1NOWA

Human lysosomal beta-hexosaminidase isoform b in complex with (2r,3r,4s,5r)-2-acetamido-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyl-piperidinium chloride (galnac-isofagomine)
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
498
structure length
480
Chain Sequence
ALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSLDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-hexosaminidase beta chain
publication title Crystal structure of Human beta-hexosaminidase B: Understanding the molecular basis of Sandhoff and Tay-Sachs disease
pubmed doi rcsb
total genus 175
structure length 480
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nowA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1nowA01
2QHAA 2ZX9A 2PB1A 5DT5A 1C8QA 2RGLA 6CGTA 3L4VA 4PYSA 1QBAA 1J0IA 3AHTA 3WNMA 3MS8A 1JGIA 1OWQA 2RGMA 4QDMA 2YL6A 1XD0A 2F61A 1VAHA 1GVYA 2X09A 3VDAA 2D3LA 4PSRA 5A2BA 5D8ZA 4UOZA 1QOXA 4CKQA 3AHXA 1UYQA 1EQPA 1HVXA 3AMCA 3BSGA 3QHOA 4HTYA 3VD3A 4R27A 2Q8XA 2GSJA 2UY2A 4PMRA 1OIMA 3OLEA 3QGVA 4C91A 1C8XA 1NQ6A 1ECEA 1HJWA 5DO8A 3CPUA 1UOKA 1GNXA 1MFUA 1J0JA 1UR0A 2VQUA 3AMGA 3W0KA 4FLQA 1VEMA 1YHTA 4AD1A 2GUYA 1B90A 2BY2A 3E1F1 2V5CA 5HDRA 2VTFA 5AC4A 3O9NA 3T2QA 1GPFA 1K9EA 3DYMA 1XC6A 5CLTA 4P8WA 1TE1A 5IDIA 4YPJA 2D24A 9CGTA 1J10A 4HZ7A 3NCOA 2JIWA 3L4WA 1TG7A 3A47A 1HL8A 3OLGA 5I0DA 1PX8A 1B3YA 3VIMA 4F9JA 5HBFA 2CXGA 4MNMA 3DYPA 5FL0A 1FHDA 5EB8A 3A4XA 2YBUA 2WBKA 1TZ7A 1KCKA 2OYMA 2X8RA 3N18A 3VIGA 4H04A 1XCWA 1JG9A 5E6YA 1UHVA 3UESA 3WNKA 5M3WA 4MB5A 1NH6A 3THDA 2E0PA 3ZSSA 1EA9C 5A6AA 3AI0A 4XUYA 1QI4A 4AWEA 1UH2A 4UFMA 1PZ2A 3T2PA 4C7FA 1UR9A 5CXPA 1JZ8A 1AMYA 1VBUA 3PTQA 2ZXBA 1CXLA 3GM8A 1DWHM 3VX1A 4IM4A 3VU2A 4AIOA 3RPMA 1B3VA 1BG4A 2DSVA 3EYPA 2CKRA 1ZBVA 4HU8A 3GH7A 1XHGA 1QW9A 3PHAA 3WH8A 4W93A 4CN6A 2E9BA 