1SFJA

2.4a crystal structure of staphylococcus aureus type i 3-dehydroquinase, with 3-dehydroquinate bound
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
236
structure length
227
Chain Sequence
HVEVVATITPQETLIQKINHRIDAIDVLELRIDQFENVTVDQVAEMITKLSFKLLVTYRTKLQGGYGQFTNDSYLNLISDLANINGIDMIDIEWQADIDIEKHQRIITHLQQYNKEVIISHHNFESTPPLDELQFIFFKMQKFNPEYVKLAVMPHNKNDVLNLLQAMSTFSDTMDCKVVGISMSKLGLISRTAQGVFGGALTYGCIGEPQAPGQIDVTDLKAQVTLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of Staphylococcus aureus type I dehydroquinase from enzyme turnover experiments
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
total genus 85
structure length 227
sequence length 236
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2004-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1sfjA00
3TJXA 4NVTA 5I3GA 1I2RA 3FEMA 1RR2A 1WA3A 3PAJA 1IXOA 4ICNA 3FJLA 2YW4A 5AOUA 4IWWA 4KWVA 1FXQA 5HQEA 4UUIA 5IM51 1OHLA 1YDOA 3P81A 2CZFA 5LGZA 3R89A 3QFEA 1BEUA 1RQBA 4MJMA 3WJSA 4Y96A 4KFNA 1AL8A 1F05A 1FBAA 3P82A 4A2SA 4B5NA 2TSYA 3NR0A 5AC8A 3SIZA 3HPXA 2FPTA 4UFMA 3L2IA 1F2JA 4AF0B 1KM1A 3N19B 4FB7A 3PBWA 3NNTA 3RMJA 1I2QA 4DF1A 4WUIA 3DH7A 3DBPA 3TROA 5DXYA 4JYFA 3MBFA 1JRBA 1C9DA 1O60A 3FA5A 3PSVA 2EAWA 3NQMA 3PC0A 1LROA 3D0CA 3SGZA 3VKJA 2DZTA 1XBZA 4L4MA 5HR7A 3TE9A 3LV6A 3T78A 1LBMA 1FWNA 1GVQA 1JULA 1WOAA 1UBSA 1YTEA 3PB0A 3EWZA 1O4UA 4RCXA 1CW2A 3GXTA 4HT3A 2R94A 2J88A 4RX0A 4XKYB 1YPIA 1BWKA 3PUDA 1M6JA 2ZDRA 5LNUA 4OHQA 1GVOA 1HO4A 4JTFA 4GUGA 2C6QA 2BWGA 3W87A 2AAMA 1OFOA 4FXSA 4A3UA 1AK5A 1OX5A 3C2VA 4HKPA 3TXZA 3PM6A 3ANYA 3H53A 2X1UA 5DN1A 5H2ZA 3SFKA 3TXVA 4AEOA 3G1VA 4GJ1A 3KRUA 2WSRA 4PCFA 3UWQA 2JK2A 3LRKA 3G1YA 2PRLA 3QZEA 3CC1A 1JQXA 4WXYA 1ZAHA 3OHIA 4FX8A 3KX6A 3TMQA 3EKLA 2VEKA 1SW0A 4JICA 3E02A 1H61A 3TQ0A 4FX6M 4O15A 5LZLA 3CPRA 3ATZA 4MY9A 3ZWSA 5KZEA 3UY8A 4LV4A 2WV8A 1FCQA 4DBEA 4WZHA 2QCGA 1QMLA 4O8RA 1TREA 5FESA 4MY8A 2QUVA 2QCFA 1ML1A 3LTPA 3B0UX 3O6YX 3N2XA 4A21A 1TV8A 2YYTA 4LC6A 4YXGA 1Q3NA 5BW6A 4O4VA 2ZRZA 3DKLA 