1YHTA

Crystal structure analysis of dispersin b
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
344
structure length
344
Chain Sequence
TKQTGLMLDIARHFYSPEVIKSFIDTISLSGGNFLHLHFSDHENYAIESHLLNQRAENAVQGKDGIYINPYTGKPFLSYRQLDDIKAYAKAKGIELIPELDSPNHMTAIFKLVQKDRGVKYLQGLKSRQVDDEIDITNADSITFMQSLMSEVIDIFGDTSQHFHIGGDEFGYSVESNHEFITYANKLSYFLEKKGLKTRMWNDGLIKNTFEQINPNIEITYWSYDGDTQDKNEAAERRDMRVSLPELLAKGFTVLNYNSYYLYIVPKASPTFSQDAAFAAKDVIKNWDLGVWDGRNTKNRVQNTHEIAGAALSIWGEDAKALKDETIQKNTKSLLEAVIHKTNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords DspB
publication title Structural Analysis of Dispersin B, a Biofilm-releasing Glycoside Hydrolase from the Periodontopathogen Actinobacillus actinomycetemcomitans.
pubmed doi rcsb
source organism Aggregatibacter actinomycetemcomitans
total genus 139
structure length 344
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1yhtA00
2VNCA 2J47A 1JFHA 2VCCA 1R7OA 3F5LA 4U3CA 3S2CA 2EJ1A 4YHGA 4EANA 4CCEA 5GNXA 1C7TA 3T0DA 1E71M 2WLYA 2YA1A 3ZMRA 1GNXA 3W27A 2OLHA 1WKYA 3HU7A 1TZ7A 1EXPA 1E40A 1JDAA 1V6WA 1CPUA 2WZIA 3WFLA 2W92A 1QW9A 3LPGA 3KL3A 2VI0A 3WQVA 3WF2A 4HP5A 1H0GA 3WF3A 1E4MM 2CIPA 1JZ5A 4JFVA 4AEFA 1XCWA 1AMYA 1OD0A 4PBGA 4AEEA 1SMAA 3AJ7A 1LG1A 1HP4A 4XB3A 2G41A 4X0VA 1CENA 1DWAM 3OIHA 4GPNA 4OBSA 4TVCA 2DT0A 3GYCA 5IHRA 2WMKA 4JFTA 2D1ZA 1MWOA 1OINA 4LYPA 2BS9A 3NSXA 4IUGA 4PMVA 3HN3A 4RE2A 4P7NA 4Z2IA 2WM0A 3BLKA 4AW7A 1PX4A 3WH9A 3L4UA 4JHZA 2QPUA 3L4YA 3NSNA 2F61A 3OLGA 2W91A 3AMCA 1GOIA 3WH8A 5HOSA 4KH2A 2WZHA 3WY1A 3EDDA 1K9DA 1CIUA 2GK1A 3ZSSA 1CXKA 1JZ4A 2JE8A 3K8LA 4P7RA 3W24A 4J3SA 3SUSA 5AYBA 1VFUA 1CXFA 2C8NA 1E0WA 4HZ7A 1UWSA 3SUTA 1XYFA 4X9YA 3G6LA 3CMJA 1FHDA 2GSJA 1W1YA 5IXEA 2DDXA 3OBAA 1E1FA 1BG9A 3CHCA 1UA7A 2WC3A 3PZVA 4UQ9A 2WCSA 1OIMA 3W82A 1CGTA 3AIQA 1XSKA 1GJWA 2GJXA 3SCTA 1JYVA 2Z1SA 4UQBA 3W29A 3ARQA 