1UR1 | Genus

Total Genus 138

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	350
structure length	346
Chain Sequence	GLKSAYKDNFLIGAALNATIASGADERLNTLIAKEFNSITPENCMKWGVLRDAQGQWNWKDADAFVAFGTKHNLHMVGHTLVWHSQIHDEVFKNADGSYISKAALQKKMEEHITTLAGRYKGKLAAWDVVNEAVGDDLKMRDSHWYKIMGDDFIYNAFTLANEVDPKAHLMYNDYNIERTGKREATVEMIERLQKRGMPIHGLGIQGHLGIDTPPIAEIEKSIIAFAKLGLRVHFTSLDVDVLPSVWEEVSTRFEYKPERDPYTKGLPQEMQDKLAKRYEDLFKLFIKHSDKIDRATFWGVSDDASWLNGFPIPGRTNYPLLFDRKLQPKDAYFRLLDLKRLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The Mechanisms by which Family 10 Glycoside Hydrolases Bind Decorated Substrates pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio mixtus
molecule keywords	ENDOXYLANASE
total genus	138
structure length	346
sequence length	350
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2003-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1ur1A00

4CKQA 2VRKA 1CXLA 2O9OA 4PTWA 1CGUA 4H2CA 3WD1A 4UOZA 1QW8A 1GW1A 1JZ7A 5A8NA 1K9EA 2XHYA 1DEDA 1E6RA 5TD4A 2YIHA 1MVYA 4B3LA 3BLPX 1H41A 3VGEA 3SCRA 3VKKA 5IFTA 1JYWA 1JL8A 2ZE0A 1LJYA 4RE2A 2WMGA 3EDJA 3AS1A 3O6AA 1FOBA 4MNLA 2ZX7A 1W32A 3RDKA 1V6WA 3WH5A 1JAKA 3AMLA 3S6TA 5CLTA 2J75A 4LXFA 3MANA 1UUQA 1GOQA 4KRTA 1MFUA 1EOMA 3A3HA 3MO4A 2BNJA 3WN6A 2WMHA 2IXVA 1AVAA 1CXHA 4QP0A 4NSBA 1MW2A 1QNSA 4M80A 5CXPA 4PMDA 4Z2LA 1YQ2A 2CNCA 3MV01 4P8XA 1C7SA 3VDBA 4P7OA 4ZFMA 1WO2A 3IANA 1HKMA 1R7OA 2V5CA 3T0DA 2VCBA 4UQEA 1V6XA 3GBDA 2CKSA 1SR0A 4HPHA 5GNZA 2QPSA 4LYRA 1FA2A 5FL0A 3T2PA 4W8LA 3FY1A 2JF7A 1Q6CA 3FW6A 2FGLA 1WB0A 1NWUA 4TOQA 1FP9A 1MXGA 1EQPA 1WDSA 3BLKA 1JDAA 4JZ5A 2YA0A 4HOWA 4EK7A 1Q4NX 1UQZA 3WQ6A 5HDRA 1E5NA 3PHAA 3APGA 1B31A 2VMFA 3A4XA 4JFVA 5DF0A 1PZ2A 1UD5A 1OGSA 5A1AA 3MU7A 2D22A 1GJUA 3MMDA 3GM8A 4GI9A 3GNPA 3VX1A 4PTVA 2XIIA 3GH4A 3KE0A 3WMSA 1ITCA 5A6LA 4CN1A 1M04A 2G8ZA 2CPUA 1EIBA 2J8GA 5GNYA 2J78A 5FD0A 4P8VA 1CIUA 4A4AA 4NRSA 2V3EA 4UQDA 3WH8A 1AQMA 3U7VA 3WSUA 4ACZB 4AIUA 2JALA 2OSYA 3CPUA 1F4AA 2Q8XA 1H11A 3GXMA 1E71M 1HJWA 4F9JA 2VO5A 4GIAA 4JCLA 2G4FA 2V5DA 2PBOA 2WMKA 3K4DA 4D72A 