1TUX | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	301
structure length	301
Chain Sequence	AAAQSVDQLIDARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVVSITDKNTLTNVMKNHITTIMTRYIGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFNNVIGEDYIPIAFRTARAADPNAKLYINDYNLDSASKPKTSAIVKRVKKWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGASIDAALPNLASAGTPEVAITELDIAGATSTDYVDVVNACLDVDSCIGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure at 1.8 A resolution and proposed amino acid sequence of a thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	XYLANASE
total genus	116
structure length	301
sequence length	301
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-10-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tuxA00

1AVAA 4MAZA 1E72M 2QLYA 4CUCA 4AC1X 2W4XA 2WK2A 4FLSA 1BYCA 4P7NA 1W3LA 5CGTA 3W26A 2BHZA 2J79A 4JCLA 1BVNP 1JXKA 3OLGA 3PZTA 4D1IA 4HOWA 4WSKA 1HX0A 3ARUA 4LPCA 3WENA 5A6JA 2J4GA 4W7WA 2XVNA 3PZIA 3BAYA 3S2CA 1OIFA 1QI2A 2AOSA 1SYTA 4LYRA 1O6IA 4RE4A 1JZ5A 4IUGA 2FHFA 4ACZA 3VVGA 3VINA 3AI0A 3BLKA 1UKQA 4KH2A 2GVYA 3WEMA 3CLWA 1WZAA 3MANA 3ZT6A 3O6AA 3WDHA 1W2VA 4Q7NA 3MMUA 3AIRA 1E0XA 1HKJA 4M29A 4F79A 4PBGA 2CKSA 2YA2A 4H41A 4CD5A 5IFTA 1UYQA 1B0IA 3SUVA 1DP0A 4GZJA 1GHSA 1V3KA 3WQVA 4JL2A 3D5HA 1VF8A 1K9FA 4J3XA 2DGAA 1EDGA 5CGMA 4WKHA 1DTUA 2ZX8A 2EXOA 1UR8A 1OGGA 1V6YA 1OD8A 2QMJA 4CN1A 2CBIA 2C0HA 2O92A 2WZHA 5E6YA 3BAKA 4XB3A 1HT6A 2XFRA 1LWHA 1WDRA 3M07A 1CBGA 1OGBA 3A6OA 3BGAA 2EEXA 2XIBA 1E71M 4D6CA 1HJXA 3VIKA 1BTCA 3ARRA 4AD3A 1W3KA 4GZEA 2ZWYA 1E3ZA 1H2JA 3WMCA 5LA2A 5JBDA 1WE5A 1CPUA 3AZSA 5GNZA 3W28A 4OBSA 3WUBA 5A1AA 1CGXA 2J7FA 1V0MA 1Z32X 1CXFA 1NARA 1MW1A 3T2QA 4MNKA 5BRPA 5E0FA 1ZBCA 1LJYA 1HJSA 1H41A 5FL1A 2DQXA 2DT0A 1CLVA 2YA1A 3NIYA 1TE1A 2GUYA 3A4AA 5EFFA 3I3BA 4S3JA 4U2ZA 4URIA 5EFDA 3VILA 4JHZA 1BGAA 1GONA 1UKSA 4HMCA 3A4XA 4QCEA 2FGZA 2VRQA 2ZUTA 5A6SA 3GBDA 3AIQA 4EK7A 3NCOA 4DWSB 1CLXA 4DUXA 1E3XA 2FH8A 1JAKA 