1TIMA

Structure of triose phosphate isomerase from chicken muscle
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGKRKSLGELIHTLDGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFQETKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAVQSRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic coordinates for triose phosphate isomerase from chicken muscle.
pubmed rcsb
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 72
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1976-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1timA00
3LB0A 1RVGA 3LHZA 4JICA 4EF8A 4O54A 3IRDA 3S8HA 3H53A 3QZEA 4WOQA 2AQWA 3LHVA 4CNOA 3HGJA 4DPQA 1MZHA 1K7EA 2CFFA 4O16A 1TV7A 2NX3A 4JTJA 3N19B 2G95A 4NQ1A 3L5AA 4Z1DA 3DZ1A 1GEQA 5K9CA 4O1CA 5BRBA 3P67A 3SECA 4MFEA 3W75A 3PC0A 3TR2A 4UTTC 3Q58A 5BMWA 4PA8A 1I4NA 1F7BA 3CEPA 1X8FA 3RLUA 4I7WA 3TU9A 1TPWA 3PF3A 1ICQA 5E93A 1K8XA 4GUGA 3TV8A 1Z42A 1WDWA 4FNQA 1GOXA 1U5JA 1JCNA 4M6QA 5AYXA 3L9CA 3QF0A 5HR6A 4PH6A 1VS1A 2E5CA 3RU6A 2TYSA 3NQCA 3W7CA 3TH6A 4JTEA 3EWUA 4FX7A 3S42A 1KFEA 4O4VA 1JQVA 1THFD 4NNCA 5D37A 3EWZA 2V0TA 3FYPA 2YW3A 5AHEA 1VJIA 3H55A 8TIMA 2YFNA 2JKPA 3P80A 1KTNA 3EX6A 2QCGA 2ABAA 2V5BA 1G6CA 4A22A 1T0OA 3WK0A 3A9IA 3LBCA 2YFOA 3L0NA 1I8JA 2A0NA 1GTHA 3WJZA 4BI6A 1F74A 3N34A 5KMYA 3B0VC 1KFLA 1TIMA 2NX1A 1CX9A 1ZHAA 3B05A 1FX6A 3PUOA 3L21A 1H61A 4ZQMA 1VH7A 4JTTA 2NLIA 4DO5A 1I45A 4JTLA 3LV6A 3W7DA 2V8ZA 3O07A 1ONRA 2C1HA 4WD0A 4MPQA 3BARA 4AEOA 4NJKA 4HNTA 3S0CA 1T96A 2QAPA 2ZRVA 3B06A 5CKSA 4U4MA 4BI5A 3E96A 1CI1A 3M0ZA 1BKSA 2Q3OA 1MSSA 4WXYA 1KFCA 2CZDA 1VHNA 3JRKA 3PUEA 2RKXA 1GTEA 1X7FA 3QJAA 1SW7A 3TC6A 3DBPA 3ZWTA 4IMGA 3ATYA 3TQVA 4GUHA 4ICNA 1RQEA 4RR4A 3R12A 4LUIA 3UD6A 1DJQA 3QFEA 1KM1A 3I68A 3R89A 1ME8A 3L65A 2OX1A 1I2QA 1OYBA 1T8XA 2GVJA 3QMSA 3DGRA 1FWRA 4FX6M 4BI7A 4IGHA 3G1HA 5HWJA 3GR7A 1NAL1 1VCGA 3FA5A 1ADOA 5KTLA 3A5FA 1KM3A 1R2SA 1XDLA 1HFBA 4K37A 3P81A 1RQBA 3M5ZA 1X1ZA 3GDTA 1TCDA 3BLIA 