1NOWA 3VIMA 5IFTA 4TVUA 1JZ3A 1PX3A 4QAWA 1EIBA 5D9PA 1J18A 4LX4A 2J4GA 3AHYA 4AD1A 2BY1A 1VEOA 3MMWA 1UR1A 1UKSA 4M56A 1W3KA 3EDFA 3ZJ6A 3FNDA 4JKKA 4UZSA 2FHBA 1E0VA 1KXHA 4WLCA 1OT2A 3AHTA 3KWXA 1HF6A 1JAEA 1MFVA 1B3VA 3G6MA 4NRSA 3U57A 1B3XA 1ZB5A 3T0BA 4P7LA 3UEQA 3ARXA 4GQQA 3B9EA 4MB3A 4PN2A 3UETA 4H8VA 4F9JA 1GPFA 1V6UA 1BGGA 1W9DM 1W9XA 1MQQA 4HU0A 3MSGA 5DMYA 1TUXA 2XWEA 1V3JA 1C8YA 4CKQA 1EH9A 5C71A 1EDTA 2EPKX 1UWTA 3PTQA 1HX0A 2WAGA 2XVLA 4HZ6A 4BF7A 4URIA 4A3HA 3BAYA 4WSKA 2WVVB 4CGTA 2DH3A 4D6DA 7A3HA 1W1PA 1XSJA 1CWYA 1BLIA 3OLDA 1PEZA 3WEMA 2VZVA 1KR1A 3BC9A 2QMKA 4CN4A 5KEZA 4MTVA 4EAMA 1RPKA 1GVYA 4JFWA 5E6ZA 3WNNA 1JZ2A 1WB0A 2PC8A 1A3HA 4HOXA 4KMQA 1WDSA 1J9YA 2ZE0A 2G3MA 3MS8A 1H41A 4J28A 4W8BA 5FL1A 3SIMA 4FMVA 3N12A 3UERA 1E72M 3VNZA 1HKJA 3AMKA 1UR4A 3BCFA 1FH9A 3NSMA 1KQYA 5LA0A 1H09A 3RIKA 1QI3A 3THDA 4B3LA 1KXTA 1UWRA 1W1VA 3L4XA 1LLOA 2ZOXA 3BSGA 1UD8A 2X09A 3CLWA 3OLIA 5A8MA 3JUGA 2WANA 4DWSD 3VU2A 4A4AA 1M04A 4CU7A 4GZEA 2OYMA 5ABEA 3BAKA 2D3NA 3IAPA 2GDVA 4HPHA 1H49A 1V3HA 2NT1A 4UNIA 5A3HA 3RM8A 2QV4A 1MW2A 1UD2A 2VX5A 5JIPA 1DP0A 3OA5A 4AZBA 3L4ZA 3CIVA 3U7VA 3VINA 5E09A 1QHOA 2V3DA 1I1WA 1QNOA 3AYSA 2VZTA 3CUHA 5ABFA 3WMSA 1HKKA 5BXPA 3IJ9A 1QOXA 2MANA 4XZBA 2VX4A 1HT6A 3CZKA 2EPMX 3VILA 3GXDA 4MPKA 1WAWA 4U5KA 4JKLA 2BY0A 4J7RA 1QNRA 2D22A 2J7HA 1V02E 4UQAA 2DSVA 1Q6GA 5FKYA 3UR8A 1DHKA 3VIJA 4A3YA 3TTOA 3ZT5A 4FLQA 3AQUA 3NYDA 1QBBA 3CZLA 2JEQA 1E15A 1KCLA 3WF1A 5A6SA 1TMQA 2WHKA 4PMUA 4U31A 2WSPA 3SURA 1H0IA 5LA1A 3PZ9A 1JDCA 5CSYA 3WF0A 3WNKA 1W3JA 2WB5A 4Q7NA 3CUJA 2VL4A 2GJRA 1C8QA 2ZX6A 1TFVA 4LPCA 2CYGA 3PZQA 3KZSA 1HJXA 2JIEA 3B9DA 4AWEA 3VD9A 5DO8A 2PBGA 3RILA 1E1EA 1GCYA 1EQPA 3VVGA 4OOUA 2YA0A 4UFMA 1PIGA 3CUFA 3IAQA 1VFMA 4Z2GA 4MB5A 4R27A 3VGGA 1HJWA 2E3ZA 4JZ5A 1KXVA 1PAMA 4FLRA 5HBFA 2JF7A 4JCMA 1ZBCA 1JF6A 1PIFA 1V03A 