4MNJA 5HPCA 3GXDA 3AHTA 5A6MA 2XGBA 1G9HA 1EOKA 3K46A 4AY1A 3EDEA 1E5JA 4X9YA 1FHDA 3OZPA 2XVPA 3T09A 4FMVA 1WNOA 2XFYA 2ZE0A 1CGUA 3LMYA 2WC3A 3W6LA 2ZX7A 1E1FA 2VQUA 3ZSSA 3FN9A 2D3NA 3ARSA 2BS9A 1GQKA 3DYMA 3ZJ8A 3VD3A 3AZTA 3GXMA 1C7TA 4OZOA 1QHOA 5BROA 1ISWA 4AZIA 4UZUA 1R85A 1H4PA 3TA9A 3I3DA 1Q6GA 1U30A 1G0CA 1WZLA 4W7VA 2XUCA 2VZTA 2WVVB 5A94A 1E4LA 3WQ6A 1J01A 3VNYA 1AMYA 3VKKA 2BY2A 4N0RA 1CECA 1H11A 1WPCA 2VRJA 1JAEA 5I24A 4TUFA 4R5EA 2X05A 3WF3A 3RIKA 1G01A 1GOMA 3PZUA 1ZJBA 5TD4A 3TTOA 3SCQA 4PMDA 1KXVA 1OT2A 4P7LA 2WVSA 4Z2HA 1ZJAA 2OSXA 1UD4A 5BXTA 2ZUUA 3K8LA 1B1YA 1GOWA 2F2HA 2VJXA 3PTQA 1A3HA 1O7AA 3VIPA 4AZ5A 4ZE5A 4ZXLA 1PX4A 3WBAA 2YJQA 2XWEA 3IJ8A 5EMYA 5A6BA 3S6TA 1XCXA 3CPUA 1P6WA 2D0FA 1JZ4A 1NOWA 4AZBA 5CLWA 2CEQA 2WWCA 3WD4A 5FD0A 2XYLA 1DWAM 3OG2A 3RILA 5A6BD 2V38A 4J3VA 2DSWA 4HZ8A 2PWGA 3KL0A 4CKQA 4W88A 4PSRA 1XGZA 1FH9A 3SCUA 3VGGA 3GZAA 3EYPA 3WD3A 3MMWA 3BAXA 1HJVA 2QMKA 3VM7A 1E55A 4LYQA 2VOTA 1B90A 3ARVA 1GPFA 1EQPA 2QV4A 2ZXAA 1EDQA 4AEFA 3AIEA 2XFFA 1JDDA 1XH0A 4P7OA 4AIEA 4AD4A 4BF7A 1V3HA 1ECEA 1ZB5A 3BH4A 4CD6A 5I77A 1B9ZA 1ISZA 1XD1A 1XRVA 4WSJA 1BHGA 1W1TA 4H04A 4J3WA 3AHVA 1CGWA 3ZSTA 4HU0A 2Y24A 4W93A 4HOZA 1CXKA 3WDIA 3SCSA 3ZIZA 2DEPA 2DSZA 1JIBA 3BAWA 5EBAA 4TTGA 4JL1A 5A95A 2QF8A 4GKLA 3PZNA 3AISA 1WZKA 4D6EA 1NQ6A 2DDXA 2V3GA 5A8NA 3A4WA 2UY4A 1LLOA 1BQCA 1CIUA 3GYCA 1XSJA 5F7UA 5M17A 1BLIA 3VIMA 3EMZA 2YDQA 1I75A 3VX1A 3CTTA 2E8ZA 5ABEA 2G41A 4J28A 3D3AA 1W3HA 3AROA 1UD5A 3E1F1 4UFJA 5CXPA 1XSKA 2Z1KA 2D2OA 3BSGA 1IT0A 3L4UA 2G8ZA 3RCNA 4GQRA 3A47A 3PZMA 4D6GA 2OWCA 2VQTA 4AEEA 3RJXA 2V3DA 2UWFA 2GFTA 3WNMA 2VZOA 2J7CA 3SCVA 2CBJA 1VIWA 2JIWA 5DMYA 2BHUA 3CHEA 1E40A 4P8UA 1OD0A 1R7OA 1E70M 3N13A 1WDSA 1XYFA 2WMIA 2ZUWA 5CG0A 2BV9A 2GK1A 4IM4A 3IJ9A 2W91A 1HF6A 2W62A 3M46A 1E6ZA 3OIHA 3L4TA 4JKMA 1JYWA 1KXTA 1GJWA 3WUFA 2O9OA 1VFUA 1B31A 1W1YA 1UKPA 4HPGA 3L2LA 2F61A 3IANA 1MFVA 4OKDA 1I1WA 4HMDA 4PMOA 4L4PA 1JFXA 4TTUA 5IHSA 