1VQTA

Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase (tm0332) from thermotoga maritima at 2.00 a resolution
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
200
structure length
191
Chain Sequence
HHMTPVLSLDMEDPIRFIDENGSFEVVKVGHNLAIHGKKIFDELAKRNLKIILDLKFCDIPSTVERSIKSWDHPAIIGFTVHSCAGYESVERALSATDKHVFVVVKLTSMEGSLEDYMDRIEKLNKLGCDFVLPGPWAKALREKIKGKILVPGIRDVVTLEEMKGIANFAVLGREIYLSENPREKIKRIKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase (TM0332) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 62
structure length 191
sequence length 200
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vqtA00
2C13A 2HS8A 2TSYA 1TQJA 3GDRA 4B5NA 4K6AA 1S5VA 2Y7GA 2VELA 3NQ8A 1SO6A 2YGYA 3QMRA 3CB8A 3W7NA 3O8AA 3P82A 3I7RA 2QDHA 2ZRYA 2V2DA 5KINA 4X3ZA 4A2RA 2YFNA 4JIPA 4PL1A 3R8RA 3EWYA 3OEXA 4JY9A 2X2GA 3FKKA 1SO4A 1L6YA 3DFPA 5EL1A 4OQVA 2YW4A 4UFJA 3KVKA 1JRCA 3C2EA 3G1VA 1XFBA 3GAYA 4S2CA 3W1NA 3W7HA 3G22A 2GVLA 1DKWA 1XL9A 5D04C 5CZJA 5LSMA 2TYSA 2CWNA 4E2BA 3DHFA 3PF3A 1G7UA 2RH9A 1OFEA 1RR2A 3W2MA 4DPQA 3S9YA 4UNKA 5D30A 3IVTA 1XBZA 3GAKA 1EA0A 3B04A 3MBDA 3R12A 3B0PA 5DCEA 1D9EA 5BMXA 4ZL1A 4O1CA 5CPMA 3A21A 2VFEA 4CQAA 4K8EA 4UMCA 2G95A 4CNPA 3C2RA 3CWOX 2ZA3A 1TPEA 1EWEA 3LBCA 5HNRA 5LNSA 4DF0A 3QW3A 4A29A 5D09A 4LS1A 2RKXA 4ZQMA 4UCGA 3L5MA 5AC7A 1O95A 5LNRA 4HHPA 2AQWA 2DU2A 2J9YA 2WPBA 2DORA 4O57A 2NXIA 4JYEA 5FEPA 3C8FA 4K39A 5H2ZA 1HO4A 3E02A 3STEA 4C1LA 3OIXA 3R13A 4EVZA 3O16A 3FOKA 1S5TA 3HO8A 3LXBA 5DELA 5I3KA 1DV7A 1K7XA 1HG3A 2OT0A 6ALDA 3LCFA 3IIZA 3GNNA 3SGUA 1X6UA 3S5OA 4JTJA 3M1ZA 1R2RA 3EX1A 4JDBA 5AC6A 3MP5A 5HR7A 4MPQA 3T44A 5BRBA 5A5WA 5AHIA 1YDVA 1WBJA 1AW2A 2QCLA 2B7PA 2VC6A 1FWTA 4RV8A 4QAIA 4LVGA 7TIMA 3AJXA 1VH7A 2QJGA 3MW7A 3EXTA 2JKPA 2H8ZA 3F4WA 3I68A 3O63A 1ICQA 1EP2A 3N9RA 1FCQA 2C1HA 1GG1A 3PS7A 1TRIA 1P4CA 1LRTA 3FLUA 2Q3OA 3NQFA 2O7SA 3M44A 5FF7A 1VJIA 3C3NA 2WJZA 4Y9AA 4NQ1A 1GEQA 4BFAA 4E38A 1LROA 3BG9A 4O10A 1NF7A 5KZDA 5I3FA 3IV3A 3CEPA 4UTWA 