1DOSA 3N9RA 5CSRA 5AYYA 3GAKA 2OT1A 2O7SA 4UR7A 4LUJA 3M44A 1W31A 4UCGA 1KFJA 5KINA 3EKZA 3WK2A 3GVGA 1MEWA 2ISWA 3HPSA 5C54A 2YPIA 5T26A 4NU7A 3QSTA 3U6WA 3GR8A 2H8ZA 1KA9F 4GC4A 2V5BA 3MO7A 5D33A 1KBIA 4O54A 1TSIA 3GAYA 1QNVA 3G1XA 1SR9A 1T96A 1BKSA 1ICSA 4O53A 2FIQA 3CIWA 3RK8A 2V82A 3LLFA 3G1FA 3S1VA 1OK6A 2PE4A 1KM0A 1M7OA 1K3UA 1ADOA 3W83A 1S5WA 4U4MA 5LKYA 2DU2A 2XN1A 2ZZ3A 1W54A 3NL2A 5CG7A 3QPYA 3WJXA 1EP1A 1QPOA 1LLWA 2GVLA 3T7VA 1ICPA 4MJZA 1QOQA 5A8GA 1JCYA 1KBJA 1V5XA 4O1DA 4LUIA 4MY1A 2HS6A 3IV3A 1ME7A 4JTUA 1G4TA 2HTMA 3RU6A 3DAQA 3A9IA 1YTDA 1V7YA 1G69A 3W7GA 1KTBA 1N7KA 5EMUA 3HGJA 1JRCA 2J9XA 4LRSA 3GK0A 1WBHA 2I1OA 2NXGA 4NXKA 2NX1A 3SSJA 4QNEA 1FQ0A 2J27A 3MWAA 1TJPA 1EWDA 3GYEA 4DXVA 3GKFA 4OT7A 3FJ6A 4UIOA 1R2SA 3S5YA 5I3IA 1L6YA 1UJPA 2BSLA 3W7QA 5DY3A 4EIVA 1H60A 3PY2A 3SGUA 4LY8A 3UNDA 5G2IA 3ABOA 1JCXA 3LBCA 2RDUA 5J5RA 2EF9A 3M5XA 4MZYA 3EXRA 1GEQA 3CT7A 2CLEA 4FNTA 3I68A 2Z0IA 2CU0A 1H7PA 3TW6A 5LNRA 4IMCA 4Y8FA 2NWRA 2V8ZA 3TDFA 1H7RA 1BWLA 3OVRA 4QNWA 1RV8A 4NX5A 1ZY9A 2VKZG 3SJ3A 2F7FA 2EKCA 3QC3A 4MLJA 2XN2A 3NYZA 1LZOA 4LU0A 2IQTA 3M1ZA 4IUOA 1TYGA 1WDWA 3G1DA 2ZZ1A 4LW7A 5K4ZA 1YDVA 3UWUA 2V2CA 2VFIA 3LCFA 3N73A 4GUIA 1TQJA 4H4IA 5HWJA 3LLDA 3DFOA 1FWSA 3PVFA 1ZFJA 3INPA 2J9YA 3W7OA 3W7CA 3TSMA 4BWLC 2Q8LA 2E68A 3TSDA 4DF2A 1XKYA 3IIZA 3OBKA 5EY5A 5C6MA 3NQVA 4KFOA 2C0AA 3HIJA 1R30A 2RKXA 4J9JA 4POCA 4NZJA 4O28A 1KV8A 5K7JA 3L67A 3MYPA 1TV5A 4X9SA 1Q6LA 2PC4A 3C61A 2WOQA 3LI0A 4WOZA 4ZL1A 2VFGA 1EB3A 3EXSA 1DL3A 4ZQPA 5FF0A 4MVAA 4IOTA 3P67A 2ABBA 3DI0A 3DXIA 3UD6A 1VC4A 2ZA1A 2JGYA 4I9AA 3UWVA 1OK4A 3M16A 3LHTA 3S9YA 2H3BA 4BWLA 5FEPA 4Y6GA 5C2XA 3C3NA 1UUMA 1CX9A 2C3ZA 4NT0A 1TCDA 2VOMA 4MFDA 2HSAA 1YYAA 1C29A 3QMRA 3W1XA 4MYAA 3W2NA 2BLEA 4UTWC 3NPUA 2V81A 2X1SA 1DJNA 5HWMA 4LVBA 3TK7A 3MP3A 2C15A 2ZQ0A 3Q58A 3BARA 4R7JA 5G1TA 4D2JA 2NXIA 2B0MA 2ZRWA 3QSRA 3QJAA 1A50A 4RR4A 3LM7A 1S5VA 1XBYA 5I3FA 3W1NA 1VYPX 4O57A 3GLCA 3TFXA 1SFJA 4K6AA 4HNVA 3B8DA 1JCNA 3S1XA 3GXPA 3DFQA 1JCJA 1MO0A 1XFBA 1JCLA 