3T44A 2W6RA 2BX7A 4MYAA 5AHIA 2OCZA 3GKFA 1SZGA 3G0SA 1WX0A 2DZXA 3EXSA 4AHQA 3BGJA 4D2JA 1EB3A 3W83A 2IQTA 2J6XA 3NPXA 1UJPA 3PG8A 4WY0A 1WYIA 4IXHA 3UWQA 1P4CA 5G2HA 3K30A 3GZ3A 3GVGA 1LBMA 5DLCA 3GXNA 3FYOA 3LM7A 1OX4B 2A6NA 3W7IA 5CZJA 5AB3A 3NL3A 3LLDA 4UFIA 3HO8A 1QPQA 3HGSA 1PVNA 1A53A 2CU0A 1K8YA 3ZFHA 1FWSA 2OT1A 1W3NA 3EEGA 3GLCA 4O4WA 1FY6A 3DAQA 3LXAA 4FXSA 3MP4A 3MUXA 2WO5A 3SZ8A 3STGA 2WSYA 3T7VA 1JCMP 3MI2A 1F6KA 1W37A 2NX9A 2TMDA 4N6FA 2HSAA 4LT9A 3A23A 1QPOA 4OHQA 2B7NA 4FIRA 2FFCA 3CT7A 4DQWA 2ZRUA 2QJIA 2CLOA 1W31A 2D73A 4H3DA 4IQLA 5FF2A 1QO5A 1I2PA 1VLWA 5C54A 2TRSA 4OWGA 3BG3A 3TQ0A 2WSQA 3G18A 1W5MA 4PC8A 2YCEA 2VXNA 3N2MA 2P1FA 1SO5A 1GVSA 3KXQA 5D33A 3E49A 3W1LA 3MWAA 1K8ZA 1XBVA 3C4UA 2JKEA 5KITA 1KLZA 3W7HA 4A21A 1B57A 2A7PA 5KZEA 3W7LA 1LRQA 2FJKA 3ABSA 1TREA 3L5MA 2P0OA 4FO4A 1TRIA 4N9EA 3OIXA 4UFJA 2YX0A 3A24A 2V2HA 5F4WA 4XWUA 4Y96A 1EX5A 1UUMA 1GVOA 2X1UA 3RK8A 1K7FA 2Z2UA 3S1XA 4AMAA 1O5XA 1UCWA 4FEZA 3IIXA 5I3HA 4A2RA 4I7UA 4RLIA 1NF7A 1W5OA 5G1YA 3S5YA 1K02A 3W71A 2DU2A 5AHNA 3TCEA 2BXVA 2GOUA 1SSDA 1FDJA 3JR2A 2JBMA 2Y70A 2CLEA 3LCIA 2JK2A 1NF0A 3LGEA 4AF0B 1ICSA 1YADA 3NQEA 2BSLA 4M7TA 4BWLA 1TYGA 3NZRA 1TTJA 2HS6A 4ZMGA 4DF0A 3QW3A 2G97A 3LXCA 4ZQCA 2DZPA 4E0CA 4LY8A 3W1UA 4O52A 4JYEA 1QWGA 3MHGA 3IIZA 1EP1A 3C3NA 2ZZ5A 3IVSA 3TDFA 4P61A 2V81A 1H1ZA 5D2WA 1D3HA 3TQKA 1JULA 3EXRA 3L5LA 3PBVA 4DO6A 2Y62A 4LVAA 2V30A 1S5WA 5DELA 4MY8A 4MYXA 4O18A 3MI3A 5LNRA 3U8GA 3KVLA 5D30A 3W7JA 4QJ1A 1A5AA 4UTKA 4MZ1A 1JJKA 2GQAA 3NA8A 3LTPA 3W23A 3DFQA 2CLLA 4R33A 1YTEA 3UY8A 3NQMA 2EKCA 2PURA 1RR2A 4E2BA 3INPA 1EP3A 5F2GA 1GWJA 1LRTA 2QCLA 3O6YX 1RV8A 1ME7A 4NVTA 4OE7A 5HWMA 4UC5A 4NJGA 3GX9A 3TKFA 3R8RA 5LHEA 2ISVA 2ZQ0A 3LCGA 3UWYA 3SIZA 3HG5A 5A8GA 2DZWA 2YGYA 1AMKA 4OV9A 1T99A 3GB6A 1KV5A 4IX0A 1LROA 5DY2A 4ZL1A 1JQXA 2DZSA 3G24A 2ATMA 4I9AA 1KTBA 1SR9A 2VENA 3EWXA 3QW4B 4A29A 3U2OA 4XBKA 3WK2A 1ICPA 1X1OA 4Z1BA 2PCQA 1F76A 3NGJA 4DELA 4UUIA 2PC4A 