1TMLA

Crystal structure of the catalytic domain of a thermophilic endocellulase
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
286
structure length
286
Chain Sequence
NDSPFYVNPNMSSAEWVRNNPNDPRTPVIRDRIASVPQGTWFAHHNPGQITGQVDALMSAAQAAGKIPILVVYNAPGRDCGNHSSGGAPSHSAYRSWIDEFAAGLKNRPAYIIVEPDLISLMSSCMQHVQQEVLETMAYAGKALKAGSSQARIYFDAGHSAWHSPAQMASWLQQADISNSAHGIATNTSNYRWTADEVAYAKAVLSAIGNPSLRAVIDTSRNGNGPAGNEWCDPSGRAIGTPSTTNTGDPMIDAFLWIKLPGEADGCIAGAGQFVPQAAYEMAIAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of a thermophilic endocellulase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-GLUCANASE
molecule tags Beta-amylase
source organism Thermobifida fusca
total genus 102
structure length 286
sequence length 286
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 1993-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01341 Glyco_hydro_6 Glycosyl hydrolases family 6
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.40 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel 1, 4-beta cellobiohydrolase 1tmlA00
3RU8X 3VOIA 1CB2A 4A05A 4AX6A 1TMLA 1BVWA 3A9BA 1OC6A 2BODX 4B4HA 4AVNA 3VOJA 3VOHA 1DYSA 1UP3A 4B4FA 4I5RA 1QK0A 3VOGA 2BOFX 4AU0A 1OCNA 1HGYA 1OC7A 1OC5A 1OCBA 3ABXA 4I5UA 2BOEX 1UP2A 1OCJA 1GZ1A 4AVOA 1UP0A 2BVWA 1QK2A 3RPTA 4AX7A 1HGWA 3VOFA 2BOGX 3A64A 1UOZA 1QJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UMLA 4E38A 4ZOBA 3EA3A 1NIUA 1KD0A 3UP8A 3GAKA 5BXSA 2YL5A 3ECQA 1HQTA 2GGGA 1A5AA 2ZTKA 2HZGA 3DGBA 5D2TA 1IEXA 4PRRA 4C1NB 5CGTA 1CXFA 3FA3A 4LX4A 4H7VA 1GOOA 2WSRA 2DIEA 1LL4A 5CXPA 3LXBA 3WLSA 3CAKA 1XGZA 2WB5A 3L23A 1KM1A 3NXFA 3C2OA 1SQ7A 3H12A 3GH4A 4XUGA 2EKCA 4PTMA 2CZDA 3B06A 3NQ7A 1H2JA 2P76A 3U7VA 2XFRA 4IFKA 2WJDA 1PHWA 1B3VA 3KHJA 1AQMA 3CNYA 4IIFA 2PI6A 1N7KA 3IJ7A 1ZBVA 2VZUA 3VZZA 1UZHA 2QAFA 