1UJPA

Crystal structure of tryptophan synthase a-subunit from thermus thermophilus hb8
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
271
structure length
243
Chain Sequence
MTTLEAFAKARSEGRAALIPYLTAGFPSREGFLQAVEEVLPYADLLEIGLPYSDGPVIQRASELALRKGMSVQGALELVREVRALTEKPLFLMTYLNPVLAWGPERFFGLFKQAGATGVILPDLPPDEDPGLVRLAQEIGLETVFLLAPTSTDARIATVVRHATGFVYAVSVEVKDLVRRIKARTALPVAVGFGVSGKATAAQAAVADGVVVGSALVRALEEGRSLAPLLQEIRQGLQRLPLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8: X-ray crystallographic analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 92
structure length 243
sequence length 271
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2003-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ujpA00
1W5MA 4XKYB 4PA8A 1UASA 4CLMA 1EP3A 4XUGA 4O11A 1YADA 3HG5A 4R53A 1MEIA 2BX7A 1M7PA 4IGHA 3NAVA 1Q6QA 3UYCA 4JIPA 4K39A 2HS8A 4N4PA 3SIZA 5LHFA 4JDYA 3BARA 3WFAA 1IXQA 4MY9A 3QMTA 3NZRA 1PHQA 3S5ZA 1LROA 3DHFA 1TREA 2JKAA 3W70A 3DGRA 3MUXA 2Z1BA 4NX5A 3DXIA 1LOSA 4EVZA 1H51A 1QR7A 3FYOA 4XTIA 3B4UA 2H90A 1SZFA 1F2JA 3GKFA 2Y85A 3IIVA 1FWRA 2X1RA 4RCXA 2ZA2A 3W2NA 5G1YA 3NQDA 3STFA 3WJYA 4DF1A 4JTIA 2ZFAA 3LDVA 2NXIA 3M0ZA 4FX8A 2NWSA 3M41A 4O1BA 4NJJA 3NQFA 2Q8ZA 3LCGA 4Z1AA 4HNTA 3DFOA 5KZMA 3FJLA 2V2HA 1KA9F 2B4GA 3IVSA 3BG3A 4TMBA 4ZQOA 2ALDA 4OV9A 2ZA1A 1YXDA 1QOQA 1KBIA 3IIPA 1K8XA 4XKYA 2OCZA 1CI1A 1R47A 2ZZ4A 1UUOA 2UV8G 4HPJA 2WNQA 5LHEA 1K7EA 3Q2DA 1W3TA 3C2RA 2VEMA 2JGYA 3G1DA 3TKFA 3G1HA 2NX1A 1F6KA 1YYAA 5LNSA 5ABTA 1G4TA 4UUIA 1SW7A 1PCKA 1R2SA 4KFOA 2YW4A 4Z1DA 3TSMA 5C54A 4QSHA 2A7NA 3QRHA 1A53A 4PEKA 3GDMA 2DJXA 2F84A 4QITA 4KKXA 3NL6A 3LCHA 1OFRA 3LV6A 3EX4A 4LVAA 4MFEA 4TR9A 5DCBA 3P60A 3VE9A 3W9ZA 5K4ZA 2ZZ5A 2J6XA 2NWRA 4ORMA 3UWYA 5AC6A 1S5WA 3P8IA 2JBMA 4UR8A 1FWWA 4K38A 2I9EA 5LNUA 3BGGA 2GUUA 1QO2A 