1VBUA

Crystal structure of native xylanase 10b from thermotoga maritima
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
VSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDAEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENDMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWAKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEEYYLKKQAEVCAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of the substrate subsite and the highly thermal stability of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords endo-1,4-beta-xylanase B
total genus 136
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vbuA00
1Q4NX 4BCEA 2D1ZA 3BAKA 2G3IA 3WQ5A 2OYLA 5M5DA 4OBSA 1U2YA 1CGYA 4PCSA 4TOQA 4N0RA 4TVUA 4GI8A 1E1EA 4XZWA 1DEDA 2WMGA 2FH6A 1XYZA 4B3LA 3MSGA 1EHAA 5ABEA 4CUCA 2DT0A 1GZJA 3CUJA 3HN3A 4HOWA 1E5JA 4D6IA 4CVWA 1TUXA 4DWSA 3JUGA 1B3WA 2YL9A 1BLIA 4ZENA 4P8XA 3AXIA 1HT6A 4U5IA 2WVVA 1XHGA 3SUUA 4J3XA 3O2LA 3OLEA 1IZKA 3W25A 1C7TA 2VL4A 3PBGA 3AZRA 2WVSA 3N18A 2W67A 2WWDA 2VJXA 1UKOA 2BY2A 1VFUA 4UOZA 2JF7A 3W0KA 5CQ1A 8A3HA 2EJ1A 2VURA 1GONA 2VCBA 2WMJA 1V6XA 5I5RA 3WENA 5AC4A 1GQIA 1V3MA 2WBGA 2WCAA 2VUYA 4UFLA 3PZ9A 3TTYA 1OCQA 1EQPA 1U30A 4AEFA 2RGLA 2OYKA 4Z2LA 3B9AA 4MB3A 1JAEA 3L2LA 4JKLA 1GOQA 3D5HA 4CD4A 1HNYA 2J79A 2DT3A 5KZ6A 1AQ0A 1QHZA 2VZVA 4BQ5A 1UA3A 5CPQA 1HL8A 3HJEA 1EHNA 3FXYA 1VFOA 1WO2A 3K4DA 1TMQA 4AIEA 4E4PA 2PI6A 3T2QA 3GXMA 3O9NA 3WSUA 4YPJA 3BH4A 3VD3A 5E70A 1U33A 4HU8A 4B15A 3N13A 2ZUNA 3MMWA 3EDJA 1BYAA 3WUFA 1JZ6A 3LPGA 5I2UA 3BGAA 1D7FA 1XSJA 4EKJA 5F7UA 3WF1A 4GQQA 4F79A 1MVYA 4ACYA 2BY3A 4ML4A 2XM2A 1BQCA 4U3CA 1UZ4A 1WAWA 5C71A 1Q6GA 4R27A 1H11A 4PMZA 2JALA 3TONA 3AIBA 3AXHA 1QI0A 3W81A 1KR0A 3IANA 5EBAA 4LYQA 5A6SA 2ZXAA 2CHOA 2J7CA 3VGEA 4H8HA 1XSIA 1UH4A 4YHGA 3VIHA 