5FL1A 2WHLA 5C8BB 3CUIA 5BYWA 2J7DA 1B2YA 3VIFA 5CSYA 7A3HA 2D22A 3TTYA 1JYVA 4CD8A 1VFMA 3SCPA 1H4PA 1MW1A 1GQLA 1H11A 2ZX7A 3BXWA 1UKSA 1ODUA 1E15A 3ARYA 2DT0A 2Y24A 4GXPA 2BS9A 4XB3A 1BAGA 1HL9A 4ATWA 1WDSA 2D23A 5I24A 3M7SA 1WDQA 3QR3A 1C3FA 4GZIA 2PWGA 3THCA 4ATDA 3NDZA 4N0RA 4PMNA 1MW3A 4OUEA 5E9AA 4WK9A 3ARXA 1ZJBA 3MUY1 1KBKA 3D3AA 3WQ5A 2VT0A 1KR1A 2WLYA 1UZ4A 2DH3A 3VGDA 4UOJA 3W53A 4GI8A 1GZJA 5JIPA 2WSPA 3L4ZA 3T0AA 1V03A 4KGLA 3GXMA 4E8DA 1JYNA 1PBGA 2D3NA 1KBBA 3SCVA 3FW6A 2CBJA 2WHMA 1BHGA 4X9YA 4EAMA 3DC0A 5BXTA 5DEZA 2D1ZA 2ZWYA 4J28A 4PMUA 1GW1A 2UY3A 4D6HA 1CLXA 2OSXA 2J7EA 4K68A 1LWJA 3VGEA 5AC5A 3F5KA 3OZOA 4MB1A 3IJ8A 2CHNA 1MW0A 1ISYA 1UH4A 4JHZA 3MV11 4JFSA 4LYQA 1UD4A 1WAWA 1H2JA 1KXQA 2ZE0A 2WCSA 5CGMA 3AS1A 4UZSA 4ZEPA 1UWIA 2EPMX 2VNCA 1LQ0A 1IZJA 1TMQA 2ZUMA 5I77A 2ZUWA 2PWHA 3IK2A 4Y7EA 1J11A 3PZGA 3GXIA 4HZ8A 2OSWA 2JALA 3PZMA 3W29A 1OGGA 4JCLA 4UQEA 1PEZA 3HJEA 3CZJA 3SUWA 3CHFA 4E4PA 5GNXA 3FAXA 2ZXQA 2FH8A 2GJPA 4AEFA 1M53A 4UCFA 3BGAA 1OGBA 3WH9A 3GDBA 4NRSA 4WSKA 3KWXA 4JKLA 5CGTA 3D5HA 4OZOA 4OBSA 1EDQA 1LF1A 1QHOA 4A3HA 3CMGA 4D6EA 4D6GA 4GQQA 1E6QM 5I3DA 3AYSA 3CUFA 4BCEA 4EANA 2WMJA 1ITXA 3WL0A 1XD1A 5M5DA 2Y5EA 1W9BM 3W24A 1MYRA 1JL8A 2YL8A 4M24A 1W9VA 1L0PA 2PI6A 1OIFA 4AC1X 3OIHA 1BF2A 1QW8A 5F7UA 3HN3A 4CU8A 3PZVA 5GNYA 4F8XA 3RO8A 3ZT7A 1W1TA 1J18A 2BVYA 3S2CA 4CCEA 2VZSA 1E73M 3KL5A 1AQ0A 2J78A 1XCXA 3ARRA 2VCAA 1CECA 3T0DA 3TTOA 1E55A 4AD2A 3PTKA 2JF6A 5JIWA 1UD8A 2OWXA 3ZR6A 1UWSA 1QI3A 5BCAA 1VFFA 3KL0A 2XFFA 4LX4A 3A6OA 4EK7A 3FN9A 1E70M 1G0CA 1QNOA 3B9DA 4QCFA 2A3BA 3GNOA 4UQDA 4ATLA 1LLOA 2CYGA 1SMDA 2Y4SA 2BY0A 1ITCA 5FCZA 4D6CA 3CZLA 1W9XA 2XFRA 2EPOA 4DM1A 1C91A 1CXEA 2ZUNA 3AICA 3TA9A 4MB4A 1BPLB 3QHMA 3J7HA 1AQMA 4JHOA 3OGVA 1KB3A 4NZCA 1VIWA 5HXMA 1HJSA 3MU7A 2DT3A 3IJ7A 1K9TA 4W8AA 2ESCA 