2CZEA 2YDAA 4RLIA 3MP5A 4OE7A 1VHNA 3UXDA 3W7RA 2E6FA 3CC1A 4O14A 3HQ1A 1G4EA 1K02A 4N6FA 1DHPA 1QAPA 5HJLA 3B03A 4GXMA 4IJBA 1W3IA 3KFTA 4EF9A 1LRQA 2ABBA 2V30A 1GVQA 3A5VA 3HPZA 2E09A 2XN0A 3UWUA 1VC4A 1OYAA 5FF0A 3THQA 3W1TA 3W7KA 1EPXA 4JX6A 1WAUA 2AAMA 2JKEA 4BI6A 2QCNA 4FNUA 4JTSA 2NXGA 3VI2A 4O0KA 3QEZA 3TJXA 1W0MA 5KSWA 4JICA 2VELA 1TPDA 1OFPA 3W1XA 3CWOX 3ATZA 1A50A 1SW0A 4O52A 1NEYA 1OHLA 3T4CA 4UFLA 2QCFA 3BLEA 1AG1O 1JULA 3M5XA 2AGKA 3LOTA 3CEPA 1F6PA 3W7GA 1O4UA 1J2WA 1VR6A 1JR1A 1TV5A 3W7NA 4H6KA 3L0KA 3NQ8A 3BGJA 2ZA3A 2NX3A 3QQ0A 2Y7DA 2QJHA 2FLIA 2VFEA 2YXGA 5FEPA 1TQXA 1QPOA 3O6YX 4X2RA 1SZEA 1Z44A 4YCOA 2J9ZA 3GNDA 5I3IA 2AQWA 1GYLA 2GPTA 5H2ZA 2GVJA 1O5KA 4IPIA 3FKKA 5HWMA 5FF4A 1P5BA 1L6SA 1UB3A 1TQJA 3SY5A 5D04C 7TIMA 3W3OA 2W6RA 2YCEA 1XI3A 3EX6A 5FF7A 5K9XA 2ZZ6A 4W9TA 4O1AA 3IRDA 3LXAA 1G7VA 5AYXA 3W87A 1A5SA 1O60A 4O18A 1EB3A 1O95A 3O63A 1OYBA 2JKPA 2V8ZA 3E9AA 1OABA 3W7CA 5HWJA 1Q6LA 2O7QA 3TXVA 4P61A 3M5YA 3NPXA 3TUUA 2Z6JA 2C14A 2B7QA 4PL2A 3P80A 1H61A 3MO7A 1QDSA 4WY0F 3E02A 4HHPA 4Z0JA 3O06A 3EWYA 1ONRA 2GJLA 3W1PA 5D02A 5D37A 2EGZA 2A7RA 5BRBA 1X6UA 4OWGA 3CQ0A 4A2RA 1AW2A 3DBPA 3S6DA 1EUNA 2ZCGA 3TC7A 4LC8A 1OK6A 3CTLA 5AYYA 3LB0A 1Q6RA 3ATYA 2A6LA 1TV8A 3KVJA 4FNPA 2WSQA 1B57A 3LHUA 5MHBA 1X8FA 1S5TA 3TK7A 3R89A 1I45A 3I68A 3GAKA 3YPIA 3N34A 2EKCA 1FCUA 3PG9A 3W1AA 1M6JA 1O5XA 4GWEA 5K4XA 3TU9A 2DP3A 1EP2A 3RF9A 3KVKA 1ZFJA 4AWUA 4MLRA 1GJPA 2X1TA 1KM1A 1PS9A 1XM3A 1SFJA 1L2UA 4JTKA 5C55A 1E51A 4GBUA 3NQCA 4IOTA 3MYOA 4WOQA 4M19A 4LY8A 4FEZA 2WQPA 3Q37A 1QNVA 1HUVA 5G2HA 3TQKA 1I4NA 4I7WA 5I3FA 1KLYA 2EF9A 3PG8A 1KW1A 3C0JA 1B3OA 1DBTA 3I7SA 4DXVA 1WOBA 3L9CA 3LCFA 5IM51 4O1CA 3M9YA 2ZRWA 4UTHA 4AHPA 1JCLA 5LKYA 1DOSA 5DLCA 4HT3A 1JQXA 3T44A 1P0KA 1RPXA 2CW6A 1UBSA 2Y7EA 1EX5A 2V5BA 4R33A 5D05A 