1W8SA

The mechanism of the schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
NLTEKFLRIFARRGKSIILAYDHGIEHGPADFMDNPDSADPEYILRLARDAGFDGVVFQRGIAEKYYDGSVPLILKLNGKTTLYNGEPVSVANCSVEEAVSLGASAVGYTIYPGSGFEWKMFEELARIKRDAVKFDLPLVVESFPRGGKVVNETAPEIVAYAARIALELGADAMKIKYTGDPKTFSWAVKVAGKVPVLMSGGPKTKTEEDFLKQVEGVLEAGALGIAVGRNVWQRRDALKFARALAELVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
publication title Mechanism of the Schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoproteus tenax
total genus 94
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2004-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w8sA00
3PSWA 4O0KA 3S5OA 1TO3A 4ZVJA 4M5PA 2NX1A 2TPSA 2C16A 1O94A 4ONVA 3T44A 3A22A 3GLCA 5AC7A 3MYOA 1IIHA 3S0CA 3P80A 4E2DA 4M7TA 3PBVA 1EA0A 3NQCA 4QNWA 1S5TA 3R2GA 5HJLA 3LTYA 2QJGA 1DKWA 3NQ2A 3L5AA 3CM4A 1NEYA 1VLWA 4FNPA 5DXXA 2Q3RA 4QITA 4JY9A 3W1QA 5G2IA 4O0ZA 3TV8A 2QCDB 3A21A 2VXNA 2NXHA 1BEUA 5KZDA 5KMYA 2R91A 1XDMA 2BTMA 4LV9A 2V30A 4FXSA 1H5YA 1R46A 1WBHA 2Y7DA 4J9JA 3B0VC 3R12A 4JYDA 2D73A 1K03A 2E6AA 1DJQA 1VC4A 2I9EA 5K2ZA 1ME8A 3HG4A 1KM6A 2E5CA 1OYAA 3C8FA 4WJEA 1X1ZA 1HG3A 1PE1A 3CQ0A 4N2YA 4OBTA 3LB0A 3W7JA 5BOOA 2X16A 4DO6A 5GVJA 3NQ7A 1ZAHA 4AF0A 1LBFA 3P7YA 1DVJA 3TA6A 4DF0A 1W5NA 3E12A 1IXPA 3GAKA 3TU9A 1HL2A 4LUJA 1SR9A 4WY0F 5D33A 4LNYA 1JCMP 1K02A 5AC6A 3DHFA 5G4WA 1LRQA 2RDUA 3H54A 4FX8A 3QSTA 4AHQA 5KINA 3B0PA 2C18A 4WOZA 3W70A 3E02A 2CLHA 4LVAA 1H1YA 1SSGA 1JR1A 3G18A 5CPMA 3GDRA 5C2XA 1SFLA 4TIMA 2ISSA 2CLIA 4JNMA 1KFBA 4TMCA 2FQIA 2G97A 1QOPA 5D2XA 1U83A 2P1FA 5E1QA 5LHEA 1K8ZA 1QWGA 2XN0A 1ICPA 3LCIA 1FDYA 4GUFA 2OX1A 4UNKA 2FB2A 4JS3A 3NQAA 1K7FA 2EGZA 3W72A 3QW3A 3LOTA 1OJXA 1ICQA 3C0JA 1PL9A 2QEZA 1G6CA 3HPZA 1A50A 1TIMA 3MHUA 1JCLA 1TMHA 1M7OA 2HS6A 3GNNA 2VFIA 2WO5A 2C0AA 