1W3HA

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
SPGLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHTLVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNNYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
molecule tags Xylanase
source organism Cellvibrio japonicus
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
total genus 137
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w3hA00
1MFVA 1OCQA 3TONA 3VGBA 1KBBA 4M80A 2RGLA 3AYSA 3MMDA 1E6SM 4ZXLA 4HTYA 4EANA 1HJSA 2ZX6A 1UWQA 3ECQA 1GOWA 1NP0A 1UWSA 4CUCA 1GW1A 5A6LA 4XV0A 2D0GA 1I1WA 4WKAA 3NSNA 2XGIA 2JF6A 1E4MM 2V38A 1V3JA 2OYKA 3WKZA 3CPUA 2D0HA 1FH8A 1KBKA 1I1XA 1VEMA 5HXMA 1QI2A 1X6LA 3N17A 4V2XA 3FW6A 2VNCA 1W3HA 3RM9A 4Z2KA 1JYXA 1E55A 3BCDA 3K8LA 3QHNA 2UY4A 4AD5A 4BQ3A 4V28A 5A1AA 3F4VA 3VOCA 3EDDA 3PZGA 4XB3A 1VAHA 2D23A 2W63A 1B31A 4UNIA 3RO8A 3UERA 4OZOA 2WWDA 1CENA 2ZUWA 3FNDA 3SUSA 4JKMA 3WNPA 3WH6A 2VVNA 1QNOA 1TFVA 2DIEA 2YL8A 2ZX7A 4QAWA 4ZXOA 2WHKA 3AOFA 1ISYA 2XGBA 5A3HA 1BQCA 3ZJ8A 4B3KA 3VIKA 3EBVA 4DM1A 1E43A 3I3DA 4CCDA 4JKLA 2GFTA 1J11A 4GQQA 4M29A 1AQ0A 2WWCA 2ZIDA 2F8QA 2YA1A 3UESA 4M56A 4LYRA 1CLXA 3IAPA 4B3LA 5EMYA 4MNJA 1BG9A 3ALGA 5ABFB 2E9LA 1ZJAA 3WNOA 3PZQA 1RH9A 3LPFA 1B9ZA 3VIMA 2GJXA 1BG4A 4H41A 1C90A 2W5FA 5D8ZA 4W93A 1WB0A 3CLWA 5JUVA 2YLLA 1Z32X 3KEHA 2J79A 4CN6A 2PWDA 1QI3A 1CECA 1W9VA 3WQ5A 1AMYA 3FN9A 1J0YA 3IAQA 1UZ4A 2OWWA 4MJ4A 4PMNA 1QHOA 3EYPA 2DSUA 1IT0A 1LWJA 3ARRA 2YBTA 3NSMA 4M81A 3T0DA 1E0VA 5GNYA 1PIGA 4L4OA 5JBFA 1B0IA 1FFRA 1B3YA 3U7VA 2VR4A 3K46A 2X05A 5M17A 4CD6A 1PBGA 5LA1A 3TTSA 2J47A 2X09A 1CTNA 1K6AA 3WSUA 1WZMA 2FGZA 1KXTA 1BGGA 4AY1A 3WH7A 2W92A 4MAZA 4QCFA 1CPUA 5I2UA 3OGVA 1KCLA 1J0JA 1PX8A 4D1JA 4HOWA 4U2YA 2J8GA 4AC1X 4PCTA 1E73M 