1TPE | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Comparison of the structures and the crystal contacts of trypanosomal triosephosphate isomerase in four different crystal forms. pubmed rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	95
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1994-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tpeA00

1VLWA 3OVPA 3C61A 1LRNA 2QCDA 3QSRA 4OHQA 1AK5A 2FIQA 1NF0A 3PUOA 4JD4A 4FB7A 2Q8ZA 3JR2A 1F5ZA 4KKXA 4UTJA 4PL2A 3W7GA 3DAQA 4GUFA 3A24A 2TYSA 2E68A 3NQ8A 1BWKA 1PS9A 2Z1BA 4QAIA 4HNNA 3RMJA 1QO5A 3R2GA 4JTTA 5AYXA 1F76A 2VFFA 4LS1A 3TNOA 1TPFA 5FEXA 1H7PA 1G4PA 1WQ5A 4LC6A 4UFMA 1LLWA 3BG9A 3LHWA 3SR7A 4NJJA 3PR2A 4YMZA 3KRZA 2C13A 4IXXA 4U4MA 5I3JA 1H7NA 2C6QA 1RZMA 3IVSA 1H7WA 1NVMA 1M7OA 3C4UA 2GVGA 3STCA 1XUZA 1VH7A 4N4PA 2RDWA 5C6MA 3W74A 1ZAHA 2X2GA 4A2RA 3HQ1A 4K8EA 2QCLA 4IOTA 2DP3A 5LNRA 3IGUA 1SW0A 3QW3A 2G97A 4HKPA 1A5CA 4LVBA 1KFJA 3I7SA 4UR8A 3QQ1A 1W54A 1OX4A 3C0JA 3NZRA 4L4MA 4MFEA 3QMSA 3QC3A 3O6CA 3LCGA 3S42A 4O1DA 4WOQA 2NWRA 5D33A 4H6KA 3W1QA 3NPUA 4Q4KA 4CNNA 3Q58A 4POCA 1TRIA 3W2NA 3UY8A 2A5HA 1GVOA 2OT1A 4BR1A 3QM3A 1JUBA 2YGYA 3WJZA 1OF6A 3ZR4A 1KTBA 3G0XA 3HJZA 4UC5A 5CZSA 4DF0A 1OX6A 3G0SA 2B7PA 1GTHA 2CLMA 5AB3A 4O18A 4NZJA 1SO4A 2QCEA 5H91A 1I8JA 3TKFA 4JIPA 3LXAA 3GX9A 2RH9A 3CM4A 1O60A 4PL1A 4XZ9A 1I4NA 3INPA 4FNSA 3TAKA 3HGSA 5TQLA 4X2RA 1FCUA 4L4LA 1P4CA 3M9YA 2OJPA 3WK3A 2VOMA 2Q3RA 1TTQA 2EAWA 3VKJA 1JCNA 3YPIA 3HOJA 1EUAA 3N9RA 1R2RA 1W31A 1GEQA 2NLIA 3DHDA 1K3UA 4BI7A 2JBMA 3G24A 3IIXA 3O63A 4CNPA 3WK2A 1EX5A 2ZCGA 3B0PA 4LUJA 4UR7A 3HF3A 1QPRA 1I2OA 1OK4A 3SECA 3G1DA 3GR7A 3M5VA 3MMTA 3UZJA 3BARA 3RLUA 1JCXA 5HNRA 1H62A 4FXSA 4NJIA 3UWUA 3W1LA 3W7OA 2ISWA 1UCWA 