1AW2A 1TPVA 2YPIA 3KVJA 1HTIA 3QH2A 4LY8A 1S5VA 2VC6A 3T55A 2HMCA 2WQPA 4LW7A 3W2JA 3R13A 4Y6GA 1S3HA 1TB3A 3LCWA 1G4PA 1VCGA 3M7WA 3TFCA 3BLFA 2WSYA 1TPC1 1H7XA 3TQ0A 4IMEA 5K7JA 1W54A 3P67A 4N9CA 3ABOA 1C9DA 2QCMA 3GKAA 5DBTA 2WNNA 2C19A 4OQVA 4XKYB 2BZNA 4UTMA 3JR2A 2B7OA 2B7PA 1KV8A 4BI7A 4FO4A 3W7IA 2J9ZA 3L5MA 1GVRA 4N9DA 4U28A 1OFRA 4UTWA 4WOQA 1KFJA 3OVRA 3W7RA 3RU6A 2W6RA 2VEPA 2VFDA 1W5QA 4RX0A 2YDAA 3CT7A 1NF7A 5F2MA 3GAYA 3LCFA 1IXNA 4HHPA 4UFKA 5AHFA 5G2WA 1AW1A 4HNNA 3UWQA 3RNDA 5FEZA 1EUAA 4AHOA 2CLMA 1GTEA 3GIYA 2PCQA 3QSRA 4ICNA 3QRHA 3NYZA 5CSRA 1V5XA 3MHGA 1KBJA 3EB2A 1YXDA 2WOQA 1W56A 1H7NA 3HB9A 3O16A 5BMXA 1WAUA 2FLIA 3CC1A 3MWAA 3TJLA 2FPVA 1KA9F 5D09A 4XBSA 3M5VA 3AO0A 4X2RA 5TIMA 4O18A 3THAA 3IIPA 3R8RA 2V81A 3W85A 1XDLA 1VRDA 5D03A 1JRBA 1YXCA 2QAPA 2V5LA 2X1RA 1F6KA 1EP2A 2QF7A 3KX6A 1LRNA 4NT0A 3H55A 1TRDA 2G5WA 1M7PA 1JRCA 3W2NA 3SSJA 1QOQA 1BKSA 5KZEA 5F2GA 4FX7A 1KM2A 4YXGA 2ZRWA 5FF7A 2EF9A 1TV7A 4XTIA 2C6QA 4RXGA 4MOZA 3TNOA 1OYCA 4ZQMA 1O60A 3FEMA 4OGZA 2GQAA 1KLZA 4FB7A 1ML1A 2NWRA 2P10A 5G4EA 1YPFA 4U4MA 3L0GA 5C55A 4W9TA 3UWZA 3MMTA 3PSVA 3PY2A 2DZPA 3SFKA 1LCOA 3WK2A 2NZLA 1L6WA 5J5DA 3W2MA 1Z41A 1YPIA 2E5DA 3A5VA 3LERA 1KFEA 1VCFA 4ZQPA 4UR8A 2XFWA 2QCHA 1TCDA 4AHPA 3CU2A 3G8EA 1I2PA 1SFJA 3TMQA 1DQWA 1UB3A 4QJ1A 4QSHA 3CLMA 3NQ8A 4N6EA 5AYXA 3IVUA 4O17A 3FA5A 1EP3A 3C4UA 3N9RA 1VQTA 4M6QA 2GJLA 3LRMA 3W1TA 3OEXA 4O15A 3OG3A 4JX4A 3G1VA 2ABAA 3NPXA 2B7QA 4EF9A 3KVLA 5I3FA 3UWWA 4JN6A 4AB4A 4IUOA 2Y7GA 5CZSA 3O6DA 3L21A 4GUJA 2QDGA 3LDVA 3NDOA 1TPEA 1BWKA 3STEA 3W22A 3STCA 3W1RA 2QCEA 3LV6A 3MP4A 2QUVA 2OJPA 3O15A 3S5ZA 3B0UX 3G1HA 4CQ8A 2WNQA 3TSDA 2CLLA 4POCA 2BSLA 2O7QA 2VFGA 2Y63A 3HIJA 3TKFA 4L4LA 1H63A 2CZDA 3BW2A 4LUIA 3SW6A 1O5XA 3B4UA 3IIZA 2A7PA 3I7RA 1A5AA 3LHYA 1YTKA 1GVSA 