1OINA

Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
444
structure length
442
Chain Sequence
NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 177
structure length 442
sequence length 444
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1oinA00
1O7AA 3MV11 4URIA 3WUBA 3B9EA 2J47A 3VTRA 3WD3A 4F66A 3AJ7A 3OBAA 4P8XA 4UCFA 2A3CA 2CBVA 2J75A 1MYRA 4Z2KA 1LL7A 1W3JA 4W8LA 2VJXA 4PMZA 1J0JA 2EQDA 3WNOA 5IHRA 2E9LA 1XRVA 4MB4A 4D1JA 5CZKA 3RCNA 3B9AA 2XM1A 1B30A 1JYNA 5HOSA 3WNMA 1WPCA 3GTNA 1LQ0A 3CHFA 1PPIA 2YDQA 3OLGA 4L4OA 4UOQA 1E0WA 4KH2A 2J7CA 2V3GA 4WKAA 4AMCA 4ATDA 3AFBA 5CPTA 4MJ4A 1JD9A 9CGTA 3GDBA 2XWDA 4AIEA 3QGVA 4W89A 3BAJA 1GORA 1G0CA 3PZNA 1RD6A 2DSVA 4AY1A 5I23A 1GHRA 2XVGA 3WQ8A 2ESCA 4E2OA 1GOWA 2X09A 4AW7A 4MB3A 3W6MA 1VBUA 4ACZA 3AYRA 1ZU8A 2GUYA 3RJYA 1E71M 2BNJA 3VNYA 1WZMA 3T2OA 2GSJA 3WFLA 4UQDA 2JIWA 1QVBA 1GOQA 2BY1A 3UEQA 3BAIA 1JDDA 3TTSA 1IZJA 1QI0A 2GFTA 1UR2A 1MFVA 1VIWA 2D23A 2WMKA 1K9EA 2CITA 2X8RA 1HKIA 3W27A 4PMOA 5ABEA 2F8QA 3AIVA 4D6CA 4BZYA 4E4PA 3MUAA 1L8NA 4MDPA 5E9AA 6TAAA 2D0GA 4V27A 5HPCA 1PZ2A 1GZJA 4QLKA 3TP4A 4Y7EA 1V3IA 5I2UA 3W53A 4OOUA 2WSKA 1QNQA 2W92A 1K9DA 3AS1A 1FHDA 1UG6A 3AIRA 3VGGA 1PX4A 1UWRA 1CXKA 1CECA 2ZWZA 5C8BB 1OD8A 2WWCA 3CO4A 1UOKA 5D8WA 2ZX8A 1KQZA 2G4FA 2VR5A 1EXPA 4YHGA 3ARYA 4FLSA 3WF1A 2V38A 4F79A 3VIMA 2FH6A 2JEPA 1GOOA 3RJXA 1J0ZA 3GYCA 2XGBA 4JZ5A 4JFWA 1MW1A 3U5YA 1KGXA 1FH8A 2YL9A 3GNPA 3VX0A 1PIFA 1UR4A 3VDCA 1VFOA 4IUGA 1ISYA 1G5AA 1HF6A 1TA3A 1WP6A 4WK9A 3AZRA 5IHSA 3N15A 3AQUA 5CQ1A 5ABGA 3BC9A 2A3AA 3ZOAA 4LX4A 4QDMA 4AD3A 4CD7A 5ABFA 1GPFA 2WAGA 4WSJA 5BXSA 1BGAA 5BROA 4BQ5A 5CPQA 4W86A 3L4WA 1W32A 1F4HA 2J78A 2QF8A 5DT7A 4Z2GA 1CXEA 5JIWA 1W1TA 2CPUA 5M5DA 