2D3NA 2ZXDA 3W25A 1HP5A 1VBUA 3NIYA 4AXNA 1JD7A 1ESWA 2DT3A 3BMVA 3WD2A 1UA7A 2X09A 3AJ7A 1HL8A 2JIEA 1K6AA 4AW7A 1CENA 3K46A 5JBDA 3VIOA 3EYPA 1E43A 4OOUA 1UR9A 1FHLA 2GUYA 4X0VA 2EJ1A 3ECQA 3B9AA 1LL4A 1JFXA 1OD0A 3IJ9A 3TP4A 3VIMA 1E70M 7A3HA 2DGAA 1XCWA 1QI2A 2XFFA 2ZOXA 1MQRA 4AZ5A 1X6NA 1R87A 2PF0A 4H41A 2NW0A 4F8XA 3ZO9A 3TOPA 1JZ8A 1MFVA 2J7EA 5IHSA 2W5FA 3OG2A 3LPGA 5D8WA 5IXEA 3S2CA 3ZSTA 4BQ5A 1KGXA 4CD4A 2E40A 1HVQA 4N0RA 3ARVA 1LG1A 1F4HA 3B9EA 4W89A 2GJXA 1E1EA 1BLIA 1UH4A 1JGIA 4HP5A 3D5HA 3AMCA 3O2LA 4TTGA 2BXZA 2XTKA 4GO9A 4GI6A 5FCZA 2XM2A 2PI6A 3N18A 4JIEA 3SCOA 4RE4A 3L4WA 4U2YA 1ODZA 3VMOA 4ATLA 3OIHA 4ML4A 3ZSSA 4GQRA 3CUFA 1ISZA 3MUZ1 1KGWA 4LX4A 3ZT6A 1PJ9A 4CCEA 1QNOA 1CGYA 4L4PA 2J7DA 1JZ6A 1J12A 1U30A 3M07A 1R7AA 2ZUMA 1JF5A 4JL1A 4DWSD 1DWGM 4IM4A 4URIA 3VDHA 1BQCA 3WF0A 2ZIDA 3SURA 5I24A 2PWHA 4B15A 4UQBA 1OGBA 2UY3A 2DIEA 3SUWA 4R5EA 4UNIA 1C8QA 5IDIA 3N17A 2OLHA 2D2OA 3CIVA 1QNRA 1I75A 1J11A 3FXYA 4UOQA 5C70A 4OKDA 2J7HA 2B31A 4AZCA 2GDUA 2NT0A 3FAXA 2FH8A 1UZ4A 3W6MA 1JZ4A 3AIUA 3WY1A 5A2AA 2XSAA 2UWFA 1ZBVA 3IJ8A 3U5YA 1G94A 1E15A 1PX3A 4PTMA 2DEPA 2WC7A 1SYTA 3VGGA 4WF7A 1KWGA 4JHZA 3RM9A 1CGTA 4DWSA 4AD3A 3WEMA 4GO8A 1ISVA 1JYXA 2XVLA 2X8RA 1EO7A 4PN2A 2PC8A 4TVCA 5A8QA 3VDAA 5BRPA 5HPOA 3U7BA 1CECA 2YDRA 2D3LA 4FK9A 2VZTA 4AWEA 4Z2GA 2RGLA 4U31A 2VL4A 3N04A 4P8UA 4HU8A 1D7FA 4HMCA 4BQ2A 3K4AA 1DWIM 1UKSA 2YOCA 2VX7A 4L4OA 3WENA 4MNKA 1D2KA 3EDKA 2CBIA 5HXMA 3II1A 3VIHA 1TZ7A 3QHOA 4Q22A 3CBWA 1ZBKA 5DT5A 3HMCA 2G3JA 3WQ4A 3ARYA 1R85A 2XGBA 4AC1X 3CZ8A 1XV8A 1KXVA 4MNMA 1GOIA 1EDGA 3A47A 3AI0A 4V2XA 2GDVA 3NDZA 3ARPA 1W9VA 3VIKA 4IPNB 4FMVA 1DTUA 3ALGA 4WJXA 4OBSA 1UR8A 1W1PA 1Z32X 2WHLA 3CUGA 3ZR5A 1OBAA 2DPEA 3DECA 1CXEA 4Z2IA 1J18A 5C71A 2VTFA 2O9PA 1KCLA 1IT0A 3QR3A 1OT1A 4AISA 3WD0A 3WQVA 4UCFA 4UFMA 3VTRA 2J79A 1OIMA 5F7UA 2JEPA 2PB1A 2E3ZA 2XVKA 4QDMA 4JHOA 3GBEA 2Y2WA 2CKRA 2X1IA 3OLGA 5ABFA 1B3YA 5A8MA 3VGHA 2XPKA 4GI8A 1TVPA 4JL2A 2D1ZA 4S3JA 3K8MA 1WDPA 2PWDA 2WBKA 2V3FA 3DHPA 4WSJA 3ZJ7A 1JI1A 1JNDA 3L2MA 5CGTA 1ZBCA 3BAXA 