1OIFA

Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
444
structure length
444
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 178
structure length 444
sequence length 444
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1oifA00
4A4AA 2DEPA 2VMFA 5GPRA 4A3HA 1US2A 3AS0A 5CLTA 5I2UA 3K8LA 1ITCA 2XIIA 1UKOA 3WD4A 2ZXDA 3OLIA 4HA1A 1R85A 1UH2A 4TVUA 3VKKA 4IUGA 4M80A 3POHA 1JZ3A 2WANA 2BS9A 2V3FA 3ARTA 3CHCA 1U30A 1XSIA 1XV8A 4HA3A 2OWCA 2CBIA 5D4YA 3LPGA 5FCZA 3U57A 1OSEA 4U3AA 2FHCA 4ACZA 1CXFA 1FH7A 1YQ2A 1HT6A 3OLGA 4MNMA 2CBVA 3FXYA 4DM1A 4W7VA 1DTUA 3BSHA 4BZYA 1LL6A 1OD8A 1XSJA 2A3EA 2VZOA 1GOWA 1X1NA 1KR0A 4QDMA 3SCNA 1XH1A 2XSAA 2PBGA 4AC1X 3CMJA 5LA0A 4OJYA 3VGFA 2JF6A 4GZEA 3ALGA 5D8WA 2JFEX 5CSUA 1ESWA 2J7FA 2BFGA 4GI6A 1V6WA 3EBVA 5BRPA 2G3JA 4UFMA 1Q6DA 2JALA 2J62A 2O9TA 1OCQA 4GPNA 1UA7A 1WZMA 1KQYA 3MMDA 5CSYA 3DC0A 3CIVA 1V6VA 3GNPA 3N11A 1HVXA 5A2BA 2TAAA 3VINA 5KZ6A 1GVYA 1J18A 2GVYA 5I24A 3A4WA 3J7HA 4UR9A 4B9YA 1CGUA 3M46A 3GBEA 2CXGA 1HJUA 1D3CA 2ZOXA 1UR0A 1M53A 4DM2A 4AEEA 1C92A 2WHMA 3L4VA 4JIEA 2WBKA 1EHAA 1FA2A 1XH2A 1OWQA 4P7OA 3UG3A 1BVZA 4Z2GA 1EDQA 1QI0A 4JFSA 3WDHA 4NF7A 3W37A 5AYIA 3I3DA 4X0VA 3GH5A 1WAWA 3SCOA 1BYBA 2J7HA 2G8ZA 3WQ5A 1US3A 3VD9A 4Z2HA 2J7DA 2A3CA 3VGHA 1EDTA 4HZ6A 1FFRA 1SMAA 1X6LA 1JZ8A 2FDMA 1SFSA 2YA2A 3DYMA 3PZTA 3QOMA 3QGVA 4RE2A 3IJ7A 3MMUA 2IXVA 2Y8KA 4PMYA 3MANA 2FHBA 2DT1A 4ZEPA 4J3UA 2MANA 1HJQA 1ZU8A 5I3DA 3ZJ6A 2YDQA 4P7NA 3WNKA 3SUTA 1R8LA 1QI2A 1CGTA 1K6AA 1BVNP 3RJXA 3PN8A 3RM9A 3RO8A 1UH4A 1KWGA 2RGMA 3E1F1 1KBBA 3VD4A 3THCA 5GNYA 2DT3A 1E6PA 5CJ5A 2EJ1A 1VFFA 4QCFA 1QNSA 3WNNA 1PJ9A 4JL2A 2ZX5A 3SUSA 3CGTA 3AHVA 2XVKA 3WFLA 3KE0A 2DH2A 2C7FA 4AD5A 2F2HA 3WDQA 2YDSA 