4Z2GA 3OBAA 1JI2A 3W6MA 2WHJA 2WHMA 2ZICA 1J9YA 2Z1SA 1H49A 2PWEA 2BY1A 1V3JA 5CPQA 2D0GA 1UWQA 3A3HA 2EO7A 2JFEX 1UOKA 4NZCA 4YN5A 2JALA 1V02E 5LYRA 3IK2A 2G3IA 5IXEA 1C8YA 1E15A 2J75A 2D1ZA 2W5FA 2E9BA 4UFMA 4JCMA 1WDQA 1AQ0A 3ZJKA 1W9BM 1B30A 3DECA 4PMXA 3WF0A 2YL6A 3CZLA 5CZKA 2D24A 3MUY1 3POHA 4Z2KA 1MW2A 1D7FA 2W63A 4AZ6A 4U3AA 4U5KA 3VGEA 7CGTA 4XZBA 4B3LA 4MNMA 4ACYA 3TOPA 2E8YA 1LQ0A 5CLTA 5DFAA 3CUFA 1W2PA 1V3LA 5CPTA 3VU2A 3AHXA 3AOFA 1MXDA 1NP2A 3WQ5A 2E4TA 4QLLA 5LA0A 2JF6A 4M24A 4WIWA 4JKKA 3WDPP 3WFZA 7TAAA 1J0KA 2VCCA 2FGLA 3SEPA 1UR0A 1LG1A 1OM0A 1UA3A 4D6HA 5AY7A 2OWWA 1HL9A 4D6FA 2WMFA 5BYWA 1OIMA 2CBUA 3NSXA 2GDVA 5HOSA 3K4AA 3QHMA 2NSXA 5C71A 5I23A 1A47A 1RP9A 4D72A 4W89A 3CZGA 4RL3A 3L4WA 2UY2A 4PMRA 4H7VA 1GZJA 1PIFA 1JXJA 3FHAA 3N04A 2EJ1A 2ZIDA 4LQ1A 3MUIA 2X09A 3VD5A 1UR4A 4FLRA 1VB9A 1UD6A 4OOUA 2EPKX 2YDSA 4KWUA 2V5DA 1B3XA 4F66A 5A6AA 1H5VA 4CN4A 3NSNA 1HJUA 5I3DA 5GQBA 1J12A 4V28A 4M56A 1TFVA 2PWHA 3AS1A 5ECUA 5HPOA 2EQDA 3OLEA 2ZX6A 3T08A 2V3FA 5CSUA 3DHPA 2HISA 2PWDA 3VPLA 2X2YA 4AXNA 2BVDA 1BGGA 1NP0A 4PUDA 4W5UA 4NRSA 3VDBA 4PSPA 2Q8XA 4EE9A 3GH5A 3FXYA 1LF1A 2XVLA 3BMWA 2DT3A 3GTNA 1ISXA 5C8BB 1UR9A 1DWHM 3MUZ1 1TR1A 3DHUA 1CGTA 1SMAA 3HMCA 3MMDA 2YBUA 1HXJA 2ZXBA 3SUUA 4UOQA 2VCAA 2XIIA 2Y8VA 3AZRA 7A3HA 1EXPA 2PBGA 3KWXA 2PF0A 2W67A 1ZBWA 1JD7A 4UNIA 5I0DA 4TX8A 4U31A 3WF1A 1ITXA 4ATWA 2J62A 1ITCA 1KGUA 1UWUA 4D6DA 1CGYA 1DWIM 1XHGA 2WMIB 4D6JA 1N82A 1OGSA 2WSPA 2GK1B 4NSBA 1GOOA 3ZT7A 1GUVA 4B9ZA 4EANA 5M03A 1QHPA 4IPNB 2G3NA 3WF2A 4E8CA 2AAAA 3VIJA 1J0JA 1C3FA 4AD1A 1E6RA 3GM8A 3T2PA 1QNQA 3NSMA 4OJYA 3AQUA 1C8XA 2VCBA 2V5CA 3L4YA 1W9DM 5ABHA 1E6SM 3UEQA 3TONA 3GXIA 3GNPA 1V0KA 2X8RA 4HA3A 3HN3A 2CCRA 4TXEA 3RMEA 2E9MA 3CZKA 4PMQA 5D9NA 1JDAA 4AZCA 4ZE4A 4AISA 1QI4A 1TUXA 3ZM8A 2VX6A 2VRKA 2ESCA 3AS0A 1E56A 3CMGA 1UWSA 2GJPA 2YL5A 5ABFB 1J0YA 1E6QM 1KGXA 4YPJA 4BZYA 2CHNA 3MV01 1UQZA 2E9LA 1TZ7A 2D20A 3QHOA 3UR8A 3MUAA 1EA9C 2MANA 2JE8A 