1XCF | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	267
structure length	238
Chain Sequence	MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDLGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYARCEKVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGFTYLLSRAAALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKIIEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structures of wild-type and P28L/Y173F tryptophan synthase alpha-subunits from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
total genus	82
structure length	238
sequence length	267
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2004-09-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1xcfA00

1TTPA 1H1YA 3NQDA 3FLUA 5AHIA 3I7RA 2EF9A 4DPQA 3FOKA 1KFKA 3FYOA 2X1RA 4MY1A 3EX3A 3RLUA 1DJNA 3H55A 3IIPA 2RKXA 3G1SA 4EIVA 4GBUA 1MSSA 4O28A 4ADUA 3UWUA 2FQIA 1D3GA 3I65A 3L68A 3PSVA 5TBOA 2Y88A 1SU5A 2VOMA 1DBTA 1ONRA 4FHAA 4Z1BA 1UJPA 4UFKA 3PG8A 4HPXA 4KWVA 2RDWA 4XQ6A 3EKLA 3GXTA 4FEZA 2UV8G 3ZWSA 1LOQA 4MZYA 1OG0A 3EX2A 5HWJA 3OEXA 2WSYA 5LSMA 1FXQA 3B8DA 4NJKA 3HPZA 4CLMA 2NV2A 1OX4B 4ZQPA 1HO1A 3MYPA 3SY5A 4IOTA 2BXVA 3R13A 1JR1A 2QUVA 3MHFA 1TPFA 4AMAA 1D9EA 4XUGA 4A2SA 3L0GA 1S5TA 2WPBA 2A6NA 3KOFA 4UFLA 3LV6A 4ADTA 1GJPA 5A5WA 2WJZA 5EMUA 3WJWA 1W5NA 3LHZA 4O15A 4BWLA 1NAL1 1Q6LA 2DJLA 2CZFA 3P5YA 1I2RA 3QH2A 4I7WA 4WQ6A 3W85A 3GZ3A 5LNRA 3MI6A 4RLIA 4LS0A 3B0PA 3C8FA 3PULA 3M5YA 3P8IA 5FEPA 1LCOA 3A5FA 1UUOA 3KAOA 4FIRA 1RV8A 4PEKA 4WD0A 4DF1A 1HO4A 2RDUA 1F6KA 4NUWA 4RV8A 5BRBA 3LDVA 3G8RA 3SJ3A 4YMZA 1TTIA 2GVLA 1W5MA 1MEIA 4G1KA 4AF0B 1SO3A 4UR7A 4XBKA 4TX9A 4MIMA 1HL2A 4UTHA 4ICNA 4LVFA 3W1PA 5DCEA 5AC7A 3MI3A 3S6DA 3NZRA 2VEPA 1SZFA 4PA8A 3GDKA 3C2EA 3NL6A 3QMSA 2WO5A 1EWDA 3LXCA 5BNKA 3IIXA 3ELFA 2R8WA 4E38A 1YDVA 4NNBA 3HIJA 3O07A 4IX0A 1W5OA 2E77A 4JTGA 3TQVA 1TSIA 3EKZA 3NQEA 1DQXA 3N34A 2X2GA 3N2XA 1KV8A 4HKPA 3LBCA 4KFNA 4RXGA 3U2OA 1SZEA 3W7HA 2YYTA 3ZWTA 3P5ZA 5C5YA 4HHPA 1E51A 3BO9A 1TPC1 3R8RA 1I45A 3O15A 1U5JA 2G95A 4QNEA 1EUNA 