1W32A

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
GLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHALVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNNYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
total genus 136
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w32A00
3W38A 2XUCA 3AZSA 3WKZA 1QI4A 4DWSA 4R27A 5HPCA 1LLOA 2X0YA 2WC4A 1GQLA 1KGXA 4J3VA 1JZ2A 3VTRA 4B3KA 4HOZA 2E4TA 3BXWA 3AHTA 4WSKA 2EPOA 3RCNA 1V3MA 1OGSA 4W7UA 1ECEA 2NW0A 1TUXA 3AICA 3NDZA 1E6SM 1Y7VA 2W66A 4AEFA 2EXOA 3WQ5A 3DYOA 1K9EA 3WUFA 3A47A 1ODUA 1HXJA 4PN2A 5CLWA 3APGA 1B31A 1NWRA 4OOZA 1W1PA 2FGLA 1NWUA 1J11A 3CZKA 2C0HA 3EYPA 3VIFA 3VIKA 4WF7A 2WLZA 2G3IA 1XD0A 2WVUA 3I3DA 4CU7A 1QHZA 3GH5A 5A8QA 2OLHA 1KBBA 3M07A 1PEZA 1W2VA 3ARYA 1VFOA 4W8AA 1FFQA 3UG5A 4CKQA 3CUGA 1D7FA 4AIEA 1OGGA 3BMWA 1CGWA 1EDTA 2ZUVA 1R8LA 2WB5A 1VIWA 5GPRA 2QV4A 5ABFB 1XCWA 3D3AA 2DT3A 4WKHA 4UR9A 1WDSA 3DYPA 7CGTA 1CNVA 3AHVA 4IUGA 1GQJA 4CCDA 2WPGA 3W28A 3OGVA 4ZFMA 1WZKA 1JXKA 3G6MA 5CSUA 3OZOA 5CQ1A 1K9TA 1CXKA 1EXPA 2VZVA 3WH6A 1E3XA 2D22A 2V5CA 4PTXA 1JGIA 3WF2A 1U30A 2BV9A 1ZBWA 1VEMA 4KRUA 3VU2A 3CMGA 2CKSA 3VIOA 3ARUA 5BYWA 3W82A 1XRVA 2WMFA 3ARZA 3BAWA 3CZJA 1JNDA 3VIHA 2UY4A 3GBDA 1UHVA 5CPTA 3PZVA 5I78A 1IZKA 1EQCA 2BXZA 3W25A 1CLXA 3ZT6A 5E6ZA 1BVNP 5JBEA 3U7VA 2E9MA 3VMOA 4W8LA 6CGTA 2GJXB 1GJUA 1E15A 5A6BD 3VD3A 1UWIA 2CYGA 5A8MA 3MMUA 1JYXA 2YL5A 1OD0A 2ZX8A 4OOUA 5FD0A 1GQKA 4S3KA 3DHPA 1UD8A 4MB3A 2WHJA 1KCKA 4AZCB 3WH9A 4M8UA 5ABGA 3PN8A 2E9BA 3BAKA 1MWOA 4UOZA 2OWXA 1ISWA 5HNNA 2CESA 4NI3A 4D1JA 5D9MA 3SCUA 2JIWA 4GZIA 1MQRA 1NH6A 4ATLA 4AXNA 2CHOA 2DSVA 1JYVA 2WWDA 2XVNA 1W1VA 5E09A 2FHCA 1B3YA 4QDMA 2OWCA 3BAIA 3L4UA 1BG4A 1TE1A 1J0JA 2Y2WA 4C7DA 