1V08A 3GZAA 3WF1A 1CYGA 2YOCA 1HN1A 2WC4A 1WCGA 1NWSA 4A3YA 4MJ2A 2EJ1A 2O9RA 1BYBA 3WEOA 4QLKA 5LA0A 4W7WA 2CBVA 4UZUA 1M03A 3SCNA 2XSAA 4Z2LA 5BROA 4J3UA 5AY7A 1DP0A 1HVQA 2YBTA 3WDHA 1HJVA 1UKTA 1V0KA 3NYDA 3M6DA 1HP4A 1SR0A 1E0XA 1OB0A 4AZIA 4OIFA 2XVNA 4PN2A 2BVTA 3SUUA 1MFVA 2WMKA 2WBGA 3WFZA 1R8LA 3AIWA 1CXHA 1CLVA 3VMOA 1VF8A 3W27A 1B9ZA 4PTWA 3WF2A 3MMDA 2WSKA 1MWOA 3WBEA 1V0MA 3HMCA 1QHPA 5DF0A 4TVUA 1RH9A 1QI2A 1JIBA 2YL9A 2FHFA 2NSXA 2D0GA 2J62A 3ZM8A 3BAWA 1W2VA 1B30A 3ARWA 1HJUA 3CHDA 6A3HA 2J25A 4ZXOA 5A95A 4EKJA 1QNSA 4HZ6A 3KL3A 4JL2A 6TAAA 4JAWA 3WD0A 2VX5A 7CGTA 5A3HA 1IV8A 2WCAA 3ARQA 3LPPA 4WKAA 1WDRA 3QHNA 4B9ZA 1V0NA 3CBWA 1JAKA 1ZBKA 2XIBA 1MW2A 4D1IA 3NSXA 1VENA 4NSBA 1NM9A 5BWFA 3A3HA 3AIQA 1EGZA 4QLLA 2DEPA 2W5FA 1V3HA 3WUGA 3BLKA 4CD6A 3AXXA 4BQ3A 2PBOA 3N15A 4J3WA 2WLZA 1H41A 1WO2A 3WNLA 1C7SA 1UZ1A 3PTMA 1E40A 1WDPA 2J75A 5LYRA 4AZ7A 3L2LA 2FH6A 2CKSA 1KGUA 2HVMA 4PRWA 1E6NA 5D4YA 2XVKA 1FA2A 4QLJA 3EDFA 3W6LA 2ZUSA 2NT1A 3VGHA 3T2OA 4W87A 2VL4A 5A8OA 1EO7A 2WM0A 4CVUA 2CBIA 5M17A 1BTCA 1X1NA 1RP8A 3ZJKA 1JZ6A 4CCDA 4Q22A 3ZQ9A 3CZEA 4HOZA 4W88A 3K46A 4BZYA 4PMOA 2XWDA 3OGRA 1QI0A 3AHYA 1XRVA 1S46A 1WZMA 4JKMA 2YL5A 5C71A 1Q6DA 2XUCA 2BV9A 3VM5A 1PX4A 2J79A 2WAGA 4S3KA 2CNCA 1GORA 3KZSA 4L4PA 3WQ4A 2CBUA 5BRQA 1B31A 3WNPA 1DWGM 4C7DA 4M29A 1V6VA 2XPKA 4YHEA 4AZ6A 2XSBA 1OCQA 3U5YA 4JKKA 3WKZA 3ZO9A 1XYZA 1C93A 1ZBWA 4V28A 3BAJA 4BQ2A 4D1JA 4J3TA 1R87A 2DH2A 4AIUA 3SCUA 2W92A 5EFFA 2ZOXA 4D6FA 1J12A 3LPOA 1GQKA 2FGLA 1QPKA 3SCRA 4DWSC 2VOTA 3I3DA 3MUZ1 1UR2A 2JEPA 2DQXA 1OGSA 3EDDA 1CZ1A 1E0VA 1MQPA 2X1IA 1FH9A 3W28A 3PZUA 4AD3A 4M8UA 3B8SA 3VD7A 2V3FA 1E6SM 3AIEA 1KWKA 4U5IA 1HIZA 1UQZA 1UKQA 1WNOA 2CIPA 4LQ1A 4PMZA 1RP9A 2QPSA 2WHKA 2VVNA 1TVNA 4DUWA 4B3LA 1LL7A 4IISA 3VGFA 4CVWA 4AD4A 3WNNA 1E5NA 1L8NA 2E9LA 