2ZTKA 3BW3A 4E38A 4H6KA 1VYSX 5CKSA 1L2UA 1ZENA 1JUKA 1ONRA 5HNRA 2V5LA 4TMCA 4UTWA 3NQEA 3CB8A 4KWWA 4TX9A 4WY0A 3W72A 1ZCOA 1LM1A 2DP3A 3CU2A 2DZUA 1FDYA 3KVJA 3BLFA 1ME8A 3FLUA 5K3VA 2JKEA 3C52A 2CFFA 4NNCA 2A5HA 1OFDA 4UFIA 2P1FA 1BTMA 4KKXA 3TH6A 5TQLA 2CZEA 3G22A 5CZJA 5G5IA 2AGKA 2V2DA 2HMCA 3B04A 5L6UA 4CCCA 3SR7A 3W2UA 4DQWA 4DO6A 2QCEA 1LBFA 3W1TA 3I7RA 1XBXA 4E0CA 1HO1A 3GIYA 1TIMA 3O16A 4JYDA 3DKJA 3SI9A 3N3MA 4RZ6A 3M5VA 3W1MA 2NUXA 4ZQOA 3W1QA 3C2FA 1GYNA 3UXAA 5KITA 4ADUA 2YW3A 4YCPA 4O52A 3LBMA 4CNNA 3UXDA 1GG0A 3CQ0A 5J5DA 4NJJA 3W7PA 3HB9A 2YSWA 3G0XA 1HUVA 4XTDA 2A6LA 3NDOA 5D2YA 3W2MA 4HHPA 2C1HA 3KFTA 4EOUA 3EX3A 1TB3A 3IGUA 4BFAA 4GBUA 2C13A 4BI7A 3JS3A 4N6FA 3TR2A 2ZZ6A 3U2OA 5BMWA 3TMLA 1XXXA 1VRDA 5DELA 1A5BA 1K02A 4LOCA 1SSDA 2FFCA 3TKFA 1SO5A 4IJBA 3IVTA 5DLCA 3L21A 3GNNA 1W3TA 1AMKA 3LHZA 2E09A 2WSYA 1FWRA 2JKAA 2QEZA 3I7SA 4ZQMA 3NL5A 1WAUA 2BX7A 1RD5A 3W7DA 3NGJA 4QM1A 2CLFA 1H7WA 2B7OA 1WV2A 4Z0JA 3PG9A 3STFA 3YPIA 4XTIA 4JD4A 4LRTA 3WK0A 3W1AA 2B7QA 4JN6A 3O6DA 2FB3A 4FIQA 2GPTA 1P1XA 3G18A 5AN7A 3BO9A 1G7UA 4AHPA 2DZWA 2YDAA 1M5WA 4A29A 2WNZA 3EX2A 2A21A 4CQ8A 4M7SA 3HBLA 1FWTA 2TPSA 5I3KA 1G4PA 3TU9A 3BGGA 1LRTA 4UFKA 4YWIA 2KZHA 5AYXA 2PRHA 3W6YA 1TJRA 4MIMA 5EL1A 1KM3A 2G96A 4IGHA 2ZFAA 1QPNA 3O15A 1NSJA 1B4EA 3OA3A 1OYCA 4WXZA 2P0OA 1W1ZA 4OE7A 3O6CA 4X22A 4IPIA 3PR2A 3KVKA 3WFAA 3B4UA 5GVJA 2A85A 3VE9A 3LOTA 1QAPA 4BI6A 1AG1O 3G8EA 3LHVA 3LCIA 3FS2A 2B7NA 3C0JA 1NAL1 2VFHA 3PUOA 3G1HA 3V75A 1RVGA 1KFLA 2RH9A 4AF0A 1SO3A 3UPBA 1I2NA 5FF4A 2QCNA 1H51A 3W07A 2JBMA 3W22A 2CWNA 1K7FA 3UWYA 3W76A 2NV1A 2QJHA 3W7JA 5G2HA 3LX9A 4PH6A 2BZNA 1NFBA 1VHCA 1K7XA 1OVDA 1OFQA 1IXNA 2NX3A 3W7MA 3MHUA 1QWGA 4UMAA 1K8XA 1KTCA 2ZZ2A 2TYSA 3N34A 3TX9A 4XKYA 2F84A 2E6DA 3L5LA 2RDWA 3WJWA 4JX5A 1DBTA 4EVZA 2QJIA 1W5OA 3TC6A 2OCZA 5FEWA 4JTEA 1FCVA 1PE1A 4JGDA 3DENA 1F6PA 3G1SA 4LVDA 2Z6JA 1X7FA 2GVGA 4K37A 3R5EA 1J5TA 4JTGA 4UFJA 4YL2A 4NUWA 1G67A 4UTKA 2OT0A 1TPDA 4CNPA 2RFGA 3SECA 4QISA 1KFCA 3MP4A 4I7WA 2Y61A 