A 1VZWA 3NQGA 3QQ1A 4JTIA 3W88A 3LCGA 1FWNA 4RZ5A 4EIVA 3MW7A 2DZTA 3M47A 4IMCA 4AF0A 5D02A 4ML9A 1YTEA 5TBOA 4O12A 5LHEA 1VJIA 1EB3A 2GVJA 1OFOA 4CLMA 2CLMA 1FY6A 4EF8A 1LRQA 3NQ7A 2JGQA 5A5WA 5CZ0A 2DZUA 3A21A 1OX4A 1WOAA 1PL9A 2NUYA 4A3UA 4DF0A 4HNTA 4AB4A 3H55A 3SFKA 3TSDA 1LRTA 3ATZA 2R14A 5I3KA 3VKJA 1OG0A 1OF8A 3DHFA 2OT1A 4N9CA 1H1YA 3W1QA 1T0OA 1XBVA 2FJKA 1K3UA 3MO7A 4ZQMA 4AF0B 2WV8A 1M6JA 4ZZ9A 2X2GA 1T96A 3WK0A 4Q32A 2XN1A 4BF9A 3QMSA 4JDYA 1G4SA 3THQA 3GDRA 2WNQA 2WSQA 3KRSA 3WK2A 3ABOA 1H61A 1EUNA 1OX4B 2X30A 3T4CA 4A21A 3EX3A 1H60A 4O11A 3EX4A 3SSJA 5AOUA 2QCLA 3NVTA 3U8GA 3UXAA 2B7QA 2WSRA 3BW3A 4ZQRA 3TUUA 1JJKA 2CZEA 2JK2A 4QITA 2QCDA 3QPYA 4P61A 3TXZA 1TPDA 4OBTA 2WKJA 3DU0A 3O8AA 4RLIA 1TQXA 4FXRA 3M5YA 3HGOA 4LV9A 4NZFA 2A7PA 2QCFA 3MYOA 3W7GA 1H51A 3P8JA 1H62A 3QZEA 2DJXA 1H7PA 4UTIA 1I8JA 3RNDA 2FFCA 1EX5A 3A5FA 4O1CA 2B7OA 4N4PA 4TMBA 2NUWA 3LHYA 3M1ZA 1G7VA 1K7XA 4ZVJA 3W7NA 3UNDA 5J5DA 1R47A 4O1BA 3G8EA 2QCDB 3HG3A 4LC6A 3GDKA 4MPQA 5DLCA 3TE9A 5DCBA 1WX0A 4O28A 1SZGA 3EX2A 2GQ8A 3INPA 1UJPA 3EWZA 5F4SA 1LLWA 3KRZA 3PF3A 5BNKA 1ICPA 1KFEA 3IIOA 4JTFA 2RH9A 1YYAA 1TPWA 3CT7A 3T40A 4LUJA 3QSTA 1DOSA 3GNNA 3U6WA 1YDVA 4CNPA 5F2LA 1AK5A 3O6YX 1MEHA 4QSHA 4I7VA 4TX9A 3W7JA 4LU0A 5D2VA 4CCEA 1FXPA 4WXYA 1H7WA 4AHQA 3BLEA 5CKSA 2XN0A 2Y70A 1DV7A 4R7JA 8TIMA 3FOKA 1DQXA 4E2BA 2C14A 1EPXA 4OWGA 1DHPA 4UNKA 4UTWA 2F7FA 2NXHA 5D09A 1L9WA 5ABTA 2QJIA 3P8IA 1W5OA 3R12A 1TSIA 3SJ3A 4AMAA 1JCXA 1N55A 2C18A 5HULA 1VRDA 3W3OA 4JTTA 2BWGA 4R53A 2Y88A 3GKFA 4ALDA 2E6FA 5KSWA 3ZR4A 4RK8A 5AHEA 3NQMA 1QPOA 3C3NA 2V2DA 4FXSA 1GTHA 2QUUA 4JGDA 3NDOA 3EKZA 2ZZ3A 1RZMA 2QCNA 2X1RA 4UR8A 2DP3A 