1TSI | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the complex between trypanosomal triosephosphate isomerase and N-hydroxy-4-phosphono-butanamide: binding at the active site despite an "open" flexible loop conformation. pubmed rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	81
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1992-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1tsiA00

4AF0B 3C2FA 4LS1A 3UWUA 3P8IA 3NNTA 1I2NA 3ZWSA 3CLMA 2ZRUA 1VJIA 1J5TA 1N55A 3HPXA 1K8XA 3L5MA 4NZFA 3B0PA 4JDYA 3QSRA 4HNUA 3USBA 1OFEA 4KFPA 3W7RA 5DN1A 1OF6A 1X8FA 5D37A 2CWNA 1KM0A 4XQ6A 1Z41A 3M1ZA 3SW6A 4MIMA 3OHIA 1LM1A 4Q4KA 2FB2A 2NV2A 4QITA 3QQ0A 2TPSA 4OHQA 4P61A 5FEXA 4MUZA 5HR7A 1TJRA 1JCYA 4KWWA 5SWUA 1QPQA 2Q3OA 3NDOA 2QDGA 3PS7A 5EKYA 4M5PA 3BG9A 1SZFA 4JTFA 3JR2A 1SR9A 2BWGA 3K30A 3GXNA 4IX0A 1LOQA 4I9AA 3TROA 3UZJA 4ZQNA 4UTWC 4O11A 1KFKA 1TV5A 1TRIA 2C14A 2Y7DA 3G3DA 3GK0A 3NAVA 1L6WA 1VLIA 3JRKA 4LS0A 3PC0A 2GUUA 1XL9A 3BLEA 4RZ6A 1R30A 3GDMA 2Y70A 3W2JA 3RF9A 5HJLA 2RDTA 5D2XA 2X2GA 1TQJA 4K39A 4O54A 5TIMA 1DV7A 3HG4A 1GVFA 3GNNA 1DL3A 1FDYA 4Y90A 2CLEA 3GXPA 5LKYA 3W1PA 2GVJA 2XN1A 4LUIA 1TPDA 4M19A 5E0KA 5F4WA 1OX5A 4LU0A 2PC4A 2B7PA 5DCDA 4UC5A 1VS1A 1IXQA 2V0TA 3M9YA 3VNDA 3G0SA 5HR6A 4JXCA 3NL6A 4NJKA 4IOTA 1SFJA 1TPC1 1O60A 5D04C 4E2DA 1KLYA 1SO5A 4QAIA 5H2ZA 2FJKA 4O1BA 4LWWA 2ZZ3A 4CCDA 4I7UA 1KM5A 4LC8A 4QQ3A 2CLOA 4O12A 3LXAA 4OWGA 3GXTA 2E5CA 2V8ZA 4FIRA 3P67A 1P5BA 3N2XA 3CB8A 4D2JA 1KM3A 3OVQA 4K8EA 1TV8A 3TSMA 1AK5A 4Q32A 2JBMA 4K6AA 1KV5A 3O16A 3FYPA 4FX8A 1W5QA 4NJJA 1GZGA 2FDSA 4MZ8A 4MLJA 4FNRA 1BKSA 2H3DA 3E0IA 4AXKA 5AB3A 3C2VA 2DZWA 3G8RA 3N9RA 3I7QA 4HNNA 4DPPA 1OYCA 5LNRA 5F2MA 3G1XA 3PBWA 5CPOA 3IIZA 3BLIA 3H54A 4JTHA 1VZWA 3KRZA 1TMHA 2J88A 3BW4A 3W70A 2YZRA 3HMJG 4R53A 3YPIA 4ADUA 1HO4A 2ISSA 2E6AA 2YYUA 1QDSA 4X2RA 5HQEA 1WDWA 3M47A 1DOSA 2F7FA 4UNLA 3EKLA 3P7YA 4UFJA 1I2QA 1Q6OA 2JKPA 