3TN5A 5ENLA 5HWJA 3QPZA 3MP5A 2WHLA 4M6QA 4PB4A 2D1ZA 4R7OA 1OD8A 2GJPA 1PVNA 1T6MA 5T9BG 2V30A 1K03A 3QHOA 2ZRZA 1I9CB 1TJ1A 3KCOA 1YIXA 3EKZA 3APYA 3WY1A 5LXXA 5HWMA 4DUOA 1ZB5A 3M6DA 2NXGA 1GPWA 2OYMA 4J3XA 1ONEA 4TVCA 3M6YA 1KA9F 3UJSA 1G4EA 2GGIA 2VJXA 2JK2A 4XVDA 5CLWA 4ZMGA 4LH8A 1M5WA 2PTDA 3GTXA 1EJ7L 4Q4SA 1TUFA 3KHDA 1ISWA 4ZO9A 4CNPA 1OCQA 3RCYA 3CAVA 2FZBA 3OVRA 4U28A 1QT1A 2GDQA 2FJKA 4JX6A 3TLQA 4W8BA 1DL3A 4RNIA 3ZZ1A 4BI7A 3TJXA 4JY8A 4IG2B 3U7BA 3W1PA 3RAOA 2GJXB 2R6OA 4NNCA 1XWYA 1M9HA 1PEZA 4GQGA 1YXCA 3VMPA 3FGCB 4LNYA 3TMLA 1FWEC 1KO0A 2FIQA 2WVVA 1YTKA 4TU1A 1JCLA 2XWDA 3PZ9A 3S42A 4F9JA 3AS3A 3BICA 4AVFA 1HTIA 3S9YA 3I10A 1FCQA 4OBRA 2ZVRA 4P7LA 4TV5A 1JAKA 4Q8NA 4Y9OA 3RF9A 2CZFA 5HMEA 4BFAA 3UJFA 3SI9A 1EPXA 1V0KA 1M7PA 4XAGA 4MZ1A 3CL7A 4WK9A 1KXVA 1L6YA 1PWLA 1XYMA 4JN7A 2ZA3A 2NQZA 4YIWA 2CWNA 2NQHA 3TONA 3UPWA 3LBCA 3PZIA 5HQMA 1EJUC 3I3BA 2C13A 5F1UA 2FZDA 3WD4A 4DN1A 4FNQA 3EWXA 2DZAA 1CCWB 1S1PA 4AZBA 4PBGA 2X0HA 2XDFA 5CG0A 4HSHA 1E0TA 2ATMA 3LHWA 1Q63A 1ZUAX 1IEQA 4ZQNA 2YR1A 1ADOA 3W87A 2YCLA 2E5DA 1WZLA 3P8JA 4CQ9A 3PSVA 1WBHA 5LIWX 1G1YA 3M0MA 2VZSA 4GKTA 3STEA 2VX6A 4EIVA 1NAL1 5A94A 1HKJA 4MKNA 3WLOA 5FOOA 3B4UA 4JKMA 4LEFA 3KAOA 5DQPA 1KBIA 1XJBA 3FAWA 3KP1A 3V5OA 1XC4A 4N42A 4RV3A 4BEUA 4POCA 1WCGA 2BXZA 3IAQA 1GTEA 3CUZA 1OY0A 3EWWA 1Q13A 2VR5A 3GUWA 3S9ZA 2J8GA 2W91A 3Q37A 1NDWA 5DELA 1J2BA 2W79A 2YBTA 4HNNA 4XWUA 1QXLA 4LOCA 1JCNA 3VU2A 4XD5A 1ZZMA 1JIBA 1H49A 2PPGA 5CAHA 1UKTA 5AHEA 2PEVA 4QM1A 4GQQA 3UG4A 1V08A 5AC6A 1WYIA 1LBMA 2VP8A 4HA0A 4MVAA 4HGXA 3I6TA 4O8RA 4JX5A 4IIHA 4D1JA 3LPFA 1QR7A 3M47A 3WK2A 1E56A 3VM5A 3H7VA 3BLIA 2XN1A 1VCGA 3OZYA 4HBKA 2TYSA 3KDOA 1TV8A 1Q65A 2OMAA 1DJGA 1FXQA 1J6OA 4MJ2A 1UIPA 4XVEA 5IXEA 3EX6A 3MKCA 3S5YA 1J79A 3LRKA 3PWGA 5A8NA 5REQB 3SQSA 3K1DA 1M53A 