1MQQA 3WNLA 1HJSA 3FHAA 1A3HA 2V3EA 5M03A 3TTYA 3BLKA 1JNEA 4Z2IA 4H8UA 2VZSA 3GTNA 5I6SA 5AC4A 2PC8A 3LPGA 3IAQA 1CGYA 1XV8A 4PSPA 4HMDA 1V6VA 1HL8A 3IJ9A 1L0PA 3W27A 4AD4A 3AS1A 1EO7A 4H2CA 2YLLA 3WMBA 4J7RA 4PTMA 3ARRA 1PX4A 4V28A 5BXRA 4D6JA 1WCGA 1XH0A 2YBTA 4JKLA 3WQ4A 1C7SA 3NIYA 4P7QA 2E8YA 1C93A 2BHYA 1E72M 3AS0A 1WZLA 1XGZA 1LF1A 4PRWA 1KWGA 2PWHA 2WMHA 1RP9A 1BSIA 2WSPA 4FLQA 3VOCA 2BVDA 4R5EA 3VX0A 3W81A 3IANA 2QHAA 2YBUA 3WUGA 2YDQA 1WAWA 2VX6A 1C90A 1CWYA 5JUVA 3WDRA 5HXMA 3AYSA 3QR3A 1IT0A 3QHNA 5ABEA 1PZ2A 3WFLA 5D9PA 1C8XA 3EDFA 1KR0A 1JI2A 2G8ZA 1BAGA 4F79A 3T0DA 1ZS2A 2Y4SA 5E70A 3NYDA 4HZ7A 3SCRA 4XB3A 4HPGA 3SCSA 1WPCA 4P8UA 4HA1A 5I2UA 4PYSA 1ISVA 2YLAA 1CZ1A 1JI1A 3QGVA 2ZXAA 1U2YA 2D20A 5JIPA 3KWXA 1MFVA 3HU7A 4AZ5A 2VZTA 1LL7A 4BQ2A 1JZ8A 4CU8A 3UCQA 2EPKX 1KB3A 3CZ8A 5A2CA 4B15A 3AQUA 5CGTA 1EOKA 4EANA 1E6NA 2YJQA 1W9DM 4WJXA 3WEOA 2ZXBA 2J8GA 1MVYA 2VQTA 4Z2KA 4TVDA 4OZOA 1WDRA 4M81A 4CCEA 1B1YA 3T09A 1E4LA 4ATDA 3FY1A 2G3MA 4OBSA 2Q8XA 4HZ8A 4UQBA 5JIWA 1HX0A 4QP0A 4ACZB 7A3HA 3AIWA 4J3TA 4EAMA 1FHDA 1UOKA 3AIVA 4JHOA 4PMDA 4DUWA 3MUAA 2YL8A 4X9YA 2XHYA 5DO8A 1M03A 4QAWA 5I5RA 3UEQA 3SCQA 5EBAA 1B9ZA 1W3HA 4JKMA 1GOKA 4HP5A 2OYMA 1DWAM 2VOTA 3WELA 2V5DA 1XH1A 2ZICA 2PBOA 1AVAA 3VDBA 5FOOA 4MNKA 3NSMA 3I3EA 1ISXA 4AD3A 3AS3A 4P7RA 1TA3A 2DT2A 2D2OA 3VD9A 2YDRA 3OLGA 2V3GA 3AZRA 1BFNA 1UKSA 2OYKA 5EFFA 4GZEA 3M6DA 4TXEA 3WF1A 2VR4A 3SCWA 4KH2A 4WSJA 2CCRA 4YN5A 3VIIA 3GNOA 1J9YA 4AIUA 2V38A 2DT1A 4KMQA 4HOWA 1UYQA 4D6EA 4AZGA 3W26A 1S46A 3UETA 2DPEA 3F5LA 1FH7A 1HNYA 4UQEA 4P7OA 4PUEA 4F9JA 3RILA 2W5FA 4UQCA 1J12A 1KGWA 3AMKA 1SR0A 2PWFA 2XIBA 4W5ZA 4QLJA 3VM7A 2GUYA 3L4WA 1HJQA 1DHKA 2YDSA 3OG2A 1CTNA 4LPCA 2E9LA 3M7SA 1E4MM 2JF6A 