1OCQ | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Direct Observation of the Protonation State of an Imino Sugar Glycosidase Inhibitor Upon Binding pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE 5A
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
total genus	119
structure length	300
sequence length	300
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2003-02-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1ocqA00

2YA1A 3WQ6A 1HXJA 3CHFA 1U30A 1UG6A 3WH8A 3GNPA 1XRVA 1OGGA 3WH6A 3A47A 4NSBA 2Z1SA 1BYBA 1CWYA 5D9MA 2WMKA 1J10A 1VF8A 2BXZA 3ARZA 3SCWA 1K6AA 1EOKA 1W1VA 1HJSA 1XD1A 3CMGA 1E3XA 2WVVA 1PIFA 4P7LA 5CPSA 4AD2A 5I5RA 3GXMA 1DTUA 5JUVA 3QOKA 1B3WA 4HZ6A 3N15A 2E3ZA 2DDXA 1QI2A 1R86A 1ECEA 3SCQA 1Q6FA 2G3MA 1AQMA 2IXUA 1KGUA 2VR4A 4TTGA 1C8QA 3AICA 1UD5A 4NZCA 1B3XA 3VGFA 3VKKA 1RH9A 1PJ9A 3BXWA 3VMNA 2WANA 4AYSA 5A8QA 4UCFA 2OWCA 4V27A 1H41A 1ZBKA 1E9LA 5E0CA 2Y2WA 1GJWA 3VIJA 3CO4A 2UY3A 5GNZA 4FLOA 2DQXA 1CZ1A 3FHQA 4B9ZA 4L4OA 3WMSA 5A6BA 1E56A 2PBOA 4K68A 3UR7A 1HL9A 3BCDA 2WNWA 2YDRA 1UHVA 2J8GA 4C7GA 1BVNP 2VX4A 3VIGA 4DUVA 5BXPA 2YBUA 2XTKA 3VILA 3WUGA 3W81A 4QLLA 5FOOA 3UETA 1OT1A 3PTQA 2EJ1A 3CZKA 3OGVA 2WLYA 1DEDA 3GNOA 3VDCA 4HA4A 1EHNA 1KCKA 2GVYA 4J27A 1BQCA 4D6JA 1KXHA 1C91A 2VMFA 1ESWA 4AW7A 1UD2A 3W24A 4EKJA 1VEPA 2VCAA 3NDZA 2GDVA 4OZOA 1X1NA 4GZEA 3W27A 3WNLA 4M82A 1O6IA 2YA0A 3MUIA 3NUKA 1JGIA 1JD9A 2CNCA 3ARQA 4UQ9A 3BAIA 3RCNA 4FLSA 2Y8KA 3WEOA 1CXKA 2D3NA 1U2YA 4E8CA 1NOFA 1UA3A 2V3DA 3K8LA 4FLRA 4EK7A 2WCAA 1HVXA 1V08A 5I79A 4B9YA 3JUGA 1UH4A 4UQCA 3FAXA 3GYCA 1ZL1A 3CUHA 4UQAA 4TX6A 3SCSA 1W1TA 3ALGA 4PMVA 5FD0A 5I77A 3SEPA 1BYDA 1YQ2A 1FP8A 4UOJA 1GOOA 1RP9A 1UKPA 1ZU8A 2BS9A 5I0DA 1ITCA 3AROA 4PSPA 3TONA 1V02A 2VRQA 4AWEA 4KGJA 4F79A 5BRQA 4UFKA 3CGTA 1W9PA 1PX4A 5A6KA 4W5UA 3AHTA 5LA2A 3LPFA 2DPEA 1B3ZA 4M56A 2W62A 3K46A 3AZTA 1OIMA 3VX0A 1HN1A 5I24A 3AIVA 2XIBA 