5A1AA 2VC9A 3WDRA 3GXDA 1E5NA 4CN1A 1W3KA 3B9AA 4W87A 1MXGA 2DIEA 1GVIA 2DIJA 3VTRA 1J11A 4CGTA 1A47A 4DUXA 1WCGA 4UQ9A 2X1IA 3O2LA 3ARVA 4GI9A 4PCSA 2OLHA 3OZOA 4IM4A 5DMYA 3PZGA 1TZ7A 2BY3A 1E4NA 3O6AA 4W84A 2Z1SA 3LPPA 1LL4A 4TVCA 4CD7A 2PWEA 3UEQA 4UFJA 3D3AA 1NARA 3DYPA 1JZ6A 1HP4A 2CETA 3T2QA 4CVWA 1E6SM 1VFMA 3W4RA 2QLYA 3EMQA 3WF1A 1SYTA 2E0PA 2BY2A 4AISA 1ZL1A 2X2YA 3AS2A 3W24A 1MW1A 1QI4A 5JBFA 2AOSA 3IAQA 4PMNA 1TFVA 1HJXA 2ESCA 1E9LA 5DT5A 3AMCA 2VCAA 1H3GA 4UQEA 3VILA 3L2MA 1WDSA 3II1A 5A2CA 1OGSA 4ZE4A 3L4ZA 2XVPA 3N18A 1IZKA 4W8AA 2VCCA 2J7EA 2D0FA 1C7TA 5BXPA 4FLSA 3GNRA 1FH9A 2WMIA 2FGZA 1LWHA 2ZUSA 1E55A 4JHOA 4NSBA 5GNZA 3SURA 1QNQA 4WK9A 1CNVA 1CXHA 3O9NA 1BG9A 1JYVA 1VAHA 1XHGA 4AZ5A 1K9EA 1ISVA 3IK2A 4W7UA 3AMLA 4DWSD 1VBRA 2DGAA 1K9FA 1JDAA 2WCGA 1J01A 1O7AA 1BAGA 2DSKA 1NP2A 1K9DA 5A8MA 3VIKA 4J3VA 4GQQA 4IISA 3L4TA 1E4LA 1U33A 3PZQA 4JFVA 4Q7NA 2CERA 5EMYA 2J7GA 3AZRA 3MV11 2AAAA 3WEOA 2QHAA 3BLPX 4FLOA 3SEPA 4Z2LA 2WSPA 1GQLA 3ALFA 3D5HA 8A3HA 6TAAA 5I79A 4FLRA 1DWHM 3UR7A 3RJYA 3HJEA 4QLKA 4KH2A 5ABHA 1V6XA 1GCYA 4J27A 3CHEA 3OIHA 4D6FA 2YIHA 1I1WA 2ZUVA 3RCNA 5A8QA 1N82A 1PZ3A 5EB8A 2A3BA 2WYSA 2E9MA 3FHQA 3L4WA 4KMQA 2J7BA 4IPLA 2WVSA 2QMKA 4OOUA 1MW3A 1CTNA 4ACYA 2UWFA 4MNKA 4F9JA 2EBNA 1QHZA 2Y2WA 5JUVA 2VNCA 4JFWA 2Y4SA 2PWHA 5CQ1A 1OT2A 4MAZA 3W6MA 5BXTA 4NRSA 1UKSA 2ZICA 1E71M 1XRVA 4BQ5A 5BYWA 4JCLA 1TUXA 2WLYA 4P8WA 4CN6A 5I5RA 4P7RA 1B3XA 3ZMRA 4GKLA 4TX8A 3DECA 3AISA 5DO8A 1MQQA 4R27A 1DWGM 3KZSA 2YA1A 2VRJA 4WKAA 4PMZA 4AZHA 4CD4A 1B3ZA 3ZJ8A 3GM8A 2Y8VA 3OGVA 5FKYA 3M7SA 3EDJA 2GJXA 1JAEA 1M04A 1LWJA 3CUJA 4PMVA 1WZKA 3ZOAA 3OGSA 1G94A 3WMCA 1JZ2A 1UR4A 2Q8XA 2V38A 4PSRA 2YDRA 3UERA 1TVPA 1CGVA 1H49A 1PX4A 