1E1EA 4UFHA 5IHSA 4CD5A 5M03A 1HXJA 3APGA 1XH2A 1PAMA 4PTXA 1SFSA 2WB5A 3EMQA 3ZJ7A 3AIUA 3U7BA 2YKKA 4HPHA 1HJQA 1OINA 3I3BA 2J47A 2VX7A 3VOCA 5JBFA 3WQ6A 2DSWA 2YA1A 2J7BA 3AS3A 4B15A 4M56A 4NF7A 1E1FA 4GZJA 1ESWA 5IFPA 3BSHA 2ZUTA 3U7VA 3W6MA 2DIJA 3W37A 2JEQA 4HMDA 4D71A 2PC8A 2V38A 3GNPA 3GXFA 2WCGA 1V6XA 3PBGA 1NOWA 3VIJA 1LG2A 1QNRA 4AZGA 5HNNA 2YIHA 1MXDA 4M80A 3ZIZA 4M1RA 1OSEA 1JDDA 1C7TA 1NP2A 3MO4A 5EBAA 2WXDM 1JXJA 1UA7A 3SCTA 5BXRA 4KGJA 5E70A 4ZENA 3VIHA 4LYRA 4Z2GA 2PWFA 1BVZA 1CBGA 2E8YA 3AHZA 5A2AA 5E0CA 3EDKA 4P7RA 3AFBA 3S6TA 1EXPA 4RE4A 1EHNA 5D8WA 1W1YA 2VX4A 3WFLA 3AISA 3L4UA 1RPKA 4KH2A 3VUPA 4W7UA 4GI6A 1VJZA 3WF0A 3WH7A 3UR8A 2G3MA 2VZVA 1E72M 3A4WA 1UWRA 2IXUA 3AXHA 3VILA 4PMQA 3NUKA 1XYFA 3N9KA 7TAAA 1GQJA 2O9OA 1OT2A 2E3ZA 1GHSA 3SUSA 4QCEA 5AYIA 3IJ9A 2VRJA 5AYBA 5KZ6A 1YQ2A 2PWDA 2BVDA 2WPGA 5C70A 3PZTA 4H41A 1FFQA 3ZSTA 3GH4A 2YA2A 1XV8A 4XZBA 2A3HA 1ISZA 3BC9A 5HPCA 1B1YA 4CCCA 1UD3A 2VR5A 5E6ZA 3M07A 4W7VA 5I78A 2Z1SA 4HPGA 2E4TA 1HKJA 3CUHA 2CPUA 3K4AA 1J0YA 2QMKA 3PZQA 3NSMA 1VB9A 2FGZA 4WKFA 5GQBA 3WD3A 4ML4A 4LGXA 4H8UA 1W9PA 1GOOA 3MKKA 2D2OA 1HP5A 3IANA 1H49A 5A8NA 3RMEA 2V3EA 1UG6A 2XVGA 4X0NA 1PZ3A 2DT1A 5ABHA 3OB8A 5ECUA 4TTUA 3RCNA 1ISVA 4CU6A 3JUGA 1UUQA 3BH4A 1E0WA 1WPCA 1B3XA 3AZSA 4OJYA 1I75A 5CPQA 2G41A 3FNDA 1I1WA 1W3HA 2EXOA 1JF5A 5EMYA 4QP0A 4J3VA 1FFRA 1W91A 4PTVA 4OKDA 1E5JA 1TR1A 5A6LA 2XHYA 5FKYA 3WDPP 3TOPA 2VCCA 2VJXA 4U31A 2PWEA 4J7RA 1FH7A 4U33A 4U5KA 3VD9A 2ZX6A 1EOMA 3VGGA 3RM8A 2XM1A 1V6UA 1PPIA 3WQVA 2VI0A 2X0YA 2WVUA 2MANA 2C7FA 4P8VA 1H5VA 2AMGA 3OGSA 4JL1A 1GUVA 4NI3A 4GQRA 4TX8A 4LXFA 1Q6CA 5I2UA 3PZOA 4H2CA 4W5ZA 3ARVA 1EO5A 4PCTA 3WH6A 2UY4A 5ABEA 2VURA 3RM4A 4URIA 4WIWA 2BXYA 1GHRA 4KWUA 1NWTA 4MAZA 4GKLA 3VKKA 2ZUUA 2WC7A 3VIKA 1C8YA 4MTVA 3W4RA 4ZFMA 2W62A 4HP5A 1UR8A 3K1DA 