1TMHA

Modular mutagenesis of a tim-barrel enzyme: the crystal structure of a chimeric e. coli tim having the eighth (beta-alpha)-unit replaced by the equivalent unit of chicken tim
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAAEAAKQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modular mutagenesis of a TIM-barrel enzyme: the crystal structure of a chimeric E. coli TIM having the eighth beta alpha-unit replaced by the equivalent unit of chicken TIM.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Escherichia coli
total genus 99
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1994-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tmhA00
3ABQA 4IMCA 5D2XA 2B7NA 1R30A 1R2TA 1EP2A 1TRDA 2BLEA 4CLMA 5FEPA 1GEQA 1IXPA 1KBIA 4Y6GA 1G67A 2R94A 3LTYA 5CPNA 3NNTA 5CPMA 3SY5A 1D9EA 1UCWA 3GX9A 2DZWA 2BWGA 4TR9A 3F4NA 3HG2A 3DFPA 2J24A 3NG3A 4UUIA 4E38A 1OX4B 1TRIA 1TYGA 5HWMA 1TCDA 4NJGA 4XBKA 4UMBA 3BG9A 1QOQA 4DF0A 4KFOA 4NNAA 4AH7A 2V82A 4IX0A 4NJJA 5I3HA 2ISSA 4MJZA 5DELA 3HGOA 1F74A 4XQ6A 4AEOA 5AHEA 4GNJA 2GQ9A 4K8HA 3UWZA 2GOUA 1I45A 4B5NA 1IIHA 3W7DA 1H7OA 2V8ZA 4LV9A 1FWWA 5EMUA 3M1ZA 3MYOA 2WPBA 4JYFA 4UR8A 3E49A 4R53A 3EB2A 1L6YA 1WV2A 4FIQA 1LORA 2ZZ1A 4GRSA 4L4MA 1QO2A 1GPWA 1N8FA 3QMSA 4WY0B 2VELA 2XN2A 1GWJA 2ZRZA 3W72A 3PB2A 2B7QA 2NX3A 3CPRA 3QQ0A 1GQNA 3MW7A 4FXRA 2XN0A 3QEZA 4CQ9A 1TPB1 3W7IA 2ZZ6A 3P8IA 4S2CA 4WOZA 1PV8A 1P0NA 3MHUA 3QH2A 4YL2A 4YCPA 4UCGA 1BWLA 1K8ZA 2VFEA 3BV4A 2KZHA 5AHLA 5DCDA 2JKEA 5G1TA 5LNWA 1XUUA 1OFRA 3TC6A 4C1KA 1H7RA 1W5OA 2YW4A 4O17A 3JR2A 2B4GA 1JCJA 5F2IA 3DKJA 2J9ZA 1AK5A 4NXSA 2A7PA 3HOJA 3KVLA 3DI0A 2QCEA 5E1QA 1DJNA 2RDUA 5F4XA 4OQVA 2DZTA 3W22A 3FFSA 5I3GA 1LLWA 3QM3A 3LXBA 1SUXA 2Y7DA 1XFBA 3F1QA 2FDSA 3PUEA 3L5MA 4HIBA 5DY2A 3LX9A 3BW4A 3NPWA 3LCFA 2ABAA 1AL8A 1D3GA 4DO4A 1TO3A 3RK8A 3TAOA 3S8HA 3C2EA 3KVJA 8TIMA 4UC5A 3S42A 2C14A 3NQ6A 4LTSA 2CZ5A 4RXFA 4LVGA 2QAFA 2ZTKA 1K02A 1O4UA 1GVOA 5LHEA 2R91A 4HNUA 2Z6JA 4JD4A 3PBWA 1SW0A 