3GXPA 1W0MA 2R14A 2ZZ7A 1SW0A 3STEA 1W5NA 1GVQA 1WBHA 3O6DA 2GJNA 3M6YA 3WK3A 1RZMA 5AHFA 4OV4A 4LNYA 1TTIA 1TV5A 3O6CA 4NNBA 1M7PA 3S5ZA 3USBA 1LCOA 5HNRA 3A21A 1F6PA 4JX6A 3OG3A 2EHHA 3B0UX 5U7SA 4JN6A 1SUXA 3IEBA 1W3IA 4UFMA 1LOLA 4FNPA 2Y61A 3P5YA 2Q8LA 1WXJA 5FEPA 2ZCGA 2Y6ZA 4O1BA 3EX4A 3LHUA 2GQ9A 3NQ2A 5I3KA 3NQ6A 1D3GA 2C19A 3UZJA 5DCDA 4ADUA 2H3BA 4LS1A 1B9BA 2I14A 1I2OA 3P8IA 1TTPA 4HT3A 4GBUA 3P60A 1R2RA 1YXYA 5FF3A 3N3MA 2A85A 3PVFA 4H6KA 4IMFA 2Y85A 3BV4A 4PCFA 1DV7A 5FEZA 3NL2A 1UB3A 3CIXA 4GRSA 1ZY9A 1LLWA 3W1NA 5CZTA 2BLEA 4N6EA 1NFBA 1SW3A 3TFCA 5CZ0A 1WQ5A 4K7YA 3HPXA 2NXHA 5F4SA 5I3JA 5K2ZA 1V5XA 4HN4A 1Y0EA 3PG9A 2EGZA 1L9WA 4HNVA 1XXXA 2H90A 4A3UA 5L9FA 3NEVA 3DHDA 4JR5A 3NOEA 1EA0A 3MMTA 3TXVA 4ORIA 2YR1A 1FCBA 3P74A 5HWNA 3M41A 3G3DA 2QF7A 4O53A 3Q94A 4CCDA 4O12A 3TIMA 2R8WA 1QMLA 3DFNA 3MP5A 3W74A 4XQ6A 1GG0A 3LRMA 3N73A 4Y8FA 4DEFA 3KHJA 1BEUA 2FPVA 2ZBTA 3MP3A 3TMQA 4CLMA 4CNPA 3LCXA 3OVRA 1TQXA 1PHWA 3UPWA 1YDOA 4LOCA 2AGKA 2QJGA 3CIWA 4ML9A 5LGXA 3SGZA 4B5NA 3GR8A 5AYYA 5CPNA 1X6UA 3BW2A 2HMCA 2YSWA 4XTDA 5K3VA 4JEQA 4K38A 2WSRA 5D04C 1XDMA 1H7WA 4UFLA 2NV2A 2Z6JA 3NQFA 1KA9F 1C8VA 1KLYA 1HUVA 1PHQA 3ABOA 1LRNA 4EIVA 4KKXA 4BFAA 4XKYB 5AFDA 2Z6IA 4MY9A 1JCYA 2PRMA 4Z0SA 3HOJA 4AXKA 4WQ6A 1HO4A 1YXDA 3EXTA 4FHAA 1H7OA 2TPSA 3A22A 2QUTA 3IVTA 3S1VA 4JIQA 3BVJA 5AC6A 4RXGA 3E9AA 3QQ1A 5I3IA 1Z44A 4NZFA 3W7EA 3HG3A 4O0KA 3C0JA 3O05A 4LUJA 3V1PA 3L66A 3ELFA 4QM1A 4GFSA 3TW7A 1G4PA 4Y90A 2ZZ3A 3HMJG 4WY0F 4QSHA 1R2TA 4JIPA 5ABTA 1SO4A 3EWYA 4IX2A 2QAFA 1TMHA 2XN0A 1ALDA 1DL3A 5FF7A 1L6YA 2O7SA 1N8FA 1TPFA 2ZDRA 4AVFA 1ZNNA 1O60A 4RZ5A 2ZZ4A 2ZTJA 3C56A 5C55A 3DXIA 2Y63A 3S1WA 2NXIA 3E02A 1FXPA 3LLFA 3IGUA 3NPWA 2E68A 3W7PA 3M5YA 1JUBA 5LNWA 3CB8A 3GIYA 1JRCA 4TX9A 1UASA 4AF0A 2ZFAA 1TPB1 3HIJA 3NPVA 3P62A 5EL1A 1F5ZA 1GQNA 1HO1A 3N14A 3BW3A 4NXSA 5CPMA 1P5BA 1SO3A 1S5TA 2FDSA 4UR7A 2R91A 4FX8A 5I3GA 3GK0A 1KV8A 3PUDA 2NWSA 1FWTA 2ZZ1A 3NDOA 3LHWA 5F2MA 