2GDUA 2WKGA 4S3JA 4ZE4A 2J7HA 2CETA 3ARTA 3OLIA 1HF6A 3GBEA 2J8GA 1UD5A 3T09A 3EDJA 2WMFA 2GDVA 5GPRA 3ZJ8A 4Z2JA 2JE8A 3HU7A 4UFKA 3UEQA 3II1A 5D9OA 1ZL1A 2GJXA 4U3CA 4AMCA 4AZBA 1E4LA 4PEEA 4PMDA 5GNZA 3F4VA 4N42A 1GJWA 2WVSA 4OOZA 1Z32X 1BYCA 2CERA 1JNDA 1J01A 2DPEA 1Y7VA 3CO4A 3BLPX 2BNJA 4L4OA 1CXKA 4MADA 4AZ5A 4W85A 3VVGA 1E6ZA 3G6LA 1BYDA 1R85A 2ZX5A 3W38A 2WWCA 5ABFA 3CZ8A 1K6AA 3FHQA 1K9DA 2WVVA 1XSJA 2GJXB 3MSDA 2JFEX 1V02E 4H7VA 2CEQA 2VCBA 2ZXDA 4BQ5A 3TONA 5A6BA 3F5LA 3W81A 5TD4A 5CJ5A 3KE0A 5IHRA 4PTMA 3VDCA 2ZICA 4WF7A 4HMEA 3BAKA 4UQCA 1H3GA 1GQIA 2FHBA 1V3JA 3VIPA 5A94A 5A1AA 5ABFB 3ARUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QHA A;  2ZX9 A;  2PB1 A;  5DT5 A;  1C8Q A;  2RGL A;  6CGT A;  3L4V A;  4PYS A;  1QBA A;  1J0I A;  3AHT A;  3WNM A;  3MS8 A;  1JGI A;  1OWQ A;  2RGM A;  4QDM A;  2YL6 A;  1XD0 A;  2F61 A;  1VAH A;  1GVY A;  2X09 A;  3VDA A;  2D3L A;  4PSR A;  5A2B A;  5D8Z A;  4UOZ A;  1QOX A;  4CKQ A;  3AHX A;  1UYQ A;  1EQP A;  1HVX A;  3AMC A;  3BSG A;  3QHO A;  4HTY A;  3VD3 A;  4R27 A;  2Q8X A;  2GSJ A;  2UY2 A;  4PMR A;  1OIM A;  3OLE A;  3QGV A;  4C91 A;  1C8X A;  1NQ6 A;  1ECE A;  1HJW A;  5DO8 A;  3CPU A;  1UOK A;  1GNX A;  1MFU A;  1J0J A;  1UR0 A;  2VQU A;  3AMG A;  3W0K A;  4FLQ A;  1VEM A;  1YHT A;  4AD1 A;  2GUY A;  1B90 A;  2BY2 A;  3E1F 1;  2V5C A;  5HDR A;  2VTF A;  5AC4 A;  3O9N A;  3T2Q A;  1GPF A;  1K9E A;  3DYM A;  1XC6 A;  5CLT A;  4P8W A;  1TE1 A;  5IDI A;  4YPJ A;  2D24 A;  9CGT A;  1J10 A;  4HZ7 A;  3NCO A;  2JIW A;  3L4W A;  1TG7 A;  3A47 A;  1HL8 A;  3OLG A;  5I0D A;  1PX8 A;  1B3Y A;  3VIM A;  4F9J A;  5HBF A;  2CXG A;  4MNM A;  3DYP A;  5FL0 A;  1FHD A;  5EB8 A;  3A4X A;  2YBU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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