4W8LA 3A6OA 4P8VA 1DWFM 2E4TA 1I75A 2A3CA 5EFFA 4J3UA 4MB3A 4AZ7A 2F2HA 4J3SA 4DWSD 4OKDA 4PMUA 2XPKA 3SCSA 4Z2LA 1B3ZA 2FGLA 3VPLA 1MW1A 5GQBA 1UG6A 3T09A 2ZUNA 2WMJA 3A47A 1E6XM 4JL1A 1ZB5A 1HT6A 1U2YA 2WANA 3AMLA 4KWUA 2VX6A 3K4DA 1TE1A 3AIUA 3ZSSA 3F5KA 3CMGA 2OYMA 3PZMA 4W88A 5A6AA 5I5RA 1KWKA 1E4LA 1BHGA 2BNJA 4UQAA 9CGTA 3CTTA 2ZUUA 1HJXA 3MV11 4U3AA 4AWEA 4ACZB 2GK1B 1OM0A 3SCPA 4D1IA 3O2LA 4LQ1A 3IJ7A 1BTCA 1QOXA 1UWIA 1OIMA 3T0AA 4CU7A 2YL6A 3IJ9A 3SCVA 4WKFA 2O92A 2VJXA 2VVSA 1JXKA 3WDQA 1KFWA 1DTUA 2W4XA 4HMCA 2WVSA 2C0HA 3SCNA 4TVDA 1K9EA 4C7DA 5CPQA 1H49A 5ABHA 2X1IA 1C8XA 1CGWA 3N04A 4HZ6A 3I3BA 1GQLA 1W1TA 1C91A 3GM8A 1UR8A 2EQDA 3T2PA 3AIEA 3CZJA 5CLWA 5F7UA 1JD9A 3L2LA 5CJ5A 4PTVA 4GZIA 3WEOA 1HNYA 4A3YA 4UQDA 3WENA 1E1EA 1KB3A 3M46A 5ABFA 2FHBA 2YA2A 4HMEA 3W25A 2J7DA 1E3ZA 1EIBA 5CPTA 3L4UA 1R8LA 5HOSA 3TP4A 3TOPA 2XYLA 1FP8A 3T2OA 1JDDA 1ZL1A 2OSYA 3HU7A 3MS8A 2VQTA 3MV01 2EPNA 3QHOA 4HP5A 4U33A 1EDGA 1VENA 3WUEA 3DHPA 4MPKA 3A3HA 3AXXA 4P7LA 2WC3A 3ZT5A 1UUQA 1M7XA 2ZXQA 3ARVA 2XVNA 1UHVA 4C7GA 1HKIA 3W27A 4QFUA 3CHEA 1UYQA 3RDKA 4TTUA 4NF7A 2J7GA 1NOFA 3OGRA 3UR8A 3AIWA 3ARWA 3DHUA 1NOWA 3WNKA 3OG2A 1BPLB 2VZTA 3AMGA 1VIWA 1E5JA 2E8ZA 2DIJA 4Q7NA 4Q22A 3AZRA 1WCGA 4JFVA 3L4YA 1QPKA 3RILA 4LPCA 2BHZA 4DUXA 4UOZA 5M5DA 2FH8A 3WDIA 1JZ3A 2G3JA 3N9KA 4H8UA 3THCA 3PZIA 1O7AA 4EKJA 3AIQA 4XZBA 1G0CA 4IISA 3LPOA 4M82A 5CLTA 4BF7A 4C7FA 4NSBA 1XD1A 1GVIA 1PAMA 5CSYA 3N15A 4BQ4A 4IPLA 1QHZA 1MQQA 4P7OA 4Z2GA 6TAAA 3AMKA 4E8CA 3EDJA 2XVKA 2HVMA 1GVYA 5HPOA 3TTQA 2OWXA 3AZSA 1QNSA 3L4WA 5DEZA 3CUHA 1V3LA 4CN4A 3CUIA 2OYLA 4UZSA 4B9ZA 4ACZA 2GK1A 2QHAA 1A47A 2WVTA 3G6LA 3WIJA 3GXFA 1J10A 2OWCA 1R85A 5E09A 5A8QA 2DT3A 3N1AA 2CHOA 3CZKA 1M53A 1PX4A 2V3FA 4H8HA 2DSVA 4WK9A 