3AHVA 5D8WA 2X1IA 4GIAA 1AMYA 1PBGA 1YQ2A 4S3KA 1XH2A 3T09A 3M6DA 2WC7A 2JE8A 1V6VA 4J3WA 2OWWA 3GXFA 4W85A 3WMBA 3ZJ7A 1J10A 4MNKA 2XSBA 1B3XA 3WIJA 5D8ZA 4P7NA 1UQZA 5BWFA 4DUVA 3ZM8A 2J7GA 1W9XA 5IHRA 4UFMA 4D6CA 2VR4A 5A8MA 3AIWA 1KGXA 3NDYA 2VRQA 4ZXOA 3VM7A 4HA4A 5LYRA 2DH3A 1EQCA 2Y2WA 1NH6A 3ZR5A 3AZTA 3KZSA 4PN2A 2VX4A 3IJ9A 1BYCA 2XUCA 3SCPA 1C8QA 1JG9A 4NRSA 2VR5A 2XSAA 3W24A 1GORA 3VNYA 1B90A 1UH2A 2PBGA 1JYWA 1TFVA 1X1NA 4M80A 1PZ2A 3K8MA 2X05A 1WP6A 1MW1A 3WDHA 1JYNA 1H1NA 3AIVA 4CN1A 1MW0A 5CPSA 4FLQA 2XIBA 1V6YA 3F4VA 1L8NA 2FHBA 1V0KA 4JFVA 4ZEPA 5A2BA 1JZ8A 2BFGA 4UOJA 3RDKA 3NYDA 2JEPA 2A3EA 4X9YA 4UQDA 2GUYA 1E6QM 2DT1A 3VIPA 4CN6A 4DM1A 4AIUA 1XRVA 4JFSA 1JYXA 3CZGA 1HN1A 2ZX5A 1W3KA 2XWEA 3PTKA 4TTUA 3UETA 1OT1A 6A3HA 3WD1A 4CU8A 4K68A 2BHYA 3U57A 4IUGA 5CXPA 1HVQA 2YL8A 3AHXA 4M29A 4PMUA 1GNXA 4U33A 2J25A 5LA1A 3VX1A 1BG9A 1EGZA 4TX8A 4B9YA 2UY5A 4CCCA 1BFNA 3EMQA 4AIOA 1QI4A 4BF7A 3W37A 1LL7A 1OGGA 1MQQA 4BZYA 5FIPA 1MQRA 1GW1A 3FW6A 2BV9A 4HMEA 1XV8A 1DP0A 4AISA 1DWHM 1E70M 3EDFA 1FHDA 4WKAA 1QW9A 1HKJA 3CZEA 1EOKA 5GPRA 3KWXA 2OSWA 1AVAA 4OOZA 2X8RA 4XX6A 5FD0A 2W4XA 1G0CA 3RPMA 1FP9A 4ZE4A 5A69A 4W89A 1J9YA 3QHMA 3VO0A 1R7AA 3N11A 1EO5A 2XVPA 3EDEA 2HISA 3GXIA 2JIEA 5A6BD 4W88A 4U2YA 2VX5A 5DT5A 1GOIA 2ZXBA 2FHFA 1MYRA 5DO8A 3VIKA 1ZBCA 2CIPA 3W28A 3RILA 2ZWZA 3FAXA 3ARWA 3BLPX 1CGUA 3B9EA 4MADA 3AISA 2EXOA 1GUVA 4ZE5A 4QCFA 3AS1A 3WNLA 2DPEA 1D3CA 1X6LA 4OKDA 2Q8XA 2J75A 1XD1A 2J7DA 3AFBA 2MANA 3SEPA 1JNEA 3BAIA 3FHQA 4WF7A 3AIRA 1MWOA 1M04A 1G01A 3ZT7A 4EE9A 2YL6A 5A6MA 2VI0A 4N42A 1QPKA 3MUAA 1ITCA 3QOKA 1V08A 1E4NA 2J7FA 4PSPA 4QDMA 2WBKA 1OGSA 1HP5A 1XD0A 3ZT5A 4UFIA 1SMDA 4ZXLA 3L2MA 4PMOA 3VIIA 5I0DA 1J0JA 2OSXA 4WIWA 4CCDA 4D6FA 4FK9A 1TE1A 1H2JA 3EMCA 4PUDA 1CPUA 4UQAA 3ZSTA 4MJ2A 3KEHA 