3MO4A 1NOUA 1Q6LA 3UCQA 5CSYA 2EKGA 4UBPC 1Y8BA 3IRSA 3UZYA 4J27A 5A95A 3BLPX 2PF8A 4LC6A 1CGUA 4JFSA 2PTZA 3DCPA 1TRIA 5E0FA 2HE8A 3LGEA 4V33A 5BW6A 4IQDA 2V68A 1MUWA 2Q8LA 1SYTA 1GJUA 4D6DA 4ZA0A 1UH2A 1DWAM 1QNRA 2JALA 3NR0A 4LUIA 4ORMA 4L65A 4UTUA 5FF0A 4I9MA 3MSRA 3KBWA 5CLTA 1ITXA 5J5RA 2WK2A 2FVLA 2J77A 4LYPA 3C8FA 1EZWA 2OJPA 3HA1A 4L9XA 1JCMP 1F4AA 1VBJA 2PLJA 1AH0A 4I6VA 5FEPA 2XVNA 3BAYA 2WKLA 3S3GA 3TYBA 3W24A 4PFHA 1C9DA 3KBJA 3KWXA 1MDRA 4D72A 3MC5A 5EGRA 2H9AA 2PDMA 1VH7A 3GBEA 3BGAA 1W17A 3AUOA 1YE4A 3XISA 4CN4A 1XKYA 1XDMA 3LSBA 1OM0A 3QY7A 1JPIA 1WKYA 7REQB 4C1NA 2HS8A 1BXNA 2VEKA 1H7RA 3REQB 3AQUA 3V16A 4WKFA 4HPJA 1PS9A 4PL2A 3NA8A 3TTOA 4GUGA 1QATA 1GOIA 3R79A 1HO1A 2A5HA 1LBFA 2QJIA 1ICSA 3C52A 4H04A 2PDLA 2EQDA 1VPQA 1T40A 3V7PA 3TU9A 1R0MA 3JUGA 3LZ5A 3CPGA 1UD2A 2FPYA 3UR7A 1MW3A 3SFKA 4JQ4A 2VDHA 1QI0A 1CLVA 5I3JA 2R1KA 4PMDA 1T8XA 3ABRA 1P0NA 3D47A 3R0DA 1FWSA 3P93A 1PKYA 3V36A 2FTPA 5HUPA 2IKGA 3BAJA 5D09A 3M0XA 1YNPA 2A1YA 2YDSA 2O55A 3DESA 5HK4A 4R9OA 2WV8A 3PNZA 5BWAA 3HPXA 3H4GA 5MHBA 1MUCA 1E4LA 2DZBA 3P14A 4FA3A 3PZVA 1EP3A 2DW6A 2WCAA 4S23A 3AIVA 4GACA 5TD4A 2VZOA 2YYTA 1JG9A 4H41A 1H62A 4C60A 1DJQA 4B4HA 5C71A 4PUKA 5LIKX 4J3UA 4REQB 3ARZA 4NI3A 4IG2A 1V0NA 4LAKA 1DIEA 5FJPA 3OQEA 1QUMA 3CBWA 2YFOA 4IPJA 5H8PA 3G1SA 4L4LA 4ERIA 5L9FA 1CGWA 2PDKA 1RCOB 1N82A 2P3ZA 3G1RA 1EC7A 1HUVA 3UQNA 4M0XA 2FZNA 3MANA 2R14A 2VRKA 2QYGA 1HL8A 3BJFA 5TBOA 3CTLA 4JTHA 3C61A 5C2XA 2DZTA 3ZYZA 3K13A 2E28A 3NJ3A 4KWWA 3WJSA 5EA9A 4YU1A 3VX0A 2Z28A 1KM3A 3QPEA 2VUYA 4AZIA 4L6OA 1WZKA 3AROA 4H6QA 3VI2A 1Z89A 2GPTA 2R1MA 1L8NA 1XH0A 2XH2A 2Y62A 4QBXA 4WX2A 1ITUA 3L4XA 3UA4A 4KS0A 4G7FA 2PDWA 1G4PA 5FSEC 2QF8A 3EXTA 3MT1A 3FY1A 3W1AA 4G9PA 4MUPA 2VFIA 1KRAC 3QMSA 3W9ZA 4ZQCA 1XV8A 3DFPA 4UTWA 1LT7A 3GU1A 2W3ZA 3OW1A 5E0KA 2E40A 