1RVG | Genus

Total Genus 121

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	305
structure length	299
Chain Sequence	MLVTGLEILKKAREEGYGVGAFNVNNMEFLQAVLEAAEEQRSPVILALSEGAMKYGGRALTLMAVELAKEARVPVAVHLDHGSSYESVLRALRAGFTSVMIDKSHEDFETNVRETRRVVEAAHAVGVTVEAELGRLAGIEEKDALLTNPEEARIFMERTGADYLAVAIGTSHGAYKGKGRPFIDHARLERIARLVPAPLVLHGASAVPPELVERFRASGGEIGEAAGIHPEDIKKAISLGIAKINTDTDLRLAFTALIREALNKNPKEFDPRKYLGPAREAVKEVVKSRMELFGSVGRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	fructose-1,6-bisphosphate aldolase
publication title	Induced Fit Movements and Metal Cofactor Selectivity of Class II Aldolases: STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE. pubmed doi rcsb
source organism	Thermus aquaticus
total genus	121
structure length	299
sequence length	305
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2003-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1rvgA00

2QDHA 1OK6A 2QCMA 5HWJA 4CNPA 1V5XA 3EWYA 1UB3A 3PBUA 3VNDA 3DKLA 2WNZA 4S1FA 2NX9A 2R94A 4WOZA 3QPYA 3G0XA 3B8DA 5DY3A 3TJLA 1KBIA 6TIMA 2E5DA 3WJSA 1JCMP 4LC6A 3L5AA 3GNNA 4QNWA 5KTLA 5EKYA 3I7RA 2Q3RA 2WV8A 1ZAHA 3O07A 3JRKA 4N9BA 1UBSA 4RJEA 3QPZA 3STFA 3W2MA 1J4EA 1A5BA 2H8ZA 2Q3OA 3HF3A 4O4WA 3L0KA 4O16A 4ONVA 1VJIA 2V5LA 3O06A 1OVDA 3KXQA 3B4UA 3N3MA 3C52A 5C54A 3GXPA 1QPNA 1SO3A 1TQJA 4Y90A 3W7PA 5EL1A 3A21A 3OVPA 3C2EA 4HIBA 2ZRZA 5KZEA 1SZGA 1QPQA 3GDLA 1NFBA 3W6YA 4GUIA 5G5IA 1XM3A 5H91A 1GZGA 5DXYA 2QEZA 1FCVA 2ZZ4A 3WJZA 4KFOA 1TRDA 4I9AA 4C1KA 4CCEA 5K4XA 1SFLA 3UZ5A 4E0CA 1H7WA 3F4NA 4O19A 5KITA 1K02A 5LHFA 3TH6A 1FWTA 4Z0JA 4HPJA 1F74A 4M6PA 3FJ6A 2RFGA 1ML1A 2NXIA 3NQ8A 1XBZA 3GAKA 2ZZ7A 3MI3A 1P1XA 4AHPA 3F03K 1TPDA 4H4IA 5FEZA 1FDYA 2Y7GA 1BWKA 4MVAA 3NM1A 4WXZA 1QPRA 1M6JA 2A5HA 2RHGA 3O6CA 2R14A 1LRTA 1KM3A 1N7KA 1JCXA 2WQPA 2YFOA 1SZEA 1I4NA 4UTMA 4H6KA 4UFLA 4Q32A 4FO4A 1XBXA 3QQ0A 3DI0A 1KV5A 3R2GA 5FEXA 4XZ9A 1QR7A 4PFMA 5G4WA 4B5NA 3S8HA 2FB2A 3UNDA 5LGXA 1VLWA 1THFD 1MEWA 3KRUA 4Y8FA 3N2XA 2C0AA 4Z0SA 3N9SA 3U8GA 1LORA 2CLEA 4GUGA 3WFAA 3TC7A 1VH7A 1DJQA 