2ZRUA 1SZEA 5HWJA 4UTWC 1P4CA 1F73A 4CNOA 3IIOA 3KVMA 4FEZA 4M6QA 4MY8A 5EL1A 1GT8A 4FNPA 4LS1A 3W1AA 1Q3NA 5AHMA 1EB3A 3RMJA 1H63A 3STCA 3LDVA 3W71A 1ME7A 3W76A 1FXPA 5FF0A 2WNQA 3P5ZA 2I14A 5DBTA 3W1MA 3N9RA 3MI3A 4RZ6A 1MSSA 4O57A 4UNLA 2QUUA 1EEPA 5C55A 4Z1CA 2BX7A 3R5EA 2OT0A 4CNNA 2QEZA 3WJWA 2BSLA 4IXXA 3W85A 1RVGA 1LOLA 2DZSA 2JKAA 2E6AA 4EF9A 4KKXA 4R33A 2NXHA 2A1YA 2FB3A 1ZFJA 4UTIA 3CWNA 2VEPA 4E0CA 7TIMA 3P67A 1YDVA 1EWDA 3IVSA 3MUXA 3NPUA 4LS0A 2H6RA 3GDMA 2ISVA 5LNRA 2NX9A 3BLFA 1EIXA 4JX6A 5LGXA 1RQBA 3DXIA 3BG3A 5LNSA 5TIMA 1DQWA 3A22A 3QFEA 2Y89A 4QM1A 3AJXA 1W5QA 4LUJA 3MHGA 3P61A 3C8FA 5FESA 1VLWA 5AYZA 2VXNA 4MUZA 4Y8FA 2NV1A 3HO8A 3ATZA 3WJSA 1BEUA 3D0CA 1NAL1 3GDRA 1UASA 1YXCA 2QCHA 1FWTA 3QW4B 1VC4A 1S3HA 4ALDA 2A0NA 4CCEA 2RKXA 1QFEA 4MFEA 3T40A 5K3VA 5HR6A 2EPHA 2G5WA 2QF7A 3CU2A 4QSHA 3W1PA 3BK0A 1TJRA 2Y61A 2F84A 3W1QA 3ZR4A 2FFCA 1FY6A 2JK2A 1TTIA 4QJ1A 1OFQA 3RNDA 2YYTA 1VH7A 2CFFA 2VEIA 1LRQA 2Y85A 4M7SA 5EBUA 1ML1A 1LRTA 4M7TA 3E0IA 5DCBA 3EKLA 5CGQA 3ZWTA 3P82A 1LDCA 1W54A 3EWUA 5I3KA 1K8YA 1T8XA 2ZYFA 3INPA 1VCFA 3GR7A 1NSJA 2X1RA 2HS8A 3UXAA 5LKYA 1SZNA 2YX0A 4QQ3A 3R8RA 1GVFA 4JNMA 4A3UA 2ZZ5A 3W1LA 4Z08A 5F1VA 1ZAIA 1SO6A 3NO5A 5KTLA 3NAVA 2NUXA 2TSYA 2RDWA 3M43A 4R34A 3Q94A 3PY2A 1Z48A 1OFOA 1EA0A 1W3NA 4NQ1A 1W1ZA 4MVAA 3P5YA 4MKNA 1A5BA 1PE1A 4MYAA 1JRBA 2ZA2A 1FDJA 4U28A 1VYPX 1SR9A 3BLIA 4CCCA 1O5XA 4BI5A 1XM3A 4FIRA 3LLFA 3O16A 2CLIA 2C18A 2WV8A 4NJIA 4RR4A 5IBXA 3TDFA 1RR2A 2X1TA 4Z1AA 1L6WA 1EUAA 3M0ZA 4X9SA 1JCYA 3B05A 3T7VA 3I7QA 1QAPA 4TMBA 4TMCA 5H91A 4U4MA 1LTDA 4UTLA 3W2KA 4JS3A 2FB2A 5IM51 1VPXA 1KBJA 3BW2A 4N6EA 3IIVA 1EUNA 4UIOA 1AMKA 5A5WA 1SZGA 3SW6A 2V9DA 1RQHA 2J9XA 5CZSA 3G1SA 2GVJA 3TIMA 4N9BA 1H7XA 5F2MA 4WUIA 1G6CA 2PRLA 4DBEA 2QUVA 3WK1A 4JTFA 2Z0IA 1TB3A 3U6WA 1H51A 4POCA 1O5KA 5L9FA 3TX9A 3B0VC 2CLHA 2V0TA 3KOFA 4PODA 1KM6A 3GNDA 4UR7A 1TPH1 3G1HA 3FA5A 4OV9A 1K7XA 3EWZA 4UTWA 4IUOA 1VZWA 3M5VA 3OA3A 1LM1A 2E5DA 1KTNA 5EKYA 3WK0A 5G5IA 2Q8ZA 