2VTFA 2Y2WA 5LA2A 3OGRA 3MUY1 3WDQA 1GOMA 3A4XA 3FNDA 1KXVA 2QLYA 5D9MA 1KB3A 4D72A 3SUSA 1E3XA 3WEZA 3AYSA 4MNJA 1ISZA 4YPJA 1QI5A 3KL5A 5EFFA 3SCVA 3PBGA 1HVQA 4GPNA 3SUTA 3L4YA 2WVVA 1E1FA 3OA5A 4UZUA 4CN6A 1PJ9A 1ZJBA 5JBDA 1WZAA 3MUIA 4QFUA 4FLOA 1SR0A 4X0NA 3ALGA 3DHUA 2NSXA 4ZENA 4AZHA 2J7DA 4E8CA 1G01A 2J7HA 1DTUA 1C7SA 2PBOA 2PF0A 3JUGA 4W7WA 3L4VA 4CCDA 1GOIA 4U2YA 5ECUA 4B3KA 1E40A 3ZO9A 3VINA 2O9TA 1JD7A 1AMYA 2PB1A 1U2YA 2YLLA 1B3WA 3L4ZA 4PBGA 2ZWYA 1EIBA 4RE2A 3PZGA 1QNRA 1JZ8A 3T0BA 5EBAA 1EHNA 2JEQA 1HJSA 2NW0A 1PX3A 1CGVA 1R85A 1RP8A 2C0HA 3VGEA 2CHOA 2J8GA 1WAWA 1GJUA 2WPGA 3ARUA 3ZT6A 4CKQA 1EQPA 3OLEA 1XSKA 3RM9A 3ZIZA 4MNKA 5A6AA 1J18A 2WMIB 4MDOA 2G41A 4DWSC 1V0LA 2WC4A 2OYLA 1HP5A 4PMRA 4EKJA 4B16A 2WKLA 3CUJA 2VZTA 1VB9A 1VEMA 1M53A 1E6PA 1QHOA 2DDXA 3EDKA 5JIPA 4J3WA 1CLXA 2BXYA 2ZX6A 1UQZA 1CGYA 4R27A 2UWFA 3OLIA 3CZJA 3WNNA 1EQCA 2YA2A 2UY2A 5CPSA 1JXJA 4PTVA 1F4AA 4HP5A 3MKKA 3N1AA 1NP0A 3AXHA 1JGIA 1XHGA 4JIEA 2BVDA 4DUWA 2WVUA 4YHEA 4ZXLA 3BSHA 1LG2A 4DM2A 3VGHA 2WMGA 3AMCA 4GO8A 1B2YA 1MQPA 3RO8A 2X2YA 1DHKA 4P7NA 1UKTA 1A3HA 1CBGA 2WZEA 5C71A 1E4MM 4LYRA 4D71A 4OIFA 3ARPA 4PMYA 4TOQA 1E3ZA 3BAXA 3EBVA 2BXZA 4C7FA 2RGLA 4UOZA 3THDA 1B3ZA 1V0MA 1V08A 2DH2A 1EDTA 3U5UA 2WVTA 3AHTA 5E70A 4CCCA 6A3HA 3CMGA 3S6TA 2CBJA 2W67A 3F5LA 1UZ1A 1OD0A 1B3YA 3U57A 1TCMA 2WW5A 4U3AA 8A3HA 3AS3A 2EBNA 2FHFA 3SURA 1YHTA 3QOKA 2XHYA 4KWUA 4L4PA 1K6AA 3WD4A 2WBKA 1LLOA 3T2QA 3VM5A 4PTXA 2PWHA 5IFTA 5M3WA 2PWEA 2WMFA 5I5RA 4M8UA 3GXIA 1LF1A 1H4PA 1OM0A 3GNOA 1E55A 2GJPA 2CHNA 3POHA 4MADA 1EO5A 1UWQA 4BQ3A 4J7RA 1MVYA 3WD0A 2YL5A 4Q7NA 3TA9A 1ODZA 3G6LA 3KZSA 4OBRA 1CXIA 2MANA 2VX7A 2YDRA 5FIPA 4AZCB 4B9ZA 1QBBA 1CENA 2NT0A 2C8NA 2J7EA 1ZB5A 