5JBEA 1W1PA 4W93A 3QHNA 1UR9A 3WY1A 4W8AA 4HOZA 1W9DM 4HA3A 5E09A 1WDPA 1UR4A 5CZKA 4CU7A 1WPCA 3PZQA 3CGTA 1J0IA 5E9AA 3BSHA 4NF7A 3QOMA 3WFLA 2J8FA 4JIEA 2O9OA 3AOFA 1RH9A 2EQDA 2D2OA 2VX6A 1BG4A 1IZJA 4KGJA 2XVNA 5GQBA 1WZMA 4DUXA 2YIHA 1HXJA 2ZWYA 2OWXA 1E56A 1BGGA 2XFFA 1W9UA 3GNRA 2ZICA 2W5FA 4W8BA 3O6AA 3W82A 1QNQA 1XH1A 2CNCA 2G41A 4W7WA 1C7SA 3NUKA 3M46A 4ATDA 1PAMA 1BYBA 1V0NA 2YKKA 5A6BA 2ZUSA 2DSKA 2FDMA 2W92A 1A47A 2VO5A 3OA5A 1W9BM 1ECEA 1CBGA 1NWRA 1WKYA 1V3JA 2J8GA 4V27A 1QBBA 2CPUA 2TAAA 1N82A 1WZKA 1E15A 4FLSA 3W6LA 1BF2A 3KL5A 2JF6A 5A1AA 3BC9A 3NSNA 3ECQA 1KQYA 3POHA 1QNRA 3T2PA 2NT0A 5BYWA 3VPLA 3GTNA 4DUWA 1BYDA 5BXSA 3RM9A 5E6YA 3VMPA 3VGFA 3I3EA 3CUGA 3WEOA 5JUVA 2NT1A 3M7SA 4W7UA 1CGVA 4W86A 4AZHA 4C7DA 2DSZA 1RP8A 4JFTA 1W3JA 2Y8VA 5I6SA 4GKLA 2E4TA 1QI2A 3DC0A 1I1WA 5IFPA 1UHVA 1J0HA 4Y7EA 5FL0A 1OT2A 3EDDA 3U7VA 3VIJA 4MNLA 3CPUA 1J11A 2OSYA 1ISXA 2BY0A 1E6PA 4ACZA 3VD5A 4P7LA 1JAKA 3CZJA 3S6TA 3MV01 4BS0A 1C8YA 4JFUA 1B30A 1GJUA 1J0YA 3CHFA 1NOFA 2W62A 3AXXA 1E6RA 4UZSA 3UG5A 1GOWA 3A4XA 4UTFA 5ABFB 9CGTA 4M8UA 1KXQA 5ECUA 1GQJA 1C90A 1CXEA 3WNPA 4UQEA 3SCWA 2E3ZA 4AD0A 2D23A 4LYPA 1L0PA 1CENA 1D2KA 2CHNA 4QLJA 5A2CA 3SUSA 1BSIA 2YA0A 4AZGA 3OZPA 2BHZA 3WNMA 1ZU8A 1FFQA 1TG7A 1SFSA 3WD3A 1J18A 1B3VA 1FHLA 4JFWA 1B3YA 5A95A 1HF6A 1TVNA 4CVUA 2DIJA 1K9EA 1DTUA 4D71A 2Y4SA 1ZJAA 1UWRA 1LLOA 1WDQA 2ZX6A 5A8QA 3NIYA 3VIMA 1H5VA 4XZBA 4CKQA 1PPIA 3PTQA 2D20A 3UR7A 1VRXA 2PB1A 3RM4A 1GQLA 2QMJA 2CETA 1E3XA 1PIFA 3QHOA 1ITXA 3ZO9A 5AYBA 1JYVA 2BXYA 3OLIA 3II1A 1H09A 4QLKA 1E0VA 2WNWA 1IV8A 1CXLA 1ISYA 4FLOA 1KBKA 1UWQA 1GJWA 3NDZA 3SCQA 1PZ3A 2VQTA 2V3DA 1UKTA 3L4XA 3ARTA 1R7OA 4QAWA 1EO7A 3PZUA 4TUFA 3ZSSA 2D24A 3EMZA 5BRQA 2XHYA 4F9JA 1MQPA 1E3ZA 1UA7A 1QHOA 4KGLA 1E71M 4IPLA 3A3HA 3AYSA 3VKKA 4BA0A 4NZCA 