3BW2A 2Y62A 3E0IA 4FNRA 3CIXA 4Q32A 4UTIA 3S0CA 3BPWA 4W9TA 3L0KA 2Y85A 5KZDA 3GNDA 4FNSA 5F2MA 2B7PA 5D05A 3TUUA 1TTJA 3LCHA 2ZBTA 4OU1A 2GQAA 4BK9A 4K36A 4PL1A 5CPNA 4NQ1A 2YR1A 2E6AA 3A23A 2QCDA 4YMZA 4K7VA 4Z08A 3WK3A 2EPHA 3U8GA 1EA0A 1XUUA 4NNBA 1UB3A 4LT9A 2V2HA 3QEZA 4HNUA 5BRBA 5G4WA 2V0TA 2DZPA 2YYUA 1XC4A 1UASA 5F1VA 1PIIA 5EKYA 3IIXA 4LWWA 4MKNA 1SZFA 5IBXC 3IIOA 4OGZA 3CLMA 1K03A 3WK1A 1FXPA 3LHUA 4QIUA 3VI2A 1QCWA 4FNPA 4MLRA 4DO5A 3FKKA 3MI3A 1Q6OA 1P4CA 5D2VA 2W0UA 3QRHA 5KMYA 4UFLA 3TW7A 3PBVA 3VE7A 4JTIA 4ZVJA 1HL2A 2QDGA 5A5WA 3DFSA 2CLIA 3ZWTA 5DY2A 2EGZA 2QCCA 5D2WA 3W2LA 3MI2A 3CM4A 1ZNNA 3EXTA 5FEXA 3GKAA 3W2KA 2A7NA 5F1UA 2VC6A 2YCEA 2ZCGA 4QAIA 3QQ0A 5EBUA 2FLIA 4UMBA 4M19A 5AB3A 4JTHA 4WJEA 1LYXA 4JTLA 1LTDA 5SWUA 1UCWA 1I8JA 3LV5A 2R8WA 2Z1BA 3MI6A 4RK8A 1TRDA 5IBXA 3A5FA 4FIRA 4NJIA 4JX4A 4X3ZA 3L5AA 5HR6A 4KFPA 1D9EA 2ZA3A 3R13A 4ML9A 3AJXA 4YLWA 3THQA 1SQ7A 3NQ2A 5C55A 4DPQA 5BNKA 5G2WA 3BVJA 3NQCA 4QITA 1JCMP 2NUWA 3O63A 3STCA 2A1YA 1GG1A 3PBYA 4N9EA 1H50A 4LVGA 2FPYA 1ZHAA 1OX6A 1JUBA 3W23A 3W3OA 1VHNA 3MYOA 3LI1A 3W1PA 1KFEA 4O17A 3RLVA 3NQAA 3A22A 1KM2A 1KTNA 4RZ4A 1AW2A 1TRIA 4I7UA 1VLWA 1B3OA 5DCBA 1LDCA 1Z41A 8TIMA 3UZJA 3STEA 3LCLA 1WQ5A 2YX0A 3C8FA 3G1AA 3EX1A 4XBSA 3L5MA 3PULA 3GR7A 3C6CA 4LS2A 1LORA 1T99A 1TTPA 1JVNA 1OF6A 3G8RA 3SW6A 5CPLA 1SO6A 3B03A 1O5KA 1LP6A 4GNJA 3W1RA 1TPB1 3TNOA 5FF3A 1GT8A 1J4EA 1XL9A 4LS1A 1F74A 3C2RA 4Q33A 3MMTA 3BV4A 2E1DA 1F76A 4LS0A 5CSSA 3HF3A 3W85A 3M6YA 4JX6A 1GZGA 1GOXA 4H3DA 2PCQA 3NPVA 3NZ1A 1EEPA 5TIMA 4WD0A 1M7PA 3I65A 3IIVA 2Y70A 3MW7A 7TIMA 2Y6ZA 5HMSA 3K30A 1YPFA 2DZVA 3QQ1A 1OFEA 2DZSA 1W8SA 1PCWA 3KRZA 5D30A 2V9DA 1PHWA 4HNTA 3QYQA 1TPVA 2WSQA 1WX0A 3NQFA 3QMSA 1OX4A 3NO5A 4AMAA 4ZZ9A 3CWNA 2BTMA 4O19A 4XUGA 4EF9A 3DFPA 3TV8A 3VCRA 1OFRA 3HGSA 4DPPA 1TPEA 1U5JA 5MHBA 4N2YA 4LVAA 4LNYA 1VCVA 1JQVA 3A21A 3W74A 1VZWA 2VEMA 5CPMA 4JIPA 2ZZ4A 4Y90A 2QDHA 5AC7A 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 1H1Y A;  1Q6Q A;  4AXK A;  2NUY A;  