4JFUA 4ZEPA 3W38A 1M7XA 1KGUA 4CU6A 5I77A 5DO8A 1KFWA 4W5ZA 1WZLA 3ZJ6A 3NDYA 4AZ6A 4OJYA 1JYWA 2DSUA 1J0HA 1JAKA 1B3VA 1HJVA 3QHNA 1KBKA 2VUYA 1VEOA 1W9XA 4NZCA 4AZ7A 1ZJAA 2XSBA 5E0CA 4JCMA 2CBIA 4HA1A 2OSYA 3WF3A 3WNLA 4D6IA 4JAWA 1UD2A 2W66A 1SMAA 4MNLA 3WNKA 3GZAA 4XV0A 3SCSA 1NOFA 4S3JA 5HBFA 1E5JA 3ZSSA 1FP9A 1CDGA 4CU8A 1KWGA 3WBEA 2G3IA 2CBUA 5BWFA 1BFNA 1DWJM 5KEZA 4R5EA 2A3EA 2V3DA 3OIHA 3IAPA 3B8SA 5CSUA 2DQXA 3UETA 2J74A 3CMJA 4PYSA 1N82A 1ECEA 3M7SA 4W7VA 1OSEA 2D1ZA 3A47A 5AC4A 2D3LA 5FL1A 3CIVA 4HU8A 3BAKA 1TG7A 2GDVA 3NJ3A 4HPGA 4P8VA 1K9FA 4AWEA 3GBEA 4CVWA 2G3JA 3WL0A 4AXNA 4GZEA 2DT2A 1MFUA 1KBBA 3AMLA 2DGAA 2W63A 4PTWA 4UQEA 3KL3A 4WLCA 2WHLA 3VNZA 3WELA 1G94A 2JF7A 1HJWA 2NT1A 3D5HA 5HPOA 5FKYA 5BXTA 4S3KA 1V0NA 2OWWA 3UCQA 2PWGA 4TX6A 2XVLA 4F8XA 2VCAA 2VZSA 1Q6DA 4FMVA 1GW1A 2YDSA 1KCKA 4PMUA 3CBWA 5CLTA 3EDEA 3I3DA 4W93A 2O92A 1EHAA 3PZUA 5IXEA 4V28A 2EPLX 2IUZA 2VQUA 2J8FA 4P7RA 2OWXA 4HOWA 2BHZA 1E56A 1CEOA 3PHAA 4DUVA 4J3UA 4KRUA 4J3SA 4PSRA 5DMYA 1UR0A 3BXWA 4AEEA 1W2VA 2O9OA 1UWSA 1I75A 3ZM8A 4RL3A 1NWUA 1FHLA 3ZJ8A 1DWFM 4F9JA 2XM2A 4XUYA 4TTGA 3L2MA 3BCDA 4BA0A 2O9RA 3FY1A 4TUFA 4MNMA 4W84A 5DT5A 1HP4A 5TD4A 3W37A 3VD5A 2J4GA 3WUGA 1M03A 5M03A 3VD9A 3AHXA 5I6SA 3WIJA 4GKLA 1U30A 1OT2A 2XFFA 1AQMA 2WMIA 3QR3A 3W24A 1UKOA 4LXFA 1DWGM 1JNDA 4MAVA 5FOOA 3IK2A 3VIHA 2J7FA 3WBAA 4U33A 2IXUA 3D3AA 1JFHA 1FH9A 5E6ZA 1JNEA 2ZUTA 2GJRA 2XFYA 3SCQA 1VJZA 5AYIA 2TAAA 3VGBA 1US2A 2WYSA 4J3TA 4B3LA 1SMDA 2WHJA 3PZIA 1D2KA 1LL4A 4D1IA 1E6SM 2W62A 2VZVA 4JFTA 2ZE0A 1MW3A 4B15A 3O6AA 2G3MA 4PMQA 1R87A 2GDUA 5FD0A 1JZ2A 4N42A 3WH5A 1CNVA 1LL6A 3M07A 1CXHA 4FK9A 1E6NA 1CTNA 3IANA 1JYXA 3AS0A 3VD3A 3A4AA 2ZUUA 1KXHA 4UR9A 1C8QA 3WNPA 1QHZA 