4JKKA 5EMYA 1GQJA 4JFSA 2D24A 4NRRA 3I3EA 3GXDA 1RD6A 4UFJA 1MW1A 4QLLA 3HJEA 1SFSA 5DMYA 1H4PA 3W27A 3OZPA 3ZT5A 2DT2A 4JAWA 4U5IA 5CGMA 3KL3A 2BVTA 1ITXA 4D6CA 3WNLA 3CHCA 3L4TA 1E0VA 4AY1A 2DDXA 2ZUNA 1TFVA 5CSYA 4FF5A 1W2PA 2UY5A 2ZWZA 3RM8A 1UZ1A 1E4NA 3UCQA 3W26A 4ZXOA 3GH7A 3VIIA 3TONA 2TAAA 1C8YA 1EHAA 4D6DA 1GOWA 1NOWA 2WYSA 4PRWA 1EO5A 1DWAM 4U5KA 3VIPA 1PAMA 2EPMX 3SCUA 1OINA 4C7FA 4D6EA 3KZSA 2NSXA 2BFGA 4AZ7A 4D6IA 5BXTA 1UD4A 5DT7A 4RE3A 1IZJA 1UKTA 1I1XA 6CGTA 3WF2A 4Z2KA 3K8LA 1US3A 1CWYA 5A69A 3CZJA 3AICA 4OUEA 3BCDA 1JD9A 1NP2A 3EBVA 3A4AA 1MWOA 4TVUA 2DT0A 2WMJA 4P7LA 2IXUA 5GPRA 3OB8A 3U5UA 1BG4A 2CESA 2GJPA 5I78A 1UA3A 5GNXA 1OT2A 3RPMA 1RPKA 3FHQA 3UG5A 1EH9A 1JZ3A 3WNMA 2C8NA 1CXFA 1QI5A 1CPUA 3PZGA 1QHZA 1XGZA 5I77A 1TE1A 4M1RA 2BVDA 3GNOA 5D9OA 2QPUA 1CXKA 1VEPA 2CYGA 3N1AA 2WSKA 3VGBA 1JF6A 2GFTA 1BF2A 3J7HA 1XD1A 4EE9A 1GNXA 4HA1A 2VCCA 5EFDA 4LPCA 1J0KA 3PZOA 3WH7A 1CZ1A 2ZICA 4CU7A 1B3WA 1TR1A 1A47A 4C7DA 4IUGA 3TTSA 1LG2A 1WKYA 2O9RA 4BA0A 3RILA 1VFOA 3WNKA 3OLIA 1W9DM 1QI4A 1QHOA 4HMDA 4D6HA 3F5KA 1MYRA 1UD8A 1KXTA 4IPLA 4BF7A 4UZUA 2VC9A 2VT0A 1Q6EA 3W38A 1FH8A 1WNOA 2W91A 5D9PA 4XZBA 5E09A 1J0ZA 1CLVA 4UFHA 1E55A 2G3NA 4W84A 2ZXBA 4V27A 1C7TA 3BXWA 1C92A 5CPQA 4AZHA 2CXGA 5DEZA 1RH9A 4EKJA 5ABHA 1U33A 5FKYA 4KH2A 1PPIA 2ZX5A 5E70A 4AD2A 2VVNA 5JIPA 1L0PA 4AZBA 1PEZA 4DUWA 1BHGA 2WVSA 3WDHA 4DUVA 1JXKA 4TTUA 1FP8A 3SIMA 3SCTA 4UOJA 8CGTA 1E40A 2W92A 4MB1A 3OZOA 2BHYA 2WLZA 2XJ7A 1BTCA 4CD7A 1X6LA 1E6NA 1H09A 1ODUA 3CLWA 2XGIA 1UKOA 3AIQA 4HPGA 3T2QA 2OYLA 3WDIA 2F2HA 1B0IA 1GORA 2WBGA 1WCGA 1I1WA 1EDTA 2WXDM 3SCPA 1HJSA 4W5UA 4WSKA 3CO4A 4AD1A 3W0KA 4HOZA 2YBUA 3CH9A 4JFUA 3N12A 4Y7EA 3MSGA 3OGSA 3WD3A 4V28A 1MW3A 1ZJBA 3GH5A 5M5DA 3KEHA 3SUSA 3VOCA 1HVXA 1WPCA 4CCDA 1PIFA 1W3JA 3AZTA 4QCFA 4W8BA 5A8PA 2JIWA 1KR1A 1ZBWA 2BV9A 1VFUA 5D9MA 3AIWA 3WH9A 1VIWA 1V03A 5A3HA 3PBGA 1M53A 2WZHA 1E72M 1VEMA 1H49A 5BXSA 1V3MA 3BAIA 1V6VA 2J47A 4AZGA 3OA5A 1C8XA 3NSMA 4PMXA 1EXPA 2WMFA 5EB8A 1LL7A 2V3GA 4AZCB 2OWWA 2ZUUA 4CD8A 2D0GA 4J3WA 5GQBA 1OB0A 