1JG9A 2Y2WA 3PN8A 3T2OA 1UH2A 4MAVA 3WNLA 4QFUA 1J0JA 2D0FA 2DIJA 1MXDA 3D5HA 3MU7A 1OSEA 4ATDA 3WNPA 4AD3A 4K68A 3RM4A 1W2VA 2YLAA 2J75A 4W87A 1WDRA 1WPCA 2CNCA 3WUGA 1VEMA 2YKKA 1UG6A 5A8NA 1JD9A 4GZJA 3AMLA 3WD4A 4MNKA 4D6GA 3VX0A 4DUVA 3WD3A 1KR0A 3LPOA 1ODUA 2O9RA 3CUGA 5E9AA 2J7CA 3W37A 4MDPA 3WN6A 4N42A 1E6SM 2W62A 3WQ4A 4MB4A 3PZNA 2XPKA 1E56A 3M7SA 4ACYA 4P8WA 1CBGA 1EDGA 2CBUA 1ZL1A 2CETA 3AMGA 3BMWA 1DWJM 2J8GA 4OIFA 5FOOA 1E4LA 5A6BD 3VIPA 4JIEA 1NP0A 5CGTA 1B31A 2CEQA 1J11A 4ATLA 1KGUA 2HVMA 4D72A 2VO5A 1E6XM 5IDIA 3PZIA 1LQ0A 3SCSA 2QLYA 3BH4A 1H11A 4BQ4A 1NH6A 1V6YA 1TR1A 3L2LA 5A2BA 1VAHA 1UD4A 2O9PA 1EO7A 4H04A 1ZBVA 2V3FA 3TONA 4AD5A 1NQ6A 4X0NA 3W81A 3A4AA 3OLEA 3NIYA 3GM8A 3B9AA 1H2JA 2ZICA 3I3BA 3OGSA 2WMIA 1ITCA 4CD7A 1JYWA 4J3UA 4HOZA 5D9MA 3GNPA 4TOQA 5JBEA 1G1YA 3IJ7A 3W28A 4OOZA 5EB8A 4KRTA 3VIIA 3AS1A 1GZJA 3OG2A 5A6LA 4Y7EA 4Z2KA 3I3EA 1QHZA 2GJXB 3EMCA 5E0CA 4CD8A 4HA3A 3VGDA 1O6IA 2BY2A 3OGRA 3VIKA 3W0KA 5CLWA 3CBWA 3VIOA 5DFAA 4AIEA 4E4PA 1OWQA 2XSAA 4AZ5A 3AHVA 4FLOA 4UZUA 2PBOA 4BQ3A 1JYXA 2W67A 1RH9A 1V6VA 4WJXA 2CKRA 3MANA 4GKLA 2BHZA 4W7WA 3B8SA 3CHEA 1V08A 3WBAA 5DF0A 4M8UA 3ZJ7A 4F79A 5E6YA 4AMCA 2WBGA 2IXUA 4UQCA 3OZOA 4UR9A 3SCUA 1JZ8A 2J8FA 9CGTA 1BYDA 2X0HA 4IPNB 3AS2A 1WO2A 2GVYA 3VX1A 1TCMA 2HISA 2WC4A 2YBTA 3U7BA 4BS0A 1W3HA 2AOSA 2WHMA 2BVTA 3WQ6A 1ZBKA 1DWGM 4P7OA 4ZXLA 4CN6A 1OGGA 2X05A 3W6LA 2WSKA 1UWUA 3GXMA 1CGUA 5M17A 1W32A 3ARSA 1J10A 5A6BA 4TTGA 2AAAA 5CXPA 3DECA 5I6SA 3KE0A 1EOKA 1BSIA 4LXFA 2WHLA 3VUPA 4DM1A 1XCXA 1J12A 2B31A 1UUQA 4U3AA 2BV9A 5M03A 2Y4SA 5A69A 4HOWA 4PMQA 1J0IA 2VOTA 1UWIA 1W3LA 2VVNA 3FHAA 3DHPA 4CD4A 4D1JA 1HKIA 4JKMA 1M03A 3TP4A 4CU8A 1D7FA 2OWCA 1V0MA 2O92A 4PMOA 3UG3A 2NSXA 1HP5A 1MYRA 2VCAA 1W9BM 3KEHA 2BNJA 2EPNA 2VQUA 1B0IA 2WMGA 4PTMA 4JHOA 4V27A 4U33A 2BY3A 4GINA 4C7GA 4QP0A 1FH7A 1G94A 1E6ZA 