3K8LA 2QV4A 1KR0A 3AOFA 3RILA 1B9ZA 2E0PA 4JL2A 3BLPX 4D6FA 1PAMA 4PRWA 5I78A 1XD1A 4UFIA 1XCXA 1TVPA 3MANA 1H1NA 2ZXQA 3TTOA 1FH7A 4KGJA 3K46A 4FLQA 4ZFMA 1UKPA 2DIJA 1UD5A 2G3NA 1JI2A 1W1PA 2BHUA 3ZT7A 3TTYA 1J10A 2EO7A 5EFDA 1PIGA 1Q6FA 1R7OA 1VFFA 3MSGA 1TVNA 2VZOA 1ISWA 1WE5A 3MUZ1 4UFJA 4HMEA 4V2XA 5E0FA 3PZTA 2BVYA 3CUFA 3OG2A 4MTVA 1W9DM 2B31A 1ITXA 2YIHA 1NH6A 3VILA 2X0YA 2WHMA 4AD0A 3SEPA 4X0VA 5HDRA 3L4TA 4UZSA 4CD6A 5A8QA 2OSXA 1J11A 2VZUA 1JL8A 4Q22A 2DEPA 3ZJ7A 1H0IA 3M6DA 3AROA 1JF6A 3PZVA 5CGTA 1E0VA 3FHQA 1MQQA 1C3FA 1B3XA 2G8ZA 3ECQA 3VIFA 3IJ8A 3DECA 1H0GA 5EMYA 3A6OA 1UH2A 1BAGA 4A4AA 2V5DA 1HJUA 3AZTA 1C8YA 4UQBA 3NSMA 2EJ1A 3WSUA 4HMDA 5F7UA 2E8ZA 4KMQA 3LPFA 3QOMA 2AOSA 4M81A 4ACYA 3AHYA 1CXLA 1CPUA 4A3HA 2YBTA 3SCNA 1W3KA 1LWHA 4C7GA 3L4XA 1BG4A 4D6JA 1ZBKA 1ZS2A 2C7FA 3TONA 3ZT5A 4AIUA 1ZBWA 3WH8A 4PMXA 4UNIA 5I24A 3L2LA 2WK2A 1DEDA 3GM8A 2E8YA 1W91A 3F5JA 2BY0A 2WB5A 5JUVA 3MMWA 3WKZA 3EMQA 3EDJA 5A95A 1WO2A 5IDIA 3VGDA 2WLZA 3MO4A 4Z2JA 2GJXA 3NDZA 3CZ8A 1JI1A 1UYQA 4DWSB 3PZOA 2BHYA 3WDRA 3EDFA 1V6WA 3T0AA 2CIPA 3CUGA 5A6LA 3WN6A 2DT3A 1H09A 3A4WA 1VFMA 2JALA 3WMCA 1QNSA 4HZ7A 1E73M 1DWIM 1VENA 2XUCA 2ZIDA 1UKQA 1ZBVA 5A8MA 4QLJA 3O9NA 2WWDA 3G6MA 4HA4A 3PN8A 4JKMA 3S2CA 3WDIA 4BCEA 1B0IA 2VQTA 4PCTA 4OOZA 4W88A 1GHSA 3OLDA 3CLWA 2PWFA 5D9NA 3PZQA 2YJQA 1O6IA 3T2PA 4Z2LA 3NSNA 1XYFA 5HXMA 4P7LA 2J79A 2BY3A 3RPMA 3FAXA 3NUKA 4CGTA 1TZ7A 1GUVA 3K1DA 2D22A 2WMJA 3RMEA 4HTYA 2WVSA 5FCZA 2XG9A 1G1YA 3W81A 1E6XM 2ZUNA 1CGXA 4ACZB 2WZHA 1HJQA 2J77A 2PC8A 1X6NA 3F5KA 1QNPA 3EMZA 2VMFA 1JZ5A 2J7GA 3LPPA 1JDCA 3N17A 3GNRA 2BV9A 1E4IA 1V03A 3N04A 2D0FA 1OCQA 4NRSA 5BRQA 1IZKA 5I0DA 1EDGA 1XSIA 5A94A 1VRXA 2A3BA 4WSKA 2EPMX 2WZIA 2ZX9A 