3AXXA 1E6ZA 3W4RA 2PWEA 4TTUA 4HZ6A 5BWFA 5IHSA 1E56A 4MNLA 2GK1B 1LWHA 1Q4NX 3QOMA 3EMZA 3VDAA 2G3JA 1H49A 3WUBA 3IAPA 4GQQA 1UWUA 4JFTA 1M01A 1TCMA 3DHUA 1G9HA 1UQZA 4GI8A 1GCYA 2WCSA 3RIKA 1BHGA 1QBAA 2DSKA 1E6RA 1W2PA 1QI5A 4W93A 3RJYA 3W6MA 3CTTA 3VM5A 2ZUUA 2XSAA 1PZ3A 4QFUA 2G41A 1TVPA 2J47A 1WKYA 3POCA 1EIBA 2WZEA 3RMEA 1BG9A 4H7VA 2D0FA 3OGRA 5BXPA 2J78A 1EA9C 1I1WA 1DWFM 3FHQA 1QNRA 3AIQA 3OLEA 3CUHA 3MSDA 1W3LA 3SIMA 3D5HA 5BRQA 1C8QA 3ALGA 1W32A 3GXIA 2B31A 5AC5A 3PZMA 4URIA 4J3SA 3ZM8A 1UWSA 4H41A 3WMCA 1LG2A 3ARPA 4J27A 3KL5A 4UQAA 1FH9A 5F7UA 3WDPP 4QLKA 4MNMA 1HL9A 4GINA 1X6LA 4JZ5A 3BCDA 5IFPA 4NZCA 2FHFA 5ABHA 3WENA 1R7OA 1H0IA 4FLSA 3ZSSA 2QLYA 1W1TA 5E9AA 4LXFA 2V3FA 4JIEA 4AY1A 4W85A 4N0RA 1CGUA 4UFKA 1G1YA 1UWRA 1ZJBA 3O2LA 4JCMA 1HVXA 2WAGA 3U5YA 4YHEA 2J8FA 1G5AA 3A3HA 1KXTA 3BSGA 1VRXA 4DM1A 2VC9A 3WY1A 3PZUA 2VUYA 4CN6A 4AD1A 1C92A 2VTFA 1JFHA 1G01A 1V3KA 2F61A 1GOIA 3OLIA 1UKOA 3FAXA 4U3CA 4JHZA 1JDAA 1OSEA 1FP9A 3AHYA 2HISA 2VO5A 1KFWA 3IJ8A 5D9OA 1NARA 1QI2A 2EJ1A 1B3VA 1BF2A 3SUWA 3S6TA 4ML4A 2WK2A 4BCEA 1QNSA 1RD6A 2YA1A 4AZIA 7TAAA 3SCTA 5A6LA 1GOMA 3WD4A 4PMZA 3MV01 2ZWZA 1VAHA 2E0PA 1UH3A 3UG3A 2GSJA 2VZOA 5LA2A 2XGIA 3W24A 1AQHA 4EE9A 2WHKA 2WZIA 4D72A 1JYWA 1HKMA 2YOCA 4NF7A 1UKQA 3FN9A 1OBAA 1C7TA 3MU7A 4CCCA 1YQ2A 3PTQA 3AOFA 2VR5A 2WSKA 1JZ5A 4F8XA 3GXFA 2XM1A 3EDJA 4PSRA 3T2PA 1QNOA 3GBEA 1XC6A 1CEOA 2J77A 3WDJA 1ZB5A 1UD3A 4BS0A 2EPNA 3O6AA 4A4AA 2VZUA 4KWUA 2ZX5A 4U33A 2G3NA 5EB8A 4MJ4A 4M1RA 4F66A 2DIEA 2VCCA 3SCPA 3WN6A 3WBEA 1KGUA 4E4PA 4WLCA 3AJ7A 2WKLA 2QMJA 1GNXA 3GNPA 4JKKA 1OB0A 4A3HA 4PEEA 1UD4A 4FMVA 5EFDA 1E70M 2XGBA 4PCSA 2TAAA 1B0IA 2WVVA 1BYAA 3W0KA 5CZKA 4BF7A 2VVNA 1VBUA 1BQCA 1BYCA 2FGZA 3ARVA 3OIHA 1VF8A 