3W25A 2UY3A 1VEMA 4AZGA 4D72A 3W29A 2VI0A 1GJUA 4UOQA 4W8LA 1YHTA 2NW0A 2BY1A 3SUWA 2CKSA 3WY1A 1E1FA 3WH6A 3BAWA 2O9RA 1JI1A 2WC3A 3CUIA 5BRQA 4ATDA 1QHOA 5HPOA 1XD1A 5LYRA 4M81A 5ABFA 2V3EA 4YN5A 1HX0A 1QBBA 2W92A 4MNLA 5HNNA 4MJ2A 2BHUA 3ZO9A 2CPUA 1R87A 3AROA 5E6YA 5BXSA 1UWTA 3ARPA 1GPFA 1EGZA 2J47A 3WMBA 3VMNA 3OLDA 3WNMA 1UD6A 3T0AA 3BSGA 1UHVA 1OM0A 1UQZA 2CYGA 2WSKA 3NSMA 4AD0A 1DWIM 2ZX7A 4CCCA 3CZKA 1I75A 3WH9A 4AWEA 1QBAA 1A3HA 3KL3A 1LF1A 5A6KA 2WNWA 4DUWA 1E15A 3ARXA 2EQDA 2D0HA 1H1NA 1VFOA 4QP0A 2JIWA 3W82A 1GUVA 1SR0A 3UETA 3MSDA 3GH4A 3IAPA 3AHXA 3HU7A 1UR1A 1BQCA 4LXFA 2PB1A 4GI8A 4F66A 3ARRA 1JI2A 1KXVA 5E9AA 4U31A 4V2XA 4PBGA 5ABEA 3ZJKA 2VURA 3MSGA 3L4XA 3SCSA 2WXDM 1ISZA 3JUGA 3OGRA 2WVVA 3FAXA 3N12A 2D24A 4ZFMA 2XFFA 2YL5A 3CLWA 3BCDA 4CN4A 3K8MA 5A95A 1W9UA 1TA3A 4M56A 3VGEA 3B9DA 3ARSA 3PZOA 4PN2A 1G1YA 4HOXA 2JF7A 1X6NA 1W3HA 5M17A 4CVUA 4B16A 1F4AA 1V03A 4PTVA 2V3GA 2XTKA 1G0CA 4J3XA 4YHGA 1UKQA 1UWSA 1C93A 3SCUA 2E9BA 1XSKA 3M6DA 2VVNA 3FW6A 1DHKA 5FL1A 1CLVA 1ITXA 4HZ7A 5EBAA 1FHDA 1NWSA 3HN3A 2DSWA 1W2VA 3WDPP 2EPMX 3F5LA 1CDGA 3AHYA 1TVNA 1BYCA 6CGTA 3WD2A 3WUBA 4IPNB 1H09A 1GHRA 1OT1A 2JIEA 1CWYA 3WQWA 2W63A 2YBUA 5BCAA 1UA3A 1J12A 4Y7EA 2XWEA 4PMUA 2V3DA 4JL1A 2BHYA 2D20A 3UG4A 4OIFA 3WL0A 1VEOA 1FFQA 1B1YA 3QHNA 3N15A 1V08A 2FGLA 3APGA 4BCEA 4R5EA 1B31A 1VJZA 4MAVA 4UQAA 2W62A 4MB4A 4PMOA 3WKZA 1RH9A 4RE4A 1RPKA 2F61A 4W88A 2D1ZA 3ZR6A 1J0ZA 1JD9A 1ECEA 3THDA 1R7AA 3ZIZA 1GW1A 1JG9A 4YPJA 1GQKA 3K8KA 5DEZA 3A4XA 1J0JA 1H11A 1KBKA 4AIUA 1E3XA 1F4HA 4JKLA 2BVDA 4P8XA 3ECQA 2DT2A 2GK1A 3VIFA 4UNIA 1WDRA 5CLWA 1FP8A 4H8UA 2WCSA 1W3JA 4JFTA 4AW7A 1FP9A 4LPCA 4B3KA 4KGJA 4U33A 1E1EA 1JNDA 5BXRA 2O92A 7CGTA 2CITA 5I23A 2RGLA 