4LS1A 1XBYA 1L6YA 1SW7A 3S1XA 4N02A 2Y7EA 1W3IA 3NO5A 3B05A 3NL5A 1TCDA 2QEZA 4RXFA 5HWJA 3PBVA 2R91A 4LY8A 4MYXA 4Z0SA 1NF0A 4X22A 5DBUA 3JR2A 5EMUA 4FIQA 2FB3A 4S1FA 1SW3A 1B4KA 5HMSA 1G7UA 3TKFA 2I14A 3UPWA 4ADUA 1LLZA 2JKEA 1TTPA 2YZRA 1OFAA 3S6DA 1P0KA 1SUXA 4MIMA 3CIXA 1J5TA 4UTLA 1F73A 5DBTA 1JUKA 2E09A 4LC8A 2VFIA 1GPWA 1OJXA 4IUOA 1IF2A 1KW1A 4BR1A 4NNCA 3GIYA 4FO4A 1K7FA 3CEUA 2VFGA 4MOZA 1GVQA 3SECA 3HQ1A 1ICQA 3PB2A 3EB2A 1H5YA 1X1ZA 4LUIA 1S3HA 2I1OA 3MWAA 2PURA 2GJNA 2Q8ZA 4M5PA 4ADSA 2FPVA 2DZPA 1KBJA 3G1FA 1TO3A 3QQ0A 3EXTA 4JTSA 3DAQA 4G1KA 2FPYA 1UUOA 1I45A 1PCKA 3LLFA 4O57A 2VKZG 4Y8FA 1UUMA 1HG3A 2DZSA 2QCCA 5F4XA 3GXTA 4MJMA 5GVJA 4Z1BA 3TAOA 4OT7A 1X1OA 1W3NA 4DPPA 3DI1A 1ME7A 2ZZ1A 1JCYA 1EEPA 2ZA3A 3LOTA 1B3OA 1YTDA 2A21A 3H53A 5IM51 4YL2A 1XBZA 3W87A 4DO6A 2DZXA 1B4EA 2C3ZA 2J88A 2ZZ7A 3G0SA 3L0KA 3M7WA 3NQCA 3TJLA 4QAIA 3KRUA 4HPXA 3RLUA 1W5MA 2A0NA 1XXXA 4UFLA 3FKRA 2PRHA 3M43A 5DXYA 3IEBA 5D33A 1R2TA 1FBAA 2CW6A 3TJXA 2CLOA 3FJLA 4M6QA 3PUOA 1JR1A 3L5AA 4BWLA 3WK1A 3W7MA 1F05A 4I7WA 5D38A 2CLKA 3M9YA 3F03K 4S2BA 4XZ9A 2ZRYA 5E1QA 5G1YA 3WJSA 2ZRVA 4FNQA 2H6RA 3CTLA 1UBSA 3GDLA 2NX1A 1I2NA 3W75A 1V7YA 4K37A 1L6WA 4FNSA 1FXQA 4BFAA 5I3IA 3VNDA 2YPIA 1XL9A 3QMTA 4IX0A 3UY8A 3W85A 4MVAA 4LW7A 2TMDA 4WOQA 4CNNA 1H50A 3MHGA 3W7IA 3Q94A 1VR6A 4C1LA 3KVMA 2P0OA 2VELA 1KBIA 3KOFA 1XC4A 1A5AA 3BLIA 3UWYA 3N19B 3GR7A 3QRHA 4UFJA 2P1FA 4KKXA 5AC8A 3B0VC 2RDUA 5HWMA 5G2HA 3QEZA 5C5YA 4ZQCA 5HR7A 1XBXA 4L4MA 1QR7A 3KVJA 3MHUA 4UTWC 2JBMA 4WXZA 3HG2A 3LCWA 4IMFA 1W37A 1LCOA 1YDNA 4UFMA 4X2RA 4QJ1A 3AO0A 3L21A 5K4XA 1NEYA 2ZTJA 2CZFA 4N4QA 1YXCA 1ICSA 3T44A 2PRMA 1JQVA 5FF2A 1DL3A 