1V7YA 1ZFJA 1F73A 3W1XA 4ZQRA 5EA9A 4NT0A 5LNUA 3KX6A 3CWNA 4ZQOA 1OVDA 3F03K 3O63A 3KVKA 3W07A 3W7NA 3PBWA 1G69A 4LVDA 1OFDA 3FOKA 2FTPA 2YYUA 4X2RA 3RMJA 4JD4A 5DY3A 3I7RA 4MJMA 3IGXA 4GUFA 4AWUA 3G1VA 4DBEA 2HS8A 1VPXA 3EWWA 5IBXA 5EY5A 2ALDA 2ZYFA 2F7FA 3IV3A 3MHFA 4IPJA 3KRSA 4JS3A 3G8RA 4J9JA 1SFLA 3TX9A 4O8RA 3PBUA 2ATSA 4DF1A 4UMCA 3W2NA 1O94A 2EAWA 2VFEA 4TMBA 3G0UA 1AW2A 2WV8A 3UNDA 1QO2A 1SZFA 1DORA 3G22A 2WOQA 1EEPA 1VCVA 3G1DA 5FI8A 1AK5A 1UBSA 1TV8A 3HGRA 2RDWA 1OFPA 5F2LA 2X1SA 5TQLA 3L68A 3STFA 1WBJA 5LZLA 3O06A 1B4KA 4TR9A 2EPHA 4IWWA 4O11A 3VNDA 3F4WA 4KFOA 1OYCA 1TJRA 3MBFA 3TROA 1PCKA 2J9XA 3PB0A 4FNRA 1GJPA 2QUUA 1PS9A 2F84A 2ZRXA 1DJNA 3G3MA 3PULA 4L4LA 2QCCA 3ATZA 4ADSA 3BG9A 3DH7A 3NO5A 3W1PA 3GNDA 2V2CA 1F05A 3FIGA 3W1RA 2XFWA 3GAKA 2ZA1A 3W76A 5HUPA 1OK4A 3LHYA 4FIQA 1B3OA 3ABRA 1GT8A 1YXCA 6TIMA 2DJLA 1ZJIA 3MBDA 1M6JA 3W6YA 3DFPA 1YDNA 4Q33A 2CWNA 1TPC1 4NNAA 4JTHA 3SI9A 3OA3A 4IXXA 4BK9A 4HHPA 3OHIA 5EMUA 1H51A 5AC7A 1LLZA 2A6LA 2OT0A 2CZFA 1IGSA 4KWWA 2QCDA 1JCJA 5DXXA 1HG3A 3WJYA 3HGOA 3IIVA 2VC6A 2J88A 4N2YA 2ZA2A 1H7NA 3LOTA 1H5YA 4YL2A 1LOQA 1OK6A 2ISSA 4BR1A 3L67A 3TFXA 4N4PA 2YDAA 4P2VA 1QDSA 5D2TA 4MLRA 1G4EA 3CC1A 1H7RA 3LCFA 1WOBA 2WNQA 1ZAJA 2C18A 5EBUA 5G5IA 3GDLA 2X1RA 4UTTA 3EX1A 4NX0A 4S2BA 1OFEA 4CQAA 4YCOA 4NU7A 3QC3A 2LLEA 4FNSA 2E09A 1EWDA 4NZJA 3CQ0A 5CZSA 3NVTA 3KFTA 2B7QA 5F2IA 2V9DA 5CPLA 3BK0A 5D02A 1WV2A 2C6QA 4KWVA 4RKAA 4WXZA 2G96A 4IMEA 3PWAA 4WZHA 3FEMA 1OABA 5CSSA 1LM1A 2VFDA 3OBKA 1JUKA 4QISA 5LNVA 1G7VA 3RFAA 4O1DA 5BMXA 4OT7A 3SFKA 1FCQA 3C2EA 3DHFA 1S3HA 4XKYA 3B8DA 5K4XA 4OGZA 1SZNA 5L6UA 1AG1O 4R7JA 1O4UA 2B7PA 3I6RA 4UTLA 2WKJA 3QM3A 4O50A 4GE8A 1IF2A 3Q2DA 2ZRZA 3CEUA 3NYZA 5G1TA 1J4EA 2O7QA 4H4IA 4IPIA 4K7VA 2A2IA 1YYAA 1VCFA 2VFGA 3NM1A 3NQVA 4RJEA 1A5SA 3N2XA 2QDHA 3SY5A 1B4EA 3THQA 2A7RA 3EX3A 2Y7EA 4JX5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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