1TRI | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	242
structure length	239
Chain Sequence	SKPQPIAAANWGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The crystal structure of an engineered monomeric triosephosphate isomerase, monoTIM: the correct modelling of an eight-residue loop. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	96
structure length	239
sequence length	242
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1993-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1triA00

4BWLC 2E1DA 3T78A 3QSTA 3GR8A 2B7QA 3F4WA 1JQVA 4OV9A 3W7NA 3W9ZA 1Q6QA 2WO5A 1H7XA 3Q94A 3CB8A 2ZYFA 2DZWA 4TIMA 1V5XA 1TV5A 3C2EA 2Y62A 2ZDRA 1SU5A 3H53A 1GVRA 1FCVA 3GDLA 1WOAA 4AAJA 2XFWA 4I7VA 4N2YA 2JKEA 3PBUA 5LHFA 5D32A 5CPMA 2AAMA 5G5IA 3MHGA 4LUIA 5D2TA 1FY6A 2CLIA 4IMCA 4CNNA 1VLWA 4O54A 1H7WA 1GVFA 4ZQOA 3EX3A 5K4ZA 1W3IA 4UFLA 4AVFA 2FLIA 4UNKA 1AMKA 1OFDA 3LCFA 5CKSA 2ISWA 3MO7A 2IQTA 1VZWA 1D3GA 2GVJA 1SFLA 1YLVA 3GDMA 5K3VA 2V0TA 3BK0A 4IXXA 4UIOA 1LRQA 4OE7A 1G67A 3FKKA 2QUVA 5TBOA 3PUEA 1W54A 3LERA 5FEZA 5K9CA 3NL6A 3DU0A 3GXTA 3QW3A 1VR6A 2CZ5A 1F2JA 3C3NA 3DZ1A 2OT0A 5BMXA 2ZRYA 4FNPA 2GVLA 4R7JA 3M5ZA 4BI7A 3S5OA 1LBFA 1JRCA 1N8FA 2B7OA 1M7OA 2XN1A 1L2UA 1OX5A 4LV9A 1UB3A 3W87A 4AH7A 2PC4A 1TTPA 3KXQA 1RR2A 5F1UA 3QZEA 4MKNA 4DF2A 4DQWA 2A21A 1XCFA 2PRLA 1GTHA 3CU2A 3IIVA 5IBXC 2CU0A 1VYPX 1XL9A 1M5WA 3P67A 4ADSA 5K9XA 4A3UA 1GYNA 3KVLA 3C8FA 3W2MA 3R12A 2VEKA 2CFFA 1H7PA 3RF9A 3WJZA 4CQAA 2V8ZA 3DKJA 1VS1A 3IIOA 3MUXA 2YXGA 2J27A 4FIRA 4NX0A 3MP3A 3ATZA 3WJSA 2FTPA 2ABBA 1B3OA 4JX6A 1B57A 3M0ZA 2ZRVA 2ZZ4A 2NZLA 4JTTA 3UPWA 4JTUA 1GVOA 4C1LA 1KFCA 2GQAA 1AK5A 1XUZA 3NNTA 2R14A 2GQ9A 3CLMA 1OYCA 3R5EA 4EWND 2JBMA 1AG1O 1IXQA 3QYQA 3TFXA 2PRMA 1TTQA 4X3ZA 3QQ0A 3LHWA 3TC6A 3KHJA 4K7YA 2C13A 4H6KA 1LCOA 1KFKA 1U5JA 1F05A 1IXNA 3GKFA 1LROA 3W7HA 2BTMA 3TE9A 4RZ4A 2ALDA 3KVKA 3JS3A 3EWZA 2YW3A 1AL8A 5F2MA 1A5BA 3L67A 3EXTA 1QWGA 4HSOA 1LOSA 3W2NA 