1TRE | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVNLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of triosephosphate isomerase from Escherichia coli determined at 2.6 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule tags	Intramolecular oxidoreductase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	87
structure length	255
sequence length	255
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-10-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1treA00

1JUEA 3HPSA 3EXRA 1FXPA 4MLRA 2OT1A 2W0UA 4PA8A 3W7DA 2V5LA 3R5EA 4XKYB 1VQTA 5HR7A 2NUYA 3W1LA 2ZZ7A 1YXCA 3QPZA 2ABAA 4DBDA 4GUGA 3T40A 4ZQNA 2FDSA 5AYZA 1ZENA 2DP3A 1ADOA 1S5TA 3LHZA 3G1AA 1GEQA 1NVMA 4FX6M 5MHBA 5F4XA 1GVSA 3OIXA 1C29A 2AAMA 4XTDA 1E51A 1G7UA 4NNCA 4GFSA 4Z1BA 3S5OA 3MBFA 4JTFA 3BW3A 3TC7A 2ZRVA 1O94A 3P8JA 4IPIA 3L0NA 1K02A 5DBUA 2Q3OA 1GYLA 4IUOA 4UNKA 2GVGA 1WXJA 4LC8A 1Q6RA 2BXVA 2VOMA 1OJXA 1TPUA 1H7PA 3B4UA 2WSQA 2O7QA 3QSTA 3TAOA 4X2RA 1JCJA 1JCNA 1Y0EA 3CB8A 1TPFA 4A3UA 2ZQ0A 3B0VC 1JCXA 3NQ2A 1F73A 5HMSA 3TR2A 4IOTA 5DLCA 3G0SA 1LRTA 1EP3A 2TRSA 3LLDA 3CPRA 4JTHA 3N19B 1QR7A 5KZDA 3RU6A 2B7QA 4GUHA 1PL9A 2YGYA 2E09A 1OVDA 2A21A 1DHPA 5LNUA 4B5NA 3E0IA 4UTTA 4O16A 2A7PA 2P10A 2QF7A 4JTTA 5F2GA 3STFA 1BWLA 5K2ZA 4LTSA 5HWMA 2Y85A 5AHIA 3LCFA 1G4SA 3HOJA 1ONRA 4XWUA 1C8VA 3HG3A 3W72A 2FLIA 3TX9A 3JS3A 2NXHA 3LCLA 2AGKA 1TV8A 5I3JA 1X8FA 4BI6A 2DZXA 3G8EA 3HGJA 1F5ZA 1DORA 4GXMA 2J6XA 5CG7A 2ZZ5A 1YPFA 1H1YA 3M1ZA 3KVKA 5HQEA 3CIXA 4OBTA 6ALDA 5TBOA 2NZLA 3TQKA 1FCQA 4ORMA 4AB4A 1JUKA 1L2UA 2DJLA 4FNUA 5J5DA 3NPXA 1SZEA 3SI9A 3KVMA 3TJLA 1TV5A 3RNDA 3FKRA 3IIZA 5SWUA 4OQVA 4ZQPA 1YTDA 4ZVJA 4FEZA 4WJEA 1W5OA 2E6YA 4Y9AA 1LTDA 3DBPA 5I3IA 2BSLA 4DBEA 3TSMA 3W9ZA 1SO6A 2WSRA 3S1VA 3TQVA 4M7SA 3BLIA 1H60A 1OFAA 1I45A 3MYPA 3UNDA 4TU1A 4K38A 1KV8A 5BOOA 3P60A 1OABA 3QC3A 2ZRWA 3IV3A 5F4SA 2WV8A 1N55A 3LBMA 5HUPA 4ML9A 2VFFA 1QFEA 2GOUA 1THFD 2NUWA 3MI2A 