2DT1A 3IJ9A 3VUPA 1US3A 1E0XA 2WMHA 1R8LA 1H41A 1OB0A 1GQIA 1UD4A 5BYWA 1E43A 4PUEA 4XZBA 3WQVA 1OGGA 4PSPA 1D3CA 1H3GA 4QP0A 2IXVA 3I3BA 3AISA 2FDMA 1OT1A 2WCAA 3MMUA 3AIQA 2OYMA 1ODUA 4KRTA 4CCEA 4IISA 4HMCA 3M46A 3MSDA 8CGTA 3NSXA 1UD3A 2CERA 3W4RA 4MAZA 3CPUA 4U5KA 1JZ4A 1E1EA 1EA9C 3VD4A 1XV8A 1ZL1A 4FF5A 3WDHA 2QMKA 1WDRA 1AVAA 4OUEA 3SCPA 3HU7A 1JZ6A 1SFSA 4M29A 1OGBA 3VKKA 1UH4A 3VDBA 2YL6A 5A2AA 1CZ1A 2Y8KA 4KGLA 2WM0A 2ZICA 1JFXA 2VC9A 2XVNA 2CXGA 1FA2A 2ZX7A 5GQBA 3SCTA 2FHBA 1XGZA 3W82A 5A69A 2UY4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1O7A A;  3MV1 1;  4URI A;  3WUB A;  3B9E A;  2J47 A;  3VTR A;  3WD3 A;  4F66 A;  3AJ7 A;  3OBA A;  4P8X A;  4UCF A;  2A3C A;  2CBV A;  2J75 A;  1MYR A;  4Z2K A;  1LL7 A;  1W3J A;  4W8L A;  2VJX A;  4PMZ A;  1J0J A;  2EQD A;  3WNO A;  5IHR A;  2E9L A;  1XRV A;  4MB4 A;  4D1J A;  5CZK A;  3RCN A;  3B9A A;  2XM1 A;  1B30 A;  1JYN A;  5HOS A;  3WNM A;  1WPC A;  3GTN A;  1LQ0 A;  3CHF A;  1PPI A;  2YDQ A;  3OLG A;  4L4O A;  4UOQ A;  1E0W A;  4KH2 A;  2J7C A;  2V3G A;  4WKA A;  4AMC A;  4ATD A;  3AFB A;  5CPT A;  4MJ4 A;  1JD9 A;  9CGT A;  3GDB A;  2XWD A;  4AIE A;  3QGV A;  4W89 A;  3BAJ A;  1GOR A;  1G0C A;  3PZN A;  1RD6 A;  2DSV A;  4AY1 A;  5I23 A;  1GHR A;  2XVG A;  3WQ8 A;  2ESC A;  4E2O A;  1GOW A;  2X09 A;  4AW7 A;  4MB3 A;  3W6M A;  1VBU A;  4ACZ A;  3AYR A;  1ZU8 A;  2GUY A;  3RJY A;  1E71 M;  2BNJ A;  3VNY A;  1WZM A;  3T2O A;  2GSJ A;  3WFL A;  4UQD A;  2JIW A;  1QVB A;  1GOQ A;  2BY1 A;  3UEQ A;  3BAI A;  1JDD A;  3TTS A;  1IZJ A;  1QI0 A;  2GFT A;  1UR2 A;  1MFV A;  1VIW A;  2D23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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