1KLZA 2PRHA 3EEGA 2Y7EA 1K8XA 4O18A 3O8AA 2BZNA 3NYZA 1ZAIA 3UWQA 2YW4A 4FX6M 3QF0A 2H8XA 4YCPA 3L21A 5AHNA 3G1VA 2X1SA 3G24A 5LZLA 4UUIA 1WBJA 5G4EA 1SSDA 4GWEA 3QQ1A 1NF7A 1OFPA 2P1FA 1GVOA 4IX2A 1D3HA 2GQAA 3LHVA 3TV8A 1WYIA 3B0VC 3TKFA 1DQWA 2B7QA 5I3HA 2NV1A 2F7FA 1LBLA 1OFAA 1ME9A 2AAMA 4FNQA 1P0KA 1LLWA 3DFTA 1TTJA 3WJZA 3TUUA 4K36A 3G1YA 1DOSA 3GAYA 4O1BA 1NSJA 3MBDA 4LS2A 1LBFA 3QSRA 4C1LA 4OBTA 2E6FA 5U4NA 1Q6OA 7TIMA 2ZDRA 1WAUA 1IXPA 1T8XA 1ME7A 4LVDA 1SZGA 3IIOA 4O19A 1RZMA 5HJLA 1YPIA 4JDYA 5FF0A 3TCEA 1G67A 2BSLA 5SWUA 4AHOA 4Y9AA 1PHQA 2OJPA 4LVGA 1ZHAA 1X7FA 4E0CA 2J88A 1L2UA 1YTKA 1Z44A 5AHFA 5H2ZA 2GJNA 5LNWA 1KW1A 3OHIA 1I4NA 3DU0A 3DXIA 4H3DA 3O6DA 2C18A 4UMCA 4TU1A 4WXYA 3W1TA 2JKPA 4Z0JA 3M5VA 3N19B 4IMEA 2FTPA 2ABAA 1VR6A 2G5WA 1W37A 3I7SA 2W79A 4LNYA 2FPYA 2YX0A 2WNZA 1OX5A 4MVAA 3NOEA 1KFJA 4FNPA 3NQAA 1W1ZA 4LRTA 1H7WA 2Z0IA 3G22A 1ZFJA 2JGQA 4UFIA 1F2JA 2AQWA 4MY8A 4RX0A 3PC0A 5FEZA 3QZEA 1YDOA 3JS3A 1QNVA 4CQ8A 2XN2A 3G1HA 5GVJA 1ME8A 5K4XA 1H7XA 1A5BA 3M1ZA 1RVGA 5DELA 3L5LA 3S42A 4Y8FA 1L6YA 5I3GA 4JTJA 5F4XA 3UWZA 3QJAA 5DCBA 1QPQA 3GB6A 1LORA 2V81A 1DKWA 3O16A 2ZRZA 2JKEA 3GLCA 1OF6A 5MHBA 5KSWA 1W3IA 1AK5A 1ICQA 1H1ZA 1Z41A 3TNOA 1GG1A 3STEA 1PHWA 4Y6GA 5F2IA 3W1QA 3LCFA 5D2WA 5KZDA 3NPUA 4IWWA 3W1LA 3F1QA 4FB7A 4DEFA 1JCYA 3C2OA 3O1NA 2OZ0A 4I7VA 1T0OA 2VENA 4XWUA 2DZWA 1WX0A 3NQVA 1C9DA 5FEXA 3F03K 5D02A 2O7QA 1Q6RA 4UMAA 4PTNA 4NX0A 4BI5A 3M0ZA 3W2JA 4MOZA 1VLWA 5EY5A 3GR7A 5AYXA 3MP5A 1ZAHA 4BK9A 2Y6ZA 3GNDA 4JXCA 1NEYA 3GXNA 3V75A 5L9FA 1B4EA 3TAKA 2H3BA 1EB3A 4L4LA 1KM1A 4OHQA 2Y7FA 1O94A 2E68A 5HINA 4EWND 4UCGA 4GRSA 1GWJA 1KBIA 4WY0B 4GUFA 5CZTA 4XKYA 3C4UA 2J9ZA 5AHEA 4S2CA 3SGZA 4AB4A 1TIMA 1XKYA 3LCHA 4UNLA 1KBJA 2PRLA 3C2RA 4UFMA 3IEBA 4LUJA 3W3OA 1W56A 5KTLA 1XXXA 1O5XA 4RK8A 5AFDA 3IRDA 3QMTA 3IVUA 1OVDA 1SQ7A 4JNMA 4W9TA 3T44A 2CLKA 1VGAA 5HMSA 1JCJA 1LDCA 3G18A 3LTSA 2QEZA 1ZALA 4JTLA 1LROA 4N4QA 3STGA 4ZQRA 4XZ9A 5G2IA 3W1RA 3G3MA 3VE9A 3W88A 1OFOA 4JDBA 3DHDA 2WNQA 3PF3A 2ZZ1A 1JCLA 1TV7A 