3CPUA 4B9YA 1JI1A 4DUWA 4WKAA 4QLKA 1Q6FA 3AFBA 4CD5A 3AZSA 4JL1A 3DYOA 3AIVA 2ZUVA 2ZIDA 2ZX9A 1UH3A 2DH2A 1XV8A 2VZUA 1N82A 3AXXA 4L4PA 1W9VA 3AISA 2VX7A 1WZKA 3NUKA 1OBAA 3L4WA 5ABFB 2JFEX 5TD4A 4PMYA 1U33A 3ARUA 1B1YA 3GXIA 1K9TA 1J0ZA 2YIHA 2IXVA 3W38A 5C70A 3MV11 2E8YA 1XC6A 4AZCB 3BAWA 1JNEA 4AZGA 4N0RA 4HMEA 1CNVA 2OSXA 2XWDA 1CGVA 3HMCA 3WMBA 1B30A 5I24A 3BXWA 1R87A 3VD7A 3ARTA 1FH8A 3CTTA 4NRRA 3RJXA 4CUCA 1GORA 3WF4A 3VD4A 5JBDA 3ARZA 1W2PA 1GJUA 2ZUNA 5LA2A 2E9MA 3SUVA 4GO9A 4OUEA 2PWHA 3GH4A 1QI5A 4KWUA 4M82A 3W26A 3M07A 2Y5EA 3MO4A 2FDMA 4AD4A 1GQIA 4WKHA 1E3XA 3AHXA 3WH7A 2CCRA 3ZIZA 4M80A 5EFFA 1KXQA 1DTUA 2X2YA 3GTNA 2YDRA 4AXNA 1ISVA 1VJZA 2TAAA 1UR2A 4PTVA 2GDUA 2YL9A 3UR7A 1HL9A 4UCFA 1UKOA 4W84A 1LF1A 1RP9A 1ITXA 4WKFA 3VTRA 4JFUA 4W7UA 3N1AA 3ZJKA 4QDMA 3VDCA 5D9NA 4UFKA 2WNWA 2A3AA 4D6FA 2O9OA 3PZUA 3MV01 1CECA 3QOMA 2WCAA 1VJSA 1BAGA 1UYQA 3QHMA 1YHTA 4U2ZA 4AYSA 3GBDA 1TVNA 2QHAA 1QHPA 4TX6A 2W66A 4YN5A 2C7FA 1GQJA 1YQ2A 2FGLA 4L4OA 5CPSA 1UWQA 2WHJA 4D71A 4LYQA 1V6XA 1XH0A 4H2CA 3VMNA 4C7DA 4GI9A 4WK9A 1QI4A 2NT0A 1G5AA 1UD3A 2XVGA 1UZ4A 2Y8VA 1Q6DA 2YBUA 1Q4NX 3WQWA 1NOFA 4P7QA 1TA3B 1XD0A 2W63A 1A47A 1GW1A 4OKDA 1Z32X 1PJ9A 2X0YA 3K8MA 3WH6A 3EMQA 2XVNA 4KGLA 1PZ2A 1P6WA 4WF7A 4R5EA 4JAWA 3DYMA 5CZKA 4P8VA 2VCBA 1UR8A 2D3LA 4D6EA 2GFTA 1UQZA 2E40A 2X1IA 2DT3A 5FD0A 4BZYA 3M46A 2WMHA 2YL5A 1HN1A 1MW1A 1F4AA 2WPGA 3RPMA 3N15A 4YHEA 3RDKA 3WL1A 5CPTA 5IFPA 2PWEA 4E8DA 3ECQA 1LL6A 2CHNA 2WMIB 4QLJA 1XH2A 1E0XA 1BTCA 2XFRA 2G3NA 4QLLA 1KQZA 3FAWA 3N18A 2VZSA 4IM4A 1MQPA 2XJ7A 1KBBA 3TOPA 2WLZA 2RGLA 4Q22A 3N04A 2DSUA 5I23A 3WH5A 3SUUA 5JIWA 1JD7A 2FGZA 2EQDA 5BRQA 5A1AA 3W4RA 4NF7A 2OWWA 3L4TA 4OJYA 1OB0A 2VC9A 3ZT6A 3VDBA 4J3TA 2EPLX 4LGXA 1JXKA 4CU6A 1K9EA 4J3WA 2D0HA 4B16A 2XM2A 2D20A 3N9KA 4UFLA 1C3FA 1UA3A 4W8AA 3APGA 1CGWA 4BA0A 5BXTA 4MNLA 