4AMCA 4U33A 2J7EA 2VURA 1TA3B 4WLCA 1WZMA 4B15A 2WVSA 4QLJA 3U57A 3ZR5A 4Z2JA 2EO7A 4AD4A 2D2OA 3D3AA 4W87A 3UEQA 4H8VA 2WW5A 2ZWYA 2ZXQA 1LF1A 3DYPA 5D9OA 1G5AA 3AIEA 3RO8A 2WXDM 1QHOA 4E8DA 4AZCA 1E43A 1LWHA 8A3HA 1Q6EA 3L2MA 4CU7A 1KBKA 1MVYA 3OLDA 1WDSA 4DWSD 1V6YA 1W1PA 2G3IA 2WMGA 1XH1A 3WL0A 4BQ2A 3MU7A 1JYXA 3GM8A 4W88A 2XJ7A 4U5KA 1QNQA 1B9ZA 5E0FA 2BY3A 2XVPA 3EYPA 4BF7A 3T2OA 2YDQA 4W7VA 4D6EA 4PMOA 1E73M 3APGA 4LYQA 1HKJA 2OYLA 1G0CA 1TVPA 4U5IA 1V03A 1ISZA 1EO5A 1V0MA 4A3HA 2WHLA 2VOTA 3VIOA 3MO4A 4J3TA 5M03A 4ATLA 5E6YA 3CMJA 5IFTA 1U33A 1VENA 5DFAA 1Q4NX 1OWQA 4URIA 1J01A 2XIIA 4MB5A 4TX8A 5A8NA 5C70A 1CTNA 4F9DA 3VMOA 4P8XA 3K1DA 3CZLA 4M1RA 5DT7A 3W53A 5D4YA 1CDGA 3THDA 1BF2A 4J3VA 2ZUNA 3AQUA 3BCFA 3L4TA 1RP8A 3NDYA 3CLWA 2EPNA 1HKKA 3BGAA 2PB1A 2DIJA 3W37A 2CCRA 2PI6A 3FN9A 2WBKA 2VZOA 1HT6A 1S46A 4LQ1A 5JBFA 1GONA 1K9FA 4FK9A 3VD4A 2X09A 2V3GA 3F4VA 5GNXA 5M17A 1NWUA 5I2UA 3VGBA 3EDEA 2XWDA 2J78A 5A94A 2DT1A 2J79A 1EDGA 1CGTA 2WVUA 3O9NA 3VIIA 3ARSA 4DUWA 1KXVA 1EDTA 2XHYA 5A95A 2QPSA 5E09A 3MMUA 1Q6GA 2V5DA 1W9DM 3L4UA 5CZKA 1H1NA 1UKSA 3VU2A 3MMWA 5A6JA 2CESA 1BFNA 2G4FA 2V38A 1MQPA 1CGVA 3VM5A 2BVTA 1XYZA 1UR0A 4JKLA 3AS1A 1WDPA 1D2KA 4CGTA 3AHYA 4UFLA 2DH3A 1XH0A 4P8UA 4C7DA 4PTWA 3W38A 4IM4A 1LL7A 2J7GA 4OOZA 4JHOA 1LLOA 3WNMA 5CGMA 1EXPA 1JXKA 1B3YA 2GK1B 4UNIA 3VO0A 4FMVA 4N42A 3POCA 1H5VA 2PWEA 4QP0A 3QHOA 2V5CA 2OLHA 1E72M 4PN2A 4KRUA 1VIWA 2ZWZA 1F4HA 3ZT6A 2ZUVA 3AIRA 4P7RA 1CXFA 5CPQA 2YDSA 3PBGA 1V6VA 1IZJA 1O7AA 5JBDA 1DP0A 2BV9A 1CPUA 3PN8A 1E5NA 3K8KA 1JYNA 4W5ZA 3W6MA 1EIBA 1NP0A 4IPNB 4AXNA 1E55A 2VQUA 1JDAA 1E3ZA 1E6XM 2E9LA 2VZUA 3WNOA 1AQ0A 2W91A 1NWTA 2AMGA 3SCRA 1UWRA 1LL6A 3MUAA 5E70A 5BWFA 1UWIA 1VB9A 1KGWA 3QGVA 2NT1A 3AIBA 3WEMA 1M04A 3N17A 3TTOA 3WELA 1VBUA 3L4WA 3OLEA 1MXDA 1V3HA 1I75A 3WF3A 1XV8A 1QPKA 2VR5A 1OT2A 3L4XA 3M7SA 2GUYA 4GQQA 3SUUA 5CGTA 3FY1A 4M8UA 1FP9A 3AIUA 1WDRA 