1TTPA 4N9CA 3RMJA 1SO3A 1IXOA 4MUZA 1JCYA 4MY8A 1DOSA 1LZOA 1SUXA 3DKLA 2ZBTA 3OHIA 1M7PA 3S1WA 4YCPA 4HSOA 3NQFA 1J4EA 1ZAIA 2H3BA 1C9DA 2GQ8A 4ADUA 1K8ZA 3HB9A 4MY1A 5H91A 4HNVA 3PB0A 3T4CA 3LI1A 1ME8A 3WJXA 3PC0A 4QNWA 4HNTA 3KRUA 4IPJA 1LRQA 3O06A 3KRSA 3MBDA 4UMBA 2E5CA 3LB0A 1GVQA 1EUNA 4LRSA 1IXQA 3U6WA 1K8YA 4E2BA 1O60A 2JGYA 1TPDA 3LV6A 4BWLC 5LKYA 1KTBA 4MYXA 2QCDA 1XXXA 2V81A 2Y88A 3NXFA 4UFMA 1TTIA 5AC7A 2YX0A 5AYYA 3GYEA 3T44A 2P1FA 2ZTKA 3PF3A 4RKAA 1TPH1 2HS8A 2EAWA 2RFGA 1PHQA 1BWKA 2YFNA 3IIVA 1K7EA 1YYAA 3GAKA 5AC6A 1KM0A 5D32A 1H5YA 4A2SA 3M43A 2WO5A 4A29A 2DORA 2V9DA 1KV5A 2Y62A 3LTSA 4G1KA 4N9DA 3W1TA 1B9BA 3ABQA 1I2OA 1W31A 3TCEA 3DH7A 3FJLA 2E68A 2X30A 5CZSA 2Y7FA 3C4UA 5IM51 1KW1A 2JGQA 1EEPA 1ZAJA 3SGZA 1KM1A 1LLZA 2QCHA 3QW3A 5I3GA 4PCFA 3CU2A 3UQNA 3UWWA 2J9XA 3F03K 3LXBA 4FNPA 4JXCA 4PFMA 1K3UA 1SU5A 8TIMA 4UFHA 4ZQCA 3T7VA 3LLFA 3C2VA 4LVAA 2OJPA 4NXKA 4QAIA 1G69A 3WK2A 3G0XA 4MKNA 5EY5A 4DO5A 1M6JA 2NV1A 4K39A 3PBUA 2Z0IA 4YL2A 1OX6A 4BWLA 4O0KA 4CCEA 3DAQA 2F7FA 2ZRYA 2YYUA 1HL2A 1TQXA 5E0KA 3W1AA 1B3OA 4DO4A 3LGEA 3STGA 5LNWA 1DJNA 3LRLA 2PE4A 3IGUA 5AFDA 2XFWA 3EKLA 4XBKA 1HTIA 1TB3A 3KAOA 4K37A 4Q4KA 2G97A 2VXNA 3WJYA 5CSSA 3W1UA 1DVJA 1U5JA 1Q45A 3MI6A 3LXAA 3N2XA 3C6CA 1PE1A 4AHPA 1OFOA 4O11A 4ZQMA 4K36A 1XKYA 3M16A 4H4IA 3I68A 4DPPA 1H7OA 3GDRA 3BARA 5CKSA 3C8FA 2VFIA 4NJIA 4O1DA 4UUIA 3M9YA 4KKXA 1TO3A 2OZ0A 1F74A 5DN1A 1UJPA 1JR1A 3GDLA 4IMGA 1QDSA 2VEKA 1Q6LA 4MYAA 1OX4B 5G4EA 2GPTA 3A23A 3KX6A 4N4QA 4WUIA 2VEMA 3P5ZA 3BPWA 3W88A 4NVTA 1J2WA 3IGXA 3VI2A 1F7BA 1VHCA 4N9BA 3O6CA 2FQIA 3EXTA 4O10A 2QCMA 1LM1A 2WQPA 3L66A 3O07A 1RQBA 2Q8LA 2V2CA 2QUVA 3W7CA 1HO4A 4NZFA 4N02A 4KFPA 1VLWA 3HG2A 1RQEA 3BW2A 4IX0A 2X1RA 4NX0A 3LX9A 4E0CA 3DENA 1GPWA 1R30A 3W23A 3W2UA 1MEWA 2PCQA 1WOAA 3N73A 4A22A 1SR9A 2VKZG 5EYWA 3TXVA 3HGOA 4QISA 5DXXA 5C55A 3UWZA 3B06A 3L5AA 1VZWA 3F1QA 2X16A 5KZEA 1PCKA 1H7RA 4NU7A 1ALDA 4AVFA 3DFTA 3PAJA 3L0GA 