4ZQRA 1BKSA 2WQPA 4MJMA 4LUIA 4RJEA 3W7HA 2A6NA 3UWVA 3PB0A 1DOSA 5KZDA 1G7VA 3TE9A 5K7JA 2CZFA 2V81A 3EX1A 2E6YA 1QWGA 4IOTA 3W7OA 3W7GA 2TRSA 3MP4A 4RLIA 1XBZA 1NF7A 5CG7A 3FIGA 3W23A 2A85A 1TPWA 3EX3A 4MZYA 1H5YA 1JRCA 5AHIA 1SO5A 1EX5A 3W7NA 4IMFA 2CLEA 3DZ1A 1MO0A 3BO9A 3TJLA 2OCZA 3L65A 2WKJA 1VQTA 2QCFA 3BPWA 1LOQA 4O52A 1F6KA 1E51A 5BMXA 3LTSA 5LNVA 3IRDA 1AW5A 4FNUA 5D38A 3PAJA 3A5VA 3MI6A 5FEXA 5CZ0A 2ZZ3A 4LVAA 1K8XA 1JUEA 2ZA3A 2QCDB 1K03A 4PEKA 5HINA 3NR0A 3IIXA 3T4CA 1A53A 4O0ZA 5E0KA 1TQXA 2CLOA 1OYBA 3LGEA 4P61A 2H8XA 1TQJA 4FHAA 4NT0A 1B4KA 2ZCGA 2CZEA 4KWWA 3UWQA 1FCBA 2W0UA 3BG5A 2VKZG 5HULA 3IVTA 3G0XA 3C2VA 3O63A 1OX4A 4DPQA 4LRSA 2E6DA 2GQ8A 3DFSA 5J5RA 3B4UA 3GAKA 4ONVA 4HNVA 2YFOA 1Z42A 3L66A 3TNOA 4BR1A 1QPOA 3M6YA 3OEXA 3TH6A 3T55A 5C6MA 2FPTA 1GYLA 3SJ3A 4ICNA 4TIMA 2ZZ2A 2YW3A 1QMLA 3CEUA 4O8RA 2Q3OA 5D03A 4CNPA 4XBSA 4AHPA 4HPXA 3TKFA 3UY8A 1FDYA 1KV8A 2C15A 4RV8A 3TFCA 1KFBA 1J2WA 1LRNA 2RH9A 1LBMA 1O94A 3G24A 4WY0A 3TSMA 2V2CA 3HGRA 3NL6A 4O18A 2IQTA 2RDTA 3FKRA 3LI0A 4K7VA 2QCGA 4K36A 2E68A 4LRTA 5CSRA 3A24A 1I2RA 1TV7A 3LHUA 4X3ZA 3SGZA 3LCIA 2CU0A 3PWAA 3P81A 1GVQA 4MY1A 4RXGA 4JEQA 3M5YA 3GDLA 3VI2A 4PFMA 3WFAA 2DZXA 2P10A 2HMCA 2ZRXA 3O6YX 3N2MA 3G8RA 3W75A 1KW1A 4BF9A 4LVFA 3TQKA 1M6JA 1NFBA 3G18A 1FX6A 1XL9A 4ZQOA 4RZ5A 3O1NA 3TXVA 2ZFAA 4LY8A 1VR6A 2JBMA 1TV8A 3SGUA 3W7KA 3DFOA 5G4WA 3GK0A 1G4TA 4PL2A 4LS2A 2DU2A 4M6PA 1F6PA 2G96A 4O1DA 3HB9A 4O13A 1V7YA 4OWGA 3HIJA 1NVMA 1YPFA 4GUFA 3UZ5A 4O11A 4YLWA 2AGKA 1OF8A 2PE4A 3N9SA 5AHNA 2XN1A 3U2OA 2QAPA 1FCUA 3W2JA 3M16A 6ALDA 1B3OA 4TU1A 2ZZ7A 3PULA 4O1BA 5EYWA 2Z1BA 1AW2A 1OF6A 2VENA 3DH7A 3W07A 1RQEA 5D37A 1W37A 1HO4A 1F76A 1XI3A 1JCMP 1PIIA 3M5XA 1OK4A 2VFFA 5K4ZA 1ZY9A 2QJIA 4IMDA 1L9WA 2C16A 3W7JA 4CCDA 1THFD 2CW6A 1OVDA 5IBXC 3C61A 1QOPA 3TA6A 3W7QA 4NNCA 2E09A 2EHHA 4BFAA 2ZQ0A 2YR1A 2C19A 2NUWA 5LGZA 3NQ8A 3UYCA 5CZJA 3G1VA 1ZHAA 5AOUA 1GVSA 1JUKA 3GKAA 4I9AA 1IXQA 3KHJA 3G3DA 3I65A 4MY9A 1V5XA 5G2WA 4FF7A 3RLVA 