1W2P | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	GLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHALVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNDYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio japonicus
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
total genus	132
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2004-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1w2pA00

3MMUA 5A8PA 2A3CA 4URIA 4AZCB 4JFUA 3S2CA 3VIGA 3CHCA 3F4VA 4PN2A 1JF6A 4AZIA 3GDBA 1V6WA 3BXWA 1ZS2A 2WKGA 4QFUA 5AC4A 3W0KA 4AD0A 4LGXA 4AW7A 3ZJ6A 1QI5A 5E70A 4UQCA 3VMNA 3UG5A 1KXQA 2J7GA 2UY4A 3POCA 4W5ZA 4TTUA 1XH2A 5HDRA 1L0PA 1TVNA 3MUIA 3FHAA 1PIGA 1UG6A 3UEQA 1BYCA 5KEZA 1CGUA 1W91A 4D6DA 2WC7A 3CUGA 5A2AA 1WP6A 1LL7A 3AHTA 5DF0A 1H41A 1GVIA 1GQJA 3M7SA 1VJSA 4ZFMA 2VOTA 2WNWA 1W9PA 2CESA 4CD6A 1VRXA 4JFSA 3WSUA 3WNLA 1D2KA 3OGRA 1MW1A 2VX4A 1WZLA 3W6MA 3PTMA 4W84A 4ATWA 1DWGM 3IJ8A 1OGSA 2DH2A 3RDKA 4BS0A 2BY2A 2YA2A 1W2VA 3GNRA 3SEPA 3HN3A 4D6GA 5DT5A 2XM1A 2BVYA 3FXYA 1P6WA 4UNIA 3WNKA 3WDRA 1QNOA 3OLIA 2WMKA 5FIPA 5HNNA 1V03A 3WNNA 4CVUA 3ZT6A 2X0HA 1B3WA 7TAAA 3VM5A 4U3AA 1J01A 1JGIA 3SUWA 1GONA 1W9VA 1LJYA 3MUAA 1LG1A 2O92A 4JHOA 2XSAA 1LWHA 3WNPA 3ZOAA 1RD6A 1DP0A 4WLCA 3VGGA 3WD2A 5FOOA 2G41A 5I78A 5DFAA 3AIEA 1QHOA 2G3MA 2WAGA 3SURA 5C71A 4FLOA 4BQ5A 4CN6A 4UOZA 4D6HA 3CH9A 4QP0A 5I5RA 3ZT5A 4ZXLA 1CENA 3ZIZA 4E8CA 3UETA 3BLPX 4MAZA 3WUEA 4HPHA 4J7RA 2VR4A 4J3WA 1NOUA 5EMYA 2ESCA 4X0NA 3AI0A 3BAKA 1C90A 2WVSA 2AOSA 1LF1A 4YN5A 1C92A 4PCSA 2CETA 4H8HA 2EPKX 3DYPA 1WNOA 5A8OA 3QOKA 2WC4A 2YDRA 1MWOA 1V6YA 1WDRA 2VL4A 1BGGA 3VUPA 1ITCA 1E55A 3NSXA 3WF4A 4R5EA 4RE2A 3DYMA 2E9LA 5E0CA 1UZ4A 4W85A 3BSHA 3M46A 1HL9A 2WHJA 1ZB5A 4X0VA 4ZXOA 3G6MA 3N9KA 3VIOA 4EK7A 4MB3A 3DYOA 1HJUA 2TAAA 2YA1A 1HKMA 1H5VA 2FHFA 2CBIA 3FN9A 2NT1A 4WIWA 2VCAA 3SCQA 3UERA 5IFTA 3VD4A 1C7SA 2YL9A 3NCOA 1E6PA 4B15A 1R8LA 2XVKA 3CUIA 2X8RA 1KQZA 2YL5A 4AZGA 3ZMRA 5D9OA 1KWKA 4UQBA 2OYMA 2O9RA 2VNCA 3VGFA 1D3CA 1W3LA 4PMNA 4A3YA 2VRKA 1K9DA 1DWHM 1JDCA 1QPKA 2BVTA 1AQMA 1OGGA 4PTMA 3SCVA 1EQCA 4TVUA 3L4WA 2D22A 