3TAKA 1X7FA 3DU0A 3R13A 3IEBA 2Z6IA 2RDTA 3L5MA 4JTGA 4R33A 3MUXA 3W1XA 4OV9A 3UY8A 2CLFA 4RXFA 3BG5A 3S6DA 1BTMA 4HHPA 4P61A 4R53A 4MIMA 1H62A 4O4WA 5EBUA 1JCMP 5FEPA 5AYXA 3B8DA 1JVNA 3TFXA 4CCDA 3B0UX 4O50A 3UXDA 1N7KA 3W1NA 1QMLA 4TIMA 4N2YA 4LVFA 4MLJA 4N4PA 5I3FA 7TIMA 3HQ1A 2O7SA 1VCGA 3IGSA 1OFBA 2VEPA 1T99A 4LC6A 2VFGA 3LRKA 1QAPA 3W71A 3TW7A 4CLMA 3TH6A 4EIVA 5G4WA 1O5XA 1GOXA 1XBZA 4FXSA 5D2XA 4AAJA 1V7YA 4OU1A 4O52A 3WK0A 3NNTA 3W7MA 2ZRUA 4QQ3A 4O4VA 3TQ0A 3PSVA 3MP3A 3PBWA 2WKJA 1O5KA 2ZZ1A 4DEFA 4CQ9A 3A24A 3QPYA 3NZ1A 4GC4A 1ZNNA 2CZ5A 3A21A 3NR0A 1DQWA 4RXGA 1PS9A 1LOLA 2E6DA 1QO2A 3L9CA 3W7JA 1ZFJA 1R2RA 5AHEA 1RVGA 3O05A 3C2EA 3G1HA 4CCCA 1LORA 1KTNA 1LDCA 2V5BA 4DPQA 5EMUA 2C3ZA 4MOZA 4LOCA 4C1LA 1MEHA 4N6EA 3A5VA 1FBAA 2C16A 3NPVA 2QCLA 1L6SA 2Y63A 4AHQA 3M6YA 1EWDA 1ME9A 3ATYA 3PG8A 4JYEA 1IIHA 2R91A 5CPMA 3Q94A 3DKJA 4UXDA 2ZZ2A 5AHNA 5CZJA 2HS6A 1B4EA 5T26A 1GG0A 3KVJA 3W1RA 4WZHA 3TMQA 1KBJA 2C18A 2ZYFA 3NA8A 3MHGA 4PC8A 2A0NA 4TMBA 1AL7A 4UTTC 1OYAA 3B04A 2C19A 3MP5A 5DY3A 4Y6GA 1SFLA 1LBMA 4JTLA 1H61A 2CLIA 2ISVA 3CT7A 1XBXA 3TXZA 2V0TA 1LOQA 2Y6ZA 2WNZA 1Q6OA 3UYCA 4OWGA 3CEPA 2DJXA 2B7NA 2I9EA 1TREA 4O19A 3N2MA 4FF7A 2RDWA 2A7RA 4TR9A 5F2LA 1WX0A 4Z0SA 5ABTA 3TDFA 3DHDA 2A5HA 1OYBA 1TMHA 3K30A 5DXYA 3V1PA 1B57A 3KHJA 3W83A 1EPXA 4JX6A 1EUAA 1JQVA 3JRKA 2ZTJA 1TV7A 5CPNA 3QF0A 3PUEA 2CLMA 3E12A 2V82A 4JYFA 1OYCA 1V5XA 1I8JA 2E6AA 1NF0A 4M5PA 4EF8A 1DL3A 3LCHA 1R46A 4PTNA 5FEXA 2ISSA 1H7XA 4GUFA 1T8XA 1UBSA 4FHAA 3NQCA 1NFBA 3DXIA 4MJZA 1YXYA 1YTEA 2VELA 3O63A 1LBLA 3W2LA 3SFKA 3UWQA 4XQ6A 3C0JA 2UV8G 5EA9A 5D33A 4K6AA 3E49A 3UZJA 2WJZA 5K9CA 3EWYA 1M7OA 1I2QA 1HFBA 5A8GA 1EP1A 4HPJA 4DO6A 3GXPA 4JTSA 3HMJG 5BMWA 5D2YA 1WBJA 3PUOA 3RF9A 4S2CA 1DJQA 1ZAHA 3IIPA 3R2GA 4IX2A 3DFOA 4X3ZA 1YDOA 3M47A 4GRSA 1OFQA 4JTJA 4JEQA 5AN7A 2JK2A 5LZLA 3S1UA 3W1MA 4AF0A 2C0AA 4HN4A 1VJIA 3NL2A 2FB2A 4MVAA 2E77A 4N9EA 1D9EA 2QCEA 5U4NA 3EXSA 3UPWA 