1TSI | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the complex between trypanosomal triosephosphate isomerase and N-hydroxy-4-phosphono-butanamide: binding at the active site despite an "open" flexible loop conformation. pubmed rcsb
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	81
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tsiA00

2DZVA 5DBTA 3QM3A 1MEWA 4DF2A 1F76A 1O60A 2I14A 3TQVA 1GPWA 5LGZA 1NF0A 4CNNA 1ME8A 1XCFA 3EEGA 2CFFA 4IPIA 1H60A 3V75A 2NUYA 4DO6A 5DY3A 3NQGA 3LHTA 5D38A 4K6AA 1SR9A 1W37A 2QUVA 1XM3A 2GJNA 2QEZA 2VELA 3EXTA 3CEPA 5I3GA 4O1BA 2QAFA 1KV8A 1JCLA 2NX9A 2ZFAA 2HTMA 1TPC1 4RJEA 1SSDA 2VEKA 2TRSA 5AYXA 1T8XA 3QJAA 3W7LA 4H4IA 3S9YA 5KZEA 2C18A 1UCWA 1BEUA 1K8ZA 1FWTA 3DZ1A 2X1UA 4O57A 1V5XA 1FDJA 1F2JA 3PWAA 1C29A 1H1ZA 3SI9A 3BK0A 5K2ZA 4OGZA 3TXZA 1K7FA 3P67A 3TUUA 4AHPA 1A53A 2X2GA 4I7VA 2QCEA 2BTMA 1W3TA 3H54A 1KA9F 5D09A 3MHUA 2C6QA 3W3OA 4LTSA 4H3DA 4OQVA 2YW4A 3W83A 3CIXA 3P82A 2QCCA 2C19A 2ISWA 1UBSA 1TRDA 2A7RA 1N8FA 3KVJA 2NWRA 4AF0B 3W2NA 1LRQA 1W5PA 3L67A 2ZZ1A 4UTIA 3JR2A 3TX9A 5ABTA 1FDYA 3INPA 2VENA 3TROA 4J9JA 5KZMA 2WV8A 5D02A 5EL1A 3P84A 1VCVA 5K4XA 2Z1BA 1IGSA 4UTHA 4NJHA 3MI3A 4MY1A 2Y7GA 1AL7A 4R34A 4O1CA 2H3DA 2WPBA 4YXGA 1H7XA 1WAUA 4QJ1A 4X2RA 1OABA 4A3UA 1OHLA 5KITA 3IRDA 4NJIA 1G4SA 2P10A 4Z1CA 3EWZA 3C56A 1X1ZA 4XZ9A 1AW2A 2EF9A 1C9DA 1J5TA 1LDCA 2QCLA 2ZZ2A 3TAOA 1TPVA 3MW7A 4NNCA 4N6EA 5EBUA 3G1HA 3F4WA 4QAIA 3UWUA 2EGZA 2D73A 1O95A 3DXIA 3EKZA 2WOQA 4LVDA 3NQ8A 4H6KA 1KM5A 3M5VA 2RDTA 4UUIA 2V2CA 1KM0A 3G1YA 4PA8A 1DQXA 4KKXA 3WJWA 5TIMA 5FF4A 1ZAHA 1LP6A 4CCCA 1KTCA 4GUFA 2KZHA 3KRUA 3ATZA 3PB2A 5LHEA 1WOBA 4LS2A 4FXSA 3EWXA 1YTKA 1ZNNA 3B0UX 4QNWA 2ZYFA 3W1PA 2A6NA 3SFKA 1JQVA 3BW2A 3FIGA 4GJ1A 3A9IA 1OYCA 3P7YA 3GK0A 2DJLA 2HSAA 1XC4A 3OVPA 1SZNA 2Y85A 3LRKA 1XDMA 1G7VA 1EP1A 1TIMA 2V5LA 4Z1BA 1VGAA 1KBIA 2TYSA 3GNDA 3I68A 4DXVA 2CU0A 2W6RA 3W70A 