2ZZ3A 4PFMA 4C1KA 1UBSA 1CX9A 1OFEA 4JYFA 1KM6A 3CB8A 4JX4A 3W1UA 3A5VA 4DQWA 2ZRVA 3CT7A 1HTIA 2CZDA 5I3FA 3LCGA 2J9YA 3M6YA 5HR7A 1W5PA 2OT0A 1THFD 4L4MA 3UY7A 1M7OA 5EBUA 5HWMA 4A22A 4AWSA 2ZA3A 4N6EA 1N55A 3G1DA 4RCXA 4UFJA 4JTSA 2ALDA 3NO5A 1G6CA 4ZMGA 2Z6JA 3L65A 2QAFA 1W0MA 2W6RA 3OIXA 1TO3A 4IJBA 5DXXA 5AC8A 3TR2A 2X1UA 4GC4A 4FO4A 1M7PA 4FXRA 2A1YA 3NPXA 5HR6A 4QISA 4Z1AA 1KTNA 1EX5A 3W1XA 1WBHA 5EL1A 1VRDA 2Z6IA 3F4WA 5IM51 5D38A 2Q3OA 3TU9A 1IXOA 1Q45A 4K37A 3NL2A 2Z2UA 1JQXA 2XN1A 4QIUA 1H51A 2CLMA 1T96A 1OFQA 5FF2A 1LRTA 3ABSA 2Q3RA 3IIZA 2C14A 3B06A 2E1DA 5FF3A 1FCBA 4P2VA 2FFCA 4CNNA 1H7PA 3W2KA 5J5DA 2BTMA 2Y61A 3E49A 5AHMA 2EPHA 3THAA 2QDHA 4DO4A 2ZZ2A 5HULA 4XTIA 3EWWA 1ZJIA 3NG3A 1GEQA 5FEWA 3W1AA 2QR6A 5LGXA 3N2MA 1VLIA 2GJLA 5F2GA 1FDZA 4MJMA 2PCQA 1Z48A 1QPRA 5CPOA 2FPTA 3W7MA 1EEPA 3IGXA 1PVNA 2ZTKA 3DENA 2V2DA 1TRDA 4ZVJA 1JVNA 1FY6A 3QPYA 3MUXA 2DP3A 3W1MA 1ML1A 1IXQA 5DY2A 4M6PA 3ZFHA 1L6WA 2Y63A 3IVSA 4MFDA 3MYOA 3PAJA 1C8VA 3QEZA 3QFEA 1TTQA 3W1NA 1P0NA 1K7XA 3Q37A 1YXCA 3LBMA 3EWZA 4LTSA 5CG7A 3W2MA 1KTCA 3OVQA 3Q94A 2H6RA 3NM1A 1OX6A 5E1QA 1IIGA 2A7RA 3UPBA 2X16A 4Q33A 4M6VA 2CLFA 1O5KA 1IGSA 3W7EA 4ORIA 3LTYA 3BGJA 1ZY9A 1V7YA 2V2CA 3W2LA 4MKNA 2VFHA 3TXVA 3M43A 1L6SA 3DKLA 3NQ8A 1LOSA 3M16A 3F4NA 2NWSA 3W76A 4ADSA 1KFEA 3P81A 4ZQMA 4UTTA 4KFOA 1IIHA 1LOLA 1YXYA 5C55A 1KTBA 1JQVA 1ICSA 1PL9A 1LLZA 3BG5A 3IGUA 4P61A 3B4UA 4S2BA 3W72A 1SPQA 3L66A 4GXMA 3TC7A 3C56A 1JCXA 3K30A 3EX1A 3UXDA 3DFSA 2B4GA 1FCUA 2J27A 3HPSA 1GG0A 1SZNA 1TMHA 2NX9A 4H4IA 1W54A 4QAIA 4FNSA 1FDYA 4JY8A 1F6PA 1RQEA 3UPWA 4N6FA 3TSBA 3GYEA 1LM1A 2QCNA 3O05A 4X22A 1M6JA 2A4AA 4FX7A 2NLIA 2DZSA 1P4CA 5DCDA 2FPVA 2YW3A 2P10A 4UTMA 3BLIA 2ZQ0A 5AC6A 1JUBA 4JY9A 5HUPA 3TJLA 2QCDA 3NQFA 2QJHA 2A6LA 3LOTA 1PE1A 2GPTA 4HIBA 1V5XA 2I9EA 3FA5A 1QPOA 1YLVA 3W7DA 3T40A 3FS2A 5TQLA 3USBA 2ISVA 3NZ1A 2CLOA 3KRZA 2HS6A 4EF8A 1XBYA 3STFA 2JKAA 3U8GA 3NAVA 4POCA 3BPWA 4M7TA 4YCOA 3GKFA 1G7VA 4O4WA 4Q32A 4X9SA 1AG1O 3O6YX 3MWAA 3RFAA 3W7LA 3FIGA 3T7VA 3U6WA 1TB3A 