4ALDA 2A1YA 2VFHA 1XBVA 3GB6A 4IXHA 3NVTA 4POCA 2QCFA 5HNRA 4QITA 1HO1A 4YWIA 4CNNA 2FJKA 2FPTA 2WNQA 4IGHA 5AHMA 4I7UA 2WOQA 4JIQA 3LHWA 1Z42A 3CM4A 4LW7A 4N6FA 1J5TA 1TTQA 4H6KA 5DCBA 2YYTA 1W5MA 1GVRA 2E1DA 3NQ8A 1SFJA 2H6RA 1W1ZA 2YZRA 3W85A 1SO4A 4Y90A 4O18A 1YLVA 4YXGA 2A6NA 3TJXA 4XTIA 3PR2A 1K7FA 4WY0A 1XL9A 3TK7A 2C6QA 3W6YA 4YLWA 3I7QA 4JDBA 2CZFA 4TMCA 3BVJA 2J9YA 3P74A 1JUBA 1W5QA 4GUJA 4UFKA 3HGRA 3C2FA 1GJPA 1VR6A 2H8XA 3THQA 2CLKA 3Q37A 3G1FA 2CU0A 2DZUA 3C56A 2RH9A 1FX6A 3W73A 3W86A 2Y7EA 4O17A 3BG3A 3CLMA 3I6RA 3DFNA 3I7SA 2HTMA 3OA3A 2FFCA 5G2WA 4CQAA 1H51A 3G18A 4HIBA 4OT7A 1SZFA 4LV4A 4LT9A 3NAVA 5CPOA 1KFCA 1KTCA 2QCDB 5G1YA 5HR6A 4ZZ9A 4KFNA 3KRZA 5HWNA 5F1VA 5IBXA 5LGXA 5I3KA 1OF8A 2ZDRA 2W79A 4C1KA 1MO0A 1QOPA 4JX5A 4LRTA 2G96A 2B0MA 4XZ9A 3H54A 2B7PA 4ADTA 4X22A 1MZHA 4UTHA 4Y96A 3VE7A 1GTEA 1QCWA 3B05A 4M19A 1G67A 3ZWTA 3A5FA 1LP6A 3W7EA 1VCVA 1G4TA 4TX9A 3GXTA 5LSMA 3N34A 4RR4A 3LBCA 3FJ6A 5G5IA 1TPC1 1G6CA 3ZR4A 5D02A 4O1CA 3EX6A 4K7VA 1TIMA 2QKFA 1CX9A 3KOFA 2R94A 3IVTA 3NQ6A 1L6YA 1W3TA 4NJKA 3FYOA 4NQ1A 5I3HA 1UCWA 2A4AA 1YXDA 1P0NA 3G22A 1XUUA 3LRMA 1KFLA 3C61A 3DHFA 1OFPA 1UASA 3T78A 3W76A 1M5WA 1TYGA 2ZFAA 1OK6A 4JX4A 2Z6JA 3Q58A 3O6DA 3O6YX 3LCGA 5CZ0A 3EWXA 1LBFA 1IIGA 3B0PA 4HPXA 4GWEA 4RZ5A 2ZCGA 3E9AA 3MWAA 3BK0A 2V2HA 3BG9A 1KFEA 2CZEA 1YDVA 2NXGA 5BNKA 1O4UA 1W5PA 2Z1BA 3NYZA 1JJKA 1FWWA 1WAUA 3QM3A 4BK9A 3IVSA 1FWSA 3EWUA 3S1XA 1VGAA 3L5LA 4UR7A 4LS2A 5KMYA 5D05A 3HPZA 5LHEA 3HF3A 2JKPA 1ME7A 3BLFA 1ZJIA 4ONVA 5FEWA 2H90A 4IXXA 4CQ8A 1GTHA 5CPLA 1JRBA 4UTLA 1VCFA 3GNNA 4JICA 3ZS4A 4GE8A 4MZ8A 3G1VA 5KSWA 1W3IA 4UTUA 3LI0A 3LTPA 3LXCA 5EKYA 4DF2A 2B4GA 3HBLA 4RV8A 4JNMA 5LNSA 2ISWA 1VRDA 1W3NA 1X1ZA 5DY2A 3CWNA 4FO4A 3UXAA 4BI7A 1FCBA 4AWTA 1XFBA 1XI3A 1K03A 2ZZ3A 3TC6A 1KM2A 2YFOA 1GQNA 2I1OA 2CLOA 4FIRA 1T0OA 3H55A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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