4C7GA 2WANA 5A6JA 3MV11 4JHOA 4BQ3A 3WF2A 4AZ7A 3B8SA 2V3FA 4RE2A 3T0DA 3MU7A 3AYRA 4P8VA 1F4HA 2J77A 1R87A 1UYQA 1E6NA 2VVSA 3AHTA 1CDGA 4HA1A 1JZ3A 4B16A 1S46A 2F8QA 2J78A 4J28A 4A3YA 2OWCA 1K9TA 3SIMA 3FN9A 4HTYA 2VT0A 2NSXA 1DWGM 4GQRA 5AC5A 2YL5A 3VILA 1LWHA 3G6MA 1M01A 3RIKA 4AD5A 3J7HA 4M82A 2DDXA 3LPPA 2C0HA 2G3NA 4P8UA 3LMYA 5ABFA 1JFHA 2X2YA 3U7BA 1NWUA 3W27A 1DWFM 3L4YA 1UWUA 3WQVA 3N15A 2W61A 1ESWA 4IM4A 1ZBKA 1H0GA 1JF5A 2QPSA 3ZJKA 4CCEA 1V3HA 4WKHA 4M24A 1ODUA 2WPGA 3EYPA 3OG2A 3VDHA 2GDUA 4RL3A 3OGVA 3N1AA 3APGA 5LA0A 4J3SA 1NOUA 1MXGA 2WAGA 1V3IA 1TZ7A 1JDAA 1UD5A 4H8VA 1H41A 3N04A 1WNOA 3MS8A 3VMOA 1QBAA 3WF3A 3WBEA 1C92A 1CGWA 1DHKA 4UQCA 3WUBA 4D1IA 1HKMA 3GXDA 3WD4A 3OLDA 4WKFA 2G3JA 3GNOA 3CZ8A 3B9DA 2IXVA 1KR1A 1VEOA 1OBAA 3ZJ6A 4AZIA 2E40A 1OB0A 1ZBWA 4AC1X 1UQYA 1GQKA 2PWHA 3DYOA 3WDRA 1R8LA 1E1FA 5I79A 3AI0A 4KRTA 3WUEA 4HZ6A 4QLLA 7A3HA 4OUEA 5HOSA 1CZ1A 4PMXA 1HIZA 3T08A 2O9RA 4GZIA 3N17A 2DQXA 2PWFA 2WHLA 2WKGA 3WDJA 4AW7A 1IT0A 5BCAA 3AHZA 1V6UA 5GNXA 3BAJA 4U3AA 4GO9A 1V02E 1TR1A 2EBNA 3FNDA 1G5AA 4MNMA 2GK1B 1KWGA 2DH2A 3RJYA 1NOWA 3SCOA 3WBAA 4WK9A 2GSJA 3WQ8A 1C8XA 3T0AA 3BSGA 3L4VA 1JFXA 3CO4A 4L4PA 3WDIA 3WH9A 4PUEA 1LQ0A 3VGHA 1GHRA 1PEZA 5JIWA 2QV4A 1E0XA 2GJPA 3OBAA 3VVGA 1GVIA 4HPHA 3L4UA 2VRJA 2WVTA 3DECA 1QNSA 1W2PA 4OZOA 2CEQA 3SUVA 4CD5A 3SCVA 1FA2A 3GZAA 4PMVA 1CLXA 2UY2A 3KL0A 1NQ6A 1KBBA 3K1DA 1CXFA 3NSXA 2ZX7A 1KXVA 4LX4A 4DM2A 5A8OA 3L4ZA 4CD7A 2YA1A 3PZMA 2X0HA 4A3HA 2J7EA 3PN8A 1Q6DA 2Y8KA 1HJQA 1UKQA 1VBRA 3CMJA 4KRUA 5TD4A 1UD2A 2WM0A 3UR8A 4H04A 4J3UA 4HP5A 2E9BA 1ZS2A 3RJXA 1GOMA 1E6ZA 1EDGA 2XYLA 3TP4A 1UD8A 5CSUA 1BPLB 4P7QA 1V03A 5FL1A 4B9ZA 3AIEA 1VEMA 3VX0A 1CXHA 2J4GA 4GZJA 3EBVA 4P7RA 3ZR6A 4XV0A 5CGTA 3ARXA 2GVYA 3DHPA 1VEPA 5JBFA 1LG2A 3VM5A 5GNYA 4UQ9A 2DSUA 