4LOCA 1RD5A 5G4EA 4ZQCA 3CIWA 2WKJA 5LGXA 4JTUA 4N9BA 4A21A 4UTKA 4JTLA 2HTMA 2P1FA 3LHVA 1ZENA 2QCHA 3TC6A 2XN2A 5K7JA 4ZL1A 2OT1A 5CPMA 3S0CA 3MP3A 3UZJA 4JYFA 3SGUA 1B4KA 2CLLA 1H7RA 5KITA 1ICQA 4NJGA 4UFIA 1EWDA 2E1DA 3EX3A 1KM5A 4JTHA 3W1LA 2A5HA 3HBLA 1BWKA 1KBJA 4Q4KA 3IGXA 3RNDA 4NJKA 4FNTA 5F2MA 3SJ3A 3TIMA 3W7DA 1OJXA 1LRNA 3LHYA 4UTMA 3H53A 3QF0A 2C16A 3TJLA 2F7FA 3TR2A 1SPQA 3LBCA 2YW3A 4IMEA 1VCVA 3W1MA 3BW4A 1V7YA 3N14A 4UFJA 1G69A 4CQ9A 1LBFA 4KFPA 4QNEA 1W3NA 3T55A 1T99A 3IVUA 1Y0EA 4HNVA 5FI8A 5CPLA 1LCOA 4DBDA 3N9RA 1KM3A 3CT7A 4FB7A 1F73A 4TU1A 1H7OA 2CZ5A 3NEVA 5AN7A 3S1UA 3W71A 4JDBA 2C1HA 2Q3OA 4E0CA 1GVOA 4I9AA 1VJIA 4ZMGA 3S1XA 2WOQA 1VLWA 3GNNA 5HUOA 1YPIA 2X1SA 5FF2A 1GG1A 3QQ1A 3HB9A 3LRMA 3LGEA 1GG0A 2BLEA 4JS3A 2RHGA 3HJZA 3G1SA 3JRKA 4JYDA 5AHNA 3TQ0A 2EPHA 4ALDA 5C6MA 1K8ZA 2H3BA 3TMLA 2DJLA 1LYXA 2Z2UA 5DCEA 1JVNA 2E68A 4FX7A 5D2XA 1X1OA 3DU0A 4UNKA 4MYAA 4WY0B 4MFDA 1XFBA 5HWNA 3NR0A 4JTJA 1SFLA 3NA8A 4OHQA 5D33A 4TIMA 3PBWA 2ZYFA 3ABSA 3OIXA 3TNOA 3W86A 2DZPA 4XQ6A 5EA9A 1EP1A 4MZ1A 3W2MA 5G2WA 2VFGA 3N2MA 5D38A 3S5NA 3SGZA 3W7HA 4IX2A 3EWXA 4CQAA 3QPZA 3LLDA 3P82A 1GVRA 2G95A 1N7KA 3W6YA 3GVGA 4LVGA 1H7XA 1JCMP 4KWWA 3ABOA 4UTJA 3KX6A 2VEKA 3IVTA 4B5NA 3W7EA 4BF9A 1TPC1 3L5AA 3W7LA 3G3MA 2VENA 4AEOA 4PL1A 3C52A 5J5RA 3PB2A 5CPOA 1FQ0A 2VOMA 1K03A 1W56A 1OFQA 3V1PA 2CLHA 1WBHA 5CZ0A 3OHIA 4POCA 1ZNNA 5E93A 1KLZA 8TIMA 2I14A 3WJXA 1LOQA 1PV8A 3L68A 4O54A 4PODA 4M7SA 3TA6A 3EXRA 1AL8A 1ZAJA 2NUWA 3PUEA 4DPPA 1OFAA 2YX0A 3WK0A 2ZTKA 3NGJA 1VHCA 3EB2A 3PUDA 1MO0A 1M5WA 3THAA 4O13A 4WY0A 3E49A 3O07A 3O6DA 1H62A 4QNWA 1FUYA 5LGZA 2C15A 3QH2A 3NM1A 2VKZG 4AHQA 4I7VA 1XUZA 3H55A 3EWZA 5EPDA 5DN1A 3DKJA 3PSVA 1Q45A 3M7WA 2A0NA 2GQ8A 3P7YA 4GJ1A 1HG3A 2J27A 2QCDB 1YDNA 4X22A 3W88A 3M43A 3W2UA 4AF0B 4PH6A 4YXGA 