3BAKA 4TOQA 1EQCA 4EAMA 3HMCA 1BPLB 3GNOA 1HJWA 1RD6A 4JFUA 2BXZA 4QFUA 3FN9A 4X9YA 2X8RA 3K46A 2D0GA 6A3HA 3TTYA 1ZB5A 2HISA 3T0DA 1UWIA 1O6IA 3CZEA 5BROA 1GQIA 5GNXA 1V6UA 3VU2A 3OBAA 1J0KA 1DP0A 1E72M 2DQXA 3U7VA 1C3FA 5IDIA 3MUZ1 4CU6A 1E6NA 3SIMA 3OZPA 5DT7A 2WMGA 4HOWA 3AQUA 1UOKA 1CPUA 4TX6A 4ZE5A 1V3KA 4M1RA 1GOQA 1W9DM 3SCWA 1WDQA 2DT0A 1LLOA 2BVTA 4HMDA 1UH3A 4BA0A 1P6WA 3RM8A 2ZUWA 1NWTA 1E43A 1KB3A 2VVSA 2NT0A 1M03A 1E0VA 4UFHA 2GDUA 4BQ2A 3OB8A 3VD3A 1JYWA 4QAWA 4JCMA 4CU7A 3AI0A 7A3HA 2BXYA 1Q6EA 2VX6A 1PPIA 2VOTA 3SCVA 3G6LA 2VX7A 1JIBA 4LQ1A 3QHOA 5JIWA 3W81A 3VIPA 4HTYA 3ZT6A 4DWSC 2ZXBA 3AIBA 2CESA 5F7UA 3N17A 3GYCA 1M7XA 3F5JA 4EE9A 1E5JA 3WH5A 3CHFA 1D7FA 2WWDA 2Z1KA 4AMCA 4NI3A 3VM5A 1CXIA 1GORA 2WHJA 1S46A 3NDYA 1HKMA 4AZCA 3BAIA 5FIPA 1KCKA 5CG0A 4H41A 2GJPA 5A6BD 3EDEA 4UQDA 3AICA 3KL5A 1OGGA 1UWUA 2WAGA 1IZJA 1EHNA 3TP4A 1E0XA 3PZ9A 3U5UA 1VIWA 3B8SA 4HPGA 2W91A 4JKKA 5E70A 1VFUA 2XGIA 2OSYA 1H4PA 1EXPA 3BMVA 3UCQA 2A3HA 1B3WA 1PBGA 3AOFA 2VQTA 1NM9A 1HP5A 3PZMA 2OYMA 5CPSA 1WZAA 1LQ0A 4UZUA 3GXMA 1GNXA 4ACZB 2WB5A 3T2PA 4S3JA 2F8QA 2E8YA 1Z32X 3L2LA 2XM1A 3VX1A 4UFLA 3ZT7A 4J3SA 2CCRA 4RE3A 4D6DA 2E4TA 5HDRA 5JBDA 1UD8A 5HXMA 3PTQA 5A3HA 3TTQA 3VX0A 1AMYA 3EMZA 1UD2A 1UR9A 4P7QA 4PYSA 4HU8A 3IJ8A 4RL3A 3GXFA 3GBDA 1V0LA 2ZWZA 1LG2A 4PMRA 1ZJAA 4XB3A 1JZ4A 2BHZA 2VR4A 4FMVA 2OSWA 1Q6FA 3EDKA 3VIOA 5HOSA 3AZTA 3CZGA 4GINA 3L4YA 2WLZA 1G9HA 3WNPA 3SUVA 1QOXA 3OG2A 4H2CA 1UZ1A 4CCDA 1VB9A 3S6TA 1OBAA 4GZIA 3AS1A 3A6OA 5I78A 3K1DA 4U2YA 3WNOA 1QI5A 2G3IA 3CTTA 4MB1A 4UQBA 2BNJA 1C8XA 3PTKA 4PMXA 3ZM8A 2D23A 1TR1A 2CEQA 3FNDA 1PZ2A 3PZVA 1ODZA 1W91A 3VD5A 2PBOA 4PMQA 4PTMA 1GOMA 1KGXA 1UD5A 2YBTA 3PZIA 3N13A 4XV0A 4UOZA 4U5KA 