1TVNA

Cellulase cel5g from pseudoalteromonas haloplanktis, a family gh 5-2 enzyme
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AVEKLTVSGNQILAGGENTSFAGPSLFWSNTGWGAEKFYTAETVAKAKTEFNATLIRAAIGHGTSTGGSLNFDWEGNMSRLDTVVNAAIAEDMYVIIDFHSHEAHTDQATAVRFFEDVATKYGQYDNVIYEIYNEPLQISWVNDIKPYAETVIDKIRAIDPDNLIVVGTPTWSQDVDVASQNPIDRANIAYTLHFYAGTHGQSYRNKAQTALDNGIALFATEWGTVNADGNGGVNINETDAWMAFFKTNNISHANWALNDKNEGASLFTPGGSWNSLTSSGSKVKEIIQGWGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a Full Length Psychrophilic Cellulase from Pseudoalteromonas haloplanktis revealed by X-ray Diffraction and Small Angle X-ray Scattering
pubmed doi rcsb
molecule keywords cellulase
molecule tags Hydrolase
source organism Pseudoalteromonas haloplanktis
total genus 120
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2004-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1tvnA00
3AMKA 1ZL1A 2J75A 4UQEA 4J3UA 4TUFA 4F8XA 3T2PA 3GXMA 2BY0A 4UQAA 1E0WA 3IJ8A 1HKKA 4TXEA 4PMNA 4B3KA 1QPKA 4JAWA 4JFTA 3U7VA 3CGTA 4NSBA 3VIMA 3GDBA 2XTKA 5IHRA 1N82A 3HMCA 1LLOA 5I79A 4AZIA 5C70A 5GNYA 3WNLA 1OGSA 1V6UA 2PWEA 1CGWA 1VJSA 2EPKX 2V5CA 2YDQA 4Z2KA 4AZBA 1WKYA 5D8ZA 3NIYA 3AI0A 1GOKA 1JG9A 2WMGA 3II1A 3UG3A 3LPPA 3ARQA 1XRVA 3WL1A 4XZBA 3ZMRA 1JDDA 2GJXA 4U3CA 5CPQA 5M17A 2BVDA 2BNJA 4W7WA 2X0YA 1QNQA 2NT1A 1C7SA 3LPFA 1W2PA 4W88A 1XSIA 1UA3A 2QPSA 3CZEA 2WYSA 1CYGA 2X8RA 3AIBA 2JALA 2DT0A 1AQ0A 2TAAA 5LYRA 2W92A 4AISA 1E1FA 3JUGA 3WD0A 3EDKA 1ISZA 2E9MA 1B3ZA 4YHEA 3AYRA 1TE1A 5JBFA 3SUWA 2VI0A 1E1EA 3W6LA 2PC8A 2D0HA 1QVBA 2WHKA 1WZAA 4C7FA 3T0AA 2DPEA 4AYSA 2VX6A 4FF5A 3MU7A 2XHYA 4M82A 3TTYA 3PZTA 4ZXLA 2VR4A 4X9YA 3NSMA 1JAEA 3A3HA 4U31A 1ZJAA 4EANA 4PTVA 5A1AA 1BHGA 2B31A 3AXIA 2CKSA 1D3CA 1UQZA 1ZBWA 5FL1A 2VX4A 4UQ9A 3TONA 4UQBA 4AMCA 1BYAA 3UG5A 4D6HA 2MANA 1VFUA 4PSRA 1GORA 4MNJA 4L4PA 4GQRA 