4O8RA 3MHUA 4OT7A 1PCWA 1QAPA 2Y7GA 3C52A 1WDWA 1EIXA 3OVPA 5L6UA 5E93A 2EAWA 1KM3A 2H3DA 2QCFA 1XC4A 3HPXA 2C13A 4CCDA 3TX9A 3N9SA 3G3DA 1XUUA 4M6QA 4Z1CA 4UIOA 4TMCA 4JTKA 2JGYA 4ZQCA 3JRKA 3TSDA 1OYAA 1EP3A 3TFCA 1QCWA 1YYAA 1ZNNA 1GVRA 2GUUA 4UTKA 1JUKA 1HG3A 3P82A 5D2VA 2C3ZA 3HQ1A 5CZ0A 3TSMA 5HUOA 4A2RA 3NVTA 2NWRA 3GNNA 4OGZA 1VYRA 3BV4A 2Y70A 1LBMA 2BWGA 3CIWA 2IQTA 3IIVA 1A5CA 5F1UA 4E2DA 1KM5A 3EXSA 2OMAA 1I2PA 3C3NA 4B5NA 2V0TA 2C19A 4HNNA 2WSRA 5G4WA 2AGKA 1WXJA 2LLEA 3DFOA 4GUGA 4GE8A 1EP1A 2A7NA 2ZRXA 3ABOA 4XBSA 3NGJA 3FEMA 1FQ0A 3PY2A 3WK1A 3WJXA 6TIMA 3G0SA 4UTTC 3E02A 1WOAA 2B7NA 2D73A 4O52A 3UNDA 3C6CA 3HG5A 3R12A 3TK7A 1AW5A 1VPXA 3NR0A 4IMGA 2W0UA 1R46A 1P1XA 2NZLA 2J6XA 4K7YA 4RXFA 1J2WA 2FJKA 3DAQA 5BMXA 1K7FA 1KA9F 1VCFA 3GDTA 3G8EA 4O4VA 2PRMA 4O57A 1X6UA 3OA3A 1G7UA 2PC4A 2DJXA 4WXZA 1QR7A 1XBZA 1EPXA 3VCRA 4JTUA 3W75A 2GVGA 4LVBA 4N9DA 2ZZ7A 3MI2A 3TXZA 3A24A 1KM4A 2CWNA 4AWUA 2E09A 3PBWA 3HG3A 5T26A 4PH6A 3VFLA 2NXGA 3P7YA 2CW6A 5D04C 3CC1A 2ZA1A 2WV8A 4HSNA 3B05A 3STCA 2V30A 3S1UA 4UTIA 4OQVA 3LXAA 1C29A 5IBXA 4DPPA 1K3UA 4U4MA 2YSWA 3W7NA 5HNRA 2HSAA 3LRMA 4QSHA 2A7PA 1MEHA 5DBTA 4ALDA 1FCQA 3LCLA 2VKZG 1S5VA 4RZ6A 3B0UX 3A22A 1RQBA 1QWGA 1YPFA 2VELA 2ISWA 4LOCA 1PIIA 3QW4B 3P67A 4LV4A 2ATSA 3HO8A 2HS8A 1FUYA 5D2TA 1QDSA 4JIPA 1X1OA 4CQ9A 4NJHA 3W7OA 1A5AA 3GR8A 4IUOA 1F73A 3MP4A 3W74A 5K9XA 3W7JA 4GNJA 3SR7A 1GQNA 4DXVA 3T55A 3M9YA 5K2ZA 4O14A 2TPSA 4FNRA 3LHYA 1GTEA 2QF7A 4HSOA 4N4PA 4AWTA 2ZRWA 5LNSA 3QMRA 4BF9A 1W31A 3L9CA 1VH7A 2E5CA 1I2OA 1WOBA 1YTDA 3LB0A 1DVJA 2TRSA 3LI0A 4R53A 3CM4A 4MY9A 4LUIA 2A0NA 1ZENA 2ZRUA 4JGDA 1SO5A 1GT8A 2F84A 5F4SA 3W7QA 1YTEA 4R34A 4GJ1A 1L9WA 3A21A 3DFQA 3H53A 2ZRYA 4MYXA 1TQXA 1F74A 1QOPA 2BX7A 3WJYA 1W5QA 3L0NA 3TJXA 4RJEA 1IXNA 4WOQA 1OFRA 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3LXBA 2NUWA 3KX6A 4AAJA 3LX9A 1GZGA 4ORMA 4K7VA 3W73A 5G2WA 1XI3A 2QJGA 3FJLA 3O6CA 3D0CA 4NNCA 4N9CA 3W23A 4O54A 1KM0A 3FYPA 4FNTA 5D37A 3S5ZA 1R2SA 1MZHA 3W7RA 3OG3A 3PWAA 1LYXA 5H91A 