4UCFA 1E0VA 1ZU8A 3VIHA 4D6CA 1J0IA 4DUXA 1V3LA 4P8XA 1E71M 2DT2A 1VIWA 1BG4A 5JIWA 4AXNA 4Q22A 4JKMA 3VDAA 1A47A 2Y4SA 3M6DA 4RE4A 1XD1A 1WO2A 1VBRA 4V2XA 1WZKA 3LPGA 1H49A 1UD6A 2J4GA 2YIHA 4H04A 4D1IA 1OT1A 1FFQA 2J7DA 3AMDA 2VVNA 3MO4A 1JI1A 4UQDA 3S6TA 1LL6A 5EFDA 5AY7A 3VDHA 3PZ9A 5DMYA 5HPOA 4S3KA 2X0YA 3WDIA 2OWCA 1K6AA 6A3HA 4ML4A 2VZUA 3AIVA 4HZ7A 4LX4A 4AMCA 2XIBA 1QBAA 4ZENA 4AZ7A 5BXPA 3WMBA 2D3NA 2J79A 5A6JA 2PBOA 1QHPA 3MUY1 4UQ9A 2BS9A 3SUVA 1FH8A 4KH2A 4MADA 1GQLA 1CGTA 1VEMA 4ACYA 1XYZA 3EBVA 2FH6A 1CXKA 3CHFA 1BG9A 1JZ2A 1OCQA 3RPMA 5FCZA 3VIMA 1KXTA 1UWQA 4PCTA 1YHTA 1UQYA 1PBGA 1UR2A 1CGWA 3IJ9A 2IXUA 1V3HA 1OD0A 1AQ0A 1ZBCA 2RGMA 3WH5A 1TVPA 3WD4A 1QOXA 4F79A 1E0WA 3OBAA 1PEZA 2ZUVA 2E3ZA 1CLXA 1UA3A 1LG2A 4J3UA 2WWDA 3BLKA 1UD3A 2XFFA 1MQQA 3QR3A 1KR0A 2WMIA 1RP8A 3VX0A 4EKJA 1JFXA 3CHDA 3K8MA 2X05A 3MMWA 4AIOA 1A3HA 1XSJA 1CPUA 3WDHA 2F2HA 3RILA 2XFYA 1F4AA 1QW8A 1KCLA 3EDDA 3WH6A 4OZOA 1MFVA 4BQ2A 3NSMA 3VNZA 3WEMA 3TTQA 1J0YA 1UD5A 5BRQA 1Z32X 5IHSA 1BFNA 1H0GA 3AICA 3ZR5A 2Q8XA 5I0DA 2BV9A 4U2ZA 4QLLA 3K8LA 1DEDA 3BMVA 4C7GA 4F9DA 4DM1A 4UZUA 2FGZA 2WCAA 3E1F1 1GHSA 1VB9A 2WK2A 3WD0A 3A3HA 1MXGA 4WKFA 1MQPA 1HNYA 4JL1A 3GM8A 1UKTA 1OIMA 2OWWA 4U5KA 2ZUMA 1HKJA 3BC9A 1JNDA 3U57A 2WMJA 2NW0A 4Z2HA 4JHZA 3VD3A 3DHPA 3WBEA 3CLWA 1J10A 4TX8A 1AQHA 1FHLA 2Y8VA 4L4OA 2ZX5A 4P8VA 2DEPA 1JDAA 3BAXA 2XFRA 2XGBA 3AZRA 1G0CA 3ARWA 1I1WA 2JEPA 4LXFA 2VTFA 2W4XA 2QHAA 4AZ6A 4TVCA 3W37A 1VENA 2W92A 4D6JA 4MDOA 4AC1X 3VIIA 3T2PA 5FD0A 4X9YA 1E4IA 1BLIA 3CUHA 2JFEX 2Z1KA 4BQ4A 2DSVA 3IK2A 3WD1A 1QHZA 3FY1A 3W6LA 3T09A 4CD7A 4WKAA 3GYCA 3B8SA 1EA9C 1KQYA 4TVDA 4MAVA 2WZEA 3AXHA 4OBSA 3WH9A 3RM8A 3L4VA 2DH3A 2Z1SA 1E3ZA 5D4YA 3NIYA 4QLJA 2JEQA 3W26A 2PBGA 2ZWYA 4BZYA 3WUFA 4UR9A 2V3DA 1KGUA 4CKQA 1EO7A 1KFWA 5CPSA 2J8GA 4HA4A 3O9NA 5A1AA 3ZSSA 3VGHA 5A2BA 3QOMA 1W3JA 2DDXA 4GI6A 2GSJA 1UH2A 2QMKA 4CVWA 3CZJA 4PUDA 3K46A 4PEEA 2E8YA 3AFBA 1E56A 3GTNA 3GH4A 2QLYA 1UR9A 4MB4A 4YPJA 1PZ3A 3WF3A 1CTNA 1NQ6A 2IUZA 2A3EA 3O2LA 1OWQA 4U31A 1MQRA 4HMDA 1SFSA 5ABEA 3GXIA 2O9TA 2WSPA 1C8QA 5I24A 4MPKA 3CIVA 3BAJA 2J75A 