3N18A 2WKGA 1PZ2A 3VIOA 3NDYA 1NWTA 1RP8A 4CU6A 1JXKA 5BXPA 1V6VA 1JDCA 4JL2A 4A3HA 3AXHA 3WDRA 3SCSA 3PTKA 3AS3A 3OLDA 3N9KA 2GJRA 1MW2A 2D1ZA 3PZIA 3SCPA 3CHEA 1V02E 1E6XM 3W27A 3DYPA 3VMPA 2YIHA 1Q6CA 3BLKA 5DF0A 5JUVA 4PTXA 1MQRA 3I3EA 4CN6A 2UY3A 3TTOA 1BSIA 2BS9A 4HMCA 4RE2A 1V0MA 3VUPA 1EH9A 4FMVA 1UA7A 4FLSA 5A8MA 3CHCA 3CUFA 3WQVA 4ATLA 4D6CA 4UOZA 3RIKA 1W9UA 3EDJA 2J7CA 5A8NA 1MQQA 4ZE5A 4U3AA 5E0CA 1KWKA 1B9ZA 1H49A 3WDQA 1CGUA 5I0DA 2JIEA 1UD3A 3N15A 1UWRA 4ZE4A 3PBGA 1UYQA 1QNOA 4AIOA 3NSNA 1VRXA 1HL8A 1W1TA 3GNOA 3KWXA 1W3LA 2VZUA 4CD6A 2XG9A 1UWQA 5I24A 2WHLA 3OLGA 3WD3A 1C91A 3AROA 1HKIA 2DSVA 2XVLA 4JKLA 4MB1A 4PTWA 3SCTA 1JZ4A 5KZ6A 1BGGA 1ODUA 4W5ZA 2VL4A 2GSJA 2ZE0A 7TAAA 4J27A 3CPUA 2X1IA 3SEPA 4FLRA 2D23A 4Z2HA 1WNOA 3K8LA 4GINA 3DC0A 4PSPA 1H11A 1H5VA 3VIFA 2VZTA 3CUGA 2J62A 2WNWA 1HIZA 5CLTA 4MNLA 2VCAA 4OOZA 2CEQA 3VINA 2O92A 2ZX6A 3CUHA 1XCWA 4B3LA 2YL5A 4Z2GA 5BRPA 1I1WA 4CD4A 5A6BA 3QHMA 1RPKA 2ZXQA 3W4RA 5CGMA 1UWTA 4HA4A 2WLYA 2YL9A 1MW3A 2O9PA 3DHUA 5CSYA 4AW7A 1JYVA 4LXFA 1PIGA 2YBTA 4J3WA 1O6IA 3APGA 1NP0A 1V0KA 4LYQA 3PZ9A 2D0GA 4KGLA 3WNKA 1GZJA 1HL9A 1ITCA 4UFLA 2J77A 3AIEA 2E9LA 4ACZB 3ARWA 4NI3A 1CENA 1RP9A 1SMDA 2BHUA 1WE5A 2BV9A 2A3BA 1PIFA 5HXMA 5ABGA 3IANA 1DWAM 1E71M 5E0FA 2ZUWA 3CTTA 4E8CA 4MJ2A 1SR0A 1LF1A 4V2XA 1UH2A 2D0FA 3FY1A 1E55A 3ZIZA 4PUDA 1ZU8A 3F5LA 3AISA 3UESA 2DT2A 1OM0A 1NH6A 2G3IA 2G3MA 1E6NA 2ZX9A 1LWHA 1PX8A 3AMDA 4H04A 2WC4A 4UTFA 2VZVA 3MUZ1 4AZ5A 2VX5A 2JF6A 1M03A 1Y7VA 2XIBA 3T0DA 1M01A 1LG2A 5D9PA 1BVNP 2ZOXA 3AS0A 2HISA 1UKOA 3B8SA 2QPUA 8CGTA 1JNEA 4M81A 1B0IA 4BCEA 4H2CA 3IAPA 3WF1A 3WD2A 3BGAA 3EDEA 1HX0A 3GBDA 4PMDA 1KGXA 3MS8A 3ZJKA 2ZWYA 3HJEA 4WKFA 3EBVA 1OSEA 4QLLA 4B15A 1V3MA 2YLAA 1BG4A 1PZ3A 4UR9A 4UFIA 4AZCB 2O9RA 2GUYA 1KR0A 2A3CA 4PCSA 2WAGA 4CVWA 4KRTA 4H8UA 2WCGA 4ZENA 1EO5A 4BQ2A 1ECEA 