4JGDA 3NQMA 4FB7A 5G4EA 4LVFA 4MPQA 3W7PA 1FY6A 3UZ5A 3LOTA 1XXXA 2E6FA 2ZA3A 3EX1A 4JICA 2ISSA 5T26A 4OHQA 5F1UA 1XBZA 3PUDA 1WV2A 3P8JA 2CLIA 2ZRVA 3BGJA 3F4NA 3MWAA 3P81A 1DL3A 4O12A 3NPWA 2I9EA 4Y6GA 1HUVA 3PAJA 1GTHA 5IM51 3W71A 3EWWA 3GZ3A 4RXFA 2GOUA 1TYGA 3W7JA 5AC7A 3LV5A 3E0IA 1H7RA 5CSSA 3BGGA 1OX4B 1WXJA 6ALDA 5FF7A 4X9SA 2FB2A 3C4UA 3FS2A 3M16A 4WX2A 1Z41A 3DI0A 3FYOA 5HINA 3M6YA 1VYPX 5BNKA 3KVLA 2RHGA 1KFBA 1OFOA 4IMFA 4UFMA 1K3UA 1TREA 5HULA 3STCA 2JKPA 3O6CA 3LERA 4M7TA 2Z0IA 1FWNA 1B57A 3N73A 4PH6A 1QO5A 2GQ8A 3LXAA 2J9YA 4R53A 3G3DA 1CI1A 1M5WA 3TCEA 4FIQA 4JIPA 4NNBA 3W1XA 5AHLA 1D3GA 3GIYA 1JQXA 3W7GA 3NQAA 2Z6IA 2A7NA 1Q6RA 4MLJA 3TAKA 3KVMA 1BWLA 2OT0A 2Q8ZA 5K7JA 3M7WA 1PCWA 3E02A 4AB4A 3WJZA 3TXVA 2PCQA 2ABBA 4XTDA 1W31A 1DBTA 1KTNA 2A2IA 4O8RA 3NYZA 1VLWA 1WBJA 3C2FA 3NPXA 1F05A 2DZWA 4NXSA 1TV8A 2VXNA 1XKYA 4RXGA 3CPRA 1EP3A 3S8HA 4O13A 4LV9A 5G1YA 4RR4A 3EWYA 3WK2A 4FNRA 1LROA 3Q94A 1SQ7A 3TK7A 4MZYA 1VCGA 4Z1DA 4K7VA 4I7UA 1UUOA 1OFPA 2QF7A 3JS3A 3DBPA 5C55A 3TC6A 4TMBA 4YCPA 1W0MA 4CLMA 2ZRYA 1JJKA 1TV7A 5K4ZA 3GNNA 3KOFA 1QCWA 4ZQOA 2CLHA 1VC4A 1WOAA 1NEYA 3HIJA 4K37A 3T40A 1KFJA 2B7PA 5FF2A 3BW4A 5FF0A 2Y89A 5J5RA 3L0NA 1ICPA 3E96A 1QOPA 2QCMA 5A5WA 2A21A 3L66A 5C2XA 1TQXA 4PC8A 3FJLA 1R2SA 3A21A 3C2OA 4MZ1A 3MYOA 2E6AA 2OX1A 1ALDA 3ABSA 1GJPA 2C15A 3LGEA 3O6YX 4AF0A 1IXQA 3ABRA 4O50A 1F6PA 1HL2A 1XBYA 5EYWA 3THAA 4DO5A 2QDHA 4TMCA 1PE1A 5HMSA 5D32A 4E2DA 2YFOA 2CZ5A 1H7WA 1D3HA 2FLIA 3P61A 4LT9A 1TPEA 1OFAA 1TPDA 5C6MA 2QCDB 3R5EA 4RZ4A 1Q6QA 1XUUA 4HN4A 4LOCA 4FX8A 5G1TA 4JTFA 2CLLA 2QAPA 2FQIA 3DFTA 5AFDA 1SU5A 2HMCA 4WOQA 5HWNA 1THFD 3PVFA 5CZSA 1HTIA 1TB3A 3MHGA 4IOTA 2GVGA 5AB3A 4ZZ9A 1VH7A 2A5HA 4BFAA 5AHNA 3C2VA 3FFSA 2YR1A 1KFKA 5LNUA 4MFDA 2H8XA 1P0KA 4RCXA 4JXCA 2CLOA 3I7SA 3W7KA 3ABQA 3NXFA 3L68A 2NV1A 1LM1A 1OYBA 3AJXA 3P62A 1GG1A 3GDLA 3UY7A 2ZDRA 4MKNA 2YFNA 1LLWA 2YZRA 3TA6A 1JCNA 