3TSB A;  2OJP A;  3PBU A;  1VGA A;  1XDM A;  2A2I A;  4IMG A;  1W0M A;  3NL3 A;  3FYO A;  3W73 A;  1SZG A;  2ABA A;  1TPF A;  3CEU A;  1QO2 A;  3NPX A;  1L6S A;  3E12 A;  3S6D A;  3QM3 A;  2WPB A;  3C2O A;  3LDV A;  1WOB A;  4M5P A;  1GYL A;  3GZ3 A;  3UY7 A;  3O07 A;  3LB0 A;  1GTH A;  2ZRV A;  1THF D;  3EWW A;  3TAO A;  1KM6 A;  5D03 A;  1OYA A;  3B05 A;  1I4N A;  3P8J A;  3GDM A;  1KLZ A;  3WJZ A;  3G3D A;  4O1B A;  1QFE A;  4PA8 A;  1G4E A;  3HGO A;  3HPZ A;  1K7E A;  1QPQ A;  3F03 K;  5HUL A;  2QR6 A;  2A4A A;  3NOE A;  1VH7 A;  1LBL A;  4K38 A;  3HJZ A;  1H63 A;  2J6X A;  4N6E A;  3V1P A;  1W3I A;  4ADS A;  3EX4 A;  1VLI A;  1A53 A;  2YXG A;  3BGJ A;  4AVF A;  3O06 A;  1ME9 A;  2R14 A;  4JTS A;  2J24 A;  1VQT A;  5KTL A;  2E6F A;  1OG0 A;  3LHW A;  4N9B A;  3NQ7 A;  4XZ9 A;  2OMA A;  3DGR A;  2C18 A;  1O95 A;  1R2R A;  4NJG A;  1LRQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TJX A;  4NVT A;  2V6A A;  4P7Q A;  4WSH A;  1CB7 B;  3PAJ A;  4ICN A;  3NXL A;  5HNU A;  4IWW A;  5HQE A;  3A4J A;  1A0E A;  1IR2 A;  1RXO B;  3P81 A;  3K8K A;  1NP0 A;  2W9M A;  1D2K A;  3UCQ A;  4YYF A;  4H8V A;  2OO0 A;  4LBS A;  4KFN A;  3FGC A;  1TE6 A;  1F05 A;  1FBA A;  1MUC A;  1CNV A;  3WEO A;  2ZID A;  1TJ1 A;  2FZM A;  1V0N A;  2TSY A;  3NR0 A;  1M53 A;  4B5U A;  4UFM A;  2XSX A;  3L2I A;  4IIG A;  4AF0 B;  3N19 B;  3PBW A;  1FTX A;  3RMJ A;  4DF1 A;  4WUI A;  3DH7 A;  3DBP A;  3BAJ A;  3E0F A;  3RR4 A;  3M4H A;  4JYF A;  1C9D A;  5ABE A;  4MWA A;  2NSX A;  4KWO A;  4A8L A;  2EAW A;  4A3Q A;  3KOW A;  1E4M M;  3SGZ A;  3VKJ A;  1XBZ A;  4L4M A;  1F4H A;  3LV6 A;  3T78 A;  3S6O A;  2F6U A;  1XKJ A;  2Z28 A;  4HPH A;  1O4U A;  1DQU A;  4CVW A;  3VDB A;  1CW2 A;  3GXT A;  2R94 A;  3TNB A;  4DO7 A;  4XKY B;  1BWK A;  1J79 A;  3TTO A;  2J77 A;  2ISF A;  4JTF A;  2BWG A;  3BE7 A;  4FXS A;  4A3U A;  4JNY A;  3U2C A;  1VFO A;  2GJR A;  1POK A;  3TXZ A;  4ZB5 A;  4MSS A;  2E3Z A;  3WLK X; 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