2FPVA 3U8GA 4MY8A 4FXSA 3OBKA 3T4CA 4IMDA 1HFBA 3W7KA 1JULA 4WJEA 1KLZA 3NQCA 3LTSA 1QOPA 1EP1A 4JTHA 1LORA 1D3GA 4AB4A 1SPQA 1QCWA 4Q32A 1B4EA 4Z08A 3GDKA 3W73A 3HPXA 4O4VA 2QJIA 4OGZA 3IVSA 4IJBA 2GJLA 1WBHA 4XBSA 2GJNA 3LRLA 4UMAA 3TMLA 4A3UA 2ALDA 3E49A 4BWLA 3W7MA 3PSVA 3UWYA 1W5QA 4AHPA 3G8EA 3F4NA 3EX3A 1EPXA 3G1YA 4KFNA 3CLMA 3SI9A 2WV8A 3CC1A 4JNMA 1TTQA 2JKEA 2VFGA 3MHUA 3S8HA 3CPRA 2D73A 2Y89A 4UTHA 4NX5A 2V5LA 3GVGA 4MZ1A 4IX0A 3GK0A 3O6CA 3OVPA 2Y7DA 1P0KA 1SZGA 2WNNA 1A5AA 4PTNA 1QOQA 4YCOA 3UQNA 3NEVA 3NL2A 2DZSA 4ZQPA 2NZLA 4YLWA 5DXYA 3TIMA 2RFGA 1MXSA 3PWAA 4MJZA 3T40A 2E6FA 3W7QA 3W7RA 2CW6A 3R2GA 2QCFA 4RXGA 2ZA1A 3QQ1A 1J4EA 4LNYA 5F1UA 4TX9A 5HMSA 1FDJA 3G1DA 4H4IA 1U83A 1SW7A 5EY5A 2B4GA 3BW2A 3MBFA 1TV7A 4O52A 3GDTA 1P1XA 1LOQA 1W0MA 1IXNA 1OF8A 1EB3A 2ZDRA 4WY0F 4JR5A 1H7NA 1S3HA 3O07A 2H3BA 5G5IA 4RKAA 3TXVA 3MYOA 1N55A 3UY7A 3LHYA 2CLMA 2WSYA 2VEMA 4IXHA 3VCRA 1JUBA 4UNLA 3BLEA 4Q33A 1Z48A 2ABAA 1TPVA 1FXQA 3B03A 2E09A 1SO5A 2RDUA 1EEPA 1P5BA 2X1SA 1WDWA 1UJPA 5BMWA 1JUEA 1ME8A 5AYZA 1JRBA 4UXDA 3SIZA 3TQ0A 1SZNA 2A1YA 3VFLA 3P7YA 3MI3A 4E0CA 2A6LA 3EWWA 4R34A 4GJ1A 4PA8A 5A8GA 1KV5A 3AO0A 2LLEA 4TIMA 3U6WA 2YSWA 3MYPA 1KLYA 1AW1A 1H63A 4RXFA 1Q6QA 3PAJA 3ZR4A 3UYCA 2WOQA 3F03K 3WK2A 4LC6A 4CQ9A 3L5AA 3O06A 3TU9A 2Y6ZA 3G1FA 1VPXA 3S1XA 3WK1A 3W2UA 4EWND 5IM51 4FHAA 5D03A 5AHLA 4BWLC 4MKNA 1TQXA 2WNQA 3MHGA 3CQ0A 2BTMA 3MUXA 1L9WA 2YPIA 3QW4B 3GXTA 2AAMA 1QMLA 3FS2A 4QQ3A 3DKLA 4ZZ9A 1FQ0A 4IMCA 3A5FA 2QUTA 4JS3A 3NL6A 4JICA 4WXZA 3CM4A 2HMCA 1KBJA 2JK2A 3B06A 3MP3A 1BWLA 4PODA 5K4XA 1H60A 2NX3A 1C29A 1TPUA 4OBTA 1H7WA 1F5ZA 3LRMA 3W7JA 1ZFJA 2Y70A 1R30A 5FF3A 1KM0A 3QSRA 2NUXA 2ZTKA 1ALDA 1DORA 4P2VA 3A24A 2ABBA 5CSSA 2ZFAA 2CFFA 4X2RA 5CZTA 3GNDA 3QMTA 2Z0IA 3PBUA 5DBTA 1OYCA 1L6SA 1SO3A 2CZEA 4Z0JA 3N73A 4L4MA 4HPXA 4DXVA 2WKJA 5EBUA 4KWVA 3G1HA 5F2LA 1OX5A 3GX9A 2NV2A 3S1WA 1F05A 1NAL1 4PL2A 3ZS4A 1VYRA 4M19A 2WQPA 5F1VA 3W75A 2OX1A 1MEHA 1K03A 1H7XA 4OWGA 