3GXNA 3SZ8A 3MI6A 5CZTA 5AC8A 3DFQA 4ADTA 4DBEA 2CLMA 3A9IA 1ALDA 2CLKA 3WK2A 1DV7A 2QAPA 4ZVJA 4NX0A 4YCPA 4L4LA 3I7QA 2Z6IA 1DJQA 1EWEA 1R2TA 4JTEA 3ZFHA 3UWVA 3OBKA 4UTLA 2ZRVA 4NNCA 3DENA 2ISSA 5SWUA 4NVTA 2QAFA 3W1QA 2TYSA 2A21A 3W84A 3NO5A 2QR6A 4O12A 1JJKA 3P81A 5D30A 1C8VA 1JUEA 1AL7A 3IGUA 3L65A 1S5VA 1H7NA 2DZSA 4JEQA 3G0XA 4O57A 3BV4A 2WNZA 5BNKA 4QISA 5U7SA 1TJRA 1W5PA 3N9SA 3LCXA 3FKRA 3FFSA 4BR1A 3NPVA 4TO8A 1UJPA 5DBTA 4LRSA 2RDWA 2VFIA 2V5LA 3EWUA 2PCQA 1WQ5A 3HG3A 3MYPA 2QCDA 3GDTA 1XDMA 2QUUA 4CNOA 1KFBA 1PCWA 4PCFA 4AF0A 4UIOA 4EWND 3NL5A 3GLCA 3L67A 3QSTA 4DF2A 3FS2A 2GVLA 3KRSA 2XFWA 1XUUA 1LM1A 2I1OA 1QCWA 5I3GA 4YL2A 1JCYA 2JGQA 3W76A 4HSNA 4N9DA 1XC4A 5BOOA 5C5YA 1OG0A 2E5CA 2V2DA 1X7FA 3C8FA 2YZRA 3LBMA 3TDFA 3W7PA 5F2GA 3CU2A 2B0MA 4XTDA 1UCWA 3HF3A 3M5VA 1IIHA 3NQAA 2ISVA 4Z1CA 2QDGA 3EX1A 4JN6A 3W7MA 5DXXA 4X9SA 3G1YA 1F76A 1KTBA 1HO4A 4WXZA 3A24A 3BW3A 4EF8A 1QMLA 1ME7A 2YFNA 2NLIA 1D9EA 5HR7A 4MYXA 1B4EA 1VYPX 4ML9A 4ONVA 4RZ4A 1D3GA 3ZWSA 2YPIA 4IWWA 1IF2A 3P67A 3B8DA 2V82A 3HGRA 3UWWA 3GK0A 2QCEA 5EMUA 1TSIA 3BK0A 1P4CA 5EL1A 2A4AA 3G0SA 4Y6GA 2OMAA 5D2WA 1ZAIA 1FWNA 4I7UA 1QFEA 3EWBX 4AWSA 4NUWA 3RU6A 3L66A 3GYEA 4ORIA 4JR5A 4UFMA 2VFDA 4MY8A 3W83A 1DQXA 5IBXC 4FHAA 5D2VA 4AB4A 4HIBA 1LORA 1R2RA 1Z42A 3FIGA 2Y63A 3S9YA 2OX1A 2BZNA 1T8XA 1CW2A 3P61A 1F7BA 1W5QA 2ZRXA 4JD4A 2PRHA 3HMJG 3PF3A 4WOZA 2RH9A 1KM6A 2QCGA 1IGSA 3JR2A 4FNRA 4N6EA 2R8WA 3ABQA 4HPXA 1RV8A 1FDYA 3QFEA 3C2VA 4ADSA 3INPA 3AO0A 3GDKA 5HULA 4MPQA 4PC8A 2WPBA 4LW7A 2DU2A 4N4QA 1OFOA 3QW4B 3LTSA 3NQ7A 3G1FA 3GR7A 3NYZA 4RR4A 2ATSA 4EOUA 3SFKA 3CM4A 5HMSA 4GUHA 3WJWA 4MVAA 2PE4A 5G2IA 4IQLA 3LHZA 1VQTA 4QJ1A 4XZ9A 2WSYA 1OF8A 3GX9A 4MJMA 4YMZA 4MUZA 1A5CA 2QEZA 1IXNA 1SO5A 1VCFA 2P10A 4O16A 2ATMA 4M6QA 1RQEA 2Y7FA 1KV5A 3P74A 3KVLA 