2G3NA 2V38A 4CU7A 4HZ7A 2WWDA 2BXYA 4ACZA 2Z1SA 9CGTA 1GPFA 5BXTA 3SURA 3SCUA 3GXDA 3QOMA 4NRRA 4W93A 1MWOA 1ISVA 1VF8A 1UD5A 1HF6A 3PZGA 2Y8KA 2PWFA 3J7HA 4TX8A 3MMDA 1E0XA 3WH5A 1VFFA 2XWDA 2PWGA 4B9ZA 3GH4A 3AQUA 4WSKA 4MDPA 5A6MA 4GIAA 3VNZA 3M46A 2ZUTA 5GNZA 3VD9A 2XIIA 1G01A 1ZBKA 2O9TA 3BSHA 3PZMA 2E40A 1KGUA 3W6MA 5C71A 4OZOA 3AXXA 1R85A 3I3DA 4OKDA 3AIUA 1DP0A 4MB5A 3L4XA 2J7BA 3OB8A 5FOOA 3M6DA 1TG7A 2FH6A 5AYBA 1UOKA 1QHZA 1SMAA 1CXIA 1C7TA 1EA9C 3VIJA 3WUBA 1CGXA 3OA5A 2WXDM 5IFTA 3WF4A 4HU0A 1UUQA 4NF7A 3L4WA 4AD2A 4CCEA 1KBBA 1HXJA 2WVVB 2OYMA 5CQ1A 1HKJA 2WPGA 3L4VA 4TTGA 3SUVA 1KQYA 2BY2A 1J12A 2XM1A 3UG4A 3WUGA 1MQPA 2IXVA 2XGIA 2AMGA 3NDZA 4ZXOA 4DWSA 2A3AA 3GTNA 3M07A 1KB3A 1JI1A 4MTVA 1WO2A 1ZBVA 2VZOA 4W89A 3WQ6A 3ZT6A 1JXJA 1IV8A 1WDRA 4XV0A 4M8UA 4AZCA 2W66A 3GYCA 2X0HA 2VC9A 4JKMA 3RJYA 4PMXA 5D9MA 3B9EA 4AEFA 4WF7A 4W8BA 4U33A 1UKPA 5E6ZA 1FHDA 1W1YA 1UZ4A 2JFEX 2BVYA 4WK9A 4HOXA 5CJ5A 1GUVA 2VVSA 1Z32X 2DGAA 4U2ZA 3VGGA 3WUEA 2VRQA 2CNCA 4XZWA 4URIA 1OINA 2F2HA 4J3XA 1US2A 1A47A 3VDBA 5BROA 4CUCA 2WC3A 2BHZA 2JF7A 3AZSA 1HJUA 2CHOA 3E1F1 4E2OA 5HNNA 2DQXA 3ARXA 3VGEA 2DSKA 4LYRA 3VX1A 1UR8A 2WHJA 2DSZA 5D9OA 1OIMA 1TVPA 2Y5EA 1C8YA 3BC9A 2WLZA 1GJWA 2ZX7A 2EPMX 3VNYA 2XUCA 4CN1A 3ALGA 1GQKA 5FD0A 3S6TA 1MFUA 1NWRA 5EFDA 3ZQ9A 1V3IA 2J79A 3MUY1 3L4YA 1FFQA 2QMKA 3U5UA 7CGTA 4S3KA 2O9OA 1Q6FA 2W67A 2WVVA 4H8HA 3OZPA 1DWFM 2Y2WA 1PEZA 1QNPA 3AZRA 4LGXA 1B1YA 1BPLB 4U2YA 4PN2A 1LQ0A 4HMEA 3AIRA 3WH6A 3VD7A 2WKLA 1U33A 2CIPA 4XUYA 5AC5A 3OBAA 2W61A 1NWUA 2BY1A 3K4AA 2PWHA 3EYPA 4YHGA 1OIFA 2J25A 1JZ2A 3CH9A 2JEPA 4CGTA 3SUUA 3CZJA 3F5JA 5JIPA 3QHNA 3CZ8A 3WD1A 3BMVA 3I3BA 1QW8A 3PTQA 3AMCA 3VGDA 1GQLA 1V0NA 3B9DA 3VU2A 1E4NA 2XFYA 1YQ2A 1AVAA 3AOFA 3CZGA 1CNVA 3VOCA 1E73M 4J28A 1W1VA 4JHZA 4W86A 2EXOA 1QI3A 5DFAA 3BMWA 2FHBA 4F79A 4GXPA 1V02A 1EHNA 