3CHDA 2NT1A 2CXGA 2VX4A 5GNXA 1HKMA 1RD6A 1QOXA 2XWDA 5BWFA 1TVNA 4UZSA 1E43A 2XM2A 3KL3A 4MB1A 4X0VA 5GNYA 4UQBA 1Q6DA 5D9MA 4KGJA 3K8KA 4GO8A 3SCOA 3T0DA 3KEHA 3VD4A 1B2YA 3ZO9A 2WYSA 2BVTA 1RP8A 1KQZA 1QPKA 1KCKA 3MSDA 1LG2A 2PB1A 4FLOA 4DWSC 2GJRA 1W9VA 3VNZA 4QLJA 4PCSA 1X6LA 1KXQA 2FHCA 2WLYA 4GI6A 4BS0A 4U33A 4JKLA 1H1NA 5I2UA 2CIPA 2TAAA 4UQDA 1E9LA 3RDKA 4H8VA 3BAJA 1HJWA 3WN6A 3CUJA 1VBRA 1IV8A 3QHNA 1E6NA 1J0ZA 1L0PA 2J8GA 3L4ZA 3NJ3A 1M01A 2XJ7A 3TP4A 2VX7A 5BXPA 1BPLB 2XPKA 3W53A 4WK9A 2UY3A 3VTRA 1FA2A 2ZUNA 4BQ3A 1EHNA 1L8NA 5FIPA 3WH6A 1PPIA 1HNYA 4M8UA 2YA0A 4B16A 4F8XA 1B3YA 1EDTA 2YDRA 3EDDA 1QBAA 1CXHA 1W91A 1KGWA 1UUQA 2CNCA 1BVZA 4K68A 3SURA 3ZJ6A 3AMLA 2VVSA 3RM8A 1GVIA 3U7BA 1QI3A 1F4AA 2X0HA 3MO4A 4GI9A 1UG6A 2XVGA 1G94A 3K8MA 1ZL1A 2FDMA 2YL8A 4ACZB 4W84A 3ARWA 1QNRA 4CGTA 1JL8A 3B9AA 3OGRA 1EOMA 2ZUMA 1GOKA 3PBGA 1PJ9A 3T0AA 1ZBVA 5M3WA 1UH2A 1CNVA 2J74A 1VENA 5GPRA 1V3MA 1BYAA 3QGVA 1UR1A 4NI3A 1JZ3A 3VIOA 3VGFA 2B31A 3AMCA 4CU7A 1QNSA 1CENA 4XV0A 2FH6A 3CIVA 1V6WA 1CXIA 2J25A 1J18A 3B9EA 3WNOA 2WVTA 3O2LA 3AXXA 3WY1A 3BCFA 3GNRA 2RGMA 2FHBA 3VM5A 3W25A 1I1XA 1VEOA 4KMQA 2EPOA 2Y2WA 1JDCA 2CITA 1Q4NX 3GH7A 4ZENA 5JUVA 3QOKA 4MJ2A 1TA3A 3GNOA 2JEPA 2VC9A 3WQ8A 4J7RA 4OBRA 4C7DA 4DUVA 4A3HA 1WZMA 3OZOA 4R27A 3W4RA 1HN1A 4AZGA 1JFHA 5CPSA 3AHZA 3PZOA 4J3TA 4WLCA 3EDJA 3ARQA 1CXLA 4KGLA 2DT1A 1VEMA 4UFHA 2CBVA 1KB3A 4AMCA 1GJUA 1G1YA 2A3HA 4E8DA 4FK9A 1LL4A 2J77A 3HU7A 2OSWA 5DEZA 3OLIA 3VGDA 1WP6A 4MADA 4D6IA 1XSIA 3OA5A 1CWYA 5AYIA 2NW0A 4AIUA 3VMPA 9CGTA 2GJXA 4M80A 5IDIA 3WL1A 3K1DA 2J78A 1CGVA 1PAMA 3GH4A 3VX0A 3AIUA 2D0HA 1J0IA 2F8QA 3WMSA 1VFOA 4AWEA 1ISYA 2AMGA 5IFPA 2PC8A 5DF0A 1EIBA 2V3EA 2BHYA 1UA7A 2WPGA 1JYXA 4H8HA 4CVWA 1CEOA 3PTMA 1BG4A 3ALGA 3CHCA 4A3YA 4B15A 4MDPA 4F9JA 1VFFA 5JBEA 1LL6A 1GW1A 3SCNA 1UD3A 3KE0A 1LL7A 1OT1A 5E0CA 5D9OA 4JFSA 2WM0A 1GQJA 3WIJA 1DHKA 3W24A 2O9TA 3WH7A 2E0PA 1UZ1A 2YKKA 1QW9A 2CYGA 4CVUA 1R87A 2OYMA 1OINA 6TAAA 