3VE7A 2E6YA 1SFJA 3TW6A 1WBJA 4AWSA 1IIGA 1TPH1 1KA9F 5G2WA 1M7PA 2YYTA 4WQ6A 4MLRA 1DBTA 3HJZA 5HQEA 1T8XA 3W2MA 4NXKA 2A85A 3G24A 1PHWA 1GWJA 1TB3A 3RU6A 2NLIA 3NM1A 2ZZ2A 5FF3A 1TV8A 4AHOA 1H7XA 2C15A 2ZTKA 2PCQA 5BW6A 3NNTA 5E0KA 1AL8A 4O8RA 5AC7A 3HPXA 3E9AA 3DKLA 2Z0IA 3RLVA 1A53A 4O1DA 3L5MA 1OK6A 1RV8A 1THFD 2E68A 3U2OA 4ORMA 1RD5A 3GNDA 2Q8LA 3MHFA 1W56A 1IXQA 4UTMA 1JUBA 3CQ0A 3S5ZA 3G0UA 2Q3RA 1D9EA 2ZDRA 4EVZA 4O1AA 2E5DA 1LOSA 4UTKA 1FWTA 1ZJIA 3DFQA 5KZMA 2W6RA 1TMHA 3SGZA 4XTIA 1O4UA 2JGYA 5K9CA 4K36A 3IIVA 1VH7A 3CWOX 4TU1A 1K03A 3O07A 2Y7FA 3CLMA 3PY2A 3I6RA 2ISVA 3T7VA 3NQAA 1NSJA 3PAJA 3G18A 1FWRA 2EHHA 3M41A 3CIWA 1ML1A 3G1AA 5K7JA 3VE9A 1PHQA 2BXVA 3NG3A 4IXXA 2GUUA 3C2RA 3CM4A 3L67A 4UFIA 1O95A 2NX9A 1ALDA 3UWUA 1EUAA 3GYEA 5FF4A 1TPVA 3STEA 1WQ5A 1WAUA 1ZFJA 3BK0A 5U4NA 4XUGA 3TIMA 3W72A 5KINA 4LRSA 4O19A 4MKNA 3EWBX 4WY0A 3TMLA 1FQ0A 4U4MA 3C6CA 3RFAA 2FQIA 3W1UA 4GUIA 1OFDA 1NAL1 4LV4A 4O4VA 1LBLA 2QDGA 4UMCA 1OHLA 4JIQA 1NF7A 1I2OA 1ADOA 2YYUA 4AXKA 3GKAA 3G1DA 3OHIA 1ZAJA 2V2CA 2QAPA 3EWUA 3GAKA 4FEZA 4ADTA 4RJEA 4UTJA 4BWLC 3EXSA 5BRBA 5MHBA 4YCPA 4WY0B 5DCDA 2VC6A 1EP2A 4POCA 1JULA 4LS0A 3LRMA 1EP1A 4GBUA 4H6KA 5FF7A 2TPSA 1UCWA 5I3FA 2VEIA 3LX9A 3UD6A 3G0XA 4FB7A 3QF0A 1U5JA 3EWXA 4L4LA 2CLEA 4MZ1A 4CCDA 1TV5A 3MJYA 4QNEA 2X1SA 2ALDA 2VEPA 2ATMA 3ABSA 1BTMA 1R2RA 1Y0EA 3KX6A 4FX8A 1M5WA 2A6LA 4R34A 4ZQNA 3TCEA 3W83A 4TR9A 5AHLA 1HTIA 4QM1A 1OF6A 2OCZA 2BZNA 2V5BA 3W2KA 4C1KA 2VEKA 3MBFA 2E5BA 5TIMA 2Y85A 2UV8G 3QSRA 4Z1DA 4RX0A 1LRNA 3W7DA 4NJIA 1LROA 2ZYFA 1XKYA 4E2DA 3MI3A 4PC8A 1DVJA 1QMLA 2IQTA 2J27A 4ICNA 1QOPA 2NXGA 4RV8A 3A9IA 4UNLA 3ZFHA 3P61A 4OHQA 4U28A 