3W2MA 3W83A 2TYSA 1KTBA 3W74A 3C2EA 4AB4A 3GDTA 5CZSA 5I3HA 3ABRA 3O6YX 1L6SA 2Z6IA 1JRBA 4E38A 2HSAA 1JQXA 5KINA 1OVDA 3ATYA 2IQTA 1R47A 4GUGA 3L0NA 4BI7A 1OX6A 3EXRA 4S1FA 4DBDA 4Z1BA 5TQLA 5K4XA 3G0UA 5E1QA 2ZDRA 2WKJA 3KXQA 3KX6A 3LDVA 3W7KA 1F73A 2FPVA 3S5OA 5FEWA 1R2SA 4O13A 3M0ZA 2NX3A 4RCXA 3HJZA 1LZOA 3TIMA 3UPWA 4JICA 4O1DA 2PRLA 3KVJA 1XBYA 2DJXA 3O8AA 3W1LA 1H1ZA 3C2RA 1PVNA 3MI6A 2OJPA 5AHFA 4O0ZA 5J5DA 1H7WA 3A9IA 2ABAA 3FYOA 5C2XA 1EX5A 3WJWA 1VCVA 3QYQA 4CCEA 5AC7A 4QISA 5C54A 1QOPA 4NXSA 1YXYA 2OZ0A 2TRSA 4LVGA 4JGDA 4NT0A 4N6EA 5D38A 1A5CA 4XKYB 3W1UA 3S6DA 1GVSA 4N2YA 2CZ5A 1LTDA 3G24A 4NQ1A 4CQAA 1OF8A 4LNYA 1GYNA 2RDWA 4X22A 7TIMA 4UUIA 1VCGA 4FX6M 4JX4A 1S5VA 3EX6A 2EPHA 1G7VA 3IIXA 5LNSA 3S1XA 2RDUA 1R2RA 2WSYA 3PSWA 3QRHA 1F76A 3WJSA 4JYDA 4AHPA 2DJLA 2EAWA 4N9DA 4UTWA 3IEBA 2CLKA 3U8GA 2LLEA 2P0OA 2C0AA 3TUUA 3B0VC 5KZDA 4GRSA 5CSSA 3M5VA 3ZWTA 4M6QA 4WUIA 2YW3A 1SPQA 1G67A 3V1PA 3DBPA 4BWLA 4DF1A 1VHNA 2HTMA 3W73A 4HIBA 1DQWA 5G1TA 1NAL1 4ONVA 4NXKA 2CLFA 3MP4A 1SSDA 2QUTA 3WK2A 1QAPA 4K7VA 2VFFA 5FEZA 4O50A 1GQNA 1YDNA 4DF2A 3PAJA 2E1DA 1IXNA 4RKAA 3EWBX 1JCJA 1TRDA 1YDVA 3L5LA 2Y61A 3UWWA 3EWUA 3CC1A 3LXBA 3S1VA 2NXGA 4WD0A 1JJKA 1TTPA 3M43A 5G4WA 4JX6A 2VKZG 3PY2A 2W0UA 2WNZA 1PL9A 3BW2A 1X1OA 4GUHA 4ADSA 3L67A 5LNVA 2GQ8A 3CM4A 3W3OA 1S5TA 4Z1CA 3C0JA 1FXPA 1XBXA 1OX4B 1DJNA 3R13A 1OABA 4LTSA 3O07A 1HL2A 3PBYA 2QR6A 4A29A 3G1DA 1KBJA 3NQFA 4PODA 3CT7A 4RV8A 5L6UA 4FX7A 1XBVA 3MYPA 3W6YA 1V7YA 3QJAA 3BW3A 1W5PA 1WA3A 3L5AA 2NX1A 1DORA 5HUPA 4IMEA 5I3KA 4FNPA 5FESA 4O4VA 3IVSA 3N34A 1LYXA 2CFFA 2GQ9A 3IIOA 3F4NA 2A0NA 4FEZA 4UFMA 3N9SA 4Y6GA 3B03A 4POCA 3CEUA 2VENA 5DCEA 1JCLA 3LI0A 4HN4A 2TMDA 1RD5A 2QCDB 4JTIA 1TPH1 3IV3A 2Y7FA 5CGQA 4JYFA 2ZQ0A 2A4AA 5KZMA 1JUKA 5LNUA 2J9XA 2OX1A 2Y6ZA 3UWQA 2BX7A 3W72A 1OJXA 3EKZA 5DY3A 3RMJA 1JR1A 2NV1A 4LV4A 4GE8A 5D09A 4M6PA 3W2KA 2E77A 3TKFA 4U4MA 1W56A 2YCEA 4AWUA 3W2NA 