3MBFA 4J9JA 3MW7A 5I3HA 1TB3A 2YSWA 5AHFA 4IXXA 3O16A 1TTJA 3TH6A 2CZFA 3GXPA 3S5YA 3I65A 1I2PA 1QOPA 5F1UA 2GQAA 4N2YA 4UFKA 1TTPA 4LWWA 4OU1A 3HGJA 5DY2A 2NV1A 4HSOA 2J88A 1FDJA 3DFNA 3EXSA 4UTTA 3RLUA 4JTGA 3CLMA 4OT7A 3ZWTA 5LNRA 3P62A 3ZR4A 3KVMA 1AMKA 3P84A 4MJZA 3W07A 1WXJA 2R94A 4JXCA 3C6CA 4NJIA 3MHGA 2OJPA 4IMCA 3Q94A 4UMBA 3QM3A 3EX2A 2CLOA 3NOEA 3UZ5A 1H50A 2X30A 2JK2A 3NG3A 1O94A 4AMAA 1YTDA 3NPUA 4E38A 4DELA 3S1WA 2E6AA 2VFHA 4NQ1A 1QWGA 1OVDA 5CSSA 4DF0A 4O17A 1F5ZA 3W2LA 2QKFA 1EUAA 4HNNA 2FTPA 2QCCA 1LTDA 3B06A 4LU0A 2YR1A 2NV2A 4AAJA 3IIXA 4L4MA 1H1YA 4G1KA 4NU7A 4IMFA 3E12A 4UCGA 1LLZA 2D73A 3CWNA 1WBJA 1OFEA 3GZ3A 3OVQA 1QPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VBJ A;  4CLM A;  4H41 A;  1X39 A;  4XUG A;  1YAD A;  1QT1 A;  3WNK A;  4DLF A;  4IGH A;  1Q4N X;  4XAZ A;  4XZH A;  1AH4 A;  2F8Q A;  3BAR A;  3WFA A;  4MY9 A;  4EAN A;  2OQY A;  3NZR A;  3NDZ A;  4M56 A;  3GIQ A;  4RNI A;  4RW5 A;  4W93 A;  3DHF A;  1TRE A;  3C0L A;  1SJD A;  4K1W A;  4XK2 A;  3KCJ A;  1R3V A;  2ZUN A;  1QR7 A;  5LA2 A;  1WKF A;  1XIJ A;  2WCG A;  1NTH A;  5KEZ A;  2PDP A;  2DW7 A;  5A8O A;  5FAG A;  3SUR A;  3BAJ A;  4C7G A;  5G1Y A;  3WJY A;  1J0H A;  5JMU A;  3STF A;  4DF1 A;  2ZFA A;  1MYR A;  1P48 A;  2NXI A;  4S39 A;  3M0Z A;  2J75 A;  3O0F A;  4PEE A;  1UWQ A;  3NQF A;  5D8Z A;  3H8A A;  3IAN A;  5C9R A;  1VFO A;  2Q8Z A;  4Z1A A;  4HNT A;  3U9I A;  2YBU A;  3FJL A;  3VDH A;  1BPL B;  1P0E A;  2Y0F A;  2PMQ A;  1CXF A;  1F3X A;  3VPL A;  4S3E A;  1KBI A;  1UQZ A;  3IIP A;  3FX4 A;  3WLJ A;  3DOP A;  1DYS A;  3UR8 A;  3KBN A;  3GH5 A;  5HNN A;  1CI1 A;  3DYM A;  4DJE A;  4IIH A;  1K7E A;  4ZR8 A;  3M0K A;  1W3T A;  3TKF A;  2JGY A;  3FY1 A;  2G41 A;  5ABT A;  4JKM A; 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