1JNEA 1XSKA 1B1YA 3A6OA 4IISA 1O7AA 3WBEA 1E73M 2E8ZA 2AOSA 3I3BA 2G41A 1DP0A 1R86A 3AHZA 4CD6A 2CERA 4U3CA 1GVYA 1UR4A 3WUGA 3MMUA 2BY3A 2Y24A 4AZIA 3PZNA 4HMEA 1UKQA 3N11A 1GQKA 3WQ5A 4PMUA 1V6YA 1E6ZA 4J3VA 4PMNA 1VAHA 3HN3A 3G6MA 1V0NA 1NARA 1HL9A 1BGAA 3RIKA 1G1YA 2F61A 1E3ZA 1WDRA 1JFHA 1W1VA 3VGDA 3LMYA 4TX6A 1HX0A 3VVGA 4QAWA 1FH7A 1QI0A 4FLQA 5E0CA 4QFUA 4EAMA 4A3YA 4UQCA 5LYRA 5A94A 4PMQA 3VD3A 1V0LA 4DWSC 1J01A 1Q6DA 5IFPA 1KCKA 1E6XM 3WEZA 2C0HA 1JAEA 1FH9A 4U3AA 1B3ZA 1BYCA 1B30A 1XHGA 3CZKA 8A3HA 2WKGA 2VJXA 1LWJA 1NM9A 2EEXA 3ARXA 2WW5A 2ZXAA 2W63A 2XVGA 4BZYA 3ARUA 2W62A 3IAPA 1UR1A 3SCQA 1ZL1A 3VILA 1ZU8A 2X0HA 3TTYA 4TXEA 2J77A 4D6FA 5I2UA 3LPPA 4H8HA 4ACZA 4XX6A 1FHDA 1JYNA 3QOMA 1HKIA 3WQ8A 3OLDA 2CHOA 4OZOA 5ABFB 1OWQA 1OD8A 4AIEA 4W85A 4Z2HA 1B3VA 1XRVA 3OGVA 1UWSA 4KMQA 1RP9A 4ATWA 1U2YA 2D0FA 2HISA 5BROA 3CUHA 1CGVA 3AXIA 3L4UA 4QLJA 4M24A 1EQCA 3AS3A 1E9LA 2FH6A 3CZEA 1W3HA 1ZS2A 3L2LA 3RJYA 4OBRA 1QBAA 3NYDA 3WNNA 5LA2A 2A3EA 4J3XA 1NOUA 2WCSA 3RO8A 1JIBA 1UQYA 4GXPA 2Z1SA 3KL5A 1XD0A 2WZIA 2JEQA 2D23A 2YJQA 1L8NA 4X0NA 1QW9A 1KR0A 3EDDA 4CU6A 2PWFA 3VGFA 4ATDA 2ZX6A 1UKPA 4F9DA 1DHKA 2VNCA 4XB3A 1CEOA 3UR7A 2J62A 2J4GA 1VJZA 4J3UA 1W9BM 4E2OA 3OBAA 1KXHA 4JKLA 1KBKA 2WVUA 3VD7A 1E3XA 2W4XA 1VEOA 2NT1A 3L4ZA 4KWUA 4PMVA 5A6JA 3AXHA 1V0MA 5A6AA 2G3IA 1UOKA 2JFEX 2YL5A 5A2CA 1BVNP 1JZ2A 4MDOA 1Q6FA 2CEQA 2WC4A 1E6PA 3ARTA 5D4YA 5A8OA 7TAAA 1BAGA 3SCWA 1B3XA 4D71A 1BSIA 1OSEA 3UERA 4MAVA 3PN8A 2QV4A 2WHKA 1XH2A 1UWIA 2VVSA 5HBFA 2YL8A 2XSBA 4DM2A 5BXPA 3AMDA 1S46A 1VFMA 2JE8A 4HZ6A 2PWEA 2WVVB 3F4VA 1BG9A 4AD4A 2FHBA 1VRXA 4J27A 3EDEA 4UFKA 3WNPA 4P7NA 3ZIZA 2EXOA 4B3KA 2VRQA 1CLXA 1CXIA 4E8CA 3W53A 5CQ1A 5CLWA 4PCTA 2A3HA 1GPFA 1E0XA 4FLRA 1W9XA 2A3AA 5BYWA 3ARZA 5CG0A 2WPGA 1XCXA 2DSZA 1JG9A 4CGTA 1E6QM 4AZ6A 4ZXLA 3WKZA 2YL9A 1KGUA 1J0YA 3BH4A 3SUTA 2AMGA 2D0HA 4NF7A 1E1FA 1UR0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1UR1A

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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