4JKMA 1ZS2A 1LWJA 3RM9A 2FGZA 2VVNA 2EPKX 2J7FA 4P7OA 3PZVA 4R27A 1NM9A 3GNRA 4IISA 4Z2LA 3N9KA 4MB4A 1M53A 2YKKA 1EGZA 3ZJ7A 2O9RA 2X2YA 1GHRA 4M81A 1K9TA 4AZHA 5BXTA 3IJ7A 4HZ7A 2QV4A 3K4DA 5IDIA 4RE2A 3WUBA 1JZ7A 4V28A 2ZUSA 4DUXA 2VL4A 1MW1A 5DO8A 1MQQA 2DSWA 3PZGA 1QNRA 1UD8A 4W86A 4KWUA 4YPJA 4XV0A 3A6OA 3ARYA 4XZWA 4PMRA 4J3SA 3OA5A 2CYGA 3K8MA 1IZKA 4H04A 1XD0A 4CN4A 5CPTA 1TFVA 2Y4SA 2VX7A 1WO2A 1OGBA 1GHSA 2NW0A 2WMIB 1XGZA 4ATDA 1FH9A 1OCQA 1EH9A 3W6LA 2Y24A 2VRKA 1I1XA 3RDKA 3F5KA 2XG9A 1BGAA 1BG4A 4LX4A 2CIPA 4HTYA 1G9HA 4J3UA 4F66A 1HL8A 3W0KA 3IJ9A 3CZ8A 4CKQA 5HBFA 4CN1A 4AEEA 4H2CA 3DHPA 3OIHA 2DT3A 4LYPA 3WF1A 4ACZA 2F8QA 1W9VA 2AOSA 1GZJA 1WPCA 2JF6A 2CKRA 1BHGA 1KR0A 1MW2A 2B31A 2WC3A 2OSYA 4PYSA 1C93A 2W63A 4U2ZA 2GSJA 5CJ5A 3WQWA 1JZ5A 2WCGA 1DWGM 1ZB5A 1UD3A 3WMCA 4CD7A 3W29A 4P8WA 3WMBA 4B3KA 5AC4A 3MKKA 1E6ZA 3VGGA 4ATWA 5D8WA 1CBGA 1AQHA 4JFTA 3U7BA 3ZT7A 1JI2A 1HF6A 1NH6A 2XM2A 3RM4A 1OD0A 1P6WA 1AVAA 4D6GA 1E4IA 4OIFA 2WLZA 4UOZA 4PRWA 4UR9A 1PPIA 1L8NA 2DSZA 4BA0A 4AZ7A 4CD5A 2CBIA 1KWKA 1W3HA 3VGHA 3BC9A 2OSWA 1TCMA 4TTUA 5CSYA 4WK9A 2ZOXA 3OLGA 2VZSA 4J28A 4ACYA 1CXHA 5D9PA 2V3EA 3ZMRA 2XWEA 1JD7A 2XYLA 1B2YA 4AZBA 1GJUA 2PWGA 3ZQ9A 1ISXA 3RILA 1ITXA 5DEZA 1GOQA 1ISVA 2QMJA 2WWDA 1SMDA 1VFMA 4KH2A 2BFGA 3WF4A 4D6IA 2BVDA 1UD4A 3BLPX 1MYRA 2E8ZA 3FXYA 1ODUA 4OUEA 5A1AA 3OBAA 4HMDA 1BYCA 2ZUUA 1L0PA 1KB3A 2W61A 5AYBA 1R87A 4CD8A 4ZE4A 1LQ0A 3OGRA 3CUIA 2WVVB 2PC8A 4HU8A 5ABFA 1XCWA 3TTSA 1QNOA 3ZJ6A 1KCLA 3NCOA 4U2YA 3CHDA 1FFRA 4GPNA 2GJXB 3SUWA 3W4RA 3OGSA 1SR0A 3GTNA 1UR9A 2VNCA 4B16A 3E1F1 1QNSA 4MB1A 5ECUA 5ABHA 3WDHA 1GVYA 4AZ6A 5CLTA 4E2OA 2FHCA 1E6NA 1CEOA 1PEZA 2G41A 3WH7A 1UWUA 1G01A 3QOMA 3VDBA 1JNDA 4PUEA 5I78A 2V3FA 1PIGA 2ZX5A 2C8NA 1TA3A 3NSNA 3I3DA 2WAGA 1VBRA 2ZICA 1TR1A 1X6LA 1BLIA 4MB3A 1FHDA 4D71A 2XSBA 4W8LA 5CG0A 1BVZA 4GI8A 4JHZA 2CITA 4HPHA 2YL5A 3WKZA 5ABGA 2DIEA 4OJYA 4CU6A 1XCXA 