4ZQCA 4CLMA 4NNAA 2X30A 1T96A 1GOXA 4O0KA 3W7EA 1TPB1 5CG7A 3TR2A 1W5NA 2E5CA 3Q58A 4DO5A 1VYPX 1G67A 1DVJA 1JUKA 3QC3A 4HSNA 2QCDB 4FX6M 4N9DA 5DLCA 4Y9AA 5H2ZA 4Z1BA 3LGEA 2KZHA 2YDAA 1KLYA 4L4LA 1CW2A 4JIPA 3T4CA 4HSOA 3Q37A 4JTHA 3AO0A 3PUEA 1NSJA 4GUFA 4IJBA 4AF0A 4E2BA 1H51A 4IMCA 3IVTA 7TIMA 1I2OA 1LP6A 3HGRA 1B57A 3G0SA 2QR6A 3G1SA 3HGSA 1KLZA 3GXTA 5LSMA 1FXQA 2GQ8A 3MP3A 1JCLA 3EB2A 3PR2A 3EXTA 4FX8A 4QISA 3ABOA 4UIOA 5I3GA 3IIOA 1UJPA 4O52A 2BSLA 4ZQPA 4O1CA 3MBFA 1A53A 1YTDA 1KTBA 3E02A 4UR7A 3UPBA 1DORA 4N2YA 1U5JA 2B0MA 3W7RA 2CLLA 1AMKA 5EA9A 5AHIA 4NU7A 2PCQA 1YXDA 2VEPA 3W1LA 5HMSA 2C15A 4QSHA 4DF0A 2CLOA 1GJPA 4LVFA 1X6UA 1BWLA 4MKNA 3SR7A 1KA9F 4FNTA 1NVMA 5D33A 2XN2A 1H7XA 1OFOA 2NV2A 1F6KA 5SWUA 4JNMA 3M9YA 4JYEA 1TO3A 3ATZA 3L5LA 5BW6A 4CQAA 3TROA 3E0IA 1GVOA 2GUUA 3GIYA 1FWNA 3M5ZA 3QMRA 5D38A 3Q2DA 1OHLA 3E9AA 2J27A 4R33A 1FWWA 3TA6A 1ME8A 5F4WA 2G95A 1W37A 4N6FA 3SFKA 1W5MA 4FNPA 3N19B 2YR1A 5D04C 4FNQA 2A4AA 2X1SA 3C2VA 1NF0A 2BWGA 2ISSA 4GRSA 2QCFA 3NPXA 3S5OA 1S5VA 4IMEA 3W1AA 1EP1A 3LM7A 2FTPA 3P80A 2QAFA 4JTTA 3Q94A 1H62A 2ALDA 3NQEA 2V2CA 4NX0A 1F6PA 3G8RA 3DHDA 3GDTA 4A29A 3MUXA 4JS3A 2GOUA 4K7VA 5F1UA 3RLVA 3B06A 4UC5A 3VFLA 5CZTA 4BFAA 1GVRA 5AOUA 3ABQA 3W76A 2C6QA 1TREA 5DXXA 1SZFA 3T44A 3T7VA 4WD0A 1TYGA 3S6DA 3LI1A 1QCWA 4OU1A 3WJYA 3FFSA 2QF7A 5E1QA 5K9XA 2PE4A 1FWRA 3MO7A 2DU2A 1KFCA 2LLEA 1TJRA 4ORMA 1O95A 3OVQA 5CSSA 1LBFA 3PY2A 5LKYA 3FA5A 4NVTA 1K7EA 2JKAA 2JGQA 2V2HA 4O10A 4LT9A 4AEOA 4UR8A 4RZ4A 4RV8A 3W23A 4UUIA 2VOMA 2WJZA 3ELFA 1PHWA 2Y6ZA 1WOBA 4JTUA 2BX7A 4AWTA 3PULA 1PHQA 1GVSA 4DQWA 2Z0IA 5E93A 5CZSA 3ABSA 3DGRA 3VE7A 4EF9A 1AL7A 2WOQA 3C2FA 1TCDA 4K38A 3UQNA 3CEUA 3G1YA 2AAMA 4GBUA 5D32A 2RDWA 3FLUA 3LHUA 4JICA 4K39A 3B05A 1K8ZA 5LNVA 3VE9A 3C4UA 2QCHA 3P62A 3PUDA 4BWLC 1PVNA 2A7NA 1YDNA 3PB0A 5HUOA 4JGDA 2H90A 3TCEA 4RXFA 2YZRA 1Q45A 2P0OA 1LTDA 2I14A 4O0ZA 3VI2A 4LRSA 4XTIA 3USBA 4K8HA 5EBUA 1EP2A 3A9IA 3GAYA 3CHVA 1WBJA 3LLDA 2J6XA 5HNRA 1TJPA 3SW6A 3GDRA 3GKAA 3CB8A 2CZFA 2Z1BA 3FKKA 3UY7A 2FLIA 5AYYA 