1FUYA 3PSVA 1JVNA 3N19B 2DP3A 1F74A 1NVMA 3F4WA 3B05A 1OG0A 3BG3A 3C6CA 2DZXA 4JIPA 3A21A 4IGHA 4KFNA 1U83A 4FXSA 4DPQA 3FS2A 3TSBA 2Q8ZA 2O7SA 4TMCA 3NM3A 5KZEA 4K37A 2YDAA 3TC6A 1MZHA 4AVFA 2ISWA 1G4EA 1H7OA 2ZZ7A 3VCRA 2X1TA 3M5YA 3P82A 2Y62A 1XFBA 4A22A 1EUNA 1R2TA 2WSRA 3IGXA 1DKWA 3EWWA 3HG2A 3TFCA 1KM2A 4ML9A 3QZEA 3STFA 1H63A 3EEGA 3UWYA 4CNPA 2QJHA 2WNQA 2TSYA 3ABSA 4LVDA 5FF3A 3TJXA 1MSSA 1Z42A 3TXZA 2QCGA 5DELA 3O6CA 5K9DA 3WFAA 5D2YA 3FA5A 5F2LA 1QPNA 4YXGA 5AHNA 5AFDA 1GT8A 5KTLA 2QCMA 5AC8A 2E6YA 2A2IA 1U5JA 3WJYA 3NPUA 4LVAA 4A21A 3O6DA 3P80A 4JR5A 1THFD 3TNOA 3M16A 3LTPA 1W3NA 2ZRYA 4DXVA 2PRHA 4RZ4A 3CTLA 3KFTA 3EXSA 4MJMA 3IGUA 3NQ2A 3DAQA 3HG5A 3G8EA 4NZJA 3CEPA 1ONRA 3LTSA 4QSHA 3KRSA 3V75A 3L65A 3GLCA 2C19A 3Q2DA 4O14A 1TTIA 1VC4A 4I7VA 1HTIA 4PFMA 4J9JA 5C5YA 3HF3A 3W07A 3FJLA 4HPJA 3DFNA 4LY8A 3DZ1A 2ZBTA 3W1AA 3W23A 1TPB1 3QC3A 4DBEA 4QNWA 2RH9A 3MHGA 1GEQA 2ZRVA 3GIYA 2Q3RA 3DKJA 5FF2A 2C13A 2QJGA 4RZ5A 2EF9A 4EVZA 3AO0A 4LW7A 2Y88A 2Z1BA 4GUIA 1Z48A 2PURA 4PEKA 4ADTA 1FY6A 1XUZA 5AN7A 1D9EA 3HOJA 4O8RA 1H7XA 4E2BA 4OBTA 1G69A 2FPYA 2VELA 3ABQA 3LB0A 3W7QA 1KFCA 4KKXA 3NVTA 4PL1A 2ZA1A 5DXYA 4XUGA 2NX9A 3C52A 3GX9A 1OFDA 1YADA 2YFOA 5D2WA 2B4GA 1FCBA 2ZZ5A 2FIQA 3G1FA 4CNNA 3SGUA 3TJLA 5AHEA 1PHQA 3DU0A 4AH7A 5AOUA 5G2IA 1QOQA 5G1YA 2BZNA 3W9ZA 4CNOA 1QWGA 3UPBA 3WK0A 1QPOA 3UWZA 3G1SA 2ISVA 4EWND 1N8FA 5J5RA 1FCQA 2A85A 4UTKA 4CCCA 4NNCA 3WJZA 5HINA 4BWLC 2NWSA 1K02A 1N7KA 5AHLA 3MUXA 1SU5A 3RNDA 3H53A 4FNUA 3DFPA 1HO1A 1R46A 5IM51 5U4NA 4MKNA 3DFOA 2R91A 3IVUA 4L4MA 3SGZA 3ZR4A 2X1RA 2V82A 3KOFA 1RZMA 1KM6A 3QMRA 1KFJA 3BV4A 4RR4A 2WSQA 1YXCA 2ZTJA 2ZRXA 1ICPA 3G18A 1JCNA 2F84A 3QMTA 3LI1A 4ZMGA 3TW7A 2VEIA 1EPXA 1T96A 4CQ9A 1RQBA 4JY9A 3TAOA 3W7HA 4JTSA 2B0MA 3LTYA 3RLVA 4LOCA 3L0KA 2X16A 1CX9A 3WJXA 3NA8A 6TIMA 6ALDA 1B3OA 3HPSA 4WJEA 1I2RA 4UTHA 5D30A 3CHVA 3LLDA 3KVLA 4OV9A 4R34A 3UXDA 1GJPA 1VYPX 4TU1A 5F1UA 