2NT0A 2Y8KA 1QPKA 1FA2A 5KZ6A 1EHAA 3GYCA 2WW5A 2JFEX 3N18A 4MPKA 1JD9A 4Z2HA 2UY3A 1CLVA 1OIMA 2WKGA 4V2XA 4Z2GA 2GVYA 3VD4A 5HOSA 5A6SA 3VNYA 3ZJ8A 2W61A 1KBKA 1ZL1A 1UQYA 2WMIB 3AHZA 1NOWA 2ZOXA 2QMKA 5A8NA 3L4XA 4KGLA 2Z1KA 1UH2A 3A6OA 1EDQA 2BHUA 3VGBA 1BPLB 3PZ9A 3WQ8A 3SCNA 4FK9A 2VJXA 1V3IA 3T08A 2WCAA 1OD8A 3RDKA 4J3UA 3WF3A 1PJ9A 5I24A 1OIFA 3AMLA 4K68A 1W9PA 4D6DA 3CHFA 1W9XA 1CIUA 4AW7A 4ZE4A 1GHRA 1ZJAA 3WD1A 3HN3A 2ZX6A 3NUKA 1X6NA 1BGAA 2PI6A 3DC0A 2CBJA 2XWDA 3BAJA 3T2OA 2VL4A 1NP0A 4J28A 1ZBCA 1E1FA 2BNJA 3ARXA 3WQVA 3VIGA 5E0FA 2UWFA 4CD5A 3KEHA 1US3A 3CZEA 1D2KA 3N04A 1AQ0A 2BVYA 4D6GA 3L2LA 2DIJA 2XIIA 3NCOA 2DT0A 4EK7A 4D6HA 3N13A 1A47A 3AHXA 2OYLA 5D4YA 1IZJA 4QLLA 4JL1A 4FLRA 1UR8A 4KGJA 1OCQA 1Q6FA 1CXFA 3A4WA 3K8LA 1W9UA 2J7BA 4PMUA 1HP5A 1JZ7A 1SFSA 1SMAA 4CU6A 1GOWA 4FF5A 2CBVA 5ABFA 3CHDA 4EKJA 2BFGA 2JALA 3T2QA 1HKIA 2ZE0A 1TR1A 4PMYA 1FHLA 1V08A 1VEOA 2O92A 1XHGA 4HPHA 3RPMA 1WO2A 4MDPA 1GUVA 1PX8A 1UKPA 4GI6A 5DEZA 2D23A 3AMDA 1XH2A 1XYZA 1C91A 1NWSA 3JUGA 4W87A 4W7VA 3WSUA 1LL4A 2DH3A 3QHMA 1UR0A 2YA0A 3N12A 1CENA 5A6BA 2X0HA 3CPUA 3WDIA 4FLOA 3WF4A 2X1IA 4D1IA 4JFSA 1ESWA 3MMDA 8A3HA 1LQ0A 1UA7A 4CVWA 5A1AA 2CXGA 2J74A 2BY1A 2W63A 2UY5A 2WWCA 5DF0A 3TTQA 4CUCA 1UH4A 4UQDA 1UZ1A 4IISA 1H41A 2D3NA 4NSBA 1D3CA 1ODZA 1PBGA 3HMCA 4J3WA 4GKLA 2E3ZA 5A6MA 1FOBA 3VGGA 2IXVA 2BS9A 4W8BA 4UOJA 2CBUA 1EDGA 4UFLA 1JD7A 1JF6A 5JBDA 3AXIA 1B3WA 3M46A 2IXUA 5A6JA 3KL3A 3OB8A 1GONA 2UY2A 2AAAA 4DUVA 1J0HA 4Z2JA 1DWHM 2GJXA 5FL0A 1PIFA 2D0HA 2WMIA 1JFXA 2VRKA 1MW2A 2J62A 3FAWA 3K8KA 2Y24A 2J7HA 4CVUA 2JE8A 3UESA 1KXHA 3VIMA 1EHNA 4GIAA 3CH9A 4BZYA 4PMNA 1QW8A 3ARQA 4AZCA 1DWIM 4IM4A 4H8VA 4LYRA 4DUXA 1GJWA 3CUIA 3ZO9A 2VX7A 4L4OA 1TZ7A 3WMSA 