2KZHA 3PBUA 2PURA 1DHPA 3PBYA 1LORA 4Q32A 3INPA 2Z6JA 2ZA3A 3C2OA 3FYOA 1RD5A 4OWGA 3SGUA 4PTNA 3UWVA 3MBDA 3WJXA 2G96A 4LS0A 1B3OA 1YTDA 1QO2A 1Z42A 4I9AA 4UMBA 3MO7A 3DBPA 3QMRA 4MJZA 2C1HA 2GJNA 2O7SA 3P5YA 4ML9A 5F4SA 5KZMA 3ABQA 1HO4A 4K39A 4O4VA 4UTUA 3FYPA 1TQJA 2NXGA 1M6JA 3PBWA 3KOFA 1QCWA 5D2VA 4AVFA 4PEKA 3VKJA 1SW7A 1PIIA 1FXPA 2RHGA 3NPVA 2NX9A 1XBXA 1R2SA 4NJKA 3GDLA 2ISVA 2DZWA 3GDTA 4QISA 3DHDA 3NA8A 1O5KA 3TC7A 3LCGA 4K38A 2ZTKA 2NLIA 3O6YX 3RLVA 4Z0SA 3RMJA 4EWND 4CQAA 1YDNA 1JVNA 4I7VA 4ZQOA 3TSMA 4NXSA 3DKLA 1JJKA 3TFXA 2Y6ZA 2GQ9A 3NZ1A 1Q3NA 1M5WA 1QMLA 3N19B 3I6RA 4DO4A 1SW0A 5EYWA 1XUUA 3DU0A 4OV9A 4HSNA 3C56A 3NM3A 2OMAA 4ALDA 1KTCA 3A23A 4JY8A 1PV8A 1MEHA 4UUIA 3NQVA 4UIOA 2Y88A 2A0NA 3IVSA 1MEIA 2PRMA 1FWSA 4HPJA 4Y96A 4CCEA 3GXTA 2ZBTA 4NX5A 1VLIA 3PAJA 4R7JA 2JKPA 2V2DA 3DFTA 4GNJA 3NGJA 3KVKA 1G4EA 3AJXA 1AW5A 3UY7A 3TUUA 2YSWA 5DLCA 3T7VA 2E68A 1NSJA 3NL6A 3RFAA 1WXJA 4BI6A 1Z48A 4GWEA 5I3KA 1OK6A 4C1KA 3NL5A 3RLUA 4IMGA 5BW6A 1TV5A 1W37A 3BLIA 1GEQA 3G0UA 5EMUA 4UFLA 3TMLA 5ABTA 5J5RA 3CWOX 2VENA 3MI2A 3EWZA 1TREA 3W1LA 1SO4A 3BGJA 5HINA 2C13A 4O1BA 4A21A 1WV2A 4HNVA 2ZA1A 4CCDA 1UCWA 3GYEA 3TJXA 4XUGA 4NU7A 4MYXA 5EA9A 1RPXA 2RH9A 4HSOA 1GQNA 4ORIA 4JEQA 1OX6A 2WPBA 3A24A 4UTKA 5CPLA 5KSWA 2FPYA 1R30A 1MXSA 4O14A 4LRSA 5AYYA 1DJNA 1LRTA 5CG7A 4AWSA 1PHWA 4LC8A 3B03A 4MZ8A 5K4XA 1LROA 5DELA 3N2MA 2A21A 2J9XA 2ZRZA 3PVFA 3S6DA 1XUZA 3U8GA 5K9CA 4O53A 3NPUA 4JTTA 4WZHA 3DAQA 5CSSA 5C5YA 4ORMA 3G1DA 2C15A 5MHBA 5AB3A 1TQXA 1TPUA 5LGZA 1IXQA 7TIMA 4MUZA 1QPOA 3DKJA 2A2IA 3Q94A 3L5LA 2WV8A 3VI2A 4WX2A 4E2BA 3L0NA 3USBA 4R53A 5U7SA 1S5WA 4CNOA 2Z0IA 2GPTA 3OBKA 4WY0A 4DBEA 3DFSA 4FEZA 4O1CA 3E49A 3P81A 2CZ5A 3M9YA 1GTHA 3Q58A 3TK7A 1XCFA 1GG0A 4GUHA 3RK8A 4N4PA 2PC4A 5I3JA 2DZUA 3TX9A 2ZTJA 3ANYA 