1EOMA 3AMKA 5A6AA 5FOOA 2WMHA 2AOSA 5HBFA 1BTCA 3HU7A 1OWQA 5JIPA 2IXUA 3WEMA 3SCUA 5D9NA 1HKKA 3MMUA 1I1XA 4PYSA 1V6WA 4OJYA 1K9FA 1OM0A 5I77A 3WMSA 2ZUMA 4FLRA 1RP9A 1JIBA 3F5JA 3PZNA 2ZX9A 1W2VA 4Z2GA 3VUPA 2XTKA 1J0KA 1V02A 2WCSA 1G1YA 2YDQA 1CGTA 1SR0A 2CBVA 2WVUA 3VD9A 2YDRA 3FAWA 4X0VA 1ISVA 5D4YA 4PTMA 3DYPA 3D3AA 2BY1A 3K4AA 4Q7NA 5DEZA 1W3LA 4W7VA 2V5CA 2WHKA 1CXIA 5JBDA 1CXKA 3CTTA 2BS9A 1X6NA 2PWEA 3THDA 2V3EA 4UNIA 2E8YA 4KWUA 5ABGA 3GH4A 2CXGA 3HMCA 2A3CA 2D0GA 2C7FA 1H3GA 2E8ZA 2CERA 2WMIB 2QHAA 4MDPA 2O92A 4JAWA 4W84A 3WL1A 3UERA 1VJZA 1JDCA 1EA9C 4JCMA 4J27A 4J3VA 4UQBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q4N X;  4BCE A;  2D1Z A;  3BAK A;  2G3I A;  3WQ5 A;  2OYL A;  5M5D A;  4OBS A;  1U2Y A;  1CGY A;  4PCS A;  4TOQ A;  4N0R A;  4TVU A;  4GI8 A;  1E1E A;  4XZW A;  1DED A;  2WMG A;  2FH6 A;  1XYZ A;  4B3L A;  3MSG A;  1EHA A;  5ABE A;  4CUC A;  2DT0 A;  1GZJ A;  3CUJ A;  3HN3 A;  4HOW A;  1E5J A;  4D6I A;  4CVW A;  1TUX A;  4DWS A;  3JUG A;  1B3W A;  2YL9 A;  1BLI A;  4ZEN A;  4P8X A;  3AXI A;  1HT6 A;  4U5I A;  2WVV A;  1XHG A;  3SUU A;  4J3X A;  3O2L A;  3OLE A;  1IZK A;  3W25 A;  1C7T A;  2VL4 A;  3PBG A;  3AZR A;  2WVS A;  3N18 A;  2W67 A;  2WWD A;  2VJX A;  1UKO A;  2BY2 A;  1VFU A;  4UOZ A;  2JF7 A;  3W0K A;  5CQ1 A;  8A3H A;  2EJ1 A;  2VUR A;  1GON A;  2VCB A;  2WMJ A;  1V6X A;  5I5R A;  3WEN A;  5AC4 A;  1GQI A;  1V3M A;  2WBG A;  2WCA A;  2VUY A;  4UFL A;  3PZ9 A;  3TTY A;  1OCQ A;  1EQP A;  1U30 A;  4AEF A;  2RGL A;  2OYK A;  4Z2L A;  3B9A A;  4MB3 A;  1JAE A;  3L2L A;  4JKL A;  1GOQ A;  3D5H A;  4CD4 A;  1HNY A;  2J79 A;  2DT3 A;  5KZ6 A;  1AQ0 A;  1QHZ A;  2VZV A;  4BQ5 A;  1UA3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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