3N18A 3POCA 4PCTA 1OB0A 1KFWA 1JYNA 2W61A 2WKLA 2A3EA 5KZ6A 2A3BA 1XYZA 2Y4SA 1UHVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QBB A;  1E6X M;  1LWJ A;  3KL5 A;  1CXE A;  5E70 A;  3UG5 A;  4WF7 A;  4MNL A;  2WZI A;  4UR9 A;  2EBN A;  3KZS A;  3SUW A;  4V2X A;  4HA4 A;  4ML4 A;  4HU8 A;  1PIG A;  2EPM X;  3VUP A;  3RM9 A;  3ZR5 A;  2PWF A;  2VL4 A;  3CZ8 A;  3PN8 A;  1G5A A;  3G6L A;  4PTW A;  1MWO A;  1GQI A;  1E73 M;  1UKT A;  1J10 A;  1HVQ A;  5E6Z A;  2UY5 A;  3ARX A;  2DSV A;  1FOB A;  3FW6 A;  1WCG A;  4GO9 A;  5AC4 A;  5JIW A;  1U33 A;  5I79 A;  2YLA A;  3EMC A;  1CDG A;  1JG9 A;  4J3U A;  2DSU A;  4P8W A;  5LA1 A;  3WEZ A;  3O9N A;  5AYB A;  2VTF A;  3NUK A;  1K9D A;  4EAM A;  4UFI A;  5JIP A;  4MB3 A;  2XG9 A;  4PN2 A;  1VEP A;  1JZ8 A;  1FH8 A;  3SCP A;  3W27 A;  1OCQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1CPU A;  3H7R A;  3AZS A;  4GNJ A;  1CGX A;  3GDK A;  1V0M A;  2P88 A;  4QBX A;  1TR9 A;  5F4S A;  5LXX A;  1J6P A;  4I9M A;  5BRP A;  5E0F A;  1ZBC A;  1LJY A;  5DRC A;  1HJS A;  2DT0 A;  1CLV A;  2GDQ A;  3BGJ A;  2YA1 A;  3NIY A;  3A4A A;  2F6K A;  3IUH A;  4U2Z A;  4URI A;  3T81 A;  1RLC L;  4I9A A;  3AIQ A;  3QC0 A;  4EK7 A;  4WVX A;  2ON3 A;  3LB0 A;  4GIE A;  3TOY A;  2SFP A;  5PTD A;  3W7L A;  1SSG A;  1EWD A;  3V5F A;  3T09 A;  4FMV A;  1WNO A;  4L61 A;  2WC3 A;  3W6L A;  3EWX A;  4GCX A;  1W1I E;  2ZX7 A;  4NZF A;  2D3N A;  2BS9 A;  1GQK A;  3KOZ A;  4K8E A;  3AZT A;  1M65 A;  3GXM A;  5CPN A;  1C7T A;  3LN3 A;  4I5U A;  4KET A;  4Y2W A;  2P3E A;  5BRO A;  1FHV A;  1OFD A;  1UCW A;  3QFW A;  2UV8 G;  1V79 A;  5J5R A;  4LEF A;  1WX0 A;  3LDV A;  1CT5 A;  5CAH A;  1G0C A;  1XLI A;  1WZL A;  1MDR A;  5A94 A;  1M7P A;  3WBW A;  2H90 A;  3VNY A;  5FA5 A;  4ZO7 A;  4HTB A;  1AMY A;  4C5Y A;  1VGA A;  3QY8 A;  2FPV A;  4MJZ A;  4N0R A;  3OPS A;  2ZZ2 A;  1H11 A;  2C1H A;  2ADA A;  2Z27 A; 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