1JCXA 1G6CA 3GDKA 1Q45A 2JK2A 5K2ZA 2ZZ5A 3SI9A 2NV1A 4MYAA 1YPIA 2QJIA 3GKAA 1VRDA 5FESA 1FXQA 2A1YA 1OX4B 4FO4A 3TU9A 3W6YA 4LY8A 1HG3A 1LLWA 1SZFA 1SW7A 1LOQA 1YYAA 4GUGA 1TPC1 2A6LA 5AYXA 3JR2A 3ZFHA 4JS3A 3TUUA 1I2QA 3KVMA 1QAPA 4UTKA 3LXBA 3W71A 2O7SA 4FX7A 1R30A 1TPB1 4RKAA 5LNRA 1EA0A 3W7EA 2Z6IA 3LTSA 4BK9A 5D04C 4KFOA 3M43A 4ZQCA 4M7SA 1TPVA 3VKJA 5I3JA 3LOTA 4K37A 4M6QA 2LLEA 4FNUA 5KZMA 4BI5A 3QW4B 4RCXA 3M5XA 4WQ6A 1BWKA 1VCGA 3W1RA 3BLEA 1F73A 3QEZA 1TPH1 4NJKA 3W83A 3H54A 2NWRA 4HNUA 3C6CA 4O17A 3V75A 3IRDA 1LLZA 3P8IA 3LCHA 4O12A 5LZLA 4O4WA 2GPTA 3TSMA 3UXAA 3W1XA 3C56A 2DZUA 1SZGA 3W1MA 1SR9A 1HTIA 3IGSA 1UJPA 1TMHA 1ALDA 3M47A 2A5HA 3W07A 1M6JA 2A7PA 1P1XA 3QH2A 1ZFJA 4FNSA 3UWQA 2CW6A 1DHPA 4ML9A 3F4NA 5MHBA 2ZRZA 4W9TA 3DI0A 2DZXA 3PSWA 2QR6A 1NEYA 2ZA3A 2A85A 2WOQA 3OVPA 1XI3A 3PAJA 4ZQMA 4GJ1A 1W5QA 5FF0A 4IGHA 1ME7A 5CSSA 3WK1A 1IF2A 4MYXA 5K9DA 2R8WA 2RDUA 3L5LA 3M44A 1ML1A 2J24A 4MVAA 3G1HA 4QIUA 3B05A 3VFLA 4ZQPA 2J88A 2YDAA 2H3BA 1A53A 3NL2A 3TIMA 1H7RA 4GRSA 1FDZA 2HMCA 7TIMA 3MYOA 5G4WA 3B0PA 2V30A 3EXRA 2Q3RA 3L9CA 4UTTC 1R2SA 3I7SA 1TPUA 1KTNA 2ZRWA 1PHWA 4ADUA 2V2HA 2C19A 3CIWA 1UUOA 1G4SA 3GB6A 4N6EA 3I68A 4PL1A 1H5YA 1KM5A 4MFEA 2E5CA 1G4TA 3DHDA 1VLIA 1A5SA 4WY0A 4DO6A 4PC8A 2NX1A 2VXNA 4XKYB 3NQEA 2VEMA 3HG5A 5CZSA 1K03A 2Q8ZA 1TPEA 2ZZ3A 1O5XA 4O8RA 2G5WA 2EKCA 2WSYA 3CIXA 3O16A 2NX3A 3C2OA 4YCOA 1NVMA 1W8SA 4DXVA 4ZL1A 3G1SA 4NUWA 3VNDA 1TV7A 4OV4A 5HWJA 3GNNA 3NDOA 1N55A 4HPJA 4RXFA 1O5KA 5U7SA 3NQCA 4YMZA 8TIMA 1UBSA 2GUUA 4OGZA 3NXFA 2P0OA 3QRHA 4MIMA 1T96A 4JY8A 2PE4A 4GE8A 2RH9A 5HR6A 3W7IA 4CCDA 1FWTA 3LHTA 3CWNA 3NQ2A 3GLCA 1R47A 2HS8A 3TV8A 4AMAA 4QM1A 1WYIA 5CG7A 1GWJA 4YXGA 3TSDA 3B03A 4XBKA 1W56A 4S2CA 3FYPA 3EKZA 1BWLA 3NG3A 2E09A 1MO0A 3LCGA 3MBDA 3P5ZA 3RLUA 3UZ5A 5D05A 3WK2A 1LOLA 1XFBA 5EL1A 2C18A 4QJ1A 5LGZA 1PIIA 2W6RA 1OX4A 3L66A 1KFEA 1OHLA 2Q3OA 3AJXA 1JCMP 1OFPA 5KZDA 1OX6A 3S1XA 1SFJA 2QUUA 3CT7A 2OCZA 