2VCBA 4DM2A 1TR1A 4WLCA 1LL7A 5A6BD 5I6SA 2XVKA 4PMZA 2EPNA 2VVNA 2EO7A 1GHRA 4GI9A 1W9VA 2YA2A 4OOUA 4HPHA 1HJWA 3F4VA 3AFBA 4PRWA 1KWGA 3MV01 5I77A 4FLQA 3PZUA 4H8VA 4BF7A 1J11A 3FNDA 3MMWA 2W63A 1HN1A 2CHNA 5JIWA 4CD7A 1HJXA 1BYCA 1QBBA 3POCA 3WSUA 1J9YA 2NW0A 4GQQA 1M53A 6CGTA 3L2LA 5A2BA 5CSUA 4JFWA 2NT0A 6A3HA 1XSJA 1DWJM 1JYWA 2VO5A 4D1JA 1HVXA 2J7EA 4AC1X 3WF2A 3BXWA 2BXZA 5F7UA 2VQTA 4YN5A 4R27A 3ZR5A 3BAYA 3PZVA 3O9NA 2J74A 2YA1A 3ARPA 3GH7A 1UD2A 3UEQA 3N11A 3MV11 4LX4A 3VD5A 4WJXA 3AHZA 1V3LA 1V3JA 4MJ4A 1JGIA 1UKQA 2CBVA 1UG6A 2WMKA 4CCCA 2E3ZA 1K6AA 2OSYA 2Y24A 3CO4A 2G41A 1H3GA 2X09A 3WMBA 3WL0A 1F4AA 4HU8A 4N0RA 2GVYA 1ODZA 3K8MA 1KCKA 3ARZA 2WBGA 3ARUA 4J3VA 2YBUA 2W62A 2WZIA 2EEXA 4ML4A 1ESWA 3VDCA 1AQMA 3K8KA 1QHPA 4ATWA 4PMUA 4ACYA 4MB3A 2VQUA 1KXVA 2X05A 3ARSA 1B90A 2BFGA 3W53A 2JIWA 2VMFA 1GOMA 1UR2A 3NCOA 4HOWA 1H4PA 2C0HA 3WELA 4CCDA 3EMCA 3N17A 2ZIDA 1VAHA 2GFTA 3MSGA 1TFVA 1BYDA 4AD0A 1KQZA 1GOOA 3OLEA 3KL0A 1FOBA 4QCEA 2PF0A 3QGVA 4EE9A 1DWGM 1CZ1A 2DSWA 2D20A 1CGVA 1E43A 5IXEA 4C7GA 3RMEA 1G1YA 2DIEA 4UFMA 1WZMA 4GPNA 2V3EA 3F5KA 2RGLA 2WWCA 5A2CA 3K1DA 3OG2A 3WKZA 2WVSA 1HJSA 4KH2A 4JFUA 4P7NA 1CGTA 2OSWA 3AIQA 1B3WA 4UZUA 1NOWA 5C8BB 2GJPA 2W4XA 2YKKA 4M29A 2J7DA 2PI6A 3SCQA 4QLKA 1L0PA 3WDHA 1AQHA 3SUTA 3VM7A 3UCQA 3L2MA 2ZUSA 4DUVA 5FL0A 2QV4A 3LMYA 4P8UA 2OWCA 2FGLA 4A3YA 3OGRA 5BWFA 2D2OA 1B30A 1XH2A 3AMLA 5BXSA 5A8PA 1D2KA 1H41A 2D24A 4JFSA 1W9XA 1AMYA 3G6MA 3QR3A 1JZ6A 4UFKA 1WP6A 5A95A 1UR9A 1GW1A 1BQCA 2CITA 4XB3A 2VCCA 5CXPA 4PTMA 3A6OA 1NWSA 2VTFA 4RL3A 3AIWA 1JI2A 3WF0A 2WB5A 4UOQA 3RJXA 2VZSA 4D6DA 1E9LA 3GZAA 1CXHA 2ESCA 3WDJA 2VT0A 3MMUA 3VPLA 5BYWA 1HJVA 3WUFA 5ABEA 1JZ3A 3KL3A 1QNSA 3FHAA 1X6LA 2FGZA 3TOPA 3WEOA 5A6LA 4X0NA 4JZ5A 1PBGA 4CN4A 2J7FA 5A6JA 1JZ7A 5IFPA 3ZOAA 3BAJA 4WIWA 4UFJA 2WCSA 1GJUA 1H09A 2V3FA 4FK9A 4MDOA 