1UR4A 5ABEA 2DT2A 4UFJA 1HXJA 3VIPA 1IZKA 1GHSA 5E9AA 2VURA 3GXIA 1EQCA 4CCCA 2O9RA 1D7FA 1W9BM 2WBKA 4E2OA 2GVYA 1GOIA 1FHDA 3O9NA 1D2KA 5CGTA 4LGXA 5IFTA 4H2CA 2WW5A 1C93A 3QR3A 1E9LA 4AIOA 1CXIA 1VFFA 2UWFA 1V6VA 2D3NA 2BVDA 3B9AA 2WMFA 2J7FA 3MSGA 1QNQA 1MVYA 2WBGA 1Y7VA 3F5JA 2WHJA 2QMKA 1BF2A 4DM2A 1ECEA 4P7QA 4TX6A 1UR0A 2Y2WA 4WKHA 3U5YA 4MAVA 2WLZA 3LPGA 2WSPA 1UH4A 3KL3A 3OZOA 3MUAA 1PPIA 1ZJBA 1V3MA 1YHTA 4PUDA 4HU8A 5IHSA 1CXHA 1WKYA 2J62A 3VD4A 2CCRA 2WMKA 2NT1A 4ZENA 4W5ZA 4PTWA 1LQ0A 4HMDA 3DECA 1CBGA 5E6YA 3UG4A 3AFBA 3ARZA 4P8WA 1J0IA 2JIEA 3W38A 3AMDA 1QNPA 1WE5A 4LYPA 4AYSA 3VIOA 5GNZA 1E6ZA 2X0YA 2V5DA 1EDQA 3CGTA 2E3ZA 1VFOA 1MQPA 3BLPX 2VCBA 2PBGA 1QBAA 2C7FA 2JALA 1SR0A 4W7UA 3K1DA 2J77A 1KXVA 3KL5A 2YDRA 3WELA 1VBRA 4LXFA 1OGBA 3PZTA 4ZE5A 3GYCA 1GONA 3ZJKA 1BVNP 4AZBA 4AXNA 5E0CA 4P8UA 5JIWA 2XM2A 2EPKX 4U31A 2XFRA 1QBBA 3AICA 4FLOA 3ARSA 4H04A 1H0GA 2PWEA 1HL8A 1V02A 1V3KA 4PMXA 3SCOA 1LWHA 4HA3A 3ZQ9A 2E8YA 4L4PA 2CKSA 2G4FA 2XSBA 5E70A 2BXYA 4CD5A 4AZHA 2VQUA 2E40A 2G3IA 1XD0A 3ZSTA 3U57A 4BA0A 1CYGA 1OD0A 4DUWA 1FP9A 4NZCA 1W91A 3BAIA 4F8XA 1MW2A 3CZ8A 5I79A 2JIWA 4AMCA 2EPOA 1C92A 1R7AA 1PZ3A 1UWTA 2B31A 1TR1A 2J7EA 4GQRA 4JL2A 2AOSA 2WXDM 1CGVA 4TXEA 1KQZA 2OSWA 2VC9A 3ZIZA 1DWHM 3IK2A 1EA9C 6CGTA 4MDPA 2DH2A 1V08A 2BY0A 2EPMX 1NH6A 3WFLA 3VGEA 7A3HA 1GNXA 2XG9A 5BXSA 3THDA 4GI6A 4N42A 4X0VA 2YA0A 1H3GA 3GBEA 1Q6EA 3MUIA 1G1YA 4QLKA 1E0XA 4ACYA 3OBAA 1XSIA 1H2JA 1B3XA 5ECUA 2DSWA 5AC5A 1U30A 4UFLA 2W67A 3NJ3A 3GZAA 5A6BA 1H4PA 1PEZA 4UQ9A 1H11A 5A6KA 3MKKA 5FD0A 2W91A 2CKRA 4PTMA 4AW7A 2CESA 4QP0A 1JNDA 1TZ7A 3WEZA 3T08A 2DT1A 3OLGA 1MXGA 4EAMA 2VX5A 3T2QA 1VEOA 1HVQA 1ITCA 3AHXA 2D1ZA 1N82A 2VL4A 1ESWA 2UY5A 3RCNA 2GUYA 1Q6CA 1L0PA 3K4AA 3MUZ1 1MYRA 