5ECUA 4UFHA 1HJSA 1JYNA 5F7UA 1K6AA 3AHZA 1C7SA 4V2XA 2JIWA 2EPOA 3RM9A 4W8LA 1VENA 2ZUTA 3WDJA 3ARVA 4M81A 4S3KA 3TTQA 1KWKA 1RP8A 1KGWA 4MDOA 3VGHA 1JNDA 1UKQA 1GHSA 2QMJA 5I77A 1HXJA 1LWJA 1M01A 4UOZA 2CBIA 1SR0A 2A3HA 3ARRA 1XGZA 1E73M 2WKLA 1B90A 5A94A 1W91A 2F2HA 4GI8A 1BQCA 1EHAA 3CZJA 2AMGA 5CJ5A 4E2OA 1V3LA 4ZE5A 1V0NA 3E1F1 2XG9A 3CUIA 2VRQA 3PTMA 1BF2A 1E5JA 2YJQA 2DQXA 1FP8A 1JXJA 2ZXAA 4PCTA 4DWSA 4EK7A 1G0CA 4KRUA 5HPCA 2OWXA 2ZUUA 1ECEA 3K4AA 4HA1A 4GO8A 1OD8A 4PTWA 1LJYA 2DT2A 3PHAA 4V28A 3QGVA 3O2LA 1I1XA 1B2YA 1VB9A 4PSRA 1PX8A 5AC5A 5AC4A 3VMPA 1MXGA 3RMEA 5ABHA 2RGMA 4D6IA 2J7FA 4Z2HA 1VF8A 1OM0A 3VNYA 4PYSA 4NI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VNC A;  2J47 A;  1JFH A;  2VCC A;  1R7O A;  3F5L A;  4U3C A;  3S2C A;  2EJ1 A;  4YHG A;  4EAN A;  4CCE A;  5GNX A;  1C7T A;  3T0D A;  1E71 M;  2WLY A;  2YA1 A;  3ZMR A;  1GNX A;  3W27 A;  2OLH A;  1WKY A;  3HU7 A;  1TZ7 A;  1EXP A;  1E40 A;  1JDA A;  1V6W A;  1CPU A;  2WZI A;  3WFL A;  2W92 A;  1QW9 A;  3LPG A;  3KL3 A;  2VI0 A;  3WQV A;  3WF2 A;  4HP5 A;  1H0G A;  3WF3 A;  1E4M M;  2CIP A;  1JZ5 A;  4JFV A;  4AEF A;  1XCW A;  1AMY A;  1OD0 A;  4PBG A;  4AEE A;  1SMA A;  3AJ7 A;  1LG1 A;  1HP4 A;  4XB3 A;  2G41 A;  4X0V A;  1CEN A;  1DWA M;  3OIH A;  4GPN A;  4OBS A;  4TVC A;  2DT0 A;  3GYC A;  5IHR A;  2WMK A;  4JFT A;  2D1Z A;  1MWO A;  1OIN A;  4LYP A;  2BS9 A;  3NSX A;  4IUG A;  4PMV A;  3HN3 A;  4RE2 A;  4P7N A;  4Z2I A;  2WM0 A;  3BLK A;  4AW7 A;  1PX4 A;  3WH9 A;  3L4U A;  4JHZ A;  2QPU A;  3L4Y A;  3NSN A;  2F61 A;  3OLG A;  2W91 A;  3AMC A;  1GOI A;  3WH8 A;  5HOS A;  4KH2 A;  2WZH A;  3WY1 A;  3EDD A;  1K9D A;  1CIU A;  2GK1 A;  3ZSS A;  1CXK A;  1JZ4 A;  2JE8 A;  3K8L A;  4P7R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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