1JCJA 1QO2A 4AEOA 2V2HA 3P5ZA 3C3NA 1SU5A 3C8FA 3NPWA 3W88A 1KV8A 1W5OA 1GTEA 1CI1A 3M1ZA 4JTGA 3E9AA 5KZMA 2A7RA 1KBJA 4OBTA 3QJAA 3C2EA 4NQ1A 1C9DA 5TIMA 4AWSA 2A4AA 1LLZA 3T40A 1T0OA 4CNOA 5AFDA 3UPWA 3UYCA 3D0CA 4KWVA 2FPVA 1LCOA 1SSDA 4U28A 2FQIA 1XI3A 4AXKA 3GDRA 1W3NA 4IMEA 1ZAJA 3FJLA 2TPSA 4GFSA 4O14A 3P67A 2BX7A 1EB3A 3CHVA 4DF2A 1IGSA 5G4EA 2YX0A 4Z1DA 5C2XA 2V5BA 2C19A 5AHNA 3EWYA 4K7YA 4CLMA 1YTEA 1LBLA 4MLJA 5D03A 3W1MA 5FEPA 4LRTA 2FPYA 1QPQA 2P1FA 3NVTA 3N73A 5HWMA 2Y7GA 4Y9AA 1LTDA 5E93A 3DFPA 4GE8A 1GJPA 1F05A 3TR2A 1RQHA 3HGOA 1NFBA 2QAFA 5DCBA 4X9SA 1SPQA 4JTUA 4MYXA 1K8XA 4MIMA 4NX0A 1W56A 3SY5A 3MW7A 1K8ZA 3LHUA 4MLRA 4NZFA 5G2IA 2Y70A 5HWNA 3HO8A 5IBXC 2QCHA 4NX5A 3L9CA 4Q33A 3W87A 2Z0IA 1F6KA 3MO7A 3TJLA 1FUYA 1YDVA 1GOXA 3B8DA 3C2OA 4PTNA 4DBDA 1FWNA 4ZL1A 3U8GA 1KV5A 1QPNA 1SQ7A 4UMBA 2ZZ5A 1FDZA 2QUTA 1LOQA 4A22A 4HNUA 5HINA 3F03K 3W7LA 3LERA 4RZ4A 3UWYA 2R14A 3P62A 4QM1A 5I3IA 1CW2A 3VE7A 4E2DA 3M43A 3PAJA 4A29A 2QJIA 3UQNA 4Y6GA 5HR7A 1DOSA 1VYRA 3CU2A 2WQPA 4O13A 2GVJA 4WD0A 1I2PA 4TIMA 2NV2A 4FX7A 1KM3A 3U2OA 5LNVA 8TIMA 3P5YA 1SR9A 3PULA 4GUJA 3TXZA 3CTLA 1WOAA 2JKPA 1PHWA 5BRBA 1S3HA 5T26A 2W79A 2CLEA 5FF0A 3MJYA 4RV8A 4R34A 3IVUA 2NZLA 5FF3A 4LVFA 3QSTA 4IX0A 2EF9A 1YTKA 3A21A 3EWZA 1D3HA 3S5ZA 1IXPA 1OG0A 1TPEA 3LXCA 1ZENA 1ZCOA 3B0VC 1HTIA 4NJGA 1H7OA 1OFOA 3S5YA 1G67A 3FEMA 1K7FA 1SZEA 4IXHA 5EMUA 4RZ5A 4MZ1A 5F2LA 1TMHA 2ALDA 4AMAA 4JX4A 5E0KA 5I3GA 3TW6A 1D3GA 2J9XA 3W9ZA 5EBUA 1OFAA 4TX9A 3DFOA 4FO4A 5F4WA 1AMKA 2CLFA 1RQEA 4LWWA 1W37A 1E51A 4WY0B 3W7QA 3NPXA 3IIZA 1FWWA 3QMTA 3TSDA 4UTWC 1JRBA 1W0MA 1QOPA 2JGYA 1QWGA 4S2BA 3W7DA 4PFMA 1GZGA 2C15A 3TV8A 3EWBX 5C55A 1TIMA 3O15A 3H53A 4N6FA 6ALDA 1YTDA 4ORIA 3CWOX 3T7VA 1IXNA 