3DI0A 1BRLA 4M80A 1CYGA 3WLJA 4JNZA 2P0OA 4RZ4A 2W4XA 1CDGA 3H2CA 4A3QA 1QW8A 1W8SA 3APGA 3G1DA 3VNIA 1VF8A 3BMWA 5M03A 2WMFA 3CASA 3GY1A 4WR3A 3RCNA 1YW1A 2DSUA 3O9NA 3NVTA 3FYYA 5LNSA 2PGFA 3MYOA 4IX2A 1TPVA 3UF9A 1IEVA 4QAWA 3DOPA 1Q7MA 4OQVA 1LUCB 3N2CA 1TIMA 1CGYA 1J6PA 2Z29A 4ATDA 2BY2A 1TMHA 4HIBA 3TFCA 1OF8A 3HPAA 3VD9A 4B92A 4LAOA 2Q8XA 3W72A 4AUBA 5HR7A 1TCDA 1XRFA 1VFOA 3LBOA 1S46A 1W1IE 1NWSA 4C6KA 3TC7A 4G2DA 4A3RA 3PZTA 4AD1A 4EANA 3SUTA 1Q6RA 3UR2A 1BWKA 1IXNA 1YDYA 2VX4A 4ROPA 3ZJ8A 4U5IA 2WJFA 3WENA 1ADDA 3VKBA 3KDNA 3WEMA 2ZX9A 1EIBA 1AH3A 1RZMA 4ZQOA 4DXKA 3FSUA 1BF2A 1TVNA 2J88A 3TTQA 2PU0A 4IIDA 4YTRA 2PSNA 3OYXA 1LWJA 1IHIA 1JAEA 1CNVA 3FSTA 1U30A 4C65A 1P43A 1KM0A 2C1GA 3EOEA 3INPA 2XSAA 1RBOB 2WBGA 2A3EA 4L4PA 3W01A 2Z1BA 4XZHA 1OWQA 4BQ3A 4MSSA 2JIEA 5A2CA 2HEJA 1EWEA 1PTGA 3LCGA 5XIMA 1SZNA 4OT7A 1VC4A 2QVNA 4GISA 2BXYA 4QGCA 1F3TA 1JGIA 2D2JA 3AYRA 3QR3A 3ARSA 1X97A 4YLWA 4RE4A 5E6ZA 4BWLA 1DJWA 4L4OA 1FFQA 2E8ZA 4EXQA 4E8CA 3R5EA 1OINA 4DPPA 5E1QA 5D9MA 1CGTA 4K36A 3TTYA 3THUA 1QNOA 4KWSA 4GVFA 4LGXA 1UB3A 2QS8A 1ZP3A 3KOZA 1LOSA 2HMCA 1WNOA 3W2JA 2V5JA 2YZRA 3ZXWA 2V0TA 2YA2A 5D8ZA 4PFMA 4ZQPA 1Z9AA 2ZE0A 2UBPC 3VE7A 5K2ZA 4DIAA 2PDUA 1GVOA 1EJRC 2GQ8A 1RCQA 1WX0A 4IP7A 3CL6A 2J13A 4BQ4A 5LKYA 2CWXA 3B0YA 1R3QA 2WXDM 3T2QA 3MUXA 3REQA 1GJPA 4PBFA 2OZ8A 3W1XA 3RIKA 3F4VA 4JEQA 7PTDA 5TF0A 1WQ5A 5A6MA 3CUJA 5BRQA 5PTDA 1AG1O 4YWSA 1OVDA 3O6AA 1E0VA 3M7SA 1T8QA 3PN8A 4AZ5A 4NIRA 4MM1A 3WD3A 3VIHA 4QITA 1LTDA 1R47A 3M64A 3W0KA 3UXKA 4CN6A 4UR8A 5CC7A 1J12A 1KTBA 1S5WA 3IIPA 3BPWA 3GC4A 3GC5A 1TG7A 1K4HA 4XD4A 5EMJA 1XLIA 2A7PA 4AD3A 4FX7A 3PP7A 3HTWA 1U5HA 1G6CA 2CPUA 4BA0A 4GVGA 4D6EA 3A3XA 4IF2A 3AHXA 1QMLA 4BI6A 3VIMA 1OYAA 1A0CA 1V3LA 3ITGA 3A9BA 3H6OA 4YTTA 2DEPA 4LCQA 4B9YA 3LNMA 4QQUA 2HPMA 4MZ8A 5DMNA 4CGTA 