4X9SA 3ZWSA 2CWNA 3A9IA 4BF9A 1FX6A 5K9XA 4IPIA 3V1PA 1DL3A 2QKFA 2NWSA 1WA3A 4GUGA 3W9ZA 1YDOA 3QM3A 1FCBA 3G0XA 5F2LA 3W7EA 4ADTA 1X1OA 3KFTA 2ZRUA 5F1UA 3IIXA 2QAFA 3O07A 4OU1A 2BLEA 5T26A 4AAJA 1G4SA 2VFEA 2H3BA 2R14A 3ELFA 2E09A 2E6FA 4S1FA 2ZZ2A 2CLKA 2JGYA 3TAOA 4I7WA 2GQ8A 4OV4A 3NQMA 1QO5A 4RJEA 3STGA 2ZZ1A 4G1KA 4FX6M 3ZR4A 3GDKA 1ONRA 1XKYA 5LKYA 3WJZA 2DJLA 1OFAA 4RK8A 4MFEA 4ADUA 4N6FA 2QJHA 4MLRA 1SSDA 4AWTA 4Z1AA 1HO1A 3M47A 1LOLA 4TO8A 2H90A 2ZRXA 3ZWTA 1NFBA 1AK5A 3HOJA 5SWUA 4DEFA 3NXFA 3S1VA 2RKXA 4L4MA 1OFBA 2DJXA 2H3DA 3W75A 5E0KA 4EVZA 1MSSA 1T96A 1WYIA 1T0OA 1TTJA 4XZ9A 4GRSA 2AQWA 1PHQA 3W07A 3U6WA 4M6VA 5HWJA 5HQEA 2NV1A 2DZTA 4JDBA 1SZNA 5FEWA 1G7VA 1FWRA 3DZ1A 1N55A 4MKNA 1OFOA 3W74A 5EPDA 4O54A 4K7VA 4P61A 3TH6A 1RQHA 4MJMA 6ALDA 1DBTA 4MZ1A 3W1MA 2W0UA 4R34A 4UFJA 3S1UA 3LI1A 2V8ZA 4LS2A 2Q8ZA 3KRZA 3IV3A 1OX4A 3G24A 3E9AA 2ATSA 2CZFA 4UFIA 3LCXA 1B4EA 4PC8A 3HJZA 3G3DA 3G3MA 4DF1A 3TXZA 3CEUA 4GJ1A 1P4CA 4O8RA 1FUYA 1G4TA 4RLIA 4YCOA 3IIOA 2GVLA 2DP3A 2X1SA 1GG1A 3W2LA 1FDJA 3W1XA 3UWUA 5AN7A 3QF0A 2HS8A 1E51A 3B06A 1TRIA 5I3HA 5D04C 3SY5A 3WK0A 3LHTA 1W5OA 3M43A 3KRSA 4HPXA 5CGQA 3PS7A 4QM1A 3BG5A 4AMAA 1KM5A 2OT1A 3NQGA 4PH6A 1O95A 5HUOA 4PA8A 5H2ZA 1TPWA 5BNKA 5FF2A 2VFHA 3E0IA 3LRLA 1TPB1 1TJPA 3KHJA 5DY3A 3D0CA 1VYSX 1QPRA 3W83A 3V75A 3HQ1A 4WQ6A 4NJHA 4DPPA 4YLWA 1W8SA 4CNNA 4GUIA 3LHUA 2X1UA 1ZAIA 1AG1O 4NJIA 2GOUA 2WNZA 1W3NA 3QW4B 4RXFA 4UMCA 3S42A 3N2XA 1NF0A 3M0ZA 1JCXA 1TPFA 1RQBA 1K3UA 3NZRA 5K3VA 4AXKA 4GC4A 1JULA 2YW3A 3E96A 4K8EA 4MZYA 4K36A 1QDSA 3QMSA 5G2HA 3W76A 1CX9A 3EKLA 2X1TA 4O16A 3PG8A 3UYCA 1K7XA 2FFCA 3GVGA 4H3DA 3GDMA 1KFCA 1FCQA 2RFGA 4KFOA 3LXAA 4ZL1A 1F2JA 1LYXA 2Q8LA 3WK3A 1Q6OA 2Y7EA 1U5JA 3EWBX 3FKRA 3NQFA 4WY0B 3W7GA 5BRBA 4NZFA 5AHLA 3N73A 3W7QA 3W2KA 2ZZ4A 