4LOCA 2Z2UA 4AF0B 3DGRA 1WBHA 1XBXA 4HSOA 3BG5A 5C54A 1TRDA 3PVFA 4QITA 2QKFA 3ABSA 3LCXA 4P2VA 2J27A 3NL6A 3S5OA 4FIQA 1GG1A 1M7PA 4RJEA 5IBXA 3LHTA 1FBAA 1QCWA 2NX9A 3QYQA 3GXTA 2NXGA 3BLFA 1G6CA 1LZOA 6TIMA 3TXVA 1R46A 1R47A 3NL3A 4ZQPA 3GDLA 4UXDA 1W1ZA 1G7VA 1ICSA 4MZYA 3L0GA 1GWJA 3HPSA 2R94A 3W1TA 3TIMA 4NNBA 3EXTA 1MXSA 4LV9A 2VFDA 1ONRA 1LORA 1GG0A 1IF2A 1PCKA 4KFNA 2BSLA 1Z48A 4O1CA 2C14A 3NGJA 1FCVA 1G4EA 4IMFA 4UTUA 3UD6A 4DBEA 4JXCA 4XWUA 3FKKA 1RQBA 4J9JA 4NVTA 4FEZA 4JN6A 4RXGA 3UWQA 2QF7A 3C6CA 4BWLA 3PBYA 3MI2A 1H60A 3OIXA 4GUIA 2QDHA 3I65A 1L6YA 3NQ2A 1K7XA 3VFLA 1I2NA 2QCFA 2ZA2A 4O57A 2Z6IA 2FB2A 5F4SA 1XCFA 1OFBA 3TMLA 3KX6A 3EXSA 3W1RA 4OT7A 1UB3A 2DU2A 1G69A 2PRLA 1BEUA 1TPDA 2F7FA 1GT8A 3W7NA 4LC8A 1RPXA 2CLHA 4E2BA 3QMRA 4E38A 3FIGA 2A6NA 2V0TA 1YXCA 1GPWA 2P10A 5CSRA 4BFAA 2C16A 2PRHA 3MP4A 2V2DA 4NXSA 2GVLA 1ME8A 3TQVA 3W2MA 4R33A 2X1UA 1JUKA 2ZFAA 4JTEA 2QJGA 3NL5A 3W1NA 4I7UA 5K9CA 5EPDA 3SGUA 1O95A 5CKSA 3BPWA 2QCCA 2A21A 5AHLA 4LS0A 3BO9A 4ZQOA 3RNDA 2FB3A 3DU0A 1DKWA 3OEXA 5KTLA 2C0AA 4UTWA 2V2CA 1ZY9A 4JS3A 2BWGA 2CZFA 5HUPA 2VXNA 5CPNA 3TROA 3G22A 1UASA 3G18A 3HMJG 5FF2A 2AGKA 1AW2A 3GK0A 1L6SA 5CSSA 2BTMA 5EA9A 3UWVA 1P0NA 1TTIA 3PB0A 4GRSA 1T99A 5LGZA 1CX9A 3DXIA 3W70A 4ADSA 1EWDA 1DJNA 3FOKA 3S1UA 4ZQRA 4GXMA 4HT3A 7TIMA 3E96A 1SW7A 4QISA 1VRDA 5CZTA 3STFA 3NL2A 2X1SA 1JULA 5EKYA 1DORA 5HUOA 1B3OA 1DVJA 2IQTA 4WY0A 4DELA 2E6YA 1OYAA 2WPBA 4LVDA 2Y7EA 1TPH1 3WJWA 5LNWA 3CWNA 3THQA 2EPHA 2Y61A 4NNCA 5D30A 3H55A 4I9AA 4CCCA 3W75A 2WSQA 3SZ8A 2YYUA 4A2SA 2CLOA 1M6JA 5K3VA 1PHQA 1GQNA 3L0KA 3G8RA 4FIRA 4O8RA 1VS1A 5U7SA 4RXFA 2E09A 4AF0A 3GVGA 1LP6A 2B0MA 4C1LA 4MKNA 3W2KA 2G5WA 1AG1O 1TTJA 5K4ZA 4UFKA 3A22A 3ABQA 1PL9A 1JCMP 