1D9EA 1H7NA 3TW6A 3MHFA 3IIPA 4A22A 4Z1AA 2E09A 2XN1A 1ME7A 3C3NA 1HO1A 3E9AA 1MZHA 5DN1A 3TJLA 3HGRA 4RV8A 4YWIA 4TR9A 4A2RA 1YLVA 3N2XA 3G0SA 2QJHA 3DFNA 3HG2A 5DBUA 3KFTA 4JYFA 1H50A 3PUEA 2Y70A 4AAJA 2NV2A 1AK5A 1QPQA 2X1RA 1AW5A 1UUMA 2V9DA 3LBCA 1KW1A 1Q3NA 1X1OA 4JDBA 4HPXA 3D0CA 1OFBA 3PC0A 4ZQPA 1T0OA 2C16A 3NQDA 1B4KA 4HHPA 3BARA 4GC4A 5LNWA 4Y96A 3B05A 2H8ZA 4K39A 1ZAJA 2GQAA 4JS3A 3W9ZA 1CW2A 1ML1A 5H2ZA 2FIQA 1SZEA 3RNDA 4GRSA 4IMDA 3QH2A 4ADTA 1YYAA 2CLKA 4O10A 4NX5A 1WDWA 5I3KA 2JKAA 6TIMA 1G69A 3QW4B 1NF7A 2X16A 3O63A 3WK3A 3Q37A 1LTDA 3W87A 3EX6A 4WY0B 3MP4A 2CWNA 4I9AA 1U5JA 2G97A 1OVDA 3T4CA 4RK8A 5DELA 4O0KA 4HSNA 1B9BA 2QUTA 3TV8A 1ZENA 1JUKA 4JNMA 3CHVA 1FCBA 4E38A 1JCXA 3W76A 3GXNA 2J88A 5LNVA 5F2IA 2NXGA 4JY9A 1B4EA 3N19B 4MY8A 2AAMA 4EIVA 1FCUA 1NSJA 3H53A 1SW0A 1W5QA 3NL2A 3QPZA 3W88A 3L5MA 3LHVA 2B7QA 2Y62A 4AVFA 2YW3A 4NT0A 3PUOA 3TSDA 2RDUA 2E1DA 5D33A 4UFHA 4DO4A 1Z48A 3DENA 3L2IA 1WYIA 4XTIA 4DQWA 4UR8A 2VFGA 1YXDA 1OYAA 5LGXA 4DBEA 4XBKA 5FEXA 3EX3A 3A5FA 1P4CA 4JIQA 3RMJA 5KTLA 1VYRA 4NZJA 1K7XA 4ICNA 4A29A 1I45A 4LUIA 5HJLA 1TPWA 1F6KA 5FEZA 4KFPA 1GVQA 2A1YA 4LY8A 2GJLA 1JUBA 2E6DA 3ELFA 1FXPA 4RLIA 2V30A 1HO4A 3GKAA 1OFDA 3GR7A 2NXIA 1U83A 2LLEA 1H7OA 4WXZA 4HNNA 4BF9A 2NX1A 1MXSA 3KX6A 4CQ9A 1RVGA 4I7WA 3MYPA 4MYXA 5BMXA 4XKYB 4BR1A 4DBDA 3G8EA 4P61A 1OF8A 2J24A 3T78A 1TTIA 3LCIA 4FO4A 4LRSA 1A5CA 3UXDA 4GUHA 5EKYA 2C3ZA 3OA3A 3I65A 3DHDA 1VCFA 2PRLA 3UWVA 1BTMA 3MO7A 4EWND 1LRNA 3JRKA 3LI0A 3FEMA 3L21A 1SUXA 3DFPA 1TCDA 3BVJA 4N9BA 2G95A 1OX5A 1LBFA 3OIXA 5TBOA 4XWUA 2AQWA 3R8RA 2PRHA 5EA9A 3G1XA 5D2YA 2HS8A 3W1LA 2GVLA 1SFJA 1DORA 2C14A 4ONVA 2QDGA 1OF6A 3S1UA 5D05A 3HQ1A 5I3IA 1FUYA 4R7JA 1JCYA 1VPXA 3UPBA 5KSWA 5CKSA 4MYAA 1R30A 2VFHA 5G5IA 5E1QA 1VQTA 2V82A 3UWZA 3LXCA 2DP3A 1K8XA 3W7QA 1JULA 2VKZG 4LS0A 3EX2A 3QEZA 1S3HA 3EKLA 4LVBA 2R94A 4FIRA 1FWSA 1A50A 2XFWA 1G67A 1OK4A 1XL9A 3CQ0A 