3IIXA 5L6UA 1CW2A 3A5FA 3DGRA 1AL7A 3PB0A 2H6RA 3FKRA 1QPNA 5H2ZA 2Y70A 3P84A 3MMTA 2ZZ7A 1N7KA 3P74A 2QKFA 4NNBA 3HGRA 4QSHA 4Q32A 5DELA 1H50A 4PODA 2C3ZA 4NNCA 1JUKA 4UTWA 1QOPA 4Y8FA 3TMQA 4R34A 4FF7A 1I2RA 3C52A 3GIYA 4JTKA 3GAKA 3W84A 3MWAA 3G1YA 2Y7GA 2AQWA 3CHVA 1KM3A 5F2LA 4DEFA 3DH7A 1OF8A 1YDOA 5D2VA 3ABOA 3R13A 3HMJG 3N34A 3M5YA 1W31A 1LRNA 3PVFA 3W1NA 3LV6A 5HMSA 3MP5A 4JIPA 4JTEA 3C0JA 2ZBTA 3KX6A 3EX4A 5AC7A 2H8XA 2Z1BA 5J5DA 1OFAA 1FCQA 3BLFA 4IJBA 4U4MA 4S2BA 4Y9AA 3B0UX 4HPXA 4PCFA 1LZOA 2ZZ1A 3LI1A 3U6WA 3PUDA 1ZJIA 3JRKA 4ZVJA 2VFIA 1H1ZA 3PM6A 3QMTA 3GX9A 4UMBA 3MI3A 3CEUA 1LP6A 1YDNA 2ZRUA 2EF9A 4MY9A 4JD4A 2YPIA 5CPOA 1OK4A 3NQVA 1JR1A 3W7PA 4WD0A 3HQ1A 3EX1A 2Y7DA 1Q6LA 2QCDB 1V7YA 2B7NA 5H91A 1X7FA 3GZ3A 2WNZA 3QPZA 4RV8A 1FWNA 3B4UA 5E93A 1W3TA 3N9RA 1XDLA 3TA6A 4Y96A 3RK8A 4A2SA 2QCHA 2B4GA 1H61A 4LUJA 3QFEA 1R46A 3NQMA 5CGQA 4O50A 4LV4A 1TCDA 3A9IA 3P7YA 1Q3NA 5HWNA 2FQIA 5D33A 1DQXA 2W79A 4XKYA 4DF0A 3PS7A 5U4NA 3O05A 5K4XA 4I7WA 2E68A 3CPRA 4XTDA 3SJ3A 2QEZA 2JGQA 1LM1A 1P0NA 1Z42A 3G3MA 3QM3A 1C29A 5AHNA 3EKLA 3EEGA 3HF3A 1GEQA 1G4EA 3W2JA 4NZJA 1H51A 3N2MA 3N2XA 3EWXA 1G4PA 4IUOA 1TPDA 1SW0A 3W7GA 3UYCA 2ISVA 2X16A 4J9JA 5EY5A 3STEA 1DQWA 2ABAA 3TK7A 1IXPA 2DP3A 4UFIA 1B4EA 2NUWA 1ICQA 1S5VA 3NL5A 3NYZA 1DJNA 1RV8A 1QPRA 1OFBA 4K8HA 3C2VA 3WJXA 1L6WA 3M41A 4E38A 3G18A 5AHLA 4EVZA 1BTMA 3TAOA 1KLYA 5AYYA 1ICPA 4EOUA 3S6DA 4FEZA 2E6DA 4FNRA 1KBIA 1EIXA 5D02A 4CQ8A 3HG3A 3FOKA 1KFJA 1VQTA 3ATYA 2EPHA 2FPVA 2RKXA 5IM51 5HWMA 2QJGA 1W5PA 2EGZA 1ZAIA 3NQ8A 4JTSA 3DI1A 1O60A 3L21A 1OFRA 1EEPA 2F7FA 2WPBA 3NL3A 1O94A 1UASA 1SZEA 1CI1A 5T26A 1ZY9A 2Z6JA 3G1AA 1PL9A 1XM3A 3W72A 3SECA 3PBYA 4KWVA 1KM2A 4XBSA 3HG2A 3K30A 3OA3A 2VOMA 3C2FA 2A2IA 4WOQA 1LBMA 2YYTA 4JR5A 4HKPA 1Q6OA 4NQ1A 1DVJA 3GK0A 4ICNA 4AF0B 3B06A 4KKXA 3VI2A 3LCLA 4M19A 3M7WA 3A21A 4XUGA 1KV5A 3W3OA 3TKFA 3L0KA 5AHMA 3TMLA 4UMAA 3QSRA 4M7TA 4O1CA 5DY3A 1KBJA 4B5NA 1NF7A 3GDTA 5D30A 