2Z4GA 1CWYA 2FMNA 5ABHA 2YDQA 3KE0A 3OVQA 4JTRA 3VC5A 1PYFA 1FKXA 1Q5MA 1D3GA 4PMNA 4JS3A 2G3JA 4INFA 1Q8JA 3GHRA 4CLMA 2WO5A 1V02E 2C15A 3G18A 1WDQA 1FRBA 3QZEA 4NRSA 4UQDA 4HNTA 1ZENA 2Z1WA 1BQGA 2F6KA 4F8XA 1TUXA 4LRTA 4C7FA 1NARA 4V2XA 1YPFA 5AYXA 3U2OA 1K77A 4W7WA 1U5JA 2GWNA 3M1ZA 2GJLA 2C18A 3TAKA 3OHIA 2E68A 3VNYA 1OFAA 3AZSA 4OUEA 5DMLA 4FI4A 1JNDA 4M29A 3T05A 2BY3A 1PYMA 2VT0A 2WLZA 1Q6QA 4H2CA 5DF0A 4J1OA 4IIEA 3VIFA 4EXAA 3PWIA 3DFHA 3DFOA 3VNMA 1W1ZA 4BJHA 2GYIA 2QMKA 2DSZA 2GQAA 4PEKA 1DORA 3ZT5A 4HU4A 1XLEA 4UOQA 1F61A 1UH3A 4RLIA 1KGXA 1HXJA 3PPCA 2PBGA 4HNVA 1JD9A 4TX6A 2C16A 1JDCA 1BKHA 3PJWA 1DWHM 3IWPA 1XGEA 1GVYA 3CQ0A 3O07A 3EDEA 3SCQA 2NQJA 4NRRA 1SW7A 4ZSUA 3W81A 2GVGA 4CNTA 1TA3A 1HFBA 5DXXA 3ZMRA 3R10A 3WLHA 4IJBA 2KAUC 4W8LA 3ME3A 1OZQA 4KERA 3U48A 2QIIA 3HG2A 4UIOA 2V3FA 1P6WA 1WXYA 3P84A 4RZ6A 3KTCA 2C8NA 1ISYA 1BWLA 5E09A 2QQ6A 4WY0F 3IARA 3Q58A 2PDCA 4V1YA 2PZNA 1AMKA 1FWNA 3BCFA 1M7OA 4H7CA 4Q6JA 4D6HA 1YE6A 1N8IA 3EPMA 3E49A 4PZVA 3IANA 1OF6A 4AWTA 4HPHA 3MUY1 1KW1A 4PMZA 1RQHA 3W73A 3KRSA 3VMNA 3C4UA 5JBDA 3M5YA 4L1XA 4GYPC 1ZJIA 2JF7A 3W23A 1LLOA 1RP9A 4IFRA 3DG3A 3GFZA 4DEFA 3MMTA 4FB7A 4FSAA 4RCXA 5I3HA 1FWGC 3A22A 3QN3A 1DXFA 3UA3A 1AW2A 2ISDA 1J0KA 2R24A 3W82A 4C6IA 2VCCA 3OLGA 1ZHAA 4YS1A 4HA3A 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 3RU8 X;  3VOI A;  1CB2 A;  4A05 A;  4AX6 A;  1TML A;  1BVW A;  3A9B A;  1OC6 A;  2BOD X;  4B4H A;  4AVN A;  3VOJ A;  3VOH A;  1DYS A;  1UP3 A;  4B4F A;  4I5R A;  1QK0 A;  3VOG A;  2BOF X;  4AU0 A;  1OCN A;  1HGY A;  1OC7 A;  1OC5 A;  1OCB A;  3ABX A;  4I5U A;  2BOE X;  1UP2 A;  1OCJ A;  1GZ1 A;  4AVO A;  1UP0 A;  2BVW A;  1QK2 A;  3RPT A;  4AX7 A;  1HGW A;  3VOF A;  2BOG X;  3A64 A;  1UOZ A;  1QJW A;
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