4DPQA 4IWWA 4Q4KA 2Z1BA 2ZA2A 4XWUA 4AEOA 4Z1DA 1KTNA 4KFNA 4HN4A 1TYGA 4LVDA 3HMJG 3LLDA 3TR2A 4LRTA 5EY5A 3VFLA 3B04A 1LLWA 4M6PA 5H91A 2JK2A 5LNUA 1H7PA 1YLVA 2J6XA 3TROA 5HR7A 4IMCA 3EX2A 4RZ6A 2CFFA 4FNSA 4MPQA 2I1OA 4FXRA 4DO5A 3F4NA 3OVQA 4DELA 4QNEA 3MP3A 4RZ5A 2FIQA 4AF0B 4MLJA 3W84A 3EX4A 4O11A 4PCFA 1H7OA 1VHCA 1A53A 2FTPA 5FF3A 1ZJIA 3W7MA 1W3IA 3NNTA 1XBVA 3FKKA 5AFDA 3TXVA 1K7EA 1VZWA 3ZS4A 1UUMA 1W0MA 3NG3A 1GWJA 3W86A 1ZALA 1UASA 5LGXA 3HPXA 1EWDA 2W79A 3TIMA 5LSMA 1JUBA 1XBZA 4BR1A 3LTPA 4AH7A 3HO8A 3TQVA 2YYTA 3UXDA 3OA3A 3CPRA 3LHZA 4H4IA 3IRDA 4OT7A 1TTQA 4RR4A 4BFAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PSW A;  3S5O A;  1TO3 A;  1J0J A;  3BOF A;  4ZVJ A;  3GLC A;  3MYO A;  1IIH A;  3VOH A;  4H6R A;  4E2D A;  4L9Y A;  2OZ8 A;  5G1M A;  3VO0 A;  1EA0 A;  3NDZ A;  1CXK A;  3MDU A;  4U2Y A;  4QNW A;  1S2T A;  4QQU A;  5HJL A;  1UP3 A;  1V7A A;  2XWD A;  2QJG A;  1NEY A;  1QK0 A;  2WSP A;  4DZA A;  2AL2 B;  4BEU A;  2E8Y A;  3UJF A;  3TON A;  4HVX A;  1A0C A;  2HVN A;  2EG6 A;  1AD1 A;  4HU8 A;  3IK4 A;  2NXH A;  3GC4 A;  5BYW A;  4EK7 A;  2E67 A;  2VWS A;  4C6M A;  2F6K A;  2BTM A;  4LV9 A;  3QYS A;  2V30 A;  2VC9 A;  1WBH A;  1R46 A;  2OO0 A;  2Y7D A;  4J9J A;  3VNJ A;  1XLH A;  4EXB A;  2QUL A;  3GTX A;  2I9E A;  2YCJ A;  5K2Z A;  3HG4 A;  1KM6 A;  1XLB A;  3C8F A;  2PB1 A;  4IG2 B;  1OC7 A;  3CQ0 A;  4EPD C;  4OBT A;  1NU5 A;  1XRF A;  4H00 A;  1R0M A;  5CGT A;  5CSY A;  2Z1S A;  3W7J A;  1R3W A;  2X16 A;  2G3N A;  4UB9 A;  5CJN A;  1MYR A;  2POT A;  1DVJ A;  4TUF A;  2QVN A;  3TA6 A;  4DF0 A;  1YNQ A;  4YTR A;  1J2B A;  3EMQ A;  2YKK A;  2BG5 A;  3DHF A;  5G4W A;  1LRQ A;  4G2D A;  4W7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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