3WJSA 2FFCA 1EX5A 1PVNA 4FNSA 1OK4A 1KM2A 2A5HA 3RK8A 4M5PA 1NFBA 1OX6A 1AL8A 1VHCA 2Y7FA 4LVBA 4IPIA 2C18A 3W07A 3DAQA 3O6DA 1PHQA 3KFTA 5F4SA 5E1QA 1J2WA 3VNDA 3NPVA 1BKSA 4YXGA 1SSGA 3S5ZA 1GYLA 1ME9A 4NX0A 5CGQA 2PRMA 1YYAA 5KITA 4LOCA 4ICNA 5J5DA 3W84A 1FWWA 4Y90A 5DCBA 1G6CA 2W79A 4HSNA 1NSJA 2GOUA 3GR7A 5F2MA 4UFHA 3IIXA 2GVGA 2TMDA 4U28A 3S1UA 4XBKA 5LNWA 1JUKA 2QCMA 3NQAA 1PHWA 3EXRA 2F84A 1H5YA 4IQLA 2Z6JA 4A22A 2A7PA 3I65A 1W3TA 4O19A 3TW6A 3SSJA 1ZHAA 1P0NA 5CSRA 1KM4A 1D3HA 2JGYA 2YYUA 4UC5A 3MI2A 1PV8A 4HKPA 2VEPA 2PRLA 1LLZA 1FWRA 2ZZ7A 1TV5A 4YCPA 3JR2A 4IOTA 4O12A 3CIXA 1G4SA 4NU7A 2BX7A 1FWSA 1IIGA 2Q3RA 4H6KA 1I2OA 3C2FA 4N2YA 4WX2A 2FJKA 1SFJA 3G24A 1ME7A 4WOQA 3T55A 2V2CA 4FNQA 1XC4A 3P84A 3NQVA 1ZAIA 5CZSA 4JEQA 4XTDA 1DL3A 1IIHA 2GQAA 1KTBA 4O0ZA 4QISA 4N6EA 1T8XA 4ZMGA 5D2WA 2E6DA 3SFKA 3DENA 4RX0A 3TV8A 1OFRA 3W2KA 2YDAA 5LGXA 2Z1BA 1EWDA 2QCGA 2H6RA 3RLUA 1MSSA 4ZVJA 2DZTA 1OVDA 2CLLA 4AXKA 3Q58A 3PB0A 3BG3A 4WXYA 3E96A 5K7JA 2NUYA 1OFQA 3CTLA 1QPOA 2EHHA 1H7RA 1H62A 3C6CA 4M6QA 3W2LA 4QNWA 5FF4A 3GLCA 3NZ1A 5FI8A 4DEFA 1JCMP 3LV5A 1LBMA 2NXGA 2NWRA 3TNOA 1GTEA 3BW3A 4QSHA 1DHPA 2R14A 3LCWA 3NNTA 5FF0A 4JYFA 1C9DA 1QWGA 5G1YA 2E5BA 1XDLA 4FNRA 3M0ZA 1Z41A 3PVFA 4HN4A 3UY8A 4S2BA 4XZ9A 3FYPA 5G2HA 3YPIA 2ZZ2A 4JTIA 5LNUA 4K38A 1VCGA 1PCWA 1H7PA 1K02A 1K8ZA 3G1SA 3SY5A 5TIMA 1VQTA 2WO5A 2J6XA 2ZYFA 3W1AA 1RQBA 3HG2A 1OG0A 3NQGA 1FBAA 1XXXA 3CU2A 3S0CA 4QIUA 5HR6A 1WX0A 3FYOA 2QUVA 5AC8A 5C6MA 4MVAA 2P10A 3W7DA 2QCEA 4LRTA 1H7OA 2AGKA 2Z6IA 1VHNA 2ZBTA 4M7SA 4XQ6A 4NJHA 1MZHA 2OJPA 3BARA 1QNVA 3C2VA 4JTKA 5KZEA 3HBLA 4NXSA 2YR1A 1KM6A 2WNZA 1A5BA 1I45A 3L67A 2V9DA 3WJYA 4KFOA 4O13A 5D32A 1R46A 2QAFA 1Q6OA 2C3ZA 1G4TA 2H90A 4MUZA 1F2JA 1LLWA 3TW7A 1ICPA 3M47A 3QH2A 3KVLA 4ADUA 1QPNA 3W7PA 4AH7A 1U5JA 2ZQ0A 4NJJA 4CCCA 1ZJIA 3ABSA 1W31A 1VR6A 1MEWA 4UFMA 1WXJA 1E51A 3TFCA 1R2SA 1N7KA 3L21A 3UWQA 1FUYA 1JR1A 3P81A 3EB2A 4A21A 3M43A 4O4WA 1TJPA 4UTTC 4HT3A 4K37A 4UFKA 4DQWA 