4QISA 1H1ZA 1H62A 2JGYA 4GUJA 4OE7A 1OHLA 1P0KA 3KX6A 3S0CA 2B0MA 3W74A 4K7YA 2NXGA 5G1YA 3HJZA 3CB8A 2BXVA 1P5BA 3QSTA 2ABBA 1OFAA 2QDGA 6TIMA 4O53A 1U5JA 3DHFA 3R89A 5HNRA 1ZNNA 3NQDA 1W0MA 1QPRA 3S6DA 3W7CA 2WSYA 3KAOA 1RPXA 4ADTA 5F2LA 4FX6M 1TJPA 3IGSA 4LW7A 1HUVA 2DZPA 3HF3A 4UMAA 4MPQA 1N55A 4DXVA 2OZ0A 2ZRWA 4ML9A 2ZBTA 1PS9A 3TK7A 1HL2A 4Y90A 2E77A 3AO0A 1KTCA 2PURA 1C9DA 3E12A 3C2FA 4Z0JA 3H55A 4FXSA 1EP1A 2O7SA 3DFNA 5CSSA 5BRBA 4CQAA 1JUBA 3N3MA 4JIPA 1T96A 5KINA 4NJHA 1I2PA 2TPSA 3UNDA 2YCEA 4XTIA 5D02A 2TMDA 3W87A 3LOTA 5AYXA 4ZMGA 3WJZA 4W9TA 4JTUA 2GJLA 4QITA 2YGYA 5U7SA 1Z44A 3TV8A 3HG5A 3N14A 1UUMA 5CKSA 3LHTA 1FWNA 4EWND 1ME8A 1P1XA 1VS1A 3ELFA 4H6KA 3W2LA 3GAYA 3W7EA 3W88A 3PBUA 3QPYA 4O1CA 4N02A 1VJIA 4O15A 3H54A 1YDNA 3LHYA 1FUYA 2I9EA 2A2IA 4PH6A 1EP3A 4OBTA 1X8FA 4JTHA 3DHDA 3PS7A 3NL3A 2NX1A 3IGUA 3BVJA 3K30A 5BOOA 1T0OA 4EOUA 3LLDA 2FIQA 4WXZA 2BZNA 3TCEA 3LI1A 4O12A 1Q6QA 2A5HA 3C56A 4HN4A 1A50A 5DCEA 1FWSA 3PBVA 1WQ5A 1ZAHA 4JTKA 5D32A 1TPFA 1JVNA 3S1XA 5L6UA 4LNYA 4K8EA 1W8SA 1TSIA 1KFLA 3TQ0A 5MHBA 1B4EA 2OJPA 3DU0A 1LYXA 1VLIA 3KRZA 1M7PA 4JYEA 2A7RA 3A23A 3NPXA 4UTKA 3LHVA 4O0KA 1W5NA 5T26A 4XKYB 3C2OA 3T78A 3UPBA 1YPIA 1PHQA 3W70A 5D05A 4JN6A 4XWUA 2QCMA 3CC1A 4ZQNA 4NJKA 3LRKA 3HPZA 1JCXA 1NF0A 1FWRA 5D30A 3LXCA 1SFJA 4NUWA 3G22A 1MXSA 4ORMA 3I6RA 1EWEA 3T44A 3W83A 3LBMA 4HPJA 3LCWA 4OT7A 3G1DA 4AXKA 4HT3A 1QCWA 1FDZA 3FS2A 1ZJIA 3B03A 3FYPA 3L0GA 4H3DA 2QJHA 2C3ZA 3STGA 4RX0A 4Z0SA 5K9XA 1KM1A 4IPIA 4O14A 2J9YA 1ALDA 4CQ8A 1CW2A 1AG1O 1L2UA 1AL7A 3NPVA 4AMAA 4Z1DA 1X1ZA 1Q6OA 1QPNA 3EWWA 3G1XA 2WNNA 1MEHA 4MZ8A 3IEBA 4NZFA 1IXNA 5DXXA 1J5TA 2YPIA 3MI2A 3IV3A 2VFIA 3M41A 4MYXA 1LBFA 4FNSA 3LV6A 3F4WA 2FPYA 2XFWA 1M5WA 3VKJA 2YZRA 3OBKA 4UTHA 2DJXA 1O60A 1W31A 5C54A 4UTMA 3S5NA 2QKFA 3LERA 3NQVA 3CQ0A 4S1FA 2PC4A 1PCWA 4XZ9A 3O6CA 1I2QA 3CLMA 4UFIA 4FX8A 4NU7A 4ZQCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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