1H4PA 4W89A 5KEZA 4GZJA 1GW1A 1TFVA 3PHAA 3VIPA 5I3DA 2ZUTA 2DSWA 1IV8A 3MO4A 1LL6A 4XUYA 1UR9A 1L8NA 1CGTA 2WVSA 1H09A 2PWDA 2WHLA 5M3WA 5E0CA 2JEQA 4HU0A 5C71A 1EO5A 3CMJA 4M24A 2OSYA 2A3HA 3L4YA 3VMNA 4GXPA 4W7WA 3VO0A 2WANA 2DQXA 2WMJA 1DWJM 2J75A 2W91A 3PZNA 5GQBA 1E55A 1F4AA 4UFJA 1CXHA 1XSKA 2WMKA 3THDA 2FDMA 1FFRA 1UWQA 5GNYA 4D6IA 3CGTA 1R87A 4AZ7A 3WNNA 3WD0A 2XJ7A 4OBRA 4BA0A 1ZU8A 3ZIZA 3ARTA 3S2CA 3TONA 4W88A 2PF0A 3W6LA 3BSHA 4CGTA 3VMPA 4TUFA 1KQYA 2D0GA 2VCAA 5D8ZA 1KQZA 3FNDA 2E8ZA 1K9FA 1E40A 3OA5A 5BXSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W38 A;  2XUC A;  3AZS A;  3WKZ A;  1QI4 A;  4DWS A;  4R27 A;  5HPC A;  1LLO A;  2X0Y A;  2WC4 A;  1GQL A;  1KGX A;  4J3V A;  1JZ2 A;  3VTR A;  4B3K A;  4HOZ A;  2E4T A;  3BXW A;  3AHT A;  4WSK A;  2EPO A;  3RCN A;  1V3M A;  1OGS A;  4W7U A;  1ECE A;  2NW0 A;  1TUX A;  3AIC A;  3NDZ A;  1E6S M;  1Y7V A;  2W66 A;  4AEF A;  2EXO A;  3WQ5 A;  3DYO A;  1K9E A;  3WUF A;  3A47 A;  1ODU A;  1HXJ A;  4PN2 A;  5CLW A;  3APG A;  1B31 A;  1NWR A;  4OOZ A;  1W1P A;  2FGL A;  1NWU A;  1J11 A;  3CZK A;  2C0H A;  3EYP A;  3VIF A;  3VIK A;  4WF7 A;  2WLZ A;  2G3I A;  1XD0 A;  2WVU A;  3I3D A;  4CU7 A;  1QHZ A;  3GH5 A;  5A8Q A;  2OLH A;  1KBB A;  3M07 A;  1PEZ A;  1W2V A;  3ARY A;  1VFO A;  4W8A A;  1FFQ A;  3UG5 A;  4CKQ A;  3CUG A;  1D7F A;  4AIE A;  1OGG A;  3BMW A;  1CGW A;  1EDT A;  2ZUV A;  1R8L A;  2WB5 A;  1VIW A;  5GPR A;  2QV4 A;  5ABF B;  1XCW A;  3D3A A;  2DT3 A;  4WKH A;  4UR9 A;  1WDS A;  3DYP A;  7CGT A;  1CNV A;  3AHV A;  4IUG A;  1GQJ A;  4CCD A;  2WPG A;  3W28 A;  3OGV A;  4ZFM A;  1WZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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