1IXOA 5FEZA 4EF9A 2JGQA 3QZEA 3I7SA 3PSWA 4Y8FA 5CPNA 3RMJA 3UNDA 4LWWA 1WAUA 1B4KA 3LCHA 3LOTA 1XDMA 3QRHA 2E1DA 1YTDA 3P62A 2ZCGA 3N14A 3W3OA 4NNBA 2P1FA 1K7FA 5K2ZA 2R91A 3ABRA 4MY1A 4UIOA 4JTSA 1I2RA 5KTLA 2GQ8A 1G67A 3NZRA 4DF1A 3M41A 4HIBA 3HGRA 4UUIA 3G8RA 4XWUA 4AWSA 3DKJA 2BWGA 2V82A 2R8WA 2PRHA 3MHFA 2QEZA 3KX6A 2ATSA 4GNJA 4BI7A 2E6AA 4GUGA 3TQKA 5DXXA 3KRZA 5F4XA 3W23A 1IF2A 4CNNA 1M7PA 1L6WA 2X1TA 3IEBA 4LV9A 1ADOA 3NDOA 4KWWA 5D2VA 1LBLA 4LY8A 4DBDA 3LDVA 2Y88A 1QPRA 2CLEA 5F4WA 3L9CA 3DI0A 5L9FA 3TXZA 3RU6A 3VE7A 4J9JA 1IXQA 3DFOA 3P74A 4ZQCA 5HWJA 4BI5A 1DQWA 2NX1A 2Y61A 3TFXA 2PURA 2YZRA 3L0NA 3OHIA 4O0KA 4GC4A 5DY3A 1RQEA 4WY0A 2VFHA 3PUDA 1KBIA 2QKFA 3PUEA 1F76A 3VKJA 3EX4A 4IMFA 3G0SA 2QUUA 4ORIA 3USBA 3P8JA 5KMYA 4JIQA 2Q8LA 1K7EA 4OHQA 3QC3A 4O50A 1YDNA 3Q94A 3I7QA 1I8JA 4IMEA 1OFAA 2CLIA 5T26A 4CLMA 2ZTJA 5C54A 3VE9A 1OJXA 5D2YA 2A85A 1GT8A 1G4PA 2QCHA 1M5WA 1T99A 2GPTA 3R5EA 4ZQRA 3RNDA 3W22A 1HTIA 2X1RA 4AHOA 4AF0A 4MLRA 4FXRA 4JTGA 3RFAA 4MOZA 2VENA 2OT1A 1VLIA 3W1XA 3EKLA 4DO6A 1X8FA 2VEKA 3LBMA 1AG1O 1KFCA 4XTIA 3SZ8A 3BGGA 4FNTA 4GWEA 3PULA 1M6JA 4D2JA 2W0UA 3STGA 2KZHA 1SZFA 3TC6A 1LOLA 3MP4A 4GFSA 3HGSA 5D38A 4UTMA 2EPHA 4UR8A 4NJIA 4QM1A 3W1LA 5HWMA 3LX9A 2FIQA 4O1AA 3TUUA 4LC8A 2WSQA 1MO0A 3NQMA 3LHUA 2XFWA 4IGHA 5C55A 4NNAA 4N9EA 3S1VA 1W1ZA 1A53A 4A2SA 5K9CA 4C1KA 5IBXC 2ZZ5A 2NUWA 1NVMA 1GVQA 1YXYA 3NL5A 4RZ4A 1KM3A 1UBSA 2F7FA 3LB0A 1J5TA 3PG9A 1QR7A 5DY2A 4LVDA 1ONRA 3QQ0A 3GXNA 3GDMA 1T0OA 5F2IA 1YTEA 1DJQA 4ONVA 2DZXA 5HUOA 1JCNA 5G2IA 5AHEA 1ZAJA 3HIJA 3L2IA 3EWXA 3G1AA 1LRNA 1TMHA 3FEMA 1B3OA 4OE7A 4UTJA 2CZDA 3DHDA 4GBUA 3W1PA 4BR1A 1KM1A 1XBYA 1TPDA 1JCLA 3MO7A 4JY8A 1Y0EA 2RHGA 4S1FA 3LRKA 4BI6A 5G1TA 4MJMA 4YWIA 2A7RA 3W2JA 2J88A 3M5ZA 3NO5A 4N9DA 1F6PA 3QF0A 2G97A 1R2TA 1UCWA 4AAJA 4DPPA 5D05A 5LGZA 4LTSA 1FWNA 1JCXA 5KZMA 4U4MA 2VXNA 3LCXA 3WFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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