2WMGA 3PZVA 3T0DA 2EEXA 3WMSA 6CGTA 1OGBA 3CZKA 3AMCA 4MB5A 2DIEA 1BSIA 1B3YA 4HU0A 4J27A 4FK9A 1W1TA 5I6SA 1C8XA 3ARTA 5I2UA 1WB0A 2XHYA 3A4AA 1QW9A 3VKKA 2O9PA 1BHGA 2D0HA 2VZOA 3WQWA 1HX0A 2PWEA 4LQ1A 4CD8A 1GOQA 2BY1A 4P7NA 1M04A 5ABHA 3W24A 2ZX9A 4PMXA 2JF6A 3AHZA 4IPNB 1KBBA 2XGIA 4LYRA 1JZ5A 1H4PA 4D6IA 1XV8A 1RP9A 5CG0A 3WY1A 5JBDA 3AS1A 1VFUA 1C7TA 3FW6A 3L4TA 4IM4A 4TX6A 1C91A 3GXFA 5TD4A 4UFLA 1WAWA 2Y8KA 1BTCA 2WVUA 3SIMA 3VGEA 3WNMA 3D5HA 4FLRA 1M7XA 3T0BA 1NWRA 5CJ5A 5D8WA 4GKLA 3OZPA 1HP5A 4JIEA 4KRUA 1EDQA 4PMVA 2DPEA 4DUVA 1CWYA 3W38A 3RIKA 2BHUA 2WPGA 4LYPA 5IXEA 3ECQA 1HKIA 2G8ZA 2XWDA 4DWSC 5EB8A 1JXKA 2GJXA 1X6LA 1E72M 3A4XA 4JFTA 1B30A 3B9AA 3QHMA 4UFMA 4E2OA 1VFMA 2XVPA 4OJYA 2F61A 2XPKA 2G3JA 3DHUA 1ISXA 4KRTA 5E6YA 3U5UA 1MVYA 2WC3A 1W3KA 4MDPA 4D71A 2DSWA 3OIHA 1J11A 3AHVA 2ZIDA 2ZOXA 1WDQA 2IXVA 4MJ4A 1UWRA 1CDGA 3ARYA 1UQZA 4QCFA 5CPTA 3TONA 3OLDA 1MFUA 3AISA 5EFFA 4P8UA 3CTTA 3THCA 3CPUA 2FGLA 3ZQ9A 1U30A 4AZ5A 1G5AA 3WH7A 1R87A 1Q6FA 4BF7A 1US3A 2XVGA 3AZTA 1PX4A 4XB3A 2D0FA 3N12A 3PZIA 3WUGA 3AIQA 5I3DA 1UOKA 1DTUA 2XVNA 1QNPA 3SCOA 3NJ3A 3I3DA 1IZKA 1CXIA 2WW5A 4YHEA 1I1XA 1GOWA 2JALA 1JAKA 2GJPA 1QNRA 2YL8A 3SCWA 1E73M 5E9AA 1JDDA 2YLAA 2VJXA 5A6AA 4PMOA 3LPOA 1PIFA 3MSDA 4FLQA 3AHXA 4TUFA 1GHRA 3IAQA 1CECA 4KWUA 5GNZA 4C7FA 2J8FA 3LPFA 2OYLA 4AIEA 4L4PA 3WQ4A 2JIWA 3POHA 2DSKA 1OT2A 1JG9A 2VO5A 1ISWA 4JCMA 3SUSA 5CLTA 3WENA 2CKSA 1FP8A 5D9PA 1BYAA 5EBAA 1V3JA 5DO8A 3MSGA 2VZSA 3I3EA 1RPKA 1VFFA 1R7AA 2WLYA 3BAYA 3AIRA 2J47A 3CZEA 1HF6A 3T0AA 3EDFA 3LMYA 5BXRA 3ARQA 1V3MA 2J7BA 2V3FA 1XSIA 4QDMA 4CU7A 4MNLA 4MTVA 2ZE0A 1PAMA 1NOWA 1QVBA 1CGYA 3ARSA 3MMDA 3NSNA 4Z2GA 1VF8A 2YL6A 3N11A 1WDPA 4HA1A 4TTGA 1VFOA 3WMCA 4Z2LA 3CMGA 1G94A 2PWDA 3N15A 3ARRA 1QI3A 4PTVA 3VIFA 4XZWA 3GH7A 2VZTA 4WJXA 4XV0A 1HKKA 3AMGA 1YQ2A 3ZJ8A 3WL0A 1H1NA 4GINA 3NYDA 1UKQA 3W25A 1V3KA 1L8NA 3MANA 3WF1A 3AXIA 3BH4A 5BXSA 4MJ2A 3VD7A 3RCNA 3G6LA 1O7AA 2JE8A 2V5CA 4AIUA 2W91A 3WBAA 2WMIB 1WDSA 3CBWA 1BPLB 3L2LA 3PTQA 1UR4A 1W2PA 3UR8A 5A94A 3CUJA 1UH4A 5CXPA 1UYQA 2WM0A 1GVYA 2EPNA 1B3ZA 4JCLA 3QGVA 1E4LA 2A3AA 1JYXA 