2YR1A 6TIMA 1RQHA 1WOBA 3W7OA 2YW4A 1ME8A 4JIPA 3A23A 3TC7A 2G95A 2V5LA 4BK9A 4Z1AA 3A24A 3TFCA 3GXNA 2Z1BA 4WX2A 3E0IA 1EWEA 5EYWA 1TTJA 3M16A 5K3VA 4UXDA 4H3DA 3HGSA 4UFKA 3N9RA 5CSRA 3N2MA 4Z0JA 3LHUA 3KXQA 3F1QA 4GNJA 3KHJA 1RQBA 1YPIA 4LNYA 1Q45A 3NR0A 1D3GA 3W6YA 4FX6M 3W1TA 3TROA 1XDLA 1KFCA 4OGZA 1H1ZA 1FDYA 5EA9A 3GR8A 2H8XA 1L6SA 3CC1A 4LOCA 4Z08A 3LXCA 1QAPA 1C29A 3LM7A 1ZAHA 1VHCA 5FF0A 3ZWSA 1Q6LA 2QJHA 1GVFA 2GQAA 4HN4A 1HO1A 2C13A 4OE7A 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1MEWA 2VENA 3NXFA 4JTHA 1KLZA 2J9ZA 1TIMA 3E96A 4W9TA 3SZ8A 1SZNA 2CLIA 3DFOA 3NQ8A 2CLHA 4JTUA 4PL1A 4LVGA 4JTKA 2G97A 3BLFA 1RPXA 3HBLA 2CLFA 4DBDA 1X7FA 1SPQA 5EL1A 4Y6GA 1GT8A 2QCMA 4O54A 3STGA 5AHNA 4JTGA 3GDMA 3LCIA 5E93A 3M5ZA 3O6CA 5HWNA 1PV8A 1H7OA 5C6MA 3QPZA 2C6QA 3S9YA 5D32A 3BG5A 5L6UA 2FPTA 2R8WA 3SI9A 2ZQ0A 1I2PA 3EKLA 3O05A 2C0AA 3NL6A 2AAMA 2NZLA 1F76A 2I9EA 2JKAA 3TAKA 1F6PA 3EXRA 4HPJA 4K6AA 3W7LA 2J24A 3NPUA 1ONRA 1K8XA 3S5OA 2WQPA 5CGQA 3FYPA 4YLWA 1YDOA 1OFPA 1SQ7A 4OV4A 3LDVA 5FEXA 4J9JA 3C56A 4IQLA 3DHDA 1KFKA 5D2YA 1HUVA 1KM3A 3FEMA 1IGSA 3O6DA 4Q33A 1KLYA 1R30A 4IXHA 1SSGA 4O10A 1WA3A 4WJEA 3TQKA 3TW7A 6ALDA 4Y90A 3HF3A 5LNWA 4UC5A 2FIQA 4P2VA 4PA8A 1TYGA 3K30A 1P0NA 3ABRA 3W7CA 4HNUA 1F2JA 2NV2A 3HGJA 3UWWA 4D2JA 5CG7A 3TK7A 4I7UA 4WOZA 1UB3A 2ISSA 4ZQOA 3SR7A 2A6NA 4K8HA 3NYZA 1YPFA 5FI8A 4RKAA 2C16A 1OYBA 4JR5A 1GVRA 4DXVA 1FDZA 1B9BA 3FFSA 3LTPA 4NUWA 2VFFA 4PTNA 1DORA 2YXGA 1LM1A 3QC3A 3USBA 1QO5A 2TSYA 1K8YA 4JY8A 3C52A 4HNVA 3V75A 1R46A 4M7SA 2Y61A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1M7OA

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