2EO7A 4S3KA 2PI6A 3N11A 3GDBA 3JUGA 3ZJ7A 5I78A 3W37A 1BYBA 2BVYA 3ZT6A 1GHRA 1NWSA 2EPLX 3GH4A 1UA3A 1ZBWA 1HP5A 4E8DA 4TTGA 1E3XA 4CN1A 3DYOA 3S2CA 3WEMA 3FAWA 1NWUA 1OIFA 1UD5A 4ATWA 1M01A 2HISA 1ZBKA 4JAWA 3BAWA 3OB8A 4BCEA 1BYDA 2WHMA 3L2MA 1EGZA 3HMCA 3N18A 3ALFA 1MQRA 1CNVA 4J3TA 5EBAA 1US2A 2PBOA 4TOQA 3TA9A 2AMGA 2V3GA 3L4ZA 2VOTA 2FH6A 3UR7A 4HA1A 3FXYA 3KE0A 3B9DA 1ITXA 3WQVA 3AXHA 3VM5A 1UWRA 5HBFA 5C70A 2WYSA 1KR1A 1V3IA 3QOKA 4TUFA 1IV8A 3UCQA 2W62A 1C8QA 3DYMA 1TVNA 5I24A 2WZHA 2XTKA 5GNXA 3VX1A 3SCUA 1W9XA 4ATDA 1UQZA 4YHGA 2G41A 3KWXA 2AAAA 3VDHA 2ZXAA 3CZLA 4FK9A 1H0IA 5FOOA 1GCYA 1UR2A 2NT0A 3ARPA 3WUGA 1EH9A 3VINA 3MUY1 4AZGA 4AZIA 5A8NA 5HNNA 1JYNA 1KGUA 3VDAA 5AC4A 1UKOA 5IFPA 2G3MA 3N12A 1LF1A 3VVGA 3L4VA 4OJYA 2MANA 2WZIA 3QHMA 4WLCA 4UR9A 2G3NA 3GXMA 3IANA 1J12A 2J4GA 3FY1A 1WO2A 4AEEA 1G94A 3WNNA 3RM8A 1E5NA 4AISA 4BS0A 3CHDA 1UKSA 1Q4NX 2FHFA 3MMUA 2QLYA 4IM4A 3OZPA 2CETA 1JZ2A 3IJ8A 3PBGA 2G8ZA 4X0NA 4GXPA 1JZ5A 4GO9A 1KXHA 1CLVA 1CGTA 1E6QM 4JFSA 1TCMA 3BMVA 2ESCA 4AIUA 1KGWA 2VCCA 1V3HA 2V3DA 1K9DA 4H7VA 3SUWA 1TG7A 4JHOA 1JZ7A 4D6HA 1XHGA 2GJPA 4D6DA 1NWRA 4RL3A 1PX3A 1QW9A 2VRJA 4UQBA 2QPSA 1PIFA 3NCOA 2JE8A 2OLHA 1W1PA 5HDRA 4UTFA 4CCEA 3KL0A 1E71M 5BRQA 3TTOA 3VMOA 3WL0A 4HZ7A 1V6YA 3FHAA 2PF0A 4KGLA 1WZKA 1W32A 3OLEA 4PMQA 1VRXA 4UFHA 2IXVA 1WDPA 3QGVA 4B16A 5GPRA 3UETA 3FHQA 1G9HA 2D20A 4F66A 3AHVA 2WMGA 3NSXA 2O9OA 1Q6GA 1V0NA 1XV8A 1VFUA 3W6LA 5A6BD 4XUYA 4FLSA 1OD8A 1GOMA 1H5VA 2A3HA 2V5CA 3WQ4A 2ZICA 1FOBA 4F79A 4W5UA 4J3XA 1U33A 3W6MA 4D6GA 1QVBA 4J27A 3RM4A 1ZBCA 4GIAA 2GSJA 3BXWA 1XYZA 3BCFA 1GJWA 4PCSA 4W84A 4KRTA 2CERA 2ZE0A 3ARUA 4AD0A 4OOZA 2DGAA 4OBRA 4UQEA 5DT5A 2EBNA 1GZJA 3MANA 1JF5A 4PBGA 4PUEA 1UA7A 2VZSA 3PZUA 1US3A 1HKJA 5DT7A 