1UH3A 1V0LA 3OLGA 2EO7A 1HT6A 4P7RA 2C7FA 3AYRA 3ZR6A 3NUKA 2J25A 3L2MA 5GPRA 3B9EA 5CZKA 1UKSA 1UKOA 4D6FA 1E5NA 1SYTA 3PN8A 1UKPA 3ZT7A 3WQ8A 1EHAA 2BXZA 3I3BA 1UWIA 3N04A 3RJXA 8CGTA 5HOSA 4MNMA 2VVSA 5DEZA 1XD0A 4XZBA 4AISA 2YJQA 1NP0A 3CZGA 1FHDA 5BROA 4AY1A 1UD2A 4Z2IA 1JYNA 1E6NA 3UG4A 1K9TA 4OKDA 1ZJAA 1V0NA 4AD1A 4TXEA 2CXGA 5A69A 2UY3A 1AMYA 5JIPA 1PZ2A 1E3XA 1DWJM 1FP9A 1XYFA 3SUUA 1U33A 3PZNA 1W9UA 1EH9A 1H2JA 3B9DA 1HP4A 1JZ3A 3KEHA 2YOCA 1V08A 3MKKA 1MW0A 3L4UA 3WF0A 4U5IA 2WANA 3WEOA 4QCEA 4HTYA 4AEFA 1BAGA 3PZTA 3W82A 2VX5A 2GDVA 1FOBA 1EDTA 3BGAA 4ATLA 4FMVA 2NSXA 2G4FA 4CD5A 1C8YA 1J0KA 1CIUA 2V5DA 2W67A 2ZUSA 1Q4NX 4H8UA 1WKYA 1CNVA 2CNCA 3VM7A 3TTYA 4UTFA 4ZE5A 1J9YA 2CHOA 2YBUA 2ZUWA 4OUEA 1JYVA 3VD9A 1S46A 2JF7A 3D3AA 1V02A 2PWHA 1XSKA 3ARPA 1JD7A 2VC9A 4J3VA 3O6AA 2XUCA 3VO0A 3ZM8A 3N1AA 1D7FA 3ARZA 4W7WA 2XVLA 1JL8A 1KGWA 2HVMA 3L4YA 5LA1A 4PTWA 4ATDA 1MW3A 2BFGA 3VOCA 4E4PA 1BVZA 2BHYA 3L4XA 4BQ3A 5DT7A 4DWSD 4PMYA 2BHZA 4W93A 4CU8A 5A6LA 3IANA 5GNXA 4Z2KA 2WXDM 3FAWA 1GCYA 4PMUA 4PMQA 1W9DM 1QI4A 4R27A 1TA3B 1PX3A 3W27A 3IJ7A 4AEEA 5I77A 2VI0A 1CXLA 2VZVA 3KL3A 4CUCA 3SCUA 1VJZA 1JZ8A 4IUGA 2O9OA 1B31A 2PWGA 4HZ6A 1W9XA 3F5LA 5A95A 3WDJA 1NWTA 7A3HA 4GXPA 4M8UA 1WE5A 5BYWA 3AIWA 1EHNA 3GH5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2WBG A;  4MNK A;  5JBF A;  5CGM A;  1K9E A;  2W61 A;  3GNO A;  2CYG A;  2C8N A;  2ZXB A;  1X6N A;  3WIJ A;  3KL0 A;  3VIJ A;  1OIF A;  2ZXQ A;  4FLS A;  2X2Y A;  4UFJ A;  3AJ7 A;  4JKK A;  2FH8 A;  3UG3 A;  1HVX A;  2D2O A;  2RGL A;  1XCW A;  2EBN A;  4B9Z A;  4W88 A;  4S3J A;  4AD2 A;  3TOP A;  1PJ9 A;  2ZUN A;  3RME A;  1TE1 A;  3A4W A;  2W63 A;  2DIJ A;  4MB1 A;  1JZ4 A;  3AS3 A;  1UR8 A;  3BCF A;  1ZBK A;  3GXD A;  2DGA A;  5KZ6 A;  4HOW A;  1E6R A;  4J3X A;  3N18 A;  2YKK A;  1KCK A;  1FFR A;  1FH7 A;  2G3I A;  4HME A;  2QPS A;  2WMF A;  3WQ5 A;  1KGX A;  4DWS B;  1JNE A;  2PI6 A;  3RM4 A;  3A6O A;  3W4R A;  1HJS A;  2D1Z A;  1ISZ A;  3WKZ A;  2X09 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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