3G1VA 3PG8A 4IX2A 2QDHA 2C16A 1F05A 1T99A 3LGEA 3G1YA 3EB2A 4UTIA 1KBIA 5BMXA 3G1AA 2V9DA 4WY0B 1YXDA 1ZHAA 3U2OA 4N9BA 1TREA 1K03A 1B57A 1GG0A 1ICSA 3EX3A 1W3TA 3RLUA 1O95A 4UMCA 1IF2A 3O15A 4HPXA 3W88A 5CZTA 3A5VA 3W75A 5BNKA 3N73A 2NZLA 3O06A 3BLFA 2H6RA 3TX9A 2W79A 1P4CA 1ML1A 2Y7GA 4ZQCA 3W1QA 3DFSA 1MEIA 2WOQA 3KHJA 5LZLA 4XZ9A 3GAYA 1RQEA 3SY5A 3PVFA 2WV8A 2VEKA 5D2TA 4PCFA 1GVOA 2AQWA 3HGSA 1JQVA 1Q6QA 1EIXA 3B06A 4JDBA 1H60A 4OE7A 3M7WA 4WY0F 2VEPA 3RFAA 1OYBA 1C29A 3HGJA 5F2GA 4XBSA 2Z2UA 1ZAIA 4E0CA 3TR2A 2EGZA 3LHVA 2G96A 1LLZA 2NLIA 1IGSA 3HPZA 1TPEA 2J27A 3FFSA 2DZVA 5FI8A 4JYEA 1MO0A 5I3IA 2FFCA 4AAJA 3NXFA 5KMYA 1JRCA 2JGQA 2QKFA 3I6RA 2PE4A 3LERA 2NUWA 3UZ5A 1EB3A 2YPIA 4X3ZA 3UXAA 3E96A 3LCLA 4W9TA 1ALDA 1KTNA 1AW5A 3NG3A 4A3UA 3FLUA 5F2IA 1S5WA 3P5ZA 1ZNNA 3W7CA 4GBUA 3DKLA 3EXTA 2QCCA 3OG3A 1FWRA 3DGRA 1K3UA 1SSGA 4O16A 3WK3A 3QPYA 3CQ0A 1LP6A 1W3IA 1JCMP 3S5YA 4AWSA 1PE1A 1RV8A 3M5ZA 3S42A 3TQ0A 3W1NA 4FNQA 3LRMA 3NR0A 1RVGA 1RR2A 1XDMA 1W5OA 3NQCA 1OFBA 2G97A 1GVRA 2DZSA 1H7RA 1UJPA 4HNTA 3RU6A 2CLLA 3E12A 3P8JA 4S2BA 5CZJA 3C61A 4JN6A 2ZZ2A 3L0GA 2YFNA 5DXXA 1QO5A 2P1FA 3W7PA 1VLWA 1S3HA 1OFRA 4H6KA 5D05A 3UYCA 3W1XA 2X30A 4IMFA 4MFEA 1MEHA 2ABBA 3T4CA 1ZCOA 5FEPA 1OFQA 3T7VA 1W31A 4XBKA 4JTEA 2CZDA 3W7DA 4XTDA 3M5XA 1NF0A 3Q58A 5IBXA 2QF7A 3TH6A 2WPBA 4GWEA 4H3DA 4IPIA 4NJIA 1C9DA 2O7QA 1B4EA 1IXPA 2C15A 3MBFA 3UD6A 1HG3A 1I2PA 4MZ1A 1J2WA 2FPTA 3TK7A 2FB3A 3C2OA 2HMCA 4AHOA 1T8XA 4RXGA 2GJNA 3F03K 3MP3A 3W7LA 1VCFA 3W7MA 1UCWA 4GFSA 4DQWA 4Q33A 2RFGA 3EWYA 2GJLA 2E6FA 4UFHA 4C1KA 1DQXA 1YDOA 3R12A 4HSOA 2BTMA 1UBSA 4TMBA 1YYAA 4WOQA 3HO8A 2NWRA 1G4PA 1WOAA 5CPNA 1JCXA 4MLRA 3ANYA 3MP5A 1EA0A 5G5IA 1F6PA 3ZS4A 2J24A 3LCIA 4R33A 5CPLA 1LORA 2YX0A 5BW6A 2C1HA 5FF0A 3LRKA 4AF0A 4LS2A 3UY8A 1SO3A 5MHBA 3MBDA 2VOMA 4LVBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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