4DO6A 3NQGA 6ALDA 2B7PA 4O13A 4UTWC 2ZBTA 4YWIA 1YLVA 4JY8A 1G7VA 1TRIA 5D09A 3ZWTA 2ISWA 4OHQA 1F76A 1MXSA 1H50A 3LOTA 3BW2A 4ZVJA 3UD6A 4IOTA 3ZWSA 2VKZG 1W8SA 4LVBA 4LV9A 5IBXA 2FPVA 4UTWA 1R46A 4NX5A 1HTIA 4NJIA 1C8VA 3D0CA 1DV7A 2QAPA 4N4PA 2H6RA 2P10A 4N6EA 5CSRA 5I3IA 1VYRA 1WQ5A 4GNJA 4S2BA 2B4GA 3W71A 3QSRA 3TDFA 2GJNA 4ICNA 4JTGA 1BEUA 3W7QA 4JTSA 4ALDA 1TB3A 3A5FA 3BLIA 1VRDA 3BGJA 2FFCA 1H7RA 3THAA 2CZDA 5EMUA 3CM4A 3EKLA 2ZA3A 3SY5A 1ZALA 2R91A 2ZQ0A 3M5XA 1SZNA 1DKWA 4GC4A 5C2XA 1K8XA 5AYZA 3STGA 1W0MA 4IPIA 5AC8A 5IM51 1H1YA 1RQEA 3R5EA 3W74A 3HPXA 4TO8A 2OT0A 5K7JA 1NF7A 2ZZ3A 1SSDA 3EEGA 3GKFA 2NWRA 3IVUA 3DBPA 3W1UA 5BMXA 5D30A 4UTLA 2HMCA 4N9EA 1GYLA 2ZRYA 1EEPA 3EXSA 3TK7A 2D73A 2ZDRA 2Y61A 1S5TA 1ZAJA 3P8IA 3W7IA 4IWWA 2PC4A 3ATYA 1LLWA 1ME7A 1RQHA 5K2ZA 4HKPA 1UCWA 4UTTA 5L6UA 1W54A 3DFNA 4K36A 4NJKA 3TX9A 3QM3A 4ZZ9A 3I68A 4O1DA 4PH6A 3PVFA 4FX7A 4LOCA 3MI2A 4IPJA 3BVJA 2EGZA 4W9TA 2TRSA 2C16A 1O60A 4GJ1A 3TXZA 5AN7A 3OBKA 4IQLA 3NPVA 3W7HA 4LV4A 3NZRA 3M6YA 1WAUA 2DZUA 3BLEA 4LUJA 3L68A 3NG3A 3TXVA 3CIWA 3P7YA 3QF0A 4R34A 3TNOA 4YLWA 1KFBA 1GT8A 2Y85A 2Q8LA 1DBTA 4NZFA 2VELA 2BTMA 3QMTA 4RR4A 1TSIA 3L65A 2A2IA 1L9WA 3LCXA 1G4SA 3LX9A 1Z44A 5AYXA 5K9CA 1TQXA 3MYOA 1QAPA 2VFHA 1KM4A 1GG0A 4R7JA 3KRSA 4JTJA 3HOJA 3E49A 3V1PA 3TFCA 2CFFA 4BK9A 3CIXA 5A8GA 3LHTA 3NQDA 2HSAA 4O53A 2QCDA 1FBAA 3IIVA 3VCRA 1I45A 3UZJA 1FDZA 3EX6A 4NJJA 1GTHA 2NLIA 1G6CA 2W6RA 3P5ZA 4UFJA 3HMJG 1MZHA 2GVGA 5LHEA 3G3DA 3NL6A 1LBMA 3SZ8A 1GEQA 2WO5A 5FF0A 1PV8A 2QCLA 1OK4A 3NEVA 5T26A 3UWWA 4UFKA 2GJLA 3TQKA 1Q3NA 4JX5A 1FXPA 3F4WA 4I7WA 3W84A 3L0NA 2ATSA 4NXSA 1LOSA 4NNBA 1H63A 4FEZA 2AQWA 1RR2A 4XQ6A 3P5YA 1KM6A 5U7SA 2B7NA 3LXBA 1F2JA 3PS7A 4JTLA 1JUEA 1PE1A 2A7RA 3HG3A 5DCDA 3N9RA 3F1QA 5LZLA 3S5NA 5DN1A 1W3IA 1I2QA 1UASA 1GYNA 1W1ZA 1DOSA 3M7WA 5BMWA 3NYZA 3DAQA 3B04A 4O15A 4DPQA 3MHGA 5FF3A 2HS8A 2ZRUA 3JR2A 4DXVA 4JTFA 3O16A 4QQ3A 3DI1A 4GUJA 4Z08A 3TAKA 2FPYA 5G2IA 4N4QA 5TQLA 4AWSA 3LCFA 3RMJA 4H3DA 3C6CA 4L4MA 1FCBA 4O1BA 3T55A 3C61A 4NQ1A 4HPXA 4BI5A 