3WQ8A 4P8VA 1WP6A 3F5KA 4DWSA 1OB0A 5M5DA 4P8UA 2XIBA 1XYFA 3NCOA 4S3KA 3OA5A 2WWCA 5DFAA 1CEOA 5E09A 3WFZA 1KCLA 2E9LA 2GSJA 2EPKX 1GZJA 4U2ZA 5HPCA 5JIPA 4MJ4A 1WE5A 4EKJA 1GQJA 3F4VA 2XGBA 3ZSTA 1NOWA 2EPLX 3WUEA 4CKQA 4MDOA 1D2KA 5A6LA 1KQZA 2DSVA 1OIFA 2ZX9A 4F8XA 4LGXA 1UUQA 4CD8A 4WLCA 2UY4A 2W61A 2ZUUA 3WMSA 1KXHA 4H04A 5LA2A 1ZBKA 3VIJA 3MMWA 4WSJA 4AIEA 2YL6A 1C90A 2YKKA 1HL9A 4D6CA 3AHTA 1MQRA 1DWFM 1UKTA 2XFRA 4W5ZA 3CBWA 2YL8A 5CPQA 3VDHA 2G41A 4XZWA 4UFIA 2XVLA 4OOZA 1QW8A 5ABGA 1GOOA 3AHZA 1QHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4A4A A;  2DEP A;  2VMF A;  5GPR A;  4A3H A;  1US2 A;  3AS0 A;  5CLT A;  5I2U A;  3K8L A;  1ITC A;  2XII A;  1UKO A;  3WD4 A;  2ZXD A;  3OLI A;  4HA1 A;  1R85 A;  1UH2 A;  4TVU A;  3VKK A;  4IUG A;  4M80 A;  3POH A;  1JZ3 A;  2WAN A;  2BS9 A;  2V3F A;  3ART A;  3CHC A;  1U30 A;  1XSI A;  1XV8 A;  4HA3 A;  2OWC A;  2CBI A;  5D4Y A;  3LPG A;  5FCZ A;  3U57 A;  1OSE A;  4U3A A;  2FHC A;  4ACZ A;  1CXF A;  1FH7 A;  1YQ2 A;  1HT6 A;  3OLG A;  4MNM A;  2CBV A;  3FXY A;  4DM1 A;  4W7V A;  1DTU A;  3BSH A;  4BZY A;  1LL6 A;  1OD8 A;  1XSJ A;  2A3E A;  2VZO A;  1GOW A;  1X1N A;  1KR0 A;  4QDM A;  3SCN A;  1XH1 A;  2XSA A;  2PBG A;  4AC1 X;  3CMJ A;  5LA0 A;  4OJY A;  3VGF A;  2JF6 A;  4GZE A;  3ALG A;  5D8W A;  2JFE X;  5CSU A;  1ESW A;  2J7F A;  2BFG A;  4GI6 A;  1V6W A;  3EBV A;  5BRP A;  2G3J A;  4UFM A;  1Q6D A;  2JAL A;  2J62 A;  2O9T A;  1OCQ A;  4GPN A;  1UA7 A;  1WZM A;  1KQY A;  3MMD A;  5CSY A;  3DC0 A;  3CIV A;  1V6V A;  3GNP A;  3N11 A;  1HVX A;  5A2B A;  2TAA A;  3VIN A;  5KZ6 A;  1GVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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