4ORMA 2DZXA 3QFEA 4OE7A 4O0ZA 1PS9A 3PY2A 2B7NA 2J9ZA 3W07A 1G6CA 4MJMA 4UTJA 4DF1A 2BWGA 3U2OA 3QYQA 3P8IA 2ZQ0A 1RV8A 4L4LA 3VCRA 1SPQA 3B06A 3W1AA 4BI6A 2ZRUA 4XBSA 5DLCA 2ZZ7A 4JYEA 3W2KA 1K03A 4QQ3A 4UR7A 3VI2A 3CM4A 3UZJA 3W7IA 1IIGA 3LTSA 2A0NA 4IXXA 1KM2A 4JTKA 4RZ5A 3GB6A 3L9CA 5HWJA 1I2PA 1DHPA 4E2BA 3HGJA 1LLZA 1YDNA 5AHFA 2OCZA 2ZZ5A 5HNRA 4QIUA 3E49A 5F2MA 1OK6A 2GQ9A 2C1HA 4ZL1A 4O17A 1KV5A 3TSMA 2YPIA 2G96A 5D2TA 3GDMA 3S1VA 3NQVA 3ZWTA 3W1UA 5U4NA 3TSBA 2Y88A 1ZJIA 1UB3A 4FX6M 3LX9A 3EX4A 1I2OA 2VFEA 3W1RA 4E0CA 5C5YA 3IV3A 1DVJA 3L5AA 2RH9A 4AHOA 3FLUA 5F2GA 3OBKA 3WFAA 3SW6A 1ZALA 2BXVA 4NQ1A 1S5WA 1F73A 2VOMA 1PHWA 5EY5A 2VEPA 1R2TA 4MVAA 1FCQA 3NL5A 4BI5A 1JRCA 4O52A 2QCFA 1TSIA 3EXRA 1YPIA 1SFLA 5AHIA 3PBUA 4CQAA 3TE9A 4FXRA 3CU2A 3F1QA 3FOKA 3T7VA 3PULA 2DZTA 3IIZA 3PSVA 3QSTA 5HUOA 4UTWC 1E51A 1Y0EA 4GBUA 2DZPA 1LBLA 4O1AA 4ZQCA 2VFFA 3ZWSA 2F7FA 3N3MA 4UTKA 3SSJA 1ZCOA 3SGZA 5KZDA 3QMTA 3SJ3A 4AEOA 1PVNA 4AH7A 5KMYA 4NJJA 4Y9AA 4UNKA 4ALDA 3LTPA 5GVJA 3SZ8A 5AHEA 3NGJA 4JDYA 2WNZA 5DXYA 2VFDA 4W9TA 5CZ0A 2ZBTA 4JY8A 3GYEA 2NUXA 2P0OA 1XDLA 3BLFA 1YTEA 1WBHA 3C8FA 3LCHA 4UTUA 4HNUA 1YPFA 1XBXA 1ME9A 2X30A 3PB0A 4D2JA 1SW7A 3Q2DA 3LB0A 4GWEA 3LCXA 3PS7A 3DGRA 1FBAA 4K38A 4IPJA 5KINA 3LTYA 8TIMA 1QO2A 4QM1A 3NO5A 1G7UA 3OVQA 2CLEA 3UWYA 1ONRA 1RPXA 3O8AA 4WY0F 1VZWA 2W79A 3I7QA 4XKYA 3W84A 4IMCA 3IVUA 2B0MA 3L5LA 4OV4A 4WOZA 1SW3A 2Z2UA 4O54A 4Y90A 3LHWA 4GUGA 3B03A 2EKCA 1TPH1 5AOUA 4TX9A 1Q6OA 1UJPA 3DFOA 2GPTA 4MZ8A 2XN0A 4UTTC 1GVSA 2Y7DA 1IF2A 4M19A 4N4QA 2Y7EA 3C52A 4LUJA 1H61A 4Q32A 4FNQA 1IXOA 3B4UA 3QPYA 4ZQMA 1QDSA 3B0PA 3NM3A 1OX6A 1Q6LA 3FJ6A 3L65A 1KFLA 5BOOA 4YMZA 2CZFA 3C6CA 3WK1A 3RLVA 2WSYA 1H1YA 4BWLC 5K9DA 3DH7A 4HIBA 1W5MA 4ADUA 3STEA 1PHQA 2WKJA 4HNTA 5K3VA 3M1ZA 4LVAA 4OWGA 3DKLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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