1A50A 3PBWA 4MZYA 3LDVA 1OFOA 2DJXA 3W7DA 3EX2A 5I3HA 1H63A 4NU7A 1L9WA 1XBZA 3PUOA 1TB3A 1F74A 4MY1A 2F84A 2OT1A 3O15A 3W22A 3THQA 3DFTA 1WA3A 4CNPA 2CLHA 4WXZA 3IIZA 2ATMA 2V5LA 4QNWA 1WAUA 3OVRA 3BG9A 3QQ1A 2E77A 2CZFA 3FYOA 1OFEA 1QO2A 2C14A 1RQHA 1SW3A 3TQVA 5AHFA 2OX1A 4UR8A 4UFHA 1MXSA 4ALDA 1PVNA 2BXVA 1FWWA 1TPFA 1J5TA 3NQFA 1YXDA 5EMUA 2XN2A 4N9DA 2I1OA 2BSLA 3SY5A 1I2OA 1WXJA 3W7JA 1F7BA 4UTHA 4ZQNA 3W1AA 3W1QA 3R89A 2ATSA 3DFPA 3QF0A 2PURA 3DENA 4GNJA 1WX0A 2X1RA 1D9EA 1VJIA 2WJZA 2YSWA 4TX9A 2QCDA 1P0KA 3S0CA 1F76A 2XN0A 5G2HA 5SWUA 2EHHA 4Z1AA 4UFJA 4NJJA 3HGOA 4JYFA 1TREA 3W23A 1ADOA 3S5YA 1Q6RA 5I3GA 2ZA2A 1ME8A 3TR2A 2C0AA 5E1QA 1GOXA 2FPTA 3TROA 3IVSA 4IPJA 3T55A 2NUXA 3GXPA 3OBKA 5F2GA 1OYAA 2YZRA 5KSWA 2VFGA 5HNRA 3L68A 2CLFA 3CM4A 5DY2A 2J9YA 3L0GA 2O7QA 1XBYA 1SUXA 3E9AA 1RQEA 4FNQA 2A0NA 2VEPA 4O1AA 1X8FA 1EPXA 2QCGA 2Y88A 5L9FA 1P4CA 2FIQA 3O63A 5AC6A 2WSQA 4IWWA 3TFCA 3L5AA 3W2KA 4IXHA 2TSYA 3NQGA 1H1YA 2BLEA 1KM4A 1W0MA 4MJMA 4MOZA 4UR7A 5DCEA 3WJYA 3KOFA 4LVBA 3VE7A 5FEWA 1OYBA 1TTJA 5E0KA 1FUYA 2GJNA 4MLJA 2G95A 4Z08A 3NAVA 5G2WA 3HJZA 2TRSA 4I7UA 2E6YA 1GPWA 4PL2A 2C6QA 1TV8A 2HS6A 4XZ9A 5FEPA 3V1PA 3DFSA 4PH6A 4K7VA 2E6AA 4TMCA 1CX9A 3QJAA 2ZZ2A 1Z44A 6ALDA 3BG5A 3LLDA 1SO4A 2JKPA 1W5MA 4JYDA 1GTEA 4CLMA 4FXSA 4O53A 2QCMA 4JEQA 3O6CA 4WUIA 3OVQA 3T44A 4YCPA 2FB3A 5LKYA 4LNYA 1TPWA 2Y7EA 3L0NA 2BWGA 3LBMA 4JX5A 1M7PA 1ONRA 2VFHA 4AHQA 3TX9A 1QPQA 2JGYA 3NR0A 2QCFA 1RQBA 2QCCA 3A22A 3BW3A 2R91A 3G1DA 1YPFA 4JTGA 1H7OA 4RZ6A 3PG8A 3L2IA 4A21A 4O4VA 2TYSA 4O14A 4IX2A 3KRSA 5CPLA 3LM7A 4GXMA 3L5MA 1KTCA 4N6FA 4AWUA 1O4UA 3UY7A 5HR7A 4AF0A 2CLOA 2QJHA 3HOJA 3KRUA 5D09A 3GR7A 1GG0A 5HUOA 1X1ZA 2EAWA 3N73A 5AHIA 2X2GA 4NXKA 2QCEA 2X30A 5FEXA 5LNWA 3M1ZA 3DFQA 3PWAA 3IGXA 4QISA 2G97A 1GVQA 4PTNA 1IGSA 5LHEA 3E12A 3P81A 3O8AA 1EX5A 3T7VA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TRIA

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