2I1OA 2ZBTA 1ME7A 4Z0JA 4HIBA 4OV4A 5G2HA 1H7RA 1SFJA 4NT0A 3TE9A 1SO6A 1QDSA 1TV8A 3UXAA 3W7CA 5G5IA 5DXXA 4IPIA 1PVNA 3HGRA 1W5NA 5D02A 3LB0A 1DQWA 1VLIA 2QJHA 2YW4A 4M6PA 1FQ0A 3IRDA 3LX9A 4XBKA 4AHPA 2GQAA 2Y89A 1KBIA 4GUGA 4GJ1A 3NG3A 4M5PA 2VEKA 3G1FA 4ZQNA 1BWLA 3SSJA 4UTHA 3QPYA 4PH6A 1DBTA 5EYWA 2E6DA 2PRMA 1M5WA 2V30A 3G1YA 3PSWA 3W2JA 3RK8A 4UUIA 2A6LA 1KA9F 2DZTA 1JVNA 4NNAA 3ABOA 2VKZG 2NUXA 1B4EA 4TO8A 3WFAA 4QQ3A 3W1PA 4Z0SA 1JCLA 2OT0A 3LRKA 1SO5A 4JYEA 3LV6A 2CWNA 5KINA 3HGJA 1TPUA 3CB8A 3IIPA 3GXNA 4EF9A 1HFBA 4UMCA 1TV5A 3LV5A 1TTPA 1OYCA 1I45A 4ALDA 4QSHA 1QFEA 4N9DA 5HMSA 1VYSX 3TSMA 3V75A 1G4SA 4BI5A 3NDOA 3G3MA 2QCMA 5J5DA 1S5TA 1L2UA 2H3DA 5DY3A 4MOZA 2ZDRA 4MY1A 2O7SA 5AC7A 4YLWA 3LBMA 2I14A 3WJXA 1VCVA 1LOLA 1TV7A 4N6EA 1DV7A 1SZNA 5CZ0A 1VYPX 4ML9A 3L2IA 1KM2A 3AJXA 2B7OA 3S8HA 4G1KA 4IUOA 1A5BA 4LNYA 4WOZA 4JTKA 4CQ8A 3OHIA 1SO3A 5FEZA 3O8AA 2XN2A 3L0NA 3L65A 2JGQA 2ISVA 1KFBA 4JTFA 2RDTA 2ZZ6A 3KFTA 4N9EA 4OU1A 4PEKA 1U83A 5DLCA 4ZZ9A 3IVTA 3UPBA 2H8XA 1UBSA 4TR9A 5LSMA 3TFCA 4UTIA 3K30A 4O1AA 3HB9A 5C5YA 2GUUA 4UTTC 2PE4A 4MYAA 2J24A 5A5WA 4O17A 4JEQA 2FPTA 3O06A 2Y62A 3KHJA 3M5ZA 4OV9A 4LT9A 3TK7A 4WUIA 2QCGA 2AQWA 3TC7A 5LZLA 3TU9A 3W7KA 2E5BA 1SZGA 1C8VA 3QW4B 1PIIA 2QUVA 4O15A 5KZEA 4S1FA 1OYBA 3DENA 1THFD 4JTJA 3WK1A 2HMCA 4ZQMA 3P8IA 5BMXA 3P84A 5LNUA 5CPMA 2Y6ZA 4Y90A 4EF8A 2GJNA 4DQWA 2VFIA 4JDYA 3NM1A 3R8RA 1A53A 1LM1A 4C1KA 3B06A 1YADA 3VE9A 2V81A 3LXBA 2PCQA 3CEPA 2CLKA 4IGHA 4JICA 3TQKA 5I3KA 4A21A 4XBSA 5H2ZA 4K39A 1SZFA 3EWWA 1IXQA 2OX1A 3USBA 5AOUA 3VCRA 2EGZA 3NAVA 1OABA 3MHFA 3G1VA 1XC4A 5AHMA 1OF8A 1OFEA 2I9EA 2E77A 3N2MA 3HG5A 3O05A 1O4UA 1UUOA 1J5TA 1H5YA 2LLEA 2ZRVA 3BK0A 1KM6A 1UJPA 2QUUA 3EKZA 3F1QA 3TAOA 3FFSA 