3WF0A 5IHSA 1JFXA 4PCSA 2DSKA 3CUFA 3WDQA 3RIKA 3L2LA 1J0HA 1UZ1A 1FHLA 3CUGA 1H49A 4H8UA 4UZUA 1QNPA 4A3YA 1R7AA 4XZBA 1UA7A 1UQYA 1CXLA 1KQZA 1R8LA 3T0BA 1HJVA 4J3XA 3AIQA 4DWSB 5GQBA 2WZEA 4OBRA 1LG2A 1E70M 4GO9A 4IPLA 5FL1A 4D6HA 3PZNA 1OGSA 1UKQA 1HVQA 2BNJA 4U31A 3UESA 3ZIZA 3MUY1 1A3HA 1FOBA 1LG1A 5FIPA 3GBEA 2IXVA 5F7UA 1ZBCA 1WCGA 1E1FA 1VJZA 4M24A 4W85A 1TUXA 4KMQA 3WIJA 5LYRA 3II1A 4X0VA 3WDIA 9CGTA 3B9DA 4ZXLA 1E5JA 2FHFA 1MW0A 4HZ8A 4PSRA 4WSJA 5AYIA 2E40A 2VT0A 4Y7EA 1CYGA 1G1YA 2ZE0A 4D6CA 1HIZA 2VQTA 4JFUA 3DYMA 1B0IA 2WZIA 3WBAA 1Q6DA 2QMKA 1N82A 4U3CA 4X9YA 3PTMA 2BXYA 4S3KA 3T0DA 1GUVA 3VUPA 3AHXA 5JIWA 2GJPA 4GZJA 2RGLA 3AJ7A 4AIOA 4UFJA 2PWHA 3PZTA 5BROA 2J77A 2GFTA 5A69A 1JZ3A 3VD3A 1NOUA 1WAWA 3POHA 2ZX7A 1X6NA 3CZEA 2FH8A 1EQCA 2JEPA 4PTXA 3L4VA 2A3BA 1D3CA 1QI5A 2D1ZA 1F4AA 1E0WA 3O6AA 3VX1A 4AD0A 3CZGA 2BHYA 2YIHA 1K9DA 1CNVA 3LMYA 1UYQA 3L4ZA 3VIKA 4CCCA 4CCEA 2MANA 4W89A 3I3BA 3F5LA 3ZR6A 2VJXA 3QHNA 4HA3A 4JCMA 4AZCB 1WZAA 4MPKA 1TE1A 4WSKA 4OKDA 1DHKA 1IV8A 3PZOA 4Q7NA 2WSPA 5EBAA 3SCTA 3VD9A 1KGXA 2BY1A 1C90A 1FA2A 3SUSA 2QLYA 3CIVA 2GK1A 3L4YA 1SMAA 5ABEA 2ZUTA 2XGIA 2A3EA 4R5EA 3FNDA 1QI3A 3T2PA 5JIPA 1HX0A 3U7VA 5HXMA 3DC0A 3N12A 4GIAA 1XYFA 2CEQA 4NRSA 4JFVA 4D6FA 1XC6A 2FDMA 3SCOA 2WKGA 5EFFA 1WB0A 3CPUA 2E0PA 3KL3A 1IT0A 1A47A 1UD6A 4WKFA 4AD5A 4D72A 1E4NA 1ZJAA 4TVUA 4C7FA 3UG4A 2QHAA 4MNMA 3WD0A 1JZ8A 1UWSA 2ZUMA 3EDKA 4P7NA 1HJQA 2C7FA 1CIUA 3LPOA 3WENA 4PMYA 4DM2A 1ODZA 3AZRA 2CETA 3IJ8A 3WUEA 2G3JA 2IUZA 1NQ6A 4JAWA 5TD4A 1JAEA 2XVLA 1MXGA 2OWWA 5IFPA 1CECA 3WQVA 4MAVA 5GPRA 4GZIA 3ZSTA 1MFUA 4J3WA 1FFQA 3B8SA 5AY7A 3EMZA 2J7DA 3DYOA 2J75A 4W7UA 3GXIA 4D1JA 4HOXA 1V3KA 4Z2GA 2J47A 5BXSA 3VDHA 3VD7A 3VGEA 2OWXA 1J0IA 4BQ3A 1GOWA 4H7VA 1AMYA 1W9UA 3F5JA 1JYWA 2OYKA 2DSUA 2E8YA 4BS0A 1W3KA 2ZXDA 7A3HA 3KL5A 4CN6A 3IANA 6TAAA 2EQDA 3T2QA 2DT0A 4LGXA 1QW9A 4GI9A 1HJUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2CER A;  1EHA A;  1E6R A;  1XSJ A;  1TVN A;  3BMV A;  1EA9 C;  1UR2 A;  2CHN A;  2D3L A;  3EDD A;  4PMQ A;  4QDM A;  1JFH A;  2VX5 A;  1H09 A;  1OIF A;  1ZBV A;  2Z1K A;  3M07 A;  2Y5E A;  3GH5 A;  1PX8 A;  3WQ4 A;  3RM8 A;  1BYA A;  2PWF A;  1CGW A;  1OSE A;  3GDB A;  1C92 A;  2ZXB A;  4CUC A;  2X8R A;  2W4X A;  4JFW A;  1J11 A;  4FLQ A;  2O9T A;  4GXP A;  1EO7 A;  3BH4 A;  3TP4 A;  5CLW A;  1BGG A;  2WCS A;  5BYW A;  4MJ2 A;  3AOF A;  3HU7 A;  5E9A A;  3THC A;  3IAP A;  4BCE A;  2GDU A;  2VVS A;  2YL6 A;  4ML4 A;  4AIE A;  3WBE A;  1C8X A;  1WP6 A;  2RGM A;  4E4P A;  2JF7 A;  4YHG A;  3ZSS A;  3ARP A;  4H41 A;  1J0Y A;  2WKL A;  1B1Y A;  3J7H A;  4FF5 A;  1MFV A;  2EPM X;  1E4L A;  1HJX A;  2VZV A;  3AMG A;  4A4A A;  4GIN A;  1CXE A;  4V2X A;  4OOU A;  4DWS C;  1OM0 A;  2D23 A;  1JZ2 A;  5HNN A;  4JL1 A;  2WB5 A;  4H8H A;  1GPF A;  2YJQ A;  3WD2 A;  3VGD A;  3KWX A;  4EE9 A;  1UQZ A;  3ARX A;  1KFW A;  5A8M A;  1H4P A;  2YLA A;  4EAN A;  3UG5 A;  1GQK A;  4KRT A;  1FH7 A;  1KXT A;  4UQD A;  3SCP A;  3WSU A;  1CLX A;  3RME A;  2EEX A;  2NT0 A;  3RJX A;  1E4M M;  4AZG A;  1JF5 A;  3WNN A;  1LL4 A;  2O9O A;  7CGT A;  3VNZ A;  1V6W A;  1VJS A;  1QBB A;  4TXE A;  1SYT A;  1QVB A;  7TAA A;  1GQL A;  3TTQ A;  2ZID A;  4CD6 A;  3BAX A;  2A3A A;  2O9P A;  1JI1 A;  1W3J A;  4JKK A;  3BMW A;  2VTF A;  2Y8V A;  3AYR A;  3ZT5 A;  1J0J A;  4ZXO A;  1VEM A;  3ARU A;  4MJ4 A;  1D7F A;  4WIW A;  1ISW A;  3BAJ A;  2XFF A;  4MTV A;  4CD4 A;  5JBE A;  2ZX8 A;  2EPL X;  5D9N A;  3S6T A;  1E6S M;  4P7Q A;  4MDO A;  3AFB A;  4UQE A;  4NRR A;  4QFU A;  4QLK A;  1OBA A;  1JZ6 A;  4YHE A;  2XVG A;  3KEH A;  2XFY A;  2BY0 A;  3SCU A;  5C8B B;  5FCZ A;  3MSD A;  3WQ5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OCQA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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