4MJ2A 4WIWA 4JFUA 2NW0A 4V27A 3VUPA 2WVUA 1XH0A 1V6WA 3AHYA 2WCGA 1OT1A 2VMFA 1XRVA 4JFTA 1C7TA 2GJRA 4FF5A 1DP0A 3GNPA 5CXPA 1JYVA 1R86A 3UG5A 2UY2A 2VZOA 4A4AA 4UFIA 4HPGA 4B9YA 2IXUA 3SUVA 1SMAA 2Y8KA 4MDOA 4B15A 1VB9A 3AZTA 1F4AA 2YKKA 5I6SA 1CZ1A 4UQCA 3TTYA 1W1YA 5CSUA 8A3HA 3CBWA 3PZOA 2VUYA 1X6NA 4YHEA 6A3HA 3OA5A 1WZLA 3OGSA 1EO7A 4GZEA 4WSJA 4UCFA 3T0BA 3VIFA 3BMWA 5KEZA 2BFGA 2XVPA 1H41A 1CXFA 1HJVA 4OOUA 5CQ1A 1JAEA 3M7SA 1CGUA 2YDSA 1GPFA 1W1VA 2Y8VA 5I23A 3VTRA 3SUUA 3PZVA 2J78A 3SCTA 2CYGA 1RD6A 4TX8A 4HZ8A 4AD2A 2WCSA 2XUCA 1BLIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MFV A;  1OCQ A;  3TON A;  3VGB A;  1KBB A;  4M80 A;  2RGL A;  3AYS A;  3MMD A;  1E6S M;  4ZXL A;  4HTY A;  4EAN A;  1HJS A;  2ZX6 A;  1UWQ A;  3ECQ A;  1GOW A;  1NP0 A;  1UWS A;  4CUC A;  1GW1 A;  5A6L A;  4XV0 A;  2D0G A;  1I1W A;  4WKA A;  3NSN A;  2XGI A;  2JF6 A;  1E4M M;  2V38 A;  1V3J A;  2OYK A;  3WKZ A;  3CPU A;  2D0H A;  1FH8 A;  1KBK A;  1I1X A;  1VEM A;  5HXM A;  1QI2 A;  1X6L A;  3N17 A;  4V2X A;  3FW6 A;  2VNC A;  1W3H A;  3RM9 A;  4Z2K A;  1JYX A;  1E55 A;  3BCD A;  3K8L A;  3QHN A;  2UY4 A;  4AD5 A;  4BQ3 A;  4V28 A;  5A1A A;  3F4V A;  3VOC A;  3EDD A;  3PZG A;  4XB3 A;  1VAH A;  2D23 A;  2W63 A;  1B31 A;  4UNI A;  3RO8 A;  3UER A;  4OZO A;  2WWD A;  1CEN A;  2ZUW A;  3FND A;  3SUS A;  4JKM A;  3WNP A;  3WH6 A;  2VVN A;  1QNO A;  1TFV A;  2DIE A;  2YL8 A;  2ZX7 A;  4QAW A;  4ZXO A;  2WHK A;  3AOF A;  1ISY A;  2XGB A;  5A3H A;  1BQC A;  3ZJ8 A;  4B3K A;  3VIK A;  3EBV A;  4DM1 A;  1E43 A;  3I3D A;  4CCD A;  4JKL A;  2GFT A;  1J11 A;  4GQQ A;  4M29 A;  1AQ0 A;  2WWC A;  2ZID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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