1PV8A 4JTHA 5KZMA 2C15A 4QITA 1VCVA 3UWWA 2FIQA 2YZRA 1G4SA 3WK3A 2E5BA 1TQJA 3KRUA 1SO4A 1KFLA 4WZHA 3VE7A 3CPRA 1X8FA 5I3JA 4S1FA 1TREA 3MBFA 3W87A 3W2UA 1R30A 3W7CA 1VZWA 3ZR4A 1J5TA 5EYWA 5F2LA 4A29A 5BOOA 2E6AA 1J4EA 1LRQA 1PS9A 3P60A 1VS1A 1GOXA 2I1OA 3S5OA 2I14A 1Q6QA 3KXQA 3PR2A 3BW4A 3UXAA 2FLIA 3PSWA 5ABTA 1DV7A 2V8ZA 5AHLA 3I7QA 3QPZA 2YGYA 3W83A 4NT0A 4WX2A 5CPLA 1A53A 2O7SA 2EKCA 5A8GA 3UWVA 1FDJA 5DBUA 3WK2A 4O1DA 3NDOA 5LHFA 4JYEA 5AYYA 3THQA 2RH9A 1BKSA 3FFSA 4FNUA 3LCIA 3RLVA 2E6DA 3W2NA 2CLIA 4OU1A 4JN6A 3L0KA 4I7UA 5KINA 4O10A 3SW6A 2A21A 3W7KA 4N9EA 2CZ5A 5CPNA 1MO0A 3S9YA 1EWEA 2ABBA 1TV8A 3NQ7A 4JTIA 1HUVA 1SW7A 2QCLA 4J9JA 2Y7DA 2DZXA 1B57A 1OX4A 3G0UA 2QKFA 1YDNA 3C2FA 4IGHA 1LTDA 1WV2A 2CLHA 4N9BA 1OF8A 1PCKA 3HGSA 2TSYA 3HJZA 4CNOA 1G4PA 1XL9A 1H62A 3TW7A 1NF0A 1LRNA 5HQEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1TTP A;  1H1Y A;  3NQD A;  3FLU A;  5AHI A;  3I7R A;  2EF9 A;  4DPQ A;  3FOK A;  1KFK A;  3FYO A;  2X1R A;  4MY1 A;  3EX3 A;  3RLU A;  1DJN A;  3H55 A;  3IIP A;  2RKX A;  3G1S A;  4EIV A;  4GBU A;  1MSS A;  4O28 A;  4ADU A;  3UWU A;  2FQI A;  1D3G A;  3I65 A;  3L68 A;  3PSV A;  5TBO A;  2Y88 A;  1SU5 A;  2VOM A;  1DBT A;  1ONR A;  4FHA A;  4Z1B A;  1UJP A;  4UFK A;  3PG8 A;  4HPX A;  4KWV A;  2RDW A;  4XQ6 A;  3EKL A;  3GXT A;  4FEZ A;  2UV8 G;  3ZWS A;  1LOQ A;  4MZY A;  1OG0 A;  3EX2 A;  5HWJ A;  3OEX A;  2WSY A;  5LSM A;  1FXQ A;  3B8D A;  4NJK A;  3HPZ A;  4CLM A;  2NV2 A;  1OX4 B;  4ZQP A;  1HO1 A;  3MYP A;  3SY5 A;  4IOT A;  2BXV A;  3R13 A;  1JR1 A;  2QUV A;  3MHF A;  1TPF A;  4AMA A;  1D9E A;  4XUG A;  4A2S A;  3L0G A;  1S5T A;  2WPB A;  2A6N A;  3KOF A;  4UFL A;  3LV6 A;  4ADT A;  1GJP A;  5A5W A;  2WJZ A;  5EMU A;  3WJW A;  1W5N A;  3LHZ A;  4O15 A;  4BWL A;  1NAL 1;  1Q6L A;  2DJL A;  2CZF A;  3P5Y A;  1I2R A;  3QH2 A;  4I7W A;  4WQ6 A;  3W85 A;  3GZ3 A;  5LNR A;  3MI6 A;  4RLI A; 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1XCFA

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