3WJYA 4AWTA 5L9FA 3PG9A 3P81A 4N9BA 4BWLC 2CLIA 1ZNNA 3W2UA 1TO3A 3BW3A 1MEWA 1KM5A 1OFPA 2Z6JA 3LCIA 3G1XA 2J6XA 1W3IA 1OHLA 2EHHA 4AHOA 3EX6A 5DBUA 4ADUA 2G95A 1KFCA 2NXIA 5HWJA 4A3UA 4UIOA 2ZRXA 3SFKA 1LDCA 4AHQA 2WSYA 2DZPA 1Z44A 2QCDB 3NXFA 4AVFA 5AC8A 1EWEA 2A7NA 5KMYA 3NO5A 2NUWA 5K2ZA 2OCZA 3Q94A 1N7KA 3NQAA 1G7UA 1RV8A 2YZRA 5I3FA 1C29A 3M5XA 3RLVA 4IMGA 3I68A 1TQXA 4NJKA 4CQ9A 4UMAA 3E02A 1YXYA 2ZTKA 5A8GA 4DF1A 1PE1A 2CZ5A 4QNWA 4JR5A 3PSVA 2ZZ7A 2VFHA 3PG8A 2HS6A 4UFJA 2JKAA 2YW3A 3W7IA 5AYZA 4QIUA 3W22A 3MI3A 4UNLA 3RFAA 3LLFA 3NQDA 4NUWA 4UTTA 1I2QA 4NJHA 3S0CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CHN A;  3H4G A;  4PUU A;  5FI8 A;  2YCL A;  2C0H A;  3LM3 A;  3WQF A;  4L56 A;  3LY0 A;  2IXV A;  1BFN A;  5C2G A;  1JAK A;  4I8D A;  1H2J A;  4K36 A;  2VEF A;  3M4H A;  3MAN A;  4MNM A;  4ZBC A;  1RD5 A;  1U5J A;  2B7Q A;  3EDF A;  5HQE A;  2D22 A;  3CZJ A;  3KDN A;  4IG2 A;  2WMJ A;  3SRH A;  3LCW A;  4IFR A;  4BF5 A;  3E12 A;  1S2U A;  5DML A;  4QXI A;  1R9X A;  5IM5 1;  3L66 A;  4PCT A;  1N8W A;  4I9M A;  4D9P A;  3S83 A;  2NQZ A;  1TFV A;  1KM0 A;  4O50 A;  3NQE A;  4R7J A;  4S3A A;  1T5A A;  1JZ3 A;  1IR2 A;  3ZFH A;  2NSO A;  2WHJ A;  1YLV A;  3ART A;  4P8V A;  1TKK A;  2QPS A;  3TJX A;  3KLK A;  1UA7 A;  2TSY A;  2ZE3 A;  1L2Q A;  5GJP A;  2FFC A;  1OD8 A;  5AVH A;  3LDV A;  3SRK A;  1V5X A;  2E28 A;  4XZB A;  1UWS A;  1HUV A;  1LBM A;  3SGZ A;  3R79 A;  4IP5 A;  5MKG A;  1GVS A;  4IJC A;  4Y2W A;  5BXS A;  3FJ6 A;  3MBF A;  4AIB A;  1YDN A;  2ZXQ A;  3BOX A;  3ZT6 A;  4TUF A;  2OMA A;  1QXL A;  1YNP A;  1C90 A;  4ACY A;  1BGA A;  1ICQ A;  4WR3 A;  1IIH A;  2P88 A;  2VQU A;  4GGH A; 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