2FDMA 4M24A 4PCTA 3AS2A 3ZM8A 1UWIA 1XYZA 4U5KA 1CXLA 3POHA 3CMJA 1PAMA 4Q22A 4UZSA 3IK2A 3EMZA 1TUXA 1V3HA 1J01A 2J8GA 4V28A 3W26A 3G6LA 4DWSB 2BVTA 2WW5A 3VMOA 1G9HA 3FAXA 3L4UA 3THCA 3EDFA 5D8WA 1BVZA 1E70M 4IPNB 1EHAA 1J18A 2AOSA 4AZ7A 2UY4A 5M03A 3DHPA 5IHSA 2D3LA 4AEEA 3N13A 1E72M 1TA3B 3ARVA 1E15A 1QI5A 4WKHA 3VIKA 3WN6A 5BRQA 4D71A 1UWUA 4X0VA 3ZR6A 4UQCA 4W87A 1XGZA 5CLWA 5I5RA 1CTNA 1HNYA 1JZ5A 4D6IA 1F4HA 1LL6A 2XFRA 4QCFA 1Q4NX 4F9DA 4JCMA 4V27A 3WQWA 5HBFA 2J47A 2GK1B 4HP5A 4J7RA 1ZB5A 4MB4A 3ECQA 4QDMA 3WF3A 4F66A 5DT5A 4P7RA 3CBWA 4P7LA 2IUZA 2CERA 3MUAA 1GQIA 2F61A 3MO4A 1D7FA 3VDHA 4CKQA 1QNRA 2J78A 2WANA 5A6AA 2UY2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AMK A;  1ZL1 A;  2J75 A;  4UQE A;  4J3U A;  4TUF A;  4F8X A;  3T2P A;  3GXM A;  2BY0 A;  4UQA A;  1E0W A;  3IJ8 A;  1HKK A;  4TXE A;  4PMN A;  4B3K A;  1QPK A;  4JAW A;  4JFT A;  3U7V A;  3CGT A;  4NSB A;  3VIM A;  3GDB A;  2XTK A;  5IHR A;  1N82 A;  3HMC A;  1LLO A;  5I79 A;  4AZI A;  5C70 A;  5GNY A;  3WNL A;  1OGS A;  1V6U A;  2PWE A;  1CGW A;  1VJS A;  2EPK X;  2V5C A;  2YDQ A;  4Z2K A;  4AZB A;  1WKY A;  5D8Z A;  3NIY A;  3AI0 A;  1GOK A;  1JG9 A;  2WMG A;  3II1 A;  3UG3 A;  3LPP A;  3ARQ A;  1XRV A;  3WL1 A;  4XZB A;  3ZMR A;  1JDD A;  2GJX A;  4U3C A;  5CPQ A;  5M17 A;  2BVD A;  2BNJ A;  4W7W A;  2X0Y A;  1QNQ A;  2NT1 A;  1C7S A;  3LPF A;  1W2P A;  4W88 A;  1XSI A;  1UA3 A;  2QPS A;  3CZE A;  2WYS A;  1CYG A;  2X8R A;  3AIB A;  2JAL A;  2DT0 A;  1AQ0 A;  2TAA A;  5LYR A;  2W92 A;  4AIS A;  1E1F A;  3JUG A;  3WD0 A;  3EDK A;  1ISZ A;  2E9M A;  1B3Z A;  4YHE A;  3AYR A;  1TE1 A;  5JBF A;  3SUW A;  2VI0 A;  1E1E A;  3W6L A;  2PC8 A;  2D0H A;  1QVB A;  2WHK A;  1WZA A;  4C7F A;  3T0A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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