1M7OA 3UWUA 4UTJA 3SGUA 4O57A 5G1TA 2ZFAA 3O15A 1TPUA 3FJLA 1QOQA 2YGYA 4A2RA 4AAJA 3G8EA 2E6YA 1VS1A 1EB3A 4UTUA 3ZFHA 1TIMA 1TPWA 3EKZA 4O14A 3PBVA 1JCJA 4QNEA 3DENA 2OZ0A 4ZQRA 3TJXA 2J9ZA 4EF8A 3P84A 3ZR4A 4AMAA 4MUZA 3O1NA 2Z6IA 3NQ6A 3W22A 3PB2A 2NWSA 3LHVA 3NVTA 3NAVA 4WY0F 5AB3A 3NL3A 2VENA 3KOFA 2RDTA 3UY8A 3W87A 3W86A 4AH7A 2NXHA 3UYCA 1GVFA 1SFJA 1OFEA 3VKJA 1FX6A 2FPTA 3HJZA 3M43A 4GWEA 2RDUA 4UNKA 2ZZ6A 3TU9A 3M5YA 4BF9A 2ZA1A 1M7PA 5AHLA 2VEIA 2QCCA 5I3HA 3L21A 3AJXA 4UFHA 1LRNA 4PL2A 3EWBX 1P4CA 4LC8A 3W3OA 3IIXA 4Q33A 3HG2A 4WJEA 1JRBA 1OX4A 2ZZ1A 1KFEA 4MJZA 4IX0A 5TIMA 2X1TA 3UWVA 3N34A 4CCDA 2C19A 3PBWA 1QNVA 4XKYB 1V7YA 1SPQA 2JGYA 1KFLA 1B4EA 2WPBA 1QO5A 2NV1A 1WX0A 4QJ1A 1H61A 2WNQA 1LDCA 4OE7A 4JDYA 3MMTA 1X1OA 4NNCA 4MYAA 3C56A 4QITA 4PCFA 4M6QA 1BTMA 4O18A 1TV7A 4M6VA 4YCOA 4K7YA 3V75A 1VQTA 1W3NA 3NQ2A 4IUOA 3FOKA 3BG5A 5K9DA 2CLIA 1RV8A 1T0OA 3NOEA 3W83A 5DELA 2YCEA 4TX9A 3SIZA 4JYFA 1FWSA 3PSWA 1M5WA 1A5CA 3NPUA 4M7TA 1FQ0A 3TV8A 2FQIA 4E2DA 4POCA 1VLIA 2WSYA 3BLFA 3G1DA 3G1HA 2G97A 5F2GA 1G69A 4QM1A 2H8XA 4WQ6A 5BRBA 4KFNA 5D2VA 2Y7EA 3SECA 3QW4B 4IGHA 3M41A 3BARA 2VXNA 3HPZA 2H3DA 3GR7A 1YPIA 1OABA 4OWGA 3GDMA 4P61A 3U2OA 1KW1A 4ZQMA 4WUIA 2IQTA 4YL2A 4JN6A 3W2LA 1R2TA 4KFPA 3NQCA 1YADA 4IXHA 1VYSX 4LU0A 3IVSA 3LDVA 1XCFA 3MP5A 2ATMA 4JR5A 4ZQNA 4N9CA 4WY0A 3LCIA 1OFDA 1ZNNA 2DZXA 4DPPA 1R2RA 3LHZA 3LRLA 3QSTA 3A5VA 3W7LA 3O8AA 2A6NA 3W7OA 5EY5A 4A2SA 5LNWA 5CZ0A 2CZ5A 1QWGA 2YW3A 1W56A 4YMZA 3W7NA 4LTSA 4LNYA 4NZJA 3W1MA 3QEZA 1SW3A 5EYWA 3CPRA 4RKAA 2ISVA 3FEMA 1LRQA 5AHFA 3N73A 2A0NA 2B7OA 1ICQA 3R13A 3G1FA 1R30A 2OMAA 3MWAA 1QFEA 1QO2A 1Z41A 1KTCA 4MZYA 2Z6JA 2G96A 3KVLA 3GR8A 3QW3A 1MSSA 4FXSA 3LCHA 2VC6A 3FIGA 2C1HA 4IMDA 1HL2A 3PC0A 1QDSA 1VZWA 1YDOA 3CWOX 1IXOA 3L2IA 1X1ZA 4EVZA 1Q6LA 3DU0A 4BI6A 2E6AA 3SI9A 3EWZA 5FF4A 5D02A 2